温胆汤影响粪菌移植诱导的广泛性焦虑障碍小鼠海马组织miRNA的表达

摘要 目的：探究人源粪菌移植诱导的广泛性焦虑障碍模型小鼠海马组织miRNAs的表达变化及温胆汤对miRNAs的调控作用。方法：实验组经过14天的抗生素洗脱及14天5次的粪菌移植,最后7天给药治疗。实验结束后,通过旷场实验与高架实验检测是否发生焦虑样改变。采用高通量测序方法,分析实验组小鼠海马miRNAs的表达水平,结合网络分析及富集分析方法得到关键miRNAs,并通过RT-PCR实验进行验证。结果：旷场实验中,焦虑模型组较正常模型组移动总距离（P<0.05）、中央格停留时间（P<0.01）及穿格次数（P<0.05）显著降低,经温胆汤治疗后,除总距离外均显著升高（P<0.05）;高架实验中,焦虑模型组较正常模型组开放臂进入次数百分比（P<0.05）和开放臂停留时间百分比（P<0.01）显著降低,经温胆汤治疗后均显著升高（P<0.01）;高通量测序结果显示,实验组重叠且方向一致的miRNAs有12个,其中显著差异的关键miRNAs共9个,注释得到353个靶基因。KEGG结果显示,miRNA可能通过MAPK信号通路、谷氨酸能神经通路、钙信号通路、mTOR信号通路参与调控过程。GO结果显示,miRNA可能通过DNA转录的正调控、突触囊泡胞外分泌的调节、突触前组装调节、神经元动作电位的传播、谷氨酸能突触参与调控过程。RT-PCR结果显示,温胆汤可能通过调控miR-26a-1-3p等miRNAs达到治疗作用。结论：焦虑患者肠道菌群失常导致miR-7a-5p、miR-3077-3p、miR-26a-1-3p等miRNAs异常表达,温胆汤通过调节miR-26a-1-3p等miRNAs达到治疗作用。     

糖尿病病理性神经痛大鼠坐骨神经中miR-133a的上调对疼痛阈值的影响及机制

摘要 目的：探究糖尿病病理性神经痛大鼠坐骨神经中miR-133a的上调对疼痛阈值的影响及机制。方法：使用NGS测序和定量PCR分析糖尿病病理性神经痛大鼠坐骨神经中的相关 miRNA表达,预测潜在下游目标。使用miR-133a-3p转染的 RSC96细胞进行体外实验。使用微蛋白质印迹和蛋白质印迹以及免疫荧光分析验证miR-133a-3p的作用。使用miR-133a-3p拮抗剂分析miR-133a-3p与DNP之间的关联。结果：miR-133a-3p模拟物增加了RSC96细胞中VEGFR-2、p38αMAPK、TRAF-6和PIAS3的表达,并降低了NFκB p50和MKP3的表达（P＜0.05）。在正常大鼠中,AAV-miR-133a-3p通过神经内注射到坐骨神经中可诱导机械性异常性疼痛和p-p38 MAPK激活（P＜0.05）。在DM大鼠中,miR-133a-3p 拮抗剂给药可减轻DNP并下调p-p38磷酸化（P＜0.05）。结论：坐骨神经中miR-133a-3p的过度表达会引起这种疼痛,miR-133a-3p可能是患有神经性疼痛的患者的有用治疗靶点。     

弱精子症精子中miRNAs特异表达及潜在致病靶点的分析

摘要 目的：弱精子症可见于40%的不育男性,其特征是精子活力低下。微小RNA（MicroRNAs,miRNAs）在精子发生中发挥重要作用,但关于精子中miRNAs在弱精子症中的作用知之甚少。本研究试图初探miRNAs在弱精子症的分子机制。方法：收集了重度弱精子症患者和健康男性的精子样本,采用高通量序列技术来识别差异表达的miRNAs,并对差异显著的miRNAs进行生物信息学分析。通过qRT-PCR 证实了2个特异性改变的 miRNA及其靶基因表达情况。结果：重度弱精子症患者与正常男性相比,共有146 个miRNAs（P＜0.05; |log2 Fold Change|＞1）发生改变,其中表达上调的52个,下调的94个;预测上下调幅度最显著的前10个miRNAs 的靶基因,同时在miRDB和TargetScan 数据库存在的靶基因共有1407个。富集分析结果显示,miRNAs的靶基因富集于精子细胞的生物过程,还参与精子细胞的氧化代谢、刺激反应、增殖和分化以及凋亡等生物过程。通路分析显示,靶基因可能参与细胞自噬、细胞衰老、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、mTOR信号通路等。其中,在弱精子症精子中特异性上调的hsa-miR-371a-5p和hsa-miR-2355-5p,预测靶基因分别为自噬效应蛋白Beclin1和线粒体内膜蛋白抑素2（prohibitin2,PHB2）,二者直接参与线粒体自噬过程。qRT-PCR结果显示随着精子活力的降低,精子中hsa-miR-371a-5p和hsa-miR-2355-5p的表达量升高。结论：本研究发现弱精子症患者精子中特异性失调的miRNAs及其靶基因,为后续深入研究低活力精子中miRNAs参与调控线粒体自噬功能的机制提供新思路和理论依据。     

肝细胞癌组织miR-124-3p、miR-212-5p表达与PI3K/Akt信号通路和预后的关系研究

摘要 目的：探讨肝细胞癌组织中微小核糖核酸（miR）-124-3p、miR-212-5p表达与磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路和预后的关系。方法：选择2017年9月至2019年9月徐州医科大学附属医院肝胆外科收治的93例肝细胞癌患者,采用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）检测肝细胞癌组织中miR-124-3p、miR-212-5p、PI3K 信使RNA（mRNA）、Akt mRNA的表达。Pearson相关性分析miR-124-3p、miR-212-5p表达与PI3K/Akt信号通路相关mRNA表达的相关性。绘制Kaplan-Meier生存曲线,Log-Rank检验不同miR-124-3p、miR-212-5p表达肝细胞癌患者3年总生存率（OS）的差异。结果：肝细胞癌组织中miR-124-3p表达低于癌旁组织（P＜0.05）,miR-212-5p、PI3K mRNA、Akt mRNA表达高于癌旁组织（P＜0.05）。肝细胞癌组织中miR-124-3p表达与PI3K mRNA、Akt mRNA表达呈负相关（P＜0.05）,miR-212-5p表达与PI3K mRNA、Akt mRNA表达呈正相关（P＜0.05）。Ⅱa期、低分化患者肝细胞癌组织中miR-124-3p表达低于Ⅰa-Ⅰb期、中高分化患者（P＜0.05）,miR-212-5p表达高于Ⅰa-Ⅰb期、中高分化患者（P＜0.05）。随访期间死亡37例, miR-124-3p低表达组3年OS为42.55%,低于miR-124-3p高表达组的78.26%（P＜0.05）,miR-212-5p高表达组3年OS为50.00%,低于miR-212-5p低表达组的71.11%（P＜0.05）。结论：肝细胞癌组织中miR-124-3p表达下调,miR-212-5p表达上调,且与肝细胞癌PI3K/Akt信号通路激活,PI3K mRNA和Akt mRNA高表达,低分化,CNLC分期Ⅱa期以及低OS有关。     

宫颈癌组织miR-200b-5p、miR-424-5p表达与临床病理特征、PI3K/AKT/mTOR信号通路和预后的关系研究

摘要 目的：探讨宫颈癌组织微小核糖核酸（miRNA）-200b-5p、miR-424-5p表达与临床病理特征、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（PI3K/AKT/mTOR）信号通路和预后的关系。方法：选取2016年7月～2019年6月西安市中心医院收治的123例宫颈癌患者,采用定量聚合酶链式反应（qPCR）检测癌组织与癌旁组织中miR-200b-5p、miR-424-5p、PI3K信使RNA（mRNA）、AKT mRNA、mTOR mRNA表达。分析miR-200b-5p、miR-424-5p表达与PI3K mRNA、AKT mRNA、mTOR mRNA表达的相关性及与临床病理特征的关系。采用K-M法绘制不同miR-200b-5p、miR-424-5p表达宫颈癌患者生存曲线。结果：与癌旁组织比较,宫颈癌组织中miR-200b-5p、miR-424-5p表达降低,PI3K mRNA、AKT mRNA、mTOR mRNA表达升高（P＜0.05）。Pearson相关性分析显示,宫颈癌组织中miR-200b-5p、miR-424-5p表达与PI3K mRNA、AKT mRNA、mTOR mRNA表达均呈负相关,PI3K mRNA、AKT mRNA、mTOR mRNA表达呈两两相关（P＜0.05）。miR-200b-5p、miR-424-5p表达与宫颈癌分化程度、国际妇产科联盟（FIGO）分期和淋巴结转移有关（P＜0.05）。随访3年,123例宫颈癌患者累积生存率为62.60%（77/123）。K-M生存曲线分析显示,miR-200b-5p、miR-424-5p高表达组累积生存率分别高于miR-200b-5p、miR-424-5p低表达组（P＜0.05）。结论：宫颈癌组织中miR-200b-5p、miR-424-5p低表达,与分化程度、FIGO分期、淋巴结转移、PI3K/AKT/mTOR信号通路和预后有关。     

喉鳞状细胞癌组织miR-1207-5p、miR-186-5p表达水平与PI3K/Akt信号通路、临床病理特征和预后的关系

摘要 目的：探讨喉鳞状细胞癌（LSCC）组织miR-1207-5p、miR-186-5p表达水平与磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、临床病理特征和预后的关系。方法：选取2017年1月至2020年1月南充市中心医院收治的120例LSCC患者,取手术切除的LSCC组织和癌旁组织。检测miR-1207-5p、miR-186-5p、PI3K mRNA、Akt mRNA表达。患者出院后随访3年,统计总生存（OS）和无复发生存（RFS）情况。分析miR-1207-5p、miR-186-5p与PI3K、Akt的相关性以及影响LSCC患者预后的因素。结果：LSCC组织miR-1207-5p、miR-186-5p表达低于癌旁组织（P＜0.05）,PI3K mRNA、Akt mRNA表达高于癌旁组织（P＜0.05）。LSCC组织miR-1207-5p、miR-186-5p表达与PI3K mRNA、Akt mRNA表达呈负相关（P＜0.05）。肿瘤直径≥1 cm、低分化、TNM分期Ⅲ期、颈部淋巴结转移LSCC组织中miR-1207-5p、miR-186-5p表达低于肿瘤直径＜1 cm、中高分化、TNM分期Ⅰ～Ⅱ期、无颈部淋巴结转移（P＜0.05）。miR-1207-5p低表达、miR-186-5p低表达LSCC患者3年总生存（OS）率和无复发生存（RFS）率低于miR-1207-5p高表达、miR-186-5p高表达LSCC患者（P＜0.05）。多因素COX回归分析显示TNM III期、颈部淋巴结转移是LSCC患者复发和死亡的危险因素（P＜0.05）,高miR-1207-5p、高miR-186-5p是保护因素（P＜0.05）。结论：LSCC组织中miR-1207-5p和miR-186-5p表达均下调,与LSCC恶性病理特征、PI3K/Akt信号通路激活以及低生存率有关。     

结直肠癌组织miR-137-3p、miR-410-3p表达水平与上皮间充质转化和预后的关系分析

摘要 目的：探讨结直肠癌（CRC）组织微小RNA-137-3p（miR-137-3p）、微小RNA-410-3p（miR-410-3p）的表达与上皮间充质转化（EMT）和预后的关系。方法：选取2017年2月至2019年2月本院收治的115例接受CRC根治术治疗的患者，采用实时荧光定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）检测癌组织及癌旁组织中miR-137-3p、miR-410-3p表达、EMT标志物E-钙粘蛋白（E-cadherin）、波形蛋白（Vimentin）的mRNA表达并进行相关性分析，分析癌组织中miR-137-3p、miR-410-3p表达与CRC临床病理特征的关系。术后随访3年，采用Kaplan-Meier法分析miR-137-3p、miR-410-3p高表达和低表达患者的预后情况。结果：癌组织中miR-137-3p表达及E-cadherin mRNA表达水平低于癌旁组织，miR-410-3p表达及Vimentin mRNA表达水平高于癌旁组织（P＜0.05）。癌组织中miR-137-3p表达与E-cadherin mRNA表达水平、miR-410-3p表达与Vimentin mRNA表达水平分别呈正相关（P＜0.05），癌组织中miR-137-3p表达与Vimentin mRNA表达水平、miR-410-3p表达与E-cadherin mRNA表达水平分别呈负相关（P＜0.05）。miR-137-3p、miR-410-3p表达与TNM分期、肿瘤分化程度、淋巴结转移有关（P＜0.05）。Kaplan-Meier生存曲线分析显示，miR-137-3p低表达、miR-410-3p高表达患者3年累积生存率下降（P＜0.05）。结论：CRC组织中miR-137-3p表达下调、miR-410-3p表达上调，miR-137-3p、miR-410-3p表达水平与EMT密切相关，且miR-137-3p高表达、miR-410-3p低表达患者的预后更好。     

大鼠肝纤维化相关microRNA及其候选靶基因的筛选

microRNAs (miRNAs)是一类功能性非编码RNA,在多种生物过程中具有重要作用.然而,miRNA的表达模式、调控网络以及参与肝纤维化的miRNA仍有待阐明.为了探讨与肝纤维化相关的miRNA及其靶基因的功能,为临床肝纤维化治疗提供理论依据,本研究前期已采用胆管结扎法(BDL)建立大鼠胆汁淤积性肝纤维化模型.从大鼠肝脏中提取总RNA,应用基因芯片技术对胆汁淤积性肝纤维化肝组织中miRNA和mRNA表达谱进行综合分析;结合生物信息方法分析在胆汁淤积性肝纤维化中差异表达miRNA可能的靶基因;实时荧光定量PCR技术检测TGF-β1处理人肝星状细胞LX-2细胞中miR-29a-3p、miR-194-5p和miR-22-3p相对表达水平.结果 表明,与正常肝组织相比,纤维化肝组织中有48个差异表达miRNA (FC＞2,P＜0.05),其中36个上调,12个下调;筛选出18个预测靶基因参与与纤维化相关的生物过程;TGF-β1处理LX-2细胞中miR-29a-3p、miR-194-5p和miR-22-3p相对表达水平显著下调(P＜0.05).本研究筛选的差异表达miRNAs通过调节靶基因的表达在肝纤维化中可能发挥重要作用,将为miRNA在肝纤维化中的作用提供新的见解.     

血清微小RNA-141-3p、微小RNA-150-5p与鼻咽癌患者临床病理特征和放疗敏感性的关系研究

摘要 目的：探讨血清微小核糖核酸（miRNA）-141-3p、miR-150-5p与鼻咽癌（NPC）患者临床病理特征和放疗敏感性的关系。方法：收集2019年1月～2022年7月在我院接受放疗的92例NPC患者为NPC组,根据放疗疗效分为抵抗组和敏感组,另选取同期80名在我院体检的健康志愿者为对照组。比较对照组、NPC组血清miR-141-3p、miR-150-5p表达。分析NPC患者血清miR-141-3p、miR-150-5p表达与临床病理特征的关系。利用单因素和多因素Logistic回归分析NPC患者放疗抵抗的影响因素。结果：与对照组比较,NPC组血清miR-141-3p表达升高,miR-150-5p表达降低（P＜0.05）。NPC患者血清miR-141-3p、miR-150-5p表达在不同分化程度、TNM分期和淋巴结转移中比较有差异（P＜0.05）。92例NPC患者放疗抵抗发生率为22.83%（21/92）。单因素分析显示,抵抗组TNM分期Ⅲ～Ⅳa期和miR-141-3p ≥ 2.60比例高于敏感组,miR-150-5p ≥ 0.80比例低于敏感组（P＜0.05）。多因素Logistic回归分析显示,miR-141-3p ≥ 2.60为NPC患者放疗抵抗的独立危险因素,miR-150-5p ≥ 0.80为独立保护因素（P＜0.05）。结论：NPC患者血清miR-141-3p高表达,miR-150-5p低表达,与分化程度、TNM分期、淋巴结转移和放疗敏感性有关,有望成为NPC患者放疗抵抗的评价指标。     

miR-324-5p、miR-605-3p在脑胶质瘤组织的表达及与临床病理参数和预后的关系

摘要 目的：探讨微小核糖核酸（miRNA）-324-5p、miR-605-3p在脑胶质瘤组织的表达及与临床病理参数和预后的关系。方法：选取2018年1月～2019年12月徐州医科大学附属医院收治的90例脑胶质瘤患者。收集术中部分瘤组织和瘤旁组织,采用实时荧光定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）检测miR-324-5p、miR-605-3p表达。根据脑胶质瘤组织中miR-324-5p、miR-605-3p表达的平均值分为高表达组和低表达组,采用Kaplan-Meier法分析不同miR-324-5p、miR-605-3p表达脑胶质瘤患者生存情况,采用多因素Cox回归分析脑胶质瘤患者预后的影响因素。结果：与瘤旁组织比较,脑胶质瘤组织中miR-324-5p、miR-605-3p表达降低（P＜0.05）。不同分化程度、淋巴结转移、世界卫生组织（WHO）中枢神经系统肿瘤分类的脑胶质瘤患者miR-324-5p、miR-605-3p表达比较有差异（P＜0.05）。90例脑胶质瘤患者3年总生存率为36.67%（33/90）。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,miR-324-5p高表达组、miR-605-3p高表达组总生存率高于miR-324-5p低表达组、miR-605-3p低表达组（P＜0.05）。多因素Cox回归分析显示,低分化、淋巴结转移和WHO中枢神经系统肿瘤分类Ⅲ～Ⅳ级为脑胶质瘤患者死亡的独立危险因素,miR-324-5p和miR-605-3p升高为独立保护因素（P＜0.05）。结论：脑胶质瘤组织中miR-324-5p、miR-605-3p呈低表达,与分化程度、淋巴结转移、WHO中枢神经系统肿瘤分类有关,miR-324-5p、miR-605-3p低表达还可导致不良预后。     

Up-regulation of microRNA-335-5p reduces inflammation via negative regulation of the TPX2-mediated AKT/GSK3β signaling pathway in a chronic rhinosinusitis mouse model

Chronic rhinosinusitis (CRS) is featured with chronic symptoms of inflammation or infection in the nasal and sinus tissues. MicroRNAs (miRNAs/miRs), such as dysregulated expression of miR-125b and miR-26a, has been previously demonstrated to be related to CRS. The present study is intended to define the role of miR-335-5p in inflammation and the related mechanism in a mouse model of CRS. The differentially expressed genes associated with CRS were screened by microarray analysis. The targeting relationship between miR-335-5p and TPX2 was analyzed by target prediction program and dual luciferase reporter gene assay. The mouse model of CRS was established, and mice were introduced with miR-335-5p mimics, miR-335-5p inhibitors, or siRNA against TPX2 to explore the regulatory functions of miR-335-5p. The regulatory effect of miR-335-5p on inflammation with the involvement of the AKT signaling pathway was also analyzed with the expression of inflammatory cytokines and AKT signaling pathway-related factors measured. It was indicated that miR-335-5p regulated the TPX2 gene-mediated AKT signaling pathway. TPX2 was identified as a target gene of miR-335-5p, and miR-335-5p elevation inhibited the activation of the AKT signaling pathway. In mice with CRS, up-regulation of miR-335-5p or silence of TPX2 inhibited the inflammation, as evidenced by decreased levels of TNF-α, IL-6 and IL-8, and higher levels of GSK3β and IL-10. Collectively, miR-335-5p inhibits the activation of AKT signaling pathway by negatively mediating TPX2, which may confer anti-inflammatory protection in CRS.     

肝细胞癌患者血清外泌体microRNA表达鉴定

目的:探讨肝癌细胞外泌体中差异表达的microRNAs(miRNAs)在肝细胞癌(HCC)诊断中的应用价值。方法:通过高通量测序筛选肝癌细胞外泌体中差异表达的miRNAs。实时定量PCR验证差异表达分子;检测差异表达的miRNAs在健康人(Health)、慢性乙型肝炎患者(CHB)、肝硬化患者(LC)及乙型肝炎病毒阳性的肝细胞癌患者(HCC)血清外泌体中的表达。结果:高通量测序筛选到肝癌细胞外泌体中差异表达的miRNA共88种,其中58种表达上调,30种表达下调。选择其中8种差异表达的miRNAs进行q RT-PCR验证,结果显示,此8种miRNAs在细胞上清外泌体、细胞内、癌与癌旁组织中的表达趋势与测序结果一致。miR-221-3p和miR-224-5p在HCC组外泌体中的表达水平显著高于Health组、CHB组和LC组(P0.01),miR-124-3p和let-7a-5p在HCC组外泌体中的表达水平显著低于其他各组(P0.05)。四个组中,miR-21-5p、miR-191-5p、miR-34a-5p和miR-122-5p的表达水平不存在显著性差异(P0.05)。结论:血清外泌体中的miR-221-3p、miR-224-5p、miR-124-3p和let-7a-5p可能成为肝细胞癌的候选标志物。     

中华蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫的microRNA应答分析

【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种能够侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫的致死性真菌病原。微小RNA(microRNA,miRNA)可通过在转录后水平靶向抑制或降解mRNA而参与宿主与病原互作过程。本研究旨在对球囊菌胁迫的中蜂6日龄幼虫肠道的差异表达miRNA(DEmiRNA)及其靶基因进行深入分析,进而揭示DEmiRNA在中蜂响应球囊菌胁迫应答过程中的作用。【方法】利用Illumina MiSeq平台对正常及球囊菌胁迫的中蜂6日龄幼虫肠道(AcCK和AcT)进行测序,通过相关生物信息学软件预测DEmiRNA及其靶基因。通过Blast将靶基因注释到GO和KEGG数据库。利用Cytoscape软件构建DEmiRNA与其靶mRNA的调控网络。通过Stem-loop RT-PCR和qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】本研究共预测出537个miRNA,其长度分布介于16–35 nt之间,且不同长度的miRNA首位碱基偏向性差异明显。通过Stem-loop RT-PCR证实了10个novel miRNA的表达。AcCK vs AcT比较组共有54个DEmiRNA,包含31个上调和23个下调miRNA,可分别靶向结合6170和8199个靶基因。GO分类结果显示上调和下调miRNA的靶基因分别涉及47和47个条目,富集基因数最多的皆为结合细胞进程和催化活性。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果表明上调和下调miRNA的靶基因分别富集在134和126条pathway,富集基因数最多的均为内吞作用和内质网中的蛋白质加工。调控网络分析结果表明,DEmiRNA及其靶mRNA形成十分复杂的调控关系;31个DEmiRNA可靶向结合51个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNA,18个DEmiRNA可靶向结合14个与Jak-STAT信号通路相关的mRNA;miR-1277-x、miR-26-x、miR-27-y、miR-30-x、miR-6052-x等16个miRNA共同参与了上述两条免疫通路的调控。最后,随机挑选3个DEmiRNA进行qPCR验证,结果证明了测序数据的可靠性。【结论】本研究提供了中蜂幼虫肠道在球囊菌胁迫后期的miRNA的表达谱和差异表达信息,揭示了球囊菌与宿主之间在miRNA组学水平存在复杂的互作。miR-6052-x和miR-1277-x作为调控网络的核心可能通过影响细胞凋亡参与宿主的免疫防御,miR-26-x和miR-30-x可能通过调控Jak-STAT信号通路参与宿主的胁迫应答。本研究筛选出的关键DEmiRNA有望作为治疗白垩病的分子靶标。     

侵染中华蜜蜂6日龄幼虫的蜜蜂球囊菌的微小RNA差异表达谱及调控网络

【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaeraapis,简称球囊菌)是专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。MicroRNA(miRNA)作为一类重要的基因表达调控因子,能够广泛参与真菌及其宿主的相互作用过程。本研究通过比较分析球囊菌孢子(AaCK)和侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂) 6日龄幼虫肠道内的球囊菌(AaT)的smallRNA(sRNA)组学数据对球囊菌的差异表达miRNA(differentiallyexpressed miRNA,DEmiRNA)、靶mRNA及二者间的调控网络进行全面解析,旨在揭示miRNA介导的球囊菌对中蜂幼虫的侵染机制。【方法】对于球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道的small RNA-seq (sRNA-seq)数据,利用BLAST工具连续比对东方蜜蜂(Apiscerana)和球囊菌的参考基因组筛滤得到AaT的sRNA组学数据。分别将AaCK和AaT的sRNA组学数据比对miRBase数据库,对球囊菌侵染宿主前后miRNA的数量和结构特征进行分析。联用RNAhybrid+svm_light、Miranda和TargetScan软件预测AaCK vs AaT比较组中DEmiRNA的靶mRNA,进而利用相关生物信息学软件对上述靶mRNA进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析。通过Cytoscape软件对DEmiRNA-mRNA调控网络进行可视化。利用Stem-loop RT-PCR、RT-qPCR和分子克隆验证测序结果的可靠性。【结果】在AaCK和AaT中分别鉴定到380和387个miRNA。结构特征分析结果显示,AaCK和AaT的mi RNA皆集中分布在18–25 nt,且首位碱基主要偏向于U。AaCKvsAaT比较组共有270个DEmiRNA,包含155个上调miRNA和115个下调miRNA,分别靶向结合6091和6145个mRNA。GO分类结果显示,上述靶mRNA主要涉及代谢进程、细胞进程、应激反应等15个生物学进程;细胞、细胞组分、细胞器等12个细胞组分;催化活性、结合、转运子活性等11个分子功能。KEGG代谢通路富集分析结果显示,上述靶mRNA富集在123条代谢通路,参与对氨基酸代谢、碳水化合物代谢以及核苷酸代谢等物质代谢,氧化磷酸化、硫代谢、氮代谢等能量代谢,以及MAPK和Hippo等信号通路的调控。球囊菌DEmiRNA与靶mRNA之间存在复杂的调控关系,其中miR-29-x、miR-250-x、miR-4968-y、miR-11200-x、novel-m0023-5p、novel-m0130-5p和novel-m0135-5p等DEmiRNA可靶向结合与球囊菌的半胱氨酸蛋白酶、DNA甲基化转移酶以及几丁质酶相关的mRNA;此外,miR-7-x、miR-9-z、miR-319-y和miR-5951-y等同时参与调控MAPK信号通路;进一步分析发现,miR-250-x同时参与对DNA甲基化转移酶、MAPK信号通路及其他酶类合成与代谢途径的调控,并可能参与球囊菌与中蜂6日龄幼虫之间的跨界调控。通过Stem-loopRT-PCR和RT-qPCR验证了4个DEmiRNA的差异表达,并利用分子克隆和Sanger测序证实miR-7-x的序列与测序结果一致。【结论】本研究解析了侵染中蜂6日龄幼虫的球囊菌的miRNA差异表达谱及DEmiRNA的调控网络,揭示了球囊菌DEmiRNA可能通过调控病原的物质和能量代谢、增殖、毒力、信号通路及相关mRNA参与对中蜂幼虫的侵染过程。miR-7-x、miR-250-x、novel-m0023-5p等关键DEmiRNA有望作为白垩病治疗的新型分子靶点。     

感染GCRV的草鱼miRNA测序与比较分析

为探索基于高通量筛选抗性主效miRNA功能分子的方法应用于抗性草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的选育,研究借助高通量测序鉴定分析感染GCRV前后的草鱼头肾组织中miRNAs.测序结果共鉴定出821个成熟miRNAs,其中118个在GCRV攻毒组特异表达,82个为未攻毒组特有;差异分析结果显示,G...     

Down-regulation of TGF-b1, TGF-b receptor 2, and TGF-b-associated microRNAs,miR-20a and miR-21, in skin lesions of sulfur mustard-exposed Iranian war veterans

Abstract

Sulfur mustard (SM) affects divergent cellular pathways including cell cycle, apoptosis, necrosis, and inflammatory responses. SM-induced lesions in skin include late-onset hyper-pigmentation, xerosis, and atrophy. It seems that TGF-b signaling pathway is a major player for SM pathogenesis. Here, we have employed a real-time polymerase chain reaction (PCR) approach to evaluate the expression alterations of all TGF-b variants and their receptors in skin biopsies obtained from 10 Iran–Iraq war veterans. Using specific LNA primers, the expression alteration of a TGF-bR2 regulator, miR-20a, and TGF-b downstream target, miR-21, was also assessed in the same samples Our real-time PCR data revealed a significant down-regulation of TGF-b1 and TGF-bR2, the major mediators of TGF-b signaling pathway, in skin biopsies of SM-exposed patients (p?=?0.0015 and p?=?0.0115, respectively). Down-regulation of TGF-b signaling pathway seems to contribute in severe inflammation observed in SM-exposed patients’ tissues. MiR-20a and miR-21, as two important TGF-b associated microRNAs (miRNAs), were also down-regulated in SM-exposed skin lesions, compared to those of control group (p?=?0.0003). Based on our findings, these miRNAs could be directly or indirectly involve in the pathogenesis of SM. Altogether, our data suggest the suitability of TGF-b1, TGF-bR2, as well as miR-20a and miR-21 as potential biomarkers for diagnosis and treatment of SM-exposed patients.     

MicroRNA Alternations in the Testes Related to the Sterility of Triploid Fish

The knowledge of understanding the molecular traits of the sterile triploid fish is sparse. Herein, we analyzed the microRNA (miRNA) alternations in the testes of the sterile triploid fish produced by crossing the tetraploid fish with the diploid fish, compared with those of tetraploids and diploids used as the controls. A total of 136, 134, and 142 conserved miRNAs and 105, 112, and 119 novel miRNAs were identified in the diploid, triploid, and tetraploid fish, respectively. The genes targeted by the differentially expressed miRNAs were identified and were enriched in the GO term cell surface receptor signaling pathway, cellular process, G-protein coupled receptor signaling pathway, and metabolic process. KEGG pathway enrichment was also assessed to evaluate the target genes with differentially expressed miRNAs and these genes were enriched in four pathways (synthesis and degradation of ketone bodies, pentose and glucuronate interconversions, cyanoamino acid metabolic process, and ascorbate and aldarate metabolism). Nine differentially expressed miRNAs were verified by quantitative real-time PCR analysis (qPCR). The upregulated miRNAs in triploids, including miR-101a, miR-199-5p, miR-214, miR-222, and miR-193a, showed the same results with high-throughput sequencing. Among the selected downregulated miRNAs, miR-7b and miR-153b had significantly lower expression levels in triploids. Dnah3 and Tekt1 genes targeted by miR-199-5p showed lower expression in triploids by qPCR. These verified differentially expressed miRNAs may participate in testicular development and sperm activity by targeting functional genes, which were identified with differential expression in the triploid. This evidence provides insights into the epigenetic regulatory mechanisms of sterility in triploid cyprinids.