蜡梅种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对蜡梅种质资源7个野生种群和2个栽培种群的遗传多样性进行了研究。用11条引物,共扩增出124条谱带,其中110条多态带,多态位点占88.70％。用POPEGEN1.31版软件对数据进行分析,结果显示：种群总的Nei’s基因多样性指数为0.272 6,Shannon信息多态性指数为0.411 7,蜡梅总的遗传多样性水平较高。蜡梅不同种群遗传多样性水平差异较大,种群多态位点百分率在52.94％~90.00％之间,Nei’s基因多样性指数为0.143 4~0.378 2,Shannon信息多态性指数为0.232 2~0.546 6。神农架种群（SN）和保康种群（BK）的遗传多样性水平较高。种群间的基因分化系数为0.353 6,种群内的遗传变异大于种群间的遗传变异。用NTSYS2.01版软件对样品进行UPGMA聚类分析,结果9个种群并没有按地理距离进行聚类。种群间的地理距离和遗传距离之间没有显著的相关性(r＝0.437 1,P＝0.921 3)。     

秦岭山区美容杜鹃五个野生种群遗传多样性的ISSR分析

美容杜鹃是杜鹃花科杜鹃花属常绿观花植物,也是秦岭地区的特有属,在维持当地生态平衡方面发挥着重要作用,但目前资源正在遭受严重的破坏。该文通过ISSR分子标记技术对秦岭地区5个美容杜鹃野生种群进行遗传多样性分析,了解美容杜鹃不同种群的遗传分化,从而为美容杜鹃野生种质资源保护策略的制定提供理论依据。用8个ISSR引物对5个天然种群的90个单株进行扩增,共扩增出78条带(平均每条引物产生9.75条带),其中65条带是多态的,多态位点占总位点的百分率为83%。种群总的Nei’s基因多样性指数为0.3386,Shannon信息多态性指数为0.4972,表明美容杜鹃总的遗传多样性水平较高。种群多态位点百分率为82.71%~90.25%,Shannon信息多态性指数为0.4161~0.5867,Nei’s基因多样性指数为0.3044~0.4122,表明美容杜鹃不同种群遗传多样性水平差异较大。其中镇安木王种群和柞水牛背梁种群的遗传多样性水平较高。AMOVA分析表明种群内的遗传变异(91.22%)大于种群间的遗传变异(8.78%)。UPGMA聚类分析表明5个种群的遗传分化程度与地理距离没有相关性。因此建议尽可能地保护美容杜鹃所有的天然种群原生境条件,以最大限度保护其遗传变异。由于镇安和柞水种群具有较高的遗传多样性,因此建议优先对这2个种群实施就地保护和迁地保护。     

地被植物鹅绒委陵菜的遗传多样性研究

采用RAPD方法对不同海拔和植被盖度下的鹅绒委陵菜（Potentilla anserinaL.）6个种群的遗传多样性水平进行了研究。结果表明,13条随机引物共扩增出132条带,多态性位点为117;鹅绒委陵菜物种水平的遗传多样性较高,且种群间分化明,多态位点比率（88.64%）、Nei’s基因多样性（0.3180）、Shannon信息多样性指数（0.4732）均远高于多数克隆植物。6个种群内的遗传多样性水平变化较大,多态位点在各种群中分布不均衡,种群间分化系数（GST）为47.7%,基因流较低（Nm=0.5482）,多态位点比率在31.06%～74.24%之间,Shannon信息指数在0.1711～0.3625之间,Nei基因多样性指数在0.1164～0.2425之间。多样性水平的变化与海拔没有明显的相关性,而与生境盖度呈显著正相关。从而推断在盖度低、资源丰富的环境中,该物种可能更倾向于克隆繁殖。     

华北地区油松种群遗传多样性分析

用酸性聚丙烯酰胺凝胶（APAGE）技术分析了华北地区5个油松种群在醇溶蛋白水平上的遗传多样性。95份材料分离出12条带,其中11条具有多态性,得到23种不同的带型。种群多态位点比例在16.67%～66.67%之间。Shannon信息指数和Nei’s指数的统计结果表明：关帝山油松种群的遗传多样性高于其它种群;华北地区油松种内遗传多样性为0.248 9;种群内的遗传多样性为0.150 7,占总变异的60.55%;种群间的遗传多样性为0.098 2,占总变异的 39.45%。     

基于ISSR和RAPD标记的4个夏蜡梅种群的遗传多样性研究

利用ISSR和RAPD技术对4个夏蜡梅种群25个单株的遗传多样性进行研究。从60条简单重复序列引物中筛选出了10条引物在25个个体中共检测到62个可重复的位点,其中多态位点为41个,总的多态位点百分率为65.60%;从60条寡居核苷酸引物中筛选出了10条引物共扩增出52个位点,其中多态性位点31个,多态性位点的百分率为57.50%。Shannon指数估算的夏蜡梅群体总遗传多样性为0.3737,各群体平均遗传多样性为0.1645。Nei’s指数估算的夏蜡梅群体总遗传多样性为0.2528,各群体平均遗传多样性为01117;物种水平的有效等位基因数为1.4473,平均值为1.1972。4个自然群体的基因分化系数Gst=05297,即总的变异中有52.97%的变异存在于群体间,而群体内的遗传变异占总变异的47.03%,群体间遗传距离平均值0.2187。也表明了夏蜡梅4个群体间出现了遗传分化。夏蜡梅群体间的基因流较低,Nm=04450。聚类分析将4个种群聚为2支,且聚类结果表现出明显的地域性特征。作为狭域分布种,夏蜡梅各群体间存在遗传分化和多样性程度不高,对夏蜡梅种群多样性的就地和迁地保护势在必行。     

黄枝油杉遗传多样性的ISSR分析

该研究采用ISSR分子标记,对黄枝油杉7个自然种群的遗传多样性进行了分析。结果表明:用12条ISSR引物对218个黄枝油杉个体进行扩增,共扩增出125个位点。在物种水平上,多态性位点百分数(PPL)为100.00%,Shannon信息多样性指数(I)为0.417 7,Nei’s基因多样性指数(H)为0.266 6;在种群水平上,多态性位点百分数(PPL)在71.20%~92.00%之间,平均值为80.69%,Shannon信息多样性指数(I)在0.327 3~0.388 6之间,平均值为0.354 8,Nei’s基因多样性指数(H)在0.213 9~0.247 8之间,平均值为0.229 1。这说明黄枝油杉在物种水平和种群水平上均显示出较高的遗传多样性。Nei’s遗传多样性分析(Gst=0.143 3)和AMOVA分析(Φst=17.91%)表明,黄枝油杉的遗传变异主要存在于种群内,种群间的遗传分化程度较低,种群间保持一定的基因交流(Nm=2.989 01)。Mantel分析显示,黄枝油杉种群间的遗传距离和地理距离之间不存在显著的相关关系(r=0.456 7,P=0.061 00.05)。     

舟山群岛野生山茶种群遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记,利用筛选的20条引物对舟山群岛4个野生山茶（Camellia japonica）种群的遗传多样性进行分析。结果表明：山茶种群的多态位点百分比（PPB）为64.06％,Nei’s基因多样性指数（HE）为0.2390,Shannon信息多态性指数（H）为0.3548,种群水平遗传多样性较高。基因分化系数Gst = 0.2241,表明种群间具有较高的遗传分化。地理距离与遗传距离具有显著相关性（r = 0.9653,P<0.05）,表明岛屿隔离对山茶种群的遗传分化具有重要影响。UPGMA聚类表明同岛种群间的亲缘关系更近。基于舟山群岛山茶种群遗传结构分析,建议在其自然生长地加强就地保护。     

中日5个岛屿山茶种群遗传多样性研究

运用ISSR分子标记法对中、日两国5个岛屿天然山茶种群共150个个体进行遗传多样性分析。结果表明:筛选出的20条引物扩增得到205条清晰条带,其中183条为多态性条带,多态位点百分比(PPB)为89.27%。经POPGENE软件分析,山茶种群平均多态位点百分比(PPB)为72.00%,Nei’s基因多样性指数(HE)为0.2743,Shannon信息多态性指数(H)为0.4023,种群水平遗传多样性较高。基因分化系数Gst=0.2033,表明遗传变异主要存在于种群内个体间。Mantel检验(r=0.7989,P<0.05)和UPGMA聚类表明岛屿地理隔离对山茶种群遗传分化具有重要影响。基于岛屿山茶种群遗传结构的分析,建议加强我国岛屿自然种群的就地保护力度。     

中国桃蛀螟不同地理种群的遗传多样性

本文应用ISSR分子标记技术对中国桃蛀螟Conogethes punctiferalis 11个地理种群的基因组DNA进行了遗传多样性和遗传分化分析。从34条引物中筛选出6条用于ISSR多态性分析, 共扩增出211条带, 其中209条具多态性, 总的多态性条带百分率为99.05%。11个种群的遗传距离在0.0059~0.0237之间, Nei氏基因多样性指数为0.1750, Shannon信息指数为0.2966, 遗传分化系数为0.053, 基因流高达8.8724。结果提示中国桃蛀螟地理种群因基因流水平较高而种群遗传分化水平保持较低。     

不同成花量金花茶花果期果枝叶内源激素的变化

该研究采用ISSR分子标记,对黄枝油杉7个自然种群的遗传多样性进行了分析。结果表明：用12条ISSR引物对218个黄枝油杉个体进行扩增,共扩增出125个位点。在物种水平上,多态性位点百分数( PPL)为100.00％,Shannon信息多样性指数( I)为0.4177,Nei’ s基因多样性指数( H)为0.2666;在种群水平上,多态性位点百分数(PPL)在71.20％~92.00％之间,平均值为80.69％,Shannon信息多样性指数(I)在0.3273~0.3886之间,平均值为0.3548,Nei’ s基因多样性指数( H)在0.2139~0.2478之间,平均值为0.2291。这说明黄枝油杉在物种水平和种群水平上均显示出较高的遗传多样性。 Nei’ s遗传多样性分析( Gst＝0.1433)和AMOVA分析(Φst＝17.91％)表明,黄枝油杉的遗传变异主要存在于种群内,种群间的遗传分化程度较低,种群间保持一定的基因交流( Nm＝2.9890>1)。 Mantel分析显示,黄枝油杉种群间的遗传距离和地理距离之间不存在显著的相关关系( r＝0.4567, P＝0.0610>0.05)。     

野生狗牙根种质遗传多样性的SRAP研究

采用SRAP分子标记技术, 对采自中国四川、重庆、贵州、西藏四省区的32份野生狗牙根(Cynodon dactylon)材料进行遗传多样性分析, 获得下述结果：(1)用14对引物组合共得到132条多态性条带, 平均每对引物扩增出9.4条多态带, 多态性位点百分率为79.8%, 材料间的遗传相似系数范围在0.591到0.957之间, 平均GS值为0.759, 这些结果说明, 供试野生狗牙根具有较为丰富的遗传多样性; (2)对所有材料进行聚类分析, 可聚为4类, 大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类, 表明供试材料的聚类和其生态地理环境间有一定的相关性; (3)基于Shannon多样性指数估算了6个狗牙根生态地理类群内和类群间的遗传分化, 发现类群内遗传变异占总变异的65.56%, 而类群间遗传变异占总变异的34.44%; (4)对各生态地理类群基于Nei氏无偏估计的遗传一致度的聚类分析表明, 各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性。     

Genetic Diversity and Genetic Structure of an Endangered Species, Trillium tschonoskii

The genetic diversity and genetic structure of Trillium tschonoskii (Maxim) were investigated using amplified fragment length polymorphism markers. Eight primer combinations were carried out on 105 different individuals sampled from seven populations. Of the 619 discernible DNA fragments generated, 169 (27.3%) were polymorphic. The percentage of polymorphic bands within populations ranged from 4.52 to 10.50. Genetic diversity (H_E) within populations ranged from 0.0130 to 0.0379, averaging 0.0536 at the species level. Genetic differentiation among populations was detected based on Nei's genetic diversity analysis (53.03%) and analysis of molecular variance (AMOVA) (52.43%). AMOVA indicated significant genetic differentiation among populations (52.43% of the variance) and within populations (47.57% of the variance) (p < 0.0002). Gene flow was low (0.4429) among populations. Species breeding system and limited gene flow among populations are plausible reasons for the high genetic differentiation observed for this species. We propose an appropriate strategy for conserving the genetic resources of T. tschonoskii in China.     

利用ISSR标记对新疆白梭梭居群的遗传多样性分析

利用ISSR分子标记对新疆白梭梭4个居群,105个个体进行了遗传多样性的比较分析。在供试材料中,11个引物共扩增出171个多态位点,多态位点百分率为84．85％,4个居群的多态位点百分率差异在33．92％．40．35％之间。Shannon多样性指数（I）为0．3518,物种水平的Nei基因多样度（h）为0．3482。遗传变异分析表明,物种水平的居群间遗传分化系数Gst为0．6238,居群间的基因流Nm为0．3016。遗传分析表明吐鲁番居群和甘家湖居群的遗传距离最近。     

Genetic variability and differentiation of Caragana microphylla populations as revealed by RAPD markers

Genetic variability in random amplified polymorphic DNA (RAPD) was studied in 90 individuals of Caragana microphylla, an outcrossing perennial shrub species, from five natural populations sampled in Inner Mongolia steppe of China on a small scale. Nineteen selected primers were used to amplify DNA samples, and totally 225 bands were detected. The percentage of polymorphic bands within populations ranged form 58.22% to 63.56%, with an average of 60% at the population level and 71.11% at the species level, indicating relatively high genetic variations in C. microphylla species. Shannon's information index (I) and Nei's gene diversity (h) showed the similar trend with each other. According to the analysis of Nei's gene diversity, the percentage of genetic variation among populations was 7.13%, indicating a low level of genetic differentiation among populations. There existed a strong gene flow (Nm = 3.26) among populations. Although AMOVA analysis also revealed most variation was within populations (phi(ST) = 4.1%), a significant proportion was observed among populations (P<0.001) in the present study, suggesting genetic differentiation occurred among populations at a certain extent. Based on Mantel's tests and the results of previous studies, the genetic structure pattern of C. microphylla accorded with the isolation-by-distance model on a very large scale, however, on a small scale, the significant genetic differentiation among populations might be enhanced by the micro-environmental divergence among the sampling sites, rather than by geographic factors. Analysis of the genetic variations of C. microphylla populations provided useful information for the adaptive strategy of Caragana species.     

野生垂穗披碱草种质的醇溶蛋白遗传多样性分析

用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE) 对采集自中国新疆、青海、四川、西藏四省区的33份垂穗披碱草Elymus nutans材料进行醇溶蛋白分析,获得下述结果:（1）供试材料共分离出38条带纹,多态率达92.10%。4个电泳分区（α、β、γ、ω）的平均Shannon指数为0.55,Nei-Li遗传相似系数（GS）变异范围为0.36~0.93,平均值为0.63。这些结果说明供试野生垂穗披碱草材料具有较为丰富的醇溶蛋白遗传多样性。（2）对所有材料的聚类分析和主成分分析发现,在GS值为0.67的水平上供试材料可聚成7个类群,绝大部分来自于相同或相似生态地理环境的材料聚成一类,即醇溶蛋白图谱类型与材料的生态地理环境具有一定的相关性。（3）基于Shannon 多样性指数估算了5个垂穗披碱草地理类群内和类群间的遗传分化,发现类群内遗传变异占总变异的42.94 %,而类群间的遗传变异占总变异的57.06 %。这可能与该草以自花传粉为主的繁育系统有关。（4）对各地理类群基于Nei氏无偏估计的遗传一致度的聚类分析表明,各地理类群间的遗传分化与其所处的地理生态环境具有较高的相关性。 .     

森林生态系中球孢白僵菌遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记对安徽大别山区的球孢白僵菌遗传多样性进行了研究。从33个引物中筛选出12个多态性高、稳定性好的ISSRs用于正式的扩增分析,在2个自然保护区、3个不同季节和3个不同海拔梯度采集的48个菌株中共扩增出84条带,其中73条为多态性条带,多态性为81％,平均每个引物扩增出7条（2～11）。群体的多态位点百分率（PPL）达81％,Nei’s基因多样性（H）为0.3187,Shannon信息指数（I）为 0.4782。居群间的基因分化系数较小（Gst）0.1028。以上结果表明：安徽大别山区球孢白僵菌有较高的遗传多样性, 居群间遗传变异较小,居群内表现出较高水平的遗传分化。     

人工与自然恢复条件下地被层优势种大羽藓的遗传多样性比较

基于随机扩增多态性DNA(RAPD)方法比较了川西米亚罗地区3个人工云杉林样地和3个天然次生林样地大羽藓(Thuidium cym bifolium)种群的遗传多样性及分化程度。人工林种群的平均多态位点百分比(PPL)为12.7%,Ne i’s基因多样性(HE)为0.042,Shannon’s信息指数(S)为0.064,种群内遗传一致度(I)为0.952;天然次生林种群则依次为10.0%、0.027、0.043和0.960。人工林种群和天然次生林种群Gst分别为0.592和0.702,Fst分别为0.639和0.695;结合UPGMA聚类和PCA分析,发现种群间的基因交流极少。单因素方差分析显示,人工林下大羽藓种群的遗传多样性水平显著高于天然次生林下种群(p<0.05),表明在皆伐迹地上通过人工造林能有效地促进林下物种遗传多样性的恢复。     

应用ISSR-PCR分析蒙古栎种群的遗传多样性

本研究应用ISSR标记技术对东北地区的优势树种蒙古栎(Quercus mongolica)的25个种群遗传多样性进行了分析, 目的是为蒙古栎早期选择提供依据。从60条ISSR引物中筛选出10个特异性强、稳定性好的引物进行ISSR分析。共获得位点数71个, 其中多态位点数56个, 多态位点百分率为78.87%。PopGene分析结果表明: 种群的平均多态位点百分率为45.2%, Shannon表型多样性指数(I)平均值为0.25, 具有较高的遗传多样性, 种群间存在一定程度的基因流(N_m为1.3818)和遗传分化(Nei’s信息多样性指数平均值为0.1068, G_st平均值为0.2657), 种群内的基因多样度占总种群的73.43%, 种群间占26.57%, 表明蒙古栎种群的变异主要来源于种群内。结合聚类分析和地理变异规律把种群划分为两个大的种群组: 小兴安岭种群组和长白山种群组。以上结果可为栎属种质资源的保护和利用以及物种分化研究提供基础资料。     

内蒙古地区刺叶柄棘豆(Oxytropis aciphylla Ledeb.)种群遗传多样性分析

用ISSR分子标记对内蒙古地区刺叶柄棘豆(Oxytorpis aciphylla Ledeb.) 5个地理种群进行了种群遗传多样性分析。结果表明：刺叶柄棘豆种群具有较高的遗传多样性,11个ISSR引物扩增出215条带,总的多态位点百分率为98.14%,Shannon多样性指数I=0.2108,Nei基因多样性指数 H=0.341 6,种内总基因多样性(H_t) 为0.2108,种群内基因多样性(H_s)为0.160 4, 大部分遗传变异(76.11%)的遗传变异存在于种群内, 23.89%的遗传变异存在于种群间。遗传分化系数(Gst)为0.238 9,基因流(Nm)为1.592 9。5个居群间已有遗传分化趋势,遗传漂变不会引起遗传分化。UPGMA遗传距离聚类结果表明, 5个地理种群中,植被类型为荒漠草原的4个种群之间遗传距离较近,与1个荒漠种群距离较远。     

Effects of domestication on genetic diversity in Chimonanthus praecox: Evidence from chloroplast DNA and amplified fragment length polymorphism data

Chimonanthus praecox (L.) Link is a widely cultivated endemic winter-flowering plant in China that has a long cultivation history. Genetic diversity and genetic structure were compared between wild and cultivated groups to reveal the geographic origin of the cultivated genotypes using chloroplast DNA (cpDNA) sequences and amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Nine haplotypes were identified using three combined chloroplast fragments. Based on chloroplast data, the wild group showed greater genetic variation and genetic differentiation and a lower measure of gene flow compared to the cultivated group. The AFLP markers also supported this trend. More than 40% of the cpDNA haplotypes were shared between wild and cultivated groups, with shared haplotypes originating from multiple wild populations, suggesting multiple origins of cultivated plants. Moreover, principal coordinate analysis, UPGMA, and structure analysis of AFLP markers revealed that two wild populations clustered with most of the cultivated populations of Ch. praecox, suggesting that most of the cultivated populations mainly originated from these two populations. The combined cpDNA and AFLP results indicated that modern cultivated Ch. praecox experienced multiple events of origin involving two geographic origins, eastern China (Tianmu Mountain) and southwestern China (the border of Hunan–Guangxi–Sichuan–Guizhou).