东方田鼠的同工酶与异构蛋白生化基因位点

目的观察四类东方田鼠在10个同工酶与异构蛋白生化基因位点上的基因分布特征,以研究它们间的遗传关系。方法应用乙酸纤维素膜电泳对四类东方田鼠的同工酶与异构蛋白生化基因位点进行测定分析。结果与结论黑龙江小体型东方田鼠与其他三类东方田鼠的电泳结果差异较大,在6个位点上都存在其所特有的等位基因,并且在其中的3个位点上它的基因型与其他三类鼠完全不同;湖南、宁夏和黑龙江大体型东方田鼠三者间的遗传距离在0.0633~0.2107之间,而黑龙江小体型东方田鼠与其他三类鼠的遗传距离在0.7068~0.8953之间;UPGMA聚类分析显示,湖南、宁夏和黑龙江大体型东方田鼠聚为一类,亲缘关系较近,而黑龙江小体型东方田鼠单独为一类,与其他三种鼠的亲缘关系均相对较远。     

洞庭湖日本血吸虫疫区东方田鼠生化与分子遗传学标记的初步研究

目的建立东方田鼠生化与分子遗传学标记检测法.方法参考近交系小鼠、大鼠生化遗传标记检测方法,对东方田鼠某些同功酶进行活性测定.根据东方田鼠特异DNA序列,合成引物,扩增东方田鼠基因组DNA,将PCR产物回收、序列分析并进行生物信息学分析.结果东方田鼠Trf、Es-3和Ce-2三个生化位点呈现遗传多态性,而Id1、Mod-1、Car-2、Gpd-1、Gpi-1、Hbb、Es-1七个生化位点无遗传多态性.用合成的特异引物扩增东方田鼠基因组DNA,得到了丰富的多态性资料.对其中的20只东方田鼠的扩增产物进行测序并进行多序列比较,发现10个等位基因以及16个单核苷酸多态性(SNP)位点.结论初步建立了东方田鼠生化及分子遗传学标记.分子遗传学标记与生化遗传标记相比,具有杂合率高、重复性好、易于操作等优点.这些结果为深入研究东方田鼠的遗传背景、生物进化规律积累了基础资料.     

布氏田鼠封闭群遗传结构的随机扩增多态DNA分析

目的使用随机扩增多态DNA标记建立标准化的布氏田鼠封闭群遗传质量控制分子标记库。方法使用高盐沉淀法从鼠尾中提取布氏田鼠基因组DNA。采用40条PRAD引物对布氏田鼠封闭群进行PCR扩增,琼脂糖电泳分离条带,参考标准分子量标记计算条带大小,并使用多态位点数、单态位点数以及多态位点比率评价种群的遗传多样性。结果筛选出8个能获得清晰稳定扩增条带的RAPD标记。这8个RAPD标记检测到的多态位点数存在明显差异。8个引物得到的遗传多态位点的数据之和能揭示种群的遗传结构。结论本实验建立了检测布氏田鼠封闭群遗传结构的RAPD标记。     

两个地区东方田鼠基因组RAPD分析比较研究

目的　从DNA的水平分析比较两个地区东方田鼠的分子遗传特征,探讨以RAPD标记鉴别两个地区的东方田鼠。方法　筛选6条10bp的随机引物对洞庭湖和青铜峡地区的东方田鼠基因组进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析,并对这两个地区的东方田鼠的基因组DNA进行了比较。结果　①两个地区东方田鼠的所有受试个体中共有的片段数为20条,这是两个地区东方田鼠的共性所在;②两个地区东方田鼠各有其特异性扩增片段;③引物S17和S80可作为鉴别两个地区东方田鼠的特异性引物;④不同地区的东方田鼠其不同个体之间的共享度较低,且存在较大差异;两个地区东方田鼠的遗传背景均呈非均一性。结论　运用RAPD方法可以作为鉴别不同地区东方田鼠的基因多态性的标记。     

两个不同地区东方田鼠杂交子代RAPD标记分析

目的研究不同地区东方田鼠杂交后产下的子代的遗传特性.方法筛选4条10bp随机引物对宁夏和洞庭湖地区东方田鼠杂交子代的基因组进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,并对不同地区亲代以及子代相互之间的基因组DNA进行相似性分析.结果①所有东方田鼠均有相同的扩增片段出现;②两个不同地区的亲代分别有特异性片般;③亲代的DNA带型均能在子代中找到;④同一胎次东方田鼠之间基因共享度大约在72%～96%之间.结论RAPD分析能在一定程度上反映出东方田鼠种的特性以及亚种的特异性,而且同一胎次之间基因共享度较高.     

东方田鼠微卫星标记的富集筛选与初步应用

根据生物素与链霉亲和素的亲和原理, 利用磁珠富集法筛选东方田鼠(Microtus fortis)微卫星分子标记。链霉亲和素磁珠捕获生物素标记的微卫星探针, 然后与连有接头的单链限制性酶切片段复性结合, 获得含有微卫星的单链片段, PCR扩增形成双链, 连接T载体并转化感受态细胞, 得到东方田鼠微卫星富集文库。随机挑选70个阳性克隆, 经测序分析, 获得微卫星序列92个。设计合成27对微卫星引物并成功筛选出21对可用引物, 取其中10对引物, 荧光标记后对3个人工驯养及野生东方田鼠种群进行遗传多样性分析。结果显示, 文章所构建的东方田鼠微卫星文库的阳性克隆率较高, 初步筛选的10个微卫星标记均为具有高度多态性的微卫星标记。在3个东方田鼠种群中, 野生湖南种群的观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)均最高, 人工驯养的湖南种群次之, 人工驯养的宁夏种群最低。     

中国4种蝗虫不同种群的遗传分化

采用水平淀粉凝胶电泳技术,应用等位酶分析方法对采自我国山西、江苏、河北等地不同蝗区优势蝗虫种类3科4种8个种群的12种酶18个酶位点进行了检测,比较了4种蝗虫种群水平的等位基因频率变化和它们之间的遗传距离。等位基因频率分析表明：中华稻蝗和笨蝗各位点等位基因丰富,而长翅素木蝗和短额负蝗各位点等位基因较少。在所研究的4种蝗虫8个种群中,多态位点百分率普遍较高(P＝53．3％—100．0％),由于杂合子数目较少而使每个位点的平均杂合度观察值偏低(H。＝0．034—0．139)。受迁飞能力、繁殖方式和活动范围的限制,4种蝗虫的平均杂合度观察值表现出一定的差异：笨蝗较高(H。＝0．089—0．139),其次是中华稻蝗(H。＝0．073—0．090),而长翅素木蝗(H。＝0．0488—0．068)和短额负蝗(H。＝0．034—0．050)相对较低。除Adk-1、Ao-1、Idh-1、Ldh-1、Ldh-2和Me-1在部分蝗虫种群符合Hardy-Weinberg平衡外,其余绝大多数位点的基因型频率显著偏离H—W平衡,但短额负蝗的多个位点符合或接近H—W平衡,表明该种蝗虫在自然种群结构方面明显有别于其他种类。从4种蝗虫的F—统计量(Fst)看,笨蝗种群间基因分化程度最高(Fst＝0．32),其次是短额负蝗(Fst＝0．31),而中华稻蝗相对较低(Fsl＝0．20),长翅素木蝗种群间基因分化程度最低(Fsl＝0．18),利用非加权算术平均法(UPGMA)对I值和D值进行聚类,所得聚类树也证实了这种遗传分化差异,上述结果反映了迁飞能力、适应性和环境因子对不同蝗虫遗传分化的影响。Nei的遗传距离(D)和遗传一致度(I)进行的聚类分析基本符合传统形态学、细胞学等研究结果：即同属于斑腿蝗科的中华稻蝗和长翅素木蝗遗传距离最小(D＝0．559),遗传一致度最高(I＝0．576)。在3个科中,癞蝗科和锥头蝗科之间呈现较小的遗传距离(D＝0．776)和较高的遗传一致度(I＝0．776),而这两科与斑腿蝗科之间的遗传距离相对较大(D＝0．908),遗传一致度相对较低(I＝0．406)。等位酶分析能较好地反映蝗虫不同物种的亲缘关系和种内不同种群之间的遗传分化程度。     

东方田鼠乳酸脱氢酶同工酶的研究

目的研究乳酸脱氢同工酶在3种东方田鼠不同器官的分布.方法以大鼠和小鼠作对照,用聚丙烯酰胺凝胶电泳对3个不同地区的东方田鼠(Microtusfortis)血清、红细胞、肝脏、肾脏、肺中乳酸脱氢酶(LDH)同工酶进行分析.结果东方田鼠血浆中只有LDH5,血清中湖南洞庭湖地区、宁夏青铜峡地区的东方田鼠也只有LDH5,而东北地区的东方田鼠则含有LDH1和LDH5,3个地区的东方田鼠肾脏和肺中都有5种LDH同工酶,肝脏中除东北地区的东方田鼠含5种LDH同工酶外,其余两种东方田鼠均以LDH5为主(LDH5占95%以上).结论东北地区东方田鼠乳酸脱氢酶同工酶谱与其他两地的东方田鼠不相同.     

福建南北泥蚶种内分化的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对泥蚶在福建以南(广东汕头和湛江)和福建以北(浙江温岭和韩国)种群(分别合称南方类群和北方类群)做了遗传分化研究。由筛选出的20个随机引物共获得103个清晰可辨的RAPD标记,扩增片段长度在250—2500bp。汕头种群与湛江种群,韩国种群与温岭种群之间的最小遗传距离分别为0．0612和0．0692,而南、北类群间的遗传距离却在0．3261-0．4511。类群间近交系数也大于类群内。NJ和UPGMA法构建的系统树均显示汕头种群、湛江种群首先聚在一起,再与温岭种群和韩国种群聚合,说明两个类群发生了较明显的遗传分化,估计与地理隔离有关。     

酯酶同工酶及RAPD技术在香菇杂种优势研究中的应用

采用酯酶同工酶及RAPD技术对香菇3个亲本双核体(苏香、野生46^#、野生80^#)及其10个单核体、以及它们的10个杂交后代进行了遗传差异和亲缘关系的研究,同时针对亲本单核体酯酶同工酶标记和RAPD标记遗传距离、以及杂交子和亲本单核体RAPD标记遗传距离与香菇产量超亲优势进行了相关性分析。结果表明,酯酶同工酶和RAPD技术都可进行香菇杂种优势群的划分研究,但RAPD标记检测的多态性要远远高于酯酶同工酶标记。相关分析结果表明,亲本单核体酯酶同工酶标记遗传距离与香菇产量超亲优势无相关性,而RAPD标记遗传距离与其存在极显著正相关;杂交子和以苏香为来源的单核体亲本之间RAPD标记遗传距离与香菇产量超亲优势也存在极显著正相关,而杂交子和以野生46^#、野生80^#为来源的单核体亲本之间RAPD标记遗传距离与其相关不显著。     

甘肃省冬虫夏草菌的RAPD和ITS序列分析

目的对甘肃省冬虫夏草分离菌株进行鉴定和系统发育研究。方法采用随机扩增多态性DNA（RAPD）分析和核糖体（rDNA）内部转录间隔区（ITS）序列分析。结果共分离到18个菌株,菌株间的遗传相似性系数为0.623～1.000,遗传分化距离为0.000～0.018,每个菌株的序列与中国被毛孢的序列一致性均高于98%且18个菌株（G＋C）%的差别最大值是4.7%。结论 18个分离菌株均为中国被毛孢;多样性分析表明,不同区域样本间的遗传分化较大;同一地点样本间的遗传分化很小;同一材料不同部位获得的菌株在RAPD标记上差异无统计学意义,两技术对相同的供试菌株所反映的遗传分化不尽相同,表明两技术用于冬虫夏草遗传多样性和种类鉴定上各有它们的优势和具体选择。     

Comparative analysis of genetic diversity of sesame (Sesamum indicum L.) from Vietnam and Cambodia using agro-morphological and molecular markers

The purpose of this study was to comparatively analyze the genetic diversity of sesame (Sesamum indicum L.) using agro-morphological and molecular markers. Twelve sesame populations collected from three regions in Cambodia and Vietnam were used in this study. A high genetic variation was revealed both by agro-morphological and RAPD markers within and among the 12 sesame populations. The range of agro-morphological trait based average taxonomic distance among populations (0.02 to 0.47) was wider than that of RAPD based genetic distance (0.06 to 0.27). The mean distance revealed by agro-morphological markers (0.23) and RAPD markers (0.22) was similar. RAPD based analysis revealed a relatively higher genetic diversity in populations from South Vietnam as compared to the other two regions. Interestingly, populations from this region also had higher values for yield related traits such as number of capsules per plant, number of seeds per capsule, and seed yield per plant suggesting positive correlation between the extent of genetic variation within population and yield related traits in sesame. A highly significant positive correlation (r = 0.88, P < 0.001) was found between agro-morphological and RAPD markers in estimating the genetic distance between populations. Both methods suggested the existence of a substantial amount of genetic diversity both in the Vietnamese and Cambodian populations. Although both agro-morphological and RAPD markers were found to be useful in genetic diversity analysis in sesame, their combined use would give superior results.     

Comparison of genetic and physical maps of group 7 chromosomes from Triticum aestivum L.

We present a high density physical map of homoeologous group 7 chromosomes from Triticum aestivum L. using a series of 54 deletion lines, 6 random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers and 91 cDNA or genomic DNA clones from wheat, barley and oat. So far, 51 chromosome segments have been distinguished by molecular markers, and 54 homoeoloci have been allocated among chromosomes 7A, 7B and 7D. The linear order of molecular markers along the chromosomes is almost identical in the A- B- and D-genome of wheat. In addition, there is colinearity between the physical and genetic maps of chromosomes 7A, 7B and 7D from T. aestivum, indicating gene synteny among the Triticeae. However, comparison of the physical map of chromosome 7D from T. aestivum with the genetic map from Triticum tauschii some markers have been shown to be physically allocated with distortion in more distal chromosome regions. The integration of genetic and physical maps could assist in estimating the frequency and distribution of recombination in defined regions along the chromosome. Physical distance did not correlate with genetic distance. A dense map facilitates the detection of multiple rearrangements. We present the first evidence for an interstitial inversion either on chromosome arm 7AS or 7DS of Chinese Spring. Molecularly tagged chromosome regions (MTCRs) provide landmarks for long-range mapping of DNA fragments.     

菜豆种质资源RAPD多样性的研究Ⅱ

本研究收集了我国43个栽培品种,国际热带农业中心13个半野生品种,波兰4个矮生品种共60个菜豆品种资源,将其分成三大类型,即蔓生种35个,矮生种12个,半野生种13个,从RAPD标记上进行了研究,探明种内及各种群间的遗传相似度、遗传距离,绘制聚类分析图。综合RAPD标记聚类图,表明:蔓生种群分为五大类;矮生种群分为二大类;半野生种群分为二大类。我国是菜豆的主要育种、栽培地区,收集国内外菜豆种质资源,开展DNA水平的分子标记将有助于了解菜豆种内、各种群间的遗传基础,确定各资源材料间的亲缘关系,为我国菜豆种质资源的保存及培育优良品种工作提供一定的理论依据。     

贵州省蛇类新记录——赵氏后棱蛇

2010年8月和2018年5月于贵州省雷山县(雷公山国家级自然保护区,1号标本)、贵州省黄平县(朱家山县级自然保护区,3号标本)和麻江县(1号标本)共采集到5号游蛇科Colubridae后棱蛇属Opisthotropis标本,经形态学和分子系统学分析鉴定为赵氏后棱蛇Opisthotropis zhaoermii,这是该种在模式产地湖南省古丈县外的首次发现。线粒体cyt b序列构建的系统发育树显示,5号赵氏后棱蛇(武陵山系以西)和模式产地(武陵山系以东)的聚为一支;遗传距离计算结果显示,5号赵氏后棱蛇与模式产地的为0.08%;分子遗传学结果表明,赵氏后棱蛇分布于武陵山系东、西两侧。武陵山系的余脉(如佛顶山)对赵氏后棱蛇不同地理种群的遗传分化可能起着重要影响。     

A population genetics study of Anopheles darlingi (Diptera: Culicidae) from Colombia based on random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction and amplified fragment lenght polymorphism markers

The genetic variation and population structure of three populations of Anopheles darlingi from Colombia were studied using random amplified polymorphic markers (RAPDs) and amplified fragment length polymorphism markers (AFLPs). Six RAPD primers produced 46 polymorphic fragments, while two AFLP primer combinations produced 197 polymorphic fragments from 71 DNA samples. Both of the evaluated genetic markers showed the presence of gene flow, suggesting that Colombian An. darlingi populations are in panmixia. Average genetic diversity, estimated from observed heterozygosity, was 0.374 (RAPD) and 0.309 (AFLP). RAPD and AFLP markers showed little evidence of geographic separation between eastern and western populations; however, the F ST values showed high gene flow between the two western populations (RAPD: F ST = 0.029; Nm: 8.5; AFLP: F ST = 0.051; Nm: 4.7). According to molecular variance analysis (AMOVA), the genetic distance between populations was significant (RAPD:phiST = 0.084; AFLP:phiST = 0.229, P < 0.001). The F ST distances and AMOVAs using AFLP loci support the differentiation of the Guyana biogeographic province population from those of the Chocó-Magdalena. In this last region, Chocó and Córdoba populations showed the highest genetic flow.     

New genetic map of rye composed of PCR-based molecular markers and its alignment with the reference map of the DS2 × RXL10 intercross

A new genetic map of rye, developed by using the 541 x Ot1-3 F2 intercross, consists of 148 marker loci, including 99 RAPDs, 18 SSRs, 14 STSs, 9 SCARs and 7 ISSRs, and spans the distance of 1401.4 cM. To the 7 rye chromosomes, 8 linkage groups were assigned and compared with the reference map of the DS2 x RXL10 F2 intercross by using 24 common markers. The 2 combined maps contain altogether 611 marker loci (70-109 per chromosome) and constitute a substantial source of information useful for further genomic studies in rye. From 21 to 37 RAPD marker loci are distributed randomly along each chromosome length and their total number for all 7 rye chromosomes is 177. This abundance of RAPD marker loci in the rye genetic map can be exploited for development of SCARs in regions containing important genes or QTL.