加权ceRNA网络筛选乳腺癌生物标志物

竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA)作为生物标志物和潜在的治疗靶点,在探究肿瘤的发病机制中,表现出了巨大的研究价值和临床应用前景。本文对乳腺癌ceRNA网络进行了系统的分析,首先通过差异分析获得差异miRNA、mRNA和lncRNA,其次利用网络的边聚集系数(edge clustering coefficient,ECC)和皮尔逊相关系数(Pearson correlation coefficient, PCC)计算ceRNA网络节点的权重,最后采用基于随机森林的逐步特征选择(stepwise feature selection based on random forest, SFS-RF)方法筛选出一组可作为乳腺癌生物标志物的RNA——LINC00466、CHL1-AS2和LINC00337,并利用GEO数据库验证了该组RNA对乳腺癌样本的识别情况。此外,通过GO和KEGG通路富集分析探索了该组RNA在乳腺癌中的生物学功能。结果显示:这些RNA作为生物标志物,在识别乳腺癌样本方面具有高精度和高效率等特性,在乳腺肿瘤细胞的增殖及遗传物质的合成等过程中具有重要生物学意义。     

PRKAG2-AS1通过AMPK抑制缺氧所致心肌细胞凋亡

目的:探讨PRKAG2-AS1在缺氧所致心肌细胞凋亡中的作用及其可能机制。方法:以人心肌细胞系作为主要研究对象,使用RNA核质分提的方法检测PRKAG2-AS1在细胞中的表达分布模式。将人心肌细胞系分为常氧对照组及低氧组,分别置于常氧环境(21% O2)和低氧环境(1% O2)培养12小时,构建心肌细胞缺氧模型,AnnexinV-FITC/PI流式细胞学检测细胞凋亡,Real-time PCR检测模型中SOD mRNA及PRKAG2-AS1基因表达。对常氧培养条件下心肌细胞通过siRNA及反寡义核苷酸方法分别靶向敲低胞质及胞核内PRKAG2-AS1的表达水平,AnnexinV-FITC/PI流式细胞学检测细胞凋亡,观察PRKAG2-AS1对心肌细胞凋亡的影响;Real-time PCR检测SOD mRNA表达,Western blot检测AMPKγ2亚基蛋白的表达,观察PRKAG2-AS1对SOD mRNA及AMPKγ2蛋白表达的影响。结果:PRKAG2-AS1在心肌细胞胞质及胞核中均有表达,且以胞核为主。PRKAG2-AS1基因表达水平在心肌细胞缺氧模型中明显降低(P<0.05)。对常氧培养条件下心肌细胞,敲低PRKAG2-AS1基因表达,将导致细胞凋亡增加(P<0.05),且敲低胞核中表达细胞凋亡更为明显,同时,敲低PRKAG2-AS1能够引起SOD mRNA表达水平改变(P<0.05),且AMPKγ2蛋白表达水平降低(P<0.05)。结论:PRKAG2-AS1可能通过AMPK途径影响SOD表达,从而调控心肌缺氧损伤中的细胞凋亡。     

肺癌中LncRNA的表达及其与预后的相关性

[目的]筛选出在肺癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA),并探讨其在肺癌中的表达水平与患者预后的相关性。[方法]从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)下载肺癌临床病理和基因表达谱信息。以|Fold Change|>2和校正后的P值(FDR)<0.05为标准筛选差异表达的lncRNA。对差异表达显著的FOXD3-AS1进行RNA结合蛋白(RBP)预测,并用关联矩阵法构建差异表达的lncRNA-RBP-mRNA共表达网络,继而对共表达mRNA进行Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析;通过Kaplan-Meier Plotter方法研究FOXD3-AS1与预后相关性。[结果]共筛选出1 362个在肺癌中差异表达的lncRNA,其中表达上调的1 184个,表达下调的178个。与FOXD3-AS1具有共表达关系的mRNA共有11个。KEGG分析这些共表达的mRNA主要富集在黏着连接、结肠直肠癌和松弛素信号通路,RBP预测发现FOXD3-AS1可以与人丝氨酸/精氨酸富有剪接因子SRSF1结合。FOXD3-AS1与肺癌患者生存曲线具有极显著相关性(P<0.01)。[结论]SRSF1居于lncRNA-RBP-mRNA共表达网络的核心位置,在肺癌的发生、发展中起到重要的调控作用,有望成为肺癌免疫治疗的分子靶标。差异表达的FOXD3-AS1可以很好地判断肺癌患者的预后,因此,可以作为潜在的肺癌检测分子标志物。     

SLC2A1-AS1在卵巢癌中的表达及临床意义

摘要 目的：探究lncRNA SLC2A1反义RNA 1（SLC2A1 antisense RNA 1,SLC2A1-AS1）在卵巢癌中的表达情况及与卵巢癌患者预后之间的关系,为卵巢癌的诊断和预后提供一种新的生物标志物。方法：通过多个数据库中的卵巢癌样本信息及其实时荧光定量PCR（Real Time Quantitative PCR,RT-qPCR）分别探究SLC2A1-AS1在卵巢癌中的表达情况及其与卵巢癌患者预后之间的关系,通过免疫荧光实验和划痕实验探究SLC2A1-AS1的表达对卵巢癌细胞的增殖和迁移的影响。通过基因本体(Gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）分析寻找SLC2A1-AS1影响卵巢癌恶性进程的可能机制。结果：基于多个数据库中的生物信息学分析和RT-qPCR验证发现SLC2A1-AS1在卵巢癌中异常低表达,且SLC2A1-AS1低表达与卵巢癌患者的不良预后密切相关。SLC2A1-AS1过表达可明显抑制卵巢癌细胞的增殖和迁移能力。基于GO和KEGG分析,发现SLC2A1-AS1可能通过调控细胞外基质（extracellular matrix,ECM）组分以及ECM受体的相互作用通路抑制卵巢癌的恶性进程。结论：SLC2A1-AS1可能作为一种关键的潜在的生物标志物抑制着卵巢癌的恶性进展。     

LncRNA与肝疾病的研究现状

经过多年探索,对肝脏疾病的研究已取得重大进展,但其发病机制复杂,目前仍未完全阐明。长链非编码RNA(long noncoding RNA,lnc RNA)是非编码RNA中的一种,不具有蛋白编码功能。研究发现,lnc RNA参与调控多种肝脏疾病的生理和病理过程,能在表观遗传、转录和转录后水平发挥重要的调节作用,提示我们lnc RNA可能成为一个新的治疗突破口。本文针对当前lnc RNA在肝疾病中的功能及作用机制进行综述。首先介绍了lnc RNA的功能,再将计算机与生物学相结合概括lnc RNA的四个研究步骤,包括筛选、鉴定、预测及验证,重点阐述lnc RNA与肝纤维化、肝硬化、肝癌及肝移植的近期研究成果,并进一步探讨未来lnc RNA在肝病中的研究方向和应用前景。充分了解肝病的研究现状以及与肝病发生发展有关的lnc RNA分子和生物学功能,为后续研究肝病的机制和治疗提供理论依据和借鉴。     

新疆食管癌中Myc、TP53表达及其与临床病理因素相关性研究

目的:检测Myc和TP53在食管癌组织和远端无癌组织的表达情况,并分析其与临床病理因素之间的关系,初步探讨Myc和TP53在新疆食管癌发生发展中可能存在的特点。方法:经Trizol一步法提取88例新疆地区食管癌组织及其远端无癌组织标本总RNA,m RNA逆转录为c DNA,经聚合酶链式反应生成产物,运用光密度值即半定量RT-PCR技术检测88例新疆地区食管癌组织、远端无癌组织中Myc和TP53的m RNA表达情况及二者阳性表达率,并分析Myc和TP53的表达与临床病理因素之间的相关性。结果:1 Myc的m RNA相对表达量在食管癌组织中高于远端无癌组织,差异有显著性(P0.01);TP53的m RNA相对表达量在远端无癌组织中高于癌组织(P0.05);2 Myc的阳性表达率在88例食管癌组织中高于远端无癌组织(P0.05);TP53的阳性表达率在远端无癌组织中高于癌组织(P0.05);3Myc的表达与分化程度(P0.01)、TNM分期(P0.01)、淋巴结转移(P0.05)、侵犯深度(P0.05)和族别(P0.05)有关,与性别无关;TP53的表达与侵犯程度(P0.01)有关,与性别、分化程度、TNM分期、淋巴结转移和族别均无关;4 88例食管癌组织中,Myc和TP53的表达呈现负相关(r=-0.501,P0.0 1)。结论:Myc在新疆地区食管癌组织中表达上调,TP53则表达减弱。说明Myc参与食管癌的发生和发展,而TP53则可能保护正常组织不发生癌变。     

MYC、PTEN和TP53表达与哈萨克族食管癌相关性研究

[目的]检测MYC、PTEN、TP53在哈萨克族食管癌组织和远端无癌组织的表达,分析与临床病理因素的关系,探讨它们在哈萨克族食管癌发生发展中可能存在的关系。[方法]Trizol一步法获取组织标本总RNA,逆转录为c DNA,运用半定量RT-PCR技术检测食管癌组织、远端无癌组织中三个基因mRNA表达量及阳性表达率。[结果]1 MYC mRNA表达量在食管癌组织中高于远端无癌组织(P0.01);PTEN、TP53 mRNA表达量在远端无癌组织中高于癌组织(P0.01,P0.05);2 MYC阳性表达率在食管癌组织中高于远端无癌组织(P0.01);PTEN、TP53阳性表达率在远端无癌组织中高于癌组织(P0.01,P0.05));3MYC表达与分化程度(P0.05)、TNM分期(P0.05)、淋巴结转移(P0.01)和侵犯深度(P0.05)有关;PTEN表达与分化程度有关(P0.05);TP53的表达与上述指标无关;4 MYC和PTEN、TP53表达呈负相关(r=-0.494;r=-0.428);PTEN、TP53表达呈正相关(r=0.531)。[结论]哈萨克族食管癌组织中MYC表达上调,PTEN、TP53低表达或不表达。上述结果说明MYC参与哈萨克族食管癌的发生和发展,PTEN、TP53则是阻止食管组织发生癌变的保护性基因。     

长链非编码RNA的免疫调节机制研究进展

真核生物的基因表达受多个层面调控,包括染色体水平、DNA水平、转录水平和转录后水平的调控等.长链非编码RNA(lnc RNA)是一类转录本超过200 nt的非编码RNA,其对基因表达的调控涉及上述各个层面,如组蛋白修饰、DNA甲基化的调控、转录的促进和抑制、m RNA的剪辑及对转录因子的调控等.其作用方式复杂多样,可与DNA、mRNA和蛋白质等相互作用而发挥调节作用.LncRNA保守性较差,但其表达却有较高的细胞、组织和分化阶段特异性.免疫系统的发育和分化受到精密的调控,且具有较高的阶段性和特异性.因此研究lnc RNA的功能及作用机制,免疫系统是较好的选择,这能促进我们对免疫调控的理解,为免疫性疾病的治疗提供新的思路和方法.本文主要介绍lnc RNA的分类和lnc RNA作用的一般分子机制,及其对T细胞、B细胞、固有免疫细胞和炎症因子的分子调控机制及其进展.     

lncRNA在白血病中对细胞增殖和凋亡的调控作用

长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)参与基因表达的调控,在白血病的发生和发展过程中可通过多种机制调控细胞增殖、凋亡等过程,发挥促癌或抑癌作用。本文对lncRNA ZEB1-AS1、lncRNA NALT、lncRNA H19、lncRNA PLIN2、lncRNA MEG3、lncRNA CASC15、lincRNA-p21等lncRNA分别在白血病中的生物学功能及其调控细胞增殖和凋亡的机制进行了简要概述,旨在为白血病的诊疗和预后提供新策略。     

基因组印记中的长非编码RNA

长非编码RNA(lnc RNA)是长度大于200 bp的一类非编码蛋白的RNA,因其在基因组中含量巨大以及重要的生物学功能引起了学术界的广泛关注.基因组印记是一种表观遗传现象,lnc RNAs通过建立靶基因的印记而发挥重要的生物功能.基因组印记可以用来研究lnc RNAs在转录和转录后水平调控基因表达的分子机制.本文选取6个印记机制研究比较透彻的印记区域,包括Kcnq1/Cdkn1c、Igf2r/Airn、Prader-Willi(PWS)/Angelman(AS)、Snurf/Snrpn、Dlk1-Dio3和H19/Igf2.通过介绍包括基因间lnc RNAs(H19、Ipw和Meg3)、反义lnc RNAs(Kcnq1ot1、Airn、Ube3a-ATS)和增强子lnc RNAs(IG-DMR e RNAs)在内的3种类型lnc RNAs在印记调控中的作用,从而了解lnc RNAs通过顺式或(/和)反式作用多种机制调控亲本特异性靶基因的表达.了解印记基因簇中lnc RNAs的作用方式将有助于我们揭示lnc RNAs在整个基因组中的作用机制.     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Comparative morphology of the carpel in the Liliaceae: Hewardieae, Petrosavieae, and Tricyrteae

The young pistils in the melanthioid tribes, Hewardieae, Petrosavieae and Tricyrteae, are uniformly tricarpellate and syncarpous. They lack raphide idioblasts. All are multiovulate, with bitegmic ovules. The Petrosavieae are marked by the presence of septal glands and incomplete syncarpy. Tepals and stamens adhere to the ovary in the Hewardieae and the Petrosavieae but not in the Tricyrteae. Two vascular bundles occur in the stamens of the Hewartlieae and Tricyrtis latifolia. Ventral bundles in the upper part of the ovary of the Hewardieae are continuous with compound septal bundles and placental bundles in the lower part. Putative ventral bundles occur in the alternate position in the Tricyrteae and putative placental bundles in the opposite. position in the Petrosavieae. The dichtomously branched stigma in each carpel of the Tricyrteae is supplied by a bifurcated dorsal bundle.     

鸡传染性法氏囊病病毒研究进展

传染性法氏囊病(Infection bursal disease, IBD)是由鸡传染性法氏囊病毒(Infectious bursal disease virus, IBDV)引起的鸡和火鸡的一种高度接触性传染病,给世界各国的禽养殖业带来了巨大损失.自IBDV发现至今新的变异株不断出现,分子结构的改变导致病毒致病力的改变及宿主对疫苗应答的改变,使得传统的疫苗已不能控制其流行,因此各国学者对其基因组结构和功能进行了广泛深入的研究,并积极研制新型有效的疫苗以达到防治的目的.     

Development of a Novel Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Method for Rapid Detection of SARS-CoV-2

In conclusion, the novel visual RT-LAMP assay is a simple, rapid, and sensitive approach for detection of SARS-CoV-2, and it is ready for application in primary care and community hospitals or health care centers, and even patients' own houses in response to the current SARS-CoV-2 epidemic because the assay does not require sophisticated equipment and skilled personnel. Furthermore, it is also ready to be used in fields for screening samples from wild animals and environments to facilitate the identification of potential intermediate hosts that mediate the cross-species transmission of SARS-CoV-2 from bats to humans.     

Perinatal Vertical Transmission of Chikungunya Virus in Ruili,a Town on the Border between China and Myanmar

正Dear Editor,Chikungunya virus (CHIKV), an arbovirus in the family of Togaviridae, genus Alphavirus, is transmitted by the A.aegyptii or A. albopictus mosquito, and causes disease in humans characterized by fever, rash, and arthralgia (Silva and Dermody 2017; Suhrbier 2019). It was first reported in 1953 in Tanzania, and caused only a few outbreaks and sporadic cases in Africa and Asia in last century. However, in the epidemic in 2004, CHIKV acquired mutations that conferred enhanced transmission by the A. albopictus mosquito(Schuffenecker et al. 2006). Since then, it has successively caused outbreaks in Africa, the Indian Ocean, South East Asia, the South America, and Europe (Zeller et al. 2016).     

Enterovirus 71 3C proteolytically processes the histone H3 N-terminal tail during infection

Highlights
1. The N-terminal tail of histone H3 is specifically cleaved during EV71 infection.
2. Viral protease 3C is identified as a protease responsible for proteolytically processing the N-terminal H3 tail.
3. Our finding reveals a new epigenetic regulatory mechanism for Enterovirus 71 in virus-host interactions.