黄渤海海域口虾蛄野生资源的种群遗传学研究

本研究通过扩增测序共获得了148条口虾蛄线粒体COⅠ基因序列,定义了52个单元型,其中存在63个变异位点。在黄渤海海域中,盐城口虾蛄种群的遗传多样性最高;渤海与黄海海域口虾蛄群体间遗传分化指数(Fst)为0.006 12。经MEGA 4.0软件计算得知11个种群间的遗传距离为0.0009~0.0057,而渤海与黄海两大海域间的遗传距离为0.0043。系统发生关系显示,渤海与黄海海域的单倍型呈交错聚集状态,说明两大海域间不存在显著的遗传分化。本次研究初步评估了两个海域的口虾蛄种群的遗传多样性水平,为渤海海域与黄海海域口虾蛄种质资源保护提供了基础资料。     

江苏连云港与盐城海域口虾蛄种群的遗传多样性

为了解口虾蛄野生种群的遗传多样性水平,采集了4个不同地理种群的口虾蛄44个样品,利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基序列为分子标记,初步分析了口虾蛄野生群体的遗传多样性及遗传结构。研究共获得627bp的COⅠ序列,检测到27个单倍型,30个变异位点。在4个种群中,燕尾港与射阳种群、赣榆与连岛镇种群、赣榆与燕尾港种群之间存在明显的遗传分化,但在贝叶斯系统树中未形成明显的地理分化格局;4个野生种群都有高的单倍型多样性水平和相对低的核苷酸多样性水平;歧点分布及中性检验均支持口虾蛄野生种群在历史上发生快速扩张事件。     

东海海域口虾蛄种群遗传多样性

为准确掌握中国沿海口虾蛄(Oratosquilla oratoria)种群遗传结构、合理开发利用其资源,采用线粒体DNA(mt DNA)细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)序列分析方法检测东海海域(庙子湖岛、南韭山、大陈岛、南麂岛)口虾蛄种群遗传多样性,并与黄渤海群体和南海群体进行比较分析(基因序列来源于Gen Bank)。经PCR扩增与测序获得100条658 bp的东海海域口虾蛄COⅠ基因序列,基于这些序列分析得到的变异位点数、单倍型数、单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为60、60、0.963±0.011和0.005 94±0.000 44,分析认为东海海域口虾蛄具有较高的单倍型多样性和较高的核苷酸多样性。单倍型分子系统树、分子方差分析及两两群体间的遗传分化系数(Fst)分析结果表明,东海海域口虾蛄遗传变异主要来自于群体内(Fst=﹣0.007 78,P0.05),各地理群体间遗传分化不显著,Fst值范围为﹣0.016 53~﹣0.009 08(P0.05),它们可能进行了一定程度的基因交流;通过与黄渤海群体及南海群体基因序列比较分析,口虾蛄东海群体、黄渤海群体与南海群体遗传变异主要来自于群体间(Fst=0.849 71,P0.01),且单倍型分子系统树存在2个显著分化的单倍型类群。东海群体与黄渤海群体间存在显著的遗传分化(Fst=0.884 58,P0.01),而与南海群体间不存在显著的遗传分化(Fst=0.020 44,P0.05),这种遗传结构模式可能与历史上的气候变化及所处海域海洋环境条件相关。建议今后对中国沿海口虾蛄资源进行开发利用时,将黄渤海群体看作一个管理单元,东海群体与南海群体看作一个管理单元。     

马鹿阿拉善亚种遗传多样性和群体结构

马鹿阿拉善亚种（Cervus elaphus alashanicus）又称阿拉善马鹿,目前仅分布于贺兰山地区,是我国马鹿亚种分布范围最狭窄的一个隔离种群。为了解阿拉善马鹿的种群遗传多样性及遗传变异情况,以对该种群的保护提供科学参考,对在贺兰山采集的93个野生个体新鲜粪便样本的线粒体控制区部分序列（991 bp）进行扩增和分析,共检测到68个变异位点,定义16种单倍型,平均单倍型多样性为0.405,平均核苷酸多样性为0.00232,说明种群遗传多样性水平较低。中性检验和错配分布分析表明阿拉善马鹿曾出现过种群扩张,贝叶斯天际线分析（BSP）显示扩张时间约在末次冰盛期（0.028—0.010 Ma）。FST检验表明阿拉善马鹿种群内存在显著遗传分化,系统发育树和单倍型网络图分析表明群体间没有明显的系统地理格局。本研究表明阿拉善马鹿目前种群遗传多样性较低,建议加大对该亚种的关注和保护力度。       

黑嘴鸥种群的遗传分化与迁徙模式

用分子生物学方法研究了黑嘴鸥(Larus saundersi)种群的遗传结构和分化.对我国黑嘴鸥现存的3个地方种群50个样本的线粒体DNA控制区部分片段进行了序列测定,结合已公布的的两个韩国样本的序列,比对后所获得的550 bp的序列中,共发现49个变异位点,定义了37种线粒体单元型,其中仅1种为我国3个地方种群间共享单元型,多数为各地方种群内特有.我国3个地方种群内的单元型多样性和核苷酸多态性都很高;4个地方种群合并成一个大种群时, 其线粒体单元型多样性与核苷酸多样性仍很高,分别为0.974%±0.012%和0.510%±0.042%.进一步分析表明,4个地方种群间核苷酸歧异度在0.433%-0.585%之间,种群分化程度FST在-0.03176-0.48063之间,基因流Nm在1.03-33.79之间,平均遗传距离为0.0051±0.0011.UPGMA系统发生树及最大简约网络图表明, 黑嘴鸥的演化关系呈现星状辐射,单元型之间呈现一种混杂的分布格局,地方种群没有形成明显的系统地理结构.同时运用彩色旗标技术,初步掌握了4个地方种群迁徙规律.对比分子研究结果,验证了不同地方种群间的遗传分化与其迁徙模式基本一致,同时认为黑嘴鸥不同地方繁殖种群从越冬地返回繁殖地的过程中会发生交叉.最后,鉴于黑嘴鸥不同地方种群间的遗传分化不显著,其迁徙行为具有差异性,建议在保护和遗传管理中应分别对待.     

黑颈乌龟两个养殖种群的遗传多样性分析

开展濒危物种养殖群体的遗传多样性研究,对种质资源的保护与利用具有重要意义.选择线粒体COI基因作为本次研究的分子标记,分别从序列组成、单倍型及遗传距离、种群历史动态等方面对黑颈乌龟(Mauremys nigricans)两个养殖种群进行比较分析.结果显示:两个种群的COI序列全长572 bp,A+T含量为55.4％,G+C含量为44.6％.广东种群的遗传多样性指标均高于广西种群.其次,两个种群共享15个单倍型,广东种群内部的遗传距离(0.002～0.024)高于广西种群内部(0.002～0.011),可见广东种群具有更加丰富的遗传变异.中性检验结果显示种群间的遗传分化达到较高水平(Fst=0.205 93),AMOVA分析结果证明种群内部变异在两个种群的遗传分化中占据主要作用(79.41％).最后,核苷酸错配分布曲线和中性检验结果揭示广西种群经历了种群扩张,然而在扩张过程中并未有效积累核苷酸变异,建议避免杂交,加强同一物种不同群体间的基因交流,并优先保护群体中个体占有率低的单倍型.本研究为黑颈乌龟的遗传多样性保护提供了科学的理论指导,促进了黑颈乌龟经济养殖与物种保护的共同发展.     

黑龙江省张广才岭北部小飞鼠的遗传多样性与种群历史动态

小飞鼠 (Pteromys volans) 为树栖夜行滑行类啮齿动物,在森林种子传播和维持生态系统平衡等方面发挥着重要的生态学作用。本研究利用mtDNA Cytb、控制区和nDNA微卫星3种分子标记,对黑龙江省张广才岭北部的小飞鼠种群进行遗传多样性与历史动态分析。检测出Cytb全序列 (1 140 bp) 的平均单倍型多样性为0.909,平均核苷酸多样性为0.616%;控制区全序列 (1 066 bp) 的平均单倍型多样性为0.945,平均核苷酸多样性为1.698%;微卫星检测出种群平均等位基因数13.167个,观测杂合度0.727,期望杂合度0.864,近交系数0.159。结果表明,小飞鼠种群遗传多样性丰富,但存在一定程度的杂合度不足和近亲繁殖;未检测到种群近期遗传瓶颈效应,种群内无遗传分化。高比例的稀有单倍型 (≥ 60%) 、低频率等位基因与近亲繁殖,提示未来种群面临遗传多样性下降的风险,建议加大对该物种的关注和保护力度。基于Cyt b基因的系统进化关系结果表明,小飞鼠存在3个明显的遗传谱系：远东、欧亚大陆北部和日本北海道,本研究中张广才岭和大兴安岭的样本单倍型归属为远东谱系。     

粤东海域口虾蛄遗传多样性

采用线粒体COI基因序列对粤东汕尾和深圳2个海域口虾蛄(Oratosquilla oratoria)的遗传多样性进行了分析.研究表明,所分析的口虾蛄mtDNA CO I基因(592 by)共检测到21个变异位点,占总位点的3.55%.转换和颠换位点数分别为18和3个,碱基替换的饱和性分析表明,口虾蛄CO I基因碱基替换...     

基于cyt b基因序列的我国西部地区马麝遗传多样性

为了解我国西部地区马麝Moschus chrysogaster的遗传多样性及其系统发育关系，对来自四川省、甘肃省、西藏自治区及重庆市的88份组织样品的cyt b基因序列进行分析。研究发现，马麝cyt b基因序列长1 032 bp，共定义了54个单倍型。A+T的平均含量为59.9%，存在明显的A、T偏倚；平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性水平都较高，分别为0.974 1和0.024 88。基于单倍型和遗传距离分别构建的邻接树结果一致，各支系的聚类不存在明显的地理界限，各种群均无扩张现象。我国西部地区马麝的遗传多样性水平总体较高，但张掖市和阿坝县种群的遗传多样性水平略低。本文为马麝的遗传多样性研究与种质资源保护提供了分子基础资料。     

周公河齐口裂腹鱼种群的遗传多样性和遗传结构

为探讨周公河中齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)的遗传多样性和遗传结构, 沿周公河连续设定6个采样点进行齐口裂腹鱼采集, 在进行基因组DNA提取后以线粒体控制区(D-loop)为分子标记进行种群遗传多样性和遗传结构的评估。结果从63尾齐口裂腹鱼中共检测到32个单倍型, 核苷酸多样性(π)为0.013, 单倍型多样性(h)为0.966。遗传多样性最高的为张家湾种群(PopF, π=0.018, h=1.000), 核苷酸多样性最低的为罗坝种群(PopC, π=0.010, h=0.970), 单倍型多样性最低的为瓦屋山大坝下游种群(PopB, π=0.015, h=0.867)。种群间共享13个单倍型, 多数齐口裂腹鱼种群间的遗传分化水平中等或较低, 仅Pop C和Pop F (F_st=0.195, P<0.01), 种群Pop A 和PopE (F_st=0.158, P<0.01)分化程度较高, 显示各种群间较密切的遗传关系。周公河不同河段齐口裂腹鱼群体的遗传多样性处于较高的水平, 各种群间具有较近的遗传关系。