MiR-199a-5p对肝星状细胞活化增殖的影响

miR-199a-5p是miRNAs家族的一员.为探讨对人肝星状细胞活化增殖和迁移的影响,为临床肝纤维化治疗提供新的思路,本研究构建miR-199a-5p过表达载体、合成miR-199a-5p反义寡聚核苷酸(anti-sense oligonucleotide,ASO)经脂质体转染LX-2细胞.采用CCK-8法和Transwell分别检测细胞增殖和迁移能力;集落形成实验检测LX-2细胞的集落形成能力;实时荧光定量PCR技术检测细胞中转染miR-199a-5p后纤维化相关基因α-SMA和Collagen Ⅰ的mRNA表达水平;Western blot检测各组细胞中α-SMA表达水平.结果 表明miR-199a-5p可以促进LX-2细胞增殖(P＜0.01)、迁移(P＜0.01)和集落形成(P＜0.01);而ASO-199a-5p-5p组细胞增殖(P＜0.01)、迁移能力(P＜0.01)和集落形成能力(P＜0.01)受到抑制.RT-qPCR结果显示miR-199a-5p在受TGF-β1刺激后的LX-2细胞中的miRNA表达水平高于未受刺激组的(P＜0.05),转染miR-199a组细胞中α-SMA的mRNA(P＜0.01)和蛋白(P＜0.05)表达水平升高.以上结论表明miR-199a-5p过表达能促进肝星状细胞活化、增殖.     

肝细胞癌患者血清外泌体microRNA表达鉴定

目的:探讨肝癌细胞外泌体中差异表达的microRNAs(miRNAs)在肝细胞癌(HCC)诊断中的应用价值。方法:通过高通量测序筛选肝癌细胞外泌体中差异表达的miRNAs。实时定量PCR验证差异表达分子;检测差异表达的miRNAs在健康人(Health)、慢性乙型肝炎患者(CHB)、肝硬化患者(LC)及乙型肝炎病毒阳性的肝细胞癌患者(HCC)血清外泌体中的表达。结果:高通量测序筛选到肝癌细胞外泌体中差异表达的miRNA共88种,其中58种表达上调,30种表达下调。选择其中8种差异表达的miRNAs进行q RT-PCR验证,结果显示,此8种miRNAs在细胞上清外泌体、细胞内、癌与癌旁组织中的表达趋势与测序结果一致。miR-221-3p和miR-224-5p在HCC组外泌体中的表达水平显著高于Health组、CHB组和LC组(P0.01),miR-124-3p和let-7a-5p在HCC组外泌体中的表达水平显著低于其他各组(P0.05)。四个组中,miR-21-5p、miR-191-5p、miR-34a-5p和miR-122-5p的表达水平不存在显著性差异(P0.05)。结论:血清外泌体中的miR-221-3p、miR-224-5p、miR-124-3p和let-7a-5p可能成为肝细胞癌的候选标志物。     

miR-101a在乙型肝炎病毒相关性肝纤维化患者中的表达及对肝星状细胞的影响

摘要 目的：探究miR-101a在乙型肝炎病毒（HBV）相关性肝纤维化患者中的表达及对肝星状细胞（HSC）的影响。方法：根据肝纤维化程度将HBV相关性肝纤维化患者进行分组（S0组、S1组、S2组、S3组和S4组）,健康受试者作为健康对照组。通过RT-PCR检测肺组织中miR-101a的表达,并分析miR-101a与疾病严重程度的关系。使用重组人TGF-β1处理人肝星状细胞系LX-2,并对LX-2细胞转染阴性对照 miRNA模拟物（NC-mimic组）、miR-101a模拟物（miR-101a-mimic组）、阴性对照 miRNA抑制剂（NC-inhibitor组）或miR-101a抑制剂（miR-101a-inhibitor组）,未转染的细胞作为对照组,然后通过RT-PCR或蛋白质印迹检测激活HSC及ECM产生的关键基因（α-SMA、COL1A1、COL1A2和COL3A1）和蛋白（a-SMA、collagen I和collagen III）的表达水平。将SD大鼠随机分为4组：对照组、CCl4组、Ad-control组和Ad-miR-101a组,对大鼠腹腔注射CCl₄（1 mL/kg体重）诱导肝纤维化模型,每周3次,共4周。然后将5×10⁹感染单位的携带miR-101a的重组腺病毒（Ad-miR-101a）或对照腺病毒（Ad-control）经尾静脉注射到大鼠中。4周后,通过苏木精和伊红（H＆E）和Masson三色染色评估肝脏形态和纤维化,通过免疫组化染色评估肝脏α-SMA、E-cadherin、vimentin、Smad4或p-Smad2/3的表达。结果：与健康受试者相比,HBV相关肝纤维化患者肝组织中miR-101a的表达水平明显降低,并且miR-101a的表达水平随着患者的严重程度升高而降低（P<0.05）。与未处理的细胞相比,miR-101a在TGF-β1处理的LX-2细胞中以浓度和时间依赖性方式显著下降（P<0.05）。与未处理的细胞相比,5 ng/mL TGF-β1处理LX-2细胞中的α-SMA、COL1A1、COL1A2和COL3A1 mRNA表达水平及a-SMA、collagen I和collagen III 蛋白表达水平均显著升高（P<0.05）。与对照组相比,miR-101a-mimic组的α-SMA、COL1A1、COL1A2、COL3A1和TGF-β1 mRNA和a-SMA、collagen I、collagen III、TGF-β1、Smad3和p-Smad3蛋白表达均下调（P<0.05）。与对照组相比,Ad-miR-101a组大鼠肝组织中E-cadherin的表达上调,但α-SMA、vimentin、Smad4和p-Smad2/3的表达下调（P<0.05）;Ad-miR-101a组大鼠的肝组织形态基本恢复正常,肝组织纤维化程度低于CCl₄组。结论：miR-101a水平与乙型肝炎病毒相关性肝纤维化严重程度相关,上调miR-101a可能通过抑制HSC的活化及上皮间质转化发挥抗纤维化作用。     

鳜不同孵化时期miRNA转录组分析及生长相关miRNA鉴定

MicroRNA是一类20-24 nt核苷酸长度的参与基因转录后水平调控的非编码小分子RNA。利用高通量测序技术获得鳜(Siniperca chuatsi)孵化后第3天、第17天和第28天全鱼miRNA转录组,共鉴定出1 084个miRNAs,其中432个已知、624个保守、28个新发现。第17天时鉴定出的miRNA个数最多,为926个。在3个发育时期都表达的有628个miRNAs,只在各时期中特异表达的分别有71、104和70个miRNAs。一些与鳜发育相关的miRNAs在上述3个时期呈现持续上调或下调的表达特点。进一步的实验表明,miR-199-5p和miR-203可能与鳜生长发育相关,相应的靶基因分别是WnT和MyoD。     

猪伪狂犬病毒Fa株侵染对PK-15细胞microRNAs表达谱的影响

【目的】分析猪伪狂犬病毒Fa株(PRV-Fa)侵染对猪肾传代细胞PK-15 microRNAs(miRNAs)表达谱的影响。【方法】利用Illumina高通量测序技术,鉴定感染和非感染PRV-Fa的PK-15细胞的miRNAs;筛选并利用实时荧光定量RT-PCR(RT-q PCR)验证差异表达miRNAs;对差异miRNAs进行靶基因预测和Gene ontology(GO)分析。【结果】在感染和未感染PK-15细胞中分别检测到384个和405个miRNAs,其中感染PRV-Fa后差异表达的miRNAs共127个(60个上调,67个下调)。荧光定量结果显示差异miRNAs的表达趋势与高通量测序结果一致。GO分析显示,miRNAs广泛参与信号传导、细胞代谢、免疫反应、基因表达等生物学进程,其中miR-10b、miR-16、miR-18a、miR-19b、miR-20a、miR-145-5p、miR-146a、miR-181a、miR-499-5p等miRNAs与免疫相关。在靶基因调控网络图中,ssc-miR-30a-5p与ssc-miR-30d处于关键位置。研究鉴定出5个新的病毒编码miRNAs,其中PRV-miR-LLT2与PRV-miR-LLT4靶向PRV早期蛋白基因EPO。【结论】伪狂犬病毒Fa株感染对PK-15细胞编码miRNAs有显著影响。     

miRNA与其靶mRNA的相互作用：绑定位点的质量与数量特征的整合计算分析

miRNAs通过完全或不完全的碱基互补绑定到信使RNA(mRNA)上,通过抑制翻译或者直接导致mRNA降解的方式来调节靶基因的表达．为了研究miRNAs在转录水平上面的调控作用,两种人类基因组中组织特异的miRNAs(miR-1和miR-124)被转染到HeLa细胞中,微阵列(microarray)分析转染前后细胞中各基因mRNA表达水平变化情况的结果表明：动物基因组中靶基因与miRNAs不完全的碱基互补也会导致mRNA的直接降解．通过分析实验得到的mRNA表达水平变化数据,发现这相同miRNA的不同靶基因mRNA表达水平的下调倍数有着明显的差别,推测这些靶基因mRNA序列本身存在某些影响其受调节程度的因素．为此,提取和分析这些靶基因mRNA的序列特征,通过对这些序列特征与mRNA表达水平下调数据进行统计相关分析,最终发现,miRNA靶基因受调节的程度与以下几个因素相关联：mRNA序列中miRNA靶位点的个数,靶位点与miRNA序列碱基互补的程度,以及绑定后形成二级结构的稳定程度(即最低自由能的大小)．在此基础上,初步建立起一个多因子作用下的miRNA 靶基因mRNA表达水平下调程度模型,分析表明：该模型在一定程度上可以反映了部分序列特征对于miRNA靶基因mRNA表达水平下调程度的影响．     

miRNA调控恶性黑色素瘤细胞上皮-间充质转化的分子网络及机制

黑色素瘤是一种极易发生转移的恶性皮肤肿瘤,具有高度的致死性。上皮-间充质细胞转化(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)在胚胎发育过程中起到非常重要的作用,同时在肿瘤的发生和恶化过程中也扮演着重要的角色。miRNA具有广谱的调节能力,对于肿瘤发生和EMT形成都能产生不同程度的影响。本文整合黑色素瘤细胞系转录组和miRNA组测序数据,在转录组数据中筛选得到参与肿瘤EMT过程的基因,通过Mirsystem软件预测并从miRNA组数据中筛选出与之负相关的11个miRNA,包括miR-130a-3p、miR-130b-3p、miR-125a-5p、miR-30a-3p、miR-195-5p、miR-345-5p、miR-509-3-5p、miR-374a-5p、miR-509-5p、miR-148a-3p和miR-330-3p。经过生物信息学分析miRNA靶基因富集的分子网络和信号途径,发现了两个与细胞发育和细胞间相互作用密切相关的网络,以及多个参与调控EMT过程的信号通路。对11个miRNA进行分子生物学验证,发现miR-195-5p、miR-130a-3p、miR-509-5p和miR-509-3-5p共4个可以调节重要肿瘤基因的miRNA。本研究运用mRNA和miRNA两种转录组的测序数据筛选EMT相关miRNA的方法,为肿瘤多组学数据整合分析提供了新的研究思路,并以期能为肿瘤精准基因组学的发展发挥重要的推进作用。     

LPS诱导脓毒症小鼠脾组织microRNA表达的筛选研究

目的采用Small RNA测序技术检测脓毒症小鼠24 h脾组织microRNA(miRNA)的表达变化,并从非编码基因层面分析脓毒症脾功能损伤的可能机制。方法将30只SPF级健康BALB/C小鼠随机分为对照组和脓毒症组,每组15只。脓毒症组采用LPS 10 mg/kg腹腔注射进行建模,对照组仅予等量生理盐水腹腔注射。两组术毕均行肌肉注射平衡液5 ml/kg,并于术后24 h各组随机取5只小鼠的脾组织提取RNA,采用Small RNA测序技术进行miRNA检测,然后应用生物信息学软件分析脓毒症小鼠脾组织的miRNA表达差异及靶基因预测。结果小鼠建模后24 h,与对照组相比,脓毒症小鼠脾脏组织已知及未知miRNA表达上调数分别为39个、3个,下调数分别为16个、3个。其中已知miRNA表达上、下调倍数最大的前5个基因分别为Rno-miR-217-5p,rno-mir-216a-5p,rnomiR-216b-5p,rno-miR-375-3p,rno-mir-216b-3p。下调倍数前5的miRNA:Rno-miR-138-5p,rno-miR-451a-3p,rno-miR-138-1-3p,rno-miR-202-5p,rno-miR-592。结论LPS诱导脓毒症小鼠可出现miRNA表达量的改变,其上、下调倍数最显著的miRNA可能对预测LPS诱导的脓毒症脾功能损伤有一定指导意义。     

miR-19a-3p在前列腺癌细胞侵袭和迁移中的作用

miR-19a-3p通过多种机制调节癌细胞的增殖和转移,然而,miR-19a-3p在前列腺癌转移中的生物学作用和机制尚不清楚。本研究旨在考察mir-19a-3p在前列腺癌中的表达情况,及其对细胞侵袭和迁移的影响。本研究发现,miR-19a-3p在骨转移性前列腺癌组织和前列腺癌细胞中明显下调。上调miR-19a-3p可显著抑制前列腺癌细胞的侵袭和迁移。然而,下调miR-19a-3p则会逆转上述变化。此外,本研究还发现miR-19a-3p通过靶向TGF-β信号传导的下游效应物SMAD2来抑制前列腺癌细胞中TGF-β信号传导的活性,从而抑制前列腺癌细胞的侵袭和迁移。因此,本研究表明mir-19a-3p与前列腺癌的发生发展密切相关,mir-19a-3p有望成为前列腺癌的新治疗靶点及生物标志物。     

环状RNA circTCF25通过miR-103a-3p/miR-107调控CDK6的表达促进膀胱癌的增殖和迁移

该文旨在探讨环状RNA circTCF25对膀胱癌增殖和迁移的影响。采用RT-q PCR检测膀胱癌及癌旁组织中miR-103a-3p和miR-107的表达水平;采用Western blot和免疫组化检测膀胱癌细胞及膀胱癌和癌旁组织中CDK6的蛋白表达;将circTCF25过表达载体转染两种膀胱癌细胞后,采用RT-q PCR检测细胞中circTCF25以及miR-103a-3p和miR-107的表达水平;采用双荧光素酶报告基因实验验证circTCF25靶向结合miR-107及miR-107的靶基因CDK6;划痕实验检测细胞迁移能力;Edu实验检测细胞增殖能力。RT-q PCR结果表明,膀胱癌组织中miR-103a-3p和miR-107的表达明显低于癌旁组织。免疫组化和Western blot结果显示,膀胱癌组织中CDK6蛋白质水平明显高于癌旁组织。转染circTCF25过表达载体的细胞中,circTCF25的表达水平高于对照组。过表达circTCF25后,细胞中miR-103a-3p和miR-107的表达显著下降,CDK6的蛋白水平增加。双荧光素酶报告基因实验表明,circTCF25可以直接结合miR-107并降低其对靶基因CDK6的抑制。过表达circTCF25后,细胞迁移和增殖能力增强。该研究说明,环状RNA circTCF25可通过miR-103a-3p/miR-107调控CDK6的表达促进膀胱癌的增殖和迁移。