丁(鱼岁)不同群体间形态学差异与随机扩增多态DNA(RAPD)分析

采用聚类分析、主成分分析和判别分析3种数理统计方法,对我国新疆朱家湖丁(鱼岁)群体、73水库丁(鱼岁)群体和从捷克引进我国的丁(鱼岁)群体的可量性状和框架参数进行分析.聚类分析和主成分分析显示,朱家湖群体与73水库群体较为接近,而捷克群体与前两群体相距较远.判别分析亦可将捷克群体与前两群体分开,准确率达100%.从60个随机引物中筛选出的20个引物对丁(鱼岁)朱家湖群体、73水库群体和捷克群体进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析.引物S440在捷克群体扩增出的450bp片段为该群体特有的标记片段.朱家湖群体、73水库群体、捷克群体多态位点比例分别为24%、22.67%和18.42%;群体内遗传相似度分别为0.8967、0.9035和0.9309;遗传多态度(π)分别为0.1539、0.1489和0.1142.表明朱家湖群体保持着较高的遗传变异.三群体间的遗传相似度为0.6868-0.9496,群体遗传分化系数(Fst)为0.048-0.238,分子方差分析发现群体内方差占总方差的83.96%,群体间的方差只占16.04%,由此推断三群体间遗传分化并不大.     

三个地理群体赤眼鳟遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术对宿鸭湖、青龙湖和丹江口水库3个野生赤眼鳟群体的遗传多样性进行分析.9个RAPD引物共获得93个扩增位点,其中多态位点56个,多态位点比例为60.22%.3个群体的多态位点比例分别为53.01%、54.12%和57.95%,遗传距离分别为0.1548、0.1613和0.1764,Shannon信息指数分别为0.2249、0.2318和0.2437.群体间遗传距离以宿鸭湖和青龙湖群体最近(0.1257),青龙湖与丹江口水库群体最远(0.1416).结果表明3个赤眼鳟群体的遗传多样性均较丰富,但群体间地理遗传分化差异并不明显.     

异源四倍体鲫鲤雌核发育后代的RAPD分析

在优化RAPD(随机扩增多态性DNA)检测条件基础上,从134个随机引物中筛选出53个扩增较好且多态性强的引物,对异源四倍体鲫鲤第1代(G1)、第2代(G2)人工诱导的雌核发育二倍体后代群体的DNA多态性及分子标记进行了分析。结果显示,53个随机引物在G1群体和G2群体中检测到的位点数分别为541、511,其中多态性位点数分别为70、52,多态位点比例分别为12.94%、10.18%。两个群体的平均遗传距离分别为0.0732、0.0464。研究表明,经过连续2代人工雌核发育,G2的遗传多样性明显减少,种质进一步纯化。还从53个随机引物的扩增谱带中找到了2个引物(S50、S223)的特异扩增谱带,可以作为第1、2代雌核发育群体间的分子遗传标记。由计算机软件程序构建的分支系统树清晰地反映了两个雌核发育群体及其个体间的相互关系。       

应用RAPD技术分析奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼的基因多态性

以随机扩增多态DNA技术(RAPD）分析了奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼两个养殖群体的群体内及群体间遗传关系,并探讨了该技术在种群鉴定中的应用。RAPD引物筛选结果表明,所测试的20个随机引物中(Table 1),除一个引物未扩增出任何片段外,其余19个引物均扩增出1～11个大小不等的片段,长度大部分在500—3000bp之间,共扩增出220个片段,平均每个引物产生55个片段。两群体间共有片段70条,大部分引物的扩增产物具有种间多态性,种群间相似系数为0.727。以筛选的引物对两种群不同个体(Fig．1,Table 2)及种群混合样品(Fig.2,Table 3)进行RAPD分析。结果表明,不同引物在扩增图谱上表现很大差异：奥利亚罗非鱼不同个体间表现为一致的扩增图谱,种内相似系数达1000,显示了其种群内遗传变异的缺乏;尼罗罗非鱼种内相似系数为0．827,个体间存在不同程度的多态性;两个种群间的相似系数分别为0．767和0.742,表明种间有较高的同源性,遗传距离为0．235,略低于国外的报道．此外,两个养殖群体间的扩增图谱比较也暗示了遗传渐渗现象的存在。实验表明,RAPD标记可以作为一种可靠的遗传标记,用于不同鱼类种群的鉴定,RAPD分析方法是一种快速,简便且行之有鼓的鉴定鱼类种群的方法。     

三种松毛虫不同地理种群遗传多样性

运用13个ISSR引物对赤松毛虫(Dendrolimus spectabilis)、油松毛虫(Dendrolimus tabulaeformis)、落叶松毛虫(Dendrolimus superans)的种群遗传分化进行分析.13 个引物共产生195条带,其中184条具多态性,总的多态位点百分率为94.36%,扩增谱带具有明显的种间多态性.Shannon 信息指数和Nei信息指数均表明落叶松毛虫群体内的遗传多样性最高,油松毛虫与赤松毛虫则相差不多.各种松毛虫的不同地理居群出现了遗传分化,由Nei指数估计的群体间的遗传分化系数分别为15.50%、32.57%和41.92%.用UPGMA法对Nei′s遗传距离作聚类分析.聚类结果表明:不同地域的油松毛虫遗传距离与地理距离呈一定程度的相关趋势.     

基于SRAP标记的山药种质资源遗传多样性分析

目的:研究我国山药种质资源遗传多样性,为合理利用资源和开展选育种工作提供理论依据。方法:以国内94份山药种质资源为材料,采用SRAP标记并通过NTSYS2.10软件进行SHAN聚类分析、PROJECTION主成分分析;利用POPGENE软件估算遗传多样性参数。结果:从49对SRAP引物中筛选出30对能产生稳定清晰可辨的扩增产物的引物,共扩增出754条DNA带,其中多态性条带616条,占总条带的81.7%。聚类结果表明:当遗传相似系数(GS)为0.822时,可将94份资源分为5类:第Ⅰ类20份、第Ⅱ类43份、第Ⅲ类7份、第Ⅳ类3份、第Ⅴ类21份。第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ类分别为薯蓣、褐苞薯蓣、山薯和参薯。主成分分析结果显示:第一与第二主成分可解释88.34%(82.10%和6.24%)的遗传总变异。遗传多样性参数分析表明:比较5个遗传多样性参数值,5个群体的遗传多样性水平表现为Ⅰ>Ⅴ>Ⅲ>Ⅱ>Ⅳ,第Ⅰ类(薯蓣)遗传多样性水平高;山药遗传群体间遗传分化系数为51.88%,大部分差异存在于群体之间,群体间遗传分化高。结论:山药种质资源丰富且群体遗传分化高,有利于山药新品种的选育。SRAP标记可有效应用于山药种质资源的鉴别和遗传多样性分析。通过DNA指纹鉴定技术鉴别山药品种具有重要性与紧迫性。     

基于SSR标记的紫花风铃木群体遗传多样性分析

为揭示紫花风铃木(Handroanthus impetiginosus)的群体遗传变异特征,对广东省6市12个群体72份种质材料进行遗传多样性和群体遗传结构分析。结果表明,9对引物共扩增出123个等位基因位点,引物的平均多态信息量为0.754,具有较高的多态性。12个群体均具有较高的遗传多样性,群体间平均有效等位基因数为3.272个,平均Shannon指数为1.159。AMOVA分析表明群体间遗传分化程度相对较低,群体内遗传分化程度较高。群体的总体遗传分化系数为0.077,处于中等程度。基于Structure分析、主坐标分析和NJ聚类分析均可将12个群体分为2大类群,分组结果具有一定相似性,表明供试紫花风铃木群体遗传结构较为简单。这为紫花风铃木优良种质资源的利用、遗传变异和科学育种提供了理论参考。     

AFLP分析江西省4个斑点叉尾鮰养殖群体遗传多样性

本文运用AFLP分子标记技术,对江西省4个斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)养殖群体(GZ、XJ、PYA和PYB)进行遗传多样性分析。结果表明,在64对引物组合中,E3/M2、E4/M7、E3/M8和E5/M5引物从4个群体72个体中共扩增出179个位点,其中多态位点为109,占60.89%。其中,PYA、GZ、XJ和PYB群体的多态位点比例(P)分别为56.54%、56.47%、56.32%和56.14%。Shannon多样性指数(I)分别为0.2890、0.3003、0.2896和0.2852,平均杂合度(H)分别为0.1935、0.2027、0.1938和0.1898。4个群体间的遗传分化系数(Gst)为0.1314,说明群体间发生了一定程度的遗传分化,但分子方差分析(AMOVA)显示,群体的遗传变异90.98%来源于群体内的个体间,9.02%来源于群体间。聚类分析也表明,4个群体所产生的遗传分化主要也来源于群体内。本研究为斑点叉尾鮰种质资源的调查和保护提供参考,为斑点叉尾鮰优良品种的选育提供科学依据。     

长江中下游黄鳝遗传多样性的微卫星分析

为了解我国长江中下游地区野生黄鳝(Monopterus albus)的种质资源现状,利用黄鳝微卫星分子标记分析我国长江中下游4个黄鳝野生群体(湖北群体、安徽群体、江苏群体和浙江群体)的遗传多样性水平.通过磁珠富集法获得50个黄鳝徽卫星序列,设计并合成了30对微卫星引物,经筛选得到8对多态性稳定的引物,均为高度多态位点.每对引物扩增得到等位基因数12 -26,平均等位基因数17.4个群体的平均多态信息含量分别为0.804、0.864、0.824和0.736,平均等位基因数分别为9.13、11.00、9.00和7.25,平均期望杂合度分别为0.865、0.918、0.882和0.813,表明4个黄鳝群体遗传多样性丰富,其中安徽群体遗传多样性水平最高,浙江群体相对较低.4个群体间遗传分化指数(FsT)为0.031 2-0.096 5,6.28％的遗传变异存在于群体间,表明4个群体间存在一定的遗传分化.聚类分析显示,浙江群体与安徽群体先聚在一起,再与江苏群体聚为一支,湖北群体单独聚为一支.     

“全红”瓯江彩鲤不同世代间的遗传结构及遗传分化初步分析

利用ISSR技术对"全红"瓯江彩鲤(Cyprinus car pio var. color)4个世代群体的遗传结构及其分化进行了分析。筛选的15个ISSR引物从4个世代群体中分别扩增到120、118、101和110条扩增谱带,全部扩增片段长度在200—2500bp之间。根据扩增结果,利用POPGENE version 1.31进行分析,结果表明:4个群体的多态位点比例(P)为51.49%—67.80%,Shannon信息指数(Ho)为0.2176—0.2745之间,并随着世代的增加,选育群体的遗传多样性呈现下降趋势。有70%的遗传变异来自于群体内;结合遗传分化指数Gst、UPGMA聚类分析,证实"全红"瓯江彩鲤4个世代间存在一定程度的遗传分化,即任意两个群体间的遗传分化达到较大的水平(Gst均为0.1588—0.2766)。     

应用RAPD技术鉴别微生态菌种

目的：建立应用RAPD技术鉴别微生态菌种的方法,提高菌种鉴别水平。方法：应用RAPD（随机扩增多态性）方法,选用5条随机引物,利用PCR方法,对3株长双歧杆菌,3株嗜酸乳杆菌,3株粪肠球菌进行基因组DNA指纹图谱分析。结果：发现不同菌株扩增的DNA片段的大小、数量是有差异的。结论：此方法具有可重复性,方便、快速和准确的优势,可用于微生态制剂生产用菌株的鉴别。     

随机扩增多态性对白色念珠菌分型的估价

利用随机扩增多态性(RAPD-PGR)的方法对48株白念珠菌Candida albicans(Robin)Berkh进行了分析。由初步试验中,随机选用了18种引物,筛选出OPA-14引物,该引物扩增的带型清晰可辨,不同菌株之间扩增的带数6—12条不等,共有6条主带。扩增片段的长度粗略估计在300—2000bp左右。除个别菌株的带型相同以外,大多数菌株之间呈多态性分布,其带型的数目和扩增的片段存在差异。对简单的DNA制备方法,以及RAPD-PCR在临床应用和流行病学调查中的可行性进行了初步探讨。     

RAPD应用于遗传多样性和系统学研究中的问题

在研究银杉（Ｃａｔｈａｙａ ａｒｇｙｒｏｐｈｙｌｌａ）的遗传多样性时,对ＲＡＰＤ 产物的影响因素进行了大量的实验探索,结果表明：逐级纯化的ＤＮＡ 模板的ＲＡＰＤ结果一致, 因而模板制备过程中的很多纯化步骤是不必要的; ＲＮＡ 对扩增产物无影响; 模板浓度在一个相当大的范围内不影响扩增结果; 从干叶和鲜叶中提取的ＤＮＡ 可获得一致的扩增产物; 从而证明ＲＡＰＤ 产物具有很好的重复性。进而讨论了ＲＡＰＤ产物分析及数据分析中的一些问题。通过对升麻属（Ｃｉｍ ｉｃｉｆｕｇａ） ５ 种、类叶升麻（Ａｃｔａｅａ ａｓｉａｔｉｃａ）及松潘乌头（Ａｃｏｎｉｔｕｍ ｓｕｎｇｐａｎｅｎｓｅ）的ＲＡＰＤ 结果分析,认为ＲＡＰＤ 方法可用于种间乃至近缘属间的系统学研究, 但有一定的局限性     

RAPD标记构建水稻分子连锁图

利用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）,在一个水稻（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）的双单倍体（ＤＨ）群体中发展分子标记,仅用５２ 个ＲＡＰＤ标记建成了一个水稻ＲＡＰＤ分子连锁图。该图覆盖基因组的总长度为８９８．４ ｃＭ （ｃｅｎｔｉｍ ｏｒｇａｎ）,标记间的平均间距为１７．３ ｃＭ,它能与用同一群体构成的ＲＦＬＰ图谱互相补充     

RAPD技术的特点及其在昆虫分类中的应用

随机扩增的多态性DNA(RAPD)技术,是近年来发展起来的一项DNA分子水平上 的大分子多态检测手段。由于它具有简捷、灵敏、对材料要求不高,取材少、成本低等优点, 备受人们青睐,在遗传学、分子进化、生物分类等领域被广泛地运用。在昆虫分类的过程中, 由于昆虫的种类繁多,形态、生态差异很大,许多在其它领域被广泛运用的分子生物学技术不能在昆虫分类中充分发挥作用。同时在昆虫分类中出现的一些问题却又需要用涉及遗传本质的分子生物学技术进行探讨和研究。本文就RAPD技术的特点及其在解决昆虫分类中的问题时的优势作一简介。     

香菇菌株分子鉴别技术的分辨率比较

本研究运用酯酶同工酶、RAPD、IGS1和IGS24种方法鉴别2个野生香菇菌株和19个栽培香菇菌株,并比较这4种鉴别方法的分辨率,结果表明:16条酯酶同工酶带中有15条具有多态性,将21个供试菌株分成11个类型,分辨率为0.92;10个随机扩增引物共扩增出86个DNA片段,其中95.3%具有多态性,将21个供试菌株分成16个类型,分辨率为0.97;IGS1将21个供试菌株分成7个类型,分辨率为0.81;IGS2将21个供试菌株分成7个类型,分辨率为0.73。这4种鉴别方法中RAPD的分辨率最高,与这4种鉴别方法的综合分析结果相同,因此RAPD可以作为香菇菌株鉴别的可靠依据。     

草鱼和鲤群体遗传变异的RAPD指纹分析

利用随机扩增多态ＤＮＡ技术对革鱼,兴国红鲤,野鲤的种群内,种群间以及种间的遗传变异亏待进行了定量分析。结果表明;草鱼与鲤的ＲＡＰＤ指纹图谱带型差异显著,草鱼与红鲤和鲤种间的平均带纹相似系数分别为０．２５８３和０．２３９４,遗传距离分别达到０．９３６２和１．２２７７。     

用RAPD技术对特化等级裂腹鱼类亲缘关系的探讨

为确定特化等级裂腹鱼类的遗传分化关系 ,对 7种 2 2个裂腹鱼个体进行随机扩增多态DNA(RAPD)研究。从所使用的 40个随机引物中 ,选择了 37个扩增带谱清晰的引物进行分析。根据构建的分子系统树显示 ,特化等级裂腹鱼类划分为 3个属级分类单元较为合适 ,这与采用形态学特征进行系统分析所得出的结论一致。在 2 2个个体之间遗传距离矩阵中 ,最大的遗传距离指数达到了 90 38% ,此外 ,还有较多的遗传距离指数也在 6 0 %～ 90 %之间。通过分析 ,认为用RAPD标记技术来分析属级或属级以上分类单元的亲缘关系 ,具有一定的适用性。对于一些遗传差异较大的类群 (如裂腹鱼类 ) ,应用属级或属级以上分类单元的亲缘关系 ,很可能会出现个体之间遗传距离接近或达到 10 0 %的情况 ,从而无法探讨其相互之间的亲缘关系。