皮下盘菌属种内及种间遗传多样性的ISSR分子标记

对皮下盘菌属（Hypoderma）4种23个菌株进行了ISSR分析。结果表明,被试材料ISSR标记多态性好,8个引物共扩增出131个条带,其中126条（占9618％）具有多态性。经欧氏最短距离中的类平均法聚类,得到各菌株之间的ISSR标记的遗传相似性系数（GS）变异范围为0．30—0．82,23个菌株可聚为6类。通过ISSR分析结果与表型性状的比较和分析,明确了悬钩子皮下盘菌种内遗传差异体现在子囊果大小、形状及埋生深度、唇特征、侧丝顶端形状、子囊和子囊孢子形状及大小,以及寄主、着生部位和分布区域方面;皮下盘菌属的种间差异主要表现在子囊果、唇、侧丝、子囊及分生孢子器等部分形态学特征、寄主及着生部位方面。     

苎麻疫霉群体的RAPD分析

利用从126个RAPD(Random Amplifled Polymorphic DNAs)随机引物中筛选到的可扩增出清晰条带、主带明显、稳定的8条引物,对采集自江苏、安徽和江西不同寄主的45个Phytophthora boehmeriae菌株进行全基因组DNA RAPD标记遗传多样性分析。选用引物共标出DNA指纹图带68条,其中多态性条带20条,多态性检测率为29．4％,表明该种内不同地区和寄主来源的菌株间变异较小。利用Popgene软件计算供试菌株间的遗传距离并绘制聚类树状图,供试菌株被划分为2个遗传聚类组。菌株间的遗传相似性与菌株的寄主来源有一定的相关性,来自江苏、江西和安徽棉花上的27个菌株被划分在同一遗传聚类组内,而分离自构树、枫杨和苎麻的18个菌株被划分在另一个遗传聚类组。结果还表明菌株间遗传相似性与其地区来源无直接相关性。     

苎麻疫霉群体的RAPD分析

利用从126个RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNAs)随机引物中筛选到的可扩增出清晰条带、主带明显、稳定的8条引物,对采集自江苏、安徽和江西不同寄主的45个Phytophthoraboehmeriae菌株进行全基因组DNARAPD标记遗传多样性分析。选用引物共标出DNA指纹图带68条,其中多态性条带20条,多态性检测率为29.4%,表明该种内不同地区和寄主来源的菌株间变异较小。利用Popgene软件计算供试菌株间的遗传距离并绘制聚类树状图,供试菌株被划分为2个遗传聚类组。菌株间的遗传相似性与菌株的寄主来源有一定的相关性,来自江苏、江西和安徽棉花上的27个菌株被划分在同一遗传聚类组内,而分离自构树、枫杨和苎麻的18个菌株被划分在另一个遗传聚类组。结果还表明菌株间遗传相似性与其地区来源无直接相关性。     

苎麻疫霉群体的RAPD分析*

利用从126个RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNAs)随机引物中筛选到的可扩增出清晰条带、主带明显、稳定的8条引物,对采集自江苏、安徽和江西不同寄主的45个Phytophthoraboehmeriae菌株进行全基因组DNARAPD标记遗传多样性分析。选用引物共标出DNA指纹图带68条,其中多态性条带20条,多态性检测率为29.4%,表明该种内不同地区和寄主来源的菌株间变异较小。利用Popgene软件计算供试菌株间的遗传距离并绘制聚类树状图,供试菌株被划分为2个遗传聚类组。菌株间的遗传相似性与菌株的寄主来源有一定的相关性,来自江苏、江西和安徽棉花上的27个菌株被划分在同一遗传聚类组内,而分离自构树、枫杨和苎麻的18个菌株被划分在另一个遗传聚类组。结果还表明菌株间遗传相似性与其地区来源无直接相关性。     

基于rDNA ITS序列探讨中国栽培灵芝菌株的亲缘关系

利用ITS序列分析技术对中国栽培灵芝菌株进行了亲缘关系分析。结果发现中国栽培灵芝菌株分布于5个聚类组,其中树舌亚属、紫芝组的菌株各自聚成一组,灵芝组的菌株分成3组,85·7%灵芝组菌株均聚于同一组,表明树舌亚属、紫芝组和灵芝组间的遗传差异较大,灵芝组内虽然存在着一定的遗传差异,但总体上亲缘关系比较近,遗传多样性并不丰富。聚类结果也表明仅仅根据形态学特征并不能将灵芝属菌株进行有效的分类,利用分子生物学的技术手段对灵芝菌种进行分类是一种更有效的方法。     

链格孢属小孢子种的RAPD分析*

用筛选出的12个随机引物,对链格孢属Alternaria13个小孢子种和作为对照的3个大孢子种共55个分离系(isolates)进行RAPD分析。大孢子种Alternariasolani、A.porri和形态独特的A.leucanthemi在树状聚类图上遗传距离0.44处与所有供试小孢子种区分开,它们彼此之间在遗传距离0.25处相区分,表明所采用的RAPD分析方法适于链格孢种间亲缘关系的研究。所有供试的链格孢小孢子种在遗传距离0.31水平上被聚在一起,表明它们之间的亲缘关系较近。A.infectoria与其它链格孢小孢子种之间遗传距离较远;A.longipes的3个分离系和A.brassicicola的7个分离系在较低的遗传距离上被聚在一起,表明它们是独立的种。其它供试链格孢小孢子种的不同分离系在树状聚类图上未显示明确区分。     

链格孢属小孢子种的RAPD分析

用筛选出的12个随机引物,对链格孢属Alternaria13个小孢子种和作为对照的3个大孢子种共55个分离系(isolates)进行RAPD分析。大孢子种Alternariasolani、A.porri和形态独特的A.leucanthemi在树状聚类图上遗传距离0.44处与所有供试小孢子种区分开,它们彼此之间在遗传距离0.25处相区分,表明所采用的RAPD分析方法适于链格孢种间亲缘关系的研究。所有供试的链格孢小孢子种在遗传距离0.31水平上被聚在一起,表明它们之间的亲缘关系较近。A.infectoria与其它链格孢小孢子种之间遗传距离较远;A.longipes的3个分离系和A.brassicicola的7个分离系在较低的遗传距离上被聚在一起,表明它们是独立的种。其它供试链格孢小孢子种的不同分离系在树状聚类图上未显示明确区分。     

针叶树生散斑壳属部分种内及近似种间亲缘关系的ISSR分析

应用ISSR分析技术,对22个散斑壳属（Lophodermium Chevall）菌株进行种内和近似种间亲缘关系的分析。通过欧氏最短距离中的类平均法聚类,得到各菌株之间的遗传距离在5．93～7．41之间,表明种内及近似种间有较丰富的遗传多样性。另外,在遗传距离7．12处,将22个供试菌株分为5类。通过ISSR分析结果结合表型性状的比较和分析,论证了子囊果埋生位置,子座、唇、子囊、子囊孢子等形态学特征以及寄主种类差异等在该类菌物种水平分类上的重要性。     

21株马特组镰刀菌遗传多样性的ISSR分析

为明确马特组镰刀菌种间和种内的遗传差异与亲缘关系,本文利用ISSR分子标记技术对21个马特组菌株进行了遗传多样性分析.结果表明:利用筛选出的15条引物对3种供试菌株进行扩增,共扩增出239条条带,其中多态性条带230条,多态性位点比例为96.2％,平均每条引物产生条带数为15.3条.21个菌株间的遗传相似系数范围为0.494～0.933,平均为0.640.在遗传相似系数为0.593时,供试的21株马特组镰刀菌可明显分成2个ISSR类群(IG),IG-Ⅰ包括1～17号菌株,为Fusarium solani和F solani var.coeruleum;IG-Ⅱ包括18 ～21号菌株,全部为F.ventricosum.在遗传相似系数为0.933时,供试的21个菌株可被全部区分开.供试的镰刀菌基因组在SSR区域具有丰富的多态性;ISSR类群划分与菌种分类之间存在一定相关性,但与菌株的地理来源没有相关性;而同一类群中,不同菌株之间的遗传相似性与菌株的地理来源存在一定的相关性.同一地区同种寄主的相同菌种,其菌株间也存在一定的遗传差异.     

黑龙江省葫芦科白粉病菌RAPD分析

2010年采集黑龙江省不同生态区不同设施内的甜瓜、黄瓜、南瓜、西瓜等瓜类白粉病菌菌株17份,采用国际通用的瓜类白粉病菌生理小种鉴别寄主对17份白粉病菌进行了生理小种鉴定。根据13个鉴别寄主的抗感反应,初步确定黑龙江省葫芦科作物白粉病菌存在3个生理小种,即单囊壳白粉菌Podosphaera xanthii的生理小种1和生理小种N1号及一个新生理小种,其中生理小种1为优势小种。通过对13份白粉病菌的RAPD分析,从119个随机引物中筛选出10个条带清晰而且重复性好的引物,扩增得到157个位点,其中多态性位点为138个,多态性位点频率为97.89%,表明黑龙江省葫芦科作物白粉菌具有丰富的遗传多样性。利用NTSYS-PC软件进行数据分析,结果表明13个菌株之间遗传相似系数的变化幅度为0.52－0.75。根据遗传相似系数用类平均法（UPGMA）对其聚类,以遗传相似系数0.60为阈值,供试菌株可区分为4个类群。同是生理小种1的菌株部分聚到了同一类,新生理小种与部分生理小种1菌株聚到同一类,同是生理小种N1的两个菌株未聚到同一类;相同地理来源或相同寄主来源的白粉菌也未聚到一类。初步确定葫芦科白粉病菌致病性与DNA多态性不形成对应关系,菌株的遗传多样性与菌株地理来源、寄主来源及设施类型亦无明显的直接关系。     

皮下盘菌属及其近似类群RAPD-PCR反应条件的优化

以悬钩子皮下盘菌等总基因组DNA为皮下盘菌属(Hypodermade Not.)及其近似类群RAPD体系优化的模板,对模板DNA浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度、TaqDNA聚合酶浓度等反应体系以及退火温度和时间、延伸时间、循环次数等扩增程序条件进行优化,寻找出适合此类菌物RAPD-PCR反应的最佳反应体系和最佳扩增程序。     

苜蓿、草木樨、锦鸡儿根瘤菌的表型多样性分析

选用48株分离自新疆和内蒙的苜蓿属、草木樨属、锦鸡儿属植物的根瘤菌菌株, 进行了营养利用、抗生素抗性、耐逆性和酶活性测定等133个表型性状分析。发现分离自同种寄主植物的根瘤菌由于地理来源的不同而存在着较大的多样性。通过数值分类,各已知种分别聚群,41株未知菌在85%的相似水平上分为3个不同于已知种的群。群1的菌株主要分自苜蓿,群2的菌株主要分自草木樨,群3的菌株分自锦鸡儿,XJ96 333(寄主为Melilotus)作为1个单株在84%的相似水平上和群1聚在一起。NM 020(寄主为Caragana)在88%的相似水平上和R.leguminosarum聚在一起; NM 183、NM 218(寄主为Caragana)在86%的相似水平上和S.fredii聚在一起; 在67%的相似水平上, XJ96 482(寄主为Medicago sativa)和其它所有供试菌株聚群。群1、2、3的所有菌株能在含2.0%(340 mM)NaCl的YMA培养基上、pH 9.0的YMA培养基、40℃的高温下生长; 群3的所有菌株还能在含3.0%(510 mM)NaCl的YMA培养基上生长;群1中90%的菌株和群2、3的所有菌株能在10℃的低温下生长。 表明群1、2、3的菌株具有较强的耐盐碱、耐高低温的特性。和已知种S.meliloti具有相同寄主的群1、群2在85%相似水平上未和S.meliloti聚群,表现了这两群菌在表型上的多样性。     

球孢白僵菌营养亲和型多样性与生态背景的关系

本文将来源不同的球孢白僵菌菌株分别按相同地理来源和相同分离奇主进行配对培养,发现相同地理来源菌株的营养亲和型多样性要明显小于相同分离寄主的菌株,前者的P及Shannon-Wiener多样性指数分别为0.4286及0.8708,后者分别为0.7500及1.3321。这说明来源于同一地区的菌株属于同一VCG的概率要大于相同分离寄主的菌株,同时也说明相同地理来源菌株的遗传相似性要高于相同分离寄主菌株的遗传相似性。     

应用RAPD标记对斜生褐孔菌菌株亲缘关系的分析

采用RAPD技术对采集不同地区的8个斜生褐孔菌野生菌核分离得到的菌株亲缘关系进行研究,获得了斜生褐孔菌不同菌株的DNA指纹图谱。结果显示:12个引物共扩增出167条带,其中101条为多态性带,多态性比率为60.5%,同一培养时期的各菌株间RAPD图谱表明菌株间存在一定的种内及地理来源差异。若以遗传距离0.508为结合线,可将供试菌株划分为三大类,BCX01、BCX02归为一类,JL01、JL02、JL03、JL04、JL05归为一类,HLJ01单独聚为一类。     

Genetic diversity of rhizobia isolated from Caragana intermedia in Maowusu sandland,north of China

AIMS: Thirty-three rhizobial strains isolated from nodules of Caragana intermedia in Maowusu sandland were examined for their genetic diversity and putative phylogenetic position. METHODS AND RESULTS: Isolates from Caragana intermedia were classified into 12 genotypes by 16S rDNA polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (RFLP), which showed no distinct relationships with those of the reference strains. The genotypes of rhizobia were not related to geographical location. Thr 16S rDNA sequence of representative strain GH2001 from dominant genotype 2 shared high homologuey with some Rhizobium species: Rh. giardinii (96.4%), Rh. huautlense (95.3%), Rh. galegae (95.7%), Rh. yanglingense (95.2%), Rh. mongolense (95.6%), Rh. radiobacter (99%) and Rh. rubi (98.3%). CONCLUSIONS: A high degree of genetic diversity existed among rhizobia nodulating Caragana intermedia in Maowusu sandland. Most of the new isolates might belong to Rhizobium. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: The results suggest that the rich diversity of rhizobia might have contributed to the adaptation of the arid region. These strains could be valuable at the economic and ecosystem level.     

应用RAPD标记对斜生褐孔菌菌株亲缘关系的分析

采用RAPD技术对采集不同地区的8个斜生褐孔菌野生菌核分离得到的菌株亲缘关系进行研究,获得了斜生褐孔菌不同菌株的DNA指纹图谱。结果显示:12个引物共扩增出167条带,其中101条为多态性带,多态性比率为60.5%,同一培养时期的各菌株间RAPD图谱表明菌株间存在一定的种内及地理来源差异。若以遗传距离0.508为结合线,可将供试菌株划分为三大类,BCX01、BCX02归为一类,JL01、JL02、JL03、JL04、JL05归为一类,HLJ01单独聚为一类。     

Phylogenetic analysis of 23S rRNA gene sequences of. Agrobacterium, Rhizobium and Sinorhizobium strains

The phylogenetic relationship among twelve Agrobacterium, four Rhizobium, and two Sinorhizobium strains originating from various host plants and geographical regions was studied by analysis of the 23S rDNA sequences. The study included Agrobacterium strains belonging to biovars 1, 2 (with tumor- or hairy-root inducing and non-pathogenic strains), A. vitis, A. rubi; representative species of the Rhizobium genus: R. galegae, R. leguminosarum and R. tropici and Sinorhizobium meliloti strains. The phylogenetic analysis showed that within Agrobacterium, the biovar designation was reflected in the 23S rDNA similarity and that strains of Agrobacterium and Rhizobium are closely related to each other. The results suggest that the taxonomic definition of Agrobacterium and Rhizobium should be considered for revision and that the Agrobacterium-biovar identity is probably a reliable taxonomic trait.