云南4个地区高山姬鼠线粒体控制区种群遗传分化研究

对云南4个种群38个个体的线粒体控制区（D-loop）905 bp的核苷酸序列遗传变异进行分析,探讨了高山姬鼠种群遗传结构和分化。在905 bp D-loop基因的碱基序列中,共发现了57个变异位点（全变异的6.30%）,共定义了23个单倍型,其中有一个单倍型（Hap1）为横断山3个种群（中甸、丽江和剑川）所共享,其余22个单倍型均为各个种群所特有。分子变异分析（AMOVA）表明,种群间的遗传变异占33.7%,种群内的遗传变异占66.3%。FST统计结果表明,除昆明种群和横断山种群之间差异显著（P〈0.05）,其它地理种群间的差异均不显著（P〉0.05）,说明昆明种群与横断山种群之间出现了明显的遗传分化。     

内蒙古布氏田鼠地理种群遗传多样性

以MHCⅡ类基因第二外显子为分子标记,利用限制性内切酶分析法和序列分析法对8个布氏田鼠Lasiopodomys brandtii地理种群进行遗传多样性分析。结果显示,8个布氏田鼠地理种群的MHCⅡ类基因第二外显子酶切共检测到6个等位基因,定义21种单倍型,其中有3个单倍型为不同区域种群共享,经卡方检验,6个酶切多态性位点上基因型频率不符合Hardy-Weinberg平衡;序列分析显示,在261 bp的核苷酸序列中,有57个变异位点,单倍型多样性为0.746 5~0.873 3、核苷酸多样性为0.006 06~0.016 55。谱系分析得到3个稳定的分支:锡林浩特、二连浩特、东乌珠穆沁旗和西乌珠穆沁旗4个种群形成一个单元分歧的进化分支(A区域),新巴尔虎左旗、陈巴尔虎旗和新巴尔虎右旗3个种群成一个单元分歧的进化分支(B区域),而位于浑善达克沙漠南部的正镶白旗种群形成一个独立单元分歧的进化分支(C区域),分别与采集的地理种群相吻合。AMOVA分析结果表明,区域类群间的遗传变异占总变异比率的64.08%,区域内种群间占7.78%,种群内占28.14%。除正镶白旗种群外,布氏田鼠种群具有较丰富的遗传多样性,遗传变异主要发生在区域类群之间和种群内。     

长江上游干流及赤水河蛇遗传多样性与种群历史分析

通过分析76尾来自长江上游干流宜宾(14尾)、合江(30尾)及支流赤水河(32尾)蛇(Saurogobio dabryi)种群的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,研究蛇3个地理种群的遗传多样性及种群历史。用于分析的Cyt b序列长1 097 bp,含变异位点28个,其中简约信息位点18个。76尾个体共检测到26个单倍型,整体呈现较高的单倍型多样性(Hd=0.872)和较低的核苷酸多样性(Pi=0.004 0)。三个种群共享较多的单倍型。基于单倍型构建的系统发育树及NETWORK网络关系图显示:所有来自长江上游干流和赤水河的单倍型不能按照地理分布各自聚类,而是相互混杂聚在一起;网络关系图呈星状分布,未检测到原始单倍型和进化中心。此外,基于单倍型频率分析得到的三个种群间的遗传分化指数FST值较低(分别为﹣0.0293、0.0280和0.0258)。分子方差分析(AMOVA)显示,整体上长江上游干流及赤水河蛇种群变异主要来源于种群内,种群内的变异占总变异的80.00%,表明长江上游干流及赤水河蛇种群属于同一种群,蛇各地理种群间基因交流频繁。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析显示,整体上长江干流及赤水河蛇种群在距今0~0.025 Ma(百万年)期间发生过种群扩张现象。     

青藏高原的地理屏障在高原鼠兔种群分化中的作用

本研究采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法获得了分布于四川、青海、新疆和西藏的32个高原鼠兔种群共205个个体的mtDNA中12S RNA的946 bp核苷酸序列和Cyt b 1107 bp序列,205个个体的两个基因联合序列经单倍型分选后,共定义了131个单倍型,其中有1个单倍型为不同区域种群所共享,其余130个单倍型均为各区域种群所特有。AMOVA分析结果显示,区域间遗传变异占总变异比率的63.59%,区域内种群间变异组分占7.85%,种群内个体间变异组分占28.56%。谱系分析揭示位于雅鲁藏布江以南的区域A的江孜和浪卡子2个种群形成一个单元分歧的进化分支,位于柴达木盆地和共和盆地东北的区域B的青海湖、刚察、海北、祁连、天峻5个种群形成一个单元分歧的进化分支,基因流分析显示雅鲁藏布江以南的种群与其它种群基因交流最小,柴达木盆地干旱地带的东北区域B的5个种群次之,表明雅鲁藏布江形成了高原鼠兔种群分化中最强烈的隔离,柴达木盆地和共和盆地隔离作用中等,其它河流、湖泊、山脉隔离作用不明显。     

中国狼不同地理种群遗传多样性及系统进化分析

为了解中国狼不同地理种群遗传多样性及系统发育情况,从中国境内狼的主要分布区青海、新疆、内蒙古和吉林4个地区采集样品,用分子生物学技术手段成功地获得44个个体线粒体DNA控制区第一高变区(HVRⅠ)序列和40个线粒体Cyt b部分序列。线粒体控制区HVRⅠ共检测到51个变异位点,位点变异率为8.76%;线粒体Cyt b部分序列发现31个变异位点,位点变异率为5.33%,未见插入及缺失现象,变异类型全部为碱基置换。共定义了16个线粒体HVRⅠ单倍型,其中吉林与内蒙种群存在共享单倍型,估计这两地间种群亲缘关系较近。4个地理种群中新疆种群拥有较高的遗传多样性(0.94)。中国狼种群总体平均核苷酸多态性为2.27%,与世界其他国家地区相比,中国狼种群拥有相对较高的遗传多样性。通过线粒体HVRⅠ单倍型构建的系统进化树可以看出,中国狼在进化上分为2大支,其中位于青藏高原的青海种群独立为一支,推测其可能长期作为独立种群进化。基于青海种群与新疆,内蒙种群的线粒体Cyt b遗传距离,推测中国狼2个世系可能在更新世冰川时期青藏高原受地质作用急速隆起后出现分歧,分歧时间大约在1.1 MY前。     

基于线粒体Cyt b基因的中国南方唇(Hermibarbus labeo)和间(Hermibarbus medius)种群分化及亲缘地理研究

为了解中国南方唇(Hermibarbus labeo)和间(Hermibarbus medius)的种群分化、亲缘地理格局及物种有效性,作者对唇8个水系及间9个水系共148尾样本的Cyt b基因全序列进行了测定。在所有序列中,共有128个变异位点,共检测出了41个单倍型,单倍型多样性为0.954,核苷酸多样性为0.02153。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,中国南方的唇与间合聚为两大支,其中韩江和九龙江的全部唇样本组成了Ⅰ支,而其他水系的唇和间样本则组成了Ⅱ支。两支系间的遗传距离为5.1%,而唇和间之间的遗传距离为3.2%。现有证据不支持间与唇达到种一级的分化。单倍型网络图显示,韩江、九龙江种群和其他水系的种群分化较大;海南岛三大水系种群和漠阳江种群的单倍型分支与代表珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与其他地理区间种群的亲缘关系则相对较远;西江可能为珠江水系、漠阳江水系和海南岛三大水系间种群的扩散中心,其中一支往东向北江和东江扩散;另一支往南向海南岛扩散,海南岛三大水系种群尔后在冰期海退时向北扩散至漠阳江水系及珠江水系。AMOVA分析表明,唇和间地理区之间变异约占54.50%,地理区内种群间变异约占18.64%,种群内的变异占26.86%,这说明,唇和间种群Cyt b的遗传分化主要是来自地理区之间。错配分析及中性检验显示,全部种群、唇种群、间种群在历史上均没有发生过明显的扩张,两个mt DNA支系亦未发生过扩张,而海南岛的昌化江种群曾发生过种群扩张。     

三个地理种群的董氏须鳅遗传多样性及种群历史动态

研究采用线粒体DNA Cyt b和D-loop基因分析西辽河、松花江和穆棱河3条水系董氏须鳅(Barbatula toni)的遗传多样性和种群结构, 并探讨其种群演变历史。结果表明: 3条水系119个董氏须鳅样本共检测出57个单倍型, 各群体间不存在共享单倍型; 3个董氏须鳅地理群体均呈现出较高的单倍型多样性(0.805—0.926)和较低的核苷酸多样性(0.00095—0.00458); AMOVA分子方差分析、群体间分化指数(F_ST)、系统发育树及单倍型网络图均表明3个地理种群已经出现高度分化, 群体间遗传变异占总变异的79.45%, 遗传分化显著(P<0.01)。中性检验和错配分析表明, 松花江和穆棱河群体历史上发生了群体快速扩张。参考鳅科鱼类Cyt b基因0.68—0.84%/Ma的进化速率, 估算3个地理群体的分歧时间为1.082—0.669 Ma前, 松花江和穆棱河群体扩张时间为0.071—0.047 Ma前, 推测我国董氏须鳅在中更新世期随冰期迁移至不同避难所, 形成各地理群体, 并于晚更新世早期经历了群体扩张事件。     

基于线粒体细胞色素b基因的中国大沙鼠系统地理格局

通过内蒙、新疆、甘肃的41个大沙鼠样品和1个伊朗撒拉克大沙鼠的mtDNA Cytb基因全序列的遗传分析,对我国大沙鼠(Rhombomys opimus)的分子系统地理学进行了初步探讨。结果表明,我国41个大沙鼠样品的Cytb基因包含了50个核苷酸变异位点(占全序列的4.39%),其中转换48个,颠换2个,共定义23个单倍型。在四个地理种群中,内蒙古中部半荒漠区和阿拉善荒漠区的单倍型多样性最高,甘新荒漠区的单倍型多样性最低;北疆荒漠区的核苷酸多样性最高,内蒙古中部半荒漠区的核苷酸多样性最低。分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占51.68%,种群内的遗传变异占48.32%。FST统计结果表明,除内蒙古中部半荒漠区与阿拉善荒漠区地理种群之间差异显著外(P<0.05),其它地理种群间的差异均极显著(P<0.01)。基于单倍型的系统树显示,42只大沙鼠形成三支。其中,伊朗撒拉克地区大沙鼠和中国地区大沙鼠之间的亲缘关系比中国两支大沙鼠之间的亲缘关系远;分析表明,中国分布的大沙鼠两支之间分歧时间估计在0.093Ma前。嵌套支分析表明,大沙鼠历史种群曾发生过异域片段化、受阻碍基因流和持续种群扩张事件。种群扩张分析提示大沙鼠在0.0119Ma前曾经历过一次种群扩张事件,种群可能受到末次冰期波动的影响。     

长江上游干流及赤水河蛇鮈遗传多样性与种群历史分析

通过分析76尾来自长江上游干流宜宾(14尾)、合江(30尾)及支流赤水河(32尾)蛇(鮈)(Saurogobio dabryi)种群的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,研究蛇(鮈)3个地理种群的遗传多样性及种群历史.用于分析的Cyt b序列长1 097 bp,含变异位点28个,其中简约信息位点18个.76尾个体共检测到26个单倍型,整体呈现较高的单倍型多样性(Had=0.872)和较低的核苷酸多样性(Pi=0.004 0).三个种群共享较多的单倍型.基于单倍型构建的系统发育树及NETWORK网络关系图显示:所有来自长江上游干流和赤水河的单倍型不能按照地理分布各自聚类,而是相互混杂聚在一起;网络关系图呈星状分布,未检测到原始单倍型和进化中心.此外,基于单倍型频率分析得到的三个种群间的遗传分化指数FST值较低(分别为-0.0293、0.0280和0.0258).分子方差分析(AMOVA)显示,整体上长江上游干流及赤水河蛇(鮈)种群变异主要来源于种群内,种群内的变异占总变异的80.00％,表明长江上游干流及赤水河蛇(鮈)种群属于同一种群,蛇(鮈)各地理种群间基因交流频繁.中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析显示,整体上长江干流及赤水河蛇(鮈)种群在距今0～ 0.025 Ma(百万年)期间发生过种群扩张现象.     

安徽长江流域黄鳝6个地理种群的遗传变异研究

采用线粒体细胞色素b(Cyt b)为分子标记,研究了安徽长江流域黄鳝6个地理种群(当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江)共180尾个体的遗传变异关系。结果显示,在1087 bp序列中共检测到变异位点101个,单倍型68个,碱基组成中A+T的含量大于G+C的含量。6个地理种群的单倍型多样性(0.623~0.940)较高,核苷酸多样性(0.001 78~0.019 04)较低。群体分化指数(Fst:0.026 12~0.947 07)、基因流(Nm:0.027 94~18.6400)和分子变异分析(AMOVA)结果表明,安徽长江流域黄鳝一些地理种群间存在着明显的遗传分化。单倍型系统进化树和进化网络图表明:6个地理种群分为2个大的进化支,当涂与繁昌种群为一支,其余4个种群为另一支。地理隔离和黄鳝有限的迁移能力可能是造成种群遗传分化的原因。     

广东地区宽鳍(鱼巤)种群遗传变异和亲缘地理

通过分析88尾采自广东境内9条水系的宽鳍(鱼巤)(Zaccop,platypus)线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cyt b)基因全序列,初步研究其种群遗传变异和地理格局,所测定的Cyt b基因全序列长1140 bp,其中变异位点98个,简约信息位点75个.共检测到33个单倍型,除鉴江种群只有1个单倍型外,其余8条水系均有多个单倍型.北江、流溪河、鉴江、北流河和罗定江等5个种群有共亭单倍型Hap11,罗定江和北流河之间共享了单倍型Hap4,东江与流溪河共享Hap6,而韩江和榕江共享单倍型Hap29.种群单倍型多样性的平均值(h)为0.908,核苷酸多样性的平均值(π)为0.01961,表现出较高的遗传多样性.系统发育分析(NJ树)显示,宽鳍(鱼巤)种群33个单倍型可分为2个分支,其中来自珠江水系(北江、东江、流溪河、罗定江和北流河)和广东西部独立人海水系(鉴江和漠阳江)的宽鳍(鱼巤)种群聚为一支(分支A),广东东部独立入海水系(韩江和榕江)种群聚为另外一支(分支B).2分支间的遗传距离和碱基差异率均较高(0.0517-0.0549,5.35%-_6.49%),明显大于分支A内(O.0012-0.0099,0.26%-2.11%)和分支B内的值(0.0027,1.58%),但远小于宽鳍(鱼巤)与外类群间的遗传距离和碱基差异率(0.0945-0.1912,8.77%-17.11%).这表明分支A与B之间已有明显的遗传分化,但分化程度来达到物种级水平,韩江和榕汀的种群相对独立,推测可能与莲花山脉的阻隔有关.根据单倍型网络图推测,流溪河可能是广东中西部地区宽鳍(鱼巤)的扩散中心,分别向珠江水系的西江、北江和东江扩散,再向鉴江和漠阳江扩散:另外由扩散中心经东江到榕汀再向韩江扩散.分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占38.50%,种群内的遗传变异占66.24%.中性检验和歧点分布分析皆表明广东境内9条水系的宽鳍(鱼巤)在整个种群上保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张.     

云南高山姬鼠头骨的几何形态学研究

表型可塑性是指同一基因型在不同环境条件下而产生多种不同表现型的反应能力。哺乳动物头骨形态的变化是在进化过程中出现的重要表型特征之一。云南省地势西高东低、海拔变化剧烈、是古北界寒带物种南迁,中南半岛热带物种北移的交汇地,自然环境的地带性和非地带性变化明显,栖息在该地区的动物为了适应多样的环境,可能出现不同的表型分化。高山姬鼠(Apodemus chevrieri)为我国特有种,主要分布在中国西南的横断山及其附近地区,是研究表型与生态适应之间关系的理想物种。为研究在云南特殊生态环境下物种的微进化,采用几何形态学的方法测量云南不同地区高山姬鼠头骨形态的变异,采用线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因和线粒体控制区(Mitochondrial control region,D-loop)探讨基因型的变化。结果显示:昆明种群与横断山种群(中甸、剑川、丽江)间发生了明显的形态变异和遗传分化,高山姬鼠头骨背面和腹面,横断山种群和滇中昆明种群很少重叠,这两个种群变异较大;但头骨的侧面和下颌侧面变异不明显。因此,分布于云南地区的高山姬鼠可能正处于生态物种形成的早期阶段。     

云南中缅树鼩线粒体细胞色素b和D-loop区遗传多样性研究

对3个地方种群的49只样本的线粒体Cyt b基因全序列（1140 bp）及33只样本的控制区D-loop基因区段（745 bp）进行了序列测定。结果表明：Cyt b基因多态性位点有47个,其中单变异位点位点23个,简约信息位点24个。共定义了24个单倍型,其中种群间的共享单倍型有2个（8.33%）,其余均为某个种群所特有,单倍型多样度范围为0.80952（剑川种群）~0.91532（禄劝种群）,核苷酸多样度指数介于0.00326（禄劝种群）~0.00635（剑川种群）之间;D-loop基因多态性位点有18个,其中单变异位点8个,简约信息位点10个。共定义了16个单倍型,无种群间的共享单倍型,单倍型多样度范围为0.76615（禄劝种群）~0.93333（丽江种群）,核苷酸多样度指数介于0.00269（禄劝种群）~0.00583（丽江种群）之间。从各单倍型的TCS网络进化图显示横断山种群位于分支的末端,表现出中缅树鼩由南向北的扩散模式,支持＂岛屿起源＂假说。     

基于线粒体细胞色素b基因分析海南岛褐家鼠种群遗传多样性

褐家鼠(Rattus norvegicus)是海南岛的主要害鼠之一,海南岛是我国南方海上的重要交通口岸,但关于海南岛褐家鼠的种群遗传多样性以及和邻近地区褐家鼠种群间的基因交流情况还缺乏了解。本研究测序分析了来自海南岛、广东、越南等地91只褐家鼠的细胞色素b基因,分析了不同种群中的Cyt b单倍型,种群间的遗传分化程度(F_(st)),构建了全世界60个褐家鼠的Cyt b单倍型之间的系统进化关系。结果发现,海南岛琼中/澄迈和崖城的褐家鼠种群没有共享的Cyt b单倍型,种群间出现了明显的遗传分化(F_(st)=0.453),但这两个群体分别与广东和菲律宾/越南的褐家鼠分享共同的单倍型,表明海南岛褐家鼠与广东和菲律宾/越南褐家鼠近代存在着基因交流。系统进化分析结果表明,多数海南岛和广东褐家鼠的Cyt b单倍型来自共同的单倍型组CⅢ和CⅦ,说明海南岛和广东省的褐家鼠可能由一个或多个共同的祖先种群扩散而来。由于褐家鼠喜欢与人伴生,褐家鼠很可能随着黎族人在新石器时代中期(大约3 000年前)或更早以前,从广西、广东沿海地区迁移至海南。     

基于线粒体Cyt b基因的中华沙塘鳢种群间遗传多样性分析

本研究以线粒体Cyt b基因为分子标记,对长江及珠江流域中华沙塘鳢(Odontobutis sinensis)的9个野生种群的遗传多样性进行分析。主要结论如下:(1)从108尾中华沙塘鳢样本中,共获得29个Cyt b基因单倍型(序列长度1 127 bp),总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(π)值分别为0.929 0、0.009 41,呈现出较高的遗传多样性和较低的核苷酸多样性的特点;(2)中华沙塘鳢9种群间的FST值在0.110 6~0.998 8间(p0.01),K2-P遗传距离在0.002~0.022间,揭示各种群间存在显著的遗传分化;而多数种群间的基因交流值(N_m)小于1(p0.05),表明这些中华沙塘鳢种群间的基因交流有限。(3)中性进化检测和网络亲缘关系分析表明,中华沙塘鳢的桂林(GL)和洞庭湖(DTH)种群经历过种群扩张事件,推测中华沙塘鳢基因交流的方向为由长江水系种群流向珠江水系种群。通过以上研究为中华沙塘鳢的资源保护、开发与利用提供科学的理论依据。     

基于线粒体Cyt b基因的雉鸡甘肃亚种的种群遗传结构

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序法分析雉鸡甘肃亚种的种群遗传结构。测序获得了8个种群79个样本的长819bp的线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列,发现7个变异位点,界定了6种单倍型(Haplotype),其中Hap-1是共享单倍型,占79.75%。在8个种群中,除ZJC和CHX种群外,其它种群的核苷酸多样性和单倍型多样性都很低,种群间遗传分化小,基因流大。ZJC种群由于亚种间的基因渗透,导致其遗传多样性最高。CHX种群受徽成盆地周边山地的森林隔离作用,单倍型最多。分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要发生在种群内,占86.44%。种群间和地理种群组间差异不显著。地理种群组的核苷酸多样性(π)同形态上的变异规律一致。FS值检测表明,雉鸡甘肃亚种曾发生过快速扩张。     

基于线粒体COI序列变异的高原鼢鼠种群遗传分化研究

基于线粒体COI基因序列对高原鼢鼠7个地理种群的遗传多样性、遗传分化和基因流进行分析,158条COI基因序列中发现了570个变异位点,界定了54个COI单倍型。总体单倍型多样性指数Hd为0.911,种群单倍型多样性在0.278—0.964之间,高原鼢鼠的种群遗传多样性较高。群体总的遗传分化系数Fst为0.611,群体间的基因流Nm在-0.020—3.700之间,部分地理种群之间的遗传分化程度高,基因流弱。AMOVA分子变异分析显示,高原鼢鼠的遗传变异主要来自种群之间(77.56%),种群内部的遗传变异较低(22.44%)。中性检验(P0.01)与错配分析显示高原鼢鼠种群经历了群体扩张事件。IBD未检测到地理距离与种群间遗传距离的显著性相关关系(R2=0.124,P=0.118)。综合分析认为,高原鼢鼠不同地理种群间遗传分化的原因除地理隔离外,还与迁移扩散方式、进化过程和其他环境因素有关。     

基于线粒体Cyt b基因序列变异的克孜河塔里木裂腹鱼和斑重唇鱼遗传多样性

采用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)序列,分析了采自新疆克孜河3个群体(斯木哈纳SM、牙师YS、卡拉贝利KL)的塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)41尾个体及1个斑重唇鱼(Diptychus maculates)群体(斯木哈纳)23尾个体的种群遗传多样性和遗传结构.结果显示,塔里木裂腹鱼检测到6个碱基变异位点,定义了4种单倍型,平均单倍型多样性指数及核苷酸多样性指数分别为0.525 4和0.001 16.分子变异分析(AMOVA)结果提示,塔里木裂腹鱼的遗传变异全部发生于群体内部;群体间Kimura-2-parameter遗传距离、分化指数(F<,st><0.085 25)和基因流(N<,m>>3.18)都显示3个群体没有种群分化,属于单一种群.斑重唇鱼检测出7个变异位点,定义了8个单倍型,平均单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为0.830 1和0.001 13.研究表明,克孜河的塔里木裂腹鱼和斑重唇鱼均处于很低的遗传多样性水平,物种维持力较弱.     

基于线粒体DNA的大石鸡种群遗传变异

大石鸡(Alectoris magna)是我国的特有鸟类,其种群数量由于受到栖息地片断化和人类狩猎的影响而日益减少。本文以mtDNA的控制区部分序列(1,127bp)和细胞色素b部分序列(807bp)为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群234个样本的遗传变异。173个样本的控制区序列中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.916±0.011和0.00449±0.00242,所有种群中单倍型多样性最高的是靖远和民和种群(0.894±0.063),最低的是海原种群(0.476±0.155)。230个样本的细胞色素b序列中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型。平均单倍型多样性为0.738±0.024,平均核苷酸多样性为0.00216±0.00009,所有种群中单倍型多样性最高的是共和种群(0.763±0.059),最低的为德令哈种群(0.000±0.000)。所有遗传多样性参数与样本量均无显著相关性。控制区和细胞色素b的单倍型邻接树均显示大石鸡在系统发生树上没有互为单系发生的种群存在,因此应该将大石鸡作为一个独立的进化显著单元(ESU)来对待。AMOVA结果显示大部分遗传变异分布于种群内,但种群间和群组间也存在显著的遗传变异,所以应该把各个种群作为独立的管理单元(MU)来实现短期内的管理和保护。对德令哈、都兰、礼县、张家川、海原等遗传多样性较低的边缘种群应重点保护,另外,对共和、贵德和靖远3个遗传多样性较高的种群也应重点加以保护。     

云南中华按蚊的遗传变异和种群结构

为了掌握云南省各地中华按蚊种群间的遗传变异和种群结构特征,测序并分析了采自云南9个样本点5个种群组的89头中华按蚊的线粒体COII基因。结果表明这些中华按蚊种群的COII基因序列平均单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为h=0.933,π=0.00406,共有51个变异位点,占分析的739个碱基总数的6.9%;定义了39个单倍型,有2个频率最高的单倍型H1和H9,分别占个体序列数的20.2%和12.4%;系统发育分析表明单倍型与地理位置没有明显的对应关系,单倍型网络图显示大部分单倍型分布没有明显的亲缘地理格局,主要以单倍型H1、H9、H4、H33和H2为中心呈星状分布,但元江和元阳构成的种群组(YU)单倍型存在明显地域分布特征;AMOVA结果表明种群组间遗传变异为12.58%,达到显著水平(P=0.04888),地理种群组间具有明显种群遗传结构。不同地区两两种群组间的Fst值和Nm值显示大部分种群组间存在基因交流,没有形成明显的遗传分化,但YU种群组和其他种群组间缺乏明显的基因交流,这主要是因为哀牢山的阻隔,使云南东西部形成两种不同的气候,产生了明显的遗传分化;歧点分布图显示为明显单峰分布,中性检测结果均为显著负值,说明云南省的中华按蚊种群在近期经历过复杂的种群扩张事件。掌握中华按蚊遗传多样性及分化特征,对中华按蚊及疟疾控制具有重要的作用。