银北盐渍化土壤中6种耐盐植物根际细菌群落结构及其多样性

土壤微生物对土壤肥力的形成和植物营养的转化起着积极的作用。对盐渍化土壤中植物根际微生物群落组成和多样性进行研究,有助于发现新的重要微生物功能类群或者功能潜力,对于盐碱土壤的植被恢复和生态重建都具有十分重要的意义。通过高通量测序和分离培养方法,对宁夏银北地区盐渍化土壤中的6种耐盐植物根际细菌的群落结构和多样性进行了分析。结果表明:所有土壤样品共检测到31门(亚门) 67纲253科400属细菌类群,不同植物根际微生物群落组成相似,但丰度各有差异,厚壁菌门、变形菌门、放线菌门和拟杆菌门为主要优势类群;在纲水平芽孢杆菌纲相对丰度最高,其次为α-变形菌、γ-变形菌和梭菌纲;在属水平上,芽孢杆菌属以极高的丰度(15.57%—53.85%)占据绝对优势,其次是鞘氨醇单胞菌属、不动杆菌属和节杆菌属。6种植物根际细菌的群落结构组成表现为芨芨草和柽柳相似,柳枝稷、苜蓿与枸杞相似,苦豆子则与另外5种差别最大。分离培养出的110株根际细菌多数具有较强的盐碱耐受性和一种以上生物学活性,分别隶属于芽孢杆菌属、假单胞菌属、鞘氨醇杆菌属、节杆菌属和中华根瘤菌属,在属水平上多样性单一,其中芽孢杆菌属是优势属。传统的分离培养和高通量测序结果都反映出银北地区盐渍化土壤中定殖着许多有重要生态功能的微生物类群,可用于进一步筛选和利用根际微生物改良盐碱土壤。     

金川镍矿可培养细菌的多样性及耐镍菌株筛选

目的:了解金川镍矿可培养细菌的多样性和分离筛选有较高镍耐受性的菌株.方法:2007年8月从金川镍矿采集土壤样品,经过在TSA固体培养基上稀释涂布和划线分离得到55株纯培养菌株,对分离的所有菌株均提取基因组DNA,利用通用引物27F和1492R扩增得到16S rDNA的序列并测序,同时利用含不同浓度镍离子的MH培养基对所分离的菌株做了MIC分析.结果:55株菌属于11个属14个分类单元(16S rDNA序列相似性在97%以上为同一个分类单元),其中2株属于变形菌门γ亚群(Gammaproteobaaeria)(3.6%)、3株属于变形菌门α亚群(Alphaproteobacteria)(5.5%)、12株属于厚壁菌门(Firmicutes)(21.8%)、38 株属于放线菌门(Actinobacteria)(69.1%),优势菌是节杆菌属(60%),其中菌株C4、D3、D7的MIC最高达到20mmol/L.结论:金川镍矿有着较丰富的细菌多样性,菌株C4、D3、D7有潜在的应用价值.     

黑龙江大豆胞囊线虫胞囊可培养细菌多样性

【目的】了解黑龙江省大豆田大豆胞囊线虫胞囊可培养细菌的多样性。【方法】运用稀释平板法和16SrDNA基因序列的系统发育分析对胞囊可培养细菌多样性进行研究。【结果】用NA培养基从胞囊上分离90株具有不同菌落形态的细菌。16S rDNA序列分析结果表明:90株菌株分属于7个属22个种。46株属于变形菌门γ亚群(Gammaproteobacteria),32株属于厚壁菌门(Firmicutes),10株属于变形菌门β亚群(Betaproteobacteria),2株属于变形菌门ɑ亚群(Alphaproteobacteria)。假单胞菌属(Pseudomonas)和芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌属。【结果】黑龙江省大豆胞囊线虫胞囊中存在丰富的细菌物种多样性,这些细菌对大豆胞囊线虫可能具有一定的生理生态作用。     

印度块菌-云南松菌根际土壤细菌的种群组成和群落结构

以印度块菌-云南松菌根际土壤细菌为研究对象,研究其种群组成和结构特征。(1)稀释平板法分离得到印度块菌-云南松菌根际土壤细菌的纯培养菌株,对菌株的16S rRNA序列测序分析,对测序的菌株数量和得到的OTUs数量绘制物种累积曲线,当物种累积曲线趋于平缓时,对OTUs进行系统发育分析,揭示可培养细菌的种群组成和结构特征。(2)对印度块菌-云南松菌根际土壤细菌16S rRNA基因的V3—V4区进行高通量测序,分析全部细菌类群的种群组成和结构特征。(1)分离得到菌根际可培养细菌793株,分属于3个属的61个OTUs,其中假单胞菌属(Pseudomonas)序列占总序列的86%,不动杆菌属(Acinetobacter)序列占总序列的9.8%,链霉菌属(Streptomyces)序列占总序列的6.5%。假单胞菌是印度块菌-云南松菌根际土壤可培养细菌的绝对优势类群。(2)高通量测序得到菌根际细菌序列8937条,分属于20个门、198属、2073个OTUs。隶属于变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)的OTUs占总OTUs的65.9%,变形菌门、放线菌门和酸杆菌门细菌是印度块菌-云南松菌根际土壤细菌的优势细菌。隶属于黄杆菌属(Flavobacterium)、根瘤菌属(Rhizobium)和假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomona)的OTUs占总OTUs的33%,黄杆菌属、根瘤菌属和假黄色单胞菌属细菌是印度块菌-云南松菌根际土壤细菌的优势属。印度块菌-云南松菌根际土壤可培养细菌多样性较低,假单胞菌属细菌占据绝对优势地位。印度块菌-云南松菌根际土壤细菌类群具有较高的多样性,物种种类丰富,优势菌群集中。     

再生水灌溉对草坪根际可培养细菌组成影响

【目的】为了了解再生水灌溉对草坪根际可培养细菌群落组成的影响,【方法】采用稀释平板法,对北京市陶然亭公园内再生水灌区及其对照自来水灌区草坪根际细菌进行了分离,并对其16S rDNA序列进行了分析。【结果】16S rDNA序列分析表明自来水样品分离得到的菌落分属于15个属的20个种,而再生水样品分离得到的菌落分属于18个属的24个种。自来水和再生水灌区草坪根际细菌主要包括变形菌门α亚群(Alphaproteobacteria,分别为9.7%和13.4%)、变形菌门β亚群(Betaproteobacteria,分别为8.1%和12.3%)、变形菌门γ亚群(Gammaproteobacteria,分别为17.9%和42.0%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,分别为13.0%和2.9%)、厚壁菌门(Firmicutes,分别为23.6%和10.1%)和放线菌门(Actinobacteria,分别为27.6%和19.6%)其中,芽孢杆菌属(Bacillus sp.)是自来水灌区草坪根际优势菌属(23.6%),而不动杆菌属(Acinetobacter sp.)是再生水灌区根际优势菌属(17.4%)。从不同类群优势菌属看,除变形菌门γ亚群受再生水影响优势菌属在两灌区表现出一定的差异外,其余各亚群优势菌属均未受再生水影响,其中,不动杆菌属是再生水灌区变形菌门γ亚群的优势菌属(41.3%),肠杆菌属(Enterobacter sp.)是自来水灌区变形菌门γ亚群的优势菌属(45.4%)。【结论】这表明,再生水灌溉未改变细菌群落组成类型,但改变了不同类型多度分布状况。具体表现为优势种多度值增加及部分非优势种有无。再生水灌区特有机会性致病菌、植物致病菌和重金属耐性细菌的出现表明再生水灌溉中病原微生物及重金属的控制工作还有待于进一步严格。     

药用植物刺山柑不同部位细菌群落结构及其多样性

【目的】研究传统药用植物刺山柑（Capparis spinosa L.）不同部位细菌群落结构、物种组成和多样性特征,为药用植物微生物资源的开发及微生物与宿主互作提供理论依据。【方法】本研究以刺山柑地上部植物组织（果实、茎）和地下部土壤（根际土壤、非根际土壤）为研究材料,采用高通量测序技术分析刺山柑不同部位细菌的16S rRNA基因多样性,比较其细菌群落结构和物种组成特征。【结果】刺山柑4种样本共获得的3 649个操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）,属于34门、88纲、248目、464科和1 051属。土壤样本的细菌多样性大于植物组织,细菌群落多样性以根际土壤、非根际土壤、茎和果实的顺序逐渐降低,果实内生细菌群落多样性始终最低,显著低于根际土壤。不同部位相对丰度较高的细菌门如下：植物组织中以变形菌门为主,根际土壤中为变形菌门和放线菌门,非根际土中为厚壁菌门和放线菌门。无色杆菌属（Achromobacter）、欧文氏菌属（Erwinia）、肠球菌属（Enterococcus）、微小杆菌属（Exiguobacterium）、乳杆菌属（Lactobacillus）和克雷伯氏菌属（Klebsiella）主要存在于刺山柑植物组织中。游动球菌属（Planomicrobium）、库克菌属（Kocuria）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、链霉菌属（Streptomyces）、微枝形杆菌属（Microvirga）和节杆菌属（Arthrobacter）主要分布于土壤中。β多样性分析结果表明,刺山柑植物组织和土壤的细菌群落结构具有显著差异,同类型样本的细菌群落结构相似。【结论】刺山柑土壤样本中细菌群落的多样性和丰富度均高于植物组织,刺山柑不同部位的细菌群落组成不同。本研究对刺山柑不同部位细菌群落结构进行了初步分析,鉴定了各部位细菌群落中的核心菌群,为以后挖掘刺山柑的功能研究和利用提供了准确的微生物信息。     

毛竹根际可培养微生物种群多样性分析

[目的]为了了解天然毛竹林根际可培养微生物种群的多样性信息,[方法]采用稀释平板法,对浙江天目山和重庆缙云山天然毛竹林根际细菌和放线菌进行了分离,并对其16S rDNA序列进行了分析.[结果]分别从天目山和缙云山天然毛竹林根际分离得到51株和31株菌落形态差异的细菌和放线菌.16S rDNA序列分析表明,天目山和缙云山毛竹根际细菌主要包括厚壁菌门(Firmicutes,分别为40%和58%)、放线菌门(Actinobacteria,分别为36.7%和10.52%)、变形菌门-亚群(Alphaproteobacteria,分别为10%和5.26%)和变形菌门 --亚群(Gammaproteobacteria,分别为10%和26.32%),其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)为共同的优势菌属(分别为34.38%和42.11%).分离的菌株中,B188、B171和B152等6株与GenBank中已报道16S rRNA基因序列的相似性从90%到96%不等,可能代表着新属或种.[结论]这表明,天然毛竹林根际具有较为丰富的可培养微生物种群多样性,并存在一些潜在的新的微生物菌种资源.     

牛蒡根际可培养细菌多样性和镉耐性初步分析

从牛蒡根际土壤中分离可培养细菌,进行多样性分析,并对镉耐受性菌株进行筛选及其抗性和种群多样性进行了分析。限制性内切酶多态性分析显示,分离的菌株可分为9个操作分类单元(OUT),分别属于变形菌门、厚壁菌门和放线菌门,分属于6个科,9个属,其中隶属于肠杆菌属、芽胞杆菌属和假单胞菌属的是优势物种。分离到的耐镉菌株分别属于Bacillus subtilis、Enterobacter aerogenes、Enterobacter ludwigi、Klebsiellasp.、Pectobacterium carotovorum、Pseudomonassp.,而Pectobacterium carotovorumNP22、Enterobacter ludwigii NP23、Pseudomonassp.NP39三菌株可在Cd2+浓度为400 mg/L固体培养基上生长。     

伊犁河流域春季可培养细菌多样性及其胞外酶检测

利用可培养法对新疆伊犁河流域水体和沉积物中细菌多样性进行分析，以期初步阐明流域河流可培养细菌群落结构。采用5种琼脂培养基分离纯化可培养细菌，依据其16S rRNA基因序列进行系统发育分析，并运用平板法对纯化菌株的胞外酶产生情况进行检测。序列分析结果表明，225株细菌分别属于变形菌门γ亚群(Gamma-pseudomonadota, 56.44%)、放线菌门(Actinomycetota, 18.22%)、厚壁菌门(Firmicutes, 14.22%)、变形菌门α亚群(Alpha-pseudomonadota, 4.89%)、变形菌门β亚群(Beta-pseudomonadota, 4%)、拟杆菌门(Bacteroidota, 0.44%)和异常球菌-栖热菌门(Deinococcota, 0.44%)等7个大的系统发育类群，41个属84个种。其中假单胞菌属(Pseudomonas,42.22%)、不动杆菌属(Acinetobacter,9.33%)和芽胞杆菌属(Bacillus,9.33%)为优势菌属。菌种分布结果显示，伊犁河流域主要支流和干流中可培养细菌地域分布性强。分离菌株产胞外酶...     

桐花树内生和根际细菌多样性及抗血栓活性研究

红树植物内生菌在红树共生体的物质循环、能量传递和健康维护等方面起着重要作用。为探究红树植物内生菌的多样性,进一步揭示内生菌在红树共生体的功能多样性提供菌种资源,该研究选择6种分离培养基和采用传统稀释涂布法对从广西北海滩涂上采集的桐花树组织和根际土壤样品进行分离,对获得的可培养细菌进行多样性分析,并通过体外溶栓实验筛选出具有抗血栓活性的菌株。结果表明:(1)基于16S rRNA基因序列系统进化分析,从桐花树组织和根际土壤中共获得125株细菌;分布于变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes) 3个门27个科39个属74个种中,芽孢杆菌属为优势菌属,菌株数量占13.5%。(2)抗血栓活性实验表明,初筛获得18株具有抗血栓活性细菌,总阳性率为24.32%;将初筛有活性的菌株进行复筛和重复验证实验,进一步验证其活性,结果复筛出3株细菌B1850、B1989和B2632具有很强抗血栓活性。综上所述,广西北海滩涂上红树植物桐花树中存在丰富的可培养细菌资源,具有从中挖掘新的纤溶酶和开发溶血栓药物的潜力。     

Enumeration and presumptive identification of some functional groups of bacteria in the rumen of dairy cows fed grass silage-based diets

Abstract Samples of rumen ingesta from two rumen-fistulated dairy cows fed grass silage-based diets were examined for numbers and types of bacteria that developed colonies on rumen fluid-agar media designated to support the growth of (a) a wide range of species, (b) cellulolytic bacteria, (c) lactate-fermenting bacteria, (d) non-fermentative bacteria. The most numerous species was Bacteroides ruminicola followed by Butyrivibrio fibrisolvens . The most abundant cellulolytic species were Eubacterium cellulosolvens and Ruminococcus flavefaciens. Megasphaera elsdenii and Selenomonas ruminantium were important lactate fermenters but an unidentified bacterium that grew poorly on maintenance medium was by far the most numerous among bacteria isolated from lactate-containing medium. One strain remained sufficiently viable to show that it fermented lactate to propionate and acetate.     

解钾菌与解磷菌及固氮菌的相互作用

微生物是土壤肥力的核心 ,土壤中的微生物不仅数量巨大 ,而且种类极多 ,许多微生物对土壤Ｎ ,Ｐ和Ｋ等养分的转化和供给起非常重要的作用。目前 ,研究比较多的主要有解钾菌、解磷菌和固氮菌。能够使土壤中矿物态钾转化为有效形态的细菌 ,目前发现的主要有扭脱芽胞杆菌 (Ｂａｃｉｌｌｕｓｅｘ ｔｏｒｑｕｅｎｓ)、胶质芽胞杆菌 (Ｂ .ｍｕｃｉｌｇｉｎｏｓｎｓ)、环状芽胞杆菌 (Ｂ .ｃｉｒｃｕｌａｎｓ) [1,2 ] 等 ,这些细菌有些同时能使矿物态的Ｐ转化为有效形态。能够使土壤中无效态磷转化为有效态磷的微生物种类也很多 ,研究比较多的是假单…     

Aerobic and anaerobic microbial consumption of hydrogen in geothermal spring water

Abstract Hydrogen consumption was measured in hot geothermal water from two ponds of the San Federigo solfatara, Tuscany, Italy, where emanation gases contained approx. 4% H₂. H₂ consumption was completely inhibited by NaOH and partially by HgCl₂ indicating microbial utilization. Aerobic and anaerobic H₂ consumption activities coexisted in the same water with aerobic activity being higher in one pond and anaerobic activity in the other. The kinetics of H₂ consumption were consistent with those of 'Knallgas', methanogenic or sulfidogenic bacteria.     

海洋滩涂沉积物环境中几类主要细菌的动态分布

目的研究宁波市宁海县贝类养殖滩涂中异养细菌、反硝化细菌、氨化细菌和硫酸还原菌等几类细菌的动态分布及异养细菌的菌群组成。方法异养细菌的计数采用平板菌落计数法;反硝化细菌、氨化细菌和硫酸还原菌的计数采用MPN法;并参照Oliver提供的海洋细菌鉴定检索图、《海洋调查规范》和《一般细菌常用鉴定方法》提供的图式将分离到的细菌鉴定至属。结果滩涂沉积物环境中异养细菌的数量波动在8.00×103~7.60×104CFU/g(湿重),反硝化细菌的数量变动在5.00×102~5.00×104个/g(湿重),氨化细菌的数量变动在3.00×105~5.00×107个/g(湿重),硫酸还原菌的数量分布在9.00×104~9.00×106个/g(湿重),温度的变化对这几类细菌的数量分布没有直接的影响。所分离的细菌经过鉴定,可归于15个属与肠杆菌科的部分属,其中肠杆菌科(Enterobacteriaceae)的部分属、梭状芽胞杆菌属(Clostridium)、芽胞杆菌属(Bacillus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、发光杆菌属(Photobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)等为优势菌属。沉积物中氨化细菌、反硝化细菌和硫酸还原菌的检出率均为100%,且含量很高。结论经过多年不间歇的养殖后,宁海贝类养殖滩涂已经不同程度地受到了污染,应尽快调整养殖容量并对养殖环境进行重新布局。     

Mini-review of the concentration variations found inthe alfresco atmospheric bacterial populations

Variations in the atmospheric surface layer's culturable, and to a lesser extent, total bacteria-associated atmospheric particlecharacteristics will be discussed in terms of (a)their temporal variation from 2 min resolutionthrough diurnal to annual periods, (b) the effect ofmeteorological conditions on their abundance andsize, (c) total to culturable bacterial ratio, and(d) the total number of bacteria per culturableparticle (e) bacterial survival in droplet/particles, and (f) the general particle size distribution including aerodynamic Count MedianDiameter (CMD).Meteorological and topographic conditions thatcontrol total and culturable bacteria-associatedatmospheric particle concentration will be presentedin terms of (a) precipitation, (b) wind direction,(c) time of day, (d) sky conditions (i.e., cloudy,sunny, rain, etc.), (e) season, and (f) atmosphericinversion conditions.Simulation models will be described that supporthypotheses of diurnal and annual concentrationcycles in the Earth's (and perhaps other planetaryatmospheres) atmospheric surface layer.     

Distribution of bacteria in the sediment of an oxbow tropical lake (Lagoa do Infernão,SP, Brazil)

The temporal distribution of bacteria on the surface sediment of the oxbow lake Lagoa do Infernão was studied over a period of one year using different techniques for bacterial counts. Several bacterial groups were differentiated, such a total bacteria and filamentous, heterotrophic, amylolytic, and lipolytic bacteria. The best defined temporal distribution pattern was obtained by total-AO bacterial counts, with a variation of 1.26 × 10¹⁰ to 8.58 × 10¹⁰ bacteria (g dw)^–1 during the dry and rainy seasons, respectively. The electrode potential (Eh) of the surface sediment ranged from – 148 mV during the rainy season to + 371 mV during the dry season. The variations detected on the surface sediment suggest a greater allochthonous contribution of material and bacteria resulting in high decomposing activity during the rainy season.     

微生物对油田污水-聚丙烯酰胺体系粘度的影响

比较了厌氧和曝气处理后的油田采出水配制聚丙烯酰胺溶液(采出水-聚丙烯酰胺体系)粘度及该体系中腐生菌,铁细菌和硫酸盐还原菌的数量变化。结果表明,曝气有利于聚合物溶液粘度的保持,粘度损失率明显低于厌氧采出水-聚合物体系。总体上,腐生菌或其代谢产物对聚合物粘度的影响很小;铁细菌可以利用聚合物生长,是破坏聚合物粘度的主要微生物类群;硫酸盐还原菌不能直接利用大分子量聚合物,可以利用小分子或分子链断裂的聚合物生长。     

Characterization of Communities of Heterotrophic Bacteria Associated with Healthy and Diseased Corals in Nha Trang Bay (Vietnam)

A comparative investigation of the heterotrophic microflora of 11 species of healthy corals and of white-band-diseased and yellow-band-diseased corals inhabiting the reefs of Nha Trang Bay (Vietnam), which has been exposed to anthropogenic impact, was performed. Fifty-nine strains of heterotrophic bacteria isolated on Y/K and Endo media were investigated and characterized. All the isolates were identified at the genus level by consideration of the results of analysis of their phenotypic properties, determination of the molar percent of G+C bases in their DNA, and the composition of the fatty acids of lipids. In the composition of the microflora of tissues of healthy corals, γ-proteobacteria prevailed, with halomonads being dominant among them. In addition, the gram-negative bacteria included Pseudomonas and Vibrio spp., members of the Cyto-phaga-Fla-vobacterium-Bacteroides (CFB) phylogenetic cluster, and Moraxella sp. The gram-positive bacteria revealed included Bacillus, Staphylococcus, Halococcus, and Micrococcus spp., and coryneform bacteria. In the composition of the microflora of the tissues of affected corals, bacteria of the family Enterobacteriaceae and of the genera Planococcus and Arthrobacter, which were not revealed in healthy hydrobionts, were found. The anthropogenic impact is not the sole factor determining the infection of corals.