新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区鹅喉羚遗传多样性及系统发育地位

鹅喉羚是生活于亚欧大陆荒漠、半荒漠地区重要的有蹄类动物。2010年春季,新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区遭遇了60年不遇的雪灾,我们采集了野外救灾发现的130头死亡鹅喉羚肌肉样本,采用PCR和测序技术,研究了鹅喉羚线粒体 DNA 的 Cyt b 基因 1143 bp 核酸序列,发现新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区生存的鹅喉羚单倍型多样性较高(Hd=0.855),核苷酸多样性较低(π=0.00224)。采用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)构建单倍型之间的系统发育树,以及network所构建的单倍型间中介网络图都显示出2个遗传分化程度很大的分支,且这2个分支都出现过明显的群体扩张和持续增长。将本研究获得的单倍型H1与Genebank检索获得的瞪羚属其他12个物种Cyt b基因进行了比较,分别采用邻接法(NJ)和最大似然法(ML)构建分子系统树,证明与鹅喉羚最接近的物种为印度瞪羚(Gazella bennettii),鹅喉羚与瞪羚属内物种的分歧时间大约为1.08-2.5百万年(Mya)(Million years ago, Mya)。     

鹅喉羚线粒体D-loop和Cytb序列遗传多样性分析

[目的]为了探讨新疆天山野生动物园17只鹅喉羚的遗传多样性、亲缘关系和群体来源。[方法]对这些鹅喉羚线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cytb)基因序列进行了PCR扩增和测序,分别计算了群体单倍型多样度(H)和核苷酸多样性(Pi)以及个体间的遗传距离,并构建了单倍型NJ(Neighbor-Joining)聚类图。[结果]D-loop区和Cytb分别获得了978bp和543bp的基因片段,D-loop区识别出11个单倍型,Cytb区识别出3个单倍型;D-loop和Cytb的单倍型多样度(H)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.863、0.01028和0.330、0.00077;个体之间最大遗传距离为0.024,最小遗传距离为0.001;17只鹅喉羚分别聚为2个分支。[结论]该鹅喉羚群体D-loop区多态性较丰富,在野外可能来自两个不同的群体。     

基于生态位模型的艾比湖鹅喉羚生境评价

明确物种生境空间分布格局及其与环境因素的关系,对了解该物种的生境需求和适宜生境空间分布至关重要。生境评价和预测是对物种进行有效保护的基础。以鹅喉羚(Gazella subgutturosa)为研究对象,以其重要栖息地新疆博州艾比湖国家级湿地自然保护区为研究区域,选取115个鹅喉羚分布点数据和23个环境变量因子,应用MAXENT模型分析其生境空间分布及主要影响因子,划分了鹅喉羚在研究区域的适宜生境,并对它的栖息地特征进行了分析。探讨了鹅猴羚生境选择与环境因子的关系。结果表明:气温日较差是影响鹅喉羚生境分布的主要环境因子。植被类型,坡度和最干月降水量对艾比湖鹅喉羚的生境选择影响不大。除了温度和降水在内的19项生物气候变量是鹅猴羚选择生境的重要因素之外,海拔和坡向等地形特征也影响鹅猴羚的生境选择性。鹅喉羚的高度适宜生境区主要分布在研究区域的北部和东部,中度及低度适宜生境区则分布于高度适宜生境区的边缘,而非适宜生境区主要集中在西部地区。研究不仅提供了鹅喉羚在艾比湖的实际分布状况及其栖息地特征,也为鹅喉羚在栖息地方面的研究,即鹅猴羚的栖息地选择和环境因子的关系方面提供了一个重要的依据。     

季节、性别和群体大小对鹅喉羚警戒行为的影响

动物通过集群降低个体警戒时间,从而增加采食等行为时间,这种现象被称为" 群体效应" 。除群体大小
外,社会及环境因子如季节与性别也可能影响个体警戒水平。本文于2007 年至2009 年在新疆卡拉麦里山有蹄类
野生动物保护区采用焦点动物取样法,通过测定鹅喉羚警戒行为比例、平均每次警戒持续时间及10 min内警戒频
率,研究了季节、性别及群体大小对鹅喉羚个体警戒水平的影响,并验证群体效应。结果表明:由于季节更替
而产生的生物量的变化对鹅喉羚个体警戒水平无显著影响;在秋冬季除雄性外,鹅喉羚个体警戒水平均有随群
体增大而降低的趋势,但这种趋势并不十分明显。性别则显著影响其警戒水平,夏季由于雌性羚羊处于哺乳期,
因而其警戒水平显著高于雄性(P < 0.05);受繁殖行为影响,冬季雄性比雌性警觉性更高(P > 0. 05);春秋季
两性间警戒水平没有差异(P >0.05)。不同生理周期是导致鹅喉羚育幼期雌性及繁殖期雄性个体警戒水平发生
显著变化的重要因子。     

艾比湖湿地自然保护区鹅喉羚生境适宜性评价

鹅喉羚是易危物种之一,利用现代空间分析技术快速准确评价其生境质量具有方法学意义和动物保护实际价值。以新疆艾比湖湿地自然保护区为评价区,通过全年不同季节多点野外调查,结合GIS空间分析技术,对鹅喉羚的生境影响因素进行分析并进行了适宜性评价。主要结果与结论如下:1)构建了适宜于研究区的基于植被类型和水源地为主要评价因子的鹅喉羚生境适宜性评价指标;2)通过空间数据统计分析认为水源和植被是影响保护区鹅喉羚生境质量的重要因素,距水源地2000 m以内的胡杨、梭梭、柽柳群落最适合鹅喉羚的生存,距水源2000—5500 m的区域为水源的中度适合区域,距水源5500 m以外植被稀少的地区不适宜鹅喉羚的生存;3)研究区域鹅喉羚生境面积春季为2339 km2,夏季为2880 km2,秋季为2728 km2,冬季为2862 km2,分别占研究区域总面积的61.5%、75.6%、71.7%和75.2%;4)目前在保护区内活动的人群主要为保护区的管理人员,人类活动地区与鹅喉羚生存环境空间上具有重叠性,但人类活动强度尚没有显著影响到鹅喉羚的生存,保护区的存在为鹅喉羚的生存起到了重要保护作用;5)由于保护区上中游人类的生产与开发,保护区水资源不断减少,主要表现为地表水减少,地下水位下降,这可能成为影响鹅喉羚生境质量的主要因素。今后需要优化保护区内水资源的配置,尽量减少人类活动对鹅喉羚的干扰,以有利于鹅喉羚的生存繁衍。     

道路交通对鹅喉羚昼间集群特征和警戒行为的影响

分析道路交通对濒危有蹄类动物行为模式的影响,阐明其行为反馈与适应机制,对制定道路工程干扰下濒危物种的保护方案具有重要意义。2015年和2016年6-8月,调查了国道216线白昼运营对新疆卡拉麦里山有蹄类野生动物自然保护区鹅喉羚(Gazella subgutturosa)集群特征和警戒行为的影响。研究发现,国道216线的扰动导致鹅喉羚集群规模显著增加;随着距国道216线距离越近,鹅喉羚警戒行为投入时间越多,距离道路500m可能是国道216线对鹅喉羚集群和警戒行为影响的阈值。本研究结果表明,道路带来的人为干扰与捕食风险相似,迫使鹅喉羚调节其集群规模和警戒水平。未来应加强道路等交通工程影响下保护区内野生动物的行为反馈和适应机制研究,据此提出减缓措施,降低道路对野生动物的负面影响。     

新疆准噶尔盆地东部鹅喉羚采食地的特征

2001—2003年5月和9月,通过野外亘接观祭米样的方法,我们对新疆准噶尔盆地东郡木垒地区鹅喉羚的采食地进行了研究。在研究区南部,分布着以盐生假木贼和蒿为主的低矮小半灌木,其间散布有木本猪毛菜和驼绒藜为优势种的条块状高灌丛。鹅喉羚多在灌丛块中采食。Mann-WhitneyU检验表明,采食地内的植物种数、植被盖度和植被高度都显著高于对照地中相应成分。主成分分析表明,影响鹅喉羚采食地选择的主要环境因子是植物种数和植被盖度。在研究区北部,分布着以沙生针茅和木地肤为主的植被,其问散布有固定和半固定沙丘。沙丘上各种灌木发育较好,鹅喉羚多在沙丘上觅食。Mann-WhitneyU检验表明,采食地内的植物种数、植被盖度、植被高度,以及蛇麻黄、木地肤和驼绒藜的盖度都显著高于对照地中相应成分。主成分分析表明,影响鹅喉羚采食地选择的主要环境因子是蛇麻黄、木地肤、扁果木蓼盖度和植物种数。     

卡拉麦里山保护区鹅喉羚卧息地特征的季节变化

于2007年对卡拉麦里山有蹄类保护区不同季节的鹅喉羚卧息地特征进行了研究。Mann-WhitneyU检验表明:春季鹅喉羚卧息地植物高度明显高于对照地(Z=2.27,P<0.05),驼绒藜密度、灌木盖度和地上生物量极显著高于对照地(Z=2.85,Z=3.29,Z=2.98,P<0.01);夏季鹅喉羚卧息地植物高度和单位面积地上生物量明显高于对照地(Z=2.06,Z=2.97,P<0.05);秋季鹅喉羚卧息地植物种数明显高于对照地(Z=2.52,P<0.05),灌木盖度和植物高度极显著高于对照地(Z=5.22,Z=4.58,P<0.01)。主成分分析表明,春夏秋3季影响鹅喉羚卧息地选择的主要环境因子是食物、隐蔽条件和环境温度。单因素方差分析表明,鹅喉羚卧息地特征在季节间有显著差异,以春季和夏季、春季和秋季最为明显。食物资源和环境温度的变化是导致鹅喉羚卧息地特征季节性变化的主要因素。鹅喉羚卧息地选择与其自身的体温调节有一定关系。     

新疆北部鹅喉羚的食性分析

2006年10月至2007年8月,作者采用粪便显微分析法研究了新疆卡拉麦里山有蹄类保护区鹅喉羚的四季食性以及冬季绵羊的食性.结果发现:鹅喉羚共采食16科47种植物;不同季节间鹅喉羚食性有明显变化,秋季采食7科24种植物,冬季采食6科17种植物,春季采食16科41种植物,夏季采食12科30种植物;藜科、禾本科植物是鹅喉羚全年的主要食物来源,占鹅喉羚总采食量的38.8～85.1%,非禾本科草本植物也在鹅喉羚食物组成中占有重要地位;春季短命和类短命植物对鹅喉羚有重要意义,占春季采食量的27%.针茅在四季都是鹅喉羚采食的主要植物;春季和夏季鹅喉羚采食较多的驼绒藜,秋季和冬季梭梭被较多采食.由于干旱胁迫,春季、夏季和秋季鹅喉羚喜食含水量较高的多根葱、骆驼蹄瓣、粗枝猪毛菜等非禾本科草本植物.冬季鹅喉羚与绵羊间的生态位宽度相近,食物重叠指数高达76.6%,绵羊与鹅喉羚之间食物竞争明显.     

不同海拔高度大血藤群体遗传多样性的RAPD分析及其与环境因子的相关性

利用 RAPD技术分析了分布于浙江省天台山 3个不同海拔高度的天然大血藤群体的遗传多样性、遗传分化以及与环境因子的相关性。 13种随机引物在 3 6株个体中共检测到 88个可重复的位点 ,其中多态位点 74个 ,总多态位点百分率为84.0 9% ,大血藤具有丰富的遗传多样性。 Shannon信息指数显示的遗传多样性以海拔 950 m的群体为最高 ,其次是海拔 73 0 m的群体 ,最低的是海拔 52 0 m的群体 ;群体内的遗传多样性占总遗传多样性的 43 .68% ,群体间的遗传多样性占 56.3 2 %。 Nei指数估计大血藤群体间的遗传分化系数为 0 .540 6,大血藤群体间的基因流很低。大血藤海拔 73 0 m群体与海拔 52 0 m群体的遗传相似度较高 ,海拔 950 m群体与其它两群体的遗传相似度较低。大血藤群体内的遗传多样性与土壤总氮呈极显著的正相关。     

中国新疆野苹果天然群体遗传多样性SSR分析

摘要：本研究以新疆巩留、新源、霍城、托里4个居群下的12个新疆野苹果群体为材料,应用涉及12个连锁群的17对SSR引物进行了群体微卫星位点等位基因和基因型差异分析,从地理居群、海拔高度、引物类型角度对新疆野苹果天然群体遗传多样性和遗传结构进行了 探索。结果表明：17对SSR引物在新疆野苹果中种内多态位点百分率达100%;XY1、HC2群体的基因多样性较高。聚类结果显示,同一居群下的群体分在相同的组中;巩留居群与新源居群的遗传关系最近,霍城居群次之,托里居群最远。不同地区间遗传多样性,霍城居群最高,托里居群最低。海拔高度对群体遗传结构影响较小,除了观测杂合度与海拔存在弱正相关外,大多数遗传参数与海拔无相关性。新疆野苹果群体内变异大于群体间,群体间分化很小,基因流较高。     

华北地区小丛红景天种群的AFLP遗传多样性

利用扩增片段长度多态性(AFLP)标记, 对分布于华北地区5个山脉的25个小丛红景天(Rhodiola dumulosa)自然种群的776个样品进行了遗传多样性和遗传结构的研究。结果表明: 华北地区小丛红景天种群具有较高的遗传多样性, 4对选择扩增引物共扩增出398条清晰的条带, 其中多态带312条, 种群的平均多态位点百分率为78.46%, 种群总的Nei’s基因多样性为0.364 9, 总Shannon多态性信息指数为0.542 2。华北地区小丛红景天种群间的遗传分化系数G_st = 0.150 7, 基因流Nm = 2.817 9, 表明种群间遗传分化较低, 有一定的基因交流。AMOVA分析结果也表明: 华北地区小丛红景天的遗传变异主要存在于种群内, 地理单元间有一定的遗传分化, 而种群间的遗传分化较低。STRUCTURE的分析和UPGMA聚类分析结果一致, 结果显示地理分布距离相近的种群优先聚在一起。Mantel检验也进一步证实, 华北地区小丛红景天种群的遗传距离与地理距离间呈显著的正相关关系(r = 0.512 9, p < 0.001)。种群的遗传多样性与海拔呈显著的负相关关系(p < 0.05), 而与坡向没有显著相关性。用Dfdist软件分析海拔对遗传多样性的影响, 结果表明没有显著的受选择位点。     

四川地区猕猴线粒体DNA 控制区遗传多样性及其种群遗传结构

猕猴是最理想的医学实验灵长类动物,并且是国家二级保护动物。四川地区的猕猴数量多、分布广,全面了解其遗传背景对于该地区猕猴资源的保护与合理利用具有重要的意义。本研究对来自四川8 个地理种群的231个不同猕猴个体的线粒体DNA 控制区部分序列进行了测定和群体分析,发现了110 个变异位点(22. 49% ),定义了56 种单倍型,其单倍型多样性(h)平均值为0. 686、核苷酸多样性(π)平均值为0. 01483,种群总体遗传多样性较高;进一步分析表明,8 个地理种群间存在着明显的遗传分化(F_st = 0. 70412,P < 0. 05),种群间基因交流较低(N_m < 1);系统发育树显示,四川猕猴8 个地理种群的单倍型基本上成簇分布在系统树上,与地理位置呈现一定的对应关系,说明四川猕猴具有明显的系统地理分布格局。地理隔离和人类活动可能是促使四川猕猴种群分化的主要因素。     

基于线粒体12S对中国两大山系大熊猫西氏贝蛔虫种群遗传多样性的分析

大熊猫是中国特有的珍稀濒危物种,而西氏贝蛔虫是大熊猫体内最为常见的肠道寄生虫,对野生和圈养大熊猫危害极大。考虑到大熊猫因分布区域的差异而形成了不同的亚种以及寄生虫与宿主间广泛的协同进化关系,西氏贝蛔虫是否也存在与大熊猫相适应的亚种分化一直是野生动物学家极其关注和热议的话题。为此,本文选择中国两大山系（岷山和邛崃）大熊猫种群体内共计34株西氏贝蛔虫虫体样本进行种群遗传多态性研究。利用PCR技术扩增出了岷山（14株）和邛崃（20株）西氏贝蛔虫的线粒体12S基因全序列并对其做了遗传多样性分析。结果表明：（1）34个样本包含9个单倍型,呈现出一个高单倍性多样性和低核苷酸多样性的特点;（2）负的Tajima's D和Fu's Fs中性检验值及“多峰型”的种群歧点分布图暗示种群不久前曾经历过突增长的现象;（3）低的种群间的分化系数和高的基因流表明两个地理种群间未形成显著的遗传分化;（4）系统发育树和单倍型网络图表明两山系种群分布无区域特异性。因此,岷山和邛崃山系的大熊猫体内的西氏贝蛔虫种群遗传变异性较低,分化不明显。该发现不仅暗示了西氏贝蛔虫与其宿主（大熊猫）的进化不同步,而且还为不同区域大熊猫西氏贝蛔虫病的监控提供了理论依据。     

喜马拉雅旱獭线粒体DNA控制区遗传多样性及系统发育

喜马拉雅旱獭是青藏高原的优势种,数量多、分布广,全面了解其遗传背景对该地区旱獭资源的保护与合理利用具有重要的意义。本研究以青藏高原云南、西藏和青海三省区共13个地理种群计258只旱獭为研究对象,PCR扩增获得线粒体DNA控制区基因部分序列(887 bp),并运用种群遗传学方法进行遗传多样性分析。结果显示:258份样品共发现了84个变异位点(9.40%),定义了68种单倍型,其单倍型多样性(h)平均值为0.968±0.003、核苷酸多样性(π)平均值为0.017 25±0.016 37,种群总体遗传多样性较高。AMOVA方差分析显示13个地理种群间存在着明显的遗传分化(Fst=0.620 67,P<0.001),种群间基因交流多数较低(Nm<1)。基于单倍型构建的系统发育树中13个地理种群的喜马拉雅旱獭聚为两支,其中来自青藏高原西南地区(西藏安多、青海格尔木、青海囊谦、云南迪庆)的18个单倍型聚成一个大的分支(A支),其余50个单倍型聚为一个大的分支(B支),在NETWORK网络图中也可见到相似网络拓扑结构。研究结果显示青藏高原喜马拉雅旱獭种群以唐古拉山脉为界分为两个大的种群,说明地理隔离是影响喜马拉雅旱獭种群动态变化的主要因素。     

新疆克孜勒苏柯尔克孜地区帕米尔牦牛mtDNA COⅠ 的遗传多样性分析

为了更好地保护和开发我国新疆的牦牛遗传资源,对新疆克孜勒苏柯尔克孜地区帕米尔牦牛的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析。对3个帕米尔牦牛类群的线粒体COⅠ基因序列进行测定,分析其多态性,构建系统进化树。研究结果显示,帕米尔牦牛COⅠ基因序列全长为1 048 bp,共检测到13个变异位点,其中单态突变位点9个,简约信息位点4个。在帕米尔牦牛类群中共检测出10种单倍型,平均单倍型多样性（haplotype diversity,H_d）、平均核苷酸多样性（nucleotide diversity,P_i）分别为0.762和0.001 64。3个类群间平均遗传距离为0.004 30,且苏木塔什牦牛与布伦口牦牛的遗传距离最小（0.003 72）。结果表明,帕米尔牦牛具有丰富的遗传多样性,但各类群之间遗传分化不明显,且经人工或自然选择后群体发生了扩张和基因交流的情况。研究结果为新疆帕米尔牦牛的遗传改良及新疆优良畜禽遗传资源的保护和开发提供了科学依据。     

基于线粒体 Cyt b 基因的柴达木盆地子午沙鼠的遗传多样性与种群结构分析

对采集自柴达木盆地4个子午沙鼠种群的线粒体Cyt b部分序列进行测序,分析其遗传多样性和种群间系统进化关系。结果显示：冷湖-苏干湖种群的遗传多样性最高（Hd = 1.000;π = 0.00530）,花土沟种群的遗传多样性最低（Hd = 0.750;π = 0.00255）。分子变异分析结果显示61.68%的变异来自种群内,38.32%的变异来自种群间。其中, 冷湖-苏干湖种群与其他种群之间的遗传分化水平相对较低,格尔木种群与其他种群之间有较高水平的遗传分化。系统进化分析显示柴达木盆地子午沙鼠以冷湖-苏干湖为发源地沿盆地周边自西向东扩散,各种群之间存在广泛的基因交流。由于地理阻隔,格尔木种群与其他种群间基因交流较少。各地理种群间遗传距离与地理距离不相关。青藏高原大湖期是柴达木盆地各种群之间产生遗传分化的主要原因。     

马鹿阿拉善亚种遗传多样性和群体结构

马鹿阿拉善亚种（Cervus elaphus alashanicus）又称阿拉善马鹿,目前仅分布于贺兰山地区,是我国马鹿亚种分布范围最狭窄的一个隔离种群。为了解阿拉善马鹿的种群遗传多样性及遗传变异情况,以对该种群的保护提供科学参考,对在贺兰山采集的93个野生个体新鲜粪便样本的线粒体控制区部分序列（991 bp）进行扩增和分析,共检测到68个变异位点,定义16种单倍型,平均单倍型多样性为0.405,平均核苷酸多样性为0.00232,说明种群遗传多样性水平较低。中性检验和错配分布分析表明阿拉善马鹿曾出现过种群扩张,贝叶斯天际线分析（BSP）显示扩张时间约在末次冰盛期（0.028—0.010 Ma）。FST检验表明阿拉善马鹿种群内存在显著遗传分化,系统发育树和单倍型网络图分析表明群体间没有明显的系统地理格局。本研究表明阿拉善马鹿目前种群遗传多样性较低,建议加大对该亚种的关注和保护力度。       

基于细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因的中缅树鼩地理种群遗传分化

中缅树鼩广泛分布于东南亚地区,在我国主要分布于西南地区及海南岛。本研究以中国10个地理种群共112只中缅树鼩为研究对象, PCR扩增得到1398 bp的细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因序列,并对其进行分析。 结果显示：112个中缅树鼩COⅠ基因共定义了64个单倍型,其单倍型多样性（Hd）平均值为0.9730,核苷酸多样性（Pi ）平均值为0.04494;AMOVA方差分析显示种群间的变异占总变异的93.09%,说明中缅树鼩地理种群变异主要发生在种群间;整体遗传分化固定指数（F_ST）为0.93091,说明各地理种群中缅树鼩已出现明显的遗传分化;结合中性检验与碱基错配分布图结果表明中缅树鼩在历史进程中未经历过种群扩张现象; 基于单倍型构建的系统进化树与NETWORK网络图显示10个地理种群的中缅树鼩聚为4支：海南种群一支,大新种群一支,片马种群一支,其他种群一支。结果表明：中国不同地理种群的中缅树鼩具有较高的遗传多样性,各地理种群间已经出现了较为明显的遗传分化,地理阻隔作用可能是其分化的主要原因。