忽地笑二级侧脉凸起突变体相关基因表达差异分析与克隆

忽地笑Raised Secondary Lateral Veins (RSLV)突变体平行脉间横向二级侧脉显著凸起, 生长不良, 雄蕊完全退化。本研究利用表达型噬菌体载体ZAP构建了野生型和突变体忽地笑叶片cDNA文库, 分别随机挑取cDNA克隆进行5′端测序, 共得到3,122条有效ESTs。利用这些ESTs序列, 选择非冗余基因, 设计512条70 mer的特异性序列为寡核苷酸探针, 制作芯片, 对忽地笑野生型和突变体叶器官进行基因表达谱分析。进一步采用实时定量PCR技术验证芯片实验结果, 最终确定所检测的基因中, 有5个基因在突变型和野生型间表达差异显著, 分别是韧皮部蛋白2 (phloem protein 2, PP2)、铁蛋白(ferritin)、果胶甲酯酶(pectin methyl esterases, PMEs), 以及叶绿素a/b结合蛋白和丙酮酸脱羧酶等。克隆获得了其全长cDNA, 并探讨了这些差异基因与忽地笑突变型形成的可能关系。     

上海地区新入侵草坪害虫早熟禾拟茎草螟的鉴定及危害

在上海发现一种取食观赏草坪矮生百慕大Cynodon dactylon的草螟科新害虫。为了明确这一新害虫的分类地位、 寄主及危害状况, 本研究在形态鉴定的基础上, 结合线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ （COI/cox1）的测序和比对方法, 对其分类地位进行了核实; 并调查了其在上海地区草坪草上的发生及危害现状。形态鉴定结果表明, 这一新害虫为原产于北美的早熟禾拟茎草螟Parapediasia teterrella, 是中国新记录属种。序列比对显示, 目标样本656 bp的cox1序列与NCBI中已提交的P. teterrellus的4个COI条形码序列覆盖率为100%, 同源性达100%, 表明分子遗传数据支持形态鉴定结果。调查发现, 早熟禾拟茎草螟寄主主要为矮生百慕大, 已在上海多个区县形成危害, 局部地区危害严重, 种群密度最高的区域达740头/m²。早熟禾拟茎草螟是中国新发现的入侵害虫, 已明确其在上海地区能定殖、 扩散, 并形成经济危害, 其入侵将威胁我国草坪产业和园林绿化的健康发展, 需引起足够重视。     

基于网络特征的药物靶蛋白识别

蛋白质很少孤立得发挥作用,往往通过网络中彼此互作来共同行使功能.因此分析药物靶蛋白在生物学网络中的性质将十分有助于从信息学角度理解药物的作用机制.但目前尚无研究对药物靶蛋白在人类蛋白质互作网络中的拓扑特性给与具体的分析和描述.本文首先将药物靶蛋白映射到人类蛋白质互作网络中,进而分析了药物作用靶蛋白在互作网络中的5种拓扑指标,并与互作网络中全蛋白质组集合及非药物靶点集合的拓扑指标进行了对比.结果显示,药物靶蛋白之间具有更高的连通性,信息能够得到更快得传递.基于这些拓扑特征,将互作网络中的所有蛋白进行排序.发现排序在前100位的蛋白中有48个是Drugbank中记录的药物靶点,另外的52个蛋白中有9个蛋白已在TTD,Matador等数据库中被记录为药物靶点,还有部分蛋白通过文献检索被证实为药物靶点.     

特征代谢通路上的基因表达相关性及共调控表达模式

利用随机森林-通路分析法,通过袋外样本OOB的分类错误率筛选特征代谢通路,在特征通路上作基因表达相关性研究并对通路上的基因采用MAP(Mining attribute profile)算法挖掘不同实验条件下基因的共调控表达模式,对共调控表达模式进行聚类.分析结果显示同一特征代谢通路上的基因表达倾向相似,有2条特征代谢通路存在共表达模式.其中一条通路含108个表达模式,对这些模式进行聚类,其最低聚类的相似系数仍高达0.623.说明同一特征代谢通路上的基因共表达模式在不同实验条件下仍具有高度的相似性.对以通路作为基因模块进行复杂疾病的研究具有借鉴意义.     

贵州熊家场寒武系梅树村阶磷块岩中小壳动物化石微结构特征及与成磷关系分析

寒武纪早期是全球小壳动物化石大幅射的时期,贵州寒武纪初期磷块岩中就含有大量种类丰富的小壳动物化石,而前人对其研究多局限于外观形态的描述,对其微观结构方面的研究较少。文中通过对贵州熊家场地区磷块岩中小壳动物Turcutheca,Paracircotheca,Loculitheca zhijinensis以及Protospongia化石进行电子显微镜观察,描述其显微结构特征。并对Turcutheca,Paracircotheca进行重点生物结构研究,探讨其壳体形态、生长发育方式。通过对小壳动物化石壳体进行SEM-EDS分析,确定组成壳体主要成分为碳氟磷灰石。另外,对化石Turcutheca内核填充部分、壳壁、围岩进行EDS能谱分析,及其元素特征进行对比,初步探讨生物体与成磷之间的关系,认为寒武纪早期小壳动物的繁盛对同期磷块岩的形成起到了至关重要的作用。     

“重悬法”制备低等动物染色体

本文介绍利用"离心重悬法"对低等扁虫类生物染色体的制备方法,此法改进了以空气干燥法为主的对低等扁虫类动物染色体的制备方法。结果表明:能得到形态更清晰的中期分裂相,有利于对染色体的进一步统计分析。     

新型冠状病毒肺炎感染病例中鼻咽拭子与咽拭子标本的病毒核酸检验结果分析

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)主要通过飞沫和密切接触传播,传染性强,目前在全球蔓延,给人的身体健康及世界公共卫生安全造成了严重的损害。病毒核酸检验是新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例确诊的金标准。本研究分别采集武汉江夏方舱医院67例确诊为COVID-19病例的鼻咽拭子与咽拭子标本送检,进行SARS-CoV-2核酸检验。其中28例患者鼻咽拭子病毒核酸呈阳性,13例患者咽拭子病毒核酸呈阳性,26例患者鼻咽拭子与咽拭子病毒核酸均为阴性。本研究结果提示,鼻咽拭子送检标本病毒核酸检验结果优于咽拭子标本(P<0.05)。     

重庆市西北涪江流域旧石器考古调查

2022年3-4月，重庆市文物考古研究院与西北大学文化遗产学院联合在渝西北涪江流域开展了旧石器考古专项调查。调查队在涪江下游各级阶地新发现旧石器地点46处，采集石制品833件，绝大部分石制品因脱层而暴露于地表，少量出自地层断面。石制品原料单一，剥片技术多样，类型丰富，形态与尺寸差异极大。从技术与类型方面来看，至少包含了砾石石器工业、石片石器工业和阿舍利石器工业，尤其是手斧、手镐、薄刃斧等器物组合和大石片技术产品是本次调查的主要发现。综合地质、阶地地貌及地层堆积物特征分析，这些遗址的时代跨度可能不大，大致应集中在中-晚更新世。本次调查发现表明，涪江流域也是古人类迁徙扩散和生存演化的活跃地带，尤其是对阿舍利手斧技术的分布和传播路径研究具有重要意义。     

长江下游外来生物福寿螺的种类及其种群遗传结构

福寿螺(Pomacea spp.)已广泛分布在我国长江以南各省,且逐年向北扩散。本研究采集了长江下游上海及江苏分布区11个种群的福寿螺样品,测序获得270条线粒体COI基因序列,生成10个单倍型(Hap1–10)。基于遗传距离及系统发育分析将Hap1–9鉴定为小管福寿螺(Pomaceacanaliculata),Hap10为斑点福寿螺(P.maculata)。其中,小管福寿螺在所有采样点均有分布; AMOVA层次分析将小管福寿螺种群分成跨长江分布的3个组群,且分子变异主要来源于组群间。进一步结合已发表的我国其他地区(大陆和香港),以及日本和原产地阿根廷、巴西种群的福寿螺序列,形成包含972条COI序列的数据集进行种群遗传学分析。单倍型网络分析中,所采集的小管福寿螺种群分布于3个包含阿根廷单倍型的子网络,其中包含Hap5和Hap7的子网络在我国首次被发现,表明长江下游地区小管福寿螺从阿根廷多次入侵,并发现一个新的入侵历史事件。斑点福寿螺仅在长江以北江苏地区检测到,单倍型Hap10也是我国大陆其他地区的主要单倍型,表明长江以北江苏地区的斑点福寿螺可能由国内已有分布区扩散而来,均起源于巴西。...     

宁夏地区5株GI型诺如病毒的全基因组序列分析

为分析宁夏地区GI型诺如病毒全基因组序列，了解其基因结构特点及进化特征。对2019-2021年宁夏腹泻患者粪便标本进行GI/GII型诺如病毒初筛，GI型阳性样本扩增其聚合酶（RdRp）-衣壳蛋白（Capsid）区基因，利用BLAST及诺如病毒在线分型网站进行型别鉴定后，选取Ct≤30的样本进行全基因组序列测序，使用MEGA-7、Simplot和BioEdit等软件进行相关分析。本研究共收集腹泻患者粪便标本4 249份，检出GI型诺如病毒阳性样本57份，获得RdRp-Capsid区基因序列11株及全基因组序列5株。11株GI型诺如病毒鉴定后分别属于GI.3[P13]、GI.3[P10]、GI.5[P4]和GI.6[P11]4种型别。5株全基因组株中，SZS21-047和HY21-029在靠近ORF1与ORF2重叠区发生重组，3个GI.3型及1个GI.5型毒株与各型原型株之间在衣壳蛋白P2区存在多处位点变异。宁夏地区GI型NoV型别多样，重组和变异频繁，故应加强本地区诺如病毒监测，为疫情防控提供理论依据。