猪科的系统发育与系统地理分化

猪科动物是最为昌盛的哺乳动物之一,但它们的分类及系统发育关系却尚待解决。为此,用PCR直接测序法测定了一个红河猪(Potamochoerusporcus)、一个马来西亚野猪(Susbarbatus)以及数头欧亚野猪(Susscorfa)线粒体细胞色素b全序列1140bp。结合从GenBank中获得的其他猪科物种胞色素b序列,用邻接法和最大简约法构建了猪科物种的系统发育关系,其结果显示苏拉威西鹿猪与其他猪科物种为姐妹群的关系。非洲物种疣猪和河猪聚为一枝,而欧亚猪属物种聚为另一支。各物种在系统发育关系中的位置与它们的地理分布对应。猪属物种可以被划分为3个种组:分布于菲律宾群岛、苏拉威西岛及其邻近岛屿的猪属物种形成一个种组,包括苏拉威西岛疣猪、菲律宾疣猪和印度尼西亚疣猪;欧亚野猪种组,包括欧亚野猪和姬猪;须猪和爪哇疣猪形成一个种组。     

从线粒体Cyt b基因探讨红瘰疣螈物种地位的有效性

疣螈属的红瘰疣螈（Tylototriton shanjing）和棕黑疣螈(T. verrucosus) 的物种界限一直不清楚。测定了来自中国西南地区14个地点的T. shanjing和T. verrucosus共40只标本的线粒体DNA Cyt b基因(753 bp)。结果表明：（1）用邻接法、最大简约法和贝叶斯法等3种系统发育分析法分别重建棕黑疣螈种组系统发育树的拓扑结构不支持T. shanjing是单系群；（2） T. shanjing与T. verrucsus的mtDNA Cyt b序列差异平均值仅为1. 2％, 未达到种级水平。因此, 全部T. shanjing样品都属于同一个物种, 即T. verrucosus, 不支持T. shanjing的物种地位, T. shanjing为T. verrucosus的同物异名，并建议恢复T. verrucosus的中文名红瘰疣螈。根据基于40个样品Cyt b基因序列的系统发育树和遗传变异以及地理分布, 这些红瘰疣螈（T. verrucosus）样品聚为3 支, 即中国西南地区的红瘰疣螈可分为片马、滇中滇西和滇东南3个地理居群。     

栝楼属基于核糖体ITS序列的系统发育分析

栝楼属（Trichosanthes）是葫芦科(Cucurbitaceae)中一个种类较多、药用价值较大的属。本文基于ITS序列分析了栝楼属16个种的系统发育关系。聚类分析表明：在组的划分上,具有分类争议的截叶组(sect. Truncata)与大苞组(sect. Involucraria)形成一大支,处于一亚分枝位置,不支持独立成组。在属内分类地位上,在核酸水平不支持贵州栝楼(T.guizhouensis)为一独立种,结合形态特征建议并入双边栝楼(T.rosthornii)。大方油栝楼(T.dafangensis)与小苞组(sect. Trichosanthes)成为姊妹群,处于一个向叶苞组(sect. Foliobracteola)过渡位置,结合其形态特征,建议作为小苞组(sect. Trichosanthes)成员。     

新疆罗布泊地区可培养嗜盐细菌多样性

采用纯培养方法从新疆罗布泊盐湖中分离得到168株嗜盐细菌, 采用核糖体DNA扩增片段限制性酶切分析(ARDRA)研究了罗布泊嗜盐细菌的群落结构和多样性。通过限制性内切酶HinfI对108个菌株的16S rDNA进行酶切分型, 根据ARDRA的酶切图谱, 将其划分为12个操作分类单元。16S rDNA序列测定和系统发育分析结果显示, 分离菌株分布于喜盐芽孢杆菌属(Halobacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、短杆菌属(Brevibacterium)、嗜盐单胞菌属(Halomonas)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、盐水球菌属(Salinicoccus)、库克菌属(Kocuria)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、微球菌属(Micrococcus)等9个属及1个可能的新分类单元。其中Halomonas为优势菌群, Chromohalobacter、Halobacillus为次优势菌群。采用ERIC-PCR分析优势菌群Halomonas各菌株的基因组特征, 显示出有21种指纹图谱。研究结果揭示, 罗布泊嗜盐细菌不仅具有丰富的多样性, 还蕴藏着具有地域特点的新菌种资源。     

西北部分地区苦马豆根瘤菌的遗传多样性

苦马豆(Sphaerophysa salsula)是荒漠区重要的豆科植物。为了研究其共生根瘤菌的多样性, 本试验采用16S rDNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析方法, 对西北部分地区的苦马豆根瘤菌进行了遗传多样性及系统发育分析。结果表明, 57株供试菌株共产生了9种遗传图谱类型, 对每种图谱类型的代表性菌株进行16S rDNA全序列分析的结果表明, 它们分别归属于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、叶杆菌属(Phyllobacterium)和Shinella kummerowiae。不同地域的菌株在多样性方面也有明显差异: 分离自银川的苦马豆根瘤菌的Jaccard相似性系数较低; 而来自民乐县和临泽县的菌株有着非常丰富的遗传多样性, 其Simpson指数分别为0.826和0.710, Shannon-Wiener指数分别为1.831和1.530。以上结果为进一步确定西北地区豆科植物根瘤菌的系统分类地位提供了依据。     

黑龙江省蹄盖蕨科(Athyriaceae)植物的RAPD分析及其系统学意义

在形态分类研究的基础上,利用RAPD技术,对黑龙江省蹄盖蕨科植物6属9种共15个种群进行了遗传多样性分析,分析结果表明：（1）假冷蕨属应包括在蹄盖蕨属中（2）角蕨属与蹄盖蕨属,羽节蕨属与冷蕨属亲源关系较近（3）短肠蕨属为独立一属,与其它属亲源关系较远。根据黑龙江省蹄盖蕨科植物的DNA水平的研究结果,再结合其形态学特征,建议将黑龙江省蹄盖蕨科划分为3个亚科：冷蕨亚科(Cystopterioideae)包括2个属：冷蕨属(Cystopteris)和羽节蕨属(Gymnocarpium)。蹄盖蕨亚科(Athyrioideae)包括3个属：蹄盖蕨属(Athyrium)、假冷蕨属(Pseudocystopteris)和角蕨属(Cornopteris)。双盖蕨亚科(Diplazioideae)包括短肠蕨属(Allantodia)。     

基于线粒体COI基因序列的文蛤属(软体动物门:帘蛤科)系统发育关系(英文)

测定了4种文蛤属贝类的15个个体的COI基因序列,并从GenBank下载了短文蛤 (M. petechialis)的相应序列。比对后的序列长度为574 bp,包括93个简约信息位点,A、T、C和G的平均含量分别为21.15%、44.71%、14.05%和20.09%。通过对序列的分析,共定义了12个单倍型：文蛤 (M. meretrix) 4个,斧文蛤 (M. lamarckii) 2个,丽文蛤 (M. lusoria) 3个,琴文蛤 (M. lyrata) 1个,短文蛤2个。以青蛤(Cylina sinensis)为外群,用MP法和贝叶斯法构建系统树。结果显示,短文蛤、丽文蛤和文蛤为亲缘关系较近的物种, 支持短文蛤和丽文蛤为文蛤的同物异名的观点。     

蒙古栎群落交错带(ecotone)的研究

通过群落学的样地法对蒙古栎(Quercus mongolica)群落和核桃楸(Juglans mandshurica)群落、蒙古栎群落和长白落叶松(Larix olgensis)群落、蒙古栎群落和杂灌丛群落及其交错带进行了研究,分析了在三个地点的几种群落结构和物种组成方面的差异,计算了各群落的物种丰富度指数(d_Gl)、Simpson 物种多样性指数(D)、Shannon-Weiner物种多样性指数(H′)及Pielou均匀度指数(J)。研究发现在通化和大青沟两个地区群落交错带的物种丰富度及Shannnon多样性指数最高;而在桦甸群落交错带的物种丰富度和物种多样性指数要比核桃楸群落低,比蒙古栎群落高,没有表现出特别强烈的边缘效应。本文也分析了群落乔木层、灌木层和草本层盖度之间的关系。     

物种与科属的数量关系——以中国鸟类为例

许多研究表明，物种与高级分类阶元在数量上密切相关，这种关系在地区物种数量预测中具有很高的应用价值。应用中国不同地理类型(保护区、行政区和动物地理亚区)的鸟类物种名录，研究物种与科属的数量相关关系和频次分布规律，结果表明：(1)物种与高级分类阶元在数量上有着极显著相关关系(P<0.01)，其中物种—属的相关关系要显著于物种—科，且在对数、乘幂、指数和线数4种模型中，用乘幂模型拟合最好；(2)物种在科属间的频次分布具有规律性(P<0.05)，随着物种数/科属的增加，频次迅速减少，在4种模型中，乘幂模型拟合最好，属的规律性较科显著。根据以上结果，物种与科属间的数量强相关关系与物种数量在科属间有规律的频次分布有关。     

荒漠生境油蒿根围AM真菌多样性

为了阐明荒漠生境主要植被油蒿(Artemisia ordosica)根围AM真菌多样性, 2007年8月从毛乌素沙地和腾格里沙漠选取榆林、盐池、研究站和沙坡头4个样地, 按0–10、10–20、20–30、30–40、40–50 cm 5个土层采集油蒿根围土壤样品, 研究了油蒿根围AM真菌物种多样性和生态分布。在分离的4属28种AM真菌中, 球囊霉属(Glomus)16种, 无梗囊霉属(Acaulospora)7种, 盾巨孢囊霉属(Scutellospora)4种, 多孢囊霉属(Diversispora)1种。4个样地的共同优势种为摩西球囊霉(G. mosseae), 共同常见种为双网无梗囊霉(A. bireticulata)和网状球囊霉(G. reticulatum), 共同稀有种为缩球囊霉(G. constrictum)。地球囊霉(G. geosporum)仅出现在盐池, 蜜色无梗囊霉(A. mellea)、帚状球囊霉(G. coremioides)、浅窝无梗囊霉(A. lacunosa)和宽柄球囊霉(G. magnicaule)仅出现在研究站, 黑球囊霉(G. melanosporum)仅出现在榆林。盐池与研究站样地AM真菌种类最多, 榆林样地孢子密度最大, 沙坡头样地种类和孢子密度显著偏低。总体上, 孢子密度、分离频度、相对多度和重要值依Glomus >Acaulospora > Scutellospora> Diversispora呈现显著减小趋势。结果表明, 油蒿与AM真菌之间有良好共生性, 这对进一步利用菌根生物技术维护荒漠生态系统结构的完整性具有重要意义。     

基于核核糖体DNA ITS序列的真藓科系统发育新证据

主要是利用核基因组的核糖体DNA内转录间隔区（nrDNA ITS）序列数据探讨了Buck和Goffinet（2000）限定的真藓科内各属间及属内种间的系统发育关系。ITS序列的最大简约法（MP）及贝叶斯推论（BI）分析结果显示：不支持Cox（1999）利用rps4/trnL-trnF数据分析将丝瓜藓属移至提灯藓科的结论。ITS数据分析与Holyoak（2007）利用trnL-F,trnG和atpB-rbcL序列数据分析将Bryum algovicum、B.caespiticium、B.capillare、B.pseudotriquetrum和Plagiobryum zierii划归Ptychostomum的结论一致,同时,为Spence(2005)依据形态学特征将B.pallescen、B.pallens、B.uliginosum、B.amblyodon和B.lonchocaulon划归Ptychostomum提供ITS分子证据支持。基于以上研究,建议将以上提到的真藓属种和平蒴藓移至Ptychostomum。     

山麦冬及其近缘种DNA条形码研究

通过分析山麦冬及其近缘种cpDNA trnL-F、psbA-trnH间隔区序列特点,探讨trnL-F、psbA-trnH序列作为山麦冬及其近缘种DNA条形码的潜力。分别对两者进行PCR扩增后,并进行纯化测序。其中山麦冬及其近缘种9个物种18个样品的trnL-F序列长度为355~356 bp,在山麦冬属内序列完全一致,但在沿阶草属中存在特异变异位点,可对麦冬与沿阶草两物种进行鉴别。而psbA-trnH序列长度为543~544 bp,仅在麦冬中存在特异鉴别位点。结果表明,trnL-F、psbA-trnH序列由于进化速率低、保守性强,仅适合麦冬类植物属间鉴别的DNA条形码,而在属下水平的应用有一定的局限。     

水蛇亚科形态学特征的支序分析

水蛇亚科属于游蛇科，包含10个属。其中7个属为单型属。选取水蛇亚科14个形态学特征进行支序分析，并利用计算机软件Hennig 86对水蛇亚科中8个属之间的系统发育关系进行初步探讨，结果显示水蛇亚科分为两支：Gerarda和Fordonia两个属构成姊妹群，Cerberus、Erpeton和Homalopsis三个属也构成单系群，与Voris et al(2002)的分子系统树相同，但Cantoria属的地位则与Voris et al(2002)的明显不同。     

6个中国猪地方品种和3个瑞典猪DNA分子系统发育相关关系

线粒体DNA遗传多样性用于评价6个中国地方猪种和3个瑞典家猪系统发育关系。采用PCR和序列分析方法得到了来自9个品种140头猪的线粒体中控制区440bp和细胞色素b基因798bp核苷酸序列。系统发育分析结果表明：6个中国地方猪种起源于亚洲野猪。中国地方猪种和欧洲野猪的线粒体DNA核苷酸序列变异发生在413000－875000年以前,而亚洲紧猪的变异仅发生在7000－156000上以前,由于2000年以前或18世纪初中国猪种导入欧洲家猪,因此瑞典家猪既属于欧洲类也属于亚洲类。     

基于叶绿体trnL-F,rbcL序列和核核糖体ITS序列探讨蓼属（蓼科）头状蓼组的系统发育

选用叶绿体基因trnL-F,rbc-L序列和核核糖体ITS序列对蓼属头状蓼组的分类和系统发育进行了分析。以药用大黄为外类群,用最大简约法对3个片段的单独和联合矩阵分别构建系统发育树。结果表明,头状蓼组是一个较自然的类群,与春蓼组、刺蓼组和金线草属的亲缘关系较近;支持头状蓼组作为一组放在春蓼属,细茎蓼和蓝药蓼从头状蓼组转移至冰岛蓼属;不支持将刺蓼组并入头状蓼组;对于小叶蓼的系统学位置有待于进一步研究。     

湖北沙湖冬季鸟类群落特征

2006年12月—2007年1月采用样线法对湖北沙湖自然保护区鸟类进行了调查,按照生境特征分为芦苇、草甸、农田、水域4个鸟类群落。共记录到鸟类76种,隶属12目28科,占湖北省鸟类种数456种的16.67%。其中,国家Ⅰ、Ⅱ级保护鸟类各1种和10种;濒危物种1种,易危物种2种,稀有物种1种。鸟类群落总体α多样性指数(H′)为2.37,均匀性指数(J)为0.55,优势度(C)为0.17,4个鸟类群落的H′、J和C值分别为：1.67～2.44、0.50～0.86、0.11～0.26。β多样性指数分析表明：农田-草甸的鸟类群落相似性指数(S_i)最高,为0.74,农田-水域的相似性指数最低,为0.40;Bray-Curtis指数(C_N)最高值是芦苇-草甸的鸟类群落,为0.00640,最低值是水域-农田,为0.00022。生境间异质性和人为活动是影响沙湖冬季鸟类群落特征的主要因素。     

陕西秦岭平河梁自然保护区小型兽类的组成与分布

2005年9月利用铗日法辅以陷阱法对位于秦岭山脉南坡东段的平河梁自然保护区及牛背梁自然保护区小型兽类进行了调查，共设置采集点10个；2 460铗日中共捕获小型兽类689只，隶属于3目6科19属27种（另有两种鼢鼠和一种鼯鼠系其他手段捕获），平均捕获率28.01%。对捕获的27种小型兽类生态和垂直分布进行分析结果表明：平河梁保护区3个群落的Shannon-Weiner多样性指数在2.9288—3.3639之间，Pielou均匀性指数在0.7669—0.8602之间。在上述调查的基础上，结合前人对邻近地区的调查，据一些物种的分布特点，订出平河梁自然保护区小型兽类的名录，计48种，结果显示秦岭南坡东段小型兽类的物种多样性和丰富度要高于秦岭其他地区。另在考察中采集到白尾鼹(Parascaptor leucura)、小纹背鼩鼱(Sorex bedfordiae)、斯氏鼢鼠(Myospalax smithii)、川西白腹鼠(Niviventer excelsior)，在秦岭山区尚属首次记录。还整理了秦岭南坡小型兽类名录，认为秦岭南坡有小型兽类55种，在动物地理区划上应属于西南区。     

指数方法

评价物种多样性是目前生物多样性研究中的一项紧迫任务。我们提出一种基于信息测度的G-F指数公式,利用生物普查得到的鸟类和兽类名录计算一个地区的物种多样性。首先计算属间的多样性（G指数）和科间的多样性（F指数）,然后,再利用G指数和F指数的比值进行标准化,得出G-F指数。在这一指数体系中,F指数包括科中和科间的多样性。如果G-F指数趋近1,则代表科间多样性的F指数下降,或者代表属多样性的G指数上升;否则G-F指数趋近零或为负数。信息测度通常也用于生物群落的生态多样性。然而,G-F指数与生态多样性不同。G-F指数测定的一个地区一个生物类群中科属间的物种多样性,而生态多样性指数研究生物群落中物种组成及种间个体的多寡。利用G-F指数研究评估生物多样性保护有如下优点：（1）G-F指数提供了一种简捷有效的生物多样性保护评估方法,因为在许多地点已经进行过生物普查,编写了动物、植物名录;（2）G-F指数是一种标准化指数,可以进行不同地区间生物多样性比较。在动物界,特别是无脊椎动物中,尚未鉴定的物种占多数,而鸟类和兽类中尚未鉴定的物种很少。我们应用鸟类和兽类名录计算了G-F指数,选择了梵净山、大瑶山、伏牛山、凉水、北京—天津、海北、白音锡勒、青海湖和帕米尔高原等9个地区,进行了物种多样性的比较研究。结果表明：在上述地区,鸟类的G指数高于兽类的G指数,但差异并不显著（p=0.11）。鸟类的F指数显著地高于兽类的F指数（p<0.05）。鸟类G-F指数与兽类G-F指数相关(r=0.68, p<0.05)。     

长江河口湿地鱼类的种类组成及多样性分析

为了解长江河口湿地鱼类种类组成的现状及变化趋势, 作者于2004–2007年间在长江河口湿地设置了33个采样站点, 采用多种调查网具对该水域的鱼类资源状况进行了较为系统的调查。共调查到鱼类123种, 隶属1纲18目46科。结合文献记录, 本地区共有鱼类208种, 隶属2纲22目67科。海鲢(Elops saurus)和印度小公鱼(Sardinella sindensis)为本地区的新记录种。鱼类组成以鲤形目和鲈形目为主; 生态型以淡水鱼类最多。长江南支、北支和口门区水域的种类组成存在一定的差异, 南支常见种以鲤形目鱼类为主, 而北支和口门区以鲈形目鱼类为主。与1990年以前的调查资料相比, 长江河口湿地鱼类物种数有所减少, 其中软骨鱼类和鲀科鱼类下降相对较多。一些重要经济种逐渐变为偶见种, 甚至成为濒危物种, 如鲥(Tenualosa reevesii)、前颌间银鱼(Hemisalanx prognathus)和暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)等。导致河口湿地鱼类物种多样性下降的主要原因可能是过度捕捞、水域污染和栖息地丧失等。     

栉角雪萤的荧光酶基因结构及其系统发育分析

短角窗萤属是萤科第四大属，但未见有该属物种荧光酶基因的研究报道。通过对总基因组的PCR扩增，对该属的栉角雪萤荧光酶基因进行了测序分析。基因序列长1 958 bp。与已知荧光酶基因进行同源性比较后推断，栉角雪萤的荧光酶基因由7个外显子和6个内含子组成，编码547个氨基酸残基；由推导的氨基酸序列进行同源性比较后发现，栉角雪萤的荧光酶基因与同一亚科中Lampyrini族和Cratomorphini族分别具有93—94%和92%相似性，而与北美萤火虫Photinus pyralis(Photinini族)的相似性较低(83%)。系统发育分析进一步表明栉角雪萤与Pyrocoelia、Lampyris、Cratomorphus和Photinus同属于萤亚科，且与前3个属的亲缘关系较近。这在一定程度上与形态(Branham & Wenzel, 2003)及线粒体DNA(Li et al, 2006)系统发育分析所得结果一致。