小麦6B染色体微切割及其不同片段的DNA文库构建

用Nd∶YAG激光微束将处于有丝分裂中期的小麦(Triticum aestivum L.)6B染色体微切割为四段,并用微细玻璃针将每个片段分别回收。将分离的染色体片段DNA用Sau3A接头介导的多聚酶链式反应(LA-PCR)分别扩增。Southern杂交证明4个特定区域的DNA确实来自于小麦基因组。用一系列(42对引物)位于6B染色体和其他染色体上的微卫星序列对微切割的染色体片段的PCR产物进行了验证。结果表明,获得的染色体片段的PCR产物来自于小麦6B染色体。将6B染色体4个片段的第二轮PCR产物克隆到pGEMT-vector中,建立了4个染色体特定区域的基因组文库,命名为R1、R2、R3和R4,分别包含2.1×10~5、2.74×10~5、2.45×10~5和2.93×10~5个重组子克隆。每个文库均随机挑选150个克隆进行质粒的小量制备和酶切验证。结果显示:插入片段大小在300～1800 bp之间,平均大小为820～870 bp,其中43％～48％的克隆为低/单拷贝序列,42％～47％为中/高拷贝序列。本研究为详细分析植物单染色体的不同片段的分子遗传学研究提供了基础。     

黑麦1R染色体微克隆文库的构建与分析

通过玻璃针分离法 ,从黑麦 (SecalecerealeL .)根尖细胞中期分裂相中显微分离出 2条及 5条 1R染色体。经Sau3A接头介导的PCR(LA_PCR)方法对其进行体外扩增 ,得到了 0 .3～ 2 .5kb之间的DNA片段。以DIG标记的探针进行多次Southern杂交 ,证明显微分离出的染色体的体外扩增产物与黑麦基因组DNA同源 ,并且来自 1R染色体。然后利用 5条 1R染色体的第二轮PCR产物构建质粒文库 ,可得到 2 2 0 0 0 0个重组子。随机挑选 172个重组子进行分析 ,发现插入片段主要介于 30 0～ 180 0bp之间。此外 ,根据基因组点杂交结果推算出该文库包含约 42 %的中、高重复序列和 5 8%的单、低拷贝序列 ,而且文库的冗余度较低。研究构建的黑麦 1R染色体微克隆文库为 1R染色体高密度遗传图谱的建立以及位于其上的重要基因的定位与分离提供了便利。     

对微分离的大豆单染色体的克隆及其PCR产物的原位杂交分析(英文)

通过玻璃针分离法从大豆 (GlycinemaxL .)根尖细胞中期分裂相中显微分离出一条染色体 ,经Sau3A人工接头介导的两轮PCR后 ,将其第二轮扩增产物克隆到质粒载体上 ,构建了单染色体质粒文库。经分析 ,该微克隆文库包含约 2 0 0 0 0 0个重组子。随机挑选 1 78个重组子进行鉴定 ,证明该文库的插入片段主要介于 2 0 0～ 1 80 0bp之间 ,平均大小 830bp ;其中 ,中、高拷贝重复序列占 44% ,单、低拷贝序列占 56%。微分离染色体体外扩增产物的原位杂交分析表明它们来自于大豆基因组 ,然而却未能将其只标记在该条微分离的染色体上     

抗黄矮病小麦-中间偃麦草易位系基因组可转化人工染色体文库的构建及初步筛选

利用抗黄矮病小麦 -中间偃麦草易位系HW6 4 2的细胞核DNA构建了一个可转化人工染色体 (transformation competentartificialchromosome,TAC)文库 ,文库由 2 .3× 10 6 克隆构成 ,重组率为 90 .4 8% ,平均插入片段大小为 2 2kb左右 ,约覆盖普通小麦单倍体基因组 2 .5倍 ,在该文库中分离得到单拷贝DNA序列的几率约是 95 .77%。文库保存在 2 4块 96孔板中 ,每个孔中约含有 10 0 0个不同的重组克隆 ,可以采用PooledPCR的方法对文库进行筛选。用来源于小麦的简单重复序列 (simplesequencerepeat,SSR)引物wms37扩增中间偃麦草、抗病易位系及感病材料 ,得到一条与抗性共分离的特异条带 ,约 4 5 0bp。将此特异标记条带转化为SCAR(sequencecharacterizedamplifiedregion)标记 ,用于筛选HW6 4 2基因组TAC文库 ,得到 12个阳性克隆。对阳性克隆进行了PCR Southern验证 ,以中间偃麦草基因组总DNA为探针与限制酶HindⅢ消化后的阳性克隆杂交 ,其中 10个阳性克隆分别有 1～ 6条杂交带 ,结果表明 ,这 10个阳性克隆可作为抗黄矮病相关基因筛选的候选克隆     

簇毛麦端体6VS的显微切割及其专化DNA序列的克隆和分析

从簇毛麦(Haynaldia villosa (L.) Schur.)组合CA9211/RW15(6D/6V异代换系)幼胚培养SC2后代中,用原位杂交方法鉴定出T240-6为6VS端体异代换系. 以此为材料,采用微细玻璃针切割法及"单管反应"技术体系,对6VS进行切割分离及LA (Linker adaptor)-PCR扩增.扩增带在100～3 000 bp 之间,大部分集中在600～1 500 bp.利用32P标记的簇毛麦基因组为探针进行Southern杂交,证实扩增产物来源于簇毛麦.扩增产物纯化后,连接到pGEM-T载体上,构建了6VS DNA质粒文库.对文库的分析表明,文库大约有17 000个白色克隆;插入片段分布在100～1 500 bp,平均600 bp.点杂交结果表明,37%克隆有中度到强烈的杂交信号,证明含有中度或高度重复序列;63%克隆有较弱的信号或没有信号,证明为单/低拷贝序列克隆.从文库中获得8个簇毛麦特异克隆,对其中两个克隆pHVMK22和 pHVMK134进行了RFLP分析和序列分析,并利用该探针对小麦抗白粉病基因Pm21进行了检测.RFLP 结果表明,两个克隆一个为低拷贝序列克隆(pHVMK22),另一个为高度重复序列克隆,均为簇毛麦专化DNA序列.以pHVMK22为探针对抗、感病小麦(Triticum aestivum L.)品系的Southern杂交发现抗病品系有一条2 kb的特征带, 该探针可能作为检测抗病基因Pm21的探针.     

向日葵单染色体显微分离及特异文库的构建

采用玻璃针分离法,通过显微操作系统成功地分离到内葵杂3号三交种和单交种的随体染色体,经两轮LA．PCR扩增得到250～1500bp的DNA片段。用各自的基因组DNA标记成探针,与随体染色体扩增产物进行Southern杂交,显示杂交信号,证明内葵杂3号三交种和单交种随体染色体DNA已被成功扩增。将第2轮PCR产物构建质粒文库,得到三交种和单交种克隆数分别约为2．26×10^5和2．57×10^5。各随机挑取30个重组子进行分析,发现插入片段大小分别为200-700bp和200～500bp,平均插入片段大小分别为535bp和480bp。这是染色体微分离与微克隆技术首次在向日葵上的应用。     

小麦6B染色体的微切割与其区域特异性DNA文库的构建

小麦6B染色体的微切割与其区域特异性DNA文库的构建@周奕华$中国科学院遗传研究所!北京100101@王槐$中国科学院遗传研究所!北京100101@陈正华$中国科学院遗传研究所!北京100101小麦;;微切割;;染色体;;DNA     

染色体特异DNA文库的构建与鉴定

为构建人类21号染色体特异DNA文库, 以应用于人类遗传疾病的鉴定和研究, 文章采用循环温度梯度法溶解释放微分离的人外周血细胞21号染色体DNA, 将其进行简并寡核苷酸引物PCR(Degenerate oligo nucleotide primer-PCR, DOP-PCR)扩增后, 利用100~500 bp和500~2 000 bp分段回收纯化的两种不同片段大小的DOP-PCR产物构建染色体特异DNA文库, 并分别采用荧光原位杂交(Florescence in situ hybridization, FISH)和斑点杂交对DOP-PCR产物的来源和随机取样的文库克隆进行检测以评估所构建DNA文库的特异性。结果表明: 循环温度梯度法能有效溶解释放微分离的21号染色体DNA; 通过对DOP-PCR产物的分段回收纯化和克隆, 增加了大片段DNA的连接效率; 利用FISH技术和斑点杂交双重鉴定实验证明了文库的特异性, 从而构建了21号染色体特异的DNA文库, 并建立了构建染色体特异DNA文库及检测其特异性的方法, 为21号染色相关遗传疾病的鉴定和研究奠定了基础。     

筛选和定位含水稻端粒相关序列的BAC克隆

根据水稻的端粒重复序列 ,设计了 2个引物 :(TTTAGGG) ₃ 和 (CCC TAAA) ₃ CCC ,利用单引物在水稻总DNA中进行PCR扩增 ,分别得到Tas1和Tas2 .这 2个片段在定位亲本间均无多态性 .Tas1的原位杂交表明该序列位于 2对染色体端部 .以Tas1为探针在所构建的水稻基因组BAC文库中筛选到 1个克隆 ,South ern杂交证明此克隆也包含序列Tas2 ,取该克隆中的单拷贝序列利用ZYQ/JX1 7DH群体将其定位在第 6号染色体的端部 .并对Tas1和Tas2在此克隆中的排列进行了初步研究     

利用微分离黑麦1R染色体的体外扩增产物进行染色体着染研究

首先对显微分离出的黑麦（ＳｅｃａｌｅｃｅｒｅａｌｅＬ．）１Ｒ染色体进行了两轮Ｓａｕ３Ａ连接接头介导的ＰＣＲ扩增（ＬＡ＿ＰＣＲ）。经Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交证实这些染色体扩增片段来源于基因组ＤＮＡ之后,再利用１Ｒ染色体的第二轮扩增产物、黑麦基因组ＤＮＡ、ｒＤＮＡ基因为探针,与其根尖细胞中期分裂相进行染色体原位杂交,发现微分离的１Ｒ染色体体外扩增产物中包含大量的非该染色体特异性重复序列,而其信息量却较黑麦总基因组少;当以适量的黑麦基因组ＤＮＡ进行封阻时,微分离染色体的体外扩增产物成功地被重新定位在中期分裂相的一对１Ｒ染色体上,说明微分离１Ｒ染色体的ＰＣＲ扩增产物中的确包含了该染色体特异性的片段。此外,以从１Ｒ染色体微克隆文库中筛选出的一单、低拷贝序列和一高度重复序列分别为探针,染色体原位杂交检测发现,这一高度重复序列可能为端粒相关序列;而单、低拷贝序列却未检测到杂交信号。这些结果从不同侧面反映出染色体着染技术是证实微分离、微切割染色体的真实来源及筛选染色体特异性探针的有利工具。建立了可供参考的植物染色体着染实验体系,为染色体微克隆技术在植物中的进一步应用提供了便利。     

Construction of a DNA Library Enriched with Mouse 4xChromosome of T(X;4)37H Translocation

Normal mouse chromosomes are routinely separated into only 5 peaks by the current flow cytometry. Since this limited resolution hindered isolation of the normal mouse X chromosome with an appropriate purity, we attempted to sort the mouse 4^x chromosome, a larger translocation chromosome of T(X;4)37H, consisting of nearly the entire chromosome 4 and chromosome X by flow cytometry. To obtain a large number of cells having 4^x chromosome for flow sorting, we isolated a somatic hybrid cell line MHH-1 formed between S194 myelome cell line and normal splenocytes from a male mouse carrying T(X;4)37H. Flow karyotyping of propidium iodide-stained chromosomes from MHH-1 cell line revealed an additional peak containing 4^x chromosomes at about 80%. DNA purified from sorted 4^x chromosomes was cloned into phage lambda gtWES after complete digestion with EcoRl restriction endonuclease. Thus a 4^x chromosome-enriched library of about 4.4 × 10⁴ recombinant phages was made and 13 single copy DNA clones specific to the X chromosome were isolated from the library so far.     

我国旱地春小麦产量及主要农艺指标的变异分析

采用4年、13个品种(系)、18个试点组成的全国旱地春小麦区域试验产量资料,通过联合方差分析和基因型及其与环境互作（GGE）双标图分析,研究了基因型、环境、基因型与环境互作效应（GEI）对产量变异的影响及品种的产量稳定性.结果表明：环境对产量变异的影响远大于基因型和GEI,环境引起的产量变异占87.5%～92.0%．互作因素中以地点×基因型的互作效应最大,基因型×年份的互作效应最小.我国旱地春小麦基因型多年多点的平均产量水平为2550 kg·hm^-2.产量三要素中,千粒重受环境的影响最小.影响产量变异的主要环境因子有：≥10 ℃年积温、生育期降雨量、平均气温、海拔、年降雨量和无霜期.产量与单位面积穗数（0.675^**）、穗粒数（0.581^**）、千粒重（0.456^**）呈极显著正相关,产量三要素间也呈正相关（0.244～0.480^**）,处于可同步提高范围.     

Microdissection and microcloning of rye (Secale cereale L.) chromosome 1R

Chromosome 1R was microdissected and collected from mitotic metaphase spreads of rye (Secale cereale L.) by using glass needles. The isolated chromosomes were amplified in vitro by Sau3A linker adaptor-mediated polymerase chain reaction (PCR). After amplification, the presence of rye-specific DNA was verified by Southern hybridization. The second-round PCR products from five 1R chromosomes were cloned into a plasmid vector to create a chromosome-specific library, which produced approximately 220,000 recombinant clones. Characterization of the microclone library showed that the 172 clones evaluated ranged in size from 300–1800 bp with an average size of 950 bp, of which approximately 42% were medium/high copy and 58% were low/unique copy clones. Chromosome in situ hybridization confirmed that the PCR products from microdissected chromosomes originated from chromosome 1R, indicating that many chromosome 1R-specific sequences were present in the library. Received: 5 December 1998; in revised form: 15 April 1999 / Accepted: 29 April 1999     

流溪河林场森林生态系统服务功能价值评估

运用市场价值法、影子工程法、替代费用法等生态经济学方法对流溪河林场森林生态系统服务功能的价值进行了评估.研究结果表明:流溪河林场森林生态系统服务功能的总价值为6.18×10⁸yuan·a^-1,主要的生态系统服务价值为间接价值,其中涵养水源价值居首位.各项服务功能的价值如下:林产品价值为6.03×10⁷yuan·a^-1,涵养水源价值为4.50×10⁸yuan·a^-1,土壤保持价值为1.46×10⁷yuan·a^-1,固碳放氧价值为5.80×10⁷yuan·a^-1,净化空气价值为2.42×10⁷yuan·a^-1,旅游价值为3.00×10⁶yuan·a^-1,生物多样性维护价值为7.61×10⁶yuan·a^-1.     

凡纳滨对虾低盐度高产虾池环境微生物生态研究

对广东珠三角地区,凡纳滨对虾低盐度高产虾池环境微生物调查结果,养殖水体异养菌平均数量为5.15×10⁴cfu·mL^-1,致病性弧菌为5.00×10³cfu·mL^-1,池底泥浆中异养细菌平均数量为2.41×10⁶cfu·mL^-1,致病性弧菌为1.45×10⁵cfu·mL^-1。不同虾池异养细菌的数量差别小而稳定,致病性弧菌的数量差别及波动大。淤泥较深的老化虾池,水体和泥浆中异养细菌平均分别为6.10×10⁴cfu·mL^-1和2.89×10⁶cfu·mL^-1,致病性弧菌为6.00×10³cfu·mL^-1和2.14×10⁵cfu·mL^-1;无淤泥虾池水体和泥浆中异养细菌平均分别为4.53×10⁴cfu·mL^-1和2.08×10⁶cfu·mL^-1,致病性弧菌为4.34×10³cfu·mL^-1和9.86×10⁴cfu·mL^-1。老化虾池底泥致病性弧菌明显偏高,成为老化虾池易爆发虾病的重要原因。低盐度虾池水体异养菌和致病性弧菌的数量变化,表现为养殖前期高,中后期低而稳定;池底泥浆中异养菌和致病性弧菌的数量变化,呈不规则波动。高的养殖水温对养殖环境异养菌和致病性弧菌表现抑制作用,养殖环境微生物与水体浮游藻类也有一定的关系。     

河南典型暖(热)性草地固碳特征及区域差异

通过野外调查取样与室内分析,研究了河南两种气候区内分布的典型草地(豫西北的暖性草丛和暖性灌草丛,豫南的暖性草丛、暖性灌草丛、热性草丛和热性灌草丛)植被与土壤碳密度特征及碳分布差异.结果表明: 豫西北与豫南地区草地植被地上平均生物量分别为327.4和221.4 g·m^-2,呈北高南低趋势,差异显著;而根系平均生物量分别为1.58×10³和1.94×10³ g·m^-2,呈南高北低趋势,且差异显著.豫西北和豫南地区地上平均碳密度分别为113.75和77.35 g C·m^-2.豫西北地区暖性草丛植被地上碳密度大于暖性灌草丛,但差异不显著;而豫南地区热性草丛活体碳密度显著低于其他3种类型草地.豫西北与豫南地区地下平均碳密度分别为6.35×10³和5.14×10³ g C·m^-2.豫西北地区2种类型草地根系碳密度和土壤碳密度差异均不显著;豫南地区热性灌草丛根系碳密度显著低于其他3种类型草地,而热性草丛土壤碳密度显著大于其他3种类型草地.豫西北和豫南地区草地生态系统平均碳密度分别为6.46×10³和5.22×10³ g C·m^-2,呈北高南低趋势,且土壤贡献最大(78%～90%).豫西北地区2种类型草地生态系统碳密度差异不显著;豫南地区热性草丛生态系统碳密度最高为9.70×10³ g C·m^-2,显著大于其他3种类型草地.本研究结果为准确计算河南不同类型草地生态系统碳储量及评估其固碳潜力提供基础数据.     

滴水湖及其引水河道沉积物中磷细菌的生态调查

2010年对滴水湖及其引水河道沉积物中可培养有机磷细菌(OPB)、无机磷细菌(IPB)的分布变化规律进行了为期1年的调查.结果表明,闸外引水河沉积物中OPB、IPB年平均含量分别为2.76×10⁴±1.31×10⁴CFU·g^-1和7.19×10³±3.98×10³CFU·g^-1;闸内引水河中分别为1.05×10⁴±3.56×10³ CFU·g^-1和2.54×10³±8.77×10² CFU·g^-1;滴水湖中则为6.69×10³±2.63×10³ CFU·g^-1和1.66×10³±5.83×10² CFU·g^-1.滴水湖及其引水河道沉积物中OPB、IPB数量与水体中磷元素含量密切相关,各采样点OPB、IPB数量与总磷(TP)含量均呈极显著正相关,且均高于与总溶解性磷(TDP)、活性磷(AP)的相关系数.     

海州湾及其邻近海域浮游植物群落结构及其与环境因子的关系

根据2011年春季(5月)、夏季(7月)、秋季(9月)和冬季(12月)在海州湾及其邻近海域开展的大面积综合调查数据,对海州湾浮游植物群落的种类组成、优势种、丰度以及多样性的时空变化特征进行研究,并应用典范对应分析(CCA)研究了环境因子对海州湾浮游植物群落结构的影响.本次调查共鉴定出浮游植物113种,隶属于3门44属.其中,硅藻门种类最多,共39属99种,占总种数的87.6%;甲藻门次之,共4属13种,占总种数的11.5%;金藻门仅1属1种.优势种中硅藻门主要以圆筛藻属和角毛藻属为主,甲藻门以角藻属为主,主要优势种为膜状缪氏藻、细弱圆筛藻、浮动弯角藻和派格棍形藻等,优势种组成具有明显的季节演替现象.海州湾各站位浮游植物的丰度为0.08×10⁵～108.48×10⁵ cells·m^-3,年平均丰度为10.71×10⁵ cells·m^-3,其中,秋季最高(29.08×10⁵ cells·m^-3),夏季最低(1.69×10⁵ cells·m^-3).Shannon多样性指数(H)、均匀度指数(J)和丰富度指数(D)均为夏、秋季高,冬、春季低.典范对应分析(CCA)表明,影响海州湾及其邻近海域浮游植物丰度和分布的主要环境因子依次为海水表面温度(SST)、营养盐(NO₃^--N、PO₄^3- P、SiO₃^2- Si)和溶解氧(DO),尤其是一些浮游植物优势种的丰度和分布与上述环境因子密切相关.
     

不同藻密度下Cd2+浓度对萼花臂尾轮虫生命表统计学参数的影响

为了比较不同食物密度下污染物浓度对受试生物的慢性毒性,筛选出以轮虫为受试生物对水环境中Cd污染进行监测的敏感指标,研究了在不同斜生栅藻密度(1.0×10⁶、3.0×10⁶和5.0 ×10⁶ cells·ml^-1)下不同浓度(2.5、5.0、10.0、20.0和40.0 μg·L^-1)Cd²⁺对萼花臂尾轮虫生命表统计学参数的影响.结果表明：(25±1) ℃下Cd²⁺对轮虫的24 h LC₅₀为37.7 μg·L^-1.与各藻密度下的对照组相比,当藻密度为1.0×10⁶ cells·ml^-1时,20.0和40.0 μg·L^-1的Cd²⁺显著延长了轮虫的世代时间,5.0 μg·L^-1的Cd²⁺显著提高了轮虫的后代混交率;当藻密度为3.0×10⁶ cells·ml^-1时,除了5.0 μg·L^-1外,其他浓度的Cd²⁺显著降低了轮虫的后代混交率;而当藻密度为5.0×10⁶ cells·ml^-1时,Cd²⁺浓度对轮虫的所有生命表统计学参数均无显著影（P>0.05）.藻密度对轮虫的世代时间、生命期望、净生殖率和后代混交率均有显著影响（P<0.05）,Cd²⁺浓度对轮虫的世代时间和后代混交率有显著影响（P<0.05）,两者交互作用对后代混交率有极显著影响（P<0.01）.轮虫的世代时间和后代混交率是在1.0×10.6和3.0×10.6 cells·ml^-1食物密度下对Cd²⁺污染比较敏感的参数,其中后代混交率最敏感.     

2004年东海原甲藻赤潮爆发的现场调查和分析

2004年4～5月对东海赤潮高发区开展了赤潮原因种的大面观测并对期间爆发的特大赤潮进行跟踪调查,在56个站位采集了171份样品。表层东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)变化范围为2.5×10³～6.0×10⁷cells·L^-1,最大值出现在122.94°E,30°N的rb12A站;中层东海原甲藻变化范围为1.0×10³～5.32×10⁶cells·L^-1,最大值出现在rf40站。从水平分布看,东海原甲藻呈不均匀分布,从垂直分布看,赤潮爆发前原甲藻细胞在水体中层密集,大量增殖后上升到表层,爆发赤潮。