应用改良的实时TaqMan荧光定量RT-PCR技术检测口蹄疫病毒及其3D基因转录水平

将改良的实时TaqMan荧光定量RT-PCR技术应用于口蹄疫病毒感染体内和体外的定量检测以及其3D基因转录水平分析。结果表明:对样品中口蹄疫病毒基因组RNA的检测灵敏度可达l0个基因拷贝,可同时检测病毒正负链复制水平且重复性较好,所测口蹄疫病毒3D基因转录水平可高达6.9×104拷贝/μL;与实时SYBRGreenⅠ染料RT-PCR技术比较,改良的实时TagMan荧光定量RT-PCR技术检测灵敏度高6.7倍。以上结果证实,改良的实时TaqMan荧光定量RT-PCR技术在病毒检测和基因表达水平分析方面有更高的灵敏度和特异性。     

应用改良的实时TaqMan荧光定量 RT-PCR技术检测口蹄疫病毒及其3D基因转录水平

将改良的实时TaqMan荧光定量RT-PCR技术应用于口蹄疫病毒感染体内和体外的定量检测以及其3D基因转录水平分析.结果表明对样品中口蹄疫病毒基因组RNA的检测灵敏度可达l0个基因拷贝,可同时检测病毒正负链复制水平且重复性较好,所测口蹄疫病毒3D基因转录水平可高达6.9×104拷贝/μL;与实时SYBR GreenⅠ染料RT-PCR技术比较,改良的实时TagMan荧光定量RT-PCR技术检测灵敏度高6.7倍.以上结果证实,改良的实时TaqMan荧光定量RT-PCR技术在病毒检测和基因表达水平分析方面有更高的灵敏度和特异性.     

拟南芥CHS 基因表达的实时荧光定量PCR 检测

在简要介绍实时荧光定量PCR反应和定量原理的基础上, 采用TaqMan荧光定量PCR技术, 研究了UV-B辐射对拟南芥(Arabidopsis thaliana)CHS(查耳酮合成酶基因)表达的诱导, 获得了与传统Northern杂交一致的结果。实时荧光定量PCR用于基因表达的定量检测, 具有特异性强、自动化程度高、高效快捷, 避免使用放射性同位素, 能同时对多个样品中的起始模板进行准确定量等特点, 因此该方法已逐渐被广泛用于基因表达的定量分析。     

拟南芥CHS基因表达的实时荧光定量PCR检测

在简要介绍实时荧光定量PCR反应和定量原理的基础上,采用TaqMan荧光定量PCR技术,研究了UV-B辐射对拟南芥(Arabidopsis thaliana)CHS(查耳酮合成酶基因)表达的诱导,获得了与传统Northern杂交一致的结果.实时荧光定量PCR用于基因表达的定量检测,具有特异性强、自动化程度高、高效快捷,避免使用放射性同位素,能同时对多个样品中的起始模板进行准确定量等特点,因此该方法已逐渐被广泛用于基因表达的定量分析.     

白纹伊蚊β-actin基因实时荧光定量RT-PCR方法的建立

目的建立白纹伊蚊β-actin基因实时荧光定量RT-PCR法.方法 根据GenBank上白纹伊蚊β-actin基因的序列(GenBank accession number: DQ657949),利用Primer Express 3.0软件设计并合成一对引物,采用SYBR Green I作为染料建立实时荧光定量RT-PCR 法.以Ct值为纵坐标,以稀释倍数的对数为横坐标,建立标准曲线,并进行溶解曲线分析.结果标准曲线Ct 值检测范围为15～30,扩增效率为97.9%,相关系数为0.996,溶解曲线分析结果显示产物为特异的单峰,其Tm 值为86.4℃.结论 成功建立白纹伊蚊β-actin 基因实时荧光定量RT-PCR 法,为β-actin 基因作为内参基因进行白纹伊蚊功能基因表达差异研究奠定基础.     

芯片分析自发恶性转化的大鼠骨髓间充质干细胞的基因表达谱

为解析骨髓间充质干细胞(MSCs)自发恶性转化的遗传学基础, 探讨其临床可用性和安全性。采用密度梯度离心法和贴壁筛选法分离大鼠MSCs, 流式细胞仪分析细胞同源性, 体外培养6个月后获得自发恶性转化的MSCs。应用基因芯片分析自发恶性转化的MSCs中差异表达的基因,进一步采用实时定量RT-PCR验证芯片分析结果。MSCs发生自发恶性转化后, 有44条差异表达基因, 其中21条基因表达上调, 23条基因表达下调。经实时定量RT-PCR检测差异表达基因结果与芯片分析结果一致。Wnt、SHH、Notch、TGFb/BMPs等信号转导通路上的若干基因在MSCs自发恶性转化中起到重要作用。     

茶树α-tubulin基因实时荧光定量RT-PCR方法的建立

目的:建立茶树α-tubulin基因实时荧光定量RT-PCR方法。方法:根据GenBank中茶树α-tubulin基因保守区域设计一对特异性引物,将PCR扩增得到的α-tubulin基因克隆到pTG19-T载体上,构建的重组质粒标准品经1/10梯度稀释后,用SYBR GreenⅠ染料法绘制标准曲线,并进行融解曲线分析。结果:标准曲线Ct值检测范围为14.56~27.09,相关系数为0.991,溶解曲线分析显示产物为特异的单峰,其Tm值为81±0.3℃。结论:建立了茶树α-tu bulin基因实时荧光定量RT-PCR法,为以α-tubulin作为茶树内参基因进行功能基因表达差异研究奠定了基础。     

新书介绍

实时荧光定量PCR 本书在介绍实用荧光定量PCR技术原理基础上,集中论述该技术在各个领域中的应用,包括检测致病菌、病毒检测、检测基因突变和临床、遗传病研究、肿瘤研究、环境微生物检测、动物学研究、基因表达检测和流行病学等。     

转录因子SP1调控小鼠前成骨细胞中MEPE基因表达的研究

克隆转录因子SP1并构建其真核表达载体;在双荧光素酶基因检测报告系统下观察3种MAPK信号通路抑制剂调控SP1对不同长度的MEPE基因表达的调控作用,以分析转录因子SP1作用于MEPE基因的显著区段,并利用实时定量RT-PCR法分析SP1调控MEPE基因的表达。根据双荧光素酶基因检测报告系统的研究表明在小鼠前成骨细胞中,SP1可以抑制MEPE基因的转录活性,在(-1 081~66)1 147 bp片段区域内抑制作用较为显著,SP1可通过抑制JNK途径抑制MEPE基因的转录活性;实时定量RT-PCR法分析再次验证SP1抑制MEPE基因的表达水平。这表明转录因子SP1对MEPE基因表达具有显著的调节作用,从而表明转录因子SP1在骨形成发育过程中起到重要的生物学意义。     

新书介绍

<正>实时荧光定量PCR本书在介绍实用荧光定量PCR技术原理基础上。集中论述该技术在各个领域中的应用,包括检测致病菌、病毒检测、检测基因突变和临床、遗传病研究、肿瘤研究、环境微生物检测、动物学研究、基因表达检测和流行病学等。     

实时荧光定量PCR及其在传染性疾病检测中的应用

实时荧光定量PCR技术被广泛应用于实验研究、临床检测中。与普通的PCR相比,实时荧光定量PCR技术具有特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快、全封闭反应等优点。我们综述了实时荧光定量PCR技术的原理、定量方法,及其在传染性疾病检测研究中的应用。     

实时荧光定量PCR的发展和数据分析

实时荧光定量PCR技术是基因时代一项用于检测mRNA的常用技术,是临床检测和基础研究中不可缺少的重要研究方法,包括绝对定量PCR和相对定量PCR。该技术的特点是可以减少PCR后操作,在比较不同浓度的mRNA方面具有非常宽的动力学范围。我们就目前实时荧光定量PCR的发展及数据的分析进行综述。     

SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR测定肠道病毒71型（EV71）RNA拷贝数方法的建立

目的建立SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定实验动物等来源的EV71病毒RNA。方法运用EV71VP1保守区引物,优化real time RT-PCR条件,运用NASBA方法扩增EV71病毒RNA,计算拷贝数,经10倍系列稀释做出标准曲线,作为EV71病毒RNA定量检测的外标准品。结果应用Qiagen公司QuantiTect SYBR Green RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到100copies/μL,PCR扩增效率达到99.5%。结论 SYBRGreenⅠ荧光染料实时定量PCR法测定EV71病毒RNA拷贝数的方法敏感性高、稳定性好,可用于EV71病毒RNA载量的定量测定。     

A new method for quantitative estimation of the virus particles number

The virus particles of live mumps virus vaccine widely used for vaccination in Russia have been detected and visualized by the atomic force microscopy. For quantitative estimation of the number of observed virus particles the special method has been developed. The presence of the vaccine virus protein component was tested by ELISA and dot-blot analysis. Using a quantitative real-time PCR assay the number of copies of viral RNA was estimated. The results of the quantitative estimation obtained by real-time PCR corresponded to the atomic force microscopy data.     

Comparison of the SYBR Green and the hybridization probe format for real-time PCR detection of HHV-6

A comparative study was conducted of a novel real-time quantitative PCR test (LightCycler System) with FastStart DNA Master(PLUS) SYBR Green I dye to detect DNA of human herpes virus 6 (HHV-6). Results were compared with those of a real-time quantitative PCR with hybridization probe (HP) formats using the fluorescence resonance energy transfer method, and with those of a single qualitative PCR test. The detection limit of the test with SYBR Green I dye was 20 copies of the virus, similar to that of the other two tests. The reproducibility was satisfactory. The new test has the same advantages as real-time PCR with HP formats and offers a greater versatility at lower cost.     

Direct and quantitative analysis of Salmonella enterica serovar Typhimurium using real-time PCR from artificially contaminated chicken meat

For quantitative PCR assay of Salmonella enterica serovar Typhimurium in food samples, a real-time PCR method was developed, based on DNA genome equivalent. Specific primers and probe designed based on the STM4497 gene of S. Typhimurium LT2 showed the specificity to S. Typhimurium. Threshold cycle (Ct) values of real-time PCR were obtained from a quantitative standard curve with genomic DNA of Salmonella Typhimurium. In addition, the recovery of S. Typhimurium inoculated artificially to chicken samples with 4.5x105 to 4.5x100 CFU/ml was evaluated by using real-time PCR and plate-count methods. Result showed that the number of cells calculated from the real-time PCR method had good correlation with that of the plate-count method. This real-time PCR method could be applicable to the detection and quantification of S. Typhimurium in food samples.     

转基因棉花MON88701品系特异性实时荧光PCR检测方法的建立

【目的】建立转基因棉花MON88701品系特异性实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法。【方法】利用实时荧光PCR技术,根据转基因棉花MON88701品系特异性序列设计引物和探针,建立转基因棉花MON88701实时荧光PCR检测方法,并测定本方法的灵敏度、特异性及可重复性。【结果】建立的检测方法特异于转基因棉花MON88701成分的检测,灵敏度测试表明其定量下限为34拷贝;重复性试验显示其相对标准偏差在可接受范围内。【结论】本研究建立的转基因棉花MON88701品系特异性实时荧光PCR检测方法具有良好的特异性和高灵敏度,适合对转基因棉花MON88701品系进行检测。     

A new method for robust quantitative and qualitative analysis of real-time PCR

An automated data analysis method for real-time PCR needs to exhibit robustness to the factors that routinely impact the measurement and analysis of real-time PCR data. Robust analysis is paramount to providing the same interpretation for results regardless of the skill of the operator performing or reviewing the work. We present a new method for analysis of real-time PCR data, the maxRatio method, which identifies a consistent point within or very near the exponential region of the PCR signal without requiring user intervention. Compared to other analytical techniques that generate only a cycle number, maxRatio generates several measurements of amplification including cycle numbers and relative measures of amplification efficiency and curve shape. By using these values, the maxRatio method can make highly reliable reactive/nonreactive determination along with quantitative evaluation. Application of the maxRatio method to the analysis of quantitative and qualitative real-time PCR assays is shown along with examples of method robustness to, and detection of, amplification response anomalies.     

SYBR green实时荧光定量PCR检测微小RNA21的方法建立及在食管鳞癌中的应用

目的:建立SYBR green实时荧光定量PCR检测微小RNA miR-21的技术平台及应用。方法:设计微小RNA21和U6的的颈环结构反转录引物和PCR扩增引物,以U6为内参利用SYBR green实时荧光定量PCR法检测小鼠各器官中的微小RNA21的含量。提取16例食管鳞癌患者的肿瘤组织及其近旁组织中的总RNA,检测其微小RNA21表达水平。结果:SYBR green实时荧光定量PCR检测U6和微小RNA21含量的熔解曲线单一,PCR产物特异。在Balb/c小鼠的4种器官中,肝脏、脾脏、肾脏分别为脑组织的8.71、5.38、3.47倍。16对食管鳞癌患者的样本中,14例微小RNA21的拷贝数高于其近旁组织约10.58倍(p0.01)。结论:此研究成功建立了SYBR green荧光定量PCR法检测小鼠和人微小RNA-21含量的技术平台,为进一步阐述miR-21在食管鳞癌的发生中的作用提供了新方向。