中国苋属nrDNA的ITS序列分析及其系统学意义

运用ＰＣＲ直接测序法,对苋属（Ａｍａｒａｎｒｈｕｓ Ｌ．）１５个种及外类群鸡冠花（Ｃｅｌｏｓｉａ ｃｒｉｓｔａｔａ Ｌ．）ｎｒＤＮＡ的ＩＴＳ区（包括ＩＴＳ－１,５．８５ｒＤＮＡ和ＩＴＳ－２）进行序列测定。结果表明苋属植物的ＩＴＳ序列总长度为６２９－６３２ｂｐ,长度变异仅发生在ＩＴＳ－１区（２５０－２５３ｂｐ）。采用ＰＡＵＰ软件进行系统发育分析表明：分布于中国的苋属植物可分为３组,即刺苋组（ｓｅｃｇ     

ITS（nrDNA）片段在冷杉属植物中的长度多态性及其在松科的系统与 …

由ＰＣＲ反应扩增了２８种冷杉属（ＡｂｉｅｓＭｉｌｌ．）植物的ｎｒＤＮＡ的ＩＴＳ（包括ＩＴＳ１、ＩＴＳ２和５．８ｒＤＮＡ）片段,经过与１００ｂｐ和１ｋｂ的标准分子量ＤＮＡ进行比较和某些类群ＩＴＳ的全序列和部分序列测定,发现分布于墨西哥和２种分布于北美的冷杉属植物的ＩＴＳ片段长度约为２５００ｂｐ,而分布于欧亚大陆和其他分布于北美的冷杉植物的ＩＴＳ长度约为１７００ｂｐ,二者相差约８００ｂｐ。Ａ．ｂｒａｃ     

山羊草属二倍体物种核rDNA ITS区序列及其系统发育关系分析

测定了山羊草属（Ａｅｇｉｌｏｐｓ）二倍物种核ｒＤＮＡ ＩＴＳ区序列,发现其碱基粉介于６０１－６０７之间,比报道的小ｒｉｕｃｅａｅ）其他属的ＩＴＳ区我略长,Ｇ＋Ｃ含量达６１．１％～６２．９％,序列间的分化距离为０．００５０～０．０４６８。用ＰＨＹＬＩＰ３．５ｅ软件包对所测得的ＤＮＡ数据进行聚类分析,结果显示：１．Ａｅ．ｓｐｅｌｔｏｉｄｅｓ与该组其他种相距很远,支持将其从Ｓｉｔｏｐｓｉｓ组中独立出来,     

普通小麦基因组最可能的4个供体的ITS1和ITS2序列及其亲缘关系

对普通小麦（ＴｒｉｔｉｃｕｍａｅｓｔｉｖｕｍＬ．）基因组（ＡＡＢＢＤＤ）最可能的供体－Ｔ．ｕｒａｔｒｔｕＴｈｕｍ．（ＡＡ）、Ｔ．ｍｏｎｏｃｃｕｍｖａｒ．ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ（Ｂｏｉｓｓ．）ＭＫ（ＡＡ）、ＡｅｇｉｌｏｐｓｓｐｅｌｔｏｉｄｅｓＴａｕｓｃｈ．和Ａｅ．ｔａｕｓｃｈｉｉ（Ｃｏｓｓ．（ＤＤ）的核糖体ＲＮＡ基因ＩＴＳ区进行了ＰＣＲ扩增和克隆,并测定了ＩＴＳ１和ＩＴＳ２的ＤＮＡ序列,讨论和纠正了前人     

采用PCR—RFLP和RAPD对球壳孢目真菌系统学的研究

对球壳孢目真菌首次采用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ和ＲＡＰＤ进行了系统发育研究,以ＩＴＳ１和ＩＴＳ４为引物对４属１２种２４个菌株的核糖体ＤＮＡ转录间区进行了ＰＣＲ扩增,４种内切酶酶切,结果表明：主要属的ＩＴＳ区长度不同,同属不同种相同。Ｃｏｎｉｏｔｈｙｒｉｕｎ,Ｐｈｙｌｌｏｓｔｉｃｔａ,Ａｓｃｏｃｈｙｔａ,ＳｅｔｏｒｉａＩＴＳ区长度分别为６３０,５６０,５５０,５４０ｂｐ;酶切图各间差别明显,属内种间基本一致     

野生大豆与栽培大豆rDNA ITS1区的研究

采用ＰＣＲ 技术从野生大豆（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｓｏｊａ）、半野生大豆（Ｇ．ｇｒａｃｉｌｌｉｓ）、多年生野生大豆（Ｇ．ｔｏｍｅｎｔｅｌｌａ、Ｇ．ｔａｂａｃｉｎａ）和栽培大豆（Ｇ．ｍ ａｘ）的两个品种ＵＮＩＯＮ、文丰７ 中扩增和克隆了ｒＤＮＡ第一转录间隔区（ＩＴＳ１）。其在Ｇ．ｍ ａｘ 基因组中的拷贝数约为２×１０３。序列分析表明Ｇ．ｓｏｊａ、Ｇ．ｇｒａｃｉｌｌｉｓ、Ｇ．ｍ ａｘ 中的Ｇ／Ｃ含量为６１．４０％ ,而Ｇ．ｔａｂａｃｉｎａ和Ｇ．ｔｏｍ ｅｎｔｅｌｌａ的Ｇ／Ｃ含量分别为５８．１１％ 和５９．０１％ ,与绿豆Ｇ／Ｃ含量（５９．８１％ ）相近。Ｇ．ｔａｂａｃｉｎａ的Ｇ／Ｃ含量是已知的植物中ＩＴＳ１ 最低的。最大同源性分析表明,大豆属植物ＩＴＳ１ 的同源程度很高,同其近缘属绿豆的同源性明显高于其它作物。同时分析了栽培、多年生和一年生野生大豆间的亲缘关系。另外还发现在已知的植物ＩＴＳ１ 序列中均含有ＧＡＣＣＣＧＣＧＡＡ 及ＧＣＧＣＣＡＡＧＧＡＡ 两个区段     

豌豆5SrRNA的cDNA克隆、全序列及结构特征分析

以赤霉素（ＧＡ）处理后的Ｇ２豌豆为材料,构建了一个２．０×１０６的ｃＤＮＡ文库,用随机筛选法从该ｃＤＮＡ文库中得到一个完整的ｃＤＮＡ．其中１１１５ｂｐ全序列分析表明,它编码了豌豆５Ｓ核糖体ＲＮＡ（５ＳｒｉｂｏｓｏｍａｌＲＮＡ,５ＳｒＲＮＡ）,基因内部存在着与核糖体蛋白Ｌ５及５ＳｒＲＮＡ结合蛋白（５ＳｒＲＮＡＢｉｎｄｉｎｇＰｒｏｔｅｉｎ）同源的区段,这些同源区段是蛋白与ＲＮＡ结合的位点．基因内部还存在着大量的重复序列．     

从ITS序列探讨青藏高原特有植物华福花属的亲缘关系

对青藏高原特有的濒危植物华福花（Ｓｉｎａｄｏｘａ ｃｏｒｙｄａｌｉｆｏｌｉａ Ｃ．Ｙ．Ｗｕ，Ｚ．Ｌ．Ｗｕ ｅｔ Ｒ．Ｆ．Ｈｕａｎｇ）的核糖体ＤＮＡ中的内转录间隔区（ＩＴＳ０序列及５．８ＳｒＲＮＡ基因的序列进行了测定。同川续断目和五加目有关类比较及分支分析表明华福花属与五福花属（Ａｄｏｘａ Ｌ．）近缘，不支持它可能与五加目或败酱科有亲缘关系的假设。尽管形态上它与五福花属分化十分明显，便ＩＴＳ碱基分     

核糖体DNA ITS区序列在植物分子系统学研究中的价值

本文就近年来国内外有关被子植物核糖体ＤＮＡ中的内转录间隔区（ＩＴＳ）序列在植物属内,近缘属间乃至科内系统发育研究中的应用,结合作者在中国姜科山姜属（Ａｌｐｉｎｉａ Ｒｏｘｂ．）上的研究,对ＩＴＳ区序列在植物分子系统学研究中的价值作一简要综述,对其应用前景也进行了讨论。     

采用PCR-RFLP和RAPD对球壳孢目真菌系统学的研究

对球壳孢目真菌首次采用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ和ＲＡＰＤ进行了系统发育研究。以ＩＴＳ１和ＩＴＳ４为引物对４属１２种２４个菌株的核糖体ＤＮＡ转录间区（ＩＴＳ）进行了ＰＣＲ扩增,４种内切酶（ＡｌｕＩ,Ｈｈａ,ＭｓｐＩ,ＴａｑＩ）酶切,结果表明：主要属的ＩＴＳ区长度不同,同属不同种相同。Ｃｏｎｉｏｔｈｙｒｉｕｍ,Ｐｈｙｌｏｓｔｉｃｔａ,Ａｓｃｏｃｈｙｔａ,ＳｅｐｔｏｒｉａＩＴＳ区长度分别为６３０,５６０,５５０,５４０ｂｐ;酶切图谱属间差别明显,属内种间基本一致,暗示传统的分种可能过细,某些种的成立还有商榷的余地,ＰＣＲ－ＲＦＬＰ对确定疑难种属的地位有重要的意义。３属８种１６个菌株的ＲＡＰＤ结果表明,种内图谱相同或图谱类型相同,而种间明显不同,揭示出过去所划分的种的确存在本质的差别,但是否达到种级的差别还有待于进一步研究     

国产“水山姜”的分类学研究—来自核糖体DNA ITS区序列的证据

用直接测序法对国产黑果山姜Alpinia nigra(Gaertn.)Burtt以及“水山姜Alpinia aquatica (Koen.)Rose”。的核糖体DNA中的内转录间隔区（ITS）序列进行了测定,结果显示两者序列完全一致;ITS1长度为178bp,ITS2长度为232bp,5.8S编码区长度为164bp,GC含量为56.9%,形态学特征结合DNA分子证据,认为《中国植物志》记载的水山姜实为黑果山姜。     

中药蓼大青叶及其伪品的nrDNA ITS区序列的测定

中药蓼大青叶的基源为蓼科蓼属植物蓼蓝（Polygonum tinctorium Ait),同属植物的水蓼（辣蓼）,（P.hydropiperL.)的叶常作其伪品,本文采用PCR直接测序法,首次测定了它们的核糖体DNA ITS区序列,结果显示,两者充列长度（ITS1,5,8S,ITS2）均为646bp,序列间共有28个变异位点,本研究为产蓝植物的DNA分子鉴定提供了必要的序列资料。     

南药益智SRAP-PCR体系优化及引物筛选

为了建立适用于南药益智的SRAP-PCR体系,并筛选特异性引物用于研究不同地理居群的南药益智的遗传多样性,采集了海南不同地理居群的益智资源,利用植物基因组DNA提取试剂盒提取益智基因组DNA,并检测其纯度和浓度。采用正交试验对SRAP-PCR体系进行优化,最终建立了最优反应体系（总体积为25 μL）：Taq酶0.5 U,dNTPs 4 mmol/L,Mg2+ 2 mmol/L,引物各2 μmol/L,DNA模板10 ng,10×PCR buffer 2.5 μL。再利用最优反应体系对144对引物进行筛选,共获得7对特异性引物,其扩增片段的大小均在100~2 000 bp以内且分布较均匀,多态性条带比率皆达85%以上。该研究结果为南药益智遗传多样性的研究奠定了基础。     

不同产区太子参的rDNA ITS区序列的比较

使用1对引物18SPl和26SP2对采自14个产区的太子参[Pseudostellaria heterophylla(Miq．)Pax ex Pax et Hoffm．]进行ITS基因的PCR扩增和测序。序列分析结果表明,14个产区太子参的ITSl片段长度为219—222bp,ITS2片段长度为235～236bp,5．8S片段长度为155—157bp.除江苏宜兴,江苏句容马梗,江苏南京老鹰山和江苏溧阳等4个产区的ITS序列碱基完全一致外,其他10个产区的ITS序列则有不同的变异,碱基变异数目(包括5．8S编码区)为1—17个。使用UPGMA法重建系统发生树,从分子生物学角度说明了它们的变异程度,为利用ITS区序列的差异鉴别不同产区的太子参提供了依据。     

三种源地益智种子贮藏与萌发特性

利用0.4% 2,3,5-氯化三苯基四氮唑染色测定种子活力,研究广东、广西、海南三地栽培益智(Alpinia oxyphylla)种子的贮藏特性与萌发特性。结果表明,低温保湿条件有利于益智种子贮存,短期贮存可达150 d。益智种子发芽时间较短,发芽相对集中的最适条件是温度30 ℃、500 mg·L-1 GA3浸泡24 h;三个种源地的种子发芽率为88%～90%,不同种源地之间的种子萌发率没有显著差异。     

草豆蔻cDNA文库的构建及鉴定

以草豆蔻花序原基为材料,构建了cDNA文库。原始文库滴度为0.8×106pfu/mL,扩增后滴度为4.23×1011pfu/mL。插入片段大小在500bp～1.5kb之间,重组率为95.3%。以水稻RAP1A基因中包含MADS-box保守区段的序列为探针对该文库进行筛选,获得的阳性克隆经测序及序列比对分析,确认其中共有10个含MADS-box的阳性克隆。     

云南美味牛肝菌ITS 区域结构特点

利用ITS 的通用引物(ITS5-ITS4) 对云南的美味牛肝菌( Boletus edulis) 子实体的DNA 进行PCR 扩增, 扩增产物回收后直接测序。序列的聚类分析表明, 在ITS1-5 . 8S rDNA-ITS2 区域, 云南的美味牛肝菌与欧洲的夏牛肝菌( B. aestivalis) 和铜色牛肝菌( B . aereus) 同源性较高, 但在ITS2 区域夏牛肝菌和铜色牛肝菌分别有一段美味牛肝菌没有的大小分别为73 bp 和26 bp 的特征序列。     

云南美味牛肝菌ITS区域结构特点

利用ITS的通用引物（ITS5-ITS4）对云南的美味牛肝菌（Boletus edulis）子实体的DNA进行PCR扩增,扩增产物回收后直接测序。序列的聚类分析表明,在ITS1—5．8S rDNA-ITS2区域,云南的美味牛肝菌与欧洲的夏牛肝菌（B．aestivalis）和铜色牛肝菌（B．aereus）同源性较高,但在ITS2区域夏牛肝菌和铜色牛肝菌分别有一段美味牛肝菌没有的大小分别为73bp和26bp的特征序列。     

益智有效抗氧化成分的分离条件的研究

探讨了干柱层析法分离益智渣及益智乙醇提取物的抗氧化成分。实验中采用乙酸乙酯/环己烷(3∶7)、氯仿/甲醇(9∶1)为展开剂依次二次干柱层析分离出抗氧化物质。结果表明,益智渣及益智乙醇提取物均有较强的抗氧化性,益智渣的H2O2清除能力强于益智乙醇提取物。     

Differentiation of Listeria isolates by PCR amplicon profiling and sequence analysis of 16S-23S rRNA internal transcribed spacer loci

The 16S-23S rRNA internal transcribed spacer region (ITS) in genomic DNA from Listeria species was amplified and sequenced so as to find sequence differences that would allow rapid species and strain differentiation. Agarose gel profiles of amplicons generated with primers designed to amplify ITS loci indicated that Listeria DNA can contain at least two distinct ITS regions. The direct sequencing of the smaller of these ITS amplicons (330 bp) was found useful for the rapid and accurate differentiation of various Listeria species. On the other hand analysis of ITS amplicons generated from a total of 27 L. monocytogenes strains indicated that 4/27 of these strains could be distinguished on the basis of their ITS profile (the presence of a unique 350 bp amplicon). The lack of sequence heterogeneity in the small 333 bp amplicon did not permit rapid strain differentiation.