基于ChIP-Seq进行肿瘤睾丸抗原XAGE-1b基因表达蛋白的DNA结合位点鉴定

XAGE-1b（X antigen family member 1B）属于XAGE亚家族,是一种肿瘤 睾丸抗原（cancer/testis antigen,CTA）,表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步研究XAGE-1b下游调控基因,本实验采用ChIP Seq技术筛查XAGE 1b蛋白质可能存在的DNA结合片段. 结果发现,XAGE-1b下游调控基因富集于细胞分裂（cell division,P-Value＝7.95e-04）、细胞周期调控（cell cycle,P-Value＝5.532e-03）、及癌症相关基因（GESA/MSigDB module_11,P-Value＝2.010e-06）中．同时发现,XAGE-1b下游调控多个基因的表达产物（NCBI/interactions 22827,P-Value＝4.678e-06）能与原癌基因c-Myc的启动子抑制蛋白PUF60发生蛋白质相互作用,并通过qPCR进行了验证．这些研究对阐明XAGE-1b在肿瘤细胞的增殖和转移中的作用有重要意义.     

基于ChIP-Seq进行肿瘤/睾丸抗原XAGE-1b的DNA结合位点鉴定

XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步研究XAGE-1b下游调控基因,本实验采用ChIP-Seq技术筛查XAGE-1b蛋白质可能存在的DNA结合片段.结果发现,XAGE-1b下游调控基因富集于细胞分裂(cell division,P-Value=7.95e-04)、细胞周期调控(cell cycle,P-Value=5.532e-03)、及癌症相关基因(GESA/MSigDB module_11,P-Value=2.010e-06)中.同时发现,XAGE-1b下游调控多个基因的表达产物(NCBI/interactions 22827,P-Value=4.678e-06)能与原癌基因c-Myc的启动子抑制蛋白PUF60发生蛋白质相互作用,并通过qPCR进行了验证.这些研究对阐明XAGE-1b在肿瘤细胞的增殖和转移中的作用有重要意义.     

一个新的人Rb26基因cDNA的克隆、表达及其增强细胞吞噬功能研究

Rab GTPase家族成员基因及其调节囊泡膜运输途径功能已有许多报道,但Rab26蛋白分子的结构和功能仍不清晰.通过生物信息学分析,并在人脑cDNA文库中克隆了一个新的Rab26基因全长cDNA序列,长1 656bp,与已发表的基因序列相比,在48～50位插入了GCC,在956位T被C取代,而在1 197位G被A取代.该序列包含一个771 bp完整的开放阅读框(ORE),编码256个氨基酸残基的Rab26蛋白,分子质量为27.9 ku(GenBank登录号No.AY646153),而非如以往报告的190个氨基酸残基.GFP荧光标记全长Rb26在哺乳动物细胞中表达显示,Rab26主要呈现在细胞膜状结构相联系的分布,发现该基因高表达能显著增强PE标记的红色异源蛋白质的吞噬.还应用逆转录.聚合酶链反应对多种人肿瘤细胞Rb26表达进行了研究,结果显示,Rab26在Acc2、SPC-A1,K562以及HeLa等肿瘤细胞株呈高表达,而在SMMOL/LC-7721、HepG2、Caco2等肝和肠上皮细胞株中则不表达,值得进一步深入研究.     

乙型肝炎病毒疫苗免疫不应答群体中蛋白质组表达差异性的初步研究

以往研究显示,人群中约有10%无法通过接种乙型肝炎病毒(HBV)疫苗而产生保护性水平的应答。为研究HBV疫苗免疫后不应答发生的机制,本研究对108例经正常免疫程序(大连汉信产HBV疫苗,10μg/支,共接种3针)后不同应答水平人群的血浆蛋白质组差异进行分析,将其分为无应答(抗体效价检测结果为阴性)组和高应答(抗体效价约1 000mIU/ml)组。用多重亲和去除系统(MARS)亲和柱去除14种高丰度蛋白后,采用双向荧光差异电泳(2D-DIGE)与基质辅助激光解析电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)相结合的方法,鉴定获得11种差异表达蛋白质。在这些差异表达蛋白质中,α1微球蛋白、激肽原1的表达在无应答人群中较高应答人群上调,而α1抗胰凝乳蛋白酶、维生素D结合蛋白、afamin、抗凝血酶Ⅲ和玻连蛋白表达下调。其中,α1抗胰凝乳蛋白酶、激肽原1和α1微球蛋白的差异性表达进一步得到酶联免疫吸附试验(ELISA)或蛋白免疫印迹法验证。以上蛋白质的表达情况与HBV疫苗免疫应答状况相关,可能成为检测HBV疫苗免疫应答水平的分子标记,为进一步研究免疫不应答机制奠定基础。     

肠道微生物测序研究中不同实验来源差异的综合评价以及应用

肠道微生物测序研究具有将微生物结果转化为人类健康的巨大潜力。16S扩增子测序和宏基因组鸟枪测序(whole-metagenome shotgun, WMS)是微生物组研究中的两大主要方法,各具优势。然而,研究样品的异质性、测序仪和文库制备方法的差异如何影响肠道微生物测序结果的可重复性仍有待深入研究。该研究旨在通过比较粪便样本中微生物组成的差异,为测序技术的选择提供参考标准。3种广泛采用的测序仪的结果显示,WMS法中技术重复相关性(r=0.94)较高,而生物学重复相关性(r=0.69)较低。Bray-Curtis距离表明,生物学重复的差异大于技术重复(P<0.001)。此外,16S和WMS数据集间具有明显的分类学图谱差异。研究结果表明,同质化是样品DNA提取前的一个必要步骤;测序仪对分类学变异的贡献小于文库制备方法。我们开发了经验贝叶斯方法,即在计算中“借用信息”,利用标准化数据和(非)参数先验分布分析批次效应参数,提高了16S和WMS之间的群体可比性,为进一步应用于融合分析已发表的16S和微生物数据集提供了依据。