光皮树不同无性系主要农艺性状多样性分析

依据光皮树(Cornus wilsoniana)丰产育种目标,对7个光皮树优良无性系的28个农艺性状进行观测,并进行方差、主成分、聚类及相关性分析。方差分析结果显示28个农艺性状的变异系数为804%~9430%,其中叶形态（叶形、叶色、叶缘）的变异系数最高;表型分化系数为4527%~9640%,即各性状的遗传较为稳定;主成分分析结果显示花序、果实、含油率以及果穗果数因子是主要的遗传因子,是光皮树无性系性状遗传的主要来源;依据主成分因子得分将7个光皮树优良无性系聚为4个类群,其中第Ⅱ类群与第Ⅲ类群杂交可以获得高产高含油率的目标资源。     

湿加松无性系表型遗传多样性研究

以35个湿加松（Pinus elliottii×P.caribaea Morelet var.hondurensis）无性系为试验材料,对其8个表型性状进行相关性分析、聚类分析及主成分分析研究,并深入探讨了遗传多样性水平,为湿加松无性系利用及良种选育提供科学依据。结果表明：（1）生长性状变异系数介于12.31~29.28%,均值为22.90%;多样性指数介于1.61~1.80,均值为1.69。形质性状变异系数介于13.34~47.25%,均值为26.86%;多样性指数介于1.50~1.94,均值为1.77。表明湿加松无性系遗传变异较为丰富,遗传多样性水平较高。（2）8对表型性状两两间有11对呈极显著正相关,5对呈显著正相关。选定材积为该材料育种选择的主要指标,其次为树高。（3）采用系统聚类法在欧式距离为12的时候将35个无性系分为6大类群,部分来源相同或父本相同的聚为一类,说明它们在表型上的变异较小。（4）针对8个表型性状做主成分分析提取了3个主成分,累积贡献率达86.00%,主要代表了6个性状,以此来表达所有供试材料的综合变异情况。     

香菇数量性状的相关性分析和主成分分析

对110个香菇杂交菌株16个数量性状进行表型、遗传和环境相关性分析及主成分分析。由分析结果可知,单菇鲜重与有关单菇的其他5个性状在表型、遗传和环境等3个方面都存在极显著的正相关,与菇数存在3种极显著的负相关,与CMC酶活性、木聚糖酶活性分别呈显著和极显著遗传负相关。鲜菇总重与出菇期和原基期呈极显著的表型和遗传负相关,与菇数、两种菌丝生长速度及菌盖厚度呈极显著的遗传正相关。结果表明,在香菇育种工作中,菌丝生长速度和酶活性,可以作为对单菇性状和鲜菇总重进行选择的间接指标之一。主成分分析结果表明,16个性状可以缩减为6个主成分,按方差贡献率大小分别命名为单菇、发育、产量、酶活、原基和转色因子,6个主成分的方差累积贡献率为80.75%。在香菇育种中,可以按照育种目标对上述主成分因子或其分量进行单独选择。     

叶用芥菜种质表型性状的遗传多样性分析

为有效利用叶用芥菜种质资源,对筛选出的24份叶用芥菜品系资源的11个表型性状,应用相关系数、聚类分析和主成分分析等多元统计方法进行遗传多样性分析。结果表明:叶用芥菜种质资源具有丰富的遗传多样性;11个表型性状平均变异系数为44.74%,叶片数的变异系数最大,为150.80%;净菜率变异系数最小,仅为9.54%。通过系统聚类,将参试的24份品系分为3个类群,第Ⅰ类群有14份材料,第Ⅱ类群有5份材料,第Ⅲ类群有5份材料,各类群性状之间的差异较明显,明确了品系类群间存在的亲缘关系。在主成分分析中,可选取方差累计贡献率为86.62%的前5个主成分来评价24份叶用芥菜品系资源。本研究揭示了叶用芥菜不同品系的表型特异性和遗传多样性,筛选出一些特异品系资源,为高产优质叶用芥菜新品种(系)的选育提供重要的科学依据。     

多性状综合遗传效应测定方法的研究

应用主成分分析原理提出测定多个交配组合多性状综合遗传效应的方法,将多性状综合遗传效 各主成分遗传效应与其相对重要树重乘积和,此法消除了性状间相关和环境因素的影响,得到的多性状综合遗传效应可以互相比较,便于选出最佳交配组合用于动物生产。     

60 Coγ射线辐照花魔芋诱变效应的主成分分析

本文应用主成分分析法对60Coγ射线辐照花魔芋的诱变效应进行了研究。从20项性状指标中提取出了3个诱变效应主成分,累积方差贡献率96.3%。依据主成分对原性状的综合能力,进行了生物学意义分析,3个主成分可分别解释为农艺性状与细胞学效应因子、抗性与品质效应因子和酶活效应因子,并建立了主成分方程。结合育种实际,认为第2主成分较全面反映了育种目标,为期望诱变效应,是魔芋诱变育种的主要参考性状组合。各处理组的第1、2、3主成分值计算结果表明,7 Gy处理组的第2主成分最大,为8.34,远高于其它处理组,且第1、3主成分值适中,为最适宜的辐照剂量。     

核桃品种绿岭杂交后代主要性状的遗传分析与优株选择研究

为了培育出矮化、早实、丰产、优质等综合性状优于绿岭的核桃新品种,以绿岭核桃为亲本与辽宁1号、绿早进行杂交,测定了正反交组合374个杂交单株的13个性状,并对其进行了遗传分析,结果表明:杂交后代的表型性状具有较高的遗传多样性,各性状的变异系数均在17%以上,最高达72.40%;而果实相关性状的变异系数除可溶性蛋白质之外,均在20%以下。青皮率和脂肪含量的遗传传递力在4个杂交组合中均大于97%,其遗传受加性效应影响较大。果实相关性状的广义遗传力均在90%以上,说明其在遗传上是比较稳定的,可以在早代进行选择。从杂交后代中初选21个优株,采用主成分分析的方法,对其进行评价和优株选择。结果表明,以性状的累积方差贡献率达到74.3%,确定了4个反映核桃主要性状的主成分;通过计算各单株的综合评价值,在供试的21个优株中,选出了3个综合性状优良的单株,其结果与单株的实际表型相近;并发现短结果枝率、矮化指数和节间长度3个指标能够反映出核桃的矮化优良性状。     

长白落叶松种子园亲本生长与结实性状综合评价

生长与结实性状是种子园亲本重要的评价标准,本研究以长白落叶松种子园58个亲本无性系为试验材料,对其生长与结实性状进行测定及分析。方差分析结果表明,除通直度、节间距、0和1.3 m树皮厚度外,各性状在无性系间均存在显著差异,其表型变异系数变化范围为8.05%~54.97%,重复力变化范围为0.102 3~0.744 2。高变异、高重复力有利于优良无性系选育。利用主成分分析将各性状分为4个主成分（Y1、Y2、Y3、Y4）,不同无性系各主成分值差异较大。以生长与结实性状为评价指标,利用多性状综合评价法,以10%的入选率,L59、L56、L77、L90、L92和L87等6个选为优良无性系,其主成分Y1值均较大,树高、胸径和材积的平均遗传增益分别为15.43%、8.25%和29.73%。本研究可为长白落叶松无性系种子园优良亲本建园材料选择提供理论基础。     

云南高原粳稻品质特性分析

采用表型主成分及聚类分析法,对76个云南高原粳稻的11个品质性状进行了分析。结果表明,（1）直链淀粉含量的平均值达食用稻品种品质1级标准,糙米率、透明度、碱消值和胶稠度达2级标准,精米率达3级标准,其余品质性状的平均值均在3级以下。品种间变异最小的品质性状是糙米率和碱消值,变异最大的是垩白度,其次是垩白粒率。（2）稻米品质性状间存在复杂的相关关系。（3）在选出的6个影响云南稻米品质的主因子中,精米率、垩白粒率和垩白度因子对稻米品质的累积贡献率为49.6%。（4）76个云南粳稻聚为4类,其中第一类包括52个品种,表明遗传距离近,遗传基础狭窄。在今后的云南粳稻品质育种中,应降低垩白粒率和垩白度,提高精米率和整精米率,同时拓宽遗传基础。     

燕麦种质资源主要农艺性状的遗传多样性分析

燕麦种质资源是燕麦育种的重要基础,对燕麦遗传多样性的研究不仅有助于种质资源的搜集、管理和利用,也有利于进行核心种质的研究。为了解不同地区燕麦种质资源在农艺性状上的遗传多样性,对74份皮、裸燕麦种质资源13个性状的遗传多样性进行了聚类分析与主成分分析。结果表明:各性状的遗传多样性指数较大,多样性指数最高的是主穗粒重,其次是千粒重和穗长;性状变异系数最大的是单株分蘖数,其后依次为单株粒重和主穗粒重,最小的为株高;根据品种间各性状的遗传差异,通过聚类分析将74份资源材料划分为5类,其中36份皮燕麦资源被分为2类,26份裸燕麦资源被分为2类,7份皮燕麦和5份裸燕麦被分为一类,其中,类群Ⅰ可作为高产育种目标的亲本,类群Ⅲ可作为粒型育种目标的亲本,类群Ⅳ、Ⅴ可作为株高和小穗等育种目标的亲本;8个数量性状主成分分析的结果表明,前4个主成分对变异的累计贡献率达86.27%,第一主成分反应产量,第二主成分反应粒型,第三、第四主成分分别反应分蘖数和株高。     

氟监测植物筛选的主成分分析方法

氟监测植物筛选的主成分分析方法马恩林（首都师范大学,北京１０００５３）ＵｓｅｏｆＰｒｉｎｃｉｐａｌＣｏｍｐｏｎｅｎｔＡｎａｌｙｓｉｓｉｎＳｅｌｅｃｔｉｎｇＭｏｎｉｔｏｒｉｎｇＰｌａｎｔｓｆｏｒＦｌｕｏｒｉｄｅ￥ＭａＥｎｌｉｎ（ＣａｐｉｔａｌＮｏｒｍａ...     

黄土塬地区集雨窖水水源地优选

为提高黄土塬地区窖水水质,保证窖水饮用安全,集雨水源地的选择势在必行。本文通过应用主成分分析法,研究了优质集雨水源地和决定水质的控制指标。结果表明,在不同类型集雨水源地中,水泥地面和瓦屋面的综合主成分得分分别为-3.350和-1.945,污染程度分级结果为轻度,是集雨的最佳场地;COD、NH4+-N、TP、SS和粪大肠菌群在主成分中具有高荷载值;集雨水受有机物质、地表尘土、人畜粪便污染明显,与人为活动密切相关。最后,就集雨水源地在政策法规、水质保护技术体系、水质检测和保护等方面提出了改善措施和建议。     

四川南充市夜鹭的巢址选择

2006年3~6月,在四川省南充市太和保护区对夜鹭的巢址选择进行了研究。野外调查了夜鹭巢47个,对照样方26个,通过主成分分析和对比分析,表明影响夜鹭巢址选择的主要因子依次为:营巢树高度、植被平均高度、巢高、竹平均直径、隐蔽度、巢上方盖度、距水(西河)距离、距白鹭巢距离、植被盖度、巢下盖度。     

An approach to incorporate linkage disequilibrium structure into genomic association analysis

In this study, we propose to use the principal component analysis (PCA) and regression model to incorporate linkage disequilibrium (LD) in genomic association data analysis. To accommodate LD in genomic data and reduce multiple testing, we suggest performing PCA and extracting the PCA score to capture the variation of genomic data, after which regression analysis is used to assess the association of the disease with the principal component score. An empirical analysis result shows that both genotype-basod correlation matrix and haplotype-based LD matrix can produce similar results for PCA. Principal component score seems to be more powerful in detecting genetic association because the principal component score is quantitatively measured and may be able to capture the effect of multiple loci.     

矿质元素及pH值与栀子中栀子苷含量的相关性

为了探讨栀子苷含量与土壤及药材中的矿质元素的相关关系,用主成分分析方法对8个不同产地的栀子土壤中13种矿质元素及pH与药材中12种矿质元素进行了多因素分析.结果表明:Fe和Ni、Fe和Al、Mn和Co之间呈极显著正相关.影响栀子苷含量的Mg和pH贡献率分别为49.614%和20.826%,两者对栀子苷的变异贡献率最大.同时进行了栀子苷含量的变化与主成分的多元相关分析,证实了矿质元素与中药功效之间存在相关性.     

基于主成分特征投影法建立利用16S rRNA基因序列进行物种分类方法的研究

提出一种有别于系统发育树的根据16S rRNA基因序列进行物种分类的新方法。首先将基因的碱基字母形式转换成数字形式,构建多维向量。然后根据主成分分析方法将该向量向数据分布最大方向投影,将原数据用几个“主成分”线性表出,而不丢失原数据的信息,采用主成分的显示功能作出三维主成分特征投影视图,达到分类的目的。在双歧杆菌和肠球菌的分类识别中得到较好的应用。     

Comment on: "Energy landscape of a small peptide revealed by dihedral angle principal component analysis"

The dihedral angle principal component analysis method published recently by Mu, Nguyen, and Stock, is shown to produce distortions of the free energy landscape due to the neglect of constraints in the coordinates. It is further shown that these distortions can create artificial minima and energy barriers. The rugged energy landscape that the authors find for a small peptide chain might thus be an artifact of their method.     

基于主成分分析法的墨兰品种观赏价值评价

以福州地区栽培多年的30个墨兰品种为材料,对其植株高、花色、瓣型等20个观赏性状进行测定和观察,分析墨兰品种观赏性状的变异范围、性状间的相关性以及主成分因子,并利用主成分分析法对30个墨兰品种的观赏价值进行评价。结果表明,不同品种间的16个数量性状均存在不同程度的变异,花部形态存在较大差异,叶片形态和数量变异小;4个质量性状中,花色和叶艺的遗传多样性较高。叶部形态和花部形态的观赏性状间存在显著相关性。20个观赏性状指标可以分为7个主成分因子,分别为株高因子、瓣型因子、花色因子、叶片数因子、花径因子、叶宽因子和叶艺因子,7个主成分因子的方差贡献率累计达全部性状信息的87.35%。通过计算30个品种的重要主成分值并对其进行排序,筛选出4个观赏性状优良的品种,分别为‘白墨’、‘宝山爪’、‘龙梅’和‘金华山’。     

Factor and principal component analyses as alternatives to index selection

Summary Selections from factor and principal component analyses were compared with those from the Smith-Hazel index when selecting for several switchgrass (Panicum virgatum L.) traits. The objective of this study was to examine several alternatives to index selection. Such procedures would potentially eliminate problems of selection associated with Smith-Hazel indices, including errors in genetic parameter estimates and difficulty in assigning relative economic weights to traits. Selection was performed on 1,280 plants that were evaluated over 2 years at 1 location, in a randomized complete block design with 4 replicates. The plants were evaluated for forage yield and several forage quality traits. The comparisons of index selection with principal factor analysis, maximum-likelihood factor analysis and principal component analysis were made for three sets of traits (five traits per set) to estimate repeatability for the comparisons. Multivariate analyses were performed on both simple and genotypic correlation matrices. Comparisons were made by computing Spearman's rank correlations between selection index plant scores and scores computed from multivariate analysis and by determining the number of plants selected in common for the selection methods. Among the three multivariate analysis methods evaluated in this study, principal component analysis had the highest correlation with index selection. The high correlation for principal component analysis of simple correlation matrices indicates the potential for using this statistical method for selection purposes. This would permit the breeder to reduce field costs (e.g., time, labor, equipment) required to obtain the genetic parameter estimates necessary to construct selection indices.     

“十二五”末我国居民医疗卫生服务需求状况研究

卫生服务需求是制定区域卫生规划和卫生资源配置标准的基础。文章从社会经济、人口、健康状况、文化等方面,选取反映居民卫生服务需求的相关指标进行主成分分析,探索影响各地区居民卫生服务需求扩大和制约的因素,并根据主成分分析的评价结果对不同区域进行分类。对于统筹规划区域间卫生资源,使卫生资源能够满足居民的基本卫生服务需求,并适应多层次、多元化的卫生服务需求,从而实现“十二五”卫生规划阶段性目标具有重要意义。