基于ChIP-Seq进行肿瘤睾丸抗原XAGE-1b基因表达蛋白的DNA结合位点鉴定

XAGE-1b（X antigen family member 1B）属于XAGE亚家族,是一种肿瘤 睾丸抗原（cancer/testis antigen,CTA）,表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步研究XAGE-1b下游调控基因,本实验采用ChIP Seq技术筛查XAGE 1b蛋白质可能存在的DNA结合片段. 结果发现,XAGE-1b下游调控基因富集于细胞分裂（cell division,P-Value＝7.95e-04）、细胞周期调控（cell cycle,P-Value＝5.532e-03）、及癌症相关基因（GESA/MSigDB module_11,P-Value＝2.010e-06）中．同时发现,XAGE-1b下游调控多个基因的表达产物（NCBI/interactions 22827,P-Value＝4.678e-06）能与原癌基因c-Myc的启动子抑制蛋白PUF60发生蛋白质相互作用,并通过qPCR进行了验证．这些研究对阐明XAGE-1b在肿瘤细胞的增殖和转移中的作用有重要意义.     

毕赤酵母工程菌表达乙肝表面抗原结合蛋白(SBP)的发酵纯化工艺研究

乙肝表面抗原结合蛋白(HBsAg binding protein,SBP)是以HBsAg为探针,通过人肝cDNA噬菌体表达库筛选的一种人源蛋白。SBP可特异性结合乙肝表面抗原(Hepatitis B virus surface antigen, HBsAg),增强乙肝疫苗的免疫效果,是一种潜在快速高效的免疫佐剂。成功构建了分泌型高表达SBP的毕赤酵母工程菌。对该菌株进行了放大规模发酵表达,并对纯化工艺进行了研究。在发酵实时检测过程中,自诱导剂甲醇加入开始,SBP蛋白的分泌表达量随时间推移而逐渐增加,发现于38h达到最佳水平且此时杂蛋白含量最少,是放罐收集菌液的最佳时间。18L发酵液在低温离心除菌体和沉淀物后可得到15L的上清液,再利用截留量为5kDa的超滤膜包将上清液浓缩至2L,将浓缩后的上清液依次通过S200分子筛柱和TDEAE阴离子交换柱进行分离纯化,可得到300ml浓度为1.125mg/ml、纯度达98%的目标蛋白液,发酵液得率为22.5mg/L;最后将蛋白液定量分装冻干低温保存。所获得的放大规模SBP发酵诱导表达条件和SBP蛋白的分离纯化工艺,为SBP蛋白大规模生产奠定了坚实的基础。     

荠菜LOS2基因的克隆与分析

利用RACE-PCR方法从荠菜(Capsella bursa-pastoris)中克隆到了新的LOS2全长基因(Cblos2)。序列分析表明,该基因的全长cDNA为1694bp,拥有一个由444个氨基酸组成的开放读码框,预测的CbLOS2蛋白包括一个烯醇酶N-端结构域、烯醇酶结构域以及与拟南芥的LOS2高度保守的DNA结合域和基因功能抑制域。生物信息学分析表明,Cblos2与LOS2极为相似。冷胁迫适应实验表明,Cblos2基因在荠菜中组成性表达,且其表达与胁迫适应过程密切相关。该研究表明Cblos2是具双重功能的植物烯醇酶基因家族的新成员。     

拉萨河谷上段江孜沙棘Hippophea gyantsensis(Rousi)Lian种群的海拔梯度性变异

江孜沙棘[Hippophea gyantsensis(Rousi)Lian]是青藏高原特有的一种广生态幅的小乔木,在拉萨河谷地区的海拔3500～4200 m范围内均有分布.前人工作多集中在江孜沙棘果实的开发利用方面,对其基础生态学研究较少.本研究旨在探讨江孜沙棘沿海拔梯度的群落组成和表型变异的规律.为此,在拉萨河谷上段沿海拔梯度由东向西设置了4个样带:3850 m、3950 m、4050 m和4200 m,每个样带设置2至3个10 m×10 m的样方进行研究.首先,详细记录了每个样方内林下维管植物的物种组成、样方内的沙棘盖度、海拔、样方与河岸的实际距离,并用DCA [detrended correspondence analysis (去势对应分析)] 排序方法对群落及其组成物种进行排序分析.随机抽取了每个样方内的20个江孜沙棘植株个体,测定其胸径、基径、株高和叶片长度,用回归分析法分析这些变量和海拔之间的关系.研究结果表明,江孜沙棘在拉萨河谷内的主要生境分为4种类型,即:河边砾石滩地、河阶草滩、河边草甸和河边林缘, 样方排序结果主要受海拔的影响;同时,江孜沙棘植株的基径、胸径和高度都随着海拔的升高而显著减小,而叶片长度与海拔之间无显著相关.本文研究结果表明,对江孜沙棘而言,海拔所代表的综合环境因子对其分布和表型有显著的影响,而局部光照可能也是影响其表型特征的重要生态因子.     

藏药迷果芹根中的化学成分

从藏药迷果芹(Sphallerocarpus gracilis)的根中首次分离到6个化合物,经MS,NMR等光谱技术鉴定,结合化学反应,确定了其结构分别为xanthalin(1),3-O-angeoylhamaudol(2),isoimperatorin(3),aviprin(4),4′-O-β-D-glucopyranosy-5-O-methylvisamminol(5)和daucosterol(6)。     

增强蛋白与多角体蛋白共包埋的研究

颗粒体病毒的增强蛋白（enhancin)是一种能显著提高核型多角体病毒（NPV）对昆虫感染力的病毒蛋白。构建了一种不形成多角体但表达粉纹夜蛾颗粒体病毒增强蛋白的重组病毒AcBBH-TnEn,将它与野生型AcMNPV共同感染SF21细胞,经SDS－PAGE、免疫印迹分析、荧光免疫等方法检测证实,增强蛋白与多角体可在同一细胞中同时表达,而且发现所形成的病毒多角体带有增强蛋白。这表明,可以通过混合感染的方式生产带有增强蛋白的病毒多角体。     

Y染色体、线粒体DNA多态性与云南宁蒗摩梭人的族源研究

居住于云南宁蒗县泸沽湖畔的摩梭人是中国大陆目前惟一的母系社会群体. 在第一次民族识别中被定为纳西族, 但是大部分摩梭人认为自己与纳西族有本质的区别, 后来通过云南省人民代表大会决议, 称之为“摩梭人”. 将遗传学的方法引入摩梭人的族源研究, 对摩梭人以及居住于云南的纳西族、藏族、白族、彝族和普米族6个群体线粒体DNA第一高变区、Y染色体上的13个SNP和8个STR位点进行了基因分型, 结果显示摩梭人相对缺乏南方民族特异的Y染色体类型, 而mtDNA具有南北双重特征. 主成分分析和分子系统学分析进一步表明, 摩梭人的父系遗传结构与云南藏族最接近, 而母系遗传结构最接近丽江纳西族, 提示其父系和母系基因库具有不同的来源. 摩梭人特殊的母系社会结构可能是导致其母系、父系遗传结构存在明显差异的原因之一. 该结果为摩梭人的族源研究提供了遗传学方面的线索.     

苔藓土壤节肢动物群落及其多样性

苔藓土壤中分布着种类和数量丰富的节肢动物 ,主要是中、小型土壤动物。对上海市区苔藓土壤节肢动物群落进行了为期一年的调查研究 ,用 Tullgren分离装置 ,共收集土壤节肢动物 1 95 4 2只 ,隶属 5纲 1 1目 46科 5 8种。螨类和弹尾类共占总捕量的 97.4%,为苔藓土壤节肢动物的优势类群。螨类占苔藓土壤节肢动物种类的 74.2 %,个体数量的 79.7%,是苔藓土壤节肢动物群落的特征类群。优势种跗线螨 ( Tarsone-mus sp.)和真长须螨 ( Eustigmaeus clavated)均取食苔藓 ,并耐受低温 ,跗线螨占节肢动物总捕量的 45 %,真长须螨占 1 5 %。苔藓层节肢动物以螨类的前气门亚目为主 ,多为优势种和常见种 ,个体数量多 ,而土壤层节肢动物以螨类的隐气门亚目和弹尾类为主 ,种类较丰富。苔藓土壤节肢动物群落的多样性指数和优势集中性指数主要由螨类决定 ,受季节的影响明显 ,5月和 1 0月份多样性指数最高 ,1月份最低 ,而 1月优势集中性指数最高     

昆虫杆状病毒表达系统表达人载脂蛋白A-Ⅰ

载脂蛋白apoA-Ⅰ是高密度脂蛋白中最主要的蛋白,在胆固醇代谢及动脉粥样硬化等疾病的发生和控制中有重要作用。为了建立大量生产和制备该蛋白的方法,昆虫杆状病毒表达系统被用来高效表达了两种形式的人apoA-Ⅰ。不带有信号肽序列的proapoA-Ⅰ蛋白表达后主要在细胞内,但在感染的晚期也有相当量的重组蛋白进入细胞培养液中。用蛇磷脂酶A2抑制因子α亚基信号肽序列引导表达的apoA-Ⅰ蛋白在感染早期可以被分泌到培养液中。在此基础上,通过Phenyl Sepharose疏水柱层析,从感染细胞的培养液中初步分离纯化了成熟的apoA-Ⅰ蛋白。这一结果为apoA-Ⅰ的进一步研究和应用奠定了基础。     

水稻OsTB1基因的结构及其表达分析

TCP基因是一类植物中新发现的、可能具有转录因子活性的基因家族,成员包括金鱼草的Cyclodiea (Cyc)、玉米的Teosinte Branched1 (TB1)以及水稻中的PCF1、PCF2等.玉米的TB1基因有维持玉米顶端优势的作用,与分蘖的发生密切相关;水稻和玉米同属禾本科,在发育的过程中都有分蘖的发生.通过筛选水稻的基因组文库,得到了水稻中的一个TB1同源基因Oryza sativa Teosinte Branched1 (OsTB1).该基因不含内含子,基因编码一个长度为388个氨基酸的蛋白,在氨基酸水平上与TB1的同源性为70%,含有保守的TCP区和R区,是属于TCP基因家族的一个成员.RT-PCR和mRNA原位杂交分析结果表明,OsTB1在水稻的侧芽中有很强的表达,在花序中有较弱的表达.以上结果显示该基因可能在水稻侧芽和花序的起始和发育过程中起重要作用.