志贺菌基因组进化研究进展

志贺菌属(Shigella)是引起全球范围内细菌性痢疾的重要病原菌.近年来,多重耐药型和新血清型志贺菌的不断出现给志贺菌的监测和防控带来了新的挑战.基因组学的快速发展为深入了解志贺菌的进化来源、变异机制及传播规律等提供了极大的帮助,对控制细菌性痢疾的蔓延具有重要的科学意义.本文首先从遗传来源角度探讨志贺菌与大肠杆菌的进化关系及其可能的分子机制,随后对福氏、宋内和1型痢疾志贺菌的基因组进化进展进行了总结,详细描述了它们的时空分布特点以及耐药基因变异在进化中所发挥的作用,以期为志贺菌的研究和防控提供参考.     

沙眼衣原体多形态膜蛋白D基因序列分析及其B细胞抗原表位预测

分析沙眼衣原体多形态膜蛋白D(PmpD)的基因序列并预测PmpD蛋白的B细胞抗原表位。在GenBank中检索沙眼衣原体不同血清型的PmpD基因序列,进行序列比对分析。以L2血清型PmpD基因序列为材料,采用Karplus-Schulz、Chou-Fasman和Gamier-Robson方案预测蛋白质的二级结构和柔性区;按Jamesonv-Wolf方案预测抗原指数,运用Kyte-Doolittle方案预测PmpD氨基酸的亲水性,利用Emini方案预测蛋白质的表面可及性。检索到20个沙眼衣原体不同菌株的PmpD基因序列,分析发现其核苷酸序列非常保守,一致性高达99.14%~100%;对预测结果综合分析,推测最有可能的B细胞表位位于PmpD N端的67~74、132~140、335~340、851~861、972~988及1091~1097。多参数方案综合预测PmpD蛋白的B细胞抗原表位,为进一步实验鉴定PmpD抗原表位及其多表位疫苗设计和研究奠定基础。     

成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)基因组编辑技术研究进展

摘要:细菌和古细菌在与噬菌体的生存斗争中,进化出了获得性免疫系统———成簇的规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR),该结构能够通过其转录出的mRNA又称crRNA(CRISPR RNA)及CRISPR相关蛋白(CRISPR-associated,Cas)对外来某一特定单链或双链DNA实施高特异性地沉默或降解。近年来,这个存在于原核生物中的免疫系统成为了研究热点,并有着极为广泛的应用前景。特别是最近,研究人员又根据crRNA的特性和功能,利用人为改造后的sgRNA (small guideRNA)及Cas9蛋白,实现了对细菌乃至真核生物某一特定基因的精确敲除或沉默,这无疑会使基因组编辑技术进入一个更加方便而精确的新时代。     

恶性疟原虫乳酸脱氢酶基因的克隆表达及表达产物免疫原性的鉴定

目的：克隆表达恶性疟原虫（Hasmodium falciparum,p．f）海南株（FCC1／HN）乳酸脱氢酶（LDH）,并对其免疫原性进行鉴定．为制备抗LDH抗体用于胶体金法快速检测疟原虫奠定基础。方法：应用PCR技术对恶性疟原虫乳酸脱氢酶（LDHpf）基因进行特异性扩增,将扩增产物克隆入表达载体pET-32a（＋）,重组表达载体经鉴定后诱导表达;重组LDHpf（rLDHpf）经纯化后,免疫家兔制备兔抗rLDHpf免疫血清,间接免疫荧光和Western印迹鉴定表达产物的免疫原性。结果：构建了pET-32a／LDHpf重组表达载体,测序后同源性分析显示p．f不同株间LDH氨基酸序列同源性大于98％,不同种间同源性也在90％以上;间接免疫荧光和Western印迹分析显示rLDHpf具有较好的免疫原性。结论：LDHpf基因高度保守;rLDHpf得到高效表达并具有良好的免疫原性。     

不同DNA聚合酶对运用ARTIC工作流的新型冠状病毒纳米孔测序的影响

摘要 目的：为了验证不同高保真DNA聚合酶是否会对运用ARTIC工作流进行新型冠状病毒纳米孔测序产生影响。方法：使用英国Nanopore公司MinION测序仪对2份已获得全基因组序列的新冠肺炎确诊病例核酸样本分别采用KAPA HiFi HotStart ReadyMix,PrimeSTAR?誖GXL DNA Polymerase和NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix进行ARTIC工作流的多重PCR扩增,对扩增产物进行测序,并对测序质量进行分析。结果：不同高保真DNA聚合酶在相同扩增条件下,扩增产物的质检结果和测序质量均不相同,NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix在覆盖度和测序深度上明显好于另外两种酶。结论：NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix在纳米孔新型冠状病毒ARTIC快速测序工作流中的应用效果较好。     

细菌小RNA识别研究方法进展

细菌小RNA(sRNA)是一类长度在50～500 nt的调控RNA,主要通过与靶标mRNA以不完全配对方式结合来发挥调控作用,sRNA参与细菌基因的转录、翻译、mRNA稳定、成熟和加工等多个过程,因此,sRNA的发现及功能注释对了解细菌的致病机制至关重要。该文将对研究sRNA的各种计算机和实验方法进行综述,阐述各种方法的优缺点,并讨论今后的发展方向。     

CRISPR在细菌分型和进化中的研究进展

规律成簇的间隔的短回文重复序列（CRISPR）是近年发现的一类存在于古细菌和细菌基因组内的结构,该结构可以使细菌获得对外源DNA如质粒和噬菌体的免疫,同时由于其结构的多态性,也可作为细菌分型和进化研究的位点。简要综述了CRSIPR系统的基本结构,及其在分型和进化应用方面的研究进展。     

胶体金免疫层析技术在疟疾诊断中的应用

疟疾仍然是21世纪人类健康的严重威胁之一,快速准确的诊断是疟疾防治的关键。目前利用胶体金免疫层析技术研制的诊断盒主要有4种,在疟疾快速检测方面发挥了重要作用,本文着重综述了这4种诊断盒在疟疾检测中的应用情况以及各自的特点。     

不同地区宋内志贺菌耐药性及脉冲场凝胶电泳分型分析

摘要:【目的】通过对不同地区的宋内志贺菌株进行药物敏感性检测、耐药基因的扩增以及基因分型,了解不同地区宋内志贺菌的耐药情况与流行趋势。【方法】使用微量肉汤稀释法测定了54 株宋内志贺菌对21种药物的敏感性,用PCR方法扩增相关耐药基因,利用脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)技术进行宋内志贺菌的基因分型,最后采用BioNumerics分析软件对所有菌株进行聚类,分析其相似度。【结果】实验菌株对于甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑、四环素、替卡西林/棒酸、氨苄西林、庆大霉素5种抗生素普遍耐药,对亚胺培南、头孢吡肟、左氟沙星、诺氟沙星、阿米卡星5种抗生素全部表现为敏感。共检测出包括blaTEM,blaCTX以及整合子在内的7 种不同的耐药基因。全部实验菌株可分为26个不同的PFGE带型,分型后表现出较高的基因同源性。宋内志贺菌的耐药性、携带基因与带型具有一定地域相关性。【结 论】目前各地区流行的宋内志贺菌株对甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑与四环素已经普遍耐药,不同地区出现相同聚类分型的菌株表明存在跨区域流行的宋内志贺菌群。因此,加强对不同地区宋内志贺菌的监控对减少多重耐药菌株的产生具有重要意义。     

沙门氏菌的分子分型方法

沙门氏菌是一类危害人和动物健康的重要致病菌,是引起食物中毒的最常见病原菌之一.本文对目前常用的3种分子分型方法脉冲场凝胶电泳(Pulsed-field gel electrophoresis,PFGE),多位点序列分析(Multi-locus sequence analysis,MLST)及多位点可变数串联重复分析(Multiple-locus variable number tandem repeats analysis,MLVA)在沙门氏菌分子分型的应用做了阐述和比较,为沙门氏菌分型研究提供一定的参考.