云南普通野生稻遗传多样性和亲缘关系

野生稻（Oryza rufipogon）是稻属的重要组成部分,具有许多优良性状,是水稻遗传改良的天然基因库。本研究通过对形态学性状的观测,及ISSR和RAPDUPGMA聚类分析,将云南普通野生稻划分为4个类型,即元江类型、景洪紫杆直立型、景洪绿杆直立型和景洪匍匐型。在供试材料中筛选到具有多态性的ISSR和RAPD引物各11个,ISSR引物扩增出多态带113条,多态性条带比率（PPB）为82．26％,RAPD引物共扩增出多态性条带76条,PPB值为76．77％,两种分子标记的分析结果呈极显著正相关（r=0.951）。此外UPGMA聚类结果表明,云南普通野生稻不同类型与其它地区普通野生稻之间的遗传亲缘关系差异明显。     

海南主要普通野生稻的调查及利用RAPD技术进行鉴别分析

通过对海南现存的主要普通野生稻资源进行考察,报道了海南主要普通野生稻的最新生存状况;并用RAPD技术对其进行分析。从供试材料中筛选出具有多态性的RAPD引物13条,共扩增出155条带,其中多态性条带120条,多态性条带比率(PPB)值为77.42%。UPGMA聚类结果表明:海南主要普通野生稻之间遗传关系较复杂、差异较明显,并将海南主要普通野生稻资源划分为5个小类群,可以很好地将海南本地野生稻与收集保存的野生稻鉴别开来,为海南普通野生稻资源的合理利用与有效保护提供了重要依据。     

野生稻和栽培稻的随机多态DNA(RAPD)分析

应用 RAPD方法对药用野生稻、普通野生稻、粳稻和籼稻进行基因组多态性分析。 1 2个随机引物共扩增出 1 3 2条 RAPD带 ,片段大小在 3 0 0～ 3 5 0 0 bp之间 ,其中有 1 0 6条表现出多态性 ,占总扩增片段的86.4%。根据遗传距离分析 ,用 UPGMA法构建了聚类树状图 ,结果表明 ,普通野生稻的遗传特性比药用野生稻更接近于栽培稻。     

辣椒种质遗传多样性的RAPD和ISSR及其表型数据分析

用RAPDI、SSR分子标记及28个表型性状数据对辣椒属5个栽培种的13份材料进行了分析,结果表明:23条RAPD引物共扩增出209条带,平均每个引物扩增出9.09条,多态性位点比率为83.73%;16条ISSR引物共扩增出94条带,平均每个引物扩增出5.88条,多态性位点比率为79.79%.与RAPD相比,ISSR标记检测到的有效等位基因数(Ne)及Shannon多样性指数(I)、遗传离散度(Ht)和遗传分化系数(Gst)等遗传多样性参数都较大,多态性位点比例在亲缘关系较近的一年生辣椒(Capsicum annuum)种内较高,说明ISSR有更高的多态性检测效率,并且适合亲缘关系较近的种群间遗传多样性分析.基于RAPDI、SSR的聚类与基于表型数据的聚类之间存在极显著正相关,且都能将C.annuum与其它栽培种区分开来.     

木霉肽类代谢产物对豇豆土著根瘤菌遗传性状的影响

利用RAPD与ISSR分子标记检测手段,分析了哈茨木霉T2-16肽类代谢产物处理豇豆土著根瘤菌,对其遗传性状的影响,同时,比较了RAPD和ISSR两种不同分子标记在检测根瘤菌种间的遗传相似性以及遗传变异性的分辨力.实验中,从100条引物中筛选到具有多态性的ISSR引物5条,从80条引物中筛选到具有多态性的RAPD引物6条,用5条ISSR引物扩增出54条带,多态性条带比率为75.93 %;6条RAPD引物扩增出61条带,多态性条带比率为68.85 %.两种分子标记均能揭示出处理前后根瘤菌间的遗传差异,但ISSR标记比RAPD标记可检测到更大的遗传变异.根据两种标记的结果,对供试的根瘤菌进行聚类分析,结果表明,土著根瘤菌经木霉肽类代谢产物处理后,与出发菌株相比,表现出一定程度的遗传分化和遗传差异性.     

利用RAPD和ISSR分子标记分析地黄种质遗传多样性

用RAPD与ISSR技术对地黄的8个品种和2个脱毒品系进行了种质遗传多样性分析.分别从80条RAPD引物和44条ISSR引物中筛选出适合地黄种质分析的17条RAPD引物和10条ISSR引物用于RAPD和ISSR分析.17条RAPD引物共扩增出177条带, 多态性位点数为109; 多态性位点比率为61.58%;平均多样性指数(I)为0.3135;每个位点的有效等位基因数(Ne)是1.3641; 10条ISSR引物共扩增出110条带. 多态性位点数为79; 多态性位点比率为71.58%;平均多样性指数(I)为0.3577;每个位点的有效等位基因数(Ne)是1.4037. 基于扩增条带数据库建立了各自的Jaccard遗传相关系数矩阵,构建了相似的分子树状图,将10个供试材料分为2类:一类群含组培85.5、大田85.5、组培9302、大田9302、金状元和金白6个材料;另一类群含北京1号、大红袍、地黄9104和野生地黄4个材料.两种分子标记的分析结果呈极显著正相关(r＝0.649).结果表明,RAPD与ISSR标记适合于地黄种质遗传多样性分析,ISSR标记技术是一种多态性和重复性优于RAPD技术的实用技术.     

RAPD和ISSR分子标记对果蔗种质资源的遗传多样性研究

利用RAPD与ISSR分子标记技术对40份不同地方果蔗种质的遗传多样性进行分析。从供试材料中筛选到具有多态性的RAPD引物23条,ISSR引物28条。23条RAPD引物共扩增出250条带,多态性条带比率为70%,相似系数变化范围在0.68-1.00之间;28条ISSR引物共扩增出301条带,多态性条带比率为77.1%,相似系数变化范围在0.66-1.00之间。根据两种标记的结果,用UPGMA法对40份果蔗种质材料进行聚类分析,结果表明,RAPD和ISSR均将40份果蔗种质分为4类:第Ⅰ类为32份地方果蔗品种,包括福建、江西、浙江、广西、云南等地的品种;第Ⅱ类为外引黑皮果蔗Badila和丰城紫皮果蔗;第Ⅲ类为杂交种白鳝、歪干担、肚度、温岭果蔗以及人工杂交选育的果蔗品种474;第Ⅳ类只有广东的黄皮果蔗。这两种标记的聚类结果相关分析表明,它们存在呈极显著相关(r=0.9746)。但ISSR标记比RAPD标记可检测到更大的遗传变异。     

利用RAPD和ISSR分子标记分析怀地黄种质遗传多样性

用RAPD与ISSR技术对怀地黄的8个品种和2个脱毒品系进行了种质遗传多样性分析。分别从80条RAPD引物和44条ISSR引物中筛选出适合怀地黄种质分析的17条RAPD引物和10条ISSR引物,用于RAPD和ISSR分析。17条RAPD引物共扩增出177条带, 多态性位点数为109; 多态性位点比率为61.58%;平均多样性指数(I)为0.3135;每个位点的有效等位基因数（Ne）是1.3641; 10条ISSR引物共扩增出110条带. 多态性位点数为79; 多态性位点比率为71.58%;平均多样性指数(I)为0.3577;每个位点的有效等位基因数（Ne）是1.4037。 基于扩增条带数据库建立了各自的Jaccard遗传相关系数矩阵,构建了相似的分子树状图,将10个供试材料分为2类:一类群含组培85.5、大田85.5、组培9302、大田9302、金状元和金白6个材料;另一类群含北京1号、大红袍、地黄9104和野生地黄4个材料。两种分子标记的分析结果呈极显著正相关(r＝0.649)。结果表明,RAPD与ISSR标记适合于怀地黄种质遗传多样性分析,ISSR标记技术是一种多态性和重复性优于RAPD技术的实用技术。     

小苍兰种质遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR(Inter Simple Sequence Repeat)分子标记对12份小苍兰(Freesia refracta)种质进行了遗传多样性分析研究。从34条ISSR引物中筛选出了12条适宜的引物。这12条引物中每条引物可扩增出5~11条DNA片段,共扩增了96个条带,其中多态性片段62条,平均每条引物可产生5.2条多态性片段,多态性条带比率(PPB)为64.6%。经NTSYS-pc分析,12份小苍兰种质间的遗传距离(GD)的变化范围为0.123~0.907,平均为0.442。根据Nei’s相似系数建立了UPGMA聚类图,在相似系数为0.56时,可将紫色花系的小苍兰种质与其它种质分开,形成两个组。结果表明,ISSR分子标记可有效地分析小苍兰种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为小苍兰的杂交育种和新品种保护提供理论基础。     

应用RAPD和ISSR标记对24份花生栽培种材料进行遗传多样性分析

利用RAPD引物和ISSR引物分析我国24份花生栽培种材料的遗传多样性.结果表明:所选的RAPD引物和ISSR引物中分别有13条引物和10条引物扩增出了清晰并可重复的条带,共扩增出123条带和87条带,平均每条引物扩增出9.5条带和8.7条带,其中多态性带分别占条带总数的47.15％和57.47％,平均每条引物扩增出4...     

采用RAPD和ISSR标记探讨中国疣粒野生稻的遗传多样性

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) and inter-simple sequence repeat (ISSR) methods were applied to detect genetic variation of 20 bulking samples and two individually sampled populations of Oryza granulata (Nees et Arn. ex Watt.) from China (M5 from Hainan Province and M27 from Yunnan Province). For the bulking sampled populations, 20 RAPD and 12 ISSR primers generated 209 and 122 bands, of which 134 (64.11%) and 89 (72.95%) were polymorphic respectively. For population M5, 146 and 95 bands were generated with 21.48% and 34.78% being polymorphic (PPB). For population M27, 151 (PPB = 17.22%) and 94 (PPB = 19.15%) bands of RAPD and ISSR were obtained. The results indicated that the level of genetic variation of O． granulata was lower than other species detected in the genus Oryza. UPGMA cluster based on genetic similarity and principle component analyses (PCA) based on band patterns divided the populations into two groups corresponding to their sources, which revealed that the majority of genetic variation of O. granulata occurred between Hainan and Yunnan. Consequently, more populations of the species should be considered for a reasonable conservation management. Comparison between the two marker systems showed that ISSR was better than RAPD in terms of reproducibility and ability of detecting genetic polymorphism. Mantel test revealed that the goodness of fit between them was significant (r=0.917, t=12.718) when detecting genetic diversity at species level, but was poor at population level (r<0.200). The discrepancy was considered as the facts that different fragments were targeted by RAPD and ISSR, and that evolutionary process of O. granulata varied at different hierarchical levels.     

RAPD和ISSR标记对水稻化感种质资源遗传多态性的分析

运用RAPD和ISSR技术分析水稻化感种质资源的遗传多态性。从供试材料中筛选到具有多态性的RAPD引物12条,ISSR引物7条。RAPD引物共扩增到85条清晰的多态性条带,多态性条带比率为69．4％。ISSR引物共扩增到34条清晰的多态性条带,多态性条带比率为53．0％。对两种标记结果进行UPGMA聚类分析,结果极其类似,呈极显著的正相关(r=0．74)。聚类结果表明,地理位置相近的品种聚为一类。部分具有较强化感作用潜力的水稻品种亲缘关系很近,表明控制其化感作用性状的基因可能是等位的相同基因。而部分化感作用潜力差异显著的水稻品种聚为一类,这是由于人类在长期高产品种的定向选择过程中,水稻化感作用性状不被注意而丢失,遗传基础日益狭窄的原因。     

云南黑籽南瓜种质遗传多样性的RAPD和ISSR分析

摘要: 采用RAPD和ISSR分子标记技术对来源于云南省6个地州13份的黑籽南瓜种质进行遗传多样性分析。结果表明：6个RAPD和6个ISSR引物分别扩增出43条和41条带,多态性比率分别为90.70%和51.21%;RAPD和ISSR标记检测供试材的遗传相似性系数(Gs)范围,分别为0.340-0.895和0.162-0.941,ISSR(平均GS值0.698)检测多态性效果高于RAPD(平均GS值0.481)。RAPD标记聚类分析将供试种质分为3个类群5组;ISSR标记聚类分析将供试种质分为4个类群6组,RAPD和ISSR标记的遗传相似性系数呈显著相关(r=0.536)。基于UPGMA聚类结果,可为黑籽南瓜的引种栽培或品种改良提供参考。     

Genetic variation within and among populations of a wild rice Oryza granulata from China detected by RAPD and ISSR markers

Genetic variation within and between five populations of Oryza granulata from two regions of China was investigated using RAPD (random amplified polymorphic DNA) and ISSR (inter-simple sequence repeat amplification) markers. Twenty RAPD primers used in this study amplified 199 reproducible bands with 61 (30.65%) polymorphic; and 12 ISSR primers amplified 113 bands with 52 (46.02%) polymorphic. Both RAPD and ISSR analyses revealed a low level of genetic diversity in wild populations of O. granulata. Furthermore, analysis of molecular variance (AMOVA) was used to apportion the variation within and between populations both within and between regions. As the RAPD markers revealed, 73.85% of the total genetic diversity resided between the two regions, whereas only 19.45% and 6.70% were present between populations within regions and within a population respectively. Similarly, it was shown by ISSR markers that a great amount of variation (49.26%) occurred between the two regions, with only 38.07% and 12.66% between populations within regions and within a population respectively. Both the results of a UPGMA cluster, based on Jaccard coefficients, and pairwise distance analysis agree with that of the AMOVA partition. This is the first report of the partitioning of genetic variability within and among populations of O. granulata at the DNA level, which is in general agreement with a recent study on the same species in China using allozyme analysis. Our results also indicated that the percentage of polymorphic bands (PPB) detected by ISSR is higher than that detected by RAPD. It seems that ISSR is superior to RAPD in terms of the polymorphism detected and the amplification reproducibility. Received: 29 March 2000 / Accepted: 15 May 2000     

分子标记鉴定常山胡柚优良基因型的初步研究

本研究利用RAPD和ISSR分子标记对常山胡柚的优良基因型进行鉴定,并探讨常山胡柚的起源。从100个RAPD引物中筛选出12个多态性引物用于正式扩增,共得到117条DNA带,其中多态性DNA带64条,占扩增片段的54．7%;从105个ISSR引物中筛选出11个多态性引物用于正式扩增,共得到94条DNA带,其中多态性DNA带58条,占扩增片段的61．7%。RAPD和ISSR分析揭示了常山胡柚及其近缘种的一些特异性条带。ISSR共产生了15条特异条带,RAPD共产生12特异性条带。实验数据用AMOVA软件计算遗传距离,用NTSYS-pc软件构建UPGMA聚类树状图。结果显示,所有的基因型及不同种之间均能够彼此区分,分析得到的指纹图谱对常山胡柚种和基因型的鉴定具有潜在的应用价值,可用于优良基因型的鉴定。聚类分析结果显示常山胡柚和甜柚聚为一枝,确定了甜柚是杂交亲本之一,但是常山胡柚和柚的遗传距离较远,说明常山胡柚可能是甜橙、柚和柑桔属其他种的多重自然杂交的结果。     

苦瓜种质遗传多样性的RAPD和ISSR分析

采用RAPD和ISSR分子标记技术对38份苦瓜种质进行遗传多样性分析。结果表明:10个RAPD和10个ISSR引物分别扩增出93条和81条带,多态性比率分别为50.54%和61.29%;RAPD和ISSR标记检测供试材料的遗传相似性系数(GS)范围,分别为0.287~1和0.221~1,ISSR(平均GS值0.672)检测多态性效果高于RAPD(平均GS值0.694)。RAPD标记聚类分析将供试种质分为3个类群6组,分类结果与苦瓜瓜瘤的表型分类比较相似;ISSR标记聚类分析将供试种质分为3个类群7组,ISSR标记划分类群与形态上以颜色分类比较接近。RAPD和ISSR标记的遗传相似性系数呈显著相关(r=0.550)。两个标记整合后聚类分析可检测到更大的遗传变异,结果与苦瓜的农艺性状分类和地理分布有一定的相关性。     

观赏南瓜及葫芦种质资源遗传多样性分子评价

利用RAPD和ISSR标记对28份观赏南瓜及葫芦种质资源进行遗传多样性分子评价。结果表明:12个RAPD引物和13个ISSR引物分别扩增出89条和93条清晰谱带,平均每个引物分别扩增出6.1条和6.2条多态性谱带,多态性比率分别为82%和86%。RAPD和ISSR标记检测供试材料的遗传相似性系数(GS)范围分别为0.31～0.99和0.33～0.99,ISSR(平均GS值0.68)检测多态性效果高于RAPD(平均GS值0.73)。利用UPGMA法基于RAPD与ISSR混合聚类,将28份观赏南瓜及葫芦种质分为3类,类群的划分与果实形状明显相关:第Ⅰ类群包括15份种质,为扁圆形、卵圆形、圆球形或圆筒状的早熟或晚熟果实;第Ⅱ类群包括11份种质,为汤匙形、梨形、扁球形或皇冠形的早中熟果实;第Ⅲ类群包括2份种质,为葫芦形的晚熟果实。