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1.
7种重要经济鱼类的ISSR扩增结果分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
青鱼(Mylopharyngodon piceus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)(以下简称四大家鱼)、团头鲂(Megalobrama amlycephala)、翘嘴红 (Erythroculter ilishaeformis)和鳜(Siniperca chuatsi)是重要的淡水养殖物种.  相似文献   
2.
半滑舌鳎基因组的提取及ISSR反应体系的建立   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的:比较CTAB法和STE法提取半滑舌鳎基因组DNA的效果,通过优化半滑舌鳎ISSR-PCR反应体系,将新型分子标记简单重复间序列(Inter-simple sequence repeat,ISSR),引用到半滑舌鳎遗传多样性研究中。方法:以95%酒精固定的半滑舌鳎鳍条为材料,运用CTAB法和STE法提取基因组DNA,同时分析了模板DNA、Mg2 、dNTPs、引物浓度,以及退火温度对ISSR-PCR扩增结果的影响。结果:CTAB法提取的基因组DNA质量好于STE法提取的结果,同时确立了稳定性强、重复性好的半滑舌鳎ISSR-PCR最佳反应体系和扩增参数。在25lμPCR反应体系中包括:1×PCR缓冲液,2mmol/L MgCl2,0.2mmol/L dNTP,0.2μmol/L ISSR引物,20ng模板DNA,1.5U Taq DNA聚合酶。反应程序为:94℃预变性5min,然后进入PCR循环,即94℃变性45s,52℃退火45s,72℃延伸90s,共进行40个循环。最后72℃延伸10min。结论:ISSR-PCR反应体系稳定可靠,该新型分子标记可应用于半滑舌鳎遗传多样性研究中。  相似文献   
3.
黑鲷是一种抗逆性强的海水经济鱼类,但在长江以北无法在室外自然越冬,每年进行室内越冬又耗时耗力。为了培育黑鲷耐低温品系,探究黑鲷低温耐受的分子机制,研究了黑鲷脂肪酸延长酶(fatty acid elongase,ELO)基因编码蛋白的结构和功能。首先,运用DNAman 8软件对黑鲷、金头鲷、鱖鱼、斜带石斑鱼、鲤鱼等5种鱼类的ELO蛋白进行氨基酸序列比对,分析其同源性和进化关系;随后,利用生物信息学工具对黑鲷ELO蛋白的理化性质、亚细胞定位、信号肽、跨膜区、剪切位点、蛋白磷酸化、糖基化、二级结构、结构域、分子功能及蛋白质相互作用等进行分析,并进行同源建模与三维结构预测。氨基酸序列比对结果显示,黑鲷与其他鱼类之间序列的同源性较高,在所分析的5种鱼类中,黑鲷与金头鲷亲缘关系最近,与鲤科鱼类亲缘关系最远。生物信息学分析结果表明,ELO蛋白为碱性、小分子、稳定、非分泌型亲水蛋白质,亚细胞定位于细胞质、细胞核和线粒体;该蛋白质中存在22个剪切位点、19个磷酸化位点和 9个赖氨酸糖化作用位点,没有糖基化位点和信号肽;其包含多种二级结构,其中以α-螺旋为主,存在1个结构域及7个跨膜区域;ELO蛋白与其他10个蛋白质可能存在直接的相互作用关系,有可能影响雌激素合成。通过对黑鲷ELO基因编码蛋白结构与功能的生物信息学分析,初步判定其与低温耐受相关。研究结果为黑鲷耐低温品系选育提供了基础理论依据。  相似文献   
4.
文蛤微卫星DNA的筛选及其特性分析   总被引:5,自引:0,他引:5  
采用磁珠富集分离法从文蛤(Meretrix meretrix)的基因组中筛选得到49条微卫星DNA序列,其中两碱基重复有3种类型36个序列,四碱基重复有14种类型26个序列.重复次数在5~30之间的序列占75.6%,30次以上重复的序列占24.4%,最高重复次数为100.根据重复单元的排列特点,完美型、非完美型及混合型序列所占比例分别为61.2%、14.5%和24.5%.本研究中构建的文蛤微卫星文库将在文蛤种质资源评价及分子遗传学研究中发挥作用.  相似文献   
5.
于2009年5-7月定点采集了江苏海域绿潮藻类,测定、分析了这些藻类核糖体rDNA ITS序列,并进行分类鉴定。研究结果显示,ITS+5.8S序列片段长度为552-578 bp,其中ITS1序列部分长度为179-182 bp,5.8S序列全长为155-158 bp,ITS2序列全长为180-196 bp,序列的平均GC含量(contents)为61.6%-63.3%,不同ITS序列存在不同的插入/缺失位点。扩增得到27个序列中有7个不同序列,依据NCBI数据库相似性查找、系统进化关系及遗传距离等分析结果,确定有4个种类:浒苔(Ulva prolifeya),缘管浒苔(U.linza),石莼属(Ulva sp.)1种及盘苔属(Blidingia sp.)1种。分析表明,ITS序列可作为石莼科种类鉴定的标记。  相似文献   
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