新成人腹泻轮状病毒J19株的全基因组克隆和VP4、VP6和VP7基因序列分析

为了进一步了解新成人腹泻轮状病毒J19株的基因和蛋白特征,利用一种改良的非依赖核酸序列的单引物扩增方法扩增J19株的11个基因,克隆到pMD18-T载体中并进行测序。在此基础上,将主要抗原蛋白VP4、VP6和VP7的蛋白序列与其它轮状病毒的相关蛋白序列进行比较分析并对VP6蛋白序列做遗传进化分析。结果获得J19株11个基因的全长基因序列。基因序列分析表明J19株的第3、6和第9基因分别长2 512bp、1 287bp和820bp,它们分别预测编码抗原蛋白VP4(823aa)、VP6(396aa)和VP7(258aa)。组成J19株的VP4、VP6和VP7蛋白序列对B组轮状病毒的CAL株、IDIR株以及ADRV株的相关蛋白序列的一致性分别是27.6%、38.5%和22.3%。对分组抗原蛋白VP6的遗传进化分析表明,J19株在进化树上的位置靠近外群蛋白分支以及A、B和C组轮状病毒分支的根部,而且它比较偏向于B组轮状病毒的分支。J19株的VP4、VP6和VP7蛋白序列与其它轮状病毒的相应蛋白序列存在显著差异。VP6蛋白序列的遗传进化分析表明J19株可能是一个新组轮状病毒的代表性毒株;同时,它也可能是一个与B组轮状病毒的起源和进化密切相关的毒株之一。关于新成人腹泻轮状病毒J19株11个基因的克隆及VP4、VP6和VP7基因的序列分析,这是第一次报道。     

2018–2020年人轮状病毒锦州地方株VP4及VP7基因特征

【背景】人A组轮状病毒(Rotavirus Group A,RVA)是婴幼儿胃肠炎的主要病原体及发展中国家婴幼儿死亡的重要原因,目前无特效药物治疗,疫苗预防是唯一可行的预防感染方法。外衣壳蛋白VP7和VP4是疫苗设计的主要靶点,针对该基因加强RVA地方株分子流行病学监测十分必要。【目的】对锦州地方流行RVA株VP7和VP4基因进行型别鉴定和序列特征分析。【方法】收集锦州地区2018-2020年RVA感染腹泻患儿的粪便标本,提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增VP7、VP4基因片段并测序,得到7株RVA VP7和VP4序列。使用在线基因分型工具Rota C V2.0对测序结果进行分型分析。应用BLAST、DNAStar、MEGA X、Bio Edit等生物软件与临床流行株及疫苗株进行系统发育分析及氨基酸序列比对分析。【结果】分型结果表明7株锦州地方株均为G9P[8]型,系统发育分析证实其VP7和VP4基因分别属于G9-Ⅵ和P[8]-3谱系,核苷酸序列相似性分别为99.32%-100%与99.41%-100%。JZ株VP7与疫苗株Rotavac和Rotasiil相比,在抗原表位区7-1a、7-1b、7-2中分别存在4个和3个氨基酸替换。JZ株VP4与疫苗株Rotarix和Rota Teq VP4氨基酸序列相比,发现7个和4个氨基酸替换,位于抗原表位区8-1和8-3。【结论】2018-2020年在辽宁锦州地区检测到7株G9P[8]型RVA株,VP7和VP4序列相似性高于99%,G9P[8]型可能是辽宁省锦州地区2018-2020年婴幼儿轮状病毒腹泻的主要流行基因型之一。与同基因型疫苗株比较,位于JZ株VP7和VP4抗原表位区的氨基酸位点差异对于野毒株免疫逃逸机制的研究具有意义。     

2002～2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情的病原学研究

2002～2004年浙江省发生了无菌性脑膜炎暴发疫情,为了及时查明病因,分析病原的分子特征并进行病原溯源,我们采集患者脑脊液和粪便样本271份,用RD和Hep-2细胞同时分离病毒,对分离株VP1和VP4/VP2基因测序,进行同源性与进化分析。结果从271份样本中分离到埃柯病毒30型(E30)78株;对31株分离株VP1区核苷酸(nt)序列测定,其长度均为876nt,推导编码292个氨基酸(aa)。浙江E30株与原型株Bastianni在VP1区的nt和aa同源性分别为84.7%～86.3%和92.1%～94.2%;浙江E30株之间nt和aa的同源性分别为87.1%～99.4%和96.2%～100%。在VP1基因进化树上浙江E30株分别位于G和H基因亚型分支上,与浙江E30G亚型株亲缘关系最近的国内外毒株分别为2003年江苏、山东株和1999年乌克兰株;与浙江E30H亚型株亲缘关系最近的毒株为2008年韩国株。VP4/VP2区同源性与进化分析结果与VP1相似。结果表明2002～2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情由E30G和H二类不同基因亚型流行株引起;H基因亚型株推测为新的E30变异株,首先分离于2002年浙江省。     

G5型人A组轮状病毒LL36755株的VP4、VP6和NSP4编码基因的分子特征

最近在亚洲首次发现并报道了感染人的G5型人A组轮状病毒LL36755株,为进一步探讨其进化来源,克隆了G5型人A组轮状病毒LL36755株的VP4、VP6、NSP4编码基因,并分析其基因序列的分子特征。结果发现卢龙株LL36755为罕见的G5P[6]型,其VP6的亚群为SGⅡ型,NSP4的基因型为B型。系统进化树分析表明,卢龙株LL36755的VP7、VP4编码基因与猪来源的毒株关系密切,而VP6、NSP4编码基因与人来源的毒株紧密相联系。可以推断新的人腹泻A组轮状病毒LL36755株是猪的VP7,VP4编码基因与人的VP6,NSP4编码基因的自然重组;而且该毒株不是G5的原型,很可能是人类轮状病毒与猪轮状病毒毒株的自然重组后逐步进化而来。     

人A组轮状病毒北京地方株VP4血清型特异片段编码基因的序列分析

轮状病毒是引起婴幼儿严重腹泻的重要病原,其第四基因编码主要中和抗原VP4,而VP4可裂解为VP8和VP5两个片段。VP8为抗原型特异性片段。克隆并测定了具有代表性的三个轮状病毒北京株VP4编码基因5′端（VPS＋VPS一部分）887个核苷酸序列并据此推导出其氨基酸序列。结果表明,相同血清型的地方株和标准株之间具有高度同源性（92％～966％）,不同血清型间则变异较大（70．5％～71％）。氨基酸最大变异处位于aa84～172,并对胰酶作用位点在致病性中的可能性进行了讨论。     

鸭甲肝病毒3型2012年山东分离株VP1基因的序列分析

为揭示近年来鸭甲肝病毒3型(DHAV-3)中国分离株VP1基因的遗传变异规律,本研究对2012年从山东省分离到的13株DHAV-3的VP1基因分别进行PCR扩增、序列测序与分析。结果显示,13株DHAV-3的VP1基因均由720个核苷酸组成,共编码240个氨基酸,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为94.6%～99.9%和95.0%～100%。与GenBank中公布的31株DHAV-3的VP1基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92.5%～100%和90.8%～100%。系统进化分析显示,DHAV-3可分为两个基因型,其中除疫苗毒B63之外所有中国分离株均属于GⅠ型,越南分离毒株主要属于GⅡ型S1亚型,而韩国分离株组成GⅡ型中的S2亚型,具有明显的地域特征。     

南京地区2012～2013年G9型轮状病毒VP7基因特征的分析

A组轮状病毒是引起成人和婴幼儿急性腹泻的主要病原。了解轮状病毒流行株的型别,对主要中和抗原VP7的编码基因进行遗传变异分析,可为当地轮状病毒疫苗的应用和开发提供指导。我们对2012年10月至2013年12月南京地区908例腹泻门诊患者的粪便标本进行轮状病毒检测,采用RT-PCR方法对随机抽取的50份阳性标本进行G分型,并对其中19份G9型轮状病毒的VP7基因序列测序分析。结果发现轮状病毒阳性率11.34%(103/908),其中以G9型为主,占78.0%(39/50),其次是G2、G1和G3型。对G9型轮状病毒VP7基因核苷酸序列进行分析,显示主要分为G9-VI亚型和G9-III亚型,以G9-VI亚型为主,且属于中国和日本G9型轮状病毒亚簇,部分毒株在A、B、C、F四个中和抗原表位中有变异,这可能有助于G9型轮状病毒的流行,值得引起注意。     

2007―2008年肠道病毒71型北京地区分离株的VP4基因序列分析

为了解2007 ― 2008 年北京地区流行的肠道病毒71 型( EV71) 是否存在基因序列变异及其与病毒毒力的关系, 我们选择2007 年分离的3 株EV71( 其中1 株分离自重症手足口病患儿的咽拭子标本, 其余2 株分离自普通手足口病患儿咽拭子标本) 和2008 年分离的5 株EV71( 其中3 株分离自重症手足口病患儿的咽拭子或鼻拭子标本, 2 株分离自普通手足口病患儿的疱疹液标本) , 提取基因组RNA, 经反转录-聚合酶链反应( RT-PCR) 扩增得到VP4 基因片段, 并进行核苷酸序列测定, 使用生物信息软件与GenBank 中的EV71 VP4 基因进行序列及病毒型别分析。结果表明, 所测得的8 株EV71 VP4 基因全长均为207 bp, 编码69 个氨基酸, 理论相对分子质量( Mr) 为7 ×10³。8 株EV71 病毒VP4 基因的核苷酸同源性在94% ～100% , 与GenBank 中其他EV71 病毒株VP4 的核苷酸同源性为82% ～100% , 与阜阳、深圳和台湾等地区流行的EV71 VP4 的核苷酸同源性比其他地区高。除了与印度报道的VP4 编码的氨基酸在第7 和54 位不同外( 印度株: 7 位蛋氨酸, 54位苏氨酸; 其余株7 位苏氨酸,54 位丙氨酸) , 这8 株EV71 VP4 编码的氨基酸序列之间以及与其他EV71 VP4编码的氨基酸同源性均为100%。8 株EV71 病毒VP4 与文献报道的3 株重症感染病毒株VP4 ( BrCr、MS 和NCKU9822) 核苷酸有较大差别, 而8 株病毒株中从重症感染( BJ97、BJ110B、BJ110Y 和BJ4243) 与轻症感染( BJ25、BJ47、BJ65 和BJ67) 分离到的毒株之间VP4 基因序列未见明显改变, 只有几个核苷酸存在差别。VP4 核苷酸序列的进化树分析表明, 这8 株EV71 均属于C4 亚型, 显示2007 ― 2008 年北京地区流行的EV71的VP4 基因相当保守, 分离自伴有神经系统感染的重症手足口病和普通手足口病患儿的EV71 的VP4 基因之间在核苷酸水平未出现同样的变异。结果提示, 近2 年来北京地区所流行的EV71 属C4 亚型。     

猪轮状病毒JL94中国分离株衣壳蛋白基因的分析

根据GenBank发表的猪轮状病毒衣壳蛋白vp4基因、vp6基因和vp7基因保守序列,设计合成3对引物,分别扩增猪轮状病毒中国分离株JL94株的此3段基因并进行序列分析。结果表明,JL94株vp4基因与国外分离株CRW-8株、OSU株、Gottfried株、4F株和4S株的VP4氨基酸同源性分别为97.16％、95％、71.88％、73.45％和70.88％;JL94株vp6与CRW-8株、OSU株、Gottfried株、4F株和4S株的VP6氨基酸同源性分别为96.98％、97.48％、93.20％、97.48％和93％;JL94株vp7基因与CRW-8株、OSU株、Gottfried株、4F株和4S株的VP7氨基酸同源性分别为98％、99.90％、75.40％、84.66％和80％。可见JL94株同CRW-8株、OSU株同源性更高些;vp4和vp7基因在同型间高度保守而不同型间差距较大,vp6基因在同群和非同群间差别不是很明显。同时可以判定JL94属于A群Ⅰ亚群G5P7血清型PRV。研究猪轮状病毒中国分离株JL94株衣壳蛋白基因的特征,为研制高效抗病毒疫苗奠定基础。     

轮状病毒LLR株VP7抗原表位的预测与验证

在GenBank中检索A组轮状病毒不同血清型的VP7基因信息,在氨基酸水平上与G10血清型LLR株的VP7序列进行序列对比,分析其血清型特异的氨基酸保守序列位点。结合蛋白质二级结构预测理论方案,设计合成3条具有轮状病毒G10血清型特异性氨基酸序列的多肽。通过检测合成肽对轮状病毒免疫血清与LLR抗原的结合抑制,证实三条多肽均具备了LLR表位属性。     

免疫刺激复合物(ISCOM)介导的传染性法氏囊病病毒多聚蛋白基因免疫的研究

将传染性法氏囊病病毒（IBDV）ZJ2000株的多聚蛋白（VP2／VP4／VP3）基因插入pCI质粒的CMV启动子下游,构建了真核表达质粒pCI-VP2/VP4/VP3,在Lipofectin介导下转染Vero细胞进行了多聚蛋白的瞬时表达。以免疫刺激复合物（ISCOM）为佐剂制备DNA疫苗,进行不同免疫剂量间、不同免疫途径间、一次免疫和二次免疫间的效果对比试验。结果表明：以肌内和皮内联合免疫法效果最好,而口服和点眼等途径未能诱导足够的免疫反应;大于200μg的剂量DNA疫苗才能产生良好的免疫力;二次免疫的效果明显优于一次免疫。与常规的弱毒疫苗B87和D78相比,DNA疫苗产生中和抗体的潜伏期长、效价相对较低,对强毒攻击的保护率相当。本试验还证实,免疫刺激复合物具有明显提高DNA疫苗免疫效果的作用。DNA疫苗能诱导产生保护性反应,为今后IBD疫苗的研究开创了一条新的途径。     

轮状病毒VP4亚单位疫苗研究进展

轮状病毒是全球范围内导致5岁以下婴幼儿严重腹泻的主要病原体,造成了巨大的经济负担和社会负担。疫苗预防接种是控制轮状病毒感染最为有效的手段,但在轮状病毒导致的死亡率较高的非洲和亚洲部分低收入国家,目前已经上市的轮状病毒疫苗的有效性较低,且会增加肠套叠的风险。更加安全、有效的轮状病毒疫苗对于降低轮状病毒感染导致的发病率和死亡率具有重要意义。目前,各国科研人员试图从多个方面提高轮状病毒疫苗的有效性,非复制型基因工程亚单位疫苗是目前轮状病毒疫苗研究的主要方向。文中就目前轮状病毒亚单位疫苗,特别是基于VP4蛋白的亚单位疫苗的研究进展进行了综述,以期对轮状病毒疫苗的发展提供借鉴意义。     

A组轮状病毒G4型地方株VP7基因在杆状病毒系统中的表达

Ａ组轮状病毒是导致婴幼儿重症腹泻的最主要病毒病原,位于病毒外壳上的ＶＰ４和ＶＰ７蛋白具有中和抗原活性,与病毒的毒力及免疫保护性有关。ＶＰ７是外壳上的主要糖蛋白,根据其抗原性的不同,可将Ａ组轮状病毒划分出不同的血清型（Ｇ１～Ｇ１４）［１］,而对疫苗的研...     

WSSV囊膜蛋白VP37和VP39基因酵母双杂交诱饵载体的构建及其激活作用检测

对虾暴发性流行病是近十年来危害对虾养殖业发展的重要病害之一,其主要病原为对虾白斑综合症病毒（WSSV）^[1]。近年来对WSSV的研究主要集中在其囊膜蛋白、黏附蛋白等结构蛋白方面^[2]。本实验室经病毒结合分析^[3]和病毒铺覆蛋白印迹技术（Virus overlay protein blot assay,VOPBA）初步研究,已证实WSSV存在4种病毒黏附蛋白（VAP）,其中VAP1已确定为WSSV囊膜蛋白VP37^[4],该蛋白存在有特征性的细胞结合域（RGD）。编码的蛋白包含281个碱基,与Huang C,et al.^[5]报道的VP37一致,     

Genetic variation in the VP4 and NSP4 genes of human rotavirus serotype 3 (G3 type) isolated in China and Japan

Sequence analyses of the VP4 and NSP4 genes were performed on twenty human isolates of serotype G3 rotavirus obtained from China and Japan. One isolate from China, CHW17, possessed P[4] genotype VP4 and KUN group NSP4 genes which are associated with G2. One isolate (02/92) from Japan, which was shown to have a wider spacing between RNA segments 10 and 11 by RNA polyacrylamide gel electrophoretic analysis like AU-1, possessed P[9] genotype VP4 and AU-1 group NSP4 genes. The other isolates had P[8] genotype VP4 and Wa group NSP4 genes. While the nucleotide sequence conservation among the G3 VP7 genes was more than 79% (Wen et al, Arch. Virol., 1997, 142: 1481-1489), the conservation of VP4 and NSP4 genes in the same genotypes or groups was more than 85%.     

鸡贫血病毒VP1和VP1蛋白在家蚕中的联合表达

将鸡贫血病毒vp1和vp2基因分别克隆入转移载体pBacPAK8中,获得重组转移质粒pBac-vp1和pBac-vp2。以上两质粒分别与CunI酶切线性化的亲本病毒Bm-Bacpak6DNA共转染家蚕细胞,通过蓝白斑筛选,纯化得到重组病毒Bm-vp1和Bm-vp2。PCR分析表明vp1和vp2基因已整合进杆状病毒基因组中。将Bm-vp1和Bm-vp2共感染5龄家蚕,通过表达产物免疫SPF鸡产生的抗血清与CAV感染的MDCC－MSB1细胞的间接荧光抗体分析,证明表达产物能诱导鸡产生的抗体,而且能够保护子代鸡免受CAV的攻击。该研究表明,表达VP1和VP2蛋白的重组家蚕杆状病毒（Recombinant BmNP)是很有前途的CAV亚单位疫苗的生产系统。