广西不同时期IBV分离株S1基因高变区Ⅰ的遗传变异分析

对广西1985-2007年间分离到的22株传染性支气管炎病毒（IBV）的S1基因高变区I（HVRI）进行序列测定,并与发表的其他IBV参考株及鸽子分离的冠状病毒株的基因序列进行比较和分析。系统进化关系显示毒株可分为5个基因群,其中有16个广西分离株属第1群,它们与鸽子冠状病毒分离株的氨基酸序列同源性较高,与Massachusetts（Mass）型疫苗株的同源性较低。有15个分离株在33-34位和34～35之间分别有4个和3个氨基酸残基的插入,GX-NN6在33～34位和34～35位之间则均有4个氨基酸残基的插入;GX-YL1、GX-NN2与常用的Mass型疫苗株的亲缘关系最近,同属于第Ⅱ群;GX-G、GX-XD与日本同一时期分离的毒株JP Miyazaki 89亲缘关系最近,属于第Ⅲ群;GX-YL6、GX-NN7与欧洲毒株4／91亲缘关系较近,属于第V群。结果表明广西存在着多种类型IBV毒株的流行,毒株S1基因HVRI碱基的突变或插入比较普遍,可导致其氨基酸序列的变化,绝大部分毒株与目前常用的Mass型疫苗株的亲缘关系较低。同一时期的分离株同源性较高,但无明显的地域性差异。     

中国2000—2004年鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析

对2000-2004年从中国9个省市分离到的13株IBV的核蛋白基因片段进行序列测定及分析的结果表明,13株IBV分离株核蛋白基因均含有一个长1230bp的ORF,但存在基因突变现象。与GenBank中的42株参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,系统进化关系显示55株IBV毒株分属于9个群。第Ⅰ-Ⅲ群主要包括美国、日本、荷兰等国家以及中国的部分IBV分离株和疫苗株。其中本研究中的CK/CH/LHN/00I可能为一株分离的疫苗毒,CK/CH/LSD/03I、CK/CH/LDL/01I可能为重组毒。而中国近十年来分离的IBV毒株主要分布在第Ⅵ-Ⅷ群中,此3群内IBV毒株之间N蛋白推导氨基酸同源性为88.3%～100%,与其他各群之间同源性为62.3%～95.1%。因此,此基因型的IBV毒株可能在中国已有较长时期的存在且发生了较大程度的变异。其中第Ⅵ群中两株韩国分离株与中国IBV分离株具有较近的亲缘关系。以上结果表明,中国大多数IBV分离株在N基因进化关系上较为独立,与国外毒株相比,和韩国毒株进化关系密切。此外,中国IBV毒株基因重组现象更加普遍,尤其是疫苗毒和野毒之间的重组。     

中国2000-2004年鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析

对2000-2004年从中国9个省市分离到的13株IBV的核蛋白基因片段进行序列测定及分析的结果表明,13株IBV分离株核蛋白基因均含有一个长1230bp的ORF,但存在基因突变现象.与GenBank中的42株参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,系统进化关系显示55株IBV毒株分属于9个群.第Ⅰ-Ⅲ群主要包括美国、日本、荷兰等国家以及中国的部分IBV分离株和疫苗株.其中本研究中的CK/CH/LHN/00I可能为一株分离的疫苗毒,CK/CH/LSD/03I、CK/CH/LDL/01I可能为重组毒.而中国近十年来分离的IBV毒株主要分布在第Ⅵ-Ⅷ群中,此3群内IBV毒株之间N蛋白推导氨基酸同源性为88.3%～100%,与其他各群之间同源性为62.3%～95.1%.因此,此基因型的IBV毒株可能在中国已有较长时期的存在且发生了较大程度的变异.其中第Ⅵ群中两株韩国分离株与中国IBV分离株具有较近的亲缘关系.以上结果表明,中国大多数IBV分离株在N基因进化关系上较为独立,与国外毒株相比,和韩国毒株进化关系密切.此外,中国IBV毒株基因重组现象更加普遍,尤其是疫苗毒和野毒之间的重组.     

中国1995～2004年鸡传染性支气管炎病毒地方分离株膜蛋白基因的遗传变异分析

应用RT-PCR方法扩增到了我国1995～2004年20株IBV现地分离株的膜蛋白(Membrane,M)基因片段.序列测定表明,20株IBV分离株M基因开放阅读框由672～681bp组成,编码由223～226个氨基酸残基组成的多肽.与我国分离株LX4相比,M基因推导氨基酸序列的变异主要发生在2～17位、221～223位,其中4～6位存在氨基酸的插入和缺失,导致IBV毒株间M蛋白糖基化位点的差异.与GenBank中34株IBV参考毒株M蛋白基因推导氨基酸序列进行比较和分析,系统进化关系显示54株IBV毒株分属于5个进化群.我国IBV分离株M基因在进化关系上较为独立,主要分布在第Ⅱ群和第Ⅳ群,其中第Ⅱ群分离株和中国台湾毒株进化关系密切.此外,参考IBV国内分离株S1基因及N基因系统发育进化树的研究结果,并与M基因进行比较,表明我国IBV也存在着基因重组现象,尤其是疫苗毒和流行毒之间的重组.     

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株3'端非编码区序列分析

本研究应用RT-PCR方法扩增出分离自广西的26株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)以及参考株M41和疫苗株H120、Ma5和4/91的3'端非编码区(3'UTR)的cDNA,并对其进行了克隆、序列测定、比较及其系统进化分析。序列分析结果表明,与Beaudette株的3'UTR序列相比较,26株分离的IBV中有1株和3株的分离株3'UTR序列分别插入了23个和2个碱基,另外有12株、6株、1株、2株和1株的分离株3'UTR序列分别缺失了1个、2个、22个、29个和84个碱基,不同毒株之间碱基数量最大相差达107个碱基。系统进化分析结果表明,26株分离株可分为4群,其中21株属于第Ⅰ群,与经典疫苗株H120的核苷酸同源性均较低(54.4%～75.5%);3株与4/91同属于第Ⅱ群;1株与H120同属于第Ⅲ群;另外1株单独属于Ⅴ群。综上所述,广西流行IBV的绝大部分毒株在3'UTR序列上与目前常用的疫苗株相比都发生了很大的变异,而且存在多种形式的碱基缺失和插入现象。由此,我们认为流行株的变异可能是疫苗不能提供有效保护的主要原因。     

引起免疫失败的IBV分离株的生物学特性及结构基因分析

本研究应用鸡胚尿囊腔接种的方法,从广西患传染性支气管炎的免疫失败的病鸡中分离到一株传染性支气管炎病毒(IBV)(命名GX-YES),通过间接血凝试验、动物回归试验和气管环交叉中和试验对该毒株进行鉴定和主要生物学特性的研究,同时利用RT-PCR技术扩增克隆该病毒的SI基因和N基因并测定其核苷酸序列.结果表明:该病毒株有间接血凝性;致病性较强;血清型不同于常用疫苗株H120、Ma5、4/91.同源性分析表明,SI基因核苷酸和氨基酸序列与参考株的同源性分别为63.5%～81.2%和50.7%～78.8%;N基因核苷酸和氨基酸序列与参考株的同源性分别为85.7%～87.2%和89.5%～91.7%;SI基因和N基因系统进化分析表明分离株与其它参考毒株的亲缘关系较远.SI基因和N基因分型与血清学试验结果相吻合.本研究结果提示了广西分离株GX-YL5可能是一个新的变异株,这可能是目前免疫失败的重要因素,同时也为研制适合本地使用的IBV疫苗提供了科学依据和物质基础.     

中国1995～1999年鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析

应用RT-PCR方法扩增到了我国1995~1999年10株IBV现地分离株的核蛋白基因片段,并将其进行了克隆、序列测定及分析。结果发现,10株IBV分离株核蛋白基因均含有一个长1 230bp的ORF,编码由409个氨基酸残基组成的多肽,未发现碱基的插入和缺失。与GenBank中的20个IBV参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,发现本研究分离的毒株主要分布于3个群中,该3群病毒主要包括我国IBV现地分离株。对n基因及其局部功能区序列比较发现,我国分离株与H120疫苗株N蛋白存在广泛的氨基酸变异。通过与s1基因系统发育进化树比较发现,我国IBV分离株存在基因重组现象。以上结果表明我国1995~1999年IBV毒株存在基因突变和基因重组现象。     

鸡传染性支气管炎病毒中国分离株LX4纤突蛋白基因分子特征

应用RT-PCR方法分别扩增了中国地方分离株IBV LX4 S1和S2基因并进行了基因的克隆和序列测定.结果发现,LX4 S基因由3495个核苷酸组成,编码一条1164个氨基酸残基组成的多肽.S基因编码产物裂解后形成的S1和S2亚单位分别由539和625个氨基酸残基组成.LX4 S基因推导氨基酸切割识别位点序列为HRRRR,与A2、SD/97/02和Z株相同,而与其它国内外参考毒株不同.与国内外10株已报道的具有全S基因序列的IBV参考毒株比较,LX4与国内分离毒株SD/97/02的核苷酸和氨基酸同源性最高.与32株国内外参考毒株的S1基因进化树分析比较表明,LX4与A2、SD/97/02、Z、TJ/96/02、JX/99/01和SAIBWJ等7个国内分离株在同一亚群内.在该亚群内,LX4与A2和SD/97/02亲缘关系更近,且三者在高变区和抗原表位均具有高度的同源性,而与本亚群内其它参考毒株对应的高变区和抗原表位同源性差异较大.LX4与H120 S1基因编码氨基酸的同源性虽然高于其它国外参考毒株,但同源性仍然较低,为75%.与参考毒株比较,LX4 S2基因的点突变造成其推导的氨基酸序列有11个位点发生改变,这些突变可能影响S2与S1蛋白之间的相互作用,从而影响S蛋白与特异性抗体的结合.     

几种鸡传染性支气管炎病毒活疫苗对中国流行毒株CK/CH/LDL/97I的保护作用评价

选择我国应用的五株鸡传染性支气管炎活疫苗毒株(JAAS、IBN、Jlin、J9和H120)和当地流行毒株(CK/CH/LDL/97 Ⅰ)作为研究对象,对其S1基因进行序列比对分析,结果表明疫苗株与流行毒株的核昔酸序列及推导的氨基酸序列同源性分别不超过76.4%和78.7%.S1基因的核苷酸系统发育树显示,疫苗株与流行毒株分属不同进化群,亲缘关系较远,属于不同的基因型.用这五株活疫苗进行针对强毒株CK/CH/LDL/97Ⅰ株的免疫保护实验,可见临床发病率为30%～100%;攻毒5d后每组随机扑杀10只鸡,采集器官,应用RT-PCR法检测病毒,气管样品病毒检出率为50%～90%,肾脏样品病毒检出率为10%～30%.由此可见:我国目前使用的主要活疫苗对异种IBV分离株的感染不能提供完全的保护作用.     

传染性支气管炎病毒(IBV)国内分离毒株的分子流行病学分析

选择9个来自我国不同地区的传染性支气管炎病毒(IBV)地方毒株,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分别扩增出它们的完整S1基因,再将各扩增产物与T载体连接转化,筛选出相应毒株的阳性克隆,采用双脱氧链终止法测定基因序列。将这些国内分离毒株、我国常用疫苗毒株和国际上其他血清型的代表参考毒株一起,用DNAstar软件分别进行基因与氨基酸系统发生进化关系分析,结果将这些毒株分成3群：Ⅰ群内的毒株与疫苗毒株H120和M41的同源性很高,Ⅱ群内的毒株与其他毒株的同源性较低,Ⅲ群内的毒株与疫苗毒株有一定的同源性。3个群的毒株以疫苗毒株H120为核心,形成进化距离的梯度,提示弱毒疫苗的使用可能是我国IBV流行毒株的主要来源之一。分析结果还显示,我国IBV的分离毒株没有明显的时间和地理分布规律可循。     

广西12株狂犬病野毒株的g基因序列测定与分析

对广西12株狂犬病病毒株g基因全序列进行测序分析,结果显示广西毒株属于Ⅰ型,可分为3个群,即Ⅰ群、Ⅱ群和Ⅲ群.GX01、GX08、GX09、GX014、GX091、GX195、GX260、GXLA 8株为Ⅰ群,GX219、GX074、GXBM 3株为Ⅱ群,GXN119株为Ⅲ群.Ⅰ群的广西毒株g基因核苷酸的同源性为97.6%～99.9%,氨基酸同源性在97.7%～100%之间;Ⅱ群的核苷酸的同源性为98.2%～99.0%,氨基酸的同源性在98.5%～99.2%之间.糖蛋白在主要的抗原位点GⅠ、GⅡ区以及与中和抗原有关的36、263、367位氨基酸没有变异,GⅢ区上只有Ⅱ群在332位缬氨酸变异为异亮氨酸,G蛋白上的氨基酸主要在-2、-5、-13、-14、-15、-16、90、96、132、140、156、168、170、204、241、249、253、264、289、332、382、427、436、445、463、474位共26个氨基酸发生了变异,这些氨基酸的变异具有群的特异性.     

鸡传染性支气管炎病毒广西分离毒株抗原相关性的研究

本研究将26个传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)广西分离毒株以及参考株M41和常用疫苗株H120、Ma5和4/91共30个毒株,分别与根据这些毒株S1基因高变区Ⅰ的基因分型结果而选取的属于3个不同亚群的7个代表性分离毒株和常用疫苗株H120、Ma5和4/91制备的共10个单因子血清,在鸡胚气管环培养(TOC)上进行病毒中和试验,然后根据中和试验结果对1985～2008年间课题组所分离的26个IBV广西地方流行毒株与3个常用疫苗株H120、Ma5和4/91以及参考毒株M41的抗原相关性及其血清型进行分析。结果显示,30个试验的毒株分属7个不同的血清型,其中26个分离株有两个优势血清型(占总分离株的68%),分别是血清1型(包含13个毒株)和血清2型(包含5个毒株)。此外,我们还将分离毒株的血清分型结果与重要抗原基因(包括S1、N、M和3′UTR)的分型结果之间的关系进行了比较,发现它们之间的分型结果不尽相同。研究结果表明,近年来广西存在多个血清型IBV的流行而且不同时期流行的优势血清型不同,分离毒株之间以及分离毒株与疫苗毒株之间的抗原相关性也存在着差异。     

我国猪繁殖与呼吸综合征病毒NT0901分离株分子特征

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)是目前引起国内外养猪业严重经济损失的重要病原之一,病毒基因和毒力变异较大。PRRSV NT0801株分离自我国发病猪群,毒力较强,但NSP2基因不存在高致病性PRRSV 30个氨基酸的缺失。为了进一步阐明该分离株的分子特征,本研究对该毒株全基因序列进行了测定和分析,结果该毒株基因组全长15 439 bp,其中包含29 nt Poly(A)。与高致病性PRRSV毒株JXA1比较,核酸序列同源性为96.7%,推导的GP3和GP5氨基酸序列同源性分别为97.2%和98.5%,但NSP2基因无30个氨基酸的缺失;与传统型毒株ch-1a比较,推导的GP3和GP5氨基酸序列同源性分别为92.9%和91.5%;基因进化树分析结果显示其介于高致病性和传统PRRSV毒株之间。与其它不同毒力PRRSV分离株基因序列比较,未发现明显重组信号。不同毒力毒株氨基酸残基比对分析结果显示,15个位点潜在毒力相关氨基酸残基中,该毒株有9个与高致病性PRRSV毒株一致,3个与高致病性PRRSV毒株不同,但与传统型和JXA1疫苗株相同,1个位点只与JXA1疫苗株相同,2个与其它毒株都不相同。表明该分离株与高致病性PRRSV密切相关,PRRSV流行毒株变异与基因突变有关,从而为该病毒毒力基因定位研究奠定了基础。     

鹅新城疫病毒P基因的RNA编辑及其相关蛋白的分子特征

应用RT-PCR方法对鹅新城疫病毒安徽分离株WF00GP基因进行了RNA编辑分析,发现w‰GP基因在保守的编辑位点上插入一个G,使得P基因增加编码V蛋白,而且它的最大ORF的长度为1188bp,编码395个氨基酸的P蛋白。wkG株和参考毒株的P基因的同源性和系统发育分析表明,WF00G株与水禽源毒株NA．1、ZJ1、FPI／02、PX2／03、Duck／1／05和SF02等亲缘关系较近,与传统疫苗株或弱毒株HB92、LaSota和Clone30以及F48E9等的亲缘关系相对较远。进一步对其V蛋白羧基端序列分析发现,虽然编辑位点氨基酸序列（132KKG134）和羧基端的5个Cys残基位点是高度保守的,但是V蛋白c末端氨基酸存在较大变异,APMV-1毒株V蛋白羧基端氨基酸的突变呈现“基因型一致性”。     

禽Ⅰ型副粘病毒f基因克隆及序列分析

用RT—PCR一步法对云南省不同禽类(鸡、鸽子)3株禽Ⅰ型副粘病毒F基因进行扩增和克隆,并对其f基因片段核苷酸序列进行分析,结果表明,云南省禽Ⅰ型副粘病毒各毒株同源性为88．1％--94．9％,与疫苗株LaSota和强毒株F48E9的同源性为85．6％。所分离两株新城疫病毒在F蛋白裂解位点区(112—117aa)的氨基酸序列与强毒株在这一区域的序列完全相同,表明为强毒株。鸽Ⅰ型副粘病毒F蛋白裂解位点区的氨基酸序列与PPMVZQ98—1株在这一区域的序列完全相同,揭示为中强毒株。以1662bp核苷酸绘制系统发育树,表明云南地方新城疫病毒届于基因Ⅶ型,鸽Ⅰ型副粘病毒届于基因Ⅵ型。     

广西12株狂犬病野毒株的g基因序列测定与分析

对广西12株狂犬病病毒株g基因全序列进行测序分析,结果显示:广西毒株属于I型,可分为3个群,即Ⅰ群、Ⅱ群和Ⅲ群。GX01、GX08、GX09、GX014、GX091、GX195、GX260、GXLA8株为Ⅰ群,GX219、GX074、GXBM3株为Ⅱ群,GXN119株为Ⅲ群。Ⅰ群的广西毒株g基因核苷酸的同源性为97.6%～99.9%,氨基酸同源性在97.7%～100%之间;Ⅱ群的核苷酸的同源性为98.2%～99.0%,氨基酸的同源性在98.5%～99.2%之间。糖蛋白在主要的抗原位点GI、GⅡ区以及与中和抗原有关的36、263、367位氨基酸没有变异,GⅢ区上只有Ⅱ群在332位缬氨酸变异为异亮氨酸,G蛋白上的氨基酸主要在-2、-5、-13、-14、-15、-16、90、96、132、140、156、168、170、204、241、249、253、264、289、332、382、427、436、445、463、474位共26个氨基酸发生了变异,这些氨基酸的变异具有群的特异性。     

鸭甲肝病毒3型2012年山东分离株VP1基因的序列分析

为揭示近年来鸭甲肝病毒3型(DHAV-3)中国分离株VP1基因的遗传变异规律,本研究对2012年从山东省分离到的13株DHAV-3的VP1基因分别进行PCR扩增、序列测序与分析。结果显示,13株DHAV-3的VP1基因均由720个核苷酸组成,共编码240个氨基酸,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为94.6%～99.9%和95.0%～100%。与GenBank中公布的31株DHAV-3的VP1基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92.5%～100%和90.8%～100%。系统进化分析显示,DHAV-3可分为两个基因型,其中除疫苗毒B63之外所有中国分离株均属于GⅠ型,越南分离毒株主要属于GⅡ型S1亚型,而韩国分离株组成GⅡ型中的S2亚型,具有明显的地域特征。