不同来源植物乳杆菌基因组结构和功能差异的比较研究

[目的] 本试验研究不同来源植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）基因特点以及在不同环境下其基因多样性,探究2株L.plantarum A8和P9在肠道生境及植物表面适应性的异同,为优良菌株的开发提供理论基础。[方法] 本研究对从动物肠道和植物表面分离获得的L.plantarum A8和L.plantarum P9的基因组进行分析,利用第二代测序技术（NextGeneration Sequencing,NGS）,基于Illumina NovaSeq测序平台,同时利用第三代单分子测序技术,基于PacBio Sequel测序平台,对L.plantarum A8和L.plantarum P9进行测序。采用Carbohydrate-active enzymes（CAZy）、Koyto encyclopedia of genes and genomes（KEGG）和Clusters of orthologous genes（COG）数据库对基因组进行功能注释;采用CGView软件绘制菌株的基因组环形图谱。应用比较基因组学与已经公开发表的其他L.plantarum基因组进行比较分析。[结果] 由研究可知L.plantarum A8和L.plantarum P9基因组大小存在差异,通过构建系统发育树发现2株菌与其他来源的L.plantarum分在同一分支,并且L.plantarum P9与母乳来源的L.plantarum WLPL04菌株距离最近,而L.plantarum A8与L.paraplantarum DSM10667距离最近。通过基因家族分析可知,2株菌共有基因为2643个,其中包括一些抗应激蛋白如热休克蛋白、冷休克蛋白。L.plantarum A8和P9独特基因分别为321和336个,L.plantarum A8中独特基因主要参与DNA复制、ABC转运系统（ABC transfer system）、PTS系统（phosphotransferase system）、磺酸盐转运系统、氨基酸生物合成等代谢通路;L.plantarum P9的独特基因以参与碳水化合物的运输和代谢基因居多,例如rpiA基因、lacZ基因、FruA基因等。[结论] 通过比较基因组学方法解析L.plantarum的基因组信息,发现动物肠道来源的L.plantarum具有较好的氨基酸转运能力,植物表面附着的L.plantarum菌株具有较好碳水化合物利用能力,从而为益生菌的开发与利用提供理论依据。     

鞘翅目形态结构的三维重建与功能之间关系探讨的有效方法评估

本文简要介绍了计算机三维重建技术在鞘翅目形态学研究中的应用,并对所涉及到的成像设备及相关技术做了简要的介绍和评估。同时,本文也对计算机三维重建技术的未来发展方向做了初步的展望。     

我国沿海线形亚属海链藻的形态学研究

壳面孔纹的形态学特征是海链藻的重要分类学依据之一。线形亚属的海链藻种类大多是从圆筛藻属修订而来, 它们之间的区别特征细微, 需电镜下观察才能准确鉴定。我国关于线形亚属海链藻的报道较少。研究利用电镜(EM)技术, 对采自我国沿海海域的自然水样, 以及分离获得的单克隆培养藻株进行了形态学观察, 针对其中的海链藻属Thalassiosira Cleve种类开展了形态分类学的专题研究。报道了6个隶属于线形亚属的海链藻种类, 分别是紧密海链藻T. densannula Hasle &; Fryxell、微小海链藻T. exigua Fryxell &; Hasle、线形海链藻T. lineata Jousé、微线形海链藻T. nanolineata (Mann) Fryxell &; Hasle、结线形海链藻T. nodulolineata (Hendey) Hasle &; Fryxell和柔弱海链藻T. tenera Proschkina-Lavrenko, 其中有4个为我国新记录种类: 紧密海链藻、线形海链藻、微线形海链藻和结线形海链藻。对每个种类的形态学特征、生活习性和生态分布进行了描述, 提供了电镜照片。对相似种类的形态学特征进行了比较研究, 分析了孔纹特征的变化类型及其分类学意义。     

螺环哌啶类似物作为DOR激动剂的特征结构研究

阿片受体激动剂与特定阿片受体亚型结合,常用来治疗与外伤、癌症或心脏病相关的严重疼痛,是十分有吸引力的药用物质．阿片受体有3种经典亚型(δ, κ, μ),均有与其对应的激动剂．δ阿片受体(DOR)激动剂因其还有明显的抗焦虑、抗抑郁和器官保护作用,是非常有前景的药物．本文研究了一批共102个N-取代螺环哌啶类似物作为δ阿片受体激动剂的分子,采用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数(CoMSIA)两种分析方法对所有分子进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,其中基于疏水场和氢键供体场参数建立的CoMSIA模型最佳,其模型结果为：Q²=0.501,R²_ncv=0.787,R²_pre=0.780,证明模型自我吻合良好,同时有较强的内部及外部预测能力．而模型的等势线图分析表明,在R₁处引入疏水性的取代基及在R₂处引入亲水性的取代基或氢键供体基团对提高激动剂活性有利．这些结论有助于更好地理解N-取代螺环哌啶类似物作为DOR激动剂的机理,为新型的δ阿片受体激动剂的设计和优化提供一定的指导．     

厚唇裸重唇鱼胚胎发育的形态学观察

采用体视显微镜对厚唇裸重唇鱼的胚胎发育过程进行连续观察和描述。结果表明,受精卵呈卵圆形,卵径较大,吸水膨胀后为(4.41±0.13)mm。在水温为9℃条件下,授精后9h进入卵裂期,23h 30min进入囊胚期,33h进入原肠期,71h进入神经胚期,74h 30min进入器官分化期,210h开始破膜而出,初孵仔鱼全长9.35mm。破膜后16d仔鱼开始上浮。对厚唇裸重唇鱼的胚胎发育特点与其近缘种的差异进行了讨论。     

《人体图谱:解剖学·组织学·病理学》书讯

由中国解剖学会理事长、国际解剖学工作者联盟(IFAA)国际会议主席、国际形态学大会(ICSMS)和亚太地区解剖学会(APICA)执行委员、全军解剖与组织胚胎学专业委员会主任委员、《神经解剖学杂志》主编、第四军医大学人体解剖与组织胚胎学教研室主任李云庆教授担任主译的《人体图谱:解剖学·组织学·病理     

New Replacement Name for Rana paradoxa Mocquard, 1890 with Designations of Lectotypes for Rana paradoxa and Rana conspicil- lata Giinther, 1872： Both Synonymized with Limnonectes kuhlii （Tschudi, 1838） （Dicroglossidae： Dicroglossinae）

Fanged frogs, now called Limnonectes kuhlii, from Borneo are remotely related to true Javanese L. kuhliL For future taxonomy of Bornean fanged frogs, we fix the nomenclatural status of two existing names, Rana conspicillata Giunther, 1872 and Rana paradoxa Mocquard, 1890. Morphological comparison of the type-series revealed heterospecific relationships of the two species. For R. conspicillata, we designate BMNH 1947.2.29.20 as the lectotype, and for R. para doxa, we also designate MNHN 1889.222 as the lectotype and propose a replacement name Limnonectes mocquardi, in order to stabilize their nomenclature.     

基于比较基因组学方法的丝状子囊菌同源序列分析

为探讨丝状子囊菌基因组的同源保守序列作为标记基因,利用Standalone BLASTN方法将构巢曲霉全基因组基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较.构巢曲霉与每个丝状子囊菌基因组之间的同源匹配基因数量似乎可反映子囊菌之间的进化关系,构巢曲霉（10,560个基因）与15种散囊菌纲其他真菌间的匹配基因数量为5,179-7,747个,其中与另外7个同属的种匹配的基因数量为7,434-7,747个,而与亲缘关系较远的2种锤舌菌纲真菌灰葡萄孢和核盘菌的匹配基因数量分别仅有4,318个和4,242个.构巢曲霉的10,560个基因与20余种子囊菌基因组同时匹配的基因数为3,509个,占33.2％,构巢曲霉基因与30种子囊菌共同匹配的基因仅924个.此外,E值大小在10-30_0.1范围的同源序列变异性大,而在0-10-100范围的同源序列高度保守.随着基因组序列数据的增加,比较基因组方法将会在真菌系统学研究领域发挥更大的作用.     

陕西省烟草灰霉病病原及云芝多糖对其防治研究

采用形态学观察和分子鉴定方法对2011年在陕西省发生的一种烟草未知病害的病原菌进行鉴定。从病叶组织分离纯化得到病原菌,通过致病性测定以及人工接种后再分离病菌,证明编号LJL007的菌株为该病的致病菌。依据病原菌的形态学和培养特征,将菌株LJL007鉴定为灰葡萄孢Botrytis cinerea Pers.,其有性型为富氏葡萄孢盘菌Botryotinia fuckeliana Whetzel。通过核糖体DNAITS序列分析,分离菌株LJL007序列(登录号:HM17900)与富氏葡萄孢盘菌序列(登录号:HM849615)同源性达100%,进一步证明该病原菌是灰葡萄孢Botrytis cinerea。云芝多糖在离体条件下,对灰葡萄孢的菌丝生长和孢子萌发均无直接抑制作用。云芝多糖对烟草灰霉病有较好预防保护作用,其预防效果可达56.29%。云芝多糖可显著提高烟草体内几丁质酶和β-1,3-葡聚糖酶活性,其活性峰值分别比对照提高56.89%和429.83%,说明云芝多糖可诱导植物产生抗病性。     

台湾和日本拟步甲在纬度分布上的比较研究

台湾和日本处在不同的地理纬度上,同属岛屿海洋性气候,前者地域面积远小于后者,拟步甲的物种多样性却大于后者。为弄清楚这些科学问题,作者采用G-F指数对从台湾到日本不同纬度梯度上的拟步甲多样性分布格局进行了比较分析,得到如下初步结论：(1) G-F指数从大到小依次是：台湾(21°N-25°N)(0．826)>日本(24°N-45°N)(0．824)>日本Ⅱ纬度区(30°N-35°N)(0．792)>日本Ⅰ纬度区(24°N-30°N)(0．765)>日本Ⅲ纬度区(35°N-40°N)(0．761)>日本Ⅳ纬度区(40°N-45°N)(0．603);(2)台湾拟步甲属的多样性(DG)、族的多样性(DF)和G-F指数(DG-F)均最高,分别是4．263、24．464和0．826;(3)各纬度上拟步甲的物种分布情况：台湾(21°N-25°N)(541种)>日本(24°N-45°N)(489种)>日本Ⅰ纬度区(24°N-30°N)(257种)>日本Ⅱ纬度区(30° N-35° N)(231种)>日本Ⅲ纬度区(35° N-40° N)(172种)>日本Ⅳ纬度区(40° N-45° N)(60种)。研究数据显示, G-F指数能较好地反映台湾和日本各地拟步甲族、属的多样性。其物种多样性在纬度上的分布表现为从南向北递减的趋势,并对其基本原因进行分析。作者首次基于台湾和日本两个岛屿拟步甲物种多样性的比较分析,对现有岛屿生物多样性的有关理论提出个人看法,认为岛屿生物地理学的“物种-面积关系理论”中的“岛屿面积越大,物种数量就越多”可能存在一定的局限性,不一定能客观地反映种类众多的现生岛屿昆虫物种多样性的实际情况。