基因组数据库简介

本文以北京大学生物信息中心安装的3个国际著名基因组数据库GDB、GenoList和Ensembl为基础,介绍目前常用的基因组数据库,包括这些数据数据库的内容、数据格式、使用方法,以及用于构建上述数据库的数据库管理系统。 Abstract:A brief introduction to the genome databases GDB,GenoList and Ensembl is given.These databases,mirrored and maintained at the Centre of Bioinformatics,Peking University,provide useful information for genome research.     

水稻株形对纹枯病抗性的影响

利用240份源于珍汕97B/明恢63的重组自交系水稻(Oryza sativa L.)群体,连续2年调查纹枯病病级与水稻生育期、株高和叶片长宽等18个株形性状的关系.对株形性状与纹枯病病级进行了偏相关分析.实验结果,只有植株松紧度与病级表型偏相关两年中都达到了显著或极显著水平,倒2叶基角、穗层整齐度等8个性状与病级之间的偏相关只有一年达显著或极显著水平.结合构建的分子标记遗传连锁图谱,对各性状进行QTL定位.在抗纹枯病QTL相近区间仅检测到控制分蘖角、植株松紧度和倒2叶基角的QTLS,未发现其余株形性状QTLs与抗纹枯病QTLs分布在同一染色体上.结果表明,水稻对纹枯病的抗性主要是由本身抗性基因控制,株形对纹枯病抗性表达的影响主要是间接影响,即通过改变田间小气候而影响发病程度.抗纹枯病育种在累加主效抗纹枯病QTLs的同时,也要注重选择不利于纹枯病发展的株形性状.     

Studies on Femtosecond Fluorescence Properties of Light-harvesting Complex in Photosystem ￠ò

Fluorescence properties of light-harvesting complex LHCⅡ） in photosystem Ⅱ isolated from spinach (Spinacia oleracea L.) was investigated with the time-resolved fluorescence spectroscopic technique. The sample was excited by double frequency Ti:Al203 laser with 400 nm wavelength and 120 fs width. Fluorescence signal was detected by Boxcar. Three life-time components （320 fs,4.0 ps and 20.0 ps） were obtained by multi-exponential curve model and nonlinear least-square fitting method. Three fluorescence peaks （652 nm, 672 nm, 691 nm） were obtained by Global analysis and Gauss curve fitting. These components were analyzed according to the structural and fluorescence spectroscopic property of LHCⅡ. The fluorescence ratio of each component to that of all the component was 3.4%, 50% and 46.6% respectively. The possible model of energy transfer in LHCⅡ was discussed.     

沙地云杉幼苗根表土体中NPK的梯度分布

采用水平根和垂直根两种处理方法对6年生沙地云杉幼苗进行栽培实验,应用分层取样方法对幼苗根表不同距离土体进行取样,并测定不同层次土体中速效N、速效P、速效K的含量。结果表明,在沙地云杉根表不同距离的土体中,速效N、P、K呈现有规律的梯度分布,即在根表近距离土体中营养元素由于根系的吸附作用而含量较高,同时根系生命活动对营养元素的大量消耗又使得营养元素随即出现严重的亏缺区,再向外延伸营养元素含量又逐渐上升而达到土壤本底值,在水平根处理中,由于沙地云杉对N、P、K吸收和利用的强度不同,亏缺区出现的位置不同,速效N和速效K的亏缺区出现在距离根表1cm处;速效P出现在距离根表0．5cm处,在垂直根处理中,速效N、速效P、速效K的梯度变化与水平根处理的相似速效N和速效K亏缺区出现在距离根表大约1cm处,而速效P在根表附近土壤中的含量始终少于根表远处,说明沙地云杉幼苗对速效P的吸收和利用强度大,速效P可能成为沙地云杉生长发育的限制因子。因此,在沙地云杉引种栽培时,应该选择含P丰富的土壤,或者对林地适当施用一些P肥。     

葛藤节肢动物类群结构动态

本文利用群落结构的有关指数(物种数S、丰富度指数R、多样性指数H、H'、D和DMc、均匀性指数J'、优势度指数d和优势集中性指数C)分析了葛藤节肢动物类群结构变化动态.结果表明,葛藤节肢动物类群丰富度和多样性一年中出现两个高峰,一个在五月下旬,一个在十一月上中旬,在第一个峰期,S,R,D,H',H和DMc的值依次为38.00,6.0205,0.9056,4.0205,3.8560和0.7207,在第二个峰期,上述指数依次为34.00,6.6661,0.9245,4.2124,3.6779和0.7808;均匀性在一至四月变化较剧烈,最大值0.8899出现在1月中旬,最小值0.5765出现在二月下旬,其它时间较为平稳;优势集中性和优势度指数的变化趋势一致,其高峰值出现在二月下旬至三月上旬.分析表明,多样性和优势集中性变化趋势往往相反,即物种越丰富,多样性越大,相应的优势集中性就越小,反之就大;均匀性与多样性关系密切,即群落多样性较高时均匀度变化较为平稳,反之,就剧烈.     

Location and Analysis of Introgressed Segments in the Parthenogenetic Progenies of Zea mays×Z.diploperennis by GISH

玉米×二倍体多年生类玉米孤雌后代渗入片段的GISH定位分析     

上海部分地区戊型肝炎病毒(HEV)基因型的分析

为了解戊型肝炎病毒(HEV)在上海部分地区流行的基因型,采用RT-nPCR的方法检验35例急性散发性戊型肝炎患者中HEV RNA,并对阳性产物进行克隆测序,然后对其基因型进行分析.结果显示在35例急性散发性戊型肝炎患者中PCR阳性为9例,测序证实8例为HEV的基因序列;其中1例为HEV 1型,7例为HEV 4型.提示在上海部分地区的急性散发性戊型肝炎中以HEV 4型感染为主.     

《人类最后的宝藏——生态景观浏览》——一部图文并茂、深入浅出的生态学著作

由美国大沼地国家公园自然资源研究中心研究员董全和美国吐丽都大学教授陈吉泉合著的《人类最后的宝藏——生态景观浏览》2002年由福建教育出版社初版,2004年再版。此书用丰富多彩的照片和简明扼要的语言,向读者介绍了生物多样性、生态系统和令人心驰神往的大自然景观,是一部难得的将生态学基本知识,特别是将景观生态学与优美壮观的自然景观图片和生动通俗的文字融合一体的好书。不但值得从事生命、地质、地理和环境科学教学和研究人员、大学生以及研究生阅读,也是一本适合广大爱好自然的读者甚至各级领导干部阅读的科普图书。在中国经济迅猛发展和乡村城市化加剧的今天,此书的出版,对我们在振兴经济的同时,保护好我们的大自然母亲,无疑会起到一定的启示作用。     

通过原位反转录研究MADS盒基因M79的时空表达模式

通过设计可以引发特定mRNA进行转录的特异引物,采用了一种新的原位反转录的方法检测mRNA,这种原位反转录的方法是把原位杂交和反转录进行有机结合的结果,其实用性能和关键步骤都已进行优化.研究表明,只要设立合适的对照原位反转录方法,检测mRNA的灵敏度高、假阴性和假阳性率低.用这种方法对一个属于AGL2亚组的水稻(Oryza sativa L.)的MADS-盒基因M79的表达进行了分析,结果表明,在水稻从营养到生殖的各个发育阶段,M79均有表达,与平行进行的传统原位杂交的方法得到的结果类似.相对而言,原位反转录法耗时短、容易操作,可以成为一种可靠的原位定位mRNA的基本技术.