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相似文献
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1.
程华胜 《生物学通报》2007,42(10):56-58
运用基因导流杂交法在低密度基因芯片平台上检测乙肝病毒DNA(HBV DNA)。设计特异性引物,对HBV基因组DNA中的编码HBV多聚酶蛋白的一段序列进行PCR扩增;根据被扩增片段,设计保守的特异性探针,并将该探针固定在杂交膜上,制备低密度基因芯片:使用导流杂交法将上述扩增产物和低密度基因芯片进行杂交,根据显色反应判断被检测样本有无HBV DNA。基因导流杂交法在低密度基因芯片平台上可以方便、快速、准确地检测乙肝病毒。  相似文献   

2.
基因芯片技术检测细菌耐药性的研究进展   总被引:8,自引:1,他引:7  
基因芯片技术是将无数预先设计好的寡核苷酸、cDNA、基因组 (Genomic)DNA在芯片上做成点阵 ,与样品中同源核酸分子杂交 ,对样品的序列信息进行高效的解读和分析 ,大规模获取相关生物信息。该技术应用领域主要有表达谱分析、基因突变及多态性分析、疾病诊断和预测、DNA测序、药物筛选、检测筛选耐药基因、微生物菌种鉴定及致病机制研究等。着重介绍了基因芯片技术检测细菌耐药性方面的国外研究进展。基因芯片可以大量、快捷地检测出细菌耐药性菌株以及引起细菌耐药性的基因的突变 ,由于其在检测中的高效率 ,因此要优越于传统的细菌学检测技术。基因芯片技术在细菌耐药性检测中有着巨大的应用价值 ,具有广阔的应用前景。  相似文献   

3.
通过对籼稻黄华占EMS(甲磺酸乙酯)诱变, 筛选得到一隐性核不育的水稻雄性不育突变体osms55, 遗传分析表明该突变体为单基因控制的隐性核不育, 采用高通量的Illumina Infinium iSelect SNP(50 K)芯片检测技术鉴定该突变体的遗传背景, 确认该突变体的遗传背景与黄华占一致。文章利用改进的MutMap方法成功克隆该雄性不育基因, 突变位点与突变表型的共分离分析表明LOC_Os02g40450(MER3)是控制osms55突变体雄性不育的基因, 该基因的剪切识别位点发生变异后导致剪切异常, 造成第5外显子缺失15个碱基, 从而产生雄性不育。改进的MutMap方法无需精确组装的野生型基因组序列作对照, 而是通过将定位群体中有突变表型植株的DNA pool和野生型植株DNA的重测序结果分别与日本晴参考基因组进行比对, 然后再比较突变体和野生型的差异SNP来确定候选基因, 该方法大大降低了野生型基因组测序和组装成本, 进一步扩大了MutMap方法的应用范围。  相似文献   

4.
cDNA微阵列和寡核苷酸芯片是常见的合成后点样的DNA微阵列。点样方法主要是通过物理吸附或共价结合的方式将探针固定于载体上,本总结了近年来国内外献报道的cDNA微阵列制备方法;在多聚赖氨酸包被的玻璃基片表面制备cDNA微阵列;用琼脂糖包被的玻璃基片制备cDNA微阵列;在氨基或醛基修饰的玻璃基片表面制备cDNA微阵列;寡核苷酸芯片的制备方法;氨基修饰的玻片与5′末端带氨基的寡核苷酸探针通过不同的linker连接;硅烷化寡核苷酸直接点样于玻片上制成寡核苷酸微阵列;硫代寡核苷酸通过二硫键与巯基修饰的玻片连接;水凝胶芯片固定寡核苷酸。丙烯酰胺硅烷化的基片与5′丙烯酰胺修饰的寡核苷酸连接。并展望了基因芯片的应用前景。  相似文献   

5.
摘要: 文中建立了一种新型的寡核苷酸芯片, 用于线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作(Mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes, MELAS)和肌阵挛性癫痫伴发不规整红纤维(Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, MERRF)线粒体DNA所有已知突变位点的集成检测。将31对allele位点特异性的寡核苷酸探针包被在醛基修饰的载玻片表面, 以多重不对称PCR方法制备Cy5荧光标记靶基因。利用此芯片对5例MELAS患者、5例MERRF患者及20例健康对照进行筛查, 结果发现, MELAS患者均为MT-T1基因A3243G突变; 在MERRF患者组, MT-TK基因A8344G突变4例, T8356C突变1例; 健康对照组均未发现31种相关mtDNA突变。芯片检测与DNA测序结果完全一致。结果表明, 这种寡核苷酸芯片可以对MELAS和MERRF综合征已知突变位点进行同步快速检测, 具有较高的灵敏度和特异性。这一模式的基因芯片经过适当改装后也可用于其他人类线粒体疾病的基因诊断。  相似文献   

6.
检测绵羊BMPR-IB基因多态性寡核苷酸芯片的制备   总被引:1,自引:0,他引:1  
杨华  钟发刚  王新华  刘守仁  朱滨  邢军芬  孙悦 《遗传》2007,29(8):957-962
FecB基因是控制中国美利奴羊排卵率和产羔数的主效基因,由于A746G的点突变而导致绵羊表型的变化。本研究的目的在于根据FecB基因的多态性,制备寡核苷酸芯片检测绵羊FecB基因的单核苷酸多态性(SNP),设计六条特异性的探针,用基因芯片点样仪将探针点样到醛基修饰的载玻片上,采集绵羊的血液样本,在芯片反应舱中,检测FecB基因A746G点突变,设计对应的软件进行判读,分析检测结果,与PCR-RFLP检测结果完全符合,证明制备的寡核苷酸芯片可以并行、准确而高效地检测FecB基因的多态性,能够作为分子标记辅助选育多胎绵羊的一种合适的检测技术。  相似文献   

7.
目的:制备黄热病病毒寡核苷酸检测微阵列.方法:根据黄热病病毒基因组序列,并应用生物信息学软件设计出寡核苷酸探针用于制备基因芯片,克隆于质粒上的黄热病病毒全长基因DNA经限制性显示技术扩增并标记,完成杂交后对芯片进行扫描和数据分析.结论:微阵列检测技术为检测黄热病病毒提供了一种早期、快速、可靠的方法,具有应用于临床检测的前景.  相似文献   

8.
目的:建立一种质量控制芯片来监测样品标记、杂交和检测过程中的失误。方法:针对GFP基因设计的4条60mer寡核苷酸探针和1条阳性对照探针polv(U)与流感寡核苷酸探针一起打印在DAKO玻片上,并构建了GFP基因的克隆载体和体外表达载体,将从这两种重组载体上获得的绿色荧光蛋白(Green Fluorescent Protein,GFP)基因的ILNA、DNA片段和人的全血样品中的DNA用限制性显示技术(Restriction Display technology,RD)扩增标记,将标记的样品和荧光标记的通用引物U分别与芯片杂交、检测,并对扫描的结果进行统计分析。结果:GFP探针与相应的样品杂交时出现阳性信号,阳性对照探针在所有的杂交中均出现阳性信号,而空白对照则未检测荧光信号。结论:建立的质控芯片具有较好的敏感性和特异性,可以用于基因芯片中的质量监控。  相似文献   

9.
寡核苷酸芯片在微生物检测中的应用   总被引:3,自引:0,他引:3  
近几年来发展起来的基因组研究技术———基因芯片技术为微生物检测提供了一种强有力的手段。目前国内外已广泛地开展了利用寡核苷酸芯片对多种微生物 (主要是病毒和细菌 ,少量有真菌 )进行相关检测的研究 ,并在对微生物病原体检测、种类鉴定、功能基因检测、基因分型、突变检测、基因组监测等方面获得了成功。由于寡核苷酸探针具有可根据研究需要任意设计、特异性高等特点 ,寡核苷酸芯片在微生物检测中有着巨大的应用价值 ,具有广阔的应用前景。  相似文献   

10.
未经抗病毒治疗慢乙肝患者YMDD变异检测及HBV基因分型   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的 :探讨未接受拉米呋啶及干扰素抗病毒治疗的慢性乙型肝炎患者中YMDD是否存在变异及HBV的基因亚型。方法 :采用PCR荧光分子信标探针检测技术及PCR微板核酸杂交 ELISA技术进行HBVYMDD变异株 (YIDD YVDD)及HBV基因分型检测。结果 :2 9例慢性乙肝患者HBVYMDD变异阳性 6例 ,阳性率为 2 0 6%。 5例变异阳性中 3例为YIDD阳性 ,2例为YVDD阳性 ,6例均为YMDD野生株和变异株同时存在 ;HBV基因亚型以C、B、D亚型为主 ,分别占41 3% ( 1 2 2 9)、2 4 1 % ( 7 2 9)、2 0 6% ( 6 2 9)。结论 :在未经抗病毒治疗的慢乙肝患者中存在YMDD变异株 ,临床上在应用拉米呋啶对慢性乙型肝炎患者进行抗病毒治疗前 ,应对患者是否存在YMDD变异加以重视 。  相似文献   

11.
观察联合应用小干扰RNA和拉米夫定对HepG2.2.15细胞中HBV抗原表达和复制的抑制作用。构建并转染重组质粒psil-HBV到HepG2.2.15细胞中。转染后的细胞培养基中加入拉米夫定(0.05μm),分别于48、72、96 h收获细胞。用ELISA方法检测HBeAg和HBsAg;HBV DNA水平用实时定量PCR测定;用逆转录PCR检测HBV mRNA水平。96 h后联合应用小干扰RNA和拉米夫定组细胞培养上清中HBeAg和HBsAg抑制率分别为91.8%和82.4%(P<0.05);HBV mRNA表达水平明显降低。HepG2.2.15细胞中联合应用小干扰RNA和拉米夫定对HBV复制的抑制作用比单独应用siRNA或拉米夫定更有效。  相似文献   

12.
目的:探讨化疗引起的乳腺癌患者肝功能损害与乙肝病毒(HBV)感染的相关性及抗病毒治疗在预防化疗引起的HBV再激活中的作用。方法:2006年3月-2010年10月在武汉市第三医院接受化疗的病理确诊为乳腺癌患者(包括术后辅助化疗)为研究对象,比较HBs Ag阴性138例和HBs Ag阳性50例患者化疗后肝功能损害的发生情况,并分析在HBs Ag阳性患者中,预防性使用(21例)与未预防性使用(27例)抗病毒药物拉米夫定后乙肝病毒再激活率的差异。结果:化疗后出现肝功能损害的乳腺癌患者中,HBs Ag阳性患者(31.25%)与HBs Ag阴性患者(16.67%)所占比例的差异有统计学意义(P<0.001)。化疗前预防性使用拉米夫定(4.62%)与未预防性使用(25.93%)拉米夫定,患者出现HBV再激活率的差异亦有统计学意义(P<0.01)。结论:乳腺癌患者化疗后,HBs Ag阳性患者较HBs Ag阴性患者更易出现肝功能损害,预防性使用核苷类似物抗病毒药物拉米夫定,可明显降低乳腺癌合并乙肝患者化疗后HBV再激活肝炎的发生。  相似文献   

13.
依据乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus;HBV)聚合酶基因序列研制HBV基因芯片,此芯片可分析HBV的7个基因型、4种血清型和HBV聚合酶基因rtV173、rtL180、rtM204和rtV207位点的突变。利用此芯片对A、B两组共计45例拉米夫定治疗12个月的患者进行服药前和服药后3、6、9、12个月的动态检测,其中C基因型39例,且血清型均为adr;B基因型6例,其血清型均为adw。在完成全程检测的38例患者中,17例ALT升高的A组出现1例拉米夫定耐药变异株,而21例ALT正常的B组出现4例变异株,且所有变异株均为rtM204 V/rtL180M,其中2例野生株和变异株共存。rtM204V变异最早在服药6个月时出现,随后出现rtL180M变异。10份PCR产物测序分析表明,芯片检测结果与测序结果基本一致,仅在rtL173位点出现1例差异。进一步分析HBV DNA变异与HBV DNA含量、ALT水平和HBeAg血清转换率的相关性,初步结果表明变异株的出现与治疗过程中的DNA反弹呈正相关,而与起始HBVDNA水平、ALT值无关联。HBV基因芯片可初步用于HBV DNA检测,可能是临床追踪评价抗病毒治疗效果的较好方法之一。  相似文献   

14.
15.
构建HBV YIDD拉米夫定耐药株1.3倍全基因真核表达载体,为进一步探讨乙肝病毒变异株的生物学特性及筛选抗病毒药物奠定基础。参考GenBankHBV序列设计并合成一系列引物,以临床证实为拉米夫定耐药的病人HBV DNA为模板,通过PCR扩增得到HBV全基因组并克隆至pGEM—T Easy载体中,经测序证实聚合酶基因存在YIDD变异,然后以该病人的HBV全基因组为模板构建1.3倍全基因HBV—YIDD变异真核表达载体pcDNA3.1(+)-1.3HBV。通过PCR扩增,酶切及测序证明pcDNA3.1(+)-1.3HBV表达载体构建成功,该表达载体的构建为后期建立稳定表达HBV—YIDD变异的细胞模型提供材料。  相似文献   

16.
In order to study the feasibility of gene chips technology in the detection of HBV mutation associated with lamivudine, we detected the mutation of HBV in peripheral blood of 30 patients treated with lamivudine for at least half a year by gene chips. The result was compared with that from direct sequencing. Both results are highly coincident. The rate reaches 100% while detecting single strain of virus infection, and 85% in multi-strains virus infection. Gene chip technology is quite valuable and practical in future clinic.  相似文献   

17.

Background

Nucleos(t)ide analogues reduce the incidence of hepatitis B virus (HBV) reactivation in cancer patients undergoing systemic cytotoxic chemotherapy but the experience of solid tumors remains limited. Aims. The aim of this study was to compare the efficacy of entecavir and lamivudine in the prophylaxis of HBV reactivation in solid tumor patients undergoing systemic cytotoxic chemotherapy.

Methods

HBsAg seropositive patients undergoing systemic cytotoxic chemotherapy for solid tumors with prophylactic entecavir and lamivudine between January 2006 and June 2013 were retrospectively investigated. The incidence of HBV reactivation and outcome of the patients were analyzed. The risk factors of HBV reactivation were examined.

Results

A total of 213 patients (entecavir group, 70 patients; lamivudine group, 143 patients) were evaluated. Less incidence of HBV reactivation was noticed in entecavir group than in lamivudine group (0% vs. 7.0%, P = 0.02). No HBV reactivation was noticed in the patients with a baseline HBV DNA level < 2000 IU/mL. A baseline HBV DNA level ≥ 2000 IU/mL, HBeAg, and lamivudine were significantly associated with HBV reactivation. Subgroup analysis of the patients with a baseline HBV DNA level ≥ 2000 IU/mL found that lamivudine was significantly associated with HBV reactivation. Most of the reactivation events were properly managed by using tenofovir disoproxil fumarate. The incidence of hepatitis during chemotherapy and disruption of chemotherapy was similar between patients using entecavir and lamivudine with a baseline HBV DNA level ≥ or < 2000 IU/mL.

Conclusions

A baseline HBV DNA level ≥ 2000 IU/mL, HBeAg, and lamivudine were the risk factors of HBV reactivation during systemic cytotoxic chemotherapy in solid tumor patients. Entecavir was superior to lamivudine in terms of less incidence of reactivation in the patients with a baseline HBV DNA level ≥ 2000 IU/mL. Both agents were equally efficacious in the patients with HBV DNA levels < 2000 IU/mL.  相似文献   

18.
目的:探讨核苷类似物(NAs)拉米夫定(LAM)用药时间与乙型肝炎(cHB)患者体内HBV病毒血清HBV-DNA载量的关系。方法:选取214例HBeAg阳性患者,在LAM(100mg/d)的36个月用药治疗前使用实时荧光定量PcR进行血清HBV-DNA载量进行测定,并使用特异性引物鉴定HBV病毒DNA保守位点YMDD的抗药性突变以及病毒株的变化情况。结果:(1)214例患者均对LAM产生应答,在治疗12.18个月后血清HBV-DNA载量稳定在较低水平。(2)病毒株在NAs治疗前已经出现耐药性突变(18%),用药加速了HBV病毒的耐药进化,18个月后耐药病毒数在214例样本中均超过10%的检测标准。结论:LAM治疗在9.18个月获得良好的治疗效果,建议24个月后停药更换临床处方防止耐药病毒株的进化。  相似文献   

19.
目的运用水压法复制HBV小鼠急性模型,用于研究双表达siRNA在小鼠体内对HBV复制的抑制作用。方法使用HBV质粒DNA对BALB/c小鼠进行尾静脉大剂量快速推注,获得急性HBV体内表达模型。同时使用相同方法对推注后的小鼠进行RNAi干预。对不同处理组动物的HBsAg、HBeAg、HBcAg和HBV DNA进行ELISA、免疫组织化学和实时定量RT-PCR检测。结果水压法复制HBV小鼠急性模型与HBV DNA感染剂量无明显相关。与单表达siRNA相比较,双表达siRNA对HBV抗原表达抑制较为明显。结论双表达siRNA不失为一种体内抑制HBV感染的一种策略。  相似文献   

20.
应用基因芯片技术筛选到与HBV感染可能有关的microRNA——miR-122,利用计算机软件分析预测microR-122作用HBV的可能靶点。分析结果认为miR-122与HBV的感染可能有关,并且作用靶点可能为HBV1689-1711nt。  相似文献   

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