基于ISSR分子标记的野生桃儿七遗传多样性研究

通过对甘肃南部青藏高原边缘区道地性药材桃儿七遗传多样性研究,为野生桃儿七资源的保护提供依据。采用ISSR分子标记技术,对13个野生桃儿七居群153份DNA进行PCR扩增,对其扩增条带进行遗传多样性分析,在所得遗传距离的基础上进行UPGMA聚类和Mantel检验地理距离,对野生桃儿七居群间遗传多样性差异进行分析。11条ISSR引物共检测到155个条带,每条引物10～17个,平均14.1个,共1320个多态性位点;居群平均多态性位点百分比(PPL)65.50%;Nei′s遗传多样性指数(H)为0.2101,Shannon′s信息指数(I)为0.3191;遗传距离变化范围0.0316～0.3769;Mantel检验P=0.4220。甘肃南部青藏高原边缘区13个野生桃儿七居群间具有较高的遗传多样性,种群内的基因流十分丰富,居群内的遗传分化明显比居群之间的分化要大,各居群间遗传距离与地理距离无相关关系。     

白檀自然居群遗传结构与遗传多样性研究

采用ISSR分子标记技术分析了湖南省5个地区6个居群白檀的遗传多样性水平和遗传结构。结果表明,9条ISSR引物对6个居群的149份白檀样品PCR扩增检测到122个扩增位点,其中多态性位点113个,多态性比率高达92.62%。Nei's基因多样性指数(He)为0.3264,Shannon多样性指数(I)为0.4873,居群之间产生较大的遗传变异(Gst=0.5215,Nm=0.4588),AMOVA分子差异分析表明白檀居群间遗传分化程度高,51.07%的变异存在于居群间,48.93%的变异存在于居群内;UPGMA聚类分析将6个白檀居群分为3大类:大围山和龙山居群为一类,岳阳和道县居群组成另一类;衡山居群单独成一类,聚类原则跟地理位置不一致,与海拔高度有一定的相关性。     

野生扁蓿豆种质资源AFLP遗传多样性的分析

本研究采用AFLP标记对河北省、辽宁省、吉林省、山西省、内蒙古自治区和西藏自治区的10份野生扁蓿豆居群进行遗传多样性分析。从64对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,8对引物共扩增出640个条带,其中多态性条带有472个,多态性位点百分率为73.8%;Nei's基因多样性指数平均为0.157,Shannon's多态性信息指数平均为0.099;居群间遗传相似系数(GS)平均值为0.827。聚类和主成分分析可将10个扁蓿豆居群聚为3大类,结果与居群的地理分布大致相符,呈一定的地域性分布规律。由此可见,AFLP分子标记研究结果能较好地揭示扁蓿豆居群间的遗传多样性。对我国各地的野生扁蓿豆资源的广泛收集、评价和基因资源的保护有重要的意义。     

基于SSR标记的8个山荆子居群遗传多样性和遗传关系分析

采用10对SSR引物对8个山荆子[Malus baccata (L.) Borkh.]居群140个单株的基因组总DNA进行PCR扩增,并据此对8个居群的遗传多样性和遗传关系进行了分析.结果表明:用10对SSR引物共扩增出91条带,多态性条带百分率达100.00％.8个居群的遗传多样性参数差异较大,有效等位基因数为1.437 9～1.535 0,Nei's基因多样性指数为0.256 0～0.309 2,Shannon信息指数为0.376 7～0.459 2,多态性条带百分率为64.84％～85.71％.居群间的有效等位基因数为1.616 9,Nei's基因多样性指数为0.355 1,Shannon信息指数为0.528 5,均明显高于居群内;8个居群间的基因流为1.739 5,基因分化系数为0.223 3,显示居群间的基因交换较多.UPGMA聚类分析结果表明:在Nei's遗传距离0.148 6处,8个居群被分为3组,河北塞罕坝居群单独为一组,山西五台山居群和北京东灵山居群为一组,其余5个居群为一组.据此推测:山荆子起源于中国华北和东北地区,山西灵空山、黑龙江小兴安岭、吉林长白山和山西中条山居群可能是其遗传多样性的核心居群.     

基于RAPD标记的皖南山核桃野生居群遗传多样性分析

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记方法分析了皖南山区4个山核桃(Carya cathayensis)野生居群的遗传多样性及其分化程度。由POPGENE软件分析表明,15条随机引物共检测出139个扩增条带,其中多态性条带87个,多态性位点百分比(PPB)为62.59%,各居群平均多态性位点百分比(PPB)为43.35%。物种水平Shannon信息多样性指数(I)为0.208,Nei基因多样性指数(H)为0.124,多样性水平较低。由于受到地理隔离的影响,居群间的基因流较低(Nm=0.700),遗传分化程度相对较高(Gst=0.417)。     

不同居群龙须草RAPD分析及其分类研究

利用RAPD分子标记和形态特征观察,分析研究了中国12个龙须草居群的遗传差异,16个寡聚核苷酸引物扩增共得到124条带,其中110条为多态性带,占88.7%.Shannon多样性指数(I)为0.359 0,物种水平N e i s基因多样性(H)为0.224 1.12个龙须草居群的遗传相似系数在0.48~0.99之间.聚类结果结合形态学特征分析,12个龙须草居群可划分为4类,其中河南、湖北、陕西山阳的9个居群聚为1类,陕西洋县居群、广东星子山居群、广西百色居群各代表1类.     

基于RAPD标记的南苍术居群遗传多样性分析

采用RAPD标记技术对分布于江苏小九华山、小汤山和湖山,安徽金寨和芜湖以及湖北保康和英山的7个南苍术〔Atractylodes lancea(Thunb.)DC.〕野生居群的28个单株基因组总DNA进行PCR扩增,在此基础上分析居群的遗传多样性及遗传分化,并采用聚类分析法对居群的遗传关系进行分析。结果表明:用18条RAPD引物共扩增出193条带,其中多态性条带111条,多态性条带百分率(PPB)为57.51%;平均每条引物扩增出10.72条带,其中多态性条带6.17条。从省级水平看,安徽居群的PPB、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)均最低,而湖北居群的Ne、H和I均最高,但江苏居群的PPB最高;从居群水平看,湖北保康居群的PPB、Ne、H和I均最高,而安徽金寨居群均最低。7个居群的基因分化系数和基因流分别为0.206 5和1.921 5,说明7个居群总遗传变异的20.65%存在于居群间、79.35%存在于居群内。7个居群间的遗传距离为0.150 7～0.252 1,其中,安徽金寨和芜湖居群间最小(0.150 7),江苏湖山和安徽芜湖居群间最大(0.252 1)。基于遗传距离的聚类分析结果表明:7个居群可分为2组,湖北保康居群单独成组,其他6个居群聚为另一组;来自同一居群的单株均聚在一起。研究结果提示:南苍术居群间的遗传多样性较低,居群间无明显的遗传分化。     

山东丹参(Salvia miltiorrhiza)不同地理居群的遗传多样性

以山东泰安、临沂、莱芜、菏泽和潍坊5个居群的72份丹参株系为材料,利用ISSR引物进行群体遗传结构的研究。结果表明：8个ISSR引物在5个居群中共扩增出219个位点,平均可扩增出27条带,在种级水平及泰安、临沂、莱芜、菏泽和潍坊5个居群水平多态性位点百分比分别为98.63%、81.28%、66.67%、66.21%、51.14%和50.68%,种级水平的Nei基因多样性和Shannon信息指数大于各居群;5个居群Nei基因多样性和Shannon信息指数相比较,泰安〉临沂〉莱芜〉菏泽〉潍坊;根据基因分化系数,测得的基因流值Nm为4.2352;UPGMA聚类分析结果表明,莱芜居群和临沂居群遗传一致度最大,遗传关系最近,泰安居群与其它4个居群遗传关系最远;分析发现菏泽居群、泰安居群是相对独立的群体,但5个居群间存在部分基因交流。所有参数分析表明,泰安居群遗传多样性最丰富,故在制定原位种质保护计划时应优先考虑泰山周边地区的丹参。     

锥栗种质资源遗传多样性的SRAP分析

应用SRAP分子标记法,采用筛选出的15个引物组合,对采自湖南、浙江、四川、贵州、福建5省的17个野生锥栗居群资源及23份锥栗栽培品种进行了遗传多样性分析,旨在为锥栗遗传背景分析和种质创新提供依据。17个野生锥栗居群共扩增出221个位点,平均多态性位点数为155.06,多态性位点百分率为70.16%。总遗传多样性指数(Ht)、居群内遗传多样性指数(Hs)、Nei's基因多样性指数、Shannon's信息指数分别为0.3636、0.2466、0.2460、0.3677,说明野生锥栗居群具有较高的遗传多样性和变异度。其中,衡山(HS)居群的多态性位点百分率最高,为85.07%,吉首小溪村(JS)居群次之,为83.26%,表明衡山、湘西一带为湖南省野生锥栗居群遗传多样性最丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,浏阳溪江居群和衡山居群间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;贵州黎平居群和岳阳月田镇居群间的遗传相似性最小,遗传差异较大。23个锥栗品种多态性位点百分率占比为89.14%,遗传相似性系数在0.66~0.85之间,且在遗传相似性系数0.66处,大尖嘴单独聚为一类,反映出它的遗传基础与其他品种具有较大的差异;在遗传相似性系数0.85处,华栗2号和铁锥被聚为一类,表明这2个品种亲缘关系最近,遗传差异最小。此外,还构建了Em1-Me2、Em2-Me1、Em2-Me2和Em2-Me3共4个引物组合的SRAP数字指纹图谱,为锥栗品种的快速鉴定提供了参考依据。     

基于ISSR标记的福建省钩锥遗传多样性分析

该研究利用ISSR分子标记,对分布于福建省内5个样地(邵武、建阳、建瓯、周宁和屏南)的61个野钩锥(Castanopsis tibetana)单株的遗传多样性进行了分析,并采用聚类分析方法探讨了它们的遗传关系。结果表明:用10条ISSR引物从61个单株的基因组DNA共扩增出158条带,包含145条多态性条带,多态性条带百分率达91.77%,其中引物UBC817、UBC819与UBC842的多态性条带百分率(PPB)为100.0%。各居群的多态性条带百分率(PPB)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样度(H)和Shannon’s多样性指数(I)等各遗传指数差异较大,其中各项遗传指标中最高的为邵武居群,而周宁居群则最低。5个居群的基因分化系数和基因流分别为0.144 0和2.973 0,说明5个居群总遗传变异的14.40%存在于居群间,85.60%存在于居群内。种间总基因多样度分别为0.395 8,种内基因多样度分别为0.338 8,表明钩锥种间遗传多样性较高,且种间变异大于种内变异。各居群间的遗传距离差异较大;其中,邵武与建瓯居群的遗传距离最近,仅为0.081 5;建阳和周宁居群的遗传距离最远,为0.162 9。通过聚类分析可将5个钩锥居群聚为3支,屏南与周宁的居群各自独立聚为2支;来自邵武、建瓯及建阳的居群聚为一支,且可进一步分为两个亚支,建阳居群为1个亚支,邵武和建瓯居群聚为1个亚支。供试的钩锥具有较高的遗传多样性,存在着较为频繁的基因交流。该研究结果较准确地揭示了钩锥种间的遗传多样性。     

重金属污染下曼陀罗种群分化的RAPD分析

将不同空间地段上获得的同一种质但污染年代各不相同的4个曼陀罗材料种子易地种植在同一模拟重金属污染生境中,对这4个曼陀罗种群进行RAPD分析,结果表明,在105个检测位点中发现有78个位点呈多态性。在这些多态位点中未发现与重金属抗性有关的特异性多态DNA片段。S hannon-Weiner指数计算结果表明,在短期污染时间内曼陀罗种群遗传多样性水平降低。随着污染时间的推移,曼陀罗种群逐渐在污染迹地上稳定下来,曼陀罗种群遗传多样性水平有所回升和提高,4个曼陀罗种群遗传多样性由高到低排列顺序为L＞CK＞M＞S。遗传多样性指数表明曼陀罗种群间变异程度远小于种群内的遗传变异。4个种群两两间遗传距离较小,遗传距离最大的种群为L和S,最小的为L和CK种群。因此,在重金属胁迫环境选择下,曼陀罗种群发生了一定程度的分化与微进化,轻高水平的遗传多样性可能是植物适应重金属污染胁迫环境的基础。     

大猿叶虫四地理种群遗传多样性的RAPD分析

以大猿叶虫Colaphellus bowringi Baly 4个地理种群的基因组DNA为材料, 进行RAPD分析。从80条引物中筛选出11条稳定性好、多态性高的引物进行扩增, 共得到65个扩增位点, 53个多态位点, Nei氏遗传多样性指数为0.1049~0.2061, Shannon多样性指数为0.1641~0.3167。结果表明所分析的大猿叶虫遗传变异很高, 其中江西龙南种群遗传变异最小, 山东泰安种群遗传变异最高。种群间的遗传距离范围为0.0636~0.3200, 其中江西龙南种群和江西修水种群间的遗传距离最小, 哈尔滨种群与江西龙南种群间的遗传距离最大, 种群遗传距离的大小与其相对地理距离的远近吻合。结果提示种群遗传距离的大小与它们生物学上的相似性有关联。     

山核桃种质资源遗传多样性的RAPD分析

运用RAPD分子标记技术对山核桃种质资源的五处天然居群遗传多样性进行了初步研究。20条10bp随机引物共检测出252个扩增位点,其中多态性位点168个,多态性位点比率为66.7%。依据Shannon’s表型多样性指数,山核桃种质资源的遗传多样性水平相对较高,群体内变异占总变异的60.32%,居群间变异率为39.68%。五处天然居群中,岛石居群遗传多样性水平最高,为0.2800,临目居群最低,为0.1992。群体内平均遗传距离为0.0914,居群间平均遗传距离为0.1188。丰富的遗传多样性可保证山核桃种质群体能够持续生存和发育,也为山核桃选优、品种改良及遗传育种工作奠定了遗传学基础。     

濒危灌木长叶红砂遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD分子标记对濒危灌木长叶红砂(Reaumuria trigyna)种群遗传多样性进行了分析.应用18条随机引物对长叶红砂5个种群的95个个体进行扩增,检测到118个位点,其中多态位点105个.结果表明:长叶红砂种群的多态位点比率(P)为88.98%,显示出长叶红砂种群存在较高的遗传多样性.Shannon多样性指数(0.4966)、Nei基因多样性指数(0.3303)和基因分化系数(Gst=0.1425)的分析结果显示,长叶红砂种群遗传变异大多存在于种群内,种群间的遗传分化占14.25%.聚类分析表明,长叶红砂种群遗传距离与地理距离之间无直接相关关系.遗传多样性水平与物种特性和所处不同群落有关,濒危植物并不一定表现为遗传变异水平的降低.     

濒危植物长叶榧群体遗传多样性的RAPD分析

借助随机扩增多态DNA方法,分析了中国特有的濒危植物长叶榧的遗传多样性和遗传分化．结果表明：12个随机引物在9个长叶榧自然群体180个样品中可检测到180个可重复位点,其中多态位点119个．长叶榧物种水平的遗传多样性较高,多态位点百分率（P）为66．11％,Shannon信息指数（,）为0．3087,Nei指数（h）为0．2015;而群体水平的遗传多样性较低,P、I和h分别平均为23．76％、0．1221和0．0813．AMOVA分子变异显示,42．57％变异来源于群体内,57．43％变异来源于群体间,群体间的遗传分化系数（Gst）为0．5965,群体间的遗传分化程度高．长叶榧群体间的基因流很低,为0．3382．瓶颈效应、群体隔离和群体间基因流低等因素都加剧了长叶榧群体间的遗传分化．9个长叶榧群体间的平均遗传距离为0．1630．通过UPGMA进行聚类,可将9个长叶榧群体分为浙江和福建两大类群．建议在迁地保护时应尽量避免在群体之间实施种质迁移．     

Evaluation of genetic diversity of <Emphasis Type="Italic">Clinacanthus nutans</Emphasis> (Acanthaceaea) using RAPD,ISSR and RAMP markers

Three polymerase chain reaction (PCR) techniques were compared to analyse the genetic diversity of Clinacanthus nutans eight populations in the northern region of Peninsular Malaysia. The PCR techniques were random amplified polymorphic deoxyribonucleic acids (RAPD), inter-simple sequence repeats (ISSR) and random amplified microsatellite polymorphisms (RAMP). Leaf genomic DNA was PCR amplified using 17 RAPD, 8 ISSR and 136 RAMP primers . However, only 10 RAPD primers, 5 ISSR primers and 37 RAMP primers produced reproducible bands. The results were evaluated for polymorphic information content (PIC), marker index (MI) and resolving power (RP). The RAMP marker was the most useful marker compared to RAPD and ISSR markers because it showed the highest average value of PIC (0.25), MI (11.36) and RP (2.86). The genetic diversity showed a high percentage of polymorphism at the species level compared to the population level. Furthermore, analysis of molecular variance revealed that the genetic diversity was higher within populations, as compared to among populations of C. nutans. From the results, the RAMP technique was recommended for the analysis of genetic diversity of C. nutans.     

内蒙古典型草原羊草种群遗传分化的RAPD分析

运用 RAPD技术对内蒙古典型草原不同生境 8个羊草种群进行分析。采用 2 4个随机引物 (10 nt)在 8个种群中共检测到2 2 4个扩增片断 ,其中多态性片断 173个 ,总的多态位点百分率达 77.2 % ,特异性片断 2 2个 ,占 9.82 % ,平均每个引物扩增的DNA带数为 9.3 3条。利用 Nei指数和 Shannon指数估算了 8个种群的遗传多样性 ,并计算种群相似系数和遗传距离 ,运用UPGMA法进行聚类分析。结果表明 :羊草大部分的遗传变异存在于种群内 ,只有少部分的遗传变异存在于种群间 ,Nei指数和Shannon指数计算结果分别为 85.4%和 66.8% ;羊草不同种群的遗传多样性存在差异 ;8个羊草种群平均遗传距离为 0 .2 3 16,变异范围为 0 .1587～ 0 .2 70 0 ,说明 8个羊草种群间的遗传变异不大 ,即 :在较小地理范围内羊草的遗传分化程度较小 ;8个种群可聚为 3个类群 ,聚类结果显示生境相似的种群能够聚在一起 ,而地理距离最近的种群不一定归为一类 ,说明小范围内羊草种群间的遗传分化与地理距离不存在相关性 ,而与其生境间的相似度相关。影响遗传相似性的不是单一因子而是各种因子的综合作用 ,较小地理范围内羊草种群间的遗传分化主要是由环境的异质性所引起的     

Allozyme,chloroplast DNA and RAPD markers for determining genetic relationships between Abies alba and the relic population of Abies nebrodensis

Allozyme, chloroplast (cpDNA) and random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers have been used to estimate genetic and taxonomic relationships among different populations of Abies alba and the relic population of A. nebrodensis. Twelve isozyme gene loci, as well as restriction fragment length polymorphism (RFLP) at cpDNA spacer regions between t-RNA genes were analysed. Moreover, a set of 60 random sequence 10-mer primers were tested. Over all isozyme loci, evident differences in allele frequencies among A. nebrodensis and A. alba populations were found, particularly at 2 loci, phosphoglucose isomerase (Pgi-a) and shikimate dehydrogenase (Skd-a). More than 10% of the total genetic diversity was due to differences among populations. High values of genetic distances among populations were also found. Out of the 60 primers tested, 12 resulted in a polymorphic banding pattern both within and among populations. A total of 84 RAPD fragments were produced by the 12 selected primers. A phenogram of relationships among populations was constructed based on RAPD band sharing: the differentiation of the A. nebrodensis population was evident. The analysis of molecular variance (AMOVA) was used to apportion the variation among individuals within populations and among populations. There was considerable variation within each population: even so, genetic divergence was found among populations. This pattern of genetic variation was very different from that reported for inbred species. Identical cpDNA amplification and restriction patterns were observed among all the individuals sampled from the populations. Taken together, the results of allozyme and RAPDs show a clear differentiation among A. nebrodensis and A. alba populations and provide support for their classification into two different taxonomic groups.     

AFLP and RAPD based genetic diversity assessment of industrially important reed bamboo (Ochlandra travancorica Benth)

A high level of genetic diversity was recorded in molecular analysis of random collections of industrially important reed bamboos (O. travancorica) from Kerala region of India. Fifty primers (8 AFLP & 42 RAPD) detected 914 polymorphic loci. Cluster and Principal Coordinate Analysis (PCA) based on combined AFLP & RAPD data grouped all the random accessions into three different populations. Further, AMOVA revealed a moderate to high level of genetic variation. Most of the variation occurred within population (54 %) than among population (46 %). Highly significant and high PhiPT estimate (Fst value; 0.456) indicated that these populations are not panmictic and are significantly isolated. Relatively large number of polymorphism obtained could be useful in finding the elite germplasm resources for industrial use.     

濒危植物三棱栎遗传多样性的RAPD分析

用随机扩增多态DNA (RAPD)标记对 5个三棱栎 (Trigonobalanusdoichangensis)居群共 99个个体进行遗传多样性和居群遗传结构分析。 16个引物共检测到 15 7个位点 ,其中多态位点 83个 ,占 5 2 87%。物种水平Shannon多样性指数I =0 2 4 31,Nei基因多样度h =0 15 95 ,种内总遗传变异量Ht=0 16 0 0 ,居群内遗传变异量Hs =0 0 74 9,居群间变异量大于居群内变异量 ,表明三棱栎的遗传变异主要存在于居群之间。与同科植物相比 ,三棱栎遗传多样性较低 ,遗传分化系数Gst =0 5 32 0 ,说明居群间的遗传变异占 5 3 2 0 % ,居群间已出现强烈的遗传分化。当地人的强烈活动造成的生境破碎化和居群隔离 ,以及三棱栎演化过程中的地史变化对其种群发展的影响等 ,可能是造成其居群间强烈的遗传分化和较低遗传多样性的原因。基于本研究结果 ,提出了三棱栎遗传多样性的保护策略。