Bst DNA聚合酶大片段在全基因组扩增中的应用

Bst DNA聚合酶大片段作为一种常用的DNA聚合酶,因其独特的特点:能引发链置换反应、高保真、耐高温等,而成为一种重要的DNA多重置换扩增酶。目的:为减少成本,设计一种高产,方便且扩增活性高的Bst DNA聚合酶大片段表达体系;探究该酶应用于胃癌石蜡包埋组织基因组DNA的扩增条件。方法:采用p TWIN1质粒作为载体克隆表达Bst DNA聚合酶大片段,应用几丁质亲和层析柱纯化该酶,使用该酶对人类基因组DNA进行不同温度下扩增,探究其最适反应温度,并据此对胃癌石蜡包埋组织基因组DNA进行扩增。结果:由此得到的Bst DNA聚合酶大片段能运用于胃癌石蜡包埋组织基因组DNA的扩增,扩增效率可达200倍,并能应用于a CGH芯片。结论:扩增得到保真性高,覆盖基因组范围大的DNA扩增产物。该应用与a CGH结合,使得对少量的癌症石蜡包埋组织DNA样本进行全基因组扩增,并进行其基因拷贝数变异研究成为可能。     

粪肠球菌噬菌体vB_E. faecalis_IME196的生物学特性及其全基因组分析

【目的】从医院污水中分离一株能裂解多耐药粪肠球菌的噬菌体,分析该噬菌体的生物学特性,并进行全基因组测序和分析,为治疗和控制多耐药粪肠球菌感染提供基础。【方法】以耐药粪肠球菌为宿主,从医院污水分离噬菌体,双层平板法检测噬菌体效价、最佳感染复数(MOI)和一步生长曲线,纯化后负染法电镜观察噬菌体形态;蛋白酶K/SDS法提取噬菌体全基因组,酶切处理后琼脂糖凝胶电泳分析,使用Ion Torrent测序平台进行噬菌体全基因组测序,测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析。【结果】分离到一株粪肠球菌噬菌体,命名为v B_E.faecalis_IME196(IME196);其最佳感染复数为0.01,一步生长曲线显示IME196的潜伏期为30 min,暴发量为50 PFU,电镜观察该噬菌体为长尾噬菌体,结合BLASTp分析确定其属于尾病毒目长尾噬菌体科,基因测序表明,噬菌体IME196核酸类型为DNA,基因组全长为38 895 bp,G+C含量为33.9%。【结论】分离鉴定一株粪肠球菌噬菌体,进行了全基因组测序和分析,为以后预防和控制粪肠球菌的感染提供了一个新的途径,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础。     

阴式全子宫切除术和腹腔镜下全子宫切除术的临床对比分析

目的:比较阴式全子宫切除术与腹腔镜下全子宫切除术的临床治疗效果。方法:回顾性分析2014年6月-2015年6月我院收治的137例子宫良性病变患者的临床病历资料,按照手术方式将其分为阴式组(行阴式全子宫切除术)和腹腔镜组(行腹腔镜下全子宫切除术),比较两组患者的术中、术后临床指标及术后并发症情况。结果:阴式组手术时间及术中出血量均少于腹腔镜组,差异有统计学意义(P0.05)。阴式组肛门排气时间、下床活动时间以及住院时间均短于腹腔镜组,住院总费用低于腹腔镜组,差异有统计学意义(P0.05)。两组患者并发症发生情况差异无统计学意义(P0.05)。结论:阴式全子宫切除术较腹腔镜下全子宫切除术而言,具有手术创伤小、术后恢复快的特点,值得临床推广。     

应用全外显子测序和显微切割技术识别1 例肺癌患者高频突变基因的异质性探索

目的:通过对一例肺鳞癌患者全外显子测序来识别这例肺癌的可能致病基因,并通过显微切割初步探索这例肺癌肿瘤细胞的起源与演化。方法:利用全外显子测序技术对肺癌肿瘤组织和相应癌旁组织测序;用COSMIC肿瘤数据库比较分析统计出肺癌可能致病基因;用激光显微切割技术提取五个不同部位肿瘤细胞;巢式PCR扩增,一代测序验证基因分型。结果:发现了这例肺癌病人的7个高频突变基因:LPHN2、TP53、MYH2、TGM2、C10orf137、MS4A3和EP300;这些基因在10×镜下和20×镜下经显微切割的肺癌组织的5个不同部位上的基因分型不同。结论:我们通过全外显子测序发现了这例肺癌的7个可能致病基因,并初步探索了这例肺癌肿瘤细胞是多克隆起源的。     

关节置换术后抗凝药物预防深静脉血栓及相关并发症的临床研究进展

抗凝药物有助于预防全髋关节置换术和全膝关节置换术后深静脉血栓形成,临床上最常使用的传统抗凝药物如低分子肝素、华法林等可以起到很好的预防效果。目前有一类新的口服抗凝药物已经用于临床,为关节置换术后患者带来了一种更方便、安全和有效预防血栓的治疗选择。本篇综述主要针对传统抗凝药物低分子肝素及维生素K拮抗剂,直接凝血酶抑制剂达比加群,以及选择性Xa因子抑制剂利伐沙班和阿哌沙班,对迄今为止传统抗凝药物在全髋关节置换术和全膝关节置换术患者中的临床使用经验、优缺点、以及新型口服抗凝药物最新临床用药进展进行综述,为关节置换术后患者预防深静脉血栓提供用药参考。     

老年髋关节置换术后早期脱位的相关因素研究

目的:探讨老年髋关节置换术后发生早期脱位的相关因素。方法:选取在我院行髋关节置换术治疗的老年患者110例,随访3个月,并对置换术后可能导致早期脱位的7个因素进行单因素和多因素Logistic回归分析。结果:单因素分析发现,性别、年龄、手术方式、人工股骨头直径大小这4个因素在有脱位组和无脱位组间的差异有统计学意义(P0.05)。多因素Logistic回归分析显示,导致早期脱位的3个危险因素分别是年龄(X2=16.572,P=0.000)、手术方式(X2=5.283,P=0.021)、人工股骨头直径大小(X2=5.498,P=0.019)。结论:老年髋关节置换术后早期脱位的发生可能受多个因素的影响,术前及术中应充分考虑各危险因素,从而选择最佳治疗方案。     

近端胃切除与全胃切除在治疗近端胃癌中的疗效比较

目的:观察近端胃切除和全胃切除对近端胃癌的疗效。方法:比较28例患有早期近端胃癌接受近端胃切除28例患者与100例患有早期近端胃癌接受全胃切除的患者,观察近端胃切除是否优于全胃切除。结果:两种治疗方法手术时间、术后并发症(包括吻合口瘘)没有差异。两组患者胃切除后的代谢变化结果相似,体重,血清血红蛋白以及血清总蛋白浓度变化相近。近端胃切除后腹泻(32%)和胃食管返流(28%)最为常见,而全胃切除后餐后腹胀(21%)最为常见。二者的术后5年生存率没有明显差别。结论:近端胃切除不会由于残余胃的生理优势而优于全胃切除术。     

生脉注射液联合曲美他嗪治疗缺血性心肌病合并肾功能不全的临床疗效分析

目的:研究生脉注射液联合曲美他嗪治疗缺血性心肌病合并肾功能不全的临床疗效。方法:选取2015年3月至2017年3月我院收治的100例缺血性心肌病合并肾功能不全患者,按照随机数表法分为观察组(n=50)和对照组(n=50)。对照组采用曲美他嗪治疗,观察组采用生脉注射液联合曲美他嗪治疗。观察和比较两组的治疗疗效、治疗前后心功能指标(左心室射血分数(LVEF)、左室收缩末径(LVESD)、左室舒张末期内径(LVEDD))、肾功能指标(血肌酐(Scr),尿素氮(BUN))、心肌损伤标志物(血清胱抑素(Cys C)、同型半胱氨酸(HCY)、脑钠肽(BNP))水平的变化。结果:治疗后,观察组总有效率显著高于对照组[92.30%(48/52) vs.70.83%(34/48)](P0.05),LVEDD、LVESD水平均显著低于对照组[(51.21±8.54)mm vs.(56.63±10.83)mm,(42.91±6.30)mm vs.(45.86±7.32)mm](P0.05),LVEF水平均显著高于对照组[(46.02±7.85)%vs.(41.20±8.84)%](P0.05),Scr、BUN水平均显著低于对照组[(164.30±17.95)μmol/L vs.(211.75±19.31)μmol/L;(8.12±0.76)mmol/L vs.(11.74±1.72)mmol/L](P0.05)。血清Cys C、HCY、NT-Pro BNP水平均显著低于对照组[(0.90±0.21)mg/L vs 1.52±0.34)mg/L (12.34±3.89)μmol/L vs.(20.86±5.28)μmol/L,(298.47±78.41)ng/L vs.(402.35±92.76)ng/L](P0.05)。结论:生脉注射液联合曲美他嗪治疗缺血性心肌病合并肾功能不全的的临床疗效显著优于单用曲美他嗪治疗,其可有效改善患者心、肾功能,减轻心肌细胞损伤。     

L-氨基酸脱氨酶的分子改造及其用于全细胞催化法生产α-酮戊二酸条件的优化

酮戊二酸(α-ketoglutaric acid,α-KG)是谷氨酸脱氨基的酮酸产物,作为一种重要的有机酸广泛用于食品、医药、精细化工等领域。为提高L-氨基酸脱氨酶全细胞催化法合成α-KG的效率及产量,首先通过优化全细胞催化剂制备条件及全细胞转化反应条件,包括发酵过程中的温度、诱导剂浓度、诱导剂添加时刻、诱导时间等;全细胞转化过程中的温度、pH、细胞量、转化时间。各个条件优化后以200g/L谷氨酸钠为底物时,产量最终提高了54. 9%,摩尔转化率为39. 6%。其次,通过定点饱和突变对L-氨基酸脱氨酶进行定向进化以提高其催化能力。经过多次突变、筛选,最优突变体E. coli BL21-pET-20b(+)-pm1152催化200g/L谷氨酸钠生成α-KG最高产量为100. 9g/L,摩尔转化率为64. 7%,较最初对照菌株提高了66. 3%。结果表明,条件优化和饱和突变可有效提高重组大肠杆菌全细胞转化合成α-KG的能力。     

全基因组测序与生物信息学分析在细菌耐药性研究中的应用

随着耐药细菌的大量出现及广泛传播,细菌耐药性成为全球备受关注的问题。耐药细菌的特征如耐药基因、毒力因子、质粒分型等以及不同菌株间亲缘关系对于细菌耐药性流行病学及分子生物学的研究有着十分重要的意义。但是传统的技术手段如聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)和脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)等得到的结果不够全面且精确度低,对于现有的研究存在很大的局限性。全基因组测序技术(Whole genome sequencing,WGS)和生物信息学分析(Bioinformatics analysis)由于能够快速详尽地得到耐药细菌的特征,也能更加精细地判断不同菌株间的进化关系,逐渐成为更加有效的技术手段,为耐药性研究提供了有效的帮助。因此,文中系统地介绍全基因组测序分析流程中的各个步骤,主要包括文库构建、平台测序以及后期数据分析三大方面的不同方法和其相应的特点,期望相关研究人员对此能够有更全面的了解,并得到一定的帮助。