47株空肠弯曲菌湖北禽源株的多位点序列分型

【目的】为了解湖北地区家禽空肠弯曲菌的流行状况及其分子特征,应用多位点序列分型方法对2013–2014年的47株禽源空肠弯曲菌湖北分离株进行分子分型研究。【方法】以空肠弯曲菌的7个管家基因aspA、glnA、gltA、glyA、pgm、tkt和uncA为目的基因,提取样本基因组后PCR扩增,测序和分析。将测序结果上传数据库进行比对,制作成多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)遗传进化树。【结果】分离株共有38个ST型,10个克隆群,其中最多的克隆群为ST-353CC和ST-464CC,发现2个新的等位基因编号和25个新的ST型。遗传进化树显示,不同家禽宿主中空肠弯曲菌序列型存在一定的差异,不同地区和来源的空肠弯曲菌呈现出遗传多样性。【结论】本研究对湖北分离的47株禽源空肠弯曲菌进行了MLST分析,其结果显示菌株多样性较为丰富,将为我国家禽空肠弯曲菌的流行病学调查提供科学的数据。     

2019年肇庆市不同来源金黄色葡萄球菌分离株分子流行与耐药特征研究

目的了解2019年肇庆市不同来源金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,本文简称金葡菌)分子流行特征和耐药谱构成情况。方法对2019年分离自食品样、医院环境涂抹样和患者样中的117株金葡菌进行肠毒素基因聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)检测、抗生素敏感性试验及多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST),并对优势序列型(sequence type,ST)菌株进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分析。结果 117株金葡菌中sea、seb毒力基因在不同来源的菌株间的携带情况存在差异,pvl毒力基因在不同耐药表型的菌株间携带情况也存在差异;肇庆市金葡菌耐药表型分为耐甲氧西林金葡菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA)株和甲氧西林敏感金葡菌(methicillin sensitive staphylococcus aureus, MSSA)株,MRSA株有4个优势耐药谱型,MSSA株则有3个优势耐药谱型。MSRA株耐药表型以多重耐药的MRSA株为主,且耐药情况严重;MLST分型、PFGE和ST型遗传进化分析显示,117株金葡菌可分为50个ST型,其中优势ST型有4个,分别为ST239、ST1891、ST3191和ST7,以患者分离株为主。4个优势ST型菌群间亲缘聚类距离较远,除ST7型菌群外,其他3个ST型菌株群中,不同来源的金葡菌间存在一定的亲缘关系。50个ST型可分为2个进化分支,其中有43个ST型在进化分支1上,7个ST型在进化分支2上,进化分支1与进化分支2间的菌株进化差异较大。结论肇庆市金葡菌毒力基因sea、seb在不同来源的菌株间携带情况存在差异,毒力基因pvl在不同耐药表型的菌株间携带情况也存在差异;耐药表型以多重耐药的MRSA株为主;肇庆市金葡菌流行4个优势ST型。不同来源间金葡菌存在相互散播的风险。肇庆市菌株主要位于进化分支1;防控部门应对不同来源和不同耐药表型的金葡菌制定相应的分级防控方案,并警惕不同来源的金葡菌相互散播的风险,防止高毒力强耐药的菌株引起本地区流行。同时注意ST1981型菌株,警惕该型菌株引起食源性疾病和院内感染的风险。     

海南岛光滑假丝酵母菌多位点序列分型研究

目的:对海南省光滑假丝酵母菌临床分离株进行基因分型研究,了解菌株的遗传特征及遗传进化关系.方法:采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术,对临床分离的25株光滑假丝酵母菌6个管家基因序列进行测定;并将各个基因的序列与MLST数据库中储存的序列比对,确定其等位基因谱型及菌株序列型(STs).结果:25株临床分离的光滑假丝酵母菌通过MLST产生ST7、ST19、ST15、ST26、ST45共5个不同的序列型,其中ST7为主要序列型.结论:海南省光滑假丝酵母菌感染型别丰富,具有多样性;MLST分型具有较高的分辨力,可用于流行病学和菌群多态性的研究.     

儿童感染青霉素耐药肺炎链球菌的 多位点序列分型

目的对儿童感染的青霉素耐药肺炎链球菌进行多位点序列分型,了解厦门地区肺炎链球菌青霉素耐药菌株遗传背景。方法采用多位点序列分型法对2012年1月至2014年12月期间分离的60株青霉素耐药肺炎链球菌进行分子分型。结果 60株青霉素耐药肺炎链球菌MLST法共检出24个ST型,其中发现6个新的ST型,分别被命名为ST10004、ST10005、ST10006、ST10007、ST10008和ST10009。存在一个优势型别ST271,占31.7%(19/60),发现了4个克隆群和20种单一克隆,其中主要克隆群为国际流行耐药克隆群Taiwan19F-14,占41.7%(25/60)。结论本地区分离的儿童青霉素耐药肺炎链球菌主要以ST271型为主,属国际流行耐药克隆群Taiwan19F-14,是引起儿童呼吸道感染肺炎链球菌多重耐药的主要原因。     

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分型及流行现状

【目的】研究杭州地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)的基因型别,探讨MRSA菌株流行变化趋势及进化特点,为该地区MRSA的进一步防治提供科学依据。【方法】对86株MRSA进行葡萄球菌盒式染色体SCCmec基因、spa基因分型,并开展多位点序列分型(Multi-locus sequence typing,MLST),与国际上MRSA的流行型别进行比较,分析进化关系。【结果】86株MRSA共发现13个spa型(以t311型为主,占48.8%;其次为t6418型,占11.6%);MLST分型共发现9个ST型(以ST5为主,占59.3%;其次为ST239,占16.3%),经e BURST软件分析它们属于4个群(Group 1、Group 6、Group 8、Group 12)和8种克隆复合体(CC1、CC5、CC630、CC20、CC59、CC88、CC239、CC573);SCCmec基因分型以SCCmecⅡ型为主,占61.6%;其次为SCCmec III型,占22%;5株社区相关性MRSA(SCCmec-Ⅳ型)。其中第一流行克隆型为SCCmec-Ⅱ-ST5-t311-CC5(占47.7%)、其次为SCCmec-III-ST239-t030/t037-CC239(占12.8%)。【结论】SCCmec-Ⅱ-ST5-t311为杭州地区当前流行菌株;CA-MRSA菌株的出现,提示MRSA菌株有由医院向社区播散的趋势;此外,对新发展了单位点变体的菌株(SCCmec-Ⅰ-ST1921-t164-CC20和SCCmec-Ⅳ-ST965-t062-CC5),应加强重视。     

金黄色葡萄球菌荚膜分型血清研制及初步应用

为了解中国金葡菌荚膜流行型,用5型和8型国际标准菌株的菌悬液免疫家兔,吸收除去交叉凝集素研制出金葡菌5型和8型荚膜分型血清,并应用于333株临床菌株荚膜分型。该血清效价为1：1280和1：640,与本菌及其它同型菌株玻片凝集反应呈强凝集,与其它型菌株不凝集,且与美国标准血清同时对333株临床分离菌株进行分型比较的符合率为100％。333株金葡地方菌株荚膜分型结果显示,8型菌株占绝对优势,所占百分率为70．9％;5型占6．3％,5型和8型菌株共占77．2％。这与国外金葡菌荚膜5型和8型占70％-80％的报道相似。试验为金葡菌疫苗株选择提供了流行病学依据。     

深圳住院患儿MRSA的分子分型和耐药性

目的了解深圳住院患儿耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)分子型别及其抗生素的耐药情况,为深圳地区和我国其他地区儿童MRSA感染的监控提供实验依据,为研究该地区儿童MRSA菌株的耐药机制提供依据。方法收集2014年1月至2015年10月深圳市儿童医院临床分离的社区获得性MRSA(community-acquired,CA-MRSA)、院内获得性MRSA(hospital-acquired,HA-MRSA)共129株,应用SCCmec、spa、MLST等方法进行分子分型及追溯同源性。结果 129株MRSA SCCmec分型中只有SCCmecⅤ型、SCCmecⅣ和未分出型别(non-typeableNT型),spa分型中t437是最主要型别,MLST分型ST59为最主要型别。两类MRSA对非β-内酰胺酶抗生素如红霉素、克林霉素耐药高达70%以上。结论深圳住院患儿MRSA中的ST59-SCCmecⅣ-t437为主要流行克隆。CA-MRSA与HA-MRSA在分子分型上无差异性。MRSA对部分非β-内酰胺酶抗生素高度耐药,暂无耐万古霉素MRSA菌株。     

2009-2011年通州区食源性金黄色葡萄球菌的生物学及流行病学特征

目的 对北京市通州区2009-2011年食品中分离到的32株金黄色葡萄球菌(Staphlococcus aureus)进行研究,建立相关资料的数据库.方法 对32株食源性金葡菌进行耐热核酸酶检测、肠毒素检测、药敏检测和PFGE分型,并进行同源性比较.结果 32株食源性金葡菌中26株耐热核酸酶试验为阳性,有29株菌可以产生不同型别的肠毒素,以SEE型为主,占产肠毒素金葡菌的83％;有27株菌对检测的抗生素有耐药性,占金葡菌总数的84％;PFGE图谱分为17个带型.结论 在通州区食品中检出的金葡菌既具有致病性也具有耐药性.在不同的年份,既存在着拥有同源关系金葡菌的重复流行,也会有新的金葡菌株出现.本研究建立了通州区食源性金葡菌的生化性状和分子图谱数据,为今后预防和控制由金葡菌引起的是食源性疾患的发生奠定了基础.     

我国部分地区即食食品和蔬菜中金黄色葡萄球菌污染分布及耐药和基因分型情况

【目的】系统调查了我国15个代表性城市在即食食品(卤肉、烤肉、凉拌菜和巴氏奶)和蔬菜样品中金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的污染分布情况,并对分离株进行耐药性分析及多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)研究,为食源性金黄色葡萄球菌的风险识别和分子溯源提供基础数据。【方法】依据GB 4789.10-2010对540份即食食品和蔬菜样品进行定性和最大可能数(Most probable number,MPN)分析;采用K-B纸片扩散法检测金黄色葡萄球菌分离株的耐药特征并通过PCR检测mecA基因;应用MLST方法确证金黄色葡萄球菌的主要ST型。【结果】结果发现9.3%(50/540)的样品中检出金黄色葡萄球菌,其中卤肉污染率最高,为16.3%(30/184),其次为烤肉(9.2%,6/65),蔬菜(6/150,4.0%)污染率最低。定量分析发现62.0%的阳性样品污染水平处于0.3–1.0 MPN/g,其中3份阳性样品污染水平≥110 MPN/g。对50株分离株进行24种抗生素耐药性检测,发现82.0%的分离株对氨苄西林和青霉素耐药,64.0%的分离株为多重耐药株。对mecA阳性分离株进行SCCmec分型,发现均为SCCmecⅣa。所有分离株进行MLST分型,共检出14种型别,其中ST3595和ST3847为新ST型。【结论】普遍的多重耐药性表明我国食源性金黄色葡萄球菌的耐药状况已较为严重,对消费者的安全健康存在潜在威胁。ST型与耐药存在一定的关联性,这为进一步了解该菌在我国食品中的流行趋势和风险评估提供了科学的数据支撑。     

嗜肺军团菌SBT、PFGE、AFLP分子分型方法的比较

比较SBT、PFGE、AFLP三种分子分型方法在嗜肺军团菌分型研究中的分辨力,探讨SBT方法在嗜肺军团菌分型中的可应用性。收集石家庄市6所医院冷却塔水中分离的32株嗜肺军团菌,对其中的24株血清I型嗜肺军团菌进行SBT分型研究,并与PFGE和AFLP分型结果进行了比较。24株LP1型嗜肺军团菌共分为4个ST型,分辨系数为0.239 1。PFGE方法将32株菌株共分为15个PFGE型,分辨系数为0.925 4。AFLP方法将32株菌株分为23个AFLP型,分辨系数为0.973 7。通过比对EWGLI网站SBT数据库,ST1021型和ST345型为本地区独特型别且属于同一克隆系;ST1型为优势型别并在我国长期流行;由于缺失neuA而未分型的嗜肺军团菌株与其他23株菌分属于不同的克隆系。SBT方法的分型能力不及PFGE方法和AFLP方法。但SBT分型方法能够通过全球比对数据库得到更多的关于菌株遗传进化和流行分布的资料,在研究菌株分子流行病学及进化方面优于PFGE和AFLP方法。     

Bacteriophage Typing of Salmonellae. II. New Bacteriophage Typing Scheme

A phage-typing technique for salmonellae is described. One battery of phages was used to type three serotypes of Salmonella, namely, S. typhimurium, S.typhimurium var. copenhagen, and S. heidelberg. In all, 443 S. heidelberg cultures were typed into 22 phage types, 185 S. typhimurium cultures into 35 phage type, and 92 S. typhimurium var. copenhagen cultures into 26 phage types. The stability of the phage types was established by retyping 168 cultures belonging to all three serotypes. The epidemiological significance of the phage types demonstrated was evaluated by comparing phage types obtained from the University of Minnesota and those from the National Animal Disease Laboratory. Further investigation of the S. heidelberg phage types has shown that the cultures represented repeated isolates from the same birds or from a group of birds in the same flock.     

多位点测序分型技术在病原微生物分型鉴定中的应用

多位点测序分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术是一种以核苷酸序列为基础的病原菌分型方法,它是高通量测序技术与成熟的群体遗传学相结合的产物。该方法简单易行,重复性强,可以通过国际互联网对某一致病菌株在全球范围内的传播分布情况进行追踪监控。目前,MLST技术已被广泛应用于原核病原菌及一些真核病原菌(如真菌)的分型鉴定中。主要对MLST技术的原理及其在一些常见病原菌分型鉴定中的应用进行了简要的阐述。     

流感嗜血杆菌的分型研究

目的分析同济医院分离的流感嗜血杆菌的生物学分型及荚膜基因分型,了解本地区分离的流感嗜血杆菌的主要流行株。方法2012年1月1日至2012年12月31日从华中科技大学同济医学院附属同济医院分离流感嗜血杆菌100株。根据脲酶、吲哚和鸟氨酸脱羧酶试验对流感嗜血杆菌进行传统的生物学分型,分为Ⅰ～Ⅷ八个生物型。回顾患者病史资料,分析生物学分型和流感嗜血杆菌所引起的疾病之间的关系。用流感嗜血杆菌荚膜编码基因（bexA）和a—f型特异性荚膜基因设计引物,采用PCR技术对流感嗜血杆菌进行荚膜基因检测。通过生物学分型和荚膜基因分型结果的比对,探讨两者之间的关联。结果分离的100株流感嗜血杆菌生物学分型结果如下：Ⅲ型6株,Ⅳ型28株,Ⅴ型1株,Ⅵ型54株,Ⅶ型11株。未分离到Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅷ型。分析患者的临床诊断,发现主要流行株Ⅵ型流感嗜血杆菌主要引起患者肺炎（包括支气管肺炎和新生儿肺炎）和支气管炎（包括毛细支气管炎和喘息性支气管炎）。荚膜基因分型结果显示,未分离到b型和b-型流感嗜血杆菌。共分离到1株f型,其余99株均为无荚膜抗原的不可分型流感嗜血杆菌。生物学分型和荚膜分型之间无明显的相关性。结论该院分离的流感嗜血杆菌主要为生物型Ⅵ型。回顾患者病史,发现Ⅵ型主要引起肺炎和支气管炎。荚膜基因分型显示,本地区分离的流感嗜血杆菌主要为不可分型流感嗜血杆菌。生物学分型和荚膜基因分型之间无明显相关性。     

用聚合酶链反应-指纹图法分析HLA-DRB基因型

将不同个体的DNA经聚合酶链反应(PCR)扩增其HLA-DRB基因的高度多态区域,扩增产物经12％的聚丙烯酰胺凝胶电泳,照像后分析不同个体的指纹图型。PCR-指纹图法(PCR-Fingerprinting)为一种简便,快速的基因分析方法,可加速无关骨髓供者的筛选,它在器官移植及法医的个体识别中有一定实用价值。     

Colicine Typing of Shigella sonnei

The colicine typing method of Shigella sonnei is described with experimental evidence supporting it as well as the manner of selection of eight indicator strains. The disparity of principle between this method and that of Abbott and Shannon's method is (1) selection of the indicators only from wild strains existing in this country, (2) employment of heart infusion broth for colicine production, (3) performance of the typing within 48 hours, and (4) determination of types and subtypes of test-strains by combining their colicinogenic activity against the indicators and their sensitivity to colicines produced by the indicators. A modification of the method is advocated which requires three days to extract colicine by cultivation and one day for sensitivity tests and which uses peptone as the sole nutriment in media. The efficiency of the technique of Abbott and Shannon, McGeachie and McCormick, and the authors' two methods was compared using the selected indicators. Only the technique of McGeachie and McCormick showed some discrepancies.     

Colicin Typing of Shigella sonnei

The relative amount of extracellular polymer which remains about Azotobacter vinelandii, Zoogloea ramigera, Klebsiella pneumoniae, and Diplococcus pneumoniae after critical-point drying was studied by electron microscopy. The results obtained with this technique are compared to those obtained with methods that illustrate extracellular polymer, such as freeze-etching and ruthenium red staining. Comparative results indicate critical-point drying to be a rapid, reliable method for the determination of capsule-like polymer surrounding bacterial cells. In addition, critical-point drying can be used to observe morphogenetic changes, such as vesicle production.     

Colicine Typing of Shigella sonnei

Colicine typing of Shigella sonnei using the methods of Naito et al. and Abbott and Shannon were performed in parallel on a large number of epidemic strains, the indicator strains used in both methods, and on stock strains used to test the accuracy of the indicators. The following results were obtained after typing 462 epidemic strains: by Naito's method, 18 strains were in A₁, 87 in A₂, 33 in B₁, 253 in B₂, 38 in C₁, 3 in C₂, 2 in D, and 3 in E, and 25 strains were unclassifiable; while by Abbott and Shannon's method, using the present authors' simplified designation, 189 strains were in type 6/11, 124 in type 4/14, 85 in type O, and 41 in type 8, and 23 strains were either in other types or found unclassifiable. Naito's type A was in large part, equivalent to Abbott and Shannon's type O, but included some type 6/11 and type 4/14 strains. Naito's type B consisted of types 6/11, 4/14, 3A and 13, and type E consisted of 1A, IB, 3, 5, 9, and 10. Type C coincided with type 8 and type D with type 12. In addition, there were strains determined to be Abbott and Shannon's types 6/11, 4/14, 2, 7 and 9. The Abbott and Shannon's method revealed the possibilities of these strains to be classified in further detail. This is considered to be attributable not merely to the lack of indicators in the Naito's method corresponding to those of Abbott and Shannon's, but also to insufficient production of certain colicines in the Naito's method. Because of the type distribution found in Japan at present, further investigation should be done so that types 6 and 11, and types 4 and 14 can be separated.     

Prognostic Typing in Breast Cancer

Infiltrating breast carcinomas in which recurrence takes place 10 years or more after operation are reported to contain tumour cells of characteristic morphology. The cytological features of these tumour cells form the basis of the system of classification described here. Three cytological types are recognized, prognosis being best in type III. Typing is carried out on specimens stained with haematoxylin and eosin. The results of typing were reproducible in over 90% of cases and independent of the histology of the lesion. Correlation to survival time was shown in a total of 222 cases.