中国6株狂犬病病毒街毒株全基因组测序与分析

实验研究中对分离于中国的6株狂犬病病毒街毒株进行了全基因组测序,对基因组的5个结构基因(N、P、M、G和L)的核苷酸和推断的氨基酸序列以及非编码区序列进行了分析与比较,并与来自GenBank的40株毒株从全基因组水平进行了分子进化分析。所测6株中国狂犬病病毒街毒株的全基因组核苷酸序列长度介于11 907 nt(CQ92)和11 924 nt(SH06和gg4)之间,基因组结构相同,用全基因组和不同的结构基因构建的进化树拓扑结构相似,基因组3′和5′末端高度保守而且末端11个核苷酸互补配对,5个结构基因的保守性依次是NLMGP,核苷酸同源性的最小值依次分别是81.9%、81.7%、80.7%、78.3%和76.7%。     

中国狂犬病疫苗生产株CTN-1全基因序列分析

本文首次对我国现行狂犬病疫苗生产用毒株CTN-1进行全长基因组序列测定和分析,为CTN-1疫苗在我国实际应用中的优势提供理论基础。利用RT-PCR方法分段扩增CTN-1全基因组序列,随后将PCR产物克隆到T载体、测序、拼接,用MegAlign软件比较CTN-1全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组序列的同源性;再以糖蛋白(G)基因为模板,用ClustalX和MEGA4软件进行系统进化分析。测序结果表明CTN-1全基因组序列的长度为11925nt(GenBank登录号FJ959397),序列分析表明CTN-1为基因Ⅰ型;CTN-1株全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组之间的同源性是81.5%～93.4%;与美国蝙蝠分离株SHBRV18的同源性最低,仅为81.5%;与新近从中国国内分离的野毒株HN10株的同源性最高,达93.4%。系统进化分析结果表明,CTN-1与国内不同地区大多数分离的狂犬病街毒株聚类于同一组内;而我国另一疫苗株aG株与国外疫苗株如Flury、PM、PV、ERA、RC-HL和个别中国街毒株分在另一组内。G基因氨基酸对比也显示CTN-1株与国内大多数街毒株的同源性高于其他疫苗株,结果说明CTN-1株较其他疫苗株病毒更适合制备用于预防中国狂犬病的灭活疫苗。     

1株梅花鹿源狂犬病街毒株全基因组测序与分析

对1株梅花鹿源性狂犬病街毒株(DRV)进行全基因组克隆,对全长cDNA进行测序分析.RT-PCR扩增克隆覆盖全基因组9个重叠基因片段,基因组3'和5'末端采取3,-RACE和5'-RACE方法,9个重叠基因片段序列拼接得到DRV全基因组cDNA序列,共11 863个核苷酸.DRV毒株全基因组构成与其他狂犬病毒基因组构成相似,由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,在核蛋白和糖蛋白的重要抗原位点有个别氨基酸发生变异,对已完成全基因组测序的几个基因1型毒株分别进行了N、P、M、G、L基因核苷酸及氨基酸的同源性比较.与其他具有代表性的毒株进行N基因序列比较建立的系统进化树表明,DRV毒株属于基因1型,与中国人用疫苗株3aG同源性最高为94%,与分类位置未确定的北高加索毒株(WCBV)的同源性最低为71%.本研究结果可为狂犬病毒各项分子生物学研究提供理论参考.     

22株猪圆环病毒2型安徽分离株全基因组遗传进化分析

为了解安徽地区猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学及流行毒株遗传变异情况,本研究应用DNA Star软件,针对22株PCV2安徽分离株和26株GenBank登录的PCV2参考毒株,进行全基因组核苷酸序列、ORF1和ORF2核苷酸序列及其推导的氨基酸序列的同源性分析,并运用MEGA 6.0软件构建系统进化树.结果显示,22株PCV2安徽分离株基因组全长均为1 767 bp,相互之间的核苷酸序列相似度为94.6％～99.8％,与GenBank登录的26株PCV2参考毒株之间的核苷酸序列相似度为92.4％～99.8％.PCV2安徽分离株的ORF1核苷酸序列及其推导的氨基酸序列与参考毒株之间的相似度分别为94.3％～100％和85.4％～100％,ORF2核苷酸序列及其推导的氨基酸序列相似度分别为85.9％～99.9％和76.9％～100％.ORF2编码的Cap蛋白氨基酸序列在8～30、44～91、121～140及190～224几个区域存在突变,且有部分变异位点位于抗原表位区.22株PCV2安徽分离株分布于两个基因亚型,8株属于PCV2b,14株属于PCV2d.结果表明,PCV2安徽分离株的全基因组核苷酸序列较稳定且彼此间亲缘关系密切.ORF2的变异程度远高于ORF1,PCV2d基因亚型己经逐渐过渡成为安徽地区的主要流行毒株.Cap蛋白氨基酸序列在免疫反应区域内的变异可能影响PCV2的免疫原性.本研究结果丰富了安徽地区猪圆环病毒病的分子流行病学资料,同时也为有效防控该病提供了一定的参考依据.     

陕西省9株乙脑病毒的分离及E基因序列分析

分析陕西省分离的9株乙脑病毒基因组序列特征。使用乙脑病毒全基因组序列测定引物进行RT-PCR扩增,扩增产物进行测序,拼接后获得基因组序列。利用MEGA 4.1、MegAlin、MEGA7.0等软件进行毒株的系统进化分析,并与P3株、减毒活疫苗SA14-14-2株及覆盖5个基因型别的其他乙脑病毒进行E基因序列比对。9株分离株3株分离自猪舍、6株分离自羊舍,其中4株获得全基因组序列,5株测得E基因序列。基于E基因序列进行毒株核苷酸、氨基酸同源性比较,结果显示分离株均与基因I型GI-b亚型毒株核苷酸和氨基酸同源性最高,核苷酸同源性范围为96.5%～99.7%、氨基酸同源性范围99.2%～100.0%;与SA14-14-2株核苷酸同源性范围为87.5%～88.9%、氨基酸同源性范围96.3%～97.2%;与P3株核苷酸同源性范围为87.6%～88.1%、氨基酸同源性范围96.7%～97.6%。分析09年（陕南地区）分离株与18年（关中地区）分离株的E基因核苷酸差异率为1.8%～2.9%、氨基酸差异率为0%～0.8%。陕西省自然界中循环的乙脑病毒以基因Ⅰ型为主,与P3株在抗原毒力关键位点无差异,...     

狂犬病病毒aG株全基因组序列测定及遗传稳定性分析

目的探究狂犬病病毒(Rabies virus,RV)aG株全基因组序列特征及遗传稳定性。方法严格按疫苗生产工艺进行传代,提取主种子批、工作种子批及疫苗原液病毒RNA,通过RT-PCR技术扩增全基因组各片段基因,然后分别将其克隆到p GEM-T载体中,并进行序列测定;采用DNAStar软件包对aG株与Gen Bank中4aGV参考株(JN234411)以及18株基因1型RV参考株进行同源性分析。结果 aG株全基因组由11 925个核苷酸组成,共编码3 600个氨基酸。疫苗原液与主种子批全基因组核苷酸和氨基酸同源性均为100%,而工作种子批与主种子批的核苷酸与氨基酸同源性分别为99.97%和99.92%;aG株与4aGV参考株全基因组核苷酸与推导的氨基酸同源性均为99.9%,其与18株基因1型参考株核苷酸与氨基酸序列同源性分别为84.2%~97.6%和93.7%~98.3%;aG株传代病毒与4aGV参考株全基因组氨基酸序列高度保守,且各主要功能区未发生变异。结论狂犬病病毒aG株在实验室长期生产传代过程中,全基因组遗传特性稳定。     

汉坦病毒汉滩型特殊新亚型的发现

应用RT－PCR扩增了皖南山区分离株AH09的M和S片段全基因,克隆于T载体,纯化后测定序列。结果AH09株M片段的全基因序列共3625个核苷酸,编码1135个氨基酸;S片段的全基因序列共1724个核苷酸,编码430个氨基酸。M和S片段全基因核苷酸和氨基酸与汉坦病毒各型株的代表株和HTN型毒株的同源性比较表明,AH09株分枝与HTN型接近,与其它各型病毒则相距较远,故确定为HTN型毒株,但AH09株与HTN型毒株的M和S片段全基因序列有差异,其差异分别高达23．6％和20．4％,经种系发生分析,AH09株是迄今为止所发现的HTN型病毒中差异最大的新基因亚型病毒株,AH09株病毒M片段的氨基酸与HTN型相差13．5％至14．8％,而S片段仅相差7％－8．1％,说明AH09毒株的变异主要发生在M片段。而ORF和3‘端的NCR区核苷酸序列分析比较说明,病毒的变异更主要集中在该片段的3‘端的NCR区。     

贵州省25株狂犬病病毒核蛋白基因序列分析

分析贵州省25株狂犬病病毒的核蛋白基因(N基因)序列,探讨贵州省狂犬病流行特征与狂犬病病毒变异情况。以RT-nested PCR检测来自贵州省2005年至2010年不同地区的病人脑组织、病人唾液以及犬脑组织标本狂犬病病毒RNA,经测序与拼接后得到25条N基因全长序列,采用生物信息学软件对N基因序列进行分析。25株狂犬病病毒核蛋白在核苷酸及氨基酸水平上彼此的同源性分别为89.3%～100%和98.%～100%;与国内其他省已发表基因1型狂犬病病毒核苷酸和氨基酸序列同源性分别为88%～99.1%和88%～99.7%,与已知的基因1型狂犬病病毒比较,25株病毒核蛋白氨基酸序列发生了若干位点的取代。进化树分析显示,同一地区内与相邻地区,以及同一时间段与相邻时间段内狂犬病病毒N基因进化亲缘关系相近。25株贵州省狂犬病病毒流行毒株均属基因1型,其核蛋白在基因的核苷酸及推导的氨基酸水平上均有变异,且这些变异具有地域和时间分布特性。     

中国分离巴泰病毒基因组全编码区序列测定和分析

采用RT-PCR和TAIL-PCR方法,首次对我国分离的巴泰病毒(YN92-4株)基因组的全编码区进行序列测定和分析。结果显示,YN92-4株病毒基因组由S、M、L三个片段组成,长度分别为947、4 371、6 860个核苷酸。其中,S片段基因编码由234个氨基酸残基组成的核衣壳蛋白和由102个氨基酸残基组成的非结构蛋白,M片段基因编码由1 435个氨基酸残基组成的前体蛋白,L片段基因编码由2 239个氨基酸残基组成的RNA聚合酶。与国外其它地区的巴泰病毒分离株进行基因组全编码区序列比较后发现,YN92-4株与日本牛血清分离株(ON-7/B/01株)在S、M片段核苷酸(氨基酸)的同源性最高,分别为97.7%(100%)和95.7%(98%);由于本研究首次开展对巴泰病毒L基因片段核苷酸序列的研究,因此国际基因库尚无可参考的序列信息,本研究比较了我国分离的巴泰病毒与同一血清组的代表病毒Bunyamwera病毒L片段的核苷酸和氨基酸序列同源性,分别为73.5%和81.6%。系统进化分析显示,YN92-4株基因组与其它巴泰病毒分离株在各自分支下形成独立分支。本研究提示我国分离的巴泰病毒YN92-4株未发生基因重配(...     

我国新分离森林脑炎病毒E基因特征分析

为了解分离自黑龙江省大兴安岭林区全沟硬蜱中的DXAL-5、12、13、16、18,21共6株森林脑炎(TBE)病毒E蛋白基因特征并确定病毒基因型,应用RT-PCR技术对6株病毒E蛋白基因进行体外扩增、克隆、测序.结果发现,6株病毒E蛋白基因的核苷酸序列长均为1 488 bp,推导的氨基酸序列长均为496 aa.与TBE参考毒株E蛋白基因进行比较,这6株病毒与远东亚型同源性最高,其次是西伯利亚亚型,与欧洲亚型同源性最差;在决定亚型特征的氨基酸位点多数属于TBE病毒远东亚型.E蛋白基因推导的氨基酸种系发生树分析表明,6株病毒均在远东亚型分枝内.因此就E蛋白基因而言,DXAL-5、12、13、16、18、21株均属于TBE病毒的远东亚型.新分离毒株与Senzhang株同源性较高,种系发生关系也比较接近,推测疫苗株对新分离毒株仍具有很好的保护作用.但是在E蛋白的A、B和C抗原决定区内,6株病毒均有不同程度的氨基酸改变,这些突变有可能影响E蛋白的功能.     

Molecular epidemiology of rabies epizootics in Colombia, 1994-2002: evidence of human and canine rabies associated with chiroptera

Three urban rabies outbreaks have been reported in Colombia during the last two decades, one of which is ongoing in the Caribbean region (northern Colombia). The earlier outbreaks occurred almost simultaneously in Arauca (eastern Colombia) and in the Central region, ending in 1997. Phylogenetic relationships among rabies viruses isolated from the three areas were based on a comparison of cDNA fragments coding for the endodomain of protein G and a fragment of L protein obtained by RT-PCR. The sequenced amplicons which included the G-L intergenic region contained 902 base pairs. Phylogenetic analysis showed three distinct groups of viruses. Colombian genetic variant I viruses were isolated only from Arauca and the Central region, but are now apparently extinct. Colombian genetic variant II viruses were isolated in the Caribbean region and are still being transmitted in that area. The third group of bat rabies variants were isolated from two insectivorous bats, three domestic dogs and a human. This associates bat rabies virus with rabies in Colombian dogs and humans, and indicates bats to be a rabies reservoir of public health significance.     

中国19个狂犬病病毒街毒分离株N基因的序列分析

测定了30年来从不同动物中分离的19个中国狂犬病病毒街毒株N基因的部分核酸序列,并对其核苷酸差异做了比较分析.可将中国狂犬病病毒街毒株分为4个组群,各组间的同源性为83.45%～88.62%.除广西地区分离的狂犬病病毒街毒株彼此差异较大外,其余街毒株的地理分布与其N基因核酸序列差异的距离是密切相关的,基本上可按其地理分布分为东、西二大组.     

Rabies Group-Specific Ribonucleoprotein Antigen and a Test System for Grouping and Typing of Rhabdoviruses

Cell-associated ribonucleoprotein (RNP) was isolated from BHK-21 cells infected with several strains of rabies and rabies-related viruses. The RNP-antigen from rabies and related viruses induced the formation of complement-fixing, precipitating, and immunofluorescent antibodies, and proved to be the group-specific antigen common to all rabies viruses. Antigens of the envelope which induce virus-neutralizing antibodies are apparently determinative for the serotype of a virus as evidenced by two-way neutralization tests. A combination of these methods seems to be a useful approach to the serological grouping and typing of rhabdoviruses.     

A comparison of complete genome sequences of a rabies virus chinese isolate SH06 with the vaccine strains

In this study, we determined the complete nucleotide and deduced amino acid sequence of a primary isolate of rabies virus (SH06) obtained from the brain of a rabid dog. The overall length of the genome was 11 924 nucleotides. Comparison of the genomic sequence showed the homology of SH06 at nucleotide level with full-length genomes of reference vaccine strains ranged from 82.2% with the PV strain to 86.9% with the CTN strain. A full-length genome-based phylogenetic analysis was performed with sequences available from GenBank. Phylogenetic analysis of the complete genome sequences indicated that the SH06 exhibited the highest homology with rabies street virus BD06 and CTN vaccine strain originated from China.     

Bat rabies in urban centers in Chile

One hundred and five rabies isolates obtained from domestic animals and insectivorous bats in Chile between 1977 and 1998 were molecularly characterized by limited sequence analysis of their nucleoprotein genes. These isolates were compared with viruses isolated from known domestic and wildlife rabies reservoirs in the Americas to identify potential reservoirs of rabies in Chile. The phylogenetic analyses showed that none of the Chilean isolates segregated with viruses from the terrestrial reservoirs. No non-rabies lyssaviruses were found in this study. The Chilean samples were not related to viruses of the sylvatic cycle maintained by the common vampire bat (Desmodus rotundus) in Latin America. Five genetic variants were identified from insectivorous bats in Chile. The Brazilian free-tailed bat (Tadarida brasiliensis) was identified as the reservoir for the rabies genetic variant most frequently isolated in the country between 1977 and 1998. The close association of a group of viruses obtained from a domestic dog (Canis familiaris), Brazilian free-tailed bats, and a red bat (Lasiurus borealis) with viruses maintained by Lasiurus spp. in North America implicated species of this genus as the possible reservoirs of this particular genetic variant in Chile. Reservoirs for the other three variants remain unknown.