冷箭竹根际土壤中可培养细菌的多样性

为了解冷箭竹(Bashania fangiana)根际土壤中可培养细菌的多样性,2006年5月从四川卧龙自然保护区冷箭竹根际土壤中共分离出50株具不同菌落形态的细菌.16S rDNA序列分析结果表明:50株菌分属于10个属26个种.27株属于变形菌门γ亚群(Gammaproteobaeteria)(42.3%)、9株属于厚壁菌门(Firmicutes)(26.9%)、4株属于放线菌门(Actinobacteria)(15.4%)、6株属于变形菌门β亚群(Betaproteobacteria)(7.7%)、3株属于变形菌门α亚群(Alphaproteobacteria)(3.9%),1株与土地杆菌属(Pedobacter)关系密切.假单胞菌属(Pseudomonas)和芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌属.2株菌为可能的新种或属.研究表明冷箭竹根际土壤中含有较为丰富的微生物多样性.     

Ugan古河道胡杨可培养内生细菌的多样性

摘要：【目的】为了了解塔河废弃古河道胡杨可培养内生细菌的多样性。【方法】从2棵胡杨树干部抽出其内存液,采用三种不同的培养基对样品的内生细菌进行了分离纯化;对它们进行16S rDNA测定和系统进化分析。【结果】分离纯化不同表型的细菌62株,对它们的16S rDNA序列分析表明,62株菌分别属于四个大类群;厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门(Actinobacteria)、α-变形菌纲(Alpha Proteobacteria) 、γ-变形菌纲(Gamma Proteobacteria),18个属,32个种;芽孢杆菌属和假单胞菌属是胡杨可培养内生细菌的优势细菌种群,它们分别占已测种群的40.32%、16.13%。其中菌株KTH-63为葡萄球菌科的潜在的新属新种,它与最近源菌株的16S rDNA序列相似率为92.491%;9株菌KLH-21、KLH-1、KTH-8、KTH-14、KNA-26、KLH-18、KTH-20、KNA-3、KLH-25是潜在的新种（16S rDNA相似率为96.089 %-97.769 %）,胡杨树干内存液中潜在新种的发现率高达总分离检测菌株的16.13 % 。本研究获得的胡杨可培养内生细菌的群落结构数据给植物内生细菌新增了10个属,18个种。【结论】胡杨具有多样性极其丰富的可培养内生细菌菌种资源,土著新种的发现频率超出了预期,胡杨可培养内生细菌的群落结构极大地刷新了植物内生细菌的种群记录,极具进一步发掘的潜力。     

黑龙江大豆胞囊线虫胞囊可培养细菌多样性

【目的】了解黑龙江省大豆田大豆胞囊线虫胞囊可培养细菌的多样性。【方法】运用稀释平板法和16SrDNA基因序列的系统发育分析对胞囊可培养细菌多样性进行研究。【结果】用NA培养基从胞囊上分离90株具有不同菌落形态的细菌。16S rDNA序列分析结果表明:90株菌株分属于7个属22个种。46株属于变形菌门γ亚群(Gammaproteobacteria),32株属于厚壁菌门(Firmicutes),10株属于变形菌门β亚群(Betaproteobacteria),2株属于变形菌门ɑ亚群(Alphaproteobacteria)。假单胞菌属(Pseudomonas)和芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌属。【结果】黑龙江省大豆胞囊线虫胞囊中存在丰富的细菌物种多样性,这些细菌对大豆胞囊线虫可能具有一定的生理生态作用。     

宁夏黄土高原马铃薯连作栽培对土壤可培养细菌遗传多样性的影响

采用平板培养、BOXAIR-PCR和16S rDNA RFLP技术对宁夏黄土高原马铃薯连作栽培土壤可培养细菌遗传多样性进行研究。结果表明,4个连作年限2个生育期8份土样共分离到91株细菌菌株, BOXAIR-PCR分析发现,91株细菌菌株的遗传相似系数为0.531～0.939,相同连作年限不同生育期根际土细菌菌群分布不同,不同连作年限同一生育期根际土细菌菌群的分布也不同,随着连作年限增加,可培养细菌遗传多样性呈现下降趋势;结合16S rDNA 的序列分析,从91株菌株中筛选出的41个代表菌株可分为23个物种,分属于细菌域的12个属,其中,芽孢杆菌属（Bacillus）占同一连作年限菌株数的53.6%。连作导致土壤细菌菌群结构发生变化,出现各自特有的菌属。系统发育分析表明,23个细菌物种分布于6个系统发育群。     

紫藤蚜肠道细菌的分离及鉴定

目的 依据微生态学原理,针对紫藤蚜的肠道细菌进行分离鉴定,为探索紫藤蚜的营养生理与肠道细菌之间的关系等提供理论依据.方法 利用传统的分离培养方法对紫藤蚜5株肠道细菌的生理生化性状进行系统研究,并针对细菌16SrDNA保守区设计通用引物进行PCR扩增、测序,将获得的16S rDNA序列与美国NCBI信息中心数据库中的发表序列细菌进行比对,分析克隆群中细菌的种属.结果 分离纯化得到的5株细菌经过鉴定,其中1、2、3号菌属于蜡状芽孢杆菌属(Bacillus cereus)、4号菌为沙雷菌属(Serratia bzio)、5号菌为枯草芽孢杆菌属(Bacillus subtilis).结论 本研究为进一步探讨紫藤蚜生长发育与肠道细菌的关系以及深入研究菌株提供工作基础.     

广东和广西地区柑橘木虱内生细菌的分离鉴定及多样性分析

[目的] 基于广东和广西地区柑橘木虱内生细菌的分离培养及分子鉴定,明确柑橘木虱可培养内生细菌的多样性,为研究内生细菌与柑橘木虱互作、筛选潜在的共生控制候选细菌提供基础。[方法] 采用虫体捣碎和涂布平板法分离柑橘木虱内生细菌,在线BLAST分析菌株的16S rDNA序列,鉴定内生细菌的种属,并构建优势菌群的系统发育进化树和韦恩图。[结果] 共获得114株柑橘木虱内生细菌,归为细菌界的3个门的15个属,其中芽孢杆菌属59株为优势菌群,占分离细菌总数的51.75%;假单胞菌属14株,占分离细菌总数的12.28%;泛菌属10株,占分离细菌总数的8.77%;其他细菌占分离细菌总数的27.19%。[结论] 芽孢杆菌属细菌广泛分布在两广地区的柑橘木虱体内,值得作为潜在的候选细菌进行共生控制柑橘木虱的研究。     

亚洲韧皮杆菌兼性厌氧型伴生细菌鉴定及优势菌群分析

以定向分离培养和基于16S rDNA的PCR-DGGE (Denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)方法, 分析感黄龙病柑橘与健康柑橘植株不同部位的内生细菌多样性, 分离柑橘组织共获得19株可培养的兼性厌氧型内生细菌, 经形态、生理生化结合16S rDNA分子方法鉴定其隶属于12个属, 其中短小杆菌属Curtobacterium sp. (IF: 29.07%)、芽孢杆菌属Bacillus sp. (IF: 23.12%)和微杆菌属Microbacterium sp. (IF: 21.09%)为罹病植株的优势菌群, 芽孢杆菌属Bacillus sp. (IF: 21.03%)、动性球菌属Planococcus sp. (IF: 20.69%)和假单胞菌属Pseudomonas sp. (IF: 17.44%)为无症健株的优势菌群。对DGGE方法得到的50条16S rDNA目标条带进行序列比对, 共鉴定出9个属的细菌, 结果表明沙雷氏菌属Serrations sp. (IF: 28%)是优势菌属, 泛菌属Pantoea sp. (IF: 14%)是次优势菌属; 病果桔络中黄龙病菌含量最高(>1%), 而罹病植株其他部位的黄龙病菌丰度较低。PCR-DGGE 图谱也显示感病和健康柑橘组织的内生细菌存在差异。     

天目山野生春兰根中可培养内生细菌多样性研究

为了解春兰植物内生细菌的多样性,采用稀释涂布法对表面灭菌的天目山野生春兰根内生细菌进行分离培养。通过R2A和TSA两种培养基共分离获得63株内生细菌。对16S rDNA序列测定结果进行系统发育分析可知,63株细菌分属于β-变形菌纲(31.74%)、γ-变形菌纲(7.94%)及厚壁菌门(60.32%)。其中厚壁菌门为最优势类群,芽孢杆菌属为最优势菌属,占分离总菌数的50.79%。天目山野生春兰根内生细菌多样性指数为1.56。结果表明,初春季节天目山野生春兰根内生细菌多样性较低。     

塔里木胡杨林可培养胡杨内生细菌多样性与群落结构的时空演变格局

阐明塔河,Kiyik河,Ugan河这3条河胡杨内生细菌多样性及群落结构时空演变格局。2011年5月上旬与9月下旬从Kiyik,Ugan古河道和塔河主河道的6个采样位点采集24棵树的胡杨茎秆内存液样,用4种培养基分离纯化了588株胡杨内生细菌。16S r DNA序列分析表明,588株细菌分别属于6大类群:γ-变形菌纲(50.17%),厚壁菌门(34.58%),放线菌门(10.17%),α-变形菌纲(4.24%),拟杆菌门(0.50%),β-变形菌纲(0.34%),47个属,114种。其中有211株菌的16S r DNA相似率98.0%,它们分别属于19个属的41个物种,是胡杨林本源的潜在新菌种。假单胞菌属(29.76%)和芽孢杆菌属(19.05%)为优势属。与Pseudomonas xinjiangensis相聚类的潜在新种(74株,12.585%)是本源优势菌种。辛普森多样性指数显示,Kiyik河多样性指数为0.931,塔河为0.935;Ugan河最高,为0.969。香农-威纳均匀度指数表明,Ugan河的分布最均匀,均匀度指数为0.8570;塔河次之,为0.8314;Kiyik河最低,为0.7937。时空变化对比分析表明:整体上塔里木胡杨林内生菌群落结构的原生态状态保持较好,较少地遭受到外来优势菌群的侵染。其中,Kiyik古河道的内生菌群落结构保持原生态最好,很少受外来菌群的清洗与取代;Ugan河次之,内生菌群落结构发生了一定程度的变迁;塔河主河道细菌群落结构发生了较大程度的改变,被人类活动带来的外来常见优势菌群生态冲刷的趋势明显。     

芦笋老茎堆肥中嗜热细菌的分离与鉴定

利用稀释涂布法对芦笋老茎堆肥不同发酵阶段6个样品中的嗜热细菌进行分离,并采用16S rDNA序列分析方法对分离得到的菌落形态有明显区别的22株细菌进行鉴定.根据16S rDNA序列分析结果,22株细菌菌株中13株属于芽胞杆菌属(Bacillus),1株属于类芽胞杆菌属(Paenibacillus),4株属于假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas),1株属于肠杆菌属(Enterobacter),1株属于副球菌属(Paracoccus),1株属于短芽胞杆菌属(Brevibacillus),菌株D-b2在GenBank数据库中未找到与其相似的已知细菌属的序列,分类地位待定.从以上鉴定结果可以看出,芦笋老茎堆肥中的优势嗜热细菌主要是芽胞杆菌(Bacillus spp.)和假黄色单胞菌(Pseudoxanthomonas spp.).     

Acinetobacter marinus sp. nov. and Acinetobacter seohaensis sp. nov., isolated from sea water of the Yellow Sea in Korea

Two Gram-negative, nonmotile, coccobacilli, SW-3T and SW-100T, were isolated from sea water of the Yellow Sea in Korea. Strains SW-3T and SW-100T contained ubiquinone-9 (Q-9) as the predominant respiratory lipoquinone and C18:1 omega9c and C16:0 as the major fatty acids. The DNA G+C contents of strains SW-3T and SW-100T were 44.1 mol% and 41.9 mol%, respectively. A neighbor-joining tree based on 16S rRNA gene sequences showed that the two isolates fell within the evolutionary radiation enclosed by the genus Acinetobacter. Strains SW-3T and SW-100T exhibited a 16S rRNA gene similarity value of 95.7% and a mean DNA-DNA relatedness level of 9.2%. Strain SW-3T exhibited 16S rRNA gene sequence similarity levels of 93.5-96.9% to the validly described Acinetobacter species and fifteen Acinetobacter genomic species. Strain SW-100T exhibited 16S rRNA gene sequence similarity levels of less than 97.0% to the other Acinetobacter species except Acinetobacter towneri DSM 14962T (98.0% similarity). Strains SW-3T and SW-100T exhibited mean levels of DNA-DNA relatedness of 7.3-16.7% to the type strains of some phylogenetically related Acinetobacter species. On the basis of phenotypic, phylogenetic, and genetic data, strains SW-3T and SW-100T were classified in the genus Acinetobacter as two distinct novel species, for which the names Acinetobacter marinus sp. nov. (type strain SW-3T=KCTC 12259T=DSM 16312T) and Acinetobacter seohaensis sp. nov. (type strain SW-100T=KCTC 12260T=DSM 16313T) are proposed, respectively.     

Ecological Significance of Microdiversity: Coexistence Among Casing Soil Bacterial Strains Through Allocation of Nutritional Resource

A combination of cultivation-based methods with a molecular biological approach was employed to investigate whether bacteria with identical 16S rRNA gene sequences can represent distinct eco- and genotypes. A set of eight bacterial strains wherein three were Pseudomonas putida and rest were Acinetobacter calcoaceticus, were isolated from casing soils community by conventional plating. These strains had identical 16S rRNA gene sequences and represented the dominant phylotype in the plateable fraction. Each strain utilized a specific combination of 154 carbon substrates, and the niche overlap indices were low, suggesting that each strain occupied a different ecological niche. Our results have implications for assessment of the diversity and biogeography of bacteria and increase the perception of natural diversity beyond the level of 16S rRNA gene sequences. It is worthwhile approach to explore prokaryotic diversity in different ecological niches.     

北极苔原土壤中可培养细菌的分离及其抗菌活性测定

【目的】北极地区具有高纬度、低温、高辐射等独特的环境条件。北冰洋及周围大面积的陆地区域鲜有人类踪迹,其中微生物数量不可低估。本研究旨在了解北极土壤中的可培养微生物的多样性及其抗菌活性。【方法】对来源于北极黄河站附近的7份不同植物根下苔原土壤进行直接涂布和富集培养后涂布。【结果】共获得细菌菌株721株,对其中608株进行细菌16S rRNA基因序列测定,归属于86个属,229个种,主要分布于变形菌门(Proteobacteria,54.3%)、放线菌门(Actinobacteria,21.2%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,12.8%)、厚壁菌门(Firmicutes,10.0%)和奇异球菌门(Deinococcus-Thermus,1.6%)。其中从16S rRNA基因序列同源性推测有22株细菌菌株为潜在新种/属。从分离菌株中筛选出16株可抑制金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)或鲍氏不动杆菌(Acinetobacterbaumannii)生长的拮抗菌。【结论】获得了北极土壤地区特有的微生物菌株资源,为进一步筛选拮抗菌的活性物质提供了菌株基础。     

安徽定远盐矿可培养嗜盐微生物多样性

【背景】嗜盐微生物多生活于高盐环境,具有独特的生理代谢特征,是一类重要的极端环境微生物资源。【目的】为更好地认识我国陆相盐矿的嗜盐微生物多样性组成,更好地开发利用嗜盐微生物资源积累丰富的微生物菌种。【方法】对安徽定远盐矿盐芯样品进行嗜盐微生物的纯培养分离,并对所分离菌株进行基于16SrRNA基因的测序和序列相似性分析,并对所分离菌株进行物种多样性分析。在此基础上,对代表菌株进行菌落形态和耐盐度及酶活测定。【结果】通过纯培养共分离获得了嗜盐微生物264株,其中嗜盐古菌150株,占56.8%;嗜盐细菌114株,占43.2%。嗜盐古菌物种分别来自于Halorubrum、 Halopenitus、 Haloterrigena、 Natrinema、 Natronoarchaeum和Natronomonas等6个属;嗜盐细菌物种分别来自于Pseudomonas、Aliifodinibius、Halobacillus、Halomonas和Halospina等5个属。通过代表菌株的酶活平板检测,发现产胞外蛋白酶菌株1株,酯酶1株,淀粉酶2株;能液化明胶菌株2株。在物种多样性组成方面,发现嗜盐古菌的物种多样性指数高于嗜盐细菌。【结论】本研究对我国安徽定远陆相盐矿的可培养嗜盐微生物多样性进行探究,积累了丰富的嗜盐微生物菌株资源。     

代表性差异分析比较两株来自不同地区的猪源Lactobacillus菌株

[目的]对分离自猪肠道的乳酸杆菌S1菌株进行鉴定,并比较该菌株与同种的001T菌株的基因差异.[方法]对S1菌株进行16S rRNA基因序列分析和种特异PCR检测,并且对S1菌株和Lactobacillus sobrius 001T进行代表性差异分析(Representational difference analysis,RDA).[结果]16S rRNA基因序列分析表明,与S1菌株最相似的已知菌为L.sobrius.变性梯度凝胶电泳分析显示,仔猪空、回肠细菌图谱中有一与S1菌株有相同迁移位置的优势条带,克隆、测序鉴定表明,与该条带相匹配的16S rRNA基因克隆(Clone S)的最相似已知菌也为L.sobrius.16S rRNA基因系统进化分析表明,S1菌株与Clone S和L.sobrius 16S rRNA基因序列同源性分别为99.8%和99.6%.L.sobrius特异性引物也可以扩增S1株菌的16S rRNA基因的特定片段.因此S1菌株可被确定为Lsobrius.RDA对菌株S1和同种的猪源L.sobrius 001T菌株的基因差异进行分析,未发现这两株菌的基因组差异.[结论]猪肠道乳杆酸菌S1菌株属于L.sobrius,其与猪源L sobrius 001T菌株为相似菌株.     

How close is close: 16S rRNA sequence identity may not be sufficient to guarantee species identity.

16S rRNA (genes coding for rRNA) sequence comparisons were conducted with the following three psychrophilic strains: Bacillus globisporus W25T (T = type strain) and Bacillus psychrophilus W16AT, and W5. These strains exhibited more than 99.5% sequence identity and within experimental uncertainty could be regarded as identical. Their close taxonomic relationship was further documented by phenotypic similarities. In contrast, previously published DNA-DNA hybridization results have convincingly established that these strains do not belong to the same species if current standards are used. These results emphasize the important point that effective identity of 16S rRNA sequences is not necessarily a sufficient criterion to guarantee species identity. Thus, although 16S rRNA sequences can be used routinely to distinguish and establish relationships between genera and well-resolved species, very recently diverged species may not be recognizable.     

海南西海岸真红树内生细菌多样性及其延缓衰老活性研究

该文设计9种分离培养基,采用稀释涂布法从14份真红树植物的46份组织样品中分离纯化内生细菌。并基于菌株形态学特征和16S rRNA基因序列确定分离菌株的种属及分析其物种多样性,采用秀丽隐杆线虫模型筛选菌株延缓衰老活性。结果表明:(1)通过基因序列去重复后从46份真红树植物组织样品中获得32株海洋细菌,基于菌株16S rRNA基因序列信息分析,覆盖12科17属,其中芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌属,并获得1株疑似橙单胞菌属(Aurantimonas)新种,16S rRNA基因序列相似性低于97%;(2)经过秀丽隐杆线虫粗筛发现3株海洋细菌具有显著延缓线虫衰老的活性(P0.05)。以上结果表明海南西海岸真红树内生细菌具有物种多样性,部分菌株具有延缓线虫衰老活性。     

大连湾原油降解菌的分离和多样性分析

[目的]研究大连湾原油污染海域可培养原油降解菌的多样性,并获得新的原油降解菌.[方法]通过大连湾海水、海泥和海绵样品采集,以原油作为唯一碳源,培养、富集、分离筛选原油降解菌,根据16S rRNA基因序列确定其系统进化地位.[结果]通过形态观察和16S rRNA基因分析,共获得22个属的50株菌.其中,有6株菌的16S rRNA序列与最相近的菌株序列一致性仅为95％-97％,可能是潜在的新菌.单菌实验表明,45株菌具有石油降解能力.[结论]揭示了大连湾可培养原油降解菌的多样性,并获得了新的原油降解菌,为海洋石油污染的生物治理提供新资源.     

广西三种真红树植物可培养细菌多样性及其生物活性初筛

为了挖掘真红树植物潜在细菌新物种和生物活性物质,丰富红树林微生物多样性,为新型活性产物开发提供菌株资源。该文从秋茄、木榄和红海榄三种广西来源的真红树植物及其生境中,按根、茎、叶、花、果实和泥土分成22份样品,选用8种不同培养基分离可培养细菌,通过16S rRNA基因序列鉴定,分析其多样性,采用纸片法筛选细菌发酵粗提物的抑菌活性,点植法测试其酶活性。结果表明:(1)共分离获得可培养细菌35株,隶属于23个科28个属,芽孢杆菌属占细菌总数的14.3%,为优势菌属,同时发现11株潜在的新细菌资源。(2)活性筛选获得4株细菌具有抑菌活性,16株细菌具有酶活性,芽孢杆菌属是酶活性优势菌属。综上所述,广西真红树植物可培养细菌多样性丰富,部分细菌具有抑菌活性和酶活性,在新型抗生素和酶应用方面具有一定的开发潜力。     

Naturally transformable Acinetobacter sp. strain ADP1 belongs to the newly described species Acinetobacter baylyi

Genotypic and phenotypic analyses were carried out to clarify the taxonomic position of the naturally transformable Acinetobacter sp. strain ADP1. Transfer tDNA-PCR fingerprinting, 16S rRNA gene sequence analysis, and selective restriction fragment amplification (amplified fragment length polymorphism analysis) indicate that strain ADP1 and a second transformable strain, designated 93A2, are members of the newly described species Acinetobacter baylyi. Transformation assays demonstrate that the A. baylyi type strain B2(T) and two other originally identified members of the species (C5 and A7) also have the ability to undergo natural transformation at high frequencies, confirming that these five strains belong to a separate species of the genus Acinetobacter, characterized by the high transformability of its strains that have been cultured thus far.