利用微卫星技术分析不同类群鸡的遗传多样性

利用8个微卫星标记分析了6个生产类群鸡的遗传多样性。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:6个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异,其平均基因杂合度为0.7317,平均多态信息含量为0.6815。其中,群体平均杂合度最高的是安卡红鸡,为0.7716;平均杂合度最低的是新罗曼鸡,为0.7073。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

利用微卫星标记分析不同鹅种的遗传变异

应用微卫星标记技术以6个品种鹅(东北白鹅、籽鹅、皖西白鹅、豁眼鹅、莱茵鹅、朗德鹅)为实验材料分析不同品种鹅的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离D_S, 结果表明: 7个微卫星位在6种鹅群体中均表现为高度多态性, 可作为有效的遗传标记来分析各鹅群体的遗传多样性和系统发生关系。实验各群体的杂合度均较高, 平均杂合度在0.6617(莱茵鹅)~0.8814(籽鹅)之间。各品种的PIC值变动大小在0.6145(莱茵鹅)~0.7846(籽鹅)这与杂合度的高低一致。依据D_S遗传聚类进行UPGMA聚类分析结果6个品种被分为2类: 国内地方品种东北白鹅、籽鹅、豁眼鹅及皖西白鹅为一类; 外来鹅种莱茵鹅与朗德鹅为一类。表明微卫星标记可准确地反映6个品种的亲缘关系及其所在地域分布上的差异, 适宜于群体遗传结构及遗传关系的研究, 是畜禽遗传多样性研究与保护的有效分析手段。     

长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析

对长江中上游2个鲢群体使用39个微卫星标记进行了遗传多样性分析, 计算并统计了平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、遗传相似系数、遗传距离等遗传参数。结果表明: 万州鲢和监利鲢群体所检测微卫星位点的平均观测等位基因数分别为6.128和4.974; 平均有效等位基因数分别为4.107和3.395; 多态位点百分率分别为100和94.87; 39个微卫星标记共有等位基因259个, 173个等位基因为两群体所共有; 多态微卫星位点的PIC在0.077~0.865之间变动,平均为0.617; 两群体所检测位点平均观测杂合度为0.834和0.775, 平均期望杂合度为0.713和0.623; 两个群体间的遗传相似系数为0.618, 群体间的遗传距离为0.482。结果显示长江中上游两个鲢群体间存在显著遗传分化, 应隶属于不同的种群。     

西昌华吸鳅的微卫星引物筛选及赤水河四个地理种群的遗传多样性分析

采用高通量测序法对西昌华吸鳅(Sinogastromyzon sichangensis)基因组进行随机测序并筛选出符合条件的微卫星位点, 设计可用于PCR扩增的引物, 筛选出29对具有多态性的引物, 平均等位基因数为14.5, 观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)分别为0.620和0.882, 多态信息含量(PIC)为0.859。选取其中多态性较高的20对引物在赤水河及其支流的4个地理种群中进行扩增, 分析不同地理种群的遗传多样性和种群分化情况。结果表明, 赤水镇种群观测杂合度最高(0.669), 茅台镇种群观测杂合度最低(0.520); 习水河多态信息含量最高(0.868), 茅台镇种群多态信息含量最低(0.841)。赤水河干流的几个种群未出现显著分化, 而习水河种群与其他3个种群的遗传分化程度较高。AMOVA分析显示遗传变异主要发生在群体内, 群体间遗传变异仅占3.33%, 群体内遗传变异占96.67%。种群遗传结构分析表明, 赤水河干流整体遗传背景趋于一致, 而习水河种群则单独聚为一个亚类群。研究为西昌华吸鳅的资源保护和种群遗传学研究提供了基础资料。     

黑龙江水系不同倍性鲫鱼的遗传多样性

摘要: 利用12对微卫星标记对黑龙江水系6个野生鲫鱼不同倍性群体进行遗传结构分析。结果表明: 6个采集群体的平均等位基因数为5.8~6.8, 平均有效等位基因数为2.8~4.6, 平均期望杂合度为0.5592~0.6962, 平均多态信息含量为0.5962~0.6481, 说明这几个群体遗传多样性水平较高。根据d值, 各群体均有不同程度的偏离Hardy-Weinberg平衡的现象, 均表现为杂合度过度。Kruskal-Wallis 检验表明两种倍性、6个采集群体鲫鱼遗传多样性差异不显著, 没有发现三倍体鲫由于倍性增加而出现额外的等位基因片段。群体间基因分化系数(GST)为0.0398, 表明群体间存在轻度遗传分化。聚类分析表明, 同水体两种鲫鱼亲缘关系最近, 不同采集群体间松花江与乌苏里江分化最小, 月亮湾与新荒泡其次, 双凤水库群体分化最大     

无特定病原体金定鸭微卫星DNA遗传多样性分析

目的利用微卫星标记对无特定病原体金定鸭群进行遗传多样性分析。方法采用微卫星标记,对SPF金定鸭种群中71个个体进行遗传多样性分析。结果 SPF金定鸭种群中17个位点上共检测到119个等位基因,每个微卫星上等位基因数介于3~13;该SPF金定鸭群体中有13个位点(PIC0.5)呈现出高度多态,平均杂合度为(0.5816±0.0142),其他位点均呈现出中度多态。仅有5个位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,其余12个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,达到极显著水平(P0.01)。结论该SPF金定鸭群体内均存在丰富的遗传多样性,满足建立封闭群的遗传特征,可以利用该群体继续开展无特定病原体金定鸭封闭群的建立。     

三峡库区5 个鲢群体遗传变异的微卫星分析

研究利用10 个高度多态的微卫星标记对三峡水库秭归、巫山、云阳、忠县、木洞等5 个库区鲢(Hypophthalmichthys molitrix)的野生群体进行了遗传多样性分析。检测到161 个等位基因, 群体共有等位基因84 个, 每个微卫星位点的等位基因数729 不等。平均观测杂合度Ho 为0.7840.846, 平均期望杂合度He 为0.8280.847, 平均多态信息含量PIC 为0.7970.817。Fst 值为-0.0010.009, 表明5 个鲢群体间没有遗传分化。Hardy-Weinberg 平衡检验表明巫山、云阳、木洞群体在一些位点上偏离遗传平衡。Bottleneck 分析显示长江三峡库区江段的鲢群体可能在历史上经历了遗传瓶颈。5 个群体间的遗传相似系数为0.8910.950, 遗传距离为 0.0500.115, 根据 Nei's 遗传距离所绘制的聚类图, 表明鲢群体间的遗传距离与其地理距离基本一致。贝叶斯分析结果也证实三峡库区5 个鲢群体可视为一个类群。尽管没有检测到遗传分化, 数据清晰地表明三峡库区的鲢群体仍有很高的遗传多样性, 研究结果为三峡地区和长江上游的鲢种质资源保护和种群评估提供了参考。       

基于SSR标记的大明松天然群体遗传多样性分析

大明松是广西和贵州特有的高山松类,具有很高的经济价值和生态价值,其自然种群长期没有得到充分的保护和利用,不利于该树种长期稳定发展。为了合理保护和开发利用大明松天然遗传资源,该文利用12个SSR分子标记对大明松3个天然群体进行遗传多样性研究,分析其群体间的遗传分化和基因流,为该物种的保护策略提供参考。研究结果表明:(1)12对引物共检测到37 个等位基因,多态位点百分率为100%。每个位点平均观察等位基因数(Na)为3.08,平均有效等位基因数(Ne)为1.68, 不同位点间有效等位基因数差异较大; 每个位点平均观察杂合度(Ho)为0.35,平均期望杂合度(He)为0.40,平均多态信息含量(PIC)为0.31。(2)3 个群体的Shannon''s多样性指数变化范围为0.48～0.65,Nei''s基因多样度的变化范围为0.27～0.39,与其他近缘种松类相比遗传多样性偏低。群体平均观察杂合度为0.40,平均期望杂合度为0.33,平均有效等位基因数为1.58。群体间基因分化系数(Gst)为0.10,群体间的遗传分化水平较低,大部分变异均存在群体内。群体间的基因流(Nm)为2.74,说明大明松群体间的基因交流比较充分。该研究可为大明松生物多样性保护提供重要参考依据,为科学利用大明松资源打下基础。     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

元江鲤种群遗传多样性

选择12对微卫星标记检测了于2011年采集自元江(红河上游中国江段)5个样点192尾鲤的群体遗传多样性.共检测到201个等位基因,每个位点等位基因2-27个.各群体各位点平均等位基因(NA)12.25-14.67个,平均有效等位基因(NE)8.28-9.73个,平均观察杂合度(Ho)o.7765-0.8037,平均期望杂合度(HE)0.7761-0.8080,平均多态信息含量(PIC)0.7534-0.7843.元江鲤种群192个个体各位点NA、NE、Ho、HE、PIC分别为16.50、11.26、0.7927、0.8049、0.7966,种群遗传多样性水平高.元江鲤群体之间遗传分化小,可作为一个种群管理单元进行管理.增殖放流要防止遗传多样性丧失.     

Genetic variation of Avicennia marina (Forsk.) Vierh. (Avicenniaceae) in Vietnam revealed by microsatellite and AFLP markers

Genetic variation of Avicennia marina in the costal area of Vietnam was examined using microsatellite and AFLP markers. By using five microsatellite loci a total of 21 alleles were detected. The average number of alleles per locus per population ranged from 1.667 to 3.000. The observed heterozygosity varied from 0.180 to 0.263, with an average of 0.210 indicating relatively low level of genetic variation comparing to the previous studies on A. marina in the worldwide range. The expected heterozygosity was larger than the observed heterozygosity leading to positive inbreeding coefficients in all the six populations. Highly significant departures from Hardy-Weinberg Equilibrium were detected in four populations. AFLP analysis revealed a total of 386 loci, of which 232 (60.1%) were polymorphic. In congruent with microsatellite markers relatively low levels of genetic variation were detected at both gene and nucleotide levels (H = 0.086; pi = 0.0054). Reduced level of genetic variation was found in the central population, and in the southern populations. Both microsatellite and AFLP markers revealed large genetic differentiation (F(ST) = 0.262 and 0.338, respectively) indicating strong genetic structure among regional populations. Pairwise genetic distance by AFLP showed two populations in the north and the other two in the south are closely related each other.     

微卫星标记分析罗非鱼群体的遗传潜力

利用25个微卫星标记,对奥利亚罗非鱼2个群体["夏奥1号"(ZA)、广西群体(GA)]和尼罗罗非鱼4个群体[埃及品系(ZN)、88品系(XN)、广西群体(GN)、美国品系(MN)]进行检测。共检测到7 775个扩增片段,长度在100~400 bp;等位基因数3~8个不等,共计143个等位基因;平均每个基因座扩增得到5.72个等位基因。各群体平均观测杂合度(H o)在0.7253~0.8160之间,平均期望杂合度(He)在0.5146~0.6834之间,平均多态信息含量(PIC)在0.4212~0.6105之间,平均有效等位基因数(A e)在2.20~3.23之间。ZA与GA遗传相似系数最高(0.9130),ZA与ZN遗传相似系数最低(0.4352)。总的说来,4个尼罗罗非鱼群体的遗传潜力较高,2个奥利亚罗非鱼群体的遗传潜力适中。     

应用微卫星标记对稀有(鱼句)鲫封闭群建群过程的遗传监测

以采自四川省汉源县的野生稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)50对为建群原代(P0),采用最佳避免近交法建立了封闭群Ihb:IHB。应用11对微卫星引物对原代、F1—F4代传代亲鱼进行了遗传多样性监测。11个微卫星位点在稀有鮈鲫野生型封闭群共发现等位基因57个,各位点平均等位基因数5.2个、平均有效等位基因数3.3个、平均多态信息含量0.5282。封闭群各代平均期望杂合度为0.5553—0.5742,平均多态信息含量范围为0.5060—0.5318,平均观察等位基因数、平均有效等位基因数、平均观察杂合度、平均期望杂合度、平均多态信息含量在各代之间均无显著性差异(P>0.05)。各代间的遗传相似性在0.99以上,遗传分化系数FST为0.0008(P>0.05),基因频率也无显著性差异(P>0.05)。监测结果表明,Ihb:IHB保持了野生种群的遗传多样性,建群传代过程中未出现显著的遗传分化,符合实验动物封闭群的要求,可以作为一个实验动物的新品系。     

华东地区中华蜜蜂六地理种群的遗传多样性及遗传分化

目的】利用23对微卫星标记对来自于南昌、黄山、桐庐、费县、宜兴、武夷山6个华东地区的中华蜜蜂Apis cerana cerana种群进行遗传多样性及遗传分化分析。【方法】通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F 统计量等参数, 评估各中蜂种群遗传多样性和各种群间遗传分化。【结果】各座位的等位基因数为5（A014）至30（AP043）。所有种群均显示较高水平的期望杂合度, 其中, 武夷山中蜂最低, 为0.4280; 南昌中蜂最高, 为0.6329。各中蜂种群间存在极显著的遗传分化, 平均分化系数(Fst)为0.344。基于Nei氏遗传距离运用NJ聚类法将6个中蜂种群划分为3类。【结论】华东6个中蜂种群的遗传多样性较高, 遗传分化显著; 分析遗传分化与地理距离的关系发现, 华东6个中蜂种群间的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

基于SSR分子标记的中国黄连木遗传多样性分析北大核心CSCD

该研究利用筛选出的7对SSR引物,对中国20个省、市、自治区的210份种质资源进行分子标记试验,分析中国黄连木种质资源遗传多样性、亲缘关系、遗传分化特点并构建DNA分子身份证,为黄连木的资源保护、种质利用提供理论依据,结果表明:(1)7对引物在210份种质中共扩增出158个等位基因位点,平均每对引物的等位基因数为22.571个。(2)基因多样性(GD)变化幅度为0.654~0.913,平均为0.804;期望杂合度(He)变化范围0.257~0.771,平均为0.532;多态信息含量(PIC)变化范围0.639~0.907,平均为0.784。(3)从不同地区黄连木群体的遗传多样性来看,观测杂合度(Ho)介于0.373~0.600之间,平均值为0.520;期望杂合度(He)介于0.632~0.811之间,平均值为0.737;从各群体间遗传分化指数(Fst)来看,黄连木各地区群体间的遗传分化值在0.015~0.099之间,各群体间的遗传分化处于中等以下水平。(4)分子方差分析(AMOVA)结果显示,黄连木的遗传分化变异以群体内为主,占总变异量的94%,群体间的变异占6%。(5)UPGMA聚类、群体遗传结构分析和PCoA分析结果相一致,全部种质被划分为两大类,西南地区群体单独为一类,其他地区单独为一类。(6)利用7对SSR引物构建了210份黄连木种质的DNA分子身份证。     

微卫星DNA标记分析野生鲤鱼群体的遗传多样性

利用30个微卫星分子标记对海南鲤(HN)、长江鲤(CY)、月亮湖鲤(YL)、黑龙江鲤(FY)、呼伦湖鲤(ZL)、贝尔湖鲤(BR)6个野生鲤鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源。同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树。6个群体共检测到8,136个扩增片段,长度在125bp～414bp,30个基因座扩增出等位基因数从3～13个不等,共计210个等位基因,平均每个基因座扩增得到7个等位基因。结果显示:(1)6个野鲤群体的多态性指标均适中,多态信息含量依次0.44、0.52、0.53、0.57、0.63和0.64,有效等位基因数1.04～4.72个不等,平均有效等位基因数依次为2.19、2.60、2.42、2.43、2.45和2.33,无偏期望杂合度平均值为0.50、0.59、0.56、0.56、0.57和0.54;(2)遗传相似系数BR与ZL最高(0.8511),BR与HN最低(0.6688),聚类结果与地理分布呈一定相关性。     

Isolation and characterization of fifteen polymorphic microsatellite loci in the threatened freshwater mussel Solenaia oleivora (Bivalvia: Unionidae)

Freshwater mussels are among the most endangered fauna in the world, while little is known about their genetic diversity. We isolated 15 polymorphic microsatellite loci in a threatened freshwater mussel, Solenaia oleivora. The characteristics of these loci were tested with 46 individuals. The number of alleles per locus ranged from 2 to 15, and the PIC value ranged from 0.250 to 0.880. The observed and expected heterozygosity ranged from 0.167 to 0.929 and from 0.297 to 0.900, with an average of 0.562 and 0.647, respectively. Eight loci deviated significantly from Hardy–Weinberg equilibrium. These polymorphic microsatellites will be useful for the assessment of population genetic diversity and resource conservation of S. oleivora. Cross-species amplification demonstrated that six of 15 microsatellite loci amplified successfully in two other unionid species.     

Allozyme variations in six natural populations of scots pine (<Emphasis Type="Italic">Pinus sylvestris</Emphasis>) in Turkey

Genetic variation in six natural populations of Scots pine (Pinus sylvestris L.) was determined with isoenzyme analyses. For this purpose, haploid female gametophytes of seeds and horizontal starch gel electrophoresis technique were used. A total of 17 loci and 58 alleles were observed in studying 10 enzyme systems. The average proportion of polymorphic loci for populations ranged from 58.8% to 70.6%. The average number of alleles per locus per population was 2.65. The mean estimated expected heterozygosity (He) of populations was 0.294. A rather high proportion of genetic diversity (96.4%) was due to within-population variation and the remaining (3.6%) was due to variation among populations. The level of gene flow (N_em) was found to be 6.69 per generation. Nei’s genetic distance coefficient ranged from 0.006 to 0.027 (mean 0.017) among all possible population pairs. The mean value of Nei’s genetic distance is similar to the values reported for other European Scots pine populations. The low mean value of Nei’s genetic distance among populations is enough to explain low interpopulation variation. According to genetic variation parameters, three out of six populations (Akdagmadeni-Yozgat, Refahiye-Erzincan and Vezirkopru-Samsun) appear to be preferable populations for genetic conservation and forest tree breeding programs.     

Microsatellite markers of genetic diversity and population structure of Carica papaya

We assessed the genetic diversity of 96 papaya accessions by molecular characterisation using microsatellite markers. Fifteen polymorphic primers were selected. Accessions, which were classified as Common, Formosa and Solo according to fruit types, were evaluated for allele frequency, heterozygosity, polymorphism information content (PIC), inbreeding coefficient (f) and the genetic diversity structure. Fifteen primers amplified 68 alleles with an average of 4.53 per locus. PIC values ranged from 0.19 to 0.69. The observed heterozygosity (H_O) was low for all selected microsatellites. High f estimates (0.58) and excess of homozygotes indicated inbreeding, mainly caused by the tendency to select hermaphrodite plants for succeeding generations. Analysis of molecular variance showed that most of the variation (98%) resides within subpopulation. The genetic analysis based on Bayesian statistics proved to be sensitive enough to detect relationships among the papaya accessions, grouping them into six clusters, irrespective of their classification types.