用12对微卫星引物对版纳小耳猪近交系的遗传学分析

目的　分析版纳小耳猪近交系种群的遗传变异及近交程度。方法　利用 12个微卫星基因座对版纳小耳猪近交系进行了遗传检测。结果　两个亚系以及各家系的聚类情况与小型猪系谱分布一致。且各家系基因纯合率均较高。结论　版纳小耳猪近交系不仅分化为若干个含有不同性状的家系 ,而且也达到了一个很高的近交程度。     

小种群的遗传变异和近交衰退

小种群一般拥有较小的遗传变异.当前人为干扰和破坏造成了生物种群个体数量减少,导致种群遗传多样性丧失,引起近交衰退,影响到种群后代适应性.产生近交衰退的原因是近交增加了有害等位基因纯合几率,导致个体适应能力下降.近交衰退受交配系统、世系效应、环境胁迫等的影响.在物种保护和恢复过程中,要防止近交衰退.     

近交衰退:我们检测到了吗

近交衰退产生的原因是近交增加了有害等位基因纯合几率,导致个体适应能力下降。种群变小是导致近交衰退的主要原因,但在实际研究中发现近交衰退并非一定明显表现出来,这可能有以下几个主要的原因遗传负荷的淘汰、在较好的环境下近交衰退会表现不明显、并非能在所有性状中检测到近交衰退、近交衰退只出现在某些发育阶段和不同家系、种群、个体中的近交衰退程度不同。这提示我们近交衰退与生态及遗传密切相关。     

利用SNP芯片信息评估新疆近交牛基因组纯合度

新疆近交牛是经45年近亲繁育形成的近交群体,但由于繁育记录缺失,其原始亲本品种未知。为了明确新疆近交牛的遗传背景,并探索利用基因组信息评价牛群近交水平的可行性,本研究利用该群体及荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛等16个国内外牛品种的SNP芯片数据,应用主成分分析和Admixture方法对塔城地区新疆近交牛的群体结构进行分析;通过进一步计算新疆近交牛、荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛的群体遗传学参数以及基因组近交指标评估各群体近交程度;结合新疆近交牛的体型分类和基因组近交指标信息,探讨了个体近交程度与体型表现的关系;最后,基于对新疆近交牛和哈萨克牛高频长纯合片段区域的筛选,鉴定了新疆近交牛基因组特征区域。研究结果显示,新疆近交牛的遗传背景与哈萨克牛基本一致,近交牛基因组纯合程度明显高于其他群体,且基因纯合率越高的近交牛其体型越小,在一定程度上呈现了近交衰退对体型的影响。本研究还鉴定到与新疆近交牛基因组特征区域相关的6个基本生物学通路以及与重要经济性状相关的32个数量基因座(quantitative trait loci, QTL)。本研究结果为新疆近交牛这一特殊遗传资源的育种规划及未来该群体的开发利用提供了科学依据。     

海南五指山猪遗传多样性的微卫星分析

海南五指山猪(Wuzhishan pig)是我国珍稀的小型猪品种。它的解剖学、生理学、疾病发生机理等都与人类极其相似,具有重要的应用价值,可用于心血管病、皮肤烧伤和新药评价等许多方面的研究。作者利用多重PCR和基因扫描技术对五指山猪32个微卫星基因座进行了遗传检测。统计了全群、核心群和近交群的等位基因组成,并计算了它们的平均纯合率、多态信息含量(PIC)和平均杂合度。结果显示,全群、核心群和近交群32个基因座的平均等位基因数分别为14.590个、9.410个、13.660个,平均基因纯合率分别为44%、44.3%、44%,平均PIC分别为0.742、0.708、0.731,平均杂合度分别为0.560、0.558、0.559。这表明海南五指山猪虽然遗传基础比较稳定,但仍具有较大的遗传变异。上述结果对于海南五指山猪的保种、定向选育、开发利用都具有重要的指导意义。     

版纳小耳猪近交系5家系35个微卫星座位的遗传分析

利用35个微卫星座位对版纳小耳猪近交系5个家系进行了遗传检测。统计各家系的等位基因组成,计算各家系的平均基因纯合率,利用基因频率计算出各家系的平均杂合度及品系间的遗传距离,并进行系统聚类。结果表明各家系的平均基因纯合度均较高,其151家系达到88.79％;PIC（多态信息含量）和平均杂合度均较普通商品猪低;各家系等位基因组成差别较大;各家系间亲缘关系与其近交过程一致,据此认为版纳小耳猪近交系5家系均具有较高的近交程度;其基因多态性和遗传多样性较普通商品猪低;各家系均已构成独立遗传群体。     

回交对小菜蛾近交种群适合度衰退的清除效应

研究近交种群的清除效应对深入探索昆虫近交衰退的遗传机理具有重要作用。本文在连续近交10代的基础上,采用年龄-龄期、两性生命表方法分析回交对小菜蛾近交衰退的清除效应,结果显示,回交1代即可显著提升近交小菜蛾卵的孵化率、成虫前期存活率与繁殖力,雌、雄成虫寿命也显著延长,回交小菜蛾的种群适合度达到杂交种群的水平。其中,回交小菜蛾的单雌产卵量甚至显著高于杂交种群。回交小菜蛾种群的内禀增长率、周限增长率、净增殖率也显著提高,与杂交种群相比无明显差异。同时,对种群数量的模拟发现,回交与杂交小菜蛾的种群数量变化趋势均较一致,60 d时回交与杂交各代种群数量均达到108以上。该结果为进一步研究揭示小菜蛾近交衰退的遗传机理奠定基础。     

厦门木麻黄种群交配系统及近交衰退

木麻黄耐沙生,盐碱,是沿海优良的防护林树种,从20世纪80年代开始,木麻黄林呈现出衰退现象。采用等位酶分析技术研究木麻黄种群的交配系统及近交衰退,木麻黄种群异交率为0．622,表明为混合酱类型,与其亲缘种比较来看,引种降低了木麻黄异交率,增加了近交,采用电是接估算的近交衰退程度很高。结果表明,引种过程中的建立者效应引起的近交及其后的近交衰退确定在木麻黄林衰退中起了重要作用,根据基因型有选择地引起木麻黄以减轻衰退。     

西鄂尔多斯特有种四合木种群遗传多样性及遗传分化研究

利用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对西鄂尔多斯高原特有种四合木（Tetraena mogolica）4个种群遗传多样性和遗传分化进行了初步研究。电泳结果表明,四合木在种和种群水平维持较高的遗传多样性,1多态位点百分率P＝60％,等位基因平均数A＝1.6,平均期望杂合度He=0.245。4个种群之间遗传分化很小,基因分化系数GST只有0.052,明不同于其它濒危物种。四合木种较高的遗传多样性和极低的种群间分化,说明不同的种群可能有共同的起源,随机遗传漂变和近交衰退不是影响遗传多样性的主要过程。     

室内饲养的小菜蛾种群近交衰退分析

【目的】分析近交繁殖对小菜蛾Plutella xylostella种群的影响,为室内繁殖小菜蛾种群提供依据。【方法】在室内条件下,连续饲养6代小菜蛾种群,比较近交种群和杂交种群在交配行为、繁殖能力、蛹重、成虫寿命及形态等方面的差异。【结果】近交繁殖各代蛹重达极显著差异,尤其第3代后,蛹重显著下降;近交各代的雌雄成虫在交配次数和交配持续时间上显著减小,尤其是第4代后,下降幅度极其明显,F6代雌(雄)成虫的交配次数和交配持续时间分别是F0代的12.9%(13.8%)和8.3%(8.9%),表明自F4代后,近交小菜蛾种群已呈现出明显的衰退现象。同样,F4代后近交种群的产卵前期、产卵期、产卵量、卵孵化率、成虫寿命等均极显著下降,但世代历期显著延长。同时,近交对雌雄成虫体长有显著影响,F6代雌雄成虫体长是F0代的60%左右。【结论】自近交繁殖3代始,会导致小菜蛾种群交配行为、繁殖及形态的变化,尤其是近交繁殖4代以后变化更为明显,使种群出现明显的衰退现象。因此,在小菜蛾室内繁殖时,隔一段时间(至多3代)采集远源虫源,避免种群衰退。     

利用TP-M13-SSR技术分析我国两个地方猪种的遗传多样性

采用TP-M13-SSR技术,检测了我国地方猪品种柯乐猪和藏猪近交群体在18个微卫星位点的遗传多样性.结果如下:1)TP-M13-SSR方法简单、准确、高效,优于聚丙烯酰胺凝胶电泳;2)18个微卫星座位在柯乐猪封闭群和藏猪近交群体中的平均有效等位基因数分别为3.5092±1.0545、2.6097±0.8811,平均观察杂合度分别为0.7597±0.1672、0.5966±0.2194,平均期望杂合度分别为0.7000±0.1138、0.5781±0.1522,平均多态信息含量分别为0.6413±0.1252、0.5086±0.1535,表明两个群体具有较高的遗传多样性和较大的遗传潜力,柯乐猪封闭群可作为保种群使用.结论:将TP-M13-SSR技术应用于我国地方猪品种的遗传多样性,为快速、大规模评估我国地方猪种遗传资源提供了新的方法.     

淡色库蚊 (Culex pipiens pallens Coquillett)的抗性酯酶表现型及其在杀虫剂压力下的变化趋势(英文)

对来自杭州、临海和金华三个城市的淡色库蚊种群进行了抗性酯酶表现型频率分布的测定和分析 ,同时对三个种群进行双硫磷、敌百虫、毒死蜱和马拉硫磷等四种有机磷杀虫剂的抗性品系筛选 ,逐代测定和分析各种群在不同杀虫剂压力下 ,其抗性酯酶表现型频率分布的变化。结果表明 ,三个自然种群中都存在酯酶B1 、B2 纯合表现型及酯酶B1 /B2 杂合表现型 ,其中酯酶B1 纯合表现型占优势。各自然种群中的抗性酯酶表现型频率分布有差异。经过杀虫剂的逐代筛选 ,各种群相对于某一杀虫剂的压力 ,表现出选择较为单一的抗性酯酶表现型的趋势 :双硫磷有利于酯酶B1 纯合表现型的选择 ,敌百虫和毒死蜱有利于酯酶B2 纯合表现型的选择 ,马拉硫磷则似乎有利于酯酶B1 纯合表现型和酯酶B1 /B2 杂合表现型的选择 ,但酯酶B1 纯合表现型相对于B1 /B2 杂合表现型来说 ,对马拉硫磷抗性更强一些。根据研究结果 ,就蚊虫的抗性酯酶基因对不同杀虫剂的选择优势及相应的蚊媒控制策略进行了讨论。     

利用高密度SNP标记分析中国荷斯坦牛基因组近交

畜禽育种中传统上利用系谱信息评估群体近交程度?近年来随着高通量单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism, SNP)检测成本降低,使利用基因组信息分析真实的基因组近交程度成为可能?本研究利用牛54 K SNP 芯片数据统计了北京地区2107头荷斯坦牛基因组上的长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)的频率和分布,计算了2种基因组近交系数,即染色体上ROH的长度占基因组总长度的比例(Froh)及个体所有标记基因型中纯合子所占比例,即基因组纯合度(Fhom),进而分析了两种基因组近交系数之间的相关性以及基因组近交与系谱近交系数之间的相关性?结果表明,共检测到44 676个ROH片段,其长度主要分布在1~10 Mb之间?不同长度的ROH散布于个体基因组内,短ROH较长ROH更为常见?ROH在染色体上并非均匀分布,ROH频率最高的区域为10号染色体中部?两种基因组近交系数之间相关性很高(91%以上),但基因组近交与系谱近交之间的相关性较低(低于50%)?系谱完整性是影响基因组近交与系谱近交结果一致的重要因素,基因组近交系数能够反映个体真实的近交,本研究为评估群体近交水平提供了有力工具?     

近交对单倍体-二倍体种群平衡遗传多态性的影响

本文通过对一个双等位基因位点在产雄孤雌生殖遗传体系下不完全同胞交配的模拟 ,研究了在显性、共显性和超显性遗传模式下近交对平衡多态性的影响。结果显示 :相对于二倍体 -二倍体种群 ,不完全同胞交配会减少产雄孤雌生殖种群的遗传变异。然而 ,在各种情况下 ,近交对单倍体 -二倍体种群的总体影响不如对二倍体 -二倍体种群极端     

中国麋鹿遗传多样性现状与保护对策

通过对麋鹿野生种群的绝灭过程、圈养历史、种群增长及遗传多样性状况的分析研究,认为麋鹿脱离野生种群成为完全的圈养群体约有100多年的历史,捕猎和栖息地丧失是其绝灭的根本原因。麋鹿最初引入欧洲时曾经历了严重的近交衰退阶段,目前其耐受近交的能力显著增强。截至1994年我国麋鹿已达近500只,其遗传变异量约为其野生种群的70%。在我国重建麋鹿自然种群不仅完全可能,而且也只有如此才能使麋鹿在自然中进化并丰富其受损的遗传多样性。     

小型猪葡萄糖转运子4外显子4a的基因多态性分析

目的分析我国特有的3个小型猪品系巴马小型猪、中国农大小型猪、五指山小型猪葡萄糖转运子4基因外显子4a的单核苷酸多态性（SNPs）分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病研究中提供基础资料。方法以3个品系小型猪基因组DNA为模板,应用特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化测序,进行BLAST比对分析。结果在小型猪GLUT-4基因外显子4a上有2个SNP位点：SNP1：GCT→GCC（Ala133 Ala）,3个品系均发生了变化,均为纯合突变,其突变率为（22/22,100%）。SNP2：GGC→GGT（Gly146 Gly）,巴马小型猪突变率为（6/6,100%）,均为纯合突变;五指山小型猪突变率为（6/6,100%）,均为纯合突变;中国农大小型猪突变率为（10/10,100%）,其中包括6例纯合突变（6/10,60%）和4例杂合突变（4/10,40%）。结论SNPs1,在所有测定的小型猪品系中检出,这可能是所测小型猪的共有特征。SNPs2可能是小型猪品系之间的差异。     

连续性纯合片段在畜禽基因组研究中的应用

随着高通量SNP芯片技术的快速发展和测序成本的大幅降低,SNP基因芯片和基因组重测序等技术被广泛地应用于畜禽基因组研究中。在基因组某一段区域内,当一定数量和一定密度的SNPs表现为纯合时,可以判定该区域存在连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)。目前,连续性纯合片段已经逐渐成为分析畜禽群体近交程度、遗传结构等方面的重要指标之一。但是,ROH计算应用的评价标准还相对匮乏。本文系统介绍了连续性纯合片段的发展历史、原理、鉴定方法以及在畜禽群体结构解析、基因组功能分析和种畜禽品质检测等方面的应用情况,以期为畜禽遗传资源保种区和保种场在遗传多样性等动态监测方面提供参考。     

我国实验小型猪的发展现状及展望

实验动物广泛应用于科学研究领域,实验小型猪在医学研究领域中越来越得到重视。中国小型猪种源丰富,不同种群各具特色,遗传性状稳定。近年来中国实验小型猪的研究处于快速发展阶段,生产和使用均在逐年增加。我国发展实验小型猪具有天然封闭群特性和高度近交等得天独厚的条件,品系化、标准化、规模化和产业化是我国实验用小型猪的主要发展趋势。我国实验用小型猪发展当前面临的问题主要表现在:保护力度小、发展阻力大、育成品系少三个方面。育成中国各具特色的实验用小型猪品系需要增加投入,利用先进的科学技术例如基因编辑和动物克隆技术,加速小型猪的定向化培育进程。     

用超显性模型估计遗传多态平衡的种群参数

基于超显性模型,采用数学方法阐述了种群遗传多样性的延续机制及平衡条件,从双等位基因导出的定律有较大的局限性,在许多教科书中常用的估计平衡态基因频数的定律只适用于双等位基因,本文用另一种方法导出一些公式,将其扩展到多等位基因,讨论了种群中基因数ｎ,遗传负载荷（Ｌ）,杂合频ＹＸ（Ｈｅ）和纯合频率（Ｈｏｍ）之间的关系。     

小型猪胰淀素基因的多态性分析

目的探讨我国3个特有的小型猪品系,巴马小型猪,五指山小型猪,中国农大小型猪胰淀素（IAPP）基因多态性分布,为我国小型猪在2型糖尿病及代谢性疾病研究中的应用提供基础资料。方法提取3个品系小型猪血液基因组DNA,针对IAPP基因外显子3~内含子3的部分序列进行PCR扩增,产物鉴定、测序,统计分析基因多态。结果在所扩增的片段中共检测出2个SNPs位点,SNPs1：43G→A,位于外显子上,未引起的氨基酸的改变,突变发生在五指山猪（G/A杂合突变为16.7%,A纯合突变为83.3%）和中国农大猪（G/A杂合突变60%,A纯合突变为20%两个品系中。SNPs2：214C→T,位于内含子上,发生在五指山猪（T/C杂合突变为16.7%,T纯合突变为83.3%）和中国农大猪（T/C杂合突变为20%,T纯合突变为60%）两个品系中。结论在IAPP基因外显子3-内含子3的部分扩增序列中发现了2个SNPs位点,在3个品系小型猪中的分布不同。