蜜蜂球囊菌菌丝和孢子中毒力因子相关全长转录本的鉴定及分析

[目的]蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis是一种专性侵染蜜蜂幼虫而导致白垩病的致死性真菌病原.基于前期已获得的高质量纳米孔(Nanopore)长读段测序数据,对蜜蜂球囊菌菌丝(AaM)和孢子(AaS)中的毒力因子相关全长转录本进行鉴定和分析,为毒力因子相关剪接异构体的功能研究提供参考信息和基础.[方法]利用BLAST工具,将AaM和AaS中的所有全长转录本比对Nr数据库,以鉴定蜜蜂球囊菌的毒力因子(几丁质酶、脂肪酶、水解酶和蛋白酶)相关的全长转录本.使用minimap2软件,将AaM和AaS中的全长转录本序列与蜜蜂球囊菌参考基因组注释的已知转录本序列进行比对,将比对到参考基因组的全长转录本进行归一化处理,再通过每百万计数法(Counts per million,CPM)计算毒力因子相关全长转录本的表达量.利用百迈克云平台的相关工具绘制转录本的表达量聚类热图.通过IGV浏览器对部分毒力因子相关全长转录本结构进行可视化.[结果]在AaM鉴定到毒力因子相关的367个基因及407个全长转录本,包括12条几丁质酶相关全长转录本,48条脂肪酶相关全长转录本,289条水解酶相关全长转录本,58条蛋白酶相关全长转录本.在AaS鉴定到毒力因子相关367个基因及400个全长转录本,包括14条几丁质酶相关全长转录本,63条脂肪酶相关全长转录本,267条水解酶相关全长转录本,56条蛋白酶相关全长转录本.另外,AaM和AaS特有的毒力因子(几丁质酶、脂肪酶)相关全长转录本分别有0条和17条,共有的毒力因子相关全长转录本有60条.进一步分析发现,蜜蜂球囊菌的部分毒力因子基因可通过可变剪接形成多条剪接异构体.[结论]共鉴定到蜜蜂球囊菌毒力因子(几丁质酶、脂肪酶、水解酶和蛋白酶)相关的367个基因和486条全长转录本;相比于蜜蜂球囊菌参考基因组注释的转录本,绝大多数毒力因子基因对应的全长转录本数量更多且结构更为复杂.研究结果丰富了蜜蜂球囊菌毒力因子相关基因和转录本的注释信息,为毒力因子相关剪接异构体的功能研究提供了基础,也为白垩病防控提供了潜在靶点.     

基于PacBio测序数据的蜜蜂球囊菌SNP与InDel位点发掘及分析

[目的]本研究拟利用已获得的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝的PacBio单分子实时(single molecule real-time,SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion-deletion,...     

凡纳滨对虾7个不同家系遗传差异的微卫星标记分析

应用7对微卫星引物对凡纳滨对虾3个世代共7个家系进行了遗传多样性分析,共检测到20个等位基因,每个位点的等位基因数为2-3个,平均为2.86个,观测杂合度(H0)、期望杂合度(H0)、多态信息含量(PIC)分别为0.47-0.90、0.50-0.66、0.37-0.58,平均为0.61、0.60、0.51,说明凡纳滨对虾具有较高的遗传杂合水平.F2代的多样性水平略高于F1代,而F3代则明显低于F1代和F2代.两两家系间的遗传分化指数FST介于0.01-0.34之间,其中C-F1和L-F1家系之间FST最小(0.01),C-F1和O-F3家系之间FST最大(0.34),表明世代间的家系遗传分化程度大于同一世代的家系.各家系间的Nei's遗传距离和FST分析结果相一致,表明凡纳滨对虾世代间具有明显的遗传分化.本试验将为开展凡纳滨对虾家系选育工作提供理论依据和技术指导,并对甲壳动物的遗传选育具有参考价值.     

广东沿海的砂壳纤毛虫及3种国内新纪录

对广东沿海的砂壳纤毛虫进行了初步研究,涉及7属16种,其中3种确定为中国的新纪录:僧帽壳铃虫Codonella apicata Kofoid&Campbell,1929,陀螺形拟铃虫Tintinnopsis turbo Meunier,1919和膨胀细壳虫Stenosemella expansa Wailes,1925。另有3种为我国亚热带海域的新纪录:筒状拟铃虫Tintinnopsis tubu-losoides Meunier,1910,罗氏拟铃虫Tintinnopsis lohmanni(J rgensen,1927)Laackmann,1906和贪婪铃壳虫Codonella rapa Kofoid&Campbell,1929。其余10种为常见种:百系拟铃虫Tintinnopsis beroidea Stein,1867,尖底拟铃虫Tintinnopsis acuminata(Daday,1887)Kofoid et Campbell,1929,妥肯丁拟玲虫Tintinnopsis to-cantinensis Kofoid&Campbell,1929,筒状拟铃虫Tintinnopsis tubulosoides Meunier,1910,管状拟玲虫Tintinnopsis tublosa Levander,1900,长形拟铃虫Tintinnopsis clongata Daday,1887,罗氏拟铃虫Tintinnopsislohmanni(J rgensen,1927)Laackmann,1906,小领细壳虫Stenosemella parvicollis(Marshall,1934)Hada,1935,钟状网纹虫Favella campanula(Schmidt,1901)J rgensen,1924和贪婪铃壳虫Codonella rapa Kofoid&Camp-bell,1929。文章对其形态分类学做了简要描述。     

川西亚高山针叶林林窗特征的研究

为探讨川西亚高山针叶林的林窗干扰特征 ,对王朗自然保护区的这一植被类型进行了调查 ,分析了该类型森林中林窗的数量、大小、形状及其成因 ;林窗形成木 (GM )的类型、数量和物种构成。结果表明 ,在川西亚高山原始针叶林林区 ,大多数形成木都是因树木达到一定年龄后衰老等原因引起其抗性下降而死亡的 ;由树木基折形成的林窗最为普遍 ,占 5 1 2 3% ,由干折形成的占 2 0 37% ;单株形成木林窗几乎达到所调查林窗的一半 (占总数的 4 6 99% ) ,平均每个林窗拥有 1 95株形成木。扩展林窗大小多在 10 0～ 4 0 0m2 ,10 0～ 2 0 0m2 所占的数量比例最大 ,占 2 6 5 1% ;而 30 0～ 4 0 0m2 所占的面积比例则最大 ,占 2 2 6 4 %。冠空隙的面积多在 2 0 0m2 以下 ,其中以 5 0～ 10 0m2 所占的数量比例和面积比例均为最大 ,分别为 32 5 3%、17 72 %。冠空隙、扩展林窗的平均面积为 71 6 8m2 、15 4 14m2 。     

悬游双眉虫(原生动物,纤毛门)无性生殖期间的形态发生

应用蛋白银染色技术研究了悬游双眉虫青岛种群无性生殖期间皮层结构和核器的演化过程,其主要特征为:后仔虫口原基独立地出现于紧靠虫体左侧第一根横棘毛的皮层下小龛,其中毛基粒不参与其它棘毛原基的形成;老的口围带发生后半部的局部重建而非整个的由前仔虫简单继承;在前仔虫中,波动膜原基来自老结构的反分化,而在后仔虫中则来自口原基;所有棘毛原基均为独立发生并与老结构没有任何关系;在前仔虫中,口棘毛(即左侧第一根额棘毛)来自于波动膜的反分化,而在后仔虫中则为独立发生;背触毛列于老的结构当中产生,并由最右一列原基演化出3根尾棘毛;两大核片段的改组带从一端向另一端移动 ,并随着两者的融合而消失.文中同时对前人有关该属发生模式的若干存疑问题做了探讨 [动物学报 54(3):517-524,2008].     

四川省黄龙自然保护区种子植物区系研究

在对四川省黄龙自然保护区初步调查的基础上,对其种子植物科、属、种分布区类型进行了统计和分析。结果表明：（1）区内有种子植物74科,208属,474种;（2）植物区系优势科、属明显。含20种以上的优势科数虽只占总科数的8.7％,但其所含属数和种数却分别占总属数和总种数的38.94％和44.09％;含5种以上的26个优势属所含的种数占区内总种数的37.34％,这些科、属在本区系组成中占明显的主导地位;（3）在科、属、种3个层次上,植物区系均表现出明显温带性质。尤其在属级水平上,温带分布占总属数的82.89％,其中北温带分布占总属数的49.73％,表现出明显温带性质,并以北温带成分为主;（4）中国特有种丰富,达314种,占区内总种数的66.39％;（5）植物区系起源古老,地理成分复杂;（6）本植物区系与西南西北地区,特别是云南地区联系紧密。     

红色伪角毛虫的形态学重描述及与相近种的比较(纤毛门,腹毛目)

利用活体观察、蛋白银染色技术对1种海水腹毛目纤毛虫-红色伪角毛虫Pseudokeronopsis rubra的青岛种群之活体形态和纤毛图式做了研究.其特征如下:虫体呈长带状,尾钝圆,身体柔软,高度可曲;皮层颗粒棕黄色,主要呈玫瑰花形分布,其余散布;表膜下具另1种无色、双面凹形颗粒.口围带小膜数为48～55;左、右缘棘毛各1列,中腹棘毛排成典型的锯齿状并延伸至横棘毛附近;额棘毛无明确分化,呈冠状排布并与中腹棘毛列相连续;口棘毛1根,额前棘毛2根;背触毛4列.大核90～140枚.伸缩泡位于体后左侧1/3处.经比较表明,尽管纤毛图式高度相似,P.rubra仍可以很容易地依据体色、伸缩泡的位置、皮层颗粒的大小、颜色、排布等活体特征与相近种区分.说明活体观察在纤毛虫种类鉴定中具有十分重要的作用.     

模拟增温引发的早春冻害：以岷江冷杉为例

以全球变暖为主要特征的全球气候变化已经并正在改变着陆地生态系统的结构和功能.现存植被与环境间的关系是经过漫长自然选择而形成的,因此植物物候变化可能会影响物种与环境间的相互关系.采用开顶式生长室(Open-top chamber,OTC)和移地试验(transposing of surface soil with vegetation,TSSV)模拟增温的方法,研究了川西亚高山岷江冷杉幼苗物候和冻害对模拟增温的短期响应.结果表明,生长季中OTC内日平均气温较对照增加2.2 ℃,高海拔(3 200 m)比低海拔(2 600 m)日平均温度低2.5 ℃.在两种研究方法下,温度升高都使岷江冷杉芽开放提前,休眠期推迟,生长季延长.温度升高使岷江冷杉幼苗新生芽遭受严重的冻害.结果表明,在未来全球气候变化的背景下,高海拔物种遭受早春冻害的可能性大.     

抗A型产气荚膜梭菌α毒素全人源双价单链抗体的构建、表达及其活性的初步研究

目的:为防治A型产气荚膜梭菌α毒素引起的肠毒血症及气性坏疽等相关疾病,构建并高效表达中和α毒素(CPA)的特异性双价单链抗体,并对其生物学活性进行初步研究。方法:以全人源噬菌体抗体库中筛选得到的抗A型产气荚膜梭菌α毒素单链抗体sc Fv基因为模板,PCR的方法扩增两条单链抗体片段并通过引物设计引入中间连接肽G4S或(G4S)3,亚克隆至原核表达载体p ET-28a(+),转化E.coli BL21,IPTG诱导表达、鉴定及表达产物的层析纯化;Western blot和间接ELISA方法检测与抗原的免疫结合活性;通过体外检测抗体抑制CPA水解卵磷脂的活性和溶血活性以及体内小鼠攻毒保护试验初步研究双价单链抗体的生物学活性。结果:双酶切鉴定及基因测序结果表明构建的双价单链抗体sc(Fv)2-5和sc(Fv)2-15均正确,诱导表达后经12%SDS-PAGE分析,两者均以包涵体形式表达且蛋白分子量符合理论值大小,Western blot和间接ELISA分析结果显示,构建的双价单链抗体与抗原CPA具有特异结合活性,且sc(Fv)2-15与抗原的结合活性明显高于sc(Fv)2-5和sc Fv,体外与体内生物活性试验结果进一步证明,sc(Fv)2-15中和毒素的能力较sc(Fv)2-5和sc Fv具有明显优势。结论:成功制备了抗A型产气荚膜梭菌α毒素的全人源双价单链抗体,为进一步研究该毒素引发的各类疾病的诊断和治疗奠定了基础。