应用于染色体步移的PCR扩增技术的研究进展

各种建立在PCR基础上染色体步移的方法能够根据已知的基因序列得到侧翼的基因序列。染色体步移技术主要应用于克隆启动子、步查获得新物种中基因的非保守区域、鉴定T-DNA或转座子的插入位点、染色体测序工作中的空隙填补,从而获得完整的基因组序列等方面。其方法主要有3种：反向PCR的方法,连接法介导的PCR的方法以及特异引物PCR的方法。文章就各种方法进行举例说明并加以分析比较。     

食用菌SSR序列开发策略研究进展

SSR序列开发策略主要有3大类:传统的基因文库筛选法、GenBank筛选法和富集文库筛选法。文中在对传统的基因文库筛选法、GenBank筛选法的优缺点及在食用菌SSR分子标记的开发应用进行综述的基础上,重点综述了富集文库筛选法,即基于RAPD技术的SSR开发策略、SSR兼并引物法、序列标签法构建SSR富集文库、vectorette PCR染色体步移法分离SSR位点、Suppression PCR染色体步移法分离SSR位点、引物延伸法构建SSR富集文库以及SSR杂交捕获法构建SSR富集文库的具体设计原理和步骤,并提出食用菌中SSR分子标识的开发现状和展望。     

线粒体基因组测序策略和方法

本文综述了线粒体基因组测序策略和方法,在传统测序方法中介绍了基于物理分离线粒体DNA的克隆文库测序方法和基于PCR扩增产物的直接测序方法,后者重点介绍了基于长PCR扩增产物的引物步移法和基于总DNA的引物步移法;应用新一代高通量测序方法有基于总DNA样品的方法,包括需要预扩增mtDNA的多物种平行高通量和无需预扩增mtDNA的高通量方法,基于总RNA样品的转录组测序方法等。在实际工作中,选择哪种方法取决于研究规模、样品大小和保存状态、经费情况等。总的来说,基于长PCR扩增产物的引物步移法尤其适合小规模昆虫线粒体基因组研究,而对于大规模线粒体基因组研究来说,NGS技术无疑是省时省力的最佳选择。     

云南药用野生稻BIBAC文库混合克隆池制备及筛选

在已构建完成的云南药用野生稻BIBAC( binary bacterial artificial chomosome)文库的基础上,将文库制备成一、二、三级混合克隆池,各级混合池的数量分别为3 360、140和14个.根据Xa21抗病基因序列设计1对特异引物,利用4步PCR法对文库混合克隆池进行逐级筛选,初步确定了3个抗病基因阳性克隆.为今后以PCR法高效利用云南药用野生稻BIBAC文库挖掘其优异基因奠定了良好的基础.     

PCR筛选BAC文库和直接BAC末端测序方法的建立

建立了一种用PCR方法筛选富含高度重复序列的大麦BAC DNA 文库和直接对 BAC DNA进行末端测序的方法.用PCR技术进行大麦BAC DNA 文库(含816个平板,每个平板含384个克隆)的筛选分4步进行.在实验中,建立了两个水平的BAC DNA池(一级池和二级池).一个二级池由一个平板(含有384个克隆)的DNA 组成,一个一级池由连续10个稀释100倍的二级池的DNA混合而成(如1～10,11～20等),共82个一级池.BAC DNA 文库筛选的第一步是对82个一级池的筛选.得到阳性一级池后(如2号一级池),对其所含的10个二级池(从11～20)进行第二步筛选.得到阳性二级池后,培养相应的阳性平板的所有克隆(384个),从头开始(左上侧),每相邻的4个克隆为一组,在96孔板上(4 X 96=384) 进行第三轮PCR反应;之后对筛选结果为阳性的4个克隆分别进行菌落 PCR(第四轮)得到单一阳性克隆.根据BAC DNA Hind III 酶切指纹图谱,对同一引物筛选的BACs进行重叠群作图(Contig).对代表contig 的两端的BAC DNA直接进行末端测序并对测序结果Blast,以检测其在大麦中是否属于单拷贝序列.根据测序和Blast结果设计引物,用中国春附加系(附加大麦染色体)对来自BAC克隆的引物进行染色体定位并用分离群体进行遗传学作图,以确定是否可以用作下一步的染色体步行.     

侧翼序列获取技术研究进展

侧翼序列是指染色体中特定位点两侧的DNA序列,包含着候选基因、转录调控、染色体结构、生物安全等信息,在基因组学研究中具有重要的作用。侧翼序列获取技术主要应用于启动子和增强子等调控序列的克隆、鉴定T-DNA或转座子插入位点、染色体步移、全基因组空隙填补等,是结构基因组研究以及功能基因组研究的重要手段,在转基因动植物鉴定及安全管理等方面具有重要应用。随着分子生物学的发展,目前已经建立了许多侧翼序列的获取方法,依据技术原理可以分为质粒拯救法、反向PCR法、外源接头介导PCR法、半随机引物PCR法和基因组重测序法等5大类。本文系统总结了近年来侧翼序列获取技术的研究进展,并对这些技术的原理以及应用情况进行了较为系统的综述,为侧翼序列信息的获取提供参考。     

基于PCR的染色体步移技术研究进展

基于PCR的染色体步移技术主要用于分离已知序列侧翼的未知序列,为分离基因、步移调控区域及填补基因组测序的空隙提供极大便利。基于PCR的染色体步移技术依照原理可分成依赖连接介导PCR法和不需要酶切连接PCR法。综述了近年来以PCR为基础的染色体步移技术,比较了这些方法的原理及操作步骤,同时总结了依赖连接介导PCR法和不需要酶切连接PCR法的优点与缺点,以期对研究起到借鉴作用。     

小金海棠MxYSL5启动子克隆技术的比较

分别利用3种基于PCR技术的染色体步移法克隆了小金海棠MxYLS5基因的启动子,并比较了这三个体系的扩增产物。3种体系都可以获得特异性扩增产物,但扩增条带的长度和数量均不同,其中利用Genome Walking Kit扩增出来的条带特异性较好长度最长,而且特异性引物和简并引物的设计及退火温度的设置对3种体系的扩增产物起着关键的作用。基于PCR技术的染色体步移法为小金海棠MxYLS5基因启动子的克隆提供了一个稳定可靠的技术手段。     

棉花BAC文库快速筛选法

目的:构建棉花细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库的快速筛选法,以期从BAC文库中大量、快速、高效筛选出特定BAC克隆,为从事基因组测序、分离和分析特定基因、构建物理图谱及基因图位克隆等生物学技术研究奠定基础。方法:构建了整板、行、列的三维混合池,以菌液PCR为基础,从BAC文库中筛选出含有特定DNA片段的BAC单克隆。结果:从BAC文库的3 456个克隆中,共筛选出16个阳性单克隆,涉及13条染色体、11个SSR标记。结论:该文构建的棉花BAC文库筛选体系,筛选快速、准确,适合从BAC文库中大量筛选BAC单克隆。结合当前的多种BAC文库筛选方法进行探讨,根据不同的实验目的选择更合适的筛选方法和操作步骤。     

基于PCR的染色体步移中单引物扩增的克服与非特异引物的利用

基于PCR的染色体步移(PCR-Walking)方法已有许多种,包括反向PCR、连接介导的PCR、随机引物PCR等.在众多的方法中,经常存在由通用引物引起的单引物非特异扩增现象.本文综述了连接介导的PCR-Walking中单引物扩增的形成原理及克服方法.克服单引物扩增主要是使接头引物在DNA两端的接头上只有1个结合位点,从而避开单引物扩增.常用的方法有3′端加氨基修饰的不对称接头、泡泡状接头或Y字型接头及单寡核苷酸接头等方法.还介绍了2种利用通用引物非特异扩增克隆目的序列的方法:引物错配法及基于RAPD原理的单引物PCR法.