中国北鳅谱系地理学分析

北鳅(Lefua costata)为冷水性鱼类, 分布于淮河以北, 分析遗传结构能够反映其适应环境变迁的响应。基于线粒体D-loop区211条序列分析了我国北鳅的谱系地理学和遗传多样性, 样本采自9条水系共18个样点。单倍型分析显示共计55个单倍型, 呈高单倍型多样性(h=0.9304)和高核苷酸多样性(π=0.0087)。单倍型多样性和核苷酸多样性最高的为辽东半岛种群(LD) (h=0.8920, π=0.0074), 其他地理种群距辽东半岛越远, 单倍型多样性越低。遗传距离(K2P)、群体间的遗传分化指数(F_ST)及AMOVA分子方差分析均显示LD种群与其他地理种群存在显著分化。基于单倍型构建的分子系统发育树和单倍型网络关系图均显示9条水系的单倍型不能各自聚类, 形成3大分支: 分支A以LD种群为主; 分支B含所有地理种群; 分支C以淮黄河种群(HH)和海滦河种群(HL)为主。中性检验和错配分析显示不同地理种群有扩张现象。基于化石校准点和北鳅鱼类D-loop序列1.00%Ma的平均进化速率评估各地理种群的分歧时间, 为2.3784— 0.0477Ma前, LD种群与其他地理种群分化时间最早(2.3784 Ma前), 推测LD种群受第四纪冰期影响较小, 辽东半岛为我国北鳅起源地之一, 其他地理种群以辽东半岛为中心借助松辽古大湖和黄渤海平原河口等发生多次迁移。     

基于线粒体Cyt b基因的中国南方唇(Hermibarbus labeo)和间(Hermibarbus medius)种群分化及亲缘地理研究

为了解中国南方唇(Hermibarbus labeo)和间(Hermibarbus medius)的种群分化、亲缘地理格局及物种有效性,作者对唇8个水系及间9个水系共148尾样本的Cyt b基因全序列进行了测定。在所有序列中,共有128个变异位点,共检测出了41个单倍型,单倍型多样性为0.954,核苷酸多样性为0.02153。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,中国南方的唇与间合聚为两大支,其中韩江和九龙江的全部唇样本组成了Ⅰ支,而其他水系的唇和间样本则组成了Ⅱ支。两支系间的遗传距离为5.1%,而唇和间之间的遗传距离为3.2%。现有证据不支持间与唇达到种一级的分化。单倍型网络图显示,韩江、九龙江种群和其他水系的种群分化较大;海南岛三大水系种群和漠阳江种群的单倍型分支与代表珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与其他地理区间种群的亲缘关系则相对较远;西江可能为珠江水系、漠阳江水系和海南岛三大水系间种群的扩散中心,其中一支往东向北江和东江扩散;另一支往南向海南岛扩散,海南岛三大水系种群尔后在冰期海退时向北扩散至漠阳江水系及珠江水系。AMOVA分析表明,唇和间地理区之间变异约占54.50%,地理区内种群间变异约占18.64%,种群内的变异占26.86%,这说明,唇和间种群Cyt b的遗传分化主要是来自地理区之间。错配分析及中性检验显示,全部种群、唇种群、间种群在历史上均没有发生过明显的扩张,两个mt DNA支系亦未发生过扩张,而海南岛的昌化江种群曾发生过种群扩张。     

赤水河两种荷马条鳅属鱼类的遗传多样性及谱系生物地理学过程分析

研究以线粒体Cyt b基因为分子标记,对赤水河两种荷马条鳅属（Homatula）鱼类（红尾荷马条鳅和短体荷马条鳅）的遗传多样性及种群结构进行了分析;同时,结合了对在长江上游其他几个水系分布的同种鱼类进行比较,分析其生物地理学过程。遗传多样性分析结果表明,5个水系135尾红尾荷马条鳅Cyt b基因序列共检测出42个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.936和0.00493;其中,赤水河种群的分别为0.891和0.00208。3个水系52尾短体荷马条鳅Cyt b基因序列共检测出12个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别0.821和0.01105;赤水河种群的分别为0.646和0.00390。基于ML和BI法构建的单倍型分子系统发育树结果表明,两物种各自构成单系,且得到较强支持。红尾荷马条鳅各种群地理格局分布明显,赤水河种群为并系类群位于分支基部。在短体荷马条鳅支系中,岷江与沱江两个水系的个体相互聚类在一起,而赤水河群体聚成一个分支。赤水河与其他水系不存在共享单倍型,表现了明显的隔离和差异性的地理分布格局。由于这些水系之间地理位置相距较远,推测这种格局的形成不是地质运动造成的水系隔离,而是历史时期水位的高低变化造成鱼类种群的扩散和隔离。错配分析支持赤水河两物种种群扩张的推断,但中性检验却并非全部支持,显示种群历史相对复杂。     

鄱阳湖及邻近水系银鲴的种群分化研究

以2010 ～2011年采自鄱阳湖及邻近水系(赣江和洞庭湖)的7个地理种群的228例银鲴样本为研究对象,结合形态和线粒体Cyt b数据,研究了银鲴种群的分化情况.主成分分析显示,银鲴地理种群间已具有一定的形态差异,尤其是赣江种群与其他种群间形态差异显著,能够明显区分.判别分析显示各地理种群间判别率较高,尤其是赣江种群高达100％.综合形态分析结果,银鲴各地理种群间形态差异明显.分子分析中,获得长度为1131 bp的Cyt b基因部分序列,共检测到107个单倍型.各地理种群单倍型多样性均较高(0.96471 ～ 0.99310),核苷酸多样性均较低(0.00419～0.00560).分子变异分析(AMOVA)表明,银鲴群体的遗传变异主要发生在地理种群内,地理种群间分化程度很低,相互间存在着广泛的基因交流.结合形态和分子分析结果,认为银鲴不同地理种群间的形态差异主要是其对特定环境适应的结果,而不是遗传分化所产生的.     

长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼种群遗传结构及种群历史分析

应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术及细胞色素b（Cytｂ）基因序列,分析了长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼（Boleophthalmus pecinirostris）群体遗传结构及种群历史,结果显示这一区域大弹涂鱼群体的遗传多样性水平很高。（1）RAPD分析结果：从100个10碱基随机引物中筛选出30个多态性引物,对长江口九段沙湿地、浙江舟山定海、福建霞浦群体各20个体进行RAPD分析,3个群体分别获得236、270、274条带,共301个有效位点。3群体多态位点比例（P）、Nei基因多样性指数（H）、Shannon多样性指数（I）分别在93.02%—96.35%、0.3890—0.4219、0.5618—0.6044。分子方差分析（AMOVA）表明,大弹涂鱼群体间存在显著的遗传分化（Fst= 0.03004-0.03254,P<0.05）,但仅3.2%的遗传变异来自群体间。（2）Cytｂ基因序列分析结果：从采自九段沙、定海、霞浦及浙江慈溪的42尾大弹涂鱼样本中,共获得33个Cytｂ基因单倍型（序列长1 141 bp）。4群体的平均单倍型多样性（h）、核甘酸多样性（π）分别为0.9814、0.0048。4群体间的遗传分化指数Fst为0.00043—0.07814,仅1.93%的变异来自群体间（AMOVA分析）,而基因交流值却达14.50—30.79,群体间K2-P遗传距离为0.0040—0.0056,从而显示大弹涂鱼群体间没有发生明显的地理分化。以Cyt b基因序列构建的NJ树揭示4个群体的个体组成2个谱系,但这2个谱系与地理分布并不相关。中性检验、错配分析和网络亲缘关系分析皆表明大弹涂鱼群体有过种群扩张,扩张时间约在更新世末期的0.057—0.023百万年前。     

长江上游干流及赤水河蛇遗传多样性与种群历史分析

通过分析76尾来自长江上游干流宜宾(14尾)、合江(30尾)及支流赤水河(32尾)蛇(Saurogobio dabryi)种群的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,研究蛇3个地理种群的遗传多样性及种群历史。用于分析的Cyt b序列长1 097 bp,含变异位点28个,其中简约信息位点18个。76尾个体共检测到26个单倍型,整体呈现较高的单倍型多样性(Hd=0.872)和较低的核苷酸多样性(Pi=0.004 0)。三个种群共享较多的单倍型。基于单倍型构建的系统发育树及NETWORK网络关系图显示:所有来自长江上游干流和赤水河的单倍型不能按照地理分布各自聚类,而是相互混杂聚在一起;网络关系图呈星状分布,未检测到原始单倍型和进化中心。此外,基于单倍型频率分析得到的三个种群间的遗传分化指数FST值较低(分别为﹣0.0293、0.0280和0.0258)。分子方差分析(AMOVA)显示,整体上长江上游干流及赤水河蛇种群变异主要来源于种群内,种群内的变异占总变异的80.00%,表明长江上游干流及赤水河蛇种群属于同一种群,蛇各地理种群间基因交流频繁。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析显示,整体上长江干流及赤水河蛇种群在距今0~0.025 Ma(百万年)期间发生过种群扩张现象。     

基于线粒体细胞色素b基因的黑鳍鳈(Sarcocheilichthys nigripinnis)生物地理学过程分析

黑鳍鳈(Sarcocheilichthys nigripinnis)为广泛分布于东亚地区的小型淡水鱼类,是生物地理学研究的良好材料。该研究以线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列为分子标记,对中国8个水系20个采样点的黑鳍鳈共142尾个体进行遗传变异及生物地理学过程分析。遗传多样性分析结果表明,142条Cyt b基因序列共检测出56个单倍型,总体单倍型多样性较高(h=0.971),而核苷酸多样性较低(π=0.0212),平均遗传距离较小(2.2%)。分子系统发育树结果表明,黑鳍鳈种群分为7个谱系,以秦岭为界可分为南、北两大支系,北方支系分化时间较早(谱系Ⅰ)而南方支系分化程度较高(谱系Ⅱ~Ⅶ)。该研究结果进一步揭示了克氏鳈(S.czerskii)的物种形成过程,估算其祖先在较晚近时期(~1.03 Ma)由黄河水系的黑鳍鳈分化而来。谱系生物地理学分析显示,黑鳍鳈的各地理种群表现为由北向南逐渐演化的趋势,地理隔离可能是限制该物种扩散和基因交流的主要原因。分子钟分析显示,分化时间发生于0.95~3.92 Ma。种群历史动态结果则推测黑鳍鳈经历过种群扩张,且该过程可能与更新世冰期与间冰期的更迭相关。     

基于线粒体细胞色素b基因序列探讨长江流域斑点蛇种群遗传结构和地理分化

通过分析303尾来自长江上游赤水河、长江上游干流和长江中游的斑点蛇Saurogobio punctatus线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,探讨这3个种群的遗传结构及地理分化过程。用于分析的Cyt b基因序列长1 097 bp,含变异位点80个,其中简约信息位点34个。303尾个体共检测到49个单倍型,整体呈现较高的单倍型多样性(H_d=0.803)和较低的核苷酸多样性(P_i=0.003 71)。由单倍型构建的系统发育树显示:所有来自长江中游种群的单倍型聚在一起,形成一个单系群,处于系统发育树最进化的位置;来自长江上游干流和赤水河种群的单倍型处于更基部的位置,不能构成单系群。长江上游干流种群与赤水河种群间具有较多的共享单倍型,二者间的遗传分化指数较低(F_(ST)=0.029 4),存在广泛的基因交流。而长江中游与长江上游干流及赤水河种群间的FST值分别为0.614 0和0.706 0,暗示长江上游与长江中游的斑点蛇间已发生高度分化。中性检验及错配分析显示,长江上游干流种群及赤水河种群经历过种群扩张,而长江中游种群未检测到扩张。Bayesian skyline plot(BSP)分析显示,斑点蛇种群从距今20万年前开始发生扩张,一直持续到末次间冰期(MIS5)晚期,而后迅速扩张。根据BSP分析及单倍型网络图,推测斑点蛇的起源中心可能在长江上游,然后通过种群扩张逐渐扩散到长江中游,进化成遗传分化较大的种群。     

基于线粒体Cyt b基因的中国南方唇鱼骨(Hermibarbus labeo)和间鱼骨(Hermibarbus medius)种群分化及亲缘地理研究

为了解中国南方唇鱼骨（Hermibarbus labeo）和间鱼骨（Hermibarbus medius）的种群分化、亲缘地理格局及物种有效性,作者对唇鱼骨8个水系及间鱼骨9个水系共148尾样本的Cyt b基因全序列进行了测定。在所有序列中,共有128个变异位点,共检测出了41个单倍型,单倍型多样性为0.954,核苷酸多样性为0.02153。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,中国南方的唇鱼骨与间鱼骨合聚为两大支,其中韩江和九龙江的全部唇鱼骨样本组成了Ⅰ支,而其他水系的唇鱼骨和间鱼骨样本则组成了Ⅱ支。两支系间的遗传距离为5.1%,而唇鱼骨和间鱼骨之间的遗传距离为3.2%。现有证据不支持间鱼骨与唇鱼骨达到种一级的分化。单倍型网络图显示,韩江、九龙江种群和其他水系的种群分化较大;海南岛三大水系种群和漠阳江种群的单倍型分支与代表珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与其他地理区间种群的亲缘关系则相对较远;西江可能为珠江水系、漠阳江水系和海南岛三大水系间鱼骨种群的扩散中心,其中一支往东向北江和东江扩散;另一支往南向海南岛扩散,海南岛三大水系种群尔后在冰期海退时向北扩散至漠阳江水系及珠江水系。AMOVA分析表明,唇鱼骨和间鱼骨地理区之间变异约占54.50%,地理区内种群间变异约占18.64%,种群内的变异占26.86%,这说明,唇鱼骨和间鱼骨种群Cyt b的遗传分化主要是来自地理区之间。错配分析及中性检验显示,全部种群、唇鱼骨种群、间鱼骨种群在历史上均没有发生过明显的扩张,两个mtDNA支系亦未发生过扩张,而海南岛的昌化江种群曾发生过种群扩张。     

长江上游干流及赤水河蛇鮈遗传多样性与种群历史分析

通过分析76尾来自长江上游干流宜宾(14尾)、合江(30尾)及支流赤水河(32尾)蛇(鮈)(Saurogobio dabryi)种群的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,研究蛇(鮈)3个地理种群的遗传多样性及种群历史.用于分析的Cyt b序列长1 097 bp,含变异位点28个,其中简约信息位点18个.76尾个体共检测到26个单倍型,整体呈现较高的单倍型多样性(Had=0.872)和较低的核苷酸多样性(Pi=0.004 0).三个种群共享较多的单倍型.基于单倍型构建的系统发育树及NETWORK网络关系图显示:所有来自长江上游干流和赤水河的单倍型不能按照地理分布各自聚类,而是相互混杂聚在一起;网络关系图呈星状分布,未检测到原始单倍型和进化中心.此外,基于单倍型频率分析得到的三个种群间的遗传分化指数FST值较低(分别为-0.0293、0.0280和0.0258).分子方差分析(AMOVA)显示,整体上长江上游干流及赤水河蛇(鮈)种群变异主要来源于种群内,种群内的变异占总变异的80.00％,表明长江上游干流及赤水河蛇(鮈)种群属于同一种群,蛇(鮈)各地理种群间基因交流频繁.中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析显示,整体上长江干流及赤水河蛇(鮈)种群在距今0～ 0.025 Ma(百万年)期间发生过种群扩张现象.     

基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析

以线粒体Cyt b基因为分子标记, 对雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼进行遗传多样性及种群历史动态分析。结果显示, 167尾墨脱裂腹鱼样本共检测到21个单倍型, 呈现较高的单倍型多样性(h=0.768)和较低的核苷酸多样性(π=0.00167)。基于单倍型构建的分子系统发育树及Network网络关系图表明, 所有来自墨脱江段及察隅河的单倍型不能按照地理分布各自聚类, 而是相互混杂聚在一起。不同地理种群间的遗传分化指数(F_ST)为–0.014—0.771, 其中金珠藏布(JZZB)与其他种群呈现出高度分化(F_ST: 0.372—0.771)。分子方差分析(AMOVA)显示当JZZB种群为一组, 剩余6个种群为一组时, 组间遗传差异最大, 表明JZZB种群与其他种群具有显著分化。相反, 虽然察隅河与墨脱江段的地理距离较远, 但是察隅河与墨脱江段其他种群之间(除了JZZB)的F_ST为0.093—0.169, 仅显示中等分化水平, 表明察隅河种群与雅鲁藏布江种群尚有少量的基因交流。中性检验、错配分析及BSP (Bayesian skyline plot)分析显示, 雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河的墨脱裂腹鱼种群在末次间冰期(0—0.137 Ma)发生过种群扩张现象。     

基于线粒体Cyt b基因的龙头鱼群体遗传结构分析

在我国黄海、东海和南海海岸带上, 选取青岛、南通、舟山、三门、宁德、泉州和湛江共7个群体164尾龙头鱼(Harpadon nehereus)为研究对象, 通过PCR扩增共获得长度为1112 bp的线粒体DNA细胞色素b (Cyt b)基因序列, 共检测到32个变异位点, 其中单变异位点27个, 简约信息位点1个。164条序列定义了29个单倍型, 平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(π)分别为0.3026±0.0479和0.000371±0.000379, 其中泉州群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均最低。分析比较了不同龙头鱼群体间遗传变异情况, 发现群体间平均遗传距离为0.00035, 遗传分化指数F_ST值均小于0.05, 群体间没有发生明显的遗传分化。AMOVA分析结果显示龙头鱼群体遗传差异主要来源于群体内个体间的变异。中性检验的Tajima’s D和Fu’s F_s统计值均为负值且显著偏离中性, 核苷酸不配对分布图呈现明显的单峰分布, 表明龙头鱼历史上经历了群体扩张事件, 参考已知海洋鱼类Cyt b基因2%每百万年的进化速率, 估算群体扩张发生的时间大约在0.08—0.32百万年前的第四纪更新世中晚期。     

赤水河半鳆的遗传多样性和种群历史动态分析

在赤水河的水潦、茅台、二合、太平、赤水市5个样点共采集了168尾半鰐Hemiculterella sauvagei, 通过线粒体DNA的细胞色素b (Cyt b)基因序列分析了半鰐种群遗传多样性和种群历史动态。获得序列长度为1137 bp, 其中包含42个变异位点, 13个单突变位点, 29个简约信息位点。168条序列共检测到38种单倍型, 单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.895±0.012和0.00487±0.00695。分子方差分析(Analysis of Molecular Variance, AMOVA)显示: 遗传变异主要来源于种群内部(80.95%)。F_st值统计表明, 赤水市种群与茅台、二合、水潦种群之间存在高度分化, 与太平镇种群之间存在中度分化, 其他种群之间无显著差异, 这表明分布在赤水市和其他4个地理种群的半鰐应作为不同的管理单元(MU)进行保护。Mega 6.0 软件计算5个种群之间的平均净遗传距离范围为0.004—0.006。中性检验结果为水潦、太平和赤水市的F_s值为负值, 表明这3个地理种群的半鰐曾发生过种群扩张。采用1% per Myr的突变速率推算出半鰐水潦种群扩张时间大约在0.43百万年前, 太平镇种群大约在0.40百万年前, 赤水市种群大约在0.37百万年前。     

罗氏沼虾不同育种群体遗传多样性研究

为深入了解罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同种质资源的遗传背景, 研究采用微卫星标记和线粒体基因相结合, 对罗氏沼虾4个育种群体, 即选育3代的数丰核心群体(SF)、引进的正大群体(ZD)、正大和数丰杂交的群体(ZDS)、正大子代和数丰杂交的群体(ZD2S)的遗传多样性进行了研究。150个个体的微卫星分析结果显示, 7个微卫星位点均表现出高度多态性(PIC>0.5), 4个群体平均的等位基因数(N_a)、期望杂合度(H_e)和多态信息含量(PIC)分别为19.43、0.8980和0.8867。SF群体的平均H_e (0.874)和PIC (0.854)最高, ZD2S的H_e (0.863)和PIC (0.834)其次, ZDS群体的H_e (0.798)和PIC (0.761)最低。4个群体间的遗传分化指数(F_ST)为0.04166—0.10438, 处于中低水平的遗传分化, 其中, ZD和ZDS的遗传分化最大, F_ST为0.10438。线粒体COⅠ和12S rRNA基因组合序列分析结果显示, 149个个体共识别27个单倍型, 平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(π)分别为0.846和0.00313。在4个群体中, ZD2S群体的H_d值最高, 其次为SF群体, ZDS的最低; 对于π值, SF群体的最高, 其次为ZD2S群体, ZD群体的则最低, 该结果与微卫星的结果基本一致。但基于线粒体基因的群体间遗传分化较小, F_ST值为–0.02226—0.07310, 小于微卫星估计的结果。微卫星和线粒体基因一致表明, SF和ZD2S两个群体均保持着较高的遗传多样性, 具有进一步选育的潜力。     

金沙江中下游圆口铜鱼遗传多样性与种群历史动态分析

以线粒体Cytb和CoⅠ基因作为分子标记,对金沙江中下游江段的圆口铜鱼进行遗传多样性和种群历史动态分析.结果显示,393尾圆口铜鱼样本共检测出91个串联基因序列单倍型,呈现较高的单倍型多样性(0.936±0.006)和较低的核苷酸多样性(0.00489±0.00009);基于单倍型构建的分子系统发育树及Median-j...     

中国甜菜夜蛾地理种群的遗传分化与基因流

【目的】为了明确我国甜菜夜蛾Spodoptera exigua地理种群间的遗传分化及基因流,阐明该种害虫在我国的种群历史动态。【方法】本研究对采自我国20个地理种群的529头甜菜夜蛾样品进行线粒体COI基因序列测定与分析,利用DnaSP 5.0和Arlequin 3.11软件分析种群间遗传多样性、遗传分化、基因流水平及分子变异,构建了单倍型系统发育树与单倍型网络图。【结果】在所分析的所有529个序列样本中,共检测出10个单倍型,其中Hap_1为所有种群所共享。总群体遗传多样性较低（Hd=0.257±0.025,Pi=0.0007±0.0001,Kxy=0.323）,群体间遗传分化较小（F_ST=0.211）,基因流水平较高（N_m=1.870）。AMOVA分析表明,甜菜夜蛾遗传变异主要来自种群内,种群间变异水平较低。各种群间遗传分化程度与地理距离无显著相关性（R²=0.005,P>0.05）。各单倍型相互散布在不同种群中,未形成明显系统地理结构。中性检验（Tajima’s D=-2.177, P<0.05; Fu’s F_S=-8.629, P<0.05)与错配分布分析表明,我国甜菜夜蛾种群曾经历种群近期扩张。【结论】研究结果揭示,甜菜夜蛾各种群间的基因交流并未受到地理距离的影响,验证了甜菜夜蛾具有高度的迁飞能力。     

Population structure and phylogeography of Aphyocypris kikuchii (Oshima) based on mitochondrial DNA variation

Aphyocypris kikuchii is a cyprinid species endemic to northern and eastern Taiwan and is the only primary freshwater fish native east of the Coastal Mountain Range. In total, 92 individuals of A. kikuchii from seven populations in three regions of the island were surveyed for mitochondrial DNA (mtDNA) variation. High haplotype diversity ( h = 0·989) and low nucleotide diversity ( π = 0·009) of mtDNA were detected. Negative values of Tajima's D and unimodal mismatch distributions probably reflect a history of recent demographic expansions from small populations. Three major haplotype clusters displayed geographically non-overlapping distributions, indicating a long-term isolation between regions. Hierarchical analysis of molecular variance showed significant genetic structuring among populations ( Φ _ST= 0·66). Significant haplotype heterogeneity was also detected among populations within regions ( Φ _SC= 0·41, P < 0·001) and among regions ( Φ _CT= 0·43, P < 0·05). Molecular clock estimates of coalescence in the three major mtDNA lineages indicated coalescence in the most recent common ancestor c. 0·11–0·39 million years ago. Haplotypes of cluster B nested as interior nodes in the haplotype network, indicating that migrations from Shueilian (SL) populations to the northern region (cluster A) and to the eastern region (cluster C) may have occurred independently. Lineages A and B + C should be managed as two distinct evolutionarily significant units, while the northern, SL and southern groups should be managed as separate management units.     

基于cpDNA和ITS序列对庭藤复合群的居群遗传学研究

采用2个叶绿体基因组片段(ndh J-trn F和trn D-trn T)和核基因组ITS序列对分布于中国东部和相邻地区的庭藤复合群(Indigofera decora complex)的24个居群进行分析,探讨该复合群的遗传多样性、单倍型分布、遗传结构和居群历史动态。cp DNA和ITS序列分析表明,庭藤复合群的单倍型多样性较高,而总体遗传多样性偏低(cp DNA片段:Hd=0.778,π=0.00123;ITS:Hd=0.909,π=0.01290);皖浙地区居群的遗传多样性相对较高,推测其可能是该复合群遗传多样性的分布中心。遗传变异主要存在于复合群居群间,种内居群间遗传分化较大(cp DNA片段:FST=0.848;ITS:FST=0.787);基因流较小(cp DNA片段:Nm=0.228;ITS:Nm=0.241),主要是地理隔离(遗传漂变)或生境片段化促进了物种形成;复合群的不同物种间存在由基因渐渗引起的单倍型共享现象,可能是种间不完全的生殖隔离所致。花木蓝的居群单独聚为一枝,且与其他种无共享单倍型,因此应保留花木蓝种的分类地位,而其他种的分类地位有待进一步研究。     

岩原鲤遗传多样性和种群历史动态研究

研究基于线粒体DNA细胞色素b (mtDNA Cyt b)基因序列, 对2013—2017年间采自我国长江上游贵州省赤水市和重庆市万州区共161尾岩原鲤(Procypris rabaudi)个体进行了遗传多样性分析。结果表明, 在所有个体序列中, A、T、C、G碱基的平均含量分别为30.2%、27.9%、28.2%和13.7%, (A+T)含量(58.1%)明显大于(G+C)含量(41.9%), 表现出较强的反G偏倚性。161条序列检测到18个变异位点, 定义了15种单倍型, 整体单倍型多样性指数(H_d)、核苷酸多样性指数(P_i)分别为0.590、0.00132; 岩原鲤赤水群体遗传多样性水平低于万州群体; 万州群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均呈现逐年降低的趋势, 但是赤水群体的单倍型多样性和核苷酸多样性呈现逐年增加的趋势。基于最大似然法构建的系统发育树和单倍型网络图结果一致, 万州和赤水群体并未形成明显的地理分布格局。Mega 6.0软件计算2个群体之间的遗传距离为0.001。F_st值统计表明, 2个地理群体间F_st值为0.01749 (P>0.05), 群体间没有出现遗传分化现象。两群体间基因交流频繁, 基因流N_m=24.71。分子方差分析(Analysis of Molecular Variance, AMOVA)显示: 98.25%的遗传变异是由群体内产生的。中性检验结果表明万州岩原鲤群体历史上曾发生过种群扩张事件, 时间约为0.15百万年前。岩原鲤群体整体上遗传多样性偏低, 急需提出合理的管理措施, 以加强长江流域岩原鲤物种的资源保护。     

中国南方茶棍蓟马地理种群遗传分化分析

【目的】基于mtDNA COI和COⅡ的联合序列,探讨中国南方茶棍蓟马Dendrothrips minowai地理种群的遗传多样性与遗传分化。【方法】利用MEGA 6.0, DnaSP 5.10和Arlequin 3.5.2.2等软件对中国南方茶棍蓟马8个地理种群遗传多样性、遗传分化、基因流、分子变异及地理距离与遗传距离的相关性进行分析,并推断群体演化历史。【结果】茶棍蓟马mtDNA COI和COⅡ序列均具有明显的AT偏好性,COI和COⅡ联合序列的长度为1 146 bp,共有22个单倍型。中国南方茶棍蓟马总群体遗传多样性较高,表现出高单倍型多样性(Hd=0.924)和低核苷酸多样性(π=0.00600)。8个地理种群总群体的遗传分化程度高(F_ST=0.84830),基因交流水平低(Nm=0.040),群体可能由于遗传漂变而发生明显分化。AMOVA分析显示,茶棍蓟马种群的遗传变异主要来自组间种群(F_CT=0.84922);Mantel检测显示地理距离与遗传距离存在显著的正相关(r=0.5029, P<0.01)。中性检验结果表明,除云南两个地理种群外的其他地理种群近期可能经历了种群扩张。【结论】中国南方茶棍蓟马地理种群遗传多样性较高,具有明显的遗传分化,基因交流较少;地理距离可能是影响茶棍蓟马地理种群遗传分化的主要因素之一。