基于16S基因序列海南产白唇竹叶青蛇的分类地位

为研究海南产白唇竹叶青蛇分类地位,捕捉来自海南岛各地的12个白唇竹叶青蛇样本,并从GenBank下载65个竹叶青蛇的样本序列,以瘤鼻蝮蛇为外群,建立16S系统发育树。系统发育树显示,竹叶青蛇分为多个属的观点具有很大的合理性,白唇竹叶青蛇隶属于帝汶(岛屿)竹叶青蛇属。进一步验证了经典形态学和生物地理学的观点,海南岛产白唇竹叶青与其它地方产白唇竹叶青蛇不存在生殖隔离。     

侵染中华蜜蜂6日龄幼虫的蜜蜂球囊菌的微小RNA差异表达谱及调控网络

【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaeraapis,简称球囊菌)是专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。MicroRNA(miRNA)作为一类重要的基因表达调控因子,能够广泛参与真菌及其宿主的相互作用过程。本研究通过比较分析球囊菌孢子(AaCK)和侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂) 6日龄幼虫肠道内的球囊菌(AaT)的smallRNA(sRNA)组学数据对球囊菌的差异表达miRNA(differentiallyexpressed miRNA,DEmiRNA)、靶mRNA及二者间的调控网络进行全面解析,旨在揭示miRNA介导的球囊菌对中蜂幼虫的侵染机制。【方法】对于球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道的small RNA-seq (sRNA-seq)数据,利用BLAST工具连续比对东方蜜蜂(Apiscerana)和球囊菌的参考基因组筛滤得到AaT的sRNA组学数据。分别将AaCK和AaT的sRNA组学数据比对miRBase数据库,对球囊菌侵染宿主前后miRNA的数量和结构特征进行分析。联用RNAhybrid+svm_light、Miranda和TargetScan软件预测AaCK vs AaT比较组中DEmiRNA的靶mRNA,进而利用相关生物信息学软件对上述靶mRNA进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析。通过Cytoscape软件对DEmiRNA-mRNA调控网络进行可视化。利用Stem-loop RT-PCR、RT-qPCR和分子克隆验证测序结果的可靠性。【结果】在AaCK和AaT中分别鉴定到380和387个miRNA。结构特征分析结果显示,AaCK和AaT的mi RNA皆集中分布在18–25 nt,且首位碱基主要偏向于U。AaCKvsAaT比较组共有270个DEmiRNA,包含155个上调miRNA和115个下调miRNA,分别靶向结合6091和6145个mRNA。GO分类结果显示,上述靶mRNA主要涉及代谢进程、细胞进程、应激反应等15个生物学进程;细胞、细胞组分、细胞器等12个细胞组分;催化活性、结合、转运子活性等11个分子功能。KEGG代谢通路富集分析结果显示,上述靶mRNA富集在123条代谢通路,参与对氨基酸代谢、碳水化合物代谢以及核苷酸代谢等物质代谢,氧化磷酸化、硫代谢、氮代谢等能量代谢,以及MAPK和Hippo等信号通路的调控。球囊菌DEmiRNA与靶mRNA之间存在复杂的调控关系,其中miR-29-x、miR-250-x、miR-4968-y、miR-11200-x、novel-m0023-5p、novel-m0130-5p和novel-m0135-5p等DEmiRNA可靶向结合与球囊菌的半胱氨酸蛋白酶、DNA甲基化转移酶以及几丁质酶相关的mRNA;此外,miR-7-x、miR-9-z、miR-319-y和miR-5951-y等同时参与调控MAPK信号通路;进一步分析发现,miR-250-x同时参与对DNA甲基化转移酶、MAPK信号通路及其他酶类合成与代谢途径的调控,并可能参与球囊菌与中蜂6日龄幼虫之间的跨界调控。通过Stem-loopRT-PCR和RT-qPCR验证了4个DEmiRNA的差异表达,并利用分子克隆和Sanger测序证实miR-7-x的序列与测序结果一致。【结论】本研究解析了侵染中蜂6日龄幼虫的球囊菌的miRNA差异表达谱及DEmiRNA的调控网络,揭示了球囊菌DEmiRNA可能通过调控病原的物质和能量代谢、增殖、毒力、信号通路及相关mRNA参与对中蜂幼虫的侵染过程。miR-7-x、miR-250-x、novel-m0023-5p等关键DEmiRNA有望作为白垩病治疗的新型分子靶点。     

参与调控意大利蜜蜂工蜂中肠基因表达的东方蜜蜂微孢子虫miRNA的组学解析及其调控网络

【目的】本研究结合前期已获得的miRNA和mRNA组学数据对东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的差异表达miRNA(differentially expressed miRNA, DEmiRNA)靶向意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica工蜂中肠的mRNA和差异表达mRNA(differentially expressed mRNA, DEmRNA)进行生物信息学预测、数据库注释和调控网络分析,旨在解析东方蜜蜂微孢子虫对意大利蜜蜂工蜂中肠的基因表达调控。【方法】比较东方蜜蜂微孢子虫感染7 d(AmT1)和10 d(AmT2)的意大利蜜蜂工蜂中肠和未感染中肠(分别为AmCK1和AmCK2)的mRNA数据,筛选意大利蜜蜂工蜂的显著性DEmRNA;通过比较侵染AmT1和AmT2的东方蜜蜂微孢子虫(分别为NcT1和NcT2)和东方蜜蜂微孢子虫纯净孢子(NcCK)的miRNA数据筛选出东方蜜蜂微孢子虫的DEmiRNA。利用TargetFinder软件预测东方蜜蜂微孢子虫DEmiRNA靶向的意大利蜜蜂工蜂中肠DEmRNA。利用相关生物信息学工具对上述意大利蜜蜂工蜂中肠靶DEmRNA进行GO和KEGG数据库注释。根据KEGG数据库注释信息筛选出意大利蜜蜂工蜂中肠免疫防御和能量代谢通路相关DEmRNA,并构建和分析上述DEmRNA与相应的东方蜜蜂微孢子虫DEmiRNA之间的调控网络。【结果】NcCK vs NcT1比较组中东方蜜蜂微孢子虫的77条显著上调miRNA和52条显著下调miRNA可分别靶向AmCK1 vs AmT1比较组中意大利蜜蜂工蜂中肠的118条显著下调mRNA和135条显著上调mRNA,这些mRNA可分别注释到31和25个GO条目,以及113和107条KEGG通路。NcCK vs NcT2比较组中东方蜜蜂微孢子虫的52条显著上调miRNA和49条显著下调miRNA可分别靶向AmCK2 vs AmT2比较组中意大利蜜蜂工蜂中肠的97条显著下调mRNA和210条显著上调mRNA,这些mRNA可分别注释到27和30个GO条目以及97和127条KEGG通路。NcCK vs NcT1和NcCK vs NcT2比较组中的11条共同显著上调miRNA和19条共同显著下调miRNA分别靶向AmCK1 vs AmT1和AmCK2 vs AmT2比较组的6条共同显著下调和14条共同显著上调mRNA,可分别注释到7和10个GO条目以及0和9条KEGG通路。NcCK vs NcT1和NcCK vs NcT2比较组中东方蜜蜂微孢子虫的DEmiRNA可靶向AmCK1 vs AmT1和AmCK2 vs AmT2比较组中意大利蜜蜂工蜂中肠的氧化磷酸化和硫代谢等能量代谢通路相关DEmRNA,以及胞吞作用、黑色素生成、溶酶体、自噬、Toll样受体信号通路、细胞凋亡、Ras信号通路、泛素介导的蛋白水解和MAPK信号通路等免疫防御通路相关DEmRNA。进一步分析发现,miR-216-x, miR-5119-y, bantam-y和miR-8-y在NcCK vs NcT1和NcCK vs NcT2比较组中皆显著上调表达,且靶向意大利蜜蜂工蜂中肠的溶酶体、黑色素生成、泛素介导的蛋白水解、MAPK信号通路及Ras信号通路等免疫防御通路相关的显著下调mRNA。【结论】在侵染过程中,东方蜜蜂微孢子虫的DEmiRNA对意大利蜜蜂工蜂的基因表达具有广泛的潜在影响,东方蜜蜂微孢子虫可能通过上调部分miRNA跨界调控意大利蜜蜂工蜂的免疫防御以促进侵染,通过下调部分miRNA跨界调控意大利蜜蜂工蜂的能量代谢以加强能量窃取并促进增殖。     

黄芪甲苷在大鼠体内的药代动力学和组织分布研究

建立了固相萃取-HPLC-MS测定大鼠血浆中黄芪甲苷含量的方法,并对其在大鼠体内的药代动力学和组织分布进行了研究。分别以1,2,4 mg/kg的剂量对大鼠静脉给药,给药后2,10,20,30,60 min和1.5,2,3,4,6,8 h采集血样,同时以2 mg/kg的剂量对大鼠静脉给药,给药后20,60,240 min采集各组织,测定血浆样品和组织样品中的黄芪甲苷浓度。血药浓度-时间曲线按二室模型拟合最佳,t1/2(α)分别为12.36,7.05,15.98 min,t1/2(β)分别为69.14,73.28,95.24 min,AUC分别为277.36,415.36,623.15μg.min/mL,AUC与剂量的线性方程为y=113.64x 173.47(r=0.997),表明黄芪甲苷在大鼠体内呈线性消除。组织分布研究表明黄芪甲苷在体内分布较广。     

槐杞黄颗粒联合CCLG-ALL2008方案对急性淋巴细胞白血病维持期患儿的临床研究

摘要 目的：探讨槐杞黄颗粒联合CCLG-ALL2008方案治疗急性淋巴细胞白血病（ALL）维持期患儿的临床疗效。方法：选择2017年5月~2019年3月期间我院收治的62例ALL维持期患儿,采用随机数字表法将患儿分为对照组（CCLG-ALL2008方案治疗,n=31）和研究组（槐杞黄颗粒联合CCLG-ALL2008方案治疗,n=31）。观察两组临床症状情况、血清炎症因子和免疫球蛋白水平、T淋巴细胞亚群的变化,同时记录两组不良反应发生率。结果：研究组平均白细胞水平高于对照组,感染发作次数少于对照组,抗生素使用时间短于对照组（P<0.05）。研究组治疗后CD3⁺、CD4⁺、CD4⁺/CD8⁺高于对照组,CD8⁺低于对照组（P<0.05）。研究组治疗后免疫球蛋白A（IgA）、免疫球蛋白G（IgG）高于对照组（P<0.05）。对照组、研究组患儿治疗后免疫球蛋白M（IgM）组内对比,无统计学差异（P>0.05）。研究组治疗后C反应蛋白（CRP）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、降钙素原（PCT）、白细胞介素-6（IL-6）低于对照组（P<0.05）。两组不良反应总发生率对比,无显著性差异（P>0.05）。结论：槐杞黄颗粒联合CCLG-ALL2008方案治疗ALL维持期患儿,可减轻患儿炎症反应,提高其免疫功能,减少感染发作次数,缩短抗生素使用时间,安全有效。     

产卵于温暖且热稳定巢内的蜥蜴具有相对较高但较窄范围的孵化温度

作者用蜡皮蜥(Leiolepis reevesii)为模型动物,检验产卵于温暖且热稳定巢内的蜥蜴应有相对较高但较窄的孵化温度的假设。卵在三个恒定温度(27、30和33℃)、一个波动温度处理下孵化。温度的平均值而非方差影响孵化期,27、30和33℃的平均孵化期分别为101.1、69.6和55.3d。幼体性别不受孵化温度影响。不同处理孵出的幼体仅有稍许形态差异,但运动表现差异显著。27℃孵出幼体在跑道上的表现比其它处理孵出幼体差。卵能在27℃和33℃下孵化,但这两个孵化温度并不适宜。蜡皮蜥适宜的孵化温度范围可能处于最频繁的巢温变化范围(28℃-32℃)内。与其它在低温生境或温暖生境但产卵于浅巢的有鳞类爬行动物相比较,蜡皮蜥有相对较高但较窄适宜的卵孵化温度。因此,作者的数据支持上述假设。     

蛇足石杉内生真菌产黄青霉菌MT-40中xanthocillin类似物生物合成基因簇的挖掘及鉴定

Xanthocillin具有显著的抗菌活性,结构中含有独特的异腈基。本文通过对蛇足石杉(Huperzia serrata)内生真菌产黄青霉菌(Penicillium chrysogenum)MT-40基因组的测序分析,利用本地BLAST等生物信息学分析工具挖掘具有合成xanthocillin类似物潜力的基因簇,结合米曲霉(Aspergillus oryzae)NSAR1异源表达技术实现基因簇中关键基因的功能鉴定。结果成功从内生真菌P.chrysogenum MT-40中发现一个合成xanthocillin类似物的生物合成基因簇(命名为for),for基因簇中的关键生物合成基因forB编码的异腈基合成酶可以催化合成2-formamido-3-(4-hydroxyphenyl)acrylic acid,基因forG编码的P450酶可以催化2-formamido-3-(4-hydroxyphenyl)acrylic acid的二聚化生成xanthocillin类似物N,N′-(1,4-bis(4-hydroxyphenyl)buta-1,3-diene-2,3-diyl)diformamide。本文研究结果为进一步从真菌中发现xanthocillin类似物提供参考。     

基于ND4基因海南竹叶青蛇物种与亚种分类地位

《中国动物志》与文献记载竹叶青蛇属分类存在矛盾,故本研究探讨了产自海南岛的竹叶青蛇的分类地位。为了研究其分类地位,理清国内外分类系统的矛盾。通过原竹叶青蛇属37个物种91个个体的ND_4基因进行测序,计算遗传距离;以瘤鼻蛇为外群,建立分子发育树。结果显示:所有物种在分子树上明显分为7支;产自海南岛的竹叶青蛇属于两个物种,即白唇竹叶青蛇和福建竹叶青蛇。由此得结论为国际上将原竹叶青蛇属细分为8个属的观点比较合理;支持"福建竹叶青蛇海南亚种"的分类地位。本研究丰富了海南基于分子生物学竹叶青蛇分类研究,完善竹叶青蛇生物信息学理论体系提供理论参考。     

基于cytb基因的台湾岛竹叶青蛇扩散的初步分析

为研究竹叶青蛇在中国台湾岛的扩散趋势,从Gen Bank上获取竹叶青蛇部分cytb基因序列,长度约655 bp,通过Seqman对序列进行格式转换、剪切与校正,再用MEGA6.0进行序列比对,统计碱基含量和变异位点。从内类群个体共定义了28个单倍型,其中1个来自福建武夷山,27个来自台湾岛。运用Microsoft Visio 2007软件绘制cytb部分序列统计简约网络图。结合生物地理学信息,发现早期竹叶青蛇基本是由北向南的扩散路线,可以初步推断在中国台湾地区竹叶青蛇大体是由北部(台北)向中南部山区扩散的总体趋势。用分子方法推断物种扩散,为新兴的分子生态学研究方法,可以广泛应用于未来系统发育地理学研究。     

意大利蜜蜂工蜂中肠的环状RNA及其调控网络分析

【目的】环状RNA(circRNA)在可变剪接、转录调控和来源基因的表达调控等方面具有重要功能。本研究旨在分析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica工蜂中肠circRNA的数量、种类、结构特征和作用,并通过构建和分析circRNA的调控网络探索circRNA的调控功能。【方法】在实验室条件下人工饲养意大利蜜蜂工蜂,利用circRNA-seq技术对意大利蜜蜂7和10日龄成年工蜂中肠样品进行深度测序。利用find_circ软件从质控后的数据中预测circRNA。通过BLAST比对GO和KEGG数据库,对circRNA的来源基因进行功能和代谢通路注释。利用TargetFinder软件预测circRNA靶向结合的miRNA及miRNA靶向结合的mRNA,通过Cytoscape v.3.2.1软件对circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA调控网络进行构建及可视化。通过设计背靠背引物和线性扩增引物RT-PCR对预测出的circRNA进行验证。【结果】意大利蜜蜂工蜂中肠样品的测序平均得到136 463 071条clean reads,去除rRNA后各样品的anchor reads均在136 779 122条及以上。共预测出10 833个circRNA,长度主要介于15~1 000 nt;上述circRNA的类型丰富,其中已注释的外显子circRNA数量最多,分布在西方蜜蜂1号染色体的circRNA数量最多,其次为8号染色体。CircRNA的来源基因可注释到包括结合、细胞进程和细胞在内的45个GO条目,以及包括内吞作用、内质网蛋白加工及核糖体在内的121条KEGG代谢通路,表明circRNA在意大利蜜蜂工蜂中肠的生长、发育、新陈代谢和细胞生命活动等生物学过程中发挥重要作用。进一步构建circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA调控网络,分析结果显示部分circRNA可能作为竞争性内源RNA吸附结合microRNA,从而调控基因的表达水平。最后,对随机选择的3个circRNA的RT-PCR结果验证了其真实存在。【结论】本研究对意大利蜜蜂工蜂中肠中的circRNA进行预测、分析及鉴定。研究结果提供了中肠circRNA的数量、种类、结构特征、作用和调控网络的信息,揭示了circRNA可能通过作用于来源基因和作为竞争性内源RNA在意大利蜜蜂工蜂中肠的生长发育和免疫防御中发挥作用,为深入研究circRNA在意大利蜜蜂中肠发育及胁迫响应过程中的功能奠定了基础。