| 基于三类特征融合的O-糖基化位点预测 |
| |
| 引用本文： | 向妍,陈渊,谭泗桥,袁哲明.基于三类特征融合的O-糖基化位点预测[J].生物化学与生物物理进展,2016,43(7):691-698. |
| |
| 作者姓名： | 向妍 陈渊 谭泗桥 袁哲明 |
| |
| 作者单位： | 湖南农业大学植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室，长沙 410128,湖南农业大学植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室，长沙 410128,湖南农业大学信息科学技术学院，长沙 410128,湖南农业大学植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室，长沙 410128；湖南农业大学，湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室， 长沙 410128 |
| |
| 基金项目： | 高等学校博士学科点专项科研基金(20124320110002)，湖南省自然科学基金(14JJ2082)和长沙市科技计划项目(K1406018-21)资助 |
| |
| 摘 要： | 糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ~2-pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ~2-pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景.
|
| 关 键 词： | O-糖基化位点预测，卡方差表特征，伪氨基酸序列进化信息，无方向的k间隔氨基酸对组分，加权投票 |
| 收稿时间： | 1/5/2016 12:00:00 AM |
| 修稿时间： | 5/9/2016 12:00:00 AM |
Predicting O-glycosylation Sites by Combining Three Different Types of Features |
| |
| XIANG Yan,CHEN Yuan,TAN Si-Qiao and YUAN Zhe-Ming.Predicting O-glycosylation Sites by Combining Three Different Types of Features[J].Progress In Biochemistry and Biophysics,2016,43(7):691-698. |
| |
| Authors: | XIANG Yan CHEN Yuan TAN Si-Qiao and YUAN Zhe-Ming |
| |
| Institution: | Hunan Provincial Key Laboratory for Biology and Control of Plant Diseases and Insect Pests, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China,Hunan Provincial Key Laboratory for Biology and Control of Plant Diseases and Insect Pests, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China,College of Information Science and Technology, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China and Hunan Provincial Key Laboratory for Biology and Control of Plant Diseases and Insect Pests, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China;Hunan Provincial Key Laboratory of Crop Germplasm Innovation and Utilization, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | O-glycosylation prediction chi-square score difference table pseudo position-specific scoring matrix undirected composition of k-spaced amino acid pairs weighted voting |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《生物化学与生物物理进展》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《生物化学与生物物理进展》下载免费的PDF全文 |
|
