基于rDNA ITS序列的油茶叶片内生真菌多样性研究(英文)

油茶是我国热带和亚热带地区广泛栽培的一类重要的经济树种,其种子可生产优质食用油(茶油)。为了比较全面地了解油茶的内生真菌多样性,采用基于rDNA ITS的免培养法从油茶叶片中提取了总DNA,再从总DNA样本中直接扩增了内生真菌核糖体RNA基因内转录间隔区序列(ITS),进而构建了ITS克隆文库。共计从50个克隆子中获得了22种不同的克隆序列,其中3个为嵌合体,7个归属为植物,其余克隆序列根据序列相似性和系统发育分析归为12个不同的分类操作单元(OTUs),全部为子囊菌,分属于4纲4目,其中Aspergillus属2种,Mycosphaerellaceae科1种,Sordariales目4种,Helotiales目5种,Aspergillus属真菌是优势菌。结果表明油茶叶片内生真菌的种类分布较广。     

大小兴安岭地区红菇属物种多样性及其地理成分

红菇属(Russula)真菌广泛分布于世界各地并与多种植物根系共生形成外生菌根, 对于森林生态系统的多样性维持与群落构建具有重要的作用。我国东北大小兴安岭地区是欧亚和美洲北温带地区生物群落交流的关键地区之一, 但该地区有关外生菌根真菌的区系研究较少。本研究对采自大小兴安岭的96份红菇标本进行了形态学鉴定和ITS序列分析, 通过结合世界范围内红菇属代表性物种(146个种)的ITS序列构建了红菇属系统发育图谱。结果表明, 大小兴安岭地区红菇属有46个分类单元, 其中包括37个种和9个未定种。对大小兴安岭地区37种红菇的地理成分分析表明, 北温带分布成分有13种、温带-热带共有成分8种、欧亚成分9种、世界广布成分7种。本研究表明大小兴安岭地区的红菇具有丰富的物种多样性, 而且具有明显的北温带区系特征, 同时也具有一定的区域特殊性。     

天目山山胡椒不同部位内生真菌组成及多样性分析

采用表面消毒法,从浙江天目山野生山胡椒[ Lindera glauca( Sieb.et Zucc.) Blume]的茎、叶和树皮中分离出内生真菌,基于ITS序列分析进行分类鉴定;并以内生真菌的分离率、定殖率、分离频率、多样性指数(H')及相似性系数为指标,分析了山胡椒内生真菌的菌群组成及多样性.结果显示:在26株山胡椒样株的728块组织块中共分离得到328株内生真菌(茎、叶和树皮中分别有161、40和127株);共鉴定出44个分类单元(茎、叶和树皮中各有19、18和28个),其中25个分类单元鉴定到种、17个鉴定到属、2个鉴定到科,ITS序列的GenBank登录号从JF502420至JF502462.在44个分类单元中,有40个分类单元属于子囊菌(310株),存在于山胡椒的各个部位;仅有4个分类单元属于担子菌(18株),且仅存在于茎和树皮中.山胡椒茎、树皮和叶中内生真菌的定殖率分别为65％、60％和15％,分离率分别为0.77、0.61和0.19;叶和树皮中内生真菌的多样性指数均为2.63,远大于茎(H’=1.83).山胡椒内生真菌的优势属为Phomopsis、Paraconiothyrium、Phoma和Colletotrichum,大量存在于叶、茎和树皮中.山胡椒茎与树皮、茎与叶及叶与树皮间内生真菌的相似性系数分别为0.27、0.19和0.18,显示树皮和叶之间以及树皮和茎之间内生真菌的组成极不相似.研究结果表明:山胡椒体内存在大量的内生真菌,其茎、叶和树皮的内生真菌菌群组成具有一定程度的多样性和差异性,且内生真菌的分布具有组织特异性.     

基于rDNA ITS序列探讨中国栽培灵芝菌株的亲缘关系

利用ITS序列分析技术对中国栽培灵芝菌株进行了亲缘关系分析。结果发现中国栽培灵芝菌株分布于5个聚类组,其中树舌亚属、紫芝组的菌株各自聚成一组,灵芝组的菌株分成3组,85·7%灵芝组菌株均聚于同一组,表明树舌亚属、紫芝组和灵芝组间的遗传差异较大,灵芝组内虽然存在着一定的遗传差异,但总体上亲缘关系比较近,遗传多样性并不丰富。聚类结果也表明仅仅根据形态学特征并不能将灵芝属菌株进行有效的分类,利用分子生物学的技术手段对灵芝菌种进行分类是一种更有效的方法。     

江苏海域几种绿潮藻类rDNA ITS序列分析

于2009年5-7月定点采集了江苏海域绿潮藻类,测定、分析了这些藻类核糖体rDNA ITS序列,并进行分类鉴定。研究结果显示,ITS+5.8S序列片段长度为552-578 bp,其中ITS1序列部分长度为179-182 bp,5.8S序列全长为155-158 bp,ITS2序列全长为180-196 bp,序列的平均GC含量(contents)为61.6%-63.3%,不同ITS序列存在不同的插入/缺失位点。扩增得到27个序列中有7个不同序列,依据NCBI数据库相似性查找、系统进化关系及遗传距离等分析结果,确定有4个种类:浒苔(Ulva prolifeya),缘管浒苔(U.linza),石莼属(Ulva sp.)1种及盘苔属(Blidingia sp.)1种。分析表明,ITS序列可作为石莼科种类鉴定的标记。     

南方灵芝ITS、EF1-α和RPB2序列多态性研究

内转录间隔区（ITS）、延伸因子1-α（EF1-α）与RNA聚合酶II第二大亚基（RPB2）是真菌系统学研究中常用的基因片段。已有研究发现,在同一个体内ITS也可能存在差异,但EF1-α和RPB2是否也存在同样的现象却鲜有报道。本研究通过克隆测序,分析了南方灵芝Ganoderma australe的ITS、EF1-α和RPB2在同一个体中的序列差异,并探讨这种序列差异是否会影响分子鉴定的准确性。结果表明,在南方灵芝供试样品中,ITS、EF1-α和RPB2序列都有可能存在个体内变异,但个体内变异程度不尽相同。基于供试样品和克隆测序结果发现,ITS序列在同一个体内的变异最高可达2.3%,而RPB2序列在同一个体内的差异仅0.5%,EF1-α序列在同一个体内序列差异也可高达1.8%。ITS和EF1-α序列在同一个体内的差异可能超过了灵芝属部分物种间的差异,对于部分灵芝属物种来说直接利用克隆序列进行分子鉴定或系统发育分析可能存在一些问题。     

野生四川灵芝的生物学特性和抗氧化活性

灵芝是我国一类传统药用真菌的统称,具有极高的药用价值和经济价值.为了充分保护和利用该类野生药用真菌资源,本研究对采自广西壮族自治区南宁市的一株野生灵芝进行了菌株分离纯化培养,通过基于内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列的分子生物学分析鉴定为四川灵芝Ganoderma sic...     

东北大兴安岭石蕊属部分种类的内生真菌多样性（英文）

采用皮层剥离法从东北大兴安岭的7种石蕊属地衣的15个样本的710个组织块分离获得90株地衣内生真菌菌株,平均定植率为12.68%(2.86%–32.76%),定植率和石蕊属的物种之间不存在明显对应关系。根据菌株的菌落、菌丝及分生孢子等特征从中选取30个作为代表,测定其ITS序列。结合分子序列和菌落特征,该90个菌株归属于19个分类单元,隶属于3门、5纲、8目、11科和15属。炭角菌科为优势科,占77.78%,紫棕炭团菌为优势种,占62.22%。每个石蕊种类及总体的内生真菌菌群的Shannon-Wiener指数和Simpson指数显示所获得的石蕊属地衣内生真菌菌群具有中等的多样性及较强的宿主专一性。     

11个灵芝菌株的分子ID构建

[目的]收集11株灵芝菌种为材料,在分子水平上对其进行分类鉴定,并构建分子ID.[方法]采用ITS和SSR分子标记技术,对11株灵芝进行分子鉴定分析.[结果]通过内转录间隔区(ITS)序列测定分析表明,与GenBank上登录的灵芝(Ganoderma lucidum)菌株ITS序列相似度达到99％,在种的水平上证明实验所采用的供试菌株均属灵芝种(Ganoderma lucidum).利用SSR分子标记技术对菌株进行引物扩增,综合多态性条带,用NTSYS软件进行聚类分析,相似度在0.62水平上,1 1个灵芝菌种被分成4个类群,其中GL-2与GL-4各自聚为一类.用ID Analysis 1.0软件进行数据分析表明,用5对SSR引物可将11株灵芝供试菌种完全区分开,并构建其分子身份证.[结论]基于SSR分子标记构建灵芝菌属的分子ID是可行的.     

来源于大兴安岭多年冻土可培养真菌及其发酵物的生物活性

本研究目的是分离大兴安岭多年冻土中的可培养真菌并测试它们产生的天然产物的生物活性。首先利用颗粒法在冻土中得到66株可培养真菌,通过内部转录间隔区序列对它们进行分子鉴定,发现它们隶属于55个分类单元,有8株真菌的ITS相似性≤97%。其中5株真菌属于耐冷真菌。研究结果发现6株真菌的提取物具有抗菌活性,其中外担子菌FSF028号菌株活性最强,同时具有抗真菌与抗细菌活性;柄孢壳菌FSF042号菌株具有较好的抗氧化活性;镰刀菌FSF029号菌株有较好的降解纤维素能力;此外还首次发现了Seltsamia属真菌具有抗氧化与产纤维素酶活性。     

13种野生灵芝菌丝体中胞内三萜与多糖含量的比较

为探究不同野生灵芝的主要活性成分以及对野生灵芝的开发利用价值,对13种野生灵芝菌株在同一条件下进行液体发酵,采用化学分析的方法,比较菌丝体胞内三萜和多糖的含量差异。结果显示,13种灵芝菌株的三萜和多糖含量有很大差异,其中无柄紫灵芝Ganoderma mastoporum、亮盖灵芝G. lucidum和树舌灵芝G. applanatum的三萜含量较高;树舌灵芝G. applanatum、紫芝G. sinense和褐灵芝G. brownii的多糖含量较高。目前国内广泛栽培灵芝G. lingzhi的野生菌株发酵产物中的三萜和多糖含量并不是最高的,研究结果表明不同种类的野生灵芝还有进一步挖掘的潜在价值。     

中国冬青卫矛叶斑上的假尾孢菌

卫矛科Celastraceae植物上已报道尾孢类真菌10种,其中包括假尾孢属Pseudocercospora真菌7种。在对中国尾孢类真菌的调查研究中,采集到寄生在冬青卫矛Euonymus japonicus上的3种假尾孢菌,其中2个为新种,即冬青卫矛假尾孢Pseudocercospora euonymi-japonici和北京假尾孢P. beijingensis。本文对这2个新种和Pseudocercospora cf. destructiva提供了形态描述、图及与近似种区别的讨论。采用ITS、tef1-α、act和rpb2 4个片段的序列构建了系统发育树。     

灵芝连作土壤真菌群落分析

本研究通过Illumina MiSeq平台对邻近野生土壤（GL0）、种植1年（GL1）、2年（GL2）和4年（GL4）的灵芝覆土进行ITS1扩增子测序,分析灵芝连作覆土中真菌群落的变化,为揭示灵芝连作障碍的机理提供理论依据。研究结果表明,12个灵芝土壤样本一共获得349 642条有效序列,经聚类得到2 426个OTU,分别隶属于8门、28纲、64目、127科、233属和449种。在门水平上,随着连作年限的增加,灵芝覆土中真菌的多样性水平逐渐减低,在GL4组中只含有担子菌门（Basidiomycota,占85.03%）、子囊菌门（Ascomycota,占14.77%）和少量被孢霉门（Mortierellomycota,占0.20%）。其中,担子菌门的相对丰度随着连作年限的增加显著增加,子囊菌门的相对丰度显著减少,而被孢霉门的相对丰度无显著性差异。在属水平上,担子菌门灵芝属Ganoderma的相对丰度随着连作年限的增加而极显著增加,子囊菌门仅青霉属Penicillium菌群的相对丰度呈现先减少后增加的趋势,在GL4组中相对于GL0组其相对丰度增加了57.92%,表明青霉属可能是引发该地区灵芝连作障碍的重要菌群,该研究为探索灵芝连作障碍的分子机制和生态防控提供了理论依据。     

中国沿海洛氏角毛藻复合群的多样性组成及地理分布

洛氏角毛藻复合群(Chaetoceros lorenzianus complex)指具有与洛氏角毛藻相似形态学特征的物种集合, 它们广泛分布于全球近岸水域。近年国际上关于该复合群的分类学研究取得新进展, 而我国相关研究仍较为滞后。为了弄清我国沿海洛氏角毛藻复合群的物种多样性, 明确物种信息, 厘清种间界限, 为相关研究提供准确的物种鉴定依据, 本研究陆续在中国沿海建立了该复合群的332个单克隆培养株系, 利用光学显微镜、扫描电镜和透射电镜进行了较为详尽的形态学研究, 基于核糖体大亚基编码基因D1-D3区序列, 构建了分子系统学关系。结果表明其形态聚类与分子系统学结论相一致, 显示我国洛氏角毛藻复合群具有较高的物种多样性, 共鉴定到5个物种, 分别是并基角毛藻(C. decipiens)、优美角毛藻(C. elegans)、平孢角毛藻(C. laevisporus)、曼纳角毛藻(C. mannaii)和稀树角毛藻(C. pauciramosus)。研究表明传统认知的光镜下特征, 如群体特征、角毛走势等易变化, 其分类学价值需谨慎应用。角毛的超微结构, 如角毛孔纹的形状、大小、密度等是有效的种间区别特征, 休眠孢子亦是重要的物种识别依据。并基角毛藻和平孢角毛藻在我国沿岸的分布范围最为广泛, 而稀树角毛藻的分布较为有限。     

黄山大型真菌的物种多样性

安徽黄山属于黄山-怀玉山生物多样性保护优先区域,孕育了极为丰富的生物资源。为了解该区的大型真菌物种多样性,2018-2020年对该区的大型真菌展开了野外调查和标本采集,通过分子生物学方法及子实体形态特征检索比较对获得的标本进行鉴定,并对该区的物种组成、属级地理区系成分、经济真菌和特有成分等进行了统计分析。该地区共发现大型真菌421种,隶属于9纲19目72科200属,其中包含食用菌68种,药用菌31种,毒菌39种,特有种66种。优势科有牛肝菌科Boletaceae、鹅膏科Amanitaceae、红菇科Russulaceae、多孔菌科Polyporaceae、蘑菇科Agaricaceae、小皮伞科Marasmiaceae、光茸菌科Omphalotaceae、球盖菇科Strophariaceae、粉褶菌科Entolomataceae和口蘑科Tricholomataceae 10科,优势属为鹅膏属Amanita、乳菇属Lactarius、蘑菇属Agaricus、金牛肝菌属Aureoboletus、红菇属Russula、粉褶菌属Entoloma、小皮伞属Marasmius、小菇属Mycena、裸脚伞属Gymnopus、粉孢牛肝菌属Tylopilus、栓孔菌属Trametes、丝膜菌属Cortinarius、灵芝属Ganoderma和多汁乳菇属Lactifluus 14属。对黄山大型真菌属级地理成分分析发现该区大型真菌的区系地理成分可分为9类,主要以世界广布成分为主(66.5%),其次是北温带成分(15.5%)和泛热带成分(10.5%)。本研究表明黄山的大型真菌具有丰富的物种多样性,其中食用菌资源较为丰富,主要为世界广布成分,同时也具有较高的特异性。     

中国东北地区石松类和蕨类植物区系研究

中国东北地区是我国北方石松类和蕨类植物最丰富地区,对其区系的系统研究是区域石松类和蕨类植物资源管理的基础和前提。本研究在文献分析和标本查阅的基础上,探讨了东北地区石松类和蕨类植物区系及其特征。结果表明：①东北地区有石松类和蕨类植物19科48属141种（含种下分类群）。②东北地区石松类和蕨类植物区系属温带性质,且包含一定的热带和寒带性质的成分,体现其地理成分的复杂性。③优势科属明显,7个优势科的种数占全部种数的63.83%,6个优势属的种数占全部种数的46.10%;单种和寡种属较多,占总属数的83.33%,所包含的种却只占总种数的47.52%。④东北地区是木贼科（Equisetaceae）在中国的重要分布区。⑤东北地区分布有石松类和蕨类植物的中国特有种30种,东北地区特有种4种（长白石杉Huperzia asiatica、宽鳞蹄盖蕨Athyrium yokoscense var. kirismaense、长齿对囊蕨Deparia pycnosora var. longidens和长白山金星蕨Parathelypteris changbaishanensis）。本研究是东北地区植物区系研究的必要补充,具有重要的理论和实践意义。     

2020-2021年世界甲螨亚目新分类单元和近15年中国发表新种概况——纪念中国甲螨学开创100周年

甲螨是土壤动物主要的三大类群之一, 数量庞大且种类丰富。截至2020年, 中国已报道的甲螨仅占世界所有已知甲螨种类的7.6%, 这与我国已知甲螨种类真实物种状况仍有较大的差距。值此中国甲螨学开创100周年之际, 本研究以甲螨亚目为研究对象, 分别基于世界2020-2021年度和中国2007-2021年度发表的分类学文献资料, 编制了世界新增分类单元名录和近15年中国发表甲螨新种名录, 分析了新分类单元的地理分布、学者贡献和出版刊物情况。研究结果表明, 2020-2021年, 世界甲螨亚目共描述238个新分类单元, 包括新属及新亚属21个, 新种217个; 新分类单元发表的热点地区在埃塞俄比亚界、东洋界和新热带界; 描述的新分类单元由27位作者所贡献, 其中外国学者贡献占比高; 论文均发表在国外期刊上, Systematic and Applied Acarology是新分类单元发表的主要期刊。2007-2021年, 中国发表甲螨亚目新种183个, 无新科和新属发表; 新种发表的热点地区在华南区和西南区; 描述的新种由24位作者所贡献, 中国学者占主要贡献; 论文多发表在国外期刊上, Systematic and Applied Acarology和Zootaxa是新分类单元发表的主要期刊。基于以上结果, 本文认为目前从事甲螨分类学研究的学者相对较少, 发表的新分类单元在类群分布和区域分布上均表现出极不均衡的现象。传统分类学未来的发展将面临机遇和挑战。     

大亚湾水域并基拟菱形藻的种类鉴定和产毒特征分析

为了丰富我国海域拟菱形藻(Pseudo-nitzschia Peragallo)的物种多样性, 并澄清其产毒特征, 研究从广东大亚湾海域分离并建立了一株拟菱形藻的单克隆培养株系MC298, 通过光学显微镜下的群体特征和透射电镜下的超微形态特征观察, 结合基于核糖体转录间隔区(Internal Transcribed Spacer, ITS)的分子系统学数据, 以及基于ITS2转录RNA的二级结构分析, 鉴定到我国拟菱形藻属的1个新记录种: 并基拟菱形藻P. decipiens Lundholm & Moestrup。研究对其形态学特征进行了较为详细地描述, 并与相似种进行了比较, 还对其ITS2-RNA的特有标志结构进行了阐述。同时, 利用高效液相色谱-质谱联用法(Liquid chromatography tandem mass spectrometry, LC-MS/MS)对该藻株的产毒特征进行了检测, 结果未检测到DA的存在。研究不仅丰富了我国拟菱形藻属的物种多样性, 也可为拟菱形藻的产毒特征研究提供基础数据。