| 基于PacBio测序数据的蜜蜂球囊菌SNP与InDel位点发掘及分析 |
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| 引用本文： | 蔡宗兵,张文德,隆琦,余岢骏,孙明会,吴鹰,许雅静,刘佳美,郭意龙,徐细建,陈大福,郭睿.基于PacBio测序数据的蜜蜂球囊菌SNP与InDel位点发掘及分析[J].昆虫学报,2022(2):187-196. |
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| 作者姓名： | 蔡宗兵 张文德 隆琦 余岢骏 孙明会 吴鹰 许雅静 刘佳美 郭意龙 徐细建 陈大福 郭睿 |
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| 作者单位： | 1. 福建农林大学动物科学学院(蜂学学院);2. 江西省养蜂研究所;3. 福建农林大学蜂疗研究所 |
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| 基金项目： | 国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目(CARS-44-KXJ7)； |
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| 摘 要： | 【目的】本研究拟利用已获得的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝的PacBio单分子实时(single molecule real-time, SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)和插入缺失(insertion-deletion, InDel)突变位点进行发掘和分析，旨在丰富蜜蜂球囊菌的SNP和InDel位点信息，并为新型分子标记的开发和应用提供基础。【方法】采用SAMtools对蜜蜂球囊菌菌丝PacBio SMRT测序数据进行全长转录本识别，再利用ANNOVAR软件将识别的全长转录本与蜜蜂球囊菌参考基因组(assembly AAP 1.0)进行比对以检测和分析SNP位点和InDel位点。通过相关生物信息学软件将上述SNP位点和InDel位点基因分别比对GO和KEGG数据库进行功能和通路注释。【结果】在蜜蜂球囊菌菌丝中共鉴定到6 743个SNP位点，主要分布于外显子，包括6 091个纯合位点和652个杂合位点；其中发生转换和颠换的SNP位点分别有4 887和1 856个；SNP位点密码子突变类...
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| 关 键 词： | 蜜蜂球囊菌 第三代测序技术 单分子实时测序 单核苷酸多态性 插入缺失 |
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