红豆杉种质资源遗传多样性的AFLP分析

目的：通过对5份红豆杉种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性。方法：采用扩增片段长度多态性（AFLP）标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选了32对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS-PC软件计算并分析了红豆杉种质间的相似度,构建了遗传系统进化树。结果：（1）SDS法提取的红豆杉基因组DNA质量较佳,能够满足AFLP分析的要求;（2）从32对选择性扩增引物中,筛选出10对多态性较强、带型较好、分辨率较高的组合;（3）构建了红豆杉AFLP指纹图谱,将5个红豆杉种质全部区分开来;（4）通过构建进化树,把5个种质分成3类。结论：红豆杉种质资源有丰富的遗传多样性。     

吴茱萸的AFLP指纹图谱的初步研究

首次报道中草药植物吴茱萸基因组DNA指纹图谱的研究。吴茱萸是贵州省内经济价值极高的中草药之一,采用扩增片段长度多态性（AFLP）技术来分析来自不同地区的石虎、疏毛、大花吴茱萸3个品种的DNA指纹图谱,从18对引物中筛选出3对引物对19份材料的DNA检测,共得到93条带,其中多态性片段57条（平均61.3%）。3对引物组合从DNA指纹图谱上将19份材料完全区分开,结果表明AFLP技术是鉴别吴茱萸相近品种的有效方法,是形态学鉴定方法的有益补充;UPGMA方法聚类分析显示19份种质材料间的相似系数为0.235～0.941,表明吴茱萸种质间的遗传多样性丰富;余庆地区种植基地的石虎和疏毛样本聚为一类,提示人工栽培影响到吴茱萸的遗传特性。     

51个春兰(Cymbidium goeringii)品种的AFLP遗传多样性分析

为了揭示春兰品种的遗传多样性和亲缘关系,为春兰种质资源的有效利用和开发提供依据,采用AFLP技术对51个春兰品种进行了遗传多样性分析,经筛选得到了8对条带清晰、多态性高的引物,共扩增出1315条DNA片段,其中多态性条带为1217条,平均1对引物扩增条带164条,多态性带152条,多态性位点频率为92.5%,表明春兰品种具有丰富的遗传多态性。49个品种含有特有带。51个品种间遗传相似系数变化范围为0.501~0.716,聚类分析表明,51个春兰品种共分为5个类群,来自同一地区的品种并没有聚在一起,表明春兰品种的遗传背景混乱。AFLP分子标记技术能有效地分析春兰品种的遗传多样性和亲缘关系。     

怒江干热河谷杧果种质资源的表型和AFLP遗传多样性分析

利用表型和AFLP标记,对怒江干热河谷57份杧果种质进行遗传多样性分析。表型性状分析结果表明:8个表型性状在不同的种质间表现出较大的差异,变异系数变化范围为16.98%~61.50%,多样性指数(H’)平均为3.975,其中单果重变异较大。AFLP分析结果显示:57份种质共产生1098条带,其中多态性条带为1032条,多态性比率为94.0%,相似系数在0.55~0.82之间。AFLP聚类分析结果及主成分分析结果均表明种质间具有复杂的遗传关系,且怒江干热河谷杧果种质的亲缘关系与地理分布没有明显的相关性。表型性状聚类和AFLP分子标记聚类分析的结果相对一致,均能较准确地将优势类群聚在一起,且表明57份杧果种质具有较丰富的遗传多样性。     

新疆枸杞种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

利用SCoT分子标记对新疆枸杞种质资源进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,为杂交育种和种质鉴定提供理论依据。结果显示:9条SCoT引物扩增出条带256条,其中219条为多态性条带,多态性比率达85.62%,多态性信息含量(PIC)值变化范围在0.77~0.91之间,平均值为0.85,观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)的平均值分别为1.8562、1.4350、0.2611、0.3989,聚类分析表明,遗传相似系数变化范围在0.5938~0.8398之间,在遗传相似系数为0.66和0.71处,可将30份材料分别分为2大类和4个亚类,主坐标分析结果和聚类结果基本一致,同时利用5条多态性SCoT引物构建了30份材料的DNA指纹图谱。新疆枸杞种质资源遗传多样性水平较高,且SCoT分子标记适于新疆枸杞种质资源遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,该研究结果为新疆枸杞种质资源评价、鉴定和新品种选育奠定了基础。     

苦荞地方种质资源的遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术对中国苦荞主产区陕西、云南、四川、西藏等地的82份苦荞地方种质的遗传多样性进行了分析,以揭示中国特有的作物种质--苦荞地方种质资源的遗传多样性,促进苦荞优良品种的选育.结果显示:(1)所用25个SSR引物中有13个引物在苦荞地方品种中具有多态性,且扩增条带的稳定性较好,共扩增出208条条带,其中多态性条带200条,占总数的96.2%;(2)聚类分析结果显示,82份苦荞材料的遗传相似系数(GS)分布于0.52～0.85之间,平均值为0.69,在GS值为0.722的水平上,82份材料被聚为10大类群.研究表明82份苦荞品种间遗传多样性明显,具有丰富的遗传基础.     

基于SRAP标记的薏苡种质资源遗传多样性及DNA指纹图谱构建

利用SRAP分子标记对从各主要产地收集到的90份薏苡种质进行遗传多样性分析,其中68份收集于福建省,6份来自中国台湾,16份来自浙江、辽宁、山东、河南、云南、江苏、湖南、广东、上海等省(市)。结果表明,从88对SRAP引物组合中筛选出26对引物进行SRAP扩增,共扩增出185条带,其中具有多态性的有157,占总数的84.86%,表明90份薏苡种质表现出丰富的遗传多样性。基于SRAP标记利用系统聚类法将90份薏苡种质资源分为4大类,与形态性状分类结果有一定的相似性;利用16对SRAP引物构建了73份薏苡种质资源的DNA指纹图谱,为薏苡遗传研究、品种选育与资源保护提供了依据。     

29份云南甘蔗创新种质的SSR遗传多样性分析和指纹图谱构建

该研究以16份甘蔗骨干亲本为参照,对29份云南甘蔗创新种质进行SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析,以明确创新种质与16份亲本间的遗传基础和多样性水平。结果表明:6对引物共扩增出104条带,其中101条为多态性条带,多态性条带比例为97.25%;45份材料的遗传相似性系数为0.235 3~0.891 3,平均值为0.563 3;其中16份甘蔗骨干亲本的遗传相似性系数为0.301 6~0.755 6,甘蔗创新种质与甘蔗骨干亲本的特异条带比例为14∶1,涵盖了割手密、大茎野生种、斑茅和滇蔗茅等基因源。根据骨干亲本间的相似性系数范围,在相似性系数为0.43处,可将种质分为6大类群,亲缘关系相对较远,适宜作为种质间的杂交利用。通过引物区分效率分析,6对引物扩增的多态信息量为0.967 9~0.975 8,其中MSSCIR21引物区分效率最高,利用MSSCIR21和SMC1047HA引物组合构建了云南甘蔗创新种质标准指纹图谱,在相似性系数为0.85处即可区分所有种质,图谱的鉴别准确率为100%,每份资源都有唯一的指纹图谱,可将29份创新种质和16份骨干亲本区分鉴别出来。该研究能够为后续杂交利用、种质鉴定和知识产权保护提供依据。     

乌塌菜种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR技术对48份乌塌菜种质资源进行遗传多样性分析。从60条随机引物中筛选出稳定性强、条带清晰且多态性丰富的9条引物进行PCR扩增,共扩增出103条谱带,平均每个引物扩增出11.4条带,其中多态性带85条,多态性位点百分率为82.68%。不同乌塌菜种质间遗传相似系数变幅为0.59~0.97,说明ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,ISSR标记能将48份乌塌菜品种完全区分开,48份乌塌菜种质被划分为4个类群,聚类结果与叶片颜色相关,为乌塌菜品种资源的研究利用提供参考。     

用AFLP分子标记探讨吴茱萸的遗传多样性

用AFLP标记分析研究吴茱萸与其变种石虎和疏毛吴茱萸之间的遗传多样性.采用AFLP技术,从18对引物中筛选出3对引物.对19株不同地域的3种吴茱萸AFLP指纹图谱进行了分析,计算不同品种间的遗传距离和构建吴茱萸的聚类分析树状图.3对引物共扩增出93条带,其中57条(61.3%)呈多态性,吴茱萸种质内遗传距离为0.059～0.765;在相似系数0.48的水平上.19份吴莱萸材料可以大致分为2个类群.吴茱萸不同品种问遗传距离差异较大,遗传分类在一定程度上与传统的分类方法是一致的,这暗示遗传变异与地域分布有相关性.     

浙南柚类地方资源遗传多样性分析和鉴定

利用SRAP标记对13份浙南柚类地方资源和琯溪蜜柚及芽变进行遗传多样性分析和鉴定。结果表明:平均每个引物组合可扩增出15.7条谱带,14对SRAP引物共产生220条谱带,其中多态性谱带为122条,多态率为55.4%,表明15份材料间检测到的SRAP位点多态性不高,不同引物组合可将11个基因型完全分开。聚类分析结果显示,15份柚类种质在遗传相似系数0.97处可以分为8大类,第1类群为四季柚7个优异株系,第2类群包括琯溪蜜柚及其芽变,而平阳文旦、早香柚、处红柚、红心1号土柚、红心2号土柚、酸柚分别单独为第3、4、5、6、7、8类群。四季柚选系中务城1号、务城3号、马站红心四季柚的指纹图谱有可区分的差异,说明DNA水平发生轻微变异。     

应用AFLP标记对江西省猕猴桃种质资源的鉴别及其分类意义

 对江西省猕猴桃种质资源进行扩增片段长度多态性(AFLP)标记来鉴定分析.首先从64对引物筛选出4对引物,对31份种质材料的DNA进行检测,得到190个扩增基因位点,其中多态性位点179个,多态性比例为94.2%,对31份种质材料的区分率达到100%.然后,对扩增结果进行UPGMA聚类分析,谱系图显示,31份种质材料之间的相似系数在0.50～0.85之间,表明猕猴桃种质之间遗传关系相对来说不是很近.在相似系数0.56的水平上,可以将31份种质大致分为4个类群：净果组和斑果组为一类群;糙毛组为一类群;星毛组为一类群;中华猕猴桃和美味猕猴桃为一类群.从树状图中看,原为中华猕猴桃的一个变种的“赣猕5号”,现与中华猕猴桃并列,有对其作进一步分类方面深入研究的必要.本研究从分子角度鉴定分析了江西省猕猴桃种质资源及其遗传关系,其结果在很大程度上与传统分类是一致的,同时也为江西省猕猴桃种质资源分类学研究提供了新的证据.     

用5种同工酶分析云南芋种质资源的遗传多样性

用5种同工酶(酯酶、过氧化物酶、超氧化物歧化酶、多酚氧化酶、细胞色素氧化酶)分析云南48份芋材料遗传多样性,并将5种同工酶的酶带检测结果进行聚类分析.结果表明:48份材料的5种同工酶的酶带数分别在11～19条之间,除超氧化物歧化酶仅有3种酶谱类型外,其余4种同工酶的酶谱数均超过检测试材的半数.将聚类结果与试材的植物学性状相比较,发现以来源、用途、生态位和叶柄、叶心颜色等能对聚类结果进行初步分类,并给予合理解释.因此从试材的植物学性状观察、野生和半野生种的存在以及蛋白质表达水平的同工酶分析结果来看,云南省的芋种质资源呈现丰富的遗传多样性.这为芋遗传变异的进一步深入研究以及对正面临巨大威胁的云南芋资源进行原生境保存的可能性提供了依据.     

硬核资源遗传多样性的AFLP分析

为了解云南省硬核[Scleropyrum wallichianum（Wight et Arn.）Arn.]的遗传多样性,采用AFLP标记分析了7个居群84份种质材料的遗传变异。结果表明,从64对引物组合中挑选出多态性较好的引物8对,共扩增出1 728条带,其中多态性条带1 388条,多态性百分率为80.14%。硬核在物种水平的多样性指数分别为Na=1.416,Ne=1.179,H=0.137,I=0.225,在居群水平上分别为H=0.111,I=0.175;在遗传相似性系数为0.52时,这些种质材料可分为3组,其中易武居群具有丰富的遗传变异,大部分的遗传变异存在于居群内,而在0.05置信区间内居群间遗传变异仅为11.5%;居群间的遗传距离和地理距离无显著相关性（r=0.0323,P=0.5820）。因此,硬核资源可采用就地和迁地保护策略,以增加其遗传多样性。     

Genetic Diversity of Radish (Raphanus sativus L.) Germplasm Resources Revealed by AFLP and RAPD Markers

Genetic diversity of 56 radish accessions, representing nearly all the typical types and origins of cultivated radish germplasms conserved in the National Mid-term Genebank for Vegetables of China, was assessed with amplified fragment length polymorphism (AFLP) and random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. A total of 72 and 128 polymorphic bands were generated by the 12 selected RAPD primers and eight AFLP primer combinations respectively. A moderate correlation with the value of r = 0.66 was observed between AFLP and RAPD markers. The total 200 polymorphic bands were integrated to assess the genetic diversity of 56 radish accessions. The Jaccard similarity coefficients between the accessions varied from 0.30 to 0.83 with the mean of 0.54. Cluster analysis classified the germplasms into three groups of var. hortensis Becker, var. sativus, and var. niger Kerner. The three-dimensions scatter plot of principle coordinate analysis (PCA) further divided var. hortensis Becker germplasms into two separate groups. The results indicated that the genetic diversity harbored among var. hortensis Becker germplasms was very abundant, which could be further exploited for radish genetic improvement.     

利用SRAP标记分析四川省芋种质资源遗传多样性

在分子水平研究四川省芋资源的遗传多样性和亲缘关系,为芋种质资源的分类、保护和有效利用遗传资源以及新品种选育提供依据。本研究利用SRAP分子标记技术,使用28对SRAP引物组合对65份四川省不同地区芋种质资源材料进行遗传多样性分析,采用NT-SYS 2.1统计软件对数据进行分析,建立树状聚类图。扩增出并检测到341条条带,平均每个引物组合扩增检测出12.18条带,多态性带251条,多态率73.6%。UPGMA树形图表明,所用的SRAP引物组合可以将65份材料分成5类,分别与这些材料在园艺分类学上按母芋和子芋的生长习性分类基本相符,与以芋叶心色斑颜色、叶柄中下部颜色、母芋芽色及母芋肉色4种形态性状组合描述具有相关性。研究表明,从四川省不同地区、不同生态环境下收集的不同类型芋种质资源间存在着较丰富的遗传多样性,SRAP分析聚类结果与主要形态学性状分类基本一致,可以解释芋栽培种的进化关系。     

拟环纹豹蛛不同地理种群遗传多样性的AFLP标记研究

为查明拟环纹豹蛛Pardosa pseudoannulata不同地理种群的遗传多样性机制,应用AFLP技术对6个拟环纹豹蛛地理种群的遗传多样性进行了研究分析。8对引物组合扩增出1 038个AFLP条带,其中多态性条带占86.622%,全部个体显示了各自独特的AFLP图谱。AFLP标记的遗传多样性分析结果表明： 拟环纹豹蛛无论在物种水平(P=86.62%,H=0.2622,I=0.3101),还是在种群水平（P=73.0%,H=0.2155,I=0.2554）都表现出较高的遗传多样性。其中湖南长沙雷锋镇种群内遗传变异最大,云南高黎贡山福贡种群内遗传变异最小,华南北部（湖南、湖北、江西）地区拟环纹豹蛛遗传多样性明显高于华南南部（云南、海南）种群。据种群变异来源分析,有35.77%的遗传变异来自种群间,64.23%的变异来源于种群内（N_m=0.898）,不同地理种群显示出一定的遗传分化。分析认为海拔是影响拟环纹豹蛛遗传分化的重要因素,这为进一步明确我国稻田狼蛛优势种群在农药胁迫下的遗传适应性机制提供了实验依据。     

皂荚种质资源SCoT遗传多样性分析及指纹图谱的构建

采用SCoT标记分析了18个皂荚种质的遗传多样性,并采用UPGMA法对18个皂荚种质进行了聚类分析。在此基础上,通过筛选出的多态性条带构建了18个皂荚种质的SCoT指纹图谱。扩增结果表明:从51个SCoT引物中筛选了15个引物进行PCR扩增,共扩增出226条带,其中多态性条带216条,多态性比率为96.61%。各引物多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为0.875 9、1.964 9、1.440 1、0.272 6、0.426 1。18个皂荚种质的遗传相似系数在0.491 4~0.938 1之间,表明供试材料之间具有较丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.60处可将18个皂荚种质分为3组,其中野皂荚单独为一组,山皂荚和皂荚-T聚为一组,其它皂荚材料聚为一组。利用3个引物扩增的8个多态性位点构建了18份皂荚种质资源的DNA指纹图谱,可以将其区分并精准鉴定。该研究结果为皂荚种质的鉴定和新品种选育提供了一定的理论依据。     

Genetic diversity in tetraploid switchgrass revealed by AFLP marker polymorphisms

Switchgrass (Panicum virgatum) is a perennial warm-season grass native to North America that has been identified as a dedicated cellulosic biofuel crop. We quantified genetic diversity in tetraploid switchgrass germplasm collected at Oklahoma State University and characterized genetic relatedness among the collections from distinct regions. Fifty-six tetraploid accessions, including seven upland and 49 lowland genotypes from throughout the US, were examined. The amplified fragment length polymorphism (AFLP) procedure was utilized to generate DNA profiling patterns that were scored visually. Sixteen selective AFLP primer combinations were used to amplify 452 polymorphic bands. The accessions' genetic similarity coefficients, UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic averaging) cluster analysis and principle coordinate analysis, were performed. The upland and lowland accessions clustered according to ecotypes, with one exception (TN104). Genetic similarity coefficients among the accessions ranged from 0.73 to 0.95. Analysis of molecular variance (AMOVA) was performed, showing significant differences between the upland and lowland genotypes. The trnL marker confirmed that TN104 was a lowland genotype, but the trnL marker identification of upland and lowland genotypes was not consistent with the AFLP analysis in two germplasms (Miami and AR4).