一株抗MRSA内生细菌的鉴定及其活性物质

根据生理生化特征和16S rDNA序列,对一株从新疆苦豆子Sophora alopecuroides中分离的、对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)具有较强拮抗作用的内生细菌菌株KDNB6进行鉴定;并通过硅胶柱、凝胶柱层析从该菌发酵产物中分离纯化了抗MRSA的活性物质。结果表明菌株KDNB6各项特征与粘质沙雷氏菌Serratia marcescens最为接近,鉴定为S.marcescens。从菌株KDNB6的代谢产物中分离到一个抗MRSA的活性成分。     

一株新的耐辐射菌WGR702的分离鉴定及耐辐射特性

从辐射污染的土壤中分离到一株新的耐辐射菌WGR702.该菌为革兰氏阳性球菌,直径1.5 μm～2.5μm.菌体呈粉红色、能运动、兼性厌氧及不产孢子.其生长温度和pH范围分别为10℃～35℃和pH 5.0～10.0.(G C)mol%含量为60.5%.UV和γ射线辐射检测表明WGR702具有很强的耐辐射性.16S rDNA序列(EU315117)分析表明,菌株 WGR702与沙雷氏菌属(Serratia)菌株16S rDNA序列有很高相似性(94.79%～98.53%),但与沙雷氏菌属已报道菌株最大不同点是菌株WGR702细胞为球状,且革兰氏阳性.结合形态、生理生化特征分析表明菌株WGR702可能是沙雷氏菌属(Serratia)的一个新种.     

一株基因克隆干扰菌的鉴定及其发酵液降解DNA活性分析

旨在寻找导致基因克隆失败的原因,检测整个电泳环境中是否存在对DNA有强降解力的菌株。依据菌体形态,革兰氏反应以及16S rDNA序列对DNA降解菌株进行鉴定,琼脂糖凝胶电泳分析菌株对DNA的降解活性。结果显示,从DNA电泳槽中分离到了一株菌,革兰氏染色鉴定为阴性菌,对该菌进行液体培养,利用质粒pUC19作为底物,检测该菌发酵液对DNA的降解能力,发现该菌发酵液能够迅速并彻底地降解DNA,其最佳降解温度为45℃,将该菌命名为DD(DNA degrading)。对该菌的16S rDNA进行测序比对后,发现其与粘质沙雷氏菌(Serrtia marcescens)的16S rDNA序列同源性高达100%。结合菌体形态,革兰氏反应以及16S rDNA序列结果,DD菌株为一株粘质沙雷氏菌,DNA降解活性分析显示其具有很强的DNA降解能力。     

粘质沙雷氏菌产灵菌红素培养基的筛选

目的：确定菌株S418产生灵菌红素的最优培养基配方及其的分类地位。方法：以花生粉为基础培养基,通过单因素试验和四因素三水平正交试验筛选出了菌株S418产灵菌红素的最佳培养基配方;根据该菌株的16S rRNA基因序列系统发育树分析初步确定了菌株S418的分类地位。结果：培养基最优配方为：花生粉2%,花生油0.5%,L-脯氨酸1%,硫酸镁0.025%。在28℃、pH7.5、250r/min振荡培养24h,灵菌红素产量达67.92mg/L。菌株S418初步鉴定为粘质沙雷氏菌（Serratia marcescensS418）。结论：花生粉培养基是一种适合粘质沙雷氏菌产灵菌红素的优良培养基。     

红色素高产菌株分子鉴定及其稳定性研究

从土壤中分离得到一株高产红色素菌株jX1,鉴定结果表明:该菌在分类学上属于肠杆菌科,其16S rDNA序列与沙雷氏菌(Serratia marcesens)同源性最高.实验通过全波段扫描、红外光谱、TCL、LC/MS等对此红色素进行结构鉴定.确定含有灵菌红素,并研究该色素在不同条件(光照、温度,pH、金属离子、防腐剂,氧化剂、还原剂、食品添加剂)下的稳定性,以便为其进一步开发应用提供基础数据.     

兼性厌氧纤维素菌的分离与系统发育分析

从四川卧龙中国保护大熊猫研究中心提供的野外放归大熊猫“祥祥”的粪样中,分离到一株产纤维素酶的兼性厌氧菌株。该菌株经初步生理生化鉴定为肠杆菌科沙雷氏菌（Serratia）,命名为Serratia JF-1116。用PCR技术扩增了该菌的16S rDNA全序列,并对其进行了克隆和测序,对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,所有与该序列高度同源的序列均为肠杆菌科的16SrDNA基因序列,选取同源性高的菌株的16SrDNA基因序列进行系统发育分析,菌株与3株Serratia聚类在一起。     

粘质沙雷氏菌发酵生产D-乳酸的研究

本文对粘质沙雷氏菌发酵生产D-乳酸进行了研究。以粘质沙雷氏菌G1(Serratia marcescens G1)为出发菌种,摇瓶试验确定了发酵培养方式:前12 h为菌体生长阶段,有氧培养,温度28℃,pH值7.0;后36 h为D-乳酸合成积累阶段,无氧培养,温度44℃,pH值6.0。且发现使用葡萄糖为碳源时更有利于D-乳酸的合成积累。采用缺失2,3-丁二醇合成能力的基因工程菌株R1为出发株,经筛选后得到耐受较高浓度乳酸盐的菌株R150,以R150为发酵菌种,在3.7 L发酵罐上采用两阶段发酵法,并通过增加起始菌体浓度的方法,发酵生成的D-乳酸浓度达到83.5 g/L,光学纯度达到98.9%。本研究成果为使用粘质沙雷氏菌发酵生产D-乳酸的深入研究打下了基础。     

柑橘黄龙病罹病植株显症差异组织内生细菌群落结构分析

【目的】分离鉴定同株罹病柑橘黄龙病植株不同显症状况组织的内生细菌,寻找与黄龙病菌[‘Candidatus Liberibacter asiaticus’(Ca.Las)]相互作用的优势菌株。【方法】利用基于16S rDNA的PCRDGGE(Denaturing gradient gel electrophoresis)分析同一柑橘黄龙病罹病植株的显症和未显症组织内生细菌多样性,并用定量PCR方法,对果、枝、叶3种组织黄龙病菌、优势菌株及细菌总数进行检测。【结果】结果显示显症和无症组织所带黄龙病菌差异很大,显症部位病菌量明显高于无症部位。分析显症和无症组织内生细菌DGGE图谱显示,同一组织内生菌群结构基本相同;对图谱中17条明显条带回收克隆测序,发现其中8个条带均属于沙雷氏菌属(Serratia),占总条带数的47.06%。序列分析显示这8条序列为粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)不同的菌株(序列相似性为99.63%)。定量分析各差异显症部位单位组织内的粘质沙雷氏菌和细菌总数,发现相同部位的总细菌量差异不显著,但粘质沙雷氏菌与黄龙病菌的量呈负相关。【结论】柑橘黄龙病病株中,各部位所带病菌量不均匀,是否显症与组织内柑橘黄龙病菌的量呈正相关,内生菌群总量与显症无相关性,但粘质沙雷氏菌与黄龙病菌的量呈负相关。粘质沙雷氏菌与黄龙病菌在韧皮部细胞内增殖过程中的相互作用值得深入研究。     

粘质沙雷氏菌产几丁质酶发酵条件的研究

目的：通过对粘质沙雷氏菌发酵条件的优化,提高其产几丁质酶的能力。方法：以实验室保存菌种粘质沙雷氏菌S418为对象,通过单因素试验和三因素三水平正交试验筛选出了菌株S418产几丁质酶的最佳培养基配方及培养条件。结果：该菌种产酶的最佳发酵条件：0.2%（w/v）胶体几丁质,1%蛋白胨,0.05%KH2PO4,在28℃、pH7.0、接种量6%,培养72h,酶活达到5.49U/mL。结论：优化后菌株S418产几丁质酶的条件。     

块根芍药产红色素内生菌XJU-PA-6的分离鉴定

目的：从块根芍药中分离出一株产红色素的内生菌并对其进行鉴定。方法：通过PCR方法扩增XJU-PA-6的16S rD-NA,并与GeneBank中已鉴定菌的16S rDNA序列对比,用N-J方法构建系统进化树,用Bootstraping法对其评估。同时结合其形态特征、生理生化检测、G＋C mol %含量对XJU-PA-6进行鉴定。并利用紫外-可见光谱法对XJU-PA-6产生的红色素进行分析。结果：XJU-PA-6的16S rDNA序列与EF195349 Serratia sp.同源性为99 %,G＋C mol %含量为57.8mo1 %。红色素的最大吸收波长为533.8nm。结论：将菌株XJU-PA-6鉴定为粘质沙雷氏菌。XJU-PA-6产生的红色素初步推测为灵菌红素。     

Characterization of a bacteriocin-like substance produced by Bacillus amyloliquefaciens isolated from the Brazilian Atlantic forest.

A Bacillus strain producing a bacteriocin-like substance was characterized by biochemical profiling and 16S rDNA sequencing. Phylogenetic analysis indicated that the strain has high sequence similarity with Bacillus amyloliquefaciens. The antimicrobial substance was inhibitory to pathogenic and food-spoilage bacteria, such as Listeria monocytogenes, Bacillus cereus, Serratia marcescens, and Pasteurella haemolytica. It was stable over a wide temperature range, but lost activity when the temperature reached 121 degrees C/15 min. Maximum activity was observed at acidic and neutral pH values, but not at alkaline pH. The antimicrobial substance was sensitive to the proteolytic action of trypsin, papain, proteinase K, and pronase E. Except for iturins, other antimicrobial peptides have not been described for B. amyloliquefaciens. The identification of a bacteriocin-like inhibitory substance active against L. monocytogenes addresses an important aspect of food protection.     

Molecular characterization of Serratia marcescens strains by RFLP and sequencing of PCR-amplified 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic spacer

AIMS: To establish the specific DNA patterns in 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic spacer (IGS) regions from different kinds of Serratia marcescens strains using polymerase chain reaction (PCR), restriction fragment length polymorphism (RFLP) and sequences analysis. METHODS AND RESULTS: Two pairs of primers based on the 16S rDNA and 16S-23S rDNA IGS were applied to amplify the rrn operons of two kinds of S. marcescens strains. About 1500 bp for 16S rDNA and four fragments of different sizes for 16S-23S rDNA IGS were obtained. PCR-amplified fragments were analysed by RFLP and sequence analysis. Two distinct restriction patterns revealing three to five bands between two kinds of strains were detected with each specific enzyme. According to the sequence analysis, two kinds of strains showed approximately 97% sequence homology of 16S rDNA. However, there was much difference in the sequences of IGS between the two kinds of strains. Intercistronic tRNA of strains H3010 and A3 demonstrated an order of tRNA of 5'-16S-tRNA(Ala)-tRNA(Ile)-23S-3', but strain B17 harboured the tRNA of 5'-16S-tRNA(Glu)-tRNA(Ile)-23S-3'. CONCLUSIONS: The method was specific, sensitive and accurate, providing a new technique for differentiating different strains from the same species. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: This paper provided the first molecular characterization of 16S rDNA and 16S-23S rDNA IGS from S. marcescens strains.     

海洋细菌Bacillus sp．HN07的分离鉴定及所产碱性纤维素酶性质研究

从渤海海域（121°30′00″E,40°25′00″N）海泥中筛选到一株产碱性纤维素酶的海洋细菌。通过形态观察、生理生化特性及16SrDNA序列分析,鉴定该菌株属于芽孢杆菌属（Bacillus）,命名为Bacillussp．HN07。研究表明：HN07最适生长温度30℃,适宜在pH7．0～8．0、含2．0％～3．0％NaCl的培养条件下生长和产酶,并且具有较好的遗传稳定性。酶学性质初步研究显示,HN07所产碱性纤维素酶最适反应温度为45℃,最适pH为8．0,在碱性条件下具有较好的稳定性,具有潜在的工业应用价值。     

一株产红色素菌株及对其红色素结构的鉴定

从土壤中分离到一株产红色素的细菌H31,根据该菌株的16S rDNA序列与GenBank中已有序列比对的结果,并结合菌落形态和常规生理生化鉴定方法对该菌株进行鉴定,结果表明:该菌在细菌分类学上属于肠杆菌科,其与黏质沙雷氏菌(Serratia marcescens)同源性最高,但该菌株生理生化实验中的赖氨酸脱羧酶、鸟氨酸脱羧酶以及精氨酸双水解酶实验与报道的S. marcescens的结果不一致,为一株新的黏质沙雷氏菌S. marcescens H31。通过紫外光谱、质谱和核磁共振等方法分析,确定其产生的红色素为灵菌红素。     

Novel endophytes of rice form a taxonomically distinct subgroup of Serratia marcescens

Six endophytic strains isolated from surface-sterilized rice roots and stems of different rice varieties grown in the Philippines were characterized. They were analyzed by physiological and biochemical tests, SDS-PAGE of whole-cell protein patterns, DNA-DNA hybridization and 16S rDNA sequencing. SDS-PAGE of whole-cell patterns showed that the six isolates fell into two subgroups which were similar but not identical in protein patterns to S. marcescens. The phylogenetic analysis of 16S rDNA sequences of two representative strains IRBG 500 and IRBG 501 indicated that they were closely related to S. marcescens (more than 99% identity). Physiological and biochemical tests corroborated that the isolates were highly related to each other and to S. marcescens. In cluster analysis, all six isolates were clustered together at 93% similarity level and grouped closely with Serratia marcescens at 86% similarity level. DNA-DNA hybridization studies revealed that the isolates shared high similarity levels with S. marcescens (> or =86% DNA-DNA binding), indicating they belong to the same species. However, the isolates differed in several biochemical characteristics from the type strain. They produce urease and utilize urea and L(+) sorbose as a substrate, which is different from all known Serratia reference strains. These results suggest that the six endophytic isolates represent a novel, non-pigmented subgroup of S. marcescens.     

高效絮凝剂产生菌的筛选及絮凝活性研究

从污泥中分离筛选出1株具有高絮凝活性的细菌菌株F78,对其进行了分子鉴定,测得该菌16SrDNA长度为1501 bp,在GenBank中的登录号为EU443097,序列比对结果显示,该菌与粪产碱杆菌(Alcaligenes faecalis)的16S rDNA碱基序列相似性为99%。絮凝活性物质可由F78菌株分泌到胞外,通过对絮凝活性影响因素的研究,发现Ca2 的助凝效果比Fe3 、Fe2 、K 、Na 好;在高岭土悬液pH 3.0~12.0范围内,能保持较高的絮凝活性;菌株F78产生的絮凝活性物质具有良好的热稳定性。     

苦参种子深加工过程油脂类副产物发酵产灵菌红素的研究

为提升苦参资源的利用效率,本研究以苦参种子提取生物碱过程中产生的副产物油脂类物质为研究对象,筛选可利用苦参种子废弃油脂生产灵菌红素的菌株并优化其发酵工艺。利用UPLC-Q-TOF-MS /MS对纯化后的发酵产物进行分析,并通过单因素考察和响应面优化获得菌株利用苦参种子油发酵产灵菌红素的最佳工艺参数。筛选到的菌株经形态和16S rDNA测序鉴定为粘质沙雷氏菌,并命名为粘质沙雷氏菌L9。优化的最佳发酵工艺条件为:苦参种子油、牛肉膏和氯化钙的最佳浓度分别为13 g/L、9.5 g/L及0.3 g/L,温度30℃;在最佳发酵工艺条件下,灵菌红素最高产量约为317.21 mg/L,产率提高约3.2倍。本研究以苦参种子深加工过程产生的副产物为研究对象,对其油脂类成分进行资源化利用研究,在有效处置苦参种子固废物的同时产生灵菌红素高附加值产品,为以种子类药材深加工过程固废物的资源化利用提供了借鉴。     

Serratia marcescens H30脂肪酶的重组可溶表达、固定化及其酶学性质

为了提高Serratia marcescens H30脂肪酶的可溶表达水平,分别将目的基因与p GEX-4T-1、p ET28a和p ET32a构建重组表达载体,转入大肠杆菌BL21(DE3),通过优化诱导过程,发现可溶性酶的最高活性可达25 000 U/L。再经Ni2+亲和柱纯化、LH-EP固定化后,固定化酶的比酶活为214 U/g(以1 g湿质量计),酶活回收率为51%。固定化后重组脂肪酶的最适温度由30℃提高到35℃,最适p H从7.0偏移至8.0左右,并且稳定性也有所增加。该固定化重组脂肪酶同样能够拆分消旋体反式-4-甲氧苯基缩水甘油酸甲酯,光学选择性没有改变。反应14 h,转化率为48.5%,底物的e.e.值为99.2%,表明该固定化脂肪酶能有效拆分消旋体反式-4-甲氧苯基缩水甘油酸甲酯,为工业生物催化制备地尔硫卓提供了可能。     

异养硝化细菌的筛选、鉴定及其氨氮转化特性的研究

从巢湖湖底泥床中分离筛选出一株具有氨氮转化活性的异养型硝化菌株X5.经生理生化分析、16S rDNA序列测定及系统发育学比较,菌株X5为枯草芽孢杆菌属(Bacillus sp.).菌株X5对氨氮的转化能力受温度、pH值以及接种量等条件的影响.实验结果表明,菌株X5的最适氨氮转化条件为:25～35℃,16 h,pH值7.0～8.0以及6%的接种量.将菌株X5扩大培养后接种于含蓝藻的发酵培养基中,分别测定总氮(TN)、氨氮(NH4+-N)及硝态氮(NO-3-N)的含量.结果显示,菌株X5对蓝藻中的氮素具有一定的转化作用.