长江江豚MHC-DRB基因第二外显子的分离鉴定

主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)在脊椎动物的免疫系统中起着重要的作用,常作为适应性遗传标记应用于保护遗传学研究.长江江豚(Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis)是惟一生活于淡水环境中的江豚种群,且已处于濒危状况.为了开发适用于长江江豚保护遗传学研究的MHC遗传标记,首次采用北象海豹(Mirounga angustirostris)的一对DRB基因引物对长江江豚的基因组进行扩增,从5个个体中成功扩增并测序得到5条MHC DRB基因第二外显子188 bp的核苷酸序列.BLAST结果表明这5条DRB特异序列与Gen-Bank中白鲸(Delphinapterus leucas)的DRB2序列具有较高的同源性,从而证实得到了预期扩增位点.进一步分析发现:这5条序列在4个核苷酸位点上产生替代,翻译后氨基酸序列在3个位点上发生替代;均具有完整的开放阅读框;且核苷酸的非同义替代率远远高于同义替代率;此外,从同一个体分离到两种以上不同DRB核苷酸序列,暗示着长江江豚在DRB座位上可能存在基因重复现象.初步分析结果表明长江江豚的DRB基因具有核苷酸多态性和氨基酸多态性及潜在功能性,并经受着强烈的自然选择.因此,该DRB座位可以作为适应性遗传标记进一步用于长江江豚遗传多样性以及种群适应能力评估等保护遗传学研究.     

陕西省9株乙脑病毒的分离及E基因序列分析

分析陕西省分离的9株乙脑病毒基因组序列特征。使用乙脑病毒全基因组序列测定引物进行RT-PCR扩增,扩增产物进行测序,拼接后获得基因组序列。利用MEGA 4.1、MegAlin、MEGA7.0等软件进行毒株的系统进化分析,并与P3株、减毒活疫苗SA14-14-2株及覆盖5个基因型别的其他乙脑病毒进行E基因序列比对。9株分离株3株分离自猪舍、6株分离自羊舍,其中4株获得全基因组序列,5株测得E基因序列。基于E基因序列进行毒株核苷酸、氨基酸同源性比较,结果显示分离株均与基因I型GI-b亚型毒株核苷酸和氨基酸同源性最高,核苷酸同源性范围为96.5%～99.7%、氨基酸同源性范围99.2%～100.0%;与SA14-14-2株核苷酸同源性范围为87.5%～88.9%、氨基酸同源性范围96.3%～97.2%;与P3株核苷酸同源性范围为87.6%～88.1%、氨基酸同源性范围96.7%～97.6%。分析09年（陕南地区）分离株与18年（关中地区）分离株的E基因核苷酸差异率为1.8%～2.9%、氨基酸差异率为0%～0.8%。陕西省自然界中循环的乙脑病毒以基因Ⅰ型为主,与P3株在抗原毒力关键位点无差异,...     

社鼠（Niviventer confucianus）线粒体基因组全序列分析

社鼠（Niviventer confucianus）属于啮齿目（Rodentia）、鼠科（Muridae）、白腹鼠属（Niviventer）,关于该物种的分子系统学研究极少。为获取社鼠线粒体基因组全序列,提取其基因组总DNA,参照近缘物种线粒体基因组全序列设计34对特异性引物,利用PCR扩增全部片段后进行测序,之后对其基因组组成及结构特点进行了初步分析。结果表明,社鼠线粒体基因组全序列长16 281 bp（GenBank收录号：KJ152220）,包含22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区;基因组核苷酸组成为34.0%A、28.6%T、24.9%C、12.5%G。将所得序列与社鼠近缘物种（川西白腹鼠、小家鼠、褐家鼠）的线粒体全基因组进行比较,结果显示,四个物种的线粒体基因组虽然在基因组大小、部分tRNA二级结构、部分蛋白质编码基因的起始或终止密码子及控制区长度和碱基组成上有差异,但基因组结构和序列特征方面都具有较高的相似性。四个物种线粒体全基因组间的遗传距离显示,社鼠与川西白腹鼠距离最近,而与小家鼠距离最远。该研究为利用线粒体全基因组信息进行啮齿类分子系统学研究提供了有价值的资料。     

鹤类的研究

世界现存鹤科鸟类共有15种,除南美洲和南极洲外,其余各洲均有分布。化石鹤计有17种,发现于始新世、渐新世、上新世和更新世。其中游荡鹤属5种,发现于始新世;鹳鹤属2种,分别发现于始新世和渐新世,这两属的鹤类均已灭绝;鹤属10种。 根据大陆漂移学说和古气候的资料,初步分析认为鹤科鸟类大约发生在7千万年以前(白垩纪末期至新生代的第三纪初期),正值世界第二次大冰期后的间冰期,气候温湿,世界上具有适于鹤类栖息的广泛环境。至第四纪冰期和喜马拉雅运动的影响,有些鹤类绝灭了,有些则继续留存。例如黑颈鹤适应了青藏高原的隆起而形成,是为最年轻的种类。蓑羽鹤广泛分布于欧、亚、非洲,蓝蓑羽鹤分布于非洲南部,有可能是最古老的种类。地中海、非洲和北美洲可能是世界鹤类的发源地。从赤颈鹤、澳洲鹤的形态看,有可能起源于冈瓦纳古陆,但从气管的形态来看,又与其他鹤属鸟类较为一致;肉垂鹤、澳洲鹤和两种冕鹤都具肉垂或垂囊,赤颈鹤亦或具肉垂。鹤属中的白鹤,其气管则与分布在非洲南部的肉垂鹤相似。无论从分类学及鹤科鸟类的起源地,均值得进一步研究。     

梅花草属叶绿体基因组进化分析

叶绿体基因组序列变异和基因组成等特征可有效反映植物类群间的系统发育和进化关系。本研究利用Illumina高通量测序平台对梅花草属（Parnassia）及其近缘属5种植物的叶绿体基因组进行测序和组装,同时基于已发表的近缘种叶绿体基因组信息,对梅花草属叶绿体基因组结构特征、序列遗传变异和蛋白编码基因密码子偏好性比对分析。结果显示：梅花草属叶绿体基因组整体结构较为保守,均为四分体结构;梅花草多个基因出现假基因化,而本属其他物种叶绿体基因组成一致,均编码115个基因;与近缘属物种相比,本属所有物种均丢失rpl16基因的内含子;蛋白质编码基因的非同义/同义替代率比值较低,叶绿体基因可能经历纯化选择作用;密码子偏好性聚类结果与蛋白编码序列重建的系统发育关系结果一致。本研究表明选择压力可能在梅花草属叶绿体基因组蛋白编码基因进化过程中发挥作用,有助于进一步理解梅花草属植物的进化和适应机制。     

银环蛇线粒体基因组全序列分析

根据GenBank公布的蛇类物种线粒体基因序列和已知的引物序列,总共设计和合成了9对引物.采用保真度较高的Ex-Taq酶,以总基因组DNA为模板进行PCR扩增,产物纯化后进行TA克隆和步移测序,拼接后获得了全长17 144 bp银环蛇线粒体基因组全序列.其共编码13种蛋白质、2种rRNA和22种tRNA.这些基因没有内含子,基因间排列紧密,仅有极少或完全没有核苷酸,甚至相互重叠.除了含有2个调控线粒体基因组复制和转录的控制区外,其余基因在长度和位置等方面与其它脊椎动物均具有较高的同源性.     

甘薯NBS类抗病基因类似物的分离与序列分析

利用已克隆植物抗病基因NBS（Nucleotide binding site）序列中的保守模体（motif）“P-loop”和“GLPL”合成简并引物,以甘薯（Ipomoea batatas）栽培品种青农2号基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过T/A克隆、测序和序列分析,共得到15条具有连续ORF的抗病基因类似物（Resistance gene analogues,RGAs）序列,它们之间核苷酸序列间的相似性系数在41.2%-99.4%之间,而相应推测的氨基酸序列间的相似性系数在20.6%-100%之间,同时对分离的RGAs的核苷酸和氨基酸序列进行系统发育树分析,表明甘薯RGAs可分为TIR（Drosophila Toll or human interleukin receptor-like）和nonTIR两类.对甘薯RGAs和5个已克隆植物NBS的氨基酸序列进行结构分析表明,它们包括“P-loop”、“Kinase-2”、“Kinase-3a”、“GLPL”4个抗病基因所共有的保守模体.这些表明甘薯与其它物种的NBS类RGAs可能具有同样的起源和进化机制.     

浙江地区鼬獾和犬源狂犬病病毒分离株全基因组测序与分析

测定浙江地区狂犬病病毒分离株(鼬獾和犬)全基因组序列,从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析,了解狂犬病病毒在浙江的流行和变异情况以及目前浙江流行株的遗传学背景,以丰富中国狂犬病病毒街毒流行株的全基因组信息。脑内接种1~2日乳鼠分离狂犬病病毒,RT-PCR反应测定浙江地区狂犬病病毒分离株全基因组核苷酸序列,并进行编码蛋白和序列相似性比较及种系发生分析。测序获得狂犬病病毒浙江淳安鼬獾分离株F02、F04和松阳犬分离株D01、D02全基因组核苷酸序列信息:基因组全长11 923和11 925 nts,前导序列Leader长58nts,5个ORF为:NP(1 353 nts);PP(894 nts);MP(609 nts);GP(1 575 nts);LP(6 386 nts),N-P-M-G间隔序列长2、5、5 nts;G-L基因间的伪基因Ψ长423 nts;Trailer尾长70 nts。核酸BLAST及多重序列比对分析显示浙江地区4个狂犬病病毒分离株的全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征;中国毒株之间特别是浙江同种动物狂犬病病毒之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高,浙江病毒全基因组序列编码蛋白氨基酸序列相似性高于核苷酸序列相似性,说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变;浙江病毒负链RNA基因组5个基因编码氨基酸的长度没有变异,5个编码蛋白仅表现较少的序列变化;浙江病毒与本研究选择的代表性引用街毒株或者来自街毒的减毒株的变异位点和变异类型相似,多重序列相似性的比较和种系发生分析显示所分离的狂犬病病毒浙江街毒株均属于基因1型,具有较独特的中国地域性特点,故本研究中的浙江地区分离株极有可能是自然界中固有的街毒株。     

叶绿体基因infA-rpl36区域在小麦族物种中的序列变异分析

利用小麦叶绿体基因组中infA-rpl36区域的序列设计引物, 对小麦族(Triticeae)的12个二倍体和多倍体的物种进行了PCR扩增和序列测定, 获得了长度为584～603 bp的12条DNA序列。序列分析表明, 供试物种在infA-rpl36基因间隔区的核苷酸变异明显高于基因编码区。基因编码区核苷酸序列同源性高达97%, 表明了目标片段具有高度的保守性。但在5个物种的infA编码区出现了较大的插入、缺失突变, 导致推导的氨基酸序列也发生了很大的变化, 证实了infA基因是叶绿体基因组中最活跃的基因之一, 而rpl36基因的变异较小, 说明不同叶绿体基因的进化速度是不同的。基于测定序列建立的种系树分析发现, 多倍体物种中间偃麦草(Thinopyrum intermedium)具有多种不同的细胞质起源, 与核基因组一样在进化上较为复杂。     

我国的鹤

“鹤”泛指鹤形目鹤科的各种类,世界上现存鹤类计15种,我国有9种,分属鹤亚科鹤属和衰羽鹤属（衰羽鹤）。均为大型迁徙性涉禽。头顶（或额）通常裸出或被羽（蓑羽鹤属）,橡强直,鼻孔呈直线状;初级飞羽11枚（第1枚较第2枚短）,次级飞羽比初级飞羽长;尾短,尾羽12枚;腔、跑路和趾均细长,后趾很小,位置高于前3趾;气管发达,在胸骨和胸肌间构成复杂的卷曲,利于发声共鸣。栖息于河口、湖泊等水域附近的沼泽湿地、草原或宽阔的农田,涉水取食蠕虫、软体动物、昆虫、小型脊椎动物以及植物的嫩芽和种子,较少飞翔。繁殖期通常有复杂的求…     

Isolation of a sex-linked DNA sequence in cranes.

A female-specific DNA fragment (CSL-W; crane sex-linked DNA on W chromosome) was cloned from female whooping cranes (Grus americana). From the nucleotide sequence of CSL-W, a set of polymerase chain reaction (PCR) primers was identified which amplify a 227-230 bp female-specific fragment from all existing crane species and some other noncrane species. A duplicated versions of the DNA segment, which is found to have a larger size (231-235 bp) than CSL-W in both sexes, was also identified, and was designated CSL-NW (crane sex-linked DNA on non-W chromosome). The nucleotide similarity between the sequences of CSL-W and CSL-NW from whooping cranes was 86.3%. The CSL primers do not amplify any sequence from mammalian DNA, limiting the potential for contamination from human sources. Using the CSL primers in combination with a quick DNA extraction method allows the noninvasive identification of crane gender in less than 10 h. A test of the methodology was carried out on fully developed body feathers from 18 captive cranes and resulted in 100% successful identification.     

中国鹤类现状及其保护对策

中国有9种鹤类,其中灰鹤（Grus grus）、黑颈鹤（Grus nigricollis）、丹顶鹤（Grus japonensis）、白枕鹤（Grus vipio）、赤颈鹤（Grus antigone）、蓑羽鹤（Anthropoides virgo）在中国进行繁殖。中国政府为保护鹤类采取了大量有效措施。本文在结合当前鹤类数量和保护现状的基础上,对中国鹤类的保护对策进行探讨。     

Microsatellite loci characterized in three African crane species (Gruidae, Aves)

Forty-three microsatellite loci originally isolated in Grus americana and G. japonensis were tested for polymorphism in the blue crane (G. paradisea). Amplified products were sequenced in the blue crane to aid in the design of blue crane-specific primers. When characterized in 20 unrelated blue crane individuals from South Africa, 14 loci were polymorphic, with each locus displaying between 2 and 7 alleles. Eight polymorphic loci were characterized in the grey-crowned crane (Balearica regulorum) and ten in the wattled crane (G. carunculatus).     

七种圈养鹤的部分血液生化指标分析

为探索圈养鹤类的血液生化指标差异,本研究对白鹤(Grus leucogeranus)、丹顶鹤(G.japonensis)、黑冠鹤(Balearica pavonina)、黑颈鹤(G.nigricollis)、灰冠鹤(B.regulorum)、蓝鹤(Anthropoides paradiseus)和白枕鹤(G.vipio)的10项血液生化指标(总胆固醇、甘油三酯、总蛋白、白蛋白、球蛋白等)进行统计分析,并与国际物种信息系统(ISIS)提供的数据进行比较。结果表明,1)不同鹤类之间总胆固醇差异显著,而甘油三酯和血糖没有显著性差异,除了黑冠鹤和灰冠鹤的总胆固醇以及蓝鹤的血糖外,其余鹤类的常值均高于ISIS的平均值。2)不同鹤类之间的总蛋白、球蛋白和白蛋白的浓度差异显著,但总蛋白、球蛋白和白蛋白均在ISIS的正常范围内。3)不同鹤类间肌酐和尿酸不具有显著性差异,其中尿酸低于ISIS平均值,但仅尿素氮差异显著。不同鹤类之间血液生化指标存在差异,与圈养鹤的营养水平和环境有关。因此血液生化指标对于圈养鹤类营养状态和健康情况的判断具有重要参考价值,对圈养动物饲养管理具有重要的指导作用。     

云南省纳帕海自然保护区越冬黑颈鹤的集群特征

2004年10月-2005年5月,在云南纳帕海自然保护区采用定点扫描法对越冬黑颈鹤(Grus nigricollis)的集群类犁和集群大小进行了观察.结果表明黑颈鹤夜间集群夜栖,形成较大的夜栖群,平均群体大小为67.9只(16-157,n=17):按照有无灰鹤加入,又将其分为同种集群和混种集群两种类型,其中同种集群的黑颈鹤数量占整个越冬种群的65.3%.在白昼,黑颈鹤以家庭鹤、集群鹤及特殊群体3种类型活动,家庭鹤和集群鹤的平均大小分别为2.7只(2-4,n=145)和16.1只(3-65,n=1017).黑颈鹤的集群大小并不稳定,在日内和月份间均有明显变化(P=0.000＜0.05).存越冬期,最大集群形成于12月,其次为11月和1月;在日内,早上8时集群最大,随后减小并保持相对稳定,18时黑颈鹤开始向夜栖地靠拢,使得集群再次开始增大.随后观察中还发现,黑颈鹤的家庭解体过程开始于3月底,当幼鹤被成鹤驱逐离群后,逐渐加入集群鹤活动,从而使得家庭鹤和集群鹤的大小和组成发生改变.黑颈鹤的集群大小和组成受自身状况、种内关系、天气、食物等多种因素的共同影响,随时间和季节变动而发生变化,是对自身、种群和环境条件变化的综合反映.     

Testing the utility of mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1 sequences for phylogenetic estimates of relationships between crane (Grus) species

Morphology and biogeography are widely used in animal taxonomy. Recent study has suggested that a DNA-based identification system, using a 648-bp portion of the mitochondrial gene cytochrome oxidase subunit 1 (CO1), also known as the barcoding gene, can aid in the resolution of inferences concerning phylogenetic relationships and for identification of species. However, the effectiveness of DNA barcoding for identifying crane species is unknown. We amplified and sequenced 894-bp DNA fragments of CO1 from Grus japonensis (Japanese crane), G. grus (Eurasian crane), G. monacha (hooded crane), G. canadensis (sandhill crane), G. leucogeranus (Siberian crane), and Balearica pavonina (crowned crane), along with those of 15 species obtained from GenBank and DNA barcoding, to construct four algorithms using Tringa stagnatilis, Scolopax rusticola, and T. erythropus as outgroups. The four phylum profiles showed good resolution of the major taxonomic groups. We concluded that reconstruction of the molecular phylogenetic tree can be helpful for classification and that CO1 sequences are suitable for studying the molecular evolution of cranes. Although support for several deeper branches was limited, CO1 data gave remarkably good separations, especially considering that our analysis was based on just a fragment of the gene and that CO1 has generally been viewed as useful only for resolving shallow divergences.     

野败型水稻保持系线粒体特异DNA片段的克隆及序列分析

利用RAPD技术,从水稻野败型细胞质雄性不育系珍汕97A的保持系珍汕97B中得到一个特异的扩增片段PWP-13。该片段全长808bp,1-142区段为正常的cob基因片段;143-372、406-707区段与一个报告的嵌合cob基因的同源性分别为98％、100％,但由于碱基缺失,所推测的氨基酸序列差异较大;373-405区段为PWP-13所特有的重复序列,708-808区段为未知序列。序列内含有3组长度分别为9、31、27bp的小重复序列。     

云贵高原黑颈鹤的种群数量和分布

云贵高原有黑颈鹤的两个越冬区：(1）云南西部;(2)云南东北部和贵州西北部。这两个地区的黑颈鹤数量占全球种群的1／4至1／3。国际鹤类基金会与云南省林业厅于2001／2002年冬季在云贵高原联合对黑颈鹤进行了一次同步计数,本次调查覆盖了17个已知或潜在的黑颈鹤越冬地点,其中15个地点有黑颈鹤分布。在2002年1月18日和19日,分别记录到3261和3182只黑颈鹤。本调查还统计了灰鹤、斑头雁和赤麻鸭,数量分别为：灰鹤804和1158只;斑头雁1759和2978只;赤麻鸭3442和5444只。与1991／1992年冬季进行的调查结果相比,黑颈鹤在这一地区的数量增加了90％以上。     

用分子标记技术分析不同生态型芦苇的遗传多样性

用分子标记技术对河西走廊4种不同生态型芦苇进行了遗传多态性分子标记分析。从30条ISSR引物和45条RAPD引物中分别筛选出适合4种不同生态型芦苇分析的9条和13条引物,前者共扩增出99条带,多态性位点数为51;后者共扩增出195条带,多态性位点数为87。两种分子标记分析所得的遗传相似系数呈显著正相关(r=0.845,P<0.05)。4种生态型芦苇表现出由水生芦苇经盐渍芦苇向沙丘芦苇逐渐演化的趋势。     

天津地区水鸟区系组成及多样性分析

1997年10月－2000年12月间,作者对天津地区的20处湿地的水鸟进行了调查,共记录到水鸟107种,分属7目14科39属。其中候鸟103种,占总数的96.2%。Xing形目和雁形目无论在种类上还是在数量上都占绝对优势,分别占水鸟群落种类组成的41.1%和31.1%。记录到包括东方白鹳（Ciconia boyciana)、黑鹳（Ciconia nigra)、丹顶鹤（Grus japonensis)、白鹤（Grus leucogeranus)、大鸨（Otis tarda)及遗鸥（Larus relictus)在内的国家Ⅰ级保护物种6种。记录到国家Ⅱ级保护物种8种,分别为白枕鹤（Grus vipio)、蓑羽鹤（Anthropoides virgo)、灰鹤（Grus grus)、海鸬鹚（Phalacrocorax pelagicus)、大天鹅（Cygnus cygnus)、小天鹅（C.columbianus)、疣鼻天鹅（C.olor)、白额雁（Anser albifrons)。对包括北大港水库、团泊洼水库、七里海水库及尔王庄水库在内的4个重点调查区域进行水鸟多样性分析表明,北大港水库的物种多样性及科、属多样性均较高,且有众多的珍稀物种,是一个重要的水鸟停歇地,应加强对该区域的保护。此外,本文提出在分析生物群落多样性时,应将分类因素与物种的数量因素综合起来考虑,因而同时使用G－F指数与Shannon-Wiener指数,可更为全面地评价某一地区的群落多样性。