应用寡核苷酸芯片并行检测CYP1A1和 GSTM1基因多态性

利用寡核苷酸芯片检测方法分析CYP1A1单核苷酸多态性 (SNP)和GSTM1缺失与否 ,实验结果证明了寡核苷酸芯片技术可并行、准确、高效地检测基因的单核苷酸多态性和其他类型的基因多态型 ,可为疾病遗传易感性及单体型的研究提供强有力的研究工具。采用该寡核苷酸芯片 ,检测了 84份正常人的血液DNA样本 ,其中GSTM1基因缺失率达到 4 7 6 % ,接近报道数值。统计分析发现 ,CYP1A1m1 m2的 3种基因型组合TT AG、TT GG和TC GG的发生频率都为 0 ,而根据实验得到的m1和m2各自基因型数据计算 ,它们的发生频率应是11 4 %、2 6 %和 3 1% ,所以推测在所检测的样本中没有T(m1位点 )和G(m2位点 )的连锁组合 ,即m1和m2位点的组合只有 3种单体型 :T A、C A和C G ,其发生频率分别是 6 9 6 %、7 7%和 2 2 6 %。     

新生儿基因CYP2E1 5′端RsaⅠ和PON2311位点多态性与早产的关系

探讨新生儿基因细胞色素P450 2E1（CYP2E1）5‘端RsaI多态性和对氧磷酶2（二乙基对硝基苯磷酸酯酶2）基因311位点（PON2311）多态性对早产的影响。采用横断面调查方法,使用统一的调查表,由安庆市各县医院对入院分娩孕妇及其单胎,活产,早产和对照新生儿进行调查,共得到有效样本194个母亲－新生儿对。单因素分析结果显示：CYP2E1野生纯合子基因型（cut/cut)与突变纯合子基因型（uncut/uncut)/杂合子基因型（cut/uncut)比较,对早产的影响不具有统计学意义,而PONS2 Ser311Ser纯合子基因型与Cys311Cys纯合子基因型／Cys311Ser杂合子基因型比较,对早产的影响具有显著的统计学意义。进一步分析CYP2E15‘端RsaI位点多态性和PON2311位点多态性是否存在交互作用。结果显示：CYP2E1野生纯合子基因型和PON2 Ser311Ser纯合子基因型这一组合与参照组比较,对早产的影响具有显著的统计学意义。基因CYP2E15‘端Rsa I位点多态性与新生儿早产不相关,但基因PON2311位点多态性与新生儿早产相关,且CYP2E1 5‘端RsaI位点多态性和PON2311位点多态性之间对早产的影响存在交互作用。     

BRCA1基因启动子区SNPs与散发性乳腺癌易感性的相关研究（英文）

目的：探讨BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点单核苷酸多态性与散发性乳腺癌易感性的关系。方法：采用ASA-PCR方法对200例乳腺癌患者（均经病理确诊）及200例正常女性BRCA1基因启动子区rs11655505（A/G）、rs73625095（A/G）位点单核苷酸多态性（SNP）进行分析,并将其PCR产物进行测序。结果：乳腺癌患者BRCA1基因启动子区rs11655505位点的A/G基因型频率为75%,显著高于正常人的40%;A/A基因型频率为7%,G/G基因型频率为18%,分别低于正常人的30%、30%。此位点的A或G等位基因在乳腺癌病例组及对照组中均无差别（x2=2.427,P=0.119）;rs73625095位点的A/G基因型频率为68%,显著高于正常人的15%;G/G基因型频率为32%,低于正常人的84%;乳腺癌病例组中BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点的A/G基因型与淋巴结转移与否相比,差别均有统计学意义（x2=7.321,P=0.026、x2=4.782,P=0.029）。结论：BRCA1基因rs11655505位点、rs73625095位点的A/G基因型可能与散发性乳腺癌的发生相关,而且与有无发生淋巴结转移密切相关。rs73625095位点A和G等位基因可能为散发性乳腺癌发生的遗传危险因素。     

CYP1A1基因单核苷酸多态性与肺癌的相关性研究

目的:探讨代谢酶CYP1A1基因MspI位点多态性与新疆汉族人群肺癌遗传易感性之间的相关性.方法:应用聚合酶链式反应(PCR)-限制性片段长度多态性(RFLP)技术检测59例新疆汉族肺癌和84例新疆汉族健康人的CYP1A1基因MspI位点多态性分布频率,并分析了CYP1A1基因MspI位点多态性与新疆汉族人群肺癌遗传易感性和患者性别之间的相关性.结果:(1)CYP1A1基因MspI位点3种多态基因型分布频率在两组间比较差异有统计学意义(χ2=6.682,P=0.035),CC基因型在病例组的分布频率显著高于正常对照组.(2)携带突变CC基因型的个体较携带TT基因型的个体患肺癌的危险性增加(OR=3.759.95%CI=1.228-11.494,P=0.035).(3)男女肺癌患者的CYP1A1基因MspI位点基因型及等位基因频率的差异均无显著性(P>0.05).结论:(1)CC突变基因型可能是新疆汉族人群的肺癌易感因素.(2)CYP1A1基因MspI位点多态性可能与新疆汉族肺癌患者的性别无关.     

新生儿CYP2E1基因5′端RsaⅠ位点多态性和PON2基因148位点多态性与早产的关系

为探讨新生儿细胞色素P450 2E1(CYP2E1)基因多态性和对氧磷酶2(二乙基对硝基苯磷酸酯酶2)基因(PON2)148位点多态性对早产的影响,采用横断面调查方法,使用统一的调查表,由安庆市各县医院对入院分娩孕妇及其单胎、活产、早产和对照新生儿进行调查,共得到有效样本209个母亲-新生儿对。单因素分析结果显示：CYP2E1野生纯合子基因型( ／ )与突变纯合子基因型(-／-)／杂合子基因型( ／-)比较,对早产的影响不具有统计学意义。而PON2 Alal48Ala纯合子基因型与G1y148G1y纯合子基因型／Ala148 Gly杂合子基因型比较,对早产的影响具有显著的统计学意义。进一步分析CYP2E1基因5′端RsaⅠ位点多态性和PON2基因148位点多态性是否存在交互作用,结果显示：CYP2E1野生纯合子基因型和PON2 Ala148Ala纯合子基因型这一组合与参照组比较,对早产的影响有显著的统计学意义。基因CYP2E1 5′端Rsa I位点多态性与新生儿早产不相关,但基因PON2 148位点多态性与新生儿早产相关,且CPY2E1 5′端Rsa I位点多态性和PON2 148位点多态性之间对早产的影响存在交互作用。     

粘蛋白MUC1 568A/G SNP与辽宁地区人群胃癌遗传易感性的关系

为了探讨粘蛋白(MUC1)基因568位点A/G单核苷酸多态性与胃癌遗传易感性的关系, 采用序列特异性引物-聚合酶链反应(Sequence specific primers PCR, PCR-SSPs)检测来自辽宁地区人群138例胃癌患者及与其配比的131例对照个体MUC1 568 位点A/G多态性, 以ELISA法检测血清H. pylori IgG抗体。结果显示:(1)对照人群MUC1基因568位点AA、AG、GG 3种基因型分布频率分别为73.3%、22.1%、4.6%; (2)胃癌组MUC1 AA基因型携带频率显著高于正常对照组(P=0.03), 携带MUC1 AA基因型个体胃癌的发病风险增高到1.92倍; (3)以MUC1 AG+GG基因型并血清幽门螺杆菌(H. pylori)IgG抗体阴性的个体为对照, AG+GG基因型并H. pylori IgG抗体阳性个体、AA基因型并H. pylori IgG抗体阴性个体、AA基因型并H. pylori IgG抗体阳性个体胃癌患病风险增高, 但3组各组间差异均无统计学意义(P>0.05)。说明MUC1基因568位点A/G多态与胃癌的遗传易感性相关; MUC1 A/G基因多态性和H. pylori感染在胃癌发生发展过程未见交互作用。     

云南彝族人群CYP2E1基因多态性与酒依赖的关联性研究

目的：探讨云南彝族人群中的酒精依赖患者和云南彝族人群中健康人在CYP2E1基因的一个SNP（Rs3813867）的等位基因和基因型频率的不同,试图找出酒依赖的危险基因,比较它与其他人群之间在CYP2E1PstI位（rs3813867）基因多态性的不同。方法：对110个酒精依赖者和330名健康的志愿者不喝酒（对照组）的CYP2E1PstI位的多态性,等位基因频率和基因型频率进行测定。采用PCR—RFLP方法进行基因分型。结果：CYP2 E1 Psfl位的多态性,等位基因频率和基因型频率是相似的在酒精依赖者和对照组（72．7％vs72．1％,C1／C1）,（25．5％vs25．8％,C1／C2）,（1．8％vs2．1％为C1／C2）和（85．5％vs85％c1的）,（14．5％VSl5％为c2）。结论：CYP2E1的基因型和等位基因分布在酒精依赖组和对照组之间没有显着性差异（P〉0．05）,在这两个民族在AD组和对照组基因型分布有差异（P〈0．001）。     

BRCA1 基因启动子区SNPs 与散发性乳腺癌易感性的相关研究

目的:探讨BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点单核苷酸多态性与散发性乳腺癌易感性的关系。方法:采用ASA-PCR方法对200例乳腺癌患者(均经病理确诊)及200例正常女性BRCA1基因启动子区rs11655505(A/G)、rs73625095(A/G)位点单核苷酸多态性(SNP)进行分析,并将其PCR产物进行测序。结果:乳腺癌患者BRCA1基因启动子区rs11655505位点的A/G基因型频率为75%,显著高于正常人的40%;A/A基因型频率为7%,G/G基因型频率为18%,分别低于正常人的30%、30%。此位点的A或G等位基因在乳腺癌病例组及对照组中均无差别(x2=2.427,P=0.119);rs73625095位点的A/G基因型频率为68%,显著高于正常人的15%;G/G基因型频率为32%,低于正常人的84%;乳腺癌病例组中BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点的A/G基因型与淋巴结转移与否相比,差别均有统计学意义(x2=7.321,P=0.026、x2=4.782,P=0.029)。结论:BRCA1基因rs11655505位点、rs736...     

COL1A1及IGF-1基因与中国北方汉族人群高度近视相关性研究

目的:探讨I型胶原α1链(collagen I alpha-1,COL1A1)基因和类胰岛素生长因子-1 (insulin-like growth factors-1, IGF-1)基因与中国北方汉族人群高度近视的相关性。方法:收集2011年10月~2017年1月经我院眼科视光学中心诊疗的高度近视眼患者286例(病例组)及正常对照者201例(对照组),病例组按照眼球中轴长度分为A组(眼轴长度≥27 mm)126例和B组(眼轴长度27 mm)160例。用血液基因组DNA提取试剂盒提取受试者外周静脉抗凝血中的基因组DNA,采用多重PCR反应和基因测序得到目标片段COL1A1基因的多态位点rs2075555、rs2075554、rs2269336、rs1107946、rs1007086,IGF-1基因的多态位点rs12423791、rs10860860、rs2946834、rs6214的碱基序列,用卡方检验和Logistic回归分析的方法分析病例组和对照组之间各基因分布的差异。结果:病例组和正常对照组COL1A1基因的单核苷酸多态性位点的基因型频率和等位基因频率均无显著性差异(P0.05)。病例组和正常对照组IGF-1基因的rs12423791位点的基因型频率和等位基因频率有统计学差异(P=0.016),其他3个位点的单核苷酸多态性位点均无显著性差异(P0.05)。病例A组和对照组及A组和B组之间COL1A1基因的5个单核苷酸多态性位点分布均无显著性差异(P0.05),IGF-1基因的rs12423791位点有统计学差异(P=0.033)。结论:胶原类基因COL1A1的多态性与中国北方汉族人群高度近视的发生无显著相关性,IGF-1基因的rs12423791位点的多态性与中国北方汉族人群高度近视的发生有显著相关性。     

贵州地方山羊ADIPOQ基因外显子1和3多态性研究

为分析山羊ADIPOQ基因的多态性,筛选出对山羊繁殖性状有显著影响的SNPs位点,本研究以黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,构建池DNA,采用PCR产物直接测序法对2个品种山羊该基因的外显子1和3进行单核苷酸多态性检测,估算各SNPs等位基因频率,并利用在线软件预测不同基因型的m RNA二级结构。结果显示,4对引物扩增片段均存在多态性,共发现5个单碱基突变,分别位于内含子1中的C109G,外显子3中的A730G、G1055A、A1691T和A2244G。利用生物信息学软件对外显子3中的A1691T、A2244G进行分析,结果表明2个SNPs位点均导致编码的m RNA二级结构发生改变。表明ADIPOQ基因在黔北麻羊和贵州黑山羊群体中存在较高的遗传多样性,ADIPOQ位点有望丰富两个山羊品种繁殖性状的研究内容。     

三色荧光技术在SNP检测中的应用

利用三色荧光标记的A、C、T双脱氧核苷酸单碱基延伸的方法结合编码寡核苷酸芯片技术检测单核苷酸多态性 (SNP)的基因型。以beta地中海贫血样本基因 (HBB基因 )突变作为模型的研究结果显示该方法能同时对多位点的SNP进行检测。     

焦磷酸测序测定SNP的常见问题与解决方法

目的：探讨焦磷酸测序技术对单核苷酸多态性分型因测序图谱中存在的一些典型问题而导致分型结果不准确的解决方法。方法：以VKORC1基因1639 G〉A位点、CYP2C19基因636 G〉A位点及UGT1A1基因TA重复序列（TA）6〉（TA）7的多态性检测为例,分别采用优化PCR条件、改变测序时dNTP的加入顺序以及设立外标校正的方法来解决上述问题,从而提高焦测序对SNP分型的准确性。结果：通过升高PCR退火温度,可以显著提高VKORC1基因的扩增特异性,降低了测序图谱中非特异性信号峰强度;通过优化测序时dNTP的加入顺序,CYP2C19基因636 G〉A位点的准确分型结果可通过观察测序图谱中相关信号峰的有无而简单获得,避免了比较信号峰的相对强度;通过比较待测样本与已知基因型的外标样本的测序图谱来确定待测样本的基因型,提高了对UGT1A1基因TA重复序列（TA）6〉（TA）7多态性的分型准确性。结论：本文针对焦测序在测定SNP时的常见问题所提出的相应解决方法不仅简单、经济有效,而且在临床应用方面具有可靠性。     

CYP2C9 1061 A／C与VKORC1—1639 G／A基因多态性对华法林应用剂量的影响

目的探讨维生素K环氧化物还原酶复合物1基因（VKORC1）-1639G／A与细胞色素P450酶2C9基因CYP2C9 1061 A／C多态性对中国汉族人华法林应用剂量的影响。方法应用PCR—RFLP方法检测129例长期口服华法林的患者VKORC1—1639G／A及CYP2C9 1061 A／C多态性,并按基因型分组,分别比较VKORC1和CYP2C9不同基因型间平均华法林剂量。结果病例组检出VKORC1—1639AA、AG、GG型分别有96例（74．4％）、30例（23．3％）、3例（2．3％）,等位基因A和G频率分别为86％、14％,CYP2C91061;AA、AC、CC型分别有117例（90．7％）、11例（8．5％）、1例（0．8％）,等位基因A和c频率jj别为95％、5％;病例组与正常人组VKORC1—1639、CYP2C9 1061各基因型分布差异无统计学意义;VKORC1—1639不同基因型间患者所需华法林平均剂量AA型低于AG型,后者又要低于GG型;携带CYP2C9 1061 C等位基因的患者（AC和CC型）华法林平均剂量要低于AA型。结论华法林应用剂量偏低可能与VKORC1-1639G→A和CYP2C9 1061A→C转变有关,VKORC1-1639AA型占多数可能是中国汉族人群所需华法林剂量普遍较低的重要原因。     

基于级联核酸侵入反应的real-time PCR法检测咽拭子样本中UGT1A1*6基因多态性

伊立替康(irinotecan)不良反应与UGT1A1*6单核苷酸多态性相关,目前应用的单核苷酸多态性检测方法具有耗时长、开盖易污染、操作繁琐等缺点,因此需建立一种操作简便且不易污染的适合临床应用的新方法。本研究利用3种已知基因型的DNA样本建立基于级联核酸侵入反应的real-time PCR法检测UGT1A1*6多态性的最佳反应体系,并对其检测口腔咽拭子样本的灵敏度和准确性进行了考察。结果显示,本文成功建立了基于级联核酸侵入反应的UGT1A1*6基因多态性检测方法,可用于咽拭子样本的分型检测,其灵敏度达到6 ng DNA,分型准确性达到100%。因其取样方便对人体无创,单管闭管检测不易产生交叉污染,具有用于临床检测伊立替康的个体化用药相关UGT1A1*6基因多态性的潜力。     

PKD1基因与抑癌基因P53多态性与非综合征性唇腭裂的关联研究

目的:探讨多囊性肾病基因1(polystic kidney disease,PKD1)多态位点rs8049367与抑癌基因P53(anti-oncogene P53)多态位点rs4791774单核苷酸多态性与中国北方人群非综合征性唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法:运用聚合酶链式反应-连接酶检测反应(PCR-LDR)的检测方法,对602例NSCL/P患者和510例对照人群的PKD1基因的rs8049367位点和抑癌基因P53的rs4791774位点进行基因分型。利用SPSS12.0软件分析PKD1基因,抑癌基因P53多态性与NSCL/P的相关性。结果:rs8049367位点和rs4791774位点基因型及基因频率在两组的分布中差异无统计学意义(P0.05)。结论:PKD1基因的rs8049367位点和抑癌基因P53的rs4791774位点单核苷酸多态性可能与中国北方人群非综合征性唇腭裂的发生无相关性。     

贵州荔波封闭人群MTHFR基因多态性研究分析

目的 对贵州汉族、布依族亚甲基四氢叶酸还原酶（Methylenetetrahydrofolate Reductase,MTHFR）基因多态性进行研究,为贵州少数民族基因多态性数据库的建立提供相关数据。方法 应用聚合酶链式反应及限制性片段长度多态性检测贵州荔波汉族90例、布依族119例MTHFR基因两个单核苷酸（677及1298位）多态位点的基因频率及基因型频率。结果 汉族、布依族MTHFR 677位T等位基因的分布频率分别是22、8％,16．1％,x^2=1．561,P〉0．1;MTHFR 1298位C等位基因的分布频率分别是28．9％,39、1％,x^2=2．075,P〉0．1;677CT／1298AC双杂合子的分布频率分别是16．66％,22．7％。结论 MTHFRC 677T和A1298C多态性在中国南方和北方人群存在群体差异;贵州汉族与布依族此两位点无显著性差异。贵州荔波布依族MTHFR 1298位有较高的C等位基因频率。     

新疆汉族人群SREBP—1c基因54G／C多态性与急性心肌梗死的相关性研究

目的：探讨固醇调节元件结合蛋白-1c基因18号外显子54G／C基因多态性与新疆地区汉族人群心肌梗死的相关性。方法：采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,对230例急性心肌梗死患者和212例健康受试者SREBP-1c基因18号外显子54G／C位点进行分析,同时进行血糖及血脂水平检测。数据处理利用PEMS for windows3.1软件包完成,用Hardy-Weinberg平衡检验样本的群体代表性,各组基因型和等位基因频率差异比较用x。检验,连续变量的比较用t检验。结果：SREBP-1c基因18号外显子54G／C在病例组和健康对照组中基因型频率分别为：CC型13.04％和4.25％,CG型34．78％和36．32％,GG52．17％和59,43％,两组CC基因型差异具有统计学意义（P〈0.05）,且病例组C等位基因频率高于对照组（P〈0．05）,而GC和GG基因型差异无统计学意义（P〈0.05）。不同基因型间血糖、血脂水平差异具有统计学意义（P〈0．05）。结论：CC基因型和等位基因C可能增加急性心肌梗死发生的风险,并可影响病人的血糖、甘油三酯代谢。     

CYP1A1、CYP1B1、NET、DAT1单个和联合基因型与汉族人群乳腺癌易感性的研究（英文）

乳腺癌是最常见的女性癌症,其发生是遗传因素和环境因素相互作用的结果。因此,我们就CYP1A1MspⅠ(m1多态)、CYP1B1 Leu432Val、NET T-182C、DAT1-VNTR等基因多态性对新疆汉族人群乳腺癌易感性的研究进行探讨。在以144例乳腺癌患者和120例正常对照组为研究对象的病例-对照研究中,发现CYP1A1MspⅠ位点CC基因型、C等位基因(OR=3.32,95%CI:1.24~8.86;OR=1.58,95%CI:1.09~2.31)和高风险联合基因型CYP1A1 MspⅠ与CYP1B1 Leu432Val,CYP1A1 MspⅠ与DAT1-VNTR,CYP1B1 Leu432Val与DAT1-VNTR(OR=2.43,95%CI:1.23~4.78;OR=4.53,95%CI:1.26~16.27;OR=2.98,95%CI:1.10~8.06)与乳腺癌风险增加有关。CYP1B1、NET和DAT1基因多态性与乳腺癌易感性无关。这些研究结果表明,CYP1A1 MspⅠ多态性和CYP1A1、CYP1B1、DAT1高风险联合基因型能增加新疆汉族人群患乳腺癌的风险。     

中国湖南人群GSTM1和GSTT1基因多态性与肺癌易感性关系的研究

应用病例-对照分析研究(对照组205例,肺癌病例组104例),抽提静脉血基因组DNA,采用PCR及多重PCR方法,检测谷胱甘肽转移酶GSTM1和GSTT1单独及联合缺失基因型的遗传多态性在中国湖南人群中肺癌患者和正常人群体中的分布,探讨这些多态性基因型与肺癌易感性的关系.结果显示GSTM1-/-基因型在湖南地区居民肺癌群体和正常对照人群中的频率分别为62.5%和46.3%(P<0.05);肺癌患者组GSTT1-/-基因型的频率(66.3%)显著高于正常对照组(42.4%)(P<0.05).GSTM1-/-和GSTT1-/-联合基因型在肺癌组和正常对照组中的频率分别为41.3%和22.4%(P<0.05).SPSS11.5软件统计学分析表明,这些基因型在肺癌患者组和正常对照组人群中的发生频率具有显著性差异.由此可知GSTM1基因缺失和GSTT1基因缺失分别与肺癌的易感性相关;GSTM1和GSTT1基因联合缺失与肺癌的发生和发展呈现显著正相关.     

卵巢上皮癌细胞株间APE1单核苷酸多态性的研究

目的:检测APE1单核苷酸多态性变化在卵巢上皮癌细胞株HO-8910、A2780、SKOV3间的表达,对进行大样本临床病例对照研究探讨APE1遗传变异与卵巢癌易感性关系进行指导.方法:提取各细胞株基因组DNA,PCR扩增目的片段,直接测序法检测产物APE1位点rs1760944、rs1130409和rs2307486在细胞株中的基因表达,测序结果解读采用Chromas2软件,并结合NCBI及HapMap数据库分析测序结果.结果:测序结果发现rs1130409突变型等位基因(G)位于细胞株A2780中,基因型为T/G;其野生型等位基因(T)位于HO-8910及SKOV3,基因型均为T/T; rs 1760944突变型等位基因(G)位于细胞株A2780、SKOV3及HO-8910中,基因型均为G/G;rs2307486在三株细胞株均为野生型纯合子A/A.结论:APE1基因位点rs 1130409与rs 1760944在卵巢癌上皮细胞株HO-8910、A2780、SKOV3间存在单核苷酸多态性变化,提示其单核苷酸多态性可能与卵巢上皮癌易感性相关;rs2307486在HO-8910、A2780、SKOV3中不存在多态性改变,提示其单核苷酸多态性与卵巢上皮癌易感性可能无关.