临床标本中的枸橼酸杆菌及其鉴定

枸橼酸杆菌(Citrobacter)属于肠菌科。1980年国际上公布了枸橼酸杆菌属包含三个菌种:弗劳地枸橼酸杆菌(C.freundii),异型枸橼酸杆菌(C.diversus)和柯氏枸橼酸杆菌(C.koseri)。为正确鉴定这类细菌,便于临床感染的治疗和病原学分析,我们对近两年从临床标本中分离到的枸橼酸杆菌的生化特性进行了分析研究,筛选出几项鉴别该菌的主要试验,作为这类细菌常规鉴定的方法。     

石棉地区藏族、彝族和汉族人群肠道微生物菌群构成与分布

目的探讨石棉地区藏族、彝族和汉族人群肠道微生物菌群构成分布情况。方法将2017年7月至2019年7月在我院进行健康体检的并符合纳入和排除标准的125例健康人作为研究对象,其中汉族65例,彝族32例,藏族28例。收集受试健康人群清晨空腹粪便标本,利用高通量测序技术测定石棉地区藏族、彝族和汉族人群粪便样本16S rRNA序列并建立分类操作单元(OTU),分析肠道微生物结构特征及优势菌群,并对各民族人群肠道微生物进行聚类分析。结果共获得514 069条高质量16S rRNA序列,每个样品平均生成序列数为(4 112.55±1 258.67)条;97%相似度归并共获得68 232个OTU,每个样品平均OTU为(545.86±157.49)个;石棉地区汉族人群粪便标本中占优势细菌门为拟杆菌门和厚壁菌门,彝族及藏族人群粪便标本占优势细菌门为厚壁菌门和拟杆菌门,菌门水平上丰富度差异存在统计学意义(F=13.810,P0.001;F=17.797,P0.001);石棉地区汉族人群粪便标本优势细菌属为拟杆菌属、栖粪杆菌属,彝族及藏族人群粪便标本优势细菌属为普氏菌属、栖粪杆菌属和拟杆菌属,在拟杆菌属和栖粪杆菌属水平上丰富度差异存在统计学意义(F=39.836,P0.001;F=141.194,P0.001);石棉地区彝族和藏族与汉族人群肠道微生物差异度48%。结论石棉地区藏族和彝族与汉族人群间肠道微生物优势细菌门及细菌属虽相似但在丰富度上存在差异,汉族健康人群肠道微生物菌群呈现不规律、分散聚类现象,彝族、藏族健康人群肠道微生物菌群呈现集中聚类现象,临床应根据种族差异对人群进行膳食指导以调控肠道微生态平衡。     

不动杆菌的分离鉴定及各类标本中的分布

不动杆菌属是一群不发酵糖类的革兰阴性球杆菌,是;临床L重要条件致病菌及医院内感染的常见菌之一,1986年巴斯德研究所的Bouret通过DNA杂交将该菌分为6个种［‘1,即醋酸钙不动杆菌,洛菲不动杆菌,溶血不动杆菌,鲍曼氏不动杆菌,琼氏不动杆菌及约翰逊不动杆菌。目前,对于该菌的临床细菌学研究报告诸多［2］,愈来愈引起广泛关注。我们将1990年卫月至1996年12月从各种临床标本中分离的344株不动杆菌的鉴定结果及药敏情况报告如下。1材料与方法1．且标本来源1990年卫月～1996年12月本院各科送检的血、尿、痰、胸腹水及其它标本。至．2…     

实时荧光定量PCR法研究结直肠癌患者肠道拟杆菌属、梭杆菌属和梭菌属量的变化

目的通过研究结、直肠癌患者肠道拟杆菌属、梭杆菌属和梭菌属量的变化,揭示肠道相关菌群改变在大肠癌发病中的作用及意义。方法收集术前结、直肠癌患者粪便标本40例及正常对照标本40例,根据细菌的靶基因序列设计特异性引物。提取待测粪便标本细菌DNA,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR测定不同细菌的数量。结果正常对照组与实验组粪便中细菌数量分别为拟杆菌属(8.76±0.77;9.85±0.88)、梭杆菌属(7.94±1.25;10.0±1.65)、梭菌属(3.54±0.70;6.56±0.68),拟杆菌属中的脆弱拟杆菌为(2.12±0.48;4.07±1.77)、梭杆菌属中的坏死梭杆菌为(2.31±0.26;7.62±2.68)及梭菌属中的肉毒梭菌为(2.76±1.16;5.43±1.21),实验组数量均明显增多(P0.05)。结论结、直肠癌患者粪便中拟杆菌属、梭杆菌属和梭菌属的数量较正常对照明显增多,提示结、直肠癌的发生发展与肠道菌群有明显关系。     

从一例多细菌协民性坏疽的标本中分离到肉杆菌细菌

从一例多细菌协同性坏疽患者的临床标本中分离到了一株革兰氏阳性杆菌Y6菌株,使用常规方法不能鉴定,通过16S rDNA序列分析和同源性检索发现Y6菌株16SrDNA与肉杆菌属的同源性较高,为93％～97％。其中16S rDNA的特征序列也和肉杆菌属的相同。其它性状也和肉杆菌属的特征相似,但和已经报道的种有明显区别。因此认为Y6菌株可能是肉杆菌属的一个新种,暂命名为肉杆菌样细菌。     

新鲜粪便pH和涂片检查小儿肠道菌群失调

目的探讨小儿肠道菌群失调患者新鲜腹泻标本细菌学、pH和细菌球杆比的变化,寻求肠道菌群失调的快速诊断方法。方法2004年1月至2005年12月我院门诊及住院患儿因菌群失调(细菌学培养证实)致腹泻共118例为研究对象,对照组为同期保健科健康体检的小儿共80例。均采集新鲜粪便(10 min内)进行细菌学培养接种、pH检测及涂片做革兰染色镜检计数标本中球菌杆菌的比例。结果(1)118例菌群失调患者腹泻标本细菌学培养大肠埃希菌消失或减少42例(35.6%),肠道条件致病菌优势生长49例(41.5%),真菌27例(22.9%)。(2)肠道菌群失调患儿粪便pH分布在6-8之间,pH≥7者92例(78.0%);对照组粪便pH值分布在5-6.5之间,pH≤5.5者68例(85.0%),统计学比较差异有显著性(χ2=171.57,P<0.005)。(3)标本涂片镜检查细菌球杆比,菌群失调组为3/7-8/2,球菌≥40%者106例(89.8%);对照组标本细菌球杆比1/9-3/7,球菌≥40%者无1例,两者统计学比较差异有显著性(χ2=181.47,P<0.005)。结论腹泻患儿新鲜粪便细菌学、pH值和细菌球杆比的变化有助于肠道菌群失调的诊断,以pH≥7、细菌球杆比大于3/7诊断肠道菌群失调简单、快速、准确、价廉,适合临床基层实验室推广使用。     

农林生态区土壤中的可培养芽胞杆菌资源调查——以四川省和重庆市部分地区为例

调查了四川和重庆农林生态区土壤中的芽胞杆菌资源种群分布,为芽胞杆菌功能资源挖掘和菌剂开发提供基础。采用可培养法从农林生态区土壤中分离获得芽胞杆菌,利用细菌16S rRNA基因初步确定其分类地位,并通过多样性指数分析芽胞杆菌种群结构。结果表明,共分离获得芽胞杆菌95株,经16S rRNA基因鉴定,7个属38个种,其中芽胞杆菌属(Bacillus)22个种、赖氨酸芽胞杆菌属(Lysinbacillus)4个种、类芽胞杆菌属(Paenibacillus)7个种、短芽胞杆菌属(Brevibacillus)2个种、嗜冷芽胞杆菌属(Psychrobacillus)1个种、鲁梅尔芽胞杆菌属(Rummeliibacillus)1个种和虚构芽胞杆菌属(Fictibacillus)1个种。其中,6株芽胞杆菌与其最相近模式菌株的16S rRNA相似性低于98.65%,为潜在新种。农林生态区土壤芽胞杆菌多样性指数香农指数大小依次为乐山林地盐亭县农地重庆林地盐亭县林地。以芽胞杆菌种类为样本,含量为指标,当欧式距离λ=15时,芽胞杆菌种类可分为高含量分布广型和低含量分布不均匀型。综上所述,农林生态区土壤蕴藏着较丰富的芽胞杆菌种类,为芽胞杆菌资源开发和利用提供了资源保障。     

高海拔地区圈养大熊猫粪便可培养细菌分析——以云南野生动物园春季为例

本研究旨在对高海拔地区圈养大熊猫春季粪便中可培养微生物进行细菌学鉴定与分析。以云南野生动物园3只成年雌性健康大熊猫的春季昼间新鲜粪便为试验材料,经稀释、分离、纯化、保存,通过菌落特征、染色特性、显微形态观测及16S r DNA序列分析等方法鉴定了粪便中可培养细菌种类与数量。结果表明:粪样共分离出12株细菌菌株,鉴定归为6属8种,即大肠杆菌Escherichia coli、短小芽孢杆菌Bacillus pumilus、琼氏不动杆菌Acinetobacter junii、葡萄球菌Staphylococcus sp.、枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis、寡养单胞菌Stenotrophomonas sp.、芽孢杆菌Bacillus sp.和索氏志贺菌Shigella sonnei,其中优势菌是大肠杆菌和芽孢杆菌属,菌落数分别为(15.93±3.10)×107cfu·g-1和(13.33±3.87)×106cfu·g-1,但存在个体间差异(Kruskal-Wallis H test,P<0.05);各时段粪样分离得到菌落数量比较稳定,差异无统计学意义(Friedman test,P>0.05)。研究结果可为大熊猫健康状况监测、合理日粮和肠道微生态等深入研究提供基础资料和科学依据。     

抑郁症患者肠道菌群研究

目的研究抑郁症患者肠道微生物群落分布情况。方法选择2017年1月-2018年1月在本院临床心理科就诊的确诊为抑郁症的患者79例,以及同时期在本院体检的健康者80例。收集患者新鲜粪便,利用16SrRNA基因测序技术分析患者肠道菌群。结果对159例粪便标本进行16SrRNA基因测序,共获得1 276 841条有效16SrRNA基因序列,抑郁组Shannon指数明显高于对照组。在门水平,共发现20个细菌门,抑郁患者肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要为拟杆菌科、普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。对照组肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要是拟杆菌科,普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形拟杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。抑郁组多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属、栖粪杆菌属、考拉杆菌属丰度明显低于对照组,抑郁组毛螺菌属、副杆菌属、布劳特氏菌属、巨单胞菌属丰度明显高于对照组。抑郁组拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度与SDS评分成负相关,毛螺菌属丰度与SDS评分成正相关。结论抑郁症患者病情严重程度与抗炎性细菌拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度成反比,与毛螺菌属丰度成正比。     

粪便乳杆菌新种在中国的再发现

目的分离鉴定白鹭粪便中的乳杆菌。方法使用乳杆菌PCR快速检出技术检出白鹭粪便样品中的乳杆菌。将乳杆菌的保守基因16S r DNA、rpo A和rec A克隆测序,并进行序列分析。使用细菌微量生化管和常规生化试验测定乳杆菌糖发酵产酸等生化特征。结果从白鹭粪便样品得到1株乳杆菌菌株FZB1,其16S r DNA基因和粪便乳杆菌AFL13-2的16S r DNA基因最相似,相似性为99.2%。Rpo A的氨基酸残基序列比对结果表明:该菌株和姬鼠乳杆菌、动物乳杆菌、鼠乳杆菌的亲缘关系最近,其相似性分别达到了97.1%、97.1%和96.7%。该菌株的Rec A氨基酸残基序列和粪便乳杆菌完全相同,和姬鼠乳杆菌、动物乳杆菌、鼠乳杆菌的Rec A氨基酸残基序列有较高的相似性,分别为91.9%、91.5%和91.5%。生化鉴定结果表明:该菌株符合乳杆菌属和粪便乳杆菌的生化特征。结论我们从中国的白鹭粪便中分离鉴定到了一株粪便乳杆菌,这是2013年在南非发现的新种。粪便乳杆菌在中国的再次发现充实了乳杆菌种质资源库,证明了粪便乳杆菌的广泛分布。     

感染微生态研究进展——肠道菌群对机体代谢影响

1肠道菌群的组成 在人体,肠道菌群是一个复杂的微生态系统,由于细菌培养手段的局限性,我们对其结构和组成知之甚少。近年来,随着分子生物学技术在感染微生态学上的应用,根据细菌16S rRNA序列的分类,发现肠道内寄住的微生物群的种类超过800种,主要有拟杆菌属、梭菌、乳杆菌、大肠埃希菌属和双歧杆菌属等;     

人下肠道中拟杆菌属的探讨

用平板活菌计数法分析了30名正常成人粪便标本的4类菌群,结果表明,每克(湿重)标本中的需氧菌数(以Log计,均数土2标准差,下同)为8.47士1．32,肠杆菌数为7．75±1．34,肠球菌数为7．29士1．38,拟杆菌数为10．71士1．08。同时还分析了21名腹泻患者的粪便标本,得到需氧菌数为9．01士1．06,肠杆菌数为s 39士0．94,肠球菌数为6．36 5：1．72,拟杆菌数为10．15：t：0．68。其中5名菌痢患者的粪便标本中福氏痢疾杆菌数为7．66"t-0．60,拟杆菌和肠球菌数明显减少。与正常人的相比,21名腹泻患者粪便标本中需氧菌、肠杆菌数增加(p<0．05),而肠球菌、拟杆菌数减少(p<0．01),差异显著。对分离的25l株革兰氏阴性无芽孢厌氧杆菌的代谢产物,进行了气液相色谱分析,确定4株为梭杆菌属菌株,247株为拟杆菌属菌株(15个种),正常与腹泻时拟杆菌属中种的差异不显著。     

基于高通量测序技术测定普通棉耳狨猴粪便微生物多样性

目的应用高通量测序技术分析普通棉耳狨猴粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用新型实验动物奠定基础。方法采集4只成年雄性普通棉耳狨猴粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3~V4区,采用IlluminaMiSeq测序平台对普通棉耳狨猴粪便微生物进行研究。结果共测序获得315511条有效序列与596个OTU。普通棉耳狨猴粪便中的细菌共鉴定出9个门、14个纲、26个目、50个科、82个属和64个种和226个OTU。其中,1)优势门是拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),平均含量分别为54.52%和25.39%2)丰度最高的纲为拟杆菌纲(Bacteroidia)和厌氧菌纲(Negativicutes),平均含量为54.5%和17%。3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01%和20.52%。4)普雷沃菌科(Prevotellaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)所占丰度最高,平均含量分别为43.14%和11.33%。5)双歧杆菌属(Bifidobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的丰度较高,平均含量分别为11.33%11.12%。6)有益菌群双歧杆菌属丰度较高,但在所检测样本中都含有。7)丰度最高的前10个种,归类为7个科、5个纲。这10个种占到33.16%,其他53种总和仅占到0.74%,其他未鉴定出菌种,且相对丰度还较高,需要进一步研究。8)PICRUSt功能预测分析:氨基酸转运等代谢功能和蛋白质翻译、折叠遗传信息处理功能丰度较高。结论应用高通量测序技术,较全面的检测了普通棉耳狨猴粪便菌群,普通棉耳狨猴粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。     

以23S rDNA一个多变区作为分子标记对致病杆菌属细菌进行分类鉴定

【目的】致病杆菌属(Xenorhabdus)细菌是一类重要的生物杀虫剂,斯氏属昆虫病原线虫的共生菌,建立快速准确的分类鉴定方法,对研究开发这类细菌至关重要。【方法】本研究PCR扩增测序了本室保藏的26株,含20种已定名致病杆菌属细菌的一段845 bp的23S rDNA序列,构建了基于这段序列的致病杆菌属系统树并与基于几乎全长16S rDNA序列的相应系统树进行比较,分析了两者作为致病杆菌属细菌分类鉴定分子标记的优缺点。【结果】结果表明,与全长16S rDNA序列相比,所选择的23S rDNA序列片段所含可变位点、简约信息位点比例更高,遗传距离数值跨度大。【结论】上述结果显示该序列片段可用于致病杆菌属细菌进行分类鉴定,特别适用于对野外资源调查中采集到的大量菌株进行快速鉴定。     

芦笋老茎堆肥中嗜热细菌的分离与鉴定

利用稀释涂布法对芦笋老茎堆肥不同发酵阶段6个样品中的嗜热细菌进行分离,并采用16S rDNA序列分析方法对分离得到的菌落形态有明显区别的22株细菌进行鉴定.根据16S rDNA序列分析结果,22株细菌菌株中13株属于芽胞杆菌属(Bacillus),1株属于类芽胞杆菌属(Paenibacillus),4株属于假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas),1株属于肠杆菌属(Enterobacter),1株属于副球菌属(Paracoccus),1株属于短芽胞杆菌属(Brevibacillus),菌株D-b2在GenBank数据库中未找到与其相似的已知细菌属的序列,分类地位待定.从以上鉴定结果可以看出,芦笋老茎堆肥中的优势嗜热细菌主要是芽胞杆菌(Bacillus spp.)和假黄色单胞菌(Pseudoxanthomonas spp.).     

V-18生化系统鉴定梅氏弧菌的报告

国际上对于弧菌科弧菌属的细菌有两种分类。一种是分为Ol群霍乱弧菌、不典型O1群霍乱弧菌、非O1群霍乱弧菌和其他弧菌。另一种是按“伯杰氏细菌学分类手册”(第一版,1984)将弧菌属的细菌分为20个种或亚种。作者根据伯杰氏分类建立了用于弧菌科细菌鉴定的V-18生化系统。使用该系统和常规生化方法对从人粪便中分离到的14株弧菌进行了鉴     

双歧杆菌的分类学研究与新进展

双歧杆菌作为一种重要的益生菌,被广泛应用在乳制品和微生态制剂生产中。本文围绕双歧杆菌在《伯杰氏系统细菌学手册》中的演化历史、最新分类,以及其多相分类法的应用进行了阐述,并对近年来双歧杆菌属的新种做了详细的介绍。     

双歧杆菌属特异性测序引物筛选及优化

【背景】目前双歧杆菌的益生功能被普遍认可,越来越多的研究开始关注肠道中双歧杆菌的生物多样性。然而双歧杆菌是肠道中的低丰度物种,现有技术尚难以深入研究其多样性。【目的】基于双歧杆菌16SrRNA基因序列筛选一对适用于分析粪便样品中低丰度双歧杆菌属多样性的特异性引物。【方法】依据已有引物的相对位置及其与双歧杆菌属16S rRNA基因序列的匹配率,将引物重组优化得到扩增片段800 bp的双歧杆菌属特异性引物;通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳对引物进行实验筛选和特异性验证;以细菌通用引物(27f/1492r)为参照,通过单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术对不同引物的3份粪便样品中细菌的DNA扩增子进行测序,在种水平上分析比较不同引物的优劣。【结果】对文献中已有的9对双歧杆菌特异性引物进行重组并优化,其中2对引物的理论特异性较好且扩增产物大于800 bp,它们分别为Bif164-f/Pbi R2和Pbi F1/Pbi R2。PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳实验发现,Bif164-f/Pbi R2的扩增条带明亮且无拖尾。此外,利用SMRT测序平台对引物27f/1492r和Bif164-f/Pbi R2的3份粪便样品中细菌的DNA扩增子进行测序并分析。27f/1492r扩增子的分析结果显示,3份样品依次分别含1、3、4个双歧杆菌种且双歧杆菌的平均相对含量为0.34%;而Bif164-f/Pbi R2扩增子的分析结果显示,3份样品依次分别含2、6和8个双歧杆菌种且双歧杆菌的平均相对含量为98.72%。上述结果表明,Bif164-f/Pbi R2可在种水平上特异地检出粪便中低丰度的双歧杆菌,进而实现样品中双歧杆菌的多样性分析。【结论】筛选出一对双歧杆菌特异性引物Bif164-f/PbiR2,可在种水平上分析粪便样品中低丰度双歧杆菌的生物多样性,同时也验证了理论结合实验进行引物筛选这种方法的可行性。     

注意缺陷多动障碍儿童肠道菌群特点及与行为问题的相关性研究

目的 分析注意缺陷多动障碍（ADHD）儿童肠道菌群特点与行为问题的相关性。方法 选取2022年1月到2023年5月我院收治的96例ADHD患儿和健康体检的96例儿童,分别作为研究组和对照组。对所有儿童粪便样本进行宏基因组测序并分析肠道菌群特点。采用Conners儿童行为问卷-家长版（PSQ）评估两组儿童的行为。采用Pearson相关性分析肠道菌群分布与行为问题的相关性。结果 研究组患儿肠道菌群α-多样性低于对照组,肠杆菌属、气味杆菌属和枸橼酸杆菌属相对丰度均高于对照组,韦荣球菌属、拟杆菌属、双歧杆菌属和普氏栖粪杆菌相对丰度均低于对照组,差异均具有统计学意义（P<0.05）。研究组患儿Conners PSQ问卷评分高于对照组（P<0.05）。研究组患儿Conners PSQ问卷各因子评分与肠道肠杆菌属、气味杆菌属和枸橼酸杆菌属均呈正相关（P<0.05）,与韦荣球菌属、拟杆菌属、双歧杆菌属和普氏栖粪杆菌均呈负相关（P<0.05）。结论 ADHD儿童肠道菌群构成与健康儿童不同,不同肠道菌群与患儿行为问题有相关性。     

新疆不同栖息地赤麻鸭肠道菌群多样性研究

【目的】探讨天山北麓赤麻鸭肠道细菌多样性及其与栖息地环境之间的关系。【方法】于2017年秋季在天山北麓5个栖息地随机采取新鲜的赤麻鸭粪便,用细菌16S rDNA通用引物扩增V3–V4区并进行高通量测序,使用BLAST、USEARCH和QIIME等软件和在线工具分析各栖息地样品菌群组成与差异。【结果】从赤麻鸭粪便样本中共获得16S rDNA有效序列408 036条,聚类产生1 014个操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)。样品中的细菌分属25个门和397个属。在门分类阶元上,变形菌门和厚壁菌门在所有样品中均为优势菌,相对丰度较高的还包括拟杆菌门、梭杆菌门、放线菌门、蓝藻细菌、螺旋体门、Saccharibacteria和迷踪菌门,但以上细菌在各栖息地样品中的相对丰度存在差异。在属分类阶元上,各栖息地样品的菌群组成差异显著,艾比湖、安集海水库、奎屯水库、蘑菇湖水库和八一水库样品的优势菌分别为鲸杆菌属、巨单胞菌属、假单胞菌属、乳酸菌属和链球菌属。对不同样品菌群组成和差异分析表明,赤麻鸭胃肠道菌群组成受环境和食源的影响较大。【结论】新疆5个栖息地赤麻鸭肠道...