甘蔗花叶病毒3‘末端基因的克隆及外壳蛋白序列分析比较

选取我国SCMV优势株系A株系的分离物SCMV－CA为材料,经过病毒和病毒RNA的提纯,反转录获得病毒cDNA,并克隆到载体pUC19的SmaⅠ位点上,筛选得到多个重组质粒,选取其中一个克隆SCMV－CA54进行测序,得到一个全长为1296bp的苷酸序列,这段序列由一个长为1044bp的开放阅读框架（ORF）和一个长279bp的3‘末端非编码区序列（3‘-UTR)及poly（A）尾巴组成。这个ORF包括病毒完整的外壳蛋白（CP）及部分核内含体蛋白（b(NIb）基因序列,将所得序列同已知SCMV亚组中各株系分离物的核苷酸和氨基酸进行同源性比较,结果表明该序列与其它株系分离的CP核苷酸序列的同源性介于63.7％－77.6％之间,氨基酸的同源性介于64％－89％之间。根据马玲薯Y病毒属的序列同源性划分标准,SCMV－CA与其它株系或分离物的同源性关系均介于种与株系进分标准之间,这是我国首次报道SCMV CP基因序列。     

甘蔗花叶病毒3’末端基因的克隆及外壳蛋白序列分析比较

选取我国SCMV优势株系A株系的分离物SCMV-CA为材料,经过病毒和病毒RNA的提纯,反转录获得病毒cDNA,并克隆到载体pUC19的SmaI位点上,筛选得到多个重组质粒。选取其中一个克隆SCMV-CA54进行测序,得到一个全长为1296 bp的核苷酸序列。这段序列由一个长为1044 bp的开放阅读框架（ORF）和一个长279 bp的3’末端非编码区序列（3'-UTR）及poly(A)尾巴组成。这个ORF包括病毒完整的外壳蛋白（CP）及部分核内含体蛋白b（NIb）基因序列。将所得序列同已知SCMV亚组中各株系分离物的核苷酸和氨基酸进行同源性比较,结果表明该序列与其它株系分离物CP核苷酸序列的同源性介于63.7%～77.6%之间,氨基酸的同源性介于64%～89%之间。根据马铃薯Y病毒属的序列同源性划分标准,SCMV-CA与其它株系或分离物的同源性关系均介于种与株系划分标准之间。这是我国首次报道SCMVCP基因序列。     

小花棘豆(Oxytripis glabra DC)毒素基因的cDNA克隆及序列测定

在完成小花棘豆毒素 95 %氨基酸序列的基础上 ,根椐已知的氨基酸序列 ,设计合成了特异简并引物 .以小花棘豆总RNA为模板 ,逆转录合成cDNA第一链 ,用置换法合成双链cDNA .用特异引物对此双链cDNA进行PCR扩增 ,将扩增后的目的基因与用SmaⅠ酶切的质粒pUC 18连接 ,转化大肠杆菌JM10 7.筛选阳性克隆进行序列分析 ,获得了OXY基因的全部序列 .经测序后测得基因序列与原氨基酸序列对照完全一致 .GenBnak数据检索说明 ,OXY基因编码序列确定是一个从未报道的序列 .此研究结果对该毒素的应用研究奠定了基础 .     

海南地区番木瓜花叶病病原的分子鉴定与多样性分析

番木瓜环斑病毒(Papaya ring spot virus,PRSV)和番木瓜畸形花叶病毒(Papaya leaf-distortion mosaic virus,PLDMV)是热带、亚热带地区严重威胁番木瓜农业生产的主要病害。本研究对27份疑似番木瓜花叶病病叶样品进行分子鉴定,提取病叶总RNA,反转录获得对应的cDNA,根据PRSV病毒的CP、P1、Hc-Pro和NIb基因序列和PLDMV病毒的CP基因序列设计特异性引物进行PCR检测和测序分析。研究发现PRSV感染20例(74.1%),PLDMV感染3例(11.1%),PRSV和PLDMV交叉感染的样品1例(3.7%)。多样性分析结果表明,海南地区PRSV病毒存在3个株系,株系之间出现明显分化;海南地区PLDMV病毒与日本和台湾地区报道的PLDMV病毒株系有共同的起源。研究结果表明PRSV和PLDMV是海南地区番木瓜花叶病的主要病原,其中PRSV病毒3个株系之间P1基因同源性在95%以下,这可为后续研究构建抗PRSV和PLDMV的双价表达载体提供数据支持。     

侵染菊花的番茄不孕病毒的鉴定及其外壳蛋白基因的克隆

从菊花花叶病标样中分离到一球形病毒分离物,直径25～29 nm,与TAV抗血清反应呈阳性.根据英国报道的番茄不孕病毒(TAV-En)CP基因序列,设计合成一对引物,对该病毒RNA进行RT-PCR扩增,得到与预期大小相符的特异扩增带.将其克隆到pGEM-T easy中,经酶切和序列分析表明所克隆的是TAV CP基因,与已知的6个株系相应序列同源性均在96.4%以上.     

番木瓜环斑病毒畸叶株系的CP基因克隆和序列分析

采用RT-PCR方法合成了本研究室保存的番木瓜畸叶病毒(PMaLV)的外壳蛋白(CP)基因,将其CP基因克隆进Promega公司的pGEM-T and pGEM-T Easy Vector System(简称T-载体),并进行了序列分析.结果表明,PMaLVCP基因核苷酸序列全长为861nt,推导其编码287个氨基酸.与番木瓜环斑病毒(PRSV)美国夏威夷HA株系和澳大利亚W株系的CP基因相比,在第66nt处开始连续缺失3个核苷酸.与PRSV的华南Ys、Sm和G株系以及夏威夷的HA和澳大利亚的W株系相比,其CP基因序列同源率分别为96%、98%、95%、89%和89%.其推导的氨基酸序列同源率分别为98%、97%、97%、96%和95%.此结果表明,PMaLV属于PRSV的一个株系,不是一种新病毒.因此,我们称其为番木瓜环斑病毒畸叶株系(ML株系).     

马铃薯Y病毒衣壳蛋白基因片段长度对RNA介导抗病性的影响

在已证明转化马铃薯Y病毒(PVY)全长衣壳蛋白基因可获得高度抗病的转基因烟草、且这种抗病性为RNA介导抗病性的基础上, 克隆了马铃薯Y病毒坏死株系衣壳蛋白基因(PVY^N-CP) 3′端202 (1/4 CP), 417 (1/2 CP)和603 bp (3/4 CP)的部分基因片段(CP202, CP417和CP603), 并分别构建植物表达载体pROKⅡ-CP202, pROKⅡ-CP417和pROKⅡ-CP603. 利用农杆菌介导方法转化烟草NC89. 抗病性鉴定表明, 转化1/2 CP和3/4 CP基因片段的转基因烟草均可获得抗病程度达到免疫的植株, 而转化1/4 CP的基因片段没有获得抗病植株. 分子分析结果表明这种抗病性为RNA介导的抗病性, 是转录后基因沉默的结果. 研究表明, 能够诱发RNA介导抗病性所需的PVY-CP基因的最短有效片段长度可能介于202和417 bp之间. 这一研究结果对改进利用转录后基因沉默策略来防治植物病毒病害以及研究转录后基因沉默机制具有意义.     

大麦黄矮病毒GPV外壳蛋白基因序列分析及其植物表达质粒的构建

大麦黄矮病毒GPV株系是我国特有的一个株系,与国外已报道的大麦黄矮病毒MAV,PAV,SGV,RPV和RMY在血清学上无反应.通过对GPV.外壳蛋白基因的序列分析,明确了病毒的外壳蛋白基因由603个核苷酸组成,编码201个氨基酸,分子量为22218ku.同MAV,PAV,RPV株系一样,在GPV外壳蛋白基因框架中(ORF)含有1个Vpg框架结构,分子量为17024ku.外壳蛋白基因序列同源性比较结果显示,GPV株系和RPV株系同源性较高,核苷酸和氨基酸的同源性分别为83.7%和77.5%.而与PAV和MAV株系同源性较低,核苷酸和氨基酸的同源性分别为56.9%,53.2%和44.1%,43.8%.按照GPV外壳蛋白基因序列,设计寡聚核苷酸引物,通过RT-PCR反应,得到GPV外壳蛋白基因全长cDNA,克隆到表达质粒,构建了高等植物表达载体pPPI1,pPPI2和pPPI5.     

传染性支气管炎病毒核衣壳蛋白基因克隆及在E.coli中的表达

核衣壳蛋白基因 (N基因 )是传染性支气管炎病毒的重要结构基因 .根据已报道的序列设计引物 ,利用RT PCR技术从病毒RNA中扩增和克隆到了N基因的cDNA ,并测定了核苷酸序列 .克隆的N基因片段ORF全长 12 30bp ,编码 4 0 9个氨基酸 .将该片段序列与其他IBV病毒株比较 ,核苷酸的同一性为 87 0 %～ 98 6 %,氨基酸的同一性为 91 0 %～ 98 1%.将该cDNA亚克隆到pBV2 2 0表达载体 ,转化大肠杆菌DH5α菌株 ,Western印迹检测 ,获得了分子量约 4 5kD表达蛋白     

烟草花叶病毒蚕豆株系基因组全序列 分析及结构特征*1)

根据已报道的TMV-U1株系核苷酸序列合成引物,利用RT-PCR技术获得了覆盖整个烟草花叶病毒蚕豆株系（TMV-B）基因组的cDNA重组克隆.结合末端测序技术,完成了TMV-B全基因组序列测定.TMV-B全基因组共有6 395个核苷酸组成,包括4个开读框（ORF）,分别编码126 ku（含1 116个氨基酸）、183 ku（含1 616个氨基酸）、30 ku（含268个氨基酸）和17.5 ku蛋白（含159个氨基酸）.TMV-B与TMV-U1相比全基因组同源率达99.4%,两病毒基因组5′,3′非编码区和CP基因完全相同.TMV-B与TMV-U1之间在126 ku蛋白中有6个氨基酸差异,54 ku蛋白中有2个差异,30 ku蛋白中有3个差异.对导致TMV-B侵染蚕豆的可能致病机理进行了分析.