2013～2014年我国输入性B3基因型麻疹病毒的基因特征分析

研究2013~2014年中国大陆分离到的输入性B3基因型麻疹野毒株的N蛋白羧基端核苷酸和氨基酸特征。应用MEGA6.0软件对2013~2014年输入我国的B3基因型麻疹病毒、GenBank下载的WHO参考株、2013~2014年全球流行的B3基因型麻疹病毒代表株和中国疫苗株泸191(S191)构建基于N蛋白COOH端450个核苷酸片段序列的亲缘性关系树、分析其核苷酸和氨基酸差异。13株B3基因型中国分离株间的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为99.7%~100%和100%;与B3基因型WHO参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.6%~96.8%和95.3%~97.3%;与2013~2014年流行的B3基因型的麻疹野病毒代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别在90.0%~100%和87.9%~100%;与S191的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.3%~93.5%和87.2%。本研究对积累我国麻疹病毒分子流行病学基线数据具有很重要的意义,随着我国进入麻疹消除加速阶段,将会监测到更多的非本土基因型的输入,需要进一步加强病毒学监测,防止输入性麻疹野病毒在我国扩散和传播。     

2012年在上海市发现中国大陆首例输入性D8基因型麻疹病例

本文对中国首例输入性D8基因型麻疹病毒基因特征进行分析。用ELISA法检测血清麻疹病毒IgM抗体;用Vero/Slam细胞对采集的咽拭子标本进行病毒分离,分离到的麻疹毒株用RT-PCR方法扩增其核蛋白基因3′端的部分序列,并对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,以3′端456个核苷酸为目的片段进行基因亲缘性关系分析。结果表明,上海市2012年共报告1 105疑似麻疹病例,其中实验室确诊590例,临床符合病例2例,排除513例,报告发病率为2.52/10万;共采集到984份疑似麻疹病例咽拭子标本,分离到247株麻疹病毒,病毒分离阳性率为25.3%;除Shanghai12-239为D8基因型外,其他均为H1a基因亚型。Shanghai12-239与世界卫生组织(World Health Organization,WHO)参考株(Manchester.UNK30.94(D8)AF280803)核苷酸序列同源性为97.8%,氨基酸序列同源性为98.6%。与WHO其他基因型参考株核苷酸序列同源性为89.6%~94.5%,氨基酸序列同源性为88.7%~95.3%。     

辽宁省1997～2014年H1a基因亚型麻疹野病毒流行株血凝素(H)基因特征分析

了解辽宁省1997~2014年流行麻疹野病毒血凝素(Hemagglutinin,H)基因特征,为控制和消除麻疹提供依据。本研究选用1997~2014年分离的63株H1a基因亚型麻疹病毒(Measles,MEV),应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分别扩增麻疹病毒(MEV)血凝素(H)基因全长和N基因的450个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析。将辽宁省63株MEV序列与GenBank中收录的1993~1994年麻疹病毒H基因型代表株、中国疫苗株沪191(S-191)和长春47(C-47)基于H全长构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸和氨基酸变异分析。结果显示辽宁省1997~2014年63株MEV均属于H1基因型的H1a亚型,并分为两个簇(cluster 1和2)。H基因的进化速度低于N基因的进化速度。所有63株MeV在H基因第240位均由丝氨酸(Ser S)突变为天冬酰胺酸(Asn N),在243位由精氨酸(Arg R)突变成甘氨酸(Gly G),第481位由酪氨酸(Tyr Y)突变为天冬酰胺酸(Asn N),另外在397位上cluster 2毒株均由脯氨酸(Pro P)突变成亮氨酸(Leu L),其他具有生物学和免疫学活性的位点未发生改变。     

辽宁省2007～2012年流行风疹病毒基因特征分析

为了解辽宁省2007~2012年流行性风疹病毒基因特征,本研究用Vero/Slam细胞从辽宁省2007~2012年风疹暴发和散发患者的咽拭子标本中分离到145株风疹病毒(Rubella,RV),应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增RV分离株E1基因的945个核苷酸片段,对扩增产物进行序列测定和分析。将辽宁省145株RV与世界卫生组织(WHO)RV 13个基因型的32株参考株基于739个核苷酸片段的基因定型序列构建基因亲缘性关系树。结果提示,辽宁省2007~2012年145株RV分离株均属于1E基因型,核苷酸和氨基酸同源性为97.2%~100.0%和97.6%~100.0%。与2株WHO 1E基因型参考株(Rvi/Dezhou.CHN/02,RVi/MYS/01)序列相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为96.6%~99.2%和98.2%~100.0%.除RVi/Shenyang.Liaoning.CHN/13.11/13株病毒在E1基因的第246位发生了突变(Val246-Ala246);RVi/Shenyang.Liaoning.CHN/13.11/4和RVi/Liaoyang.Liaoning.CHN/26.11/2株病毒在E1基因的第262发生相同突变(Asp262-Asn262)外,其他毒株在N-型糖基化位、血凝抑制位点和中和位点等重要抗原位点均未发生变化,抗原性稳定。辽宁省所有1E基因型风疹病毒在E1蛋白的第338位氨基酸发生相同突变(Leu338-Phe338)。本研究证实1E基因型为辽宁省RV的优势基因型,近6年来辽宁省风疹疫情是由1E基因型RV的多个传播链引起。     

福建省2012-2020年麻疹野毒株分子流行病学分析

为了解2012-2020年福建省麻疹野毒株病毒核蛋白N基因及H基因的变化,探讨其流行规律,本研究收集2012年-2020年福建省各地市级麻疹风疹网络实验室检测麻疹病毒核酸阳性的麻疹疑似病例咽拭子标本开展病毒分离,应用RT-PCR方法扩增MV的N基因羧基末端450个核苷酸片段并进行序列测定,通过与WHO推荐24个麻疹病毒基因型参考株、中国S(Shanghai,上海)191疫苗株、H1a中国代表株（China93-2）进行对比分析,从2012-2020年共收到1217例麻疹核酸检测阳性的疑似麻疹病例的病原学标本中,共分离出83株麻疹病毒野毒株,其中76株为H1a亚型,5株B3基因型,2株D8基因型。H1a亚型可分为2个独立谱系Lineage1～2,MV H1a基因型毒株间核苷酸及氨基酸同源性为99.82%～99.98%和99.91%～100%。2018年及2019年福建省首次分离到B3基因型麻疹病毒及D8基因型麻疹病毒为输入性基因型,B3基因型毒株高度同源,D8基因型毒株同源性100%。H1a基因型为福建省本土野毒株优势基因亚型,不同地区不同年代存在同一野毒株持续循环,同一地区同一年份也具...     

浙江省麻疹病毒的基因特征分析

目的分析浙江省流行的麻疹病毒(MV)的基因特征,为更好地防控麻疹提供科学参考。方法从GenBank检索并下载浙江省所有麻疹病毒株、中国麻疹疫苗株和WHO推荐参考株的血凝素蛋白(H)和核蛋白(N)的基因组序列,利用MEGA 6.0软件进行比对分析,构建种系进化树,确定浙江省麻疹病毒流行的基因型别,并进行同源性和基因变异分析。结果浙江省麻疹病毒以H1基因型为主(27株),其他基因型为辅(2株B3型)。H1a亚型(21/27)占绝对优势,其次为H1b亚型(6/27)。浙江省所有毒株间H蛋白的氨基酸同源性为96.9%~100.0%,与疫苗株Shanghai-191和Changchun-47的同源性均为95.0%~96.0%。浙江省所有毒株间N蛋白羧基末端的氨基酸同源性为82.7%~100.0%,与疫苗株Shanghai-191的同源性为85.8%~89.5%,与疫苗株Changchun-47的同源性为87.3%~91.0%。结论麻疹病毒H1基因型为浙江省麻疹流行的优势株,与现行参考疫苗株(A基因型)差异较大,因此针对麻疹病毒H1基因型疫苗的研制是今后浙江省麻疹病毒防控的关键。     

福建省输入性D8基因型麻疹病毒分子流行病学特征

为分析福建省输入性D8基因型麻疹病毒分子流行病学特征,采集咽拭子标本采用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(Real-time RT-PCR)筛查麻疹病毒核酸.用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增麻疹病毒核酸筛查阳性咽拭子及Vero/Slam细胞培养阳性产物,对麻疹病毒核蛋白(Nucleoprotein,N)羧基(COOH)端634个核苷酸(Nucleotides,nt)片段进行测序分析,构建系统进化树.最终分离获得1株麻疹病毒株,26条麻疹病毒N蛋白羧基末端450个nt序列.亲缘性分析发现,所有福建麻疹毒株与WHOD8基因型参考株(MVi/Manchester.GBR/30.94)在亲缘关系树上同属一个大分支,两者核苷酸序列和氨基酸(Amino acid,aa)序列同源性分别为96.4％～99.1％和96.7％～98.0％.其中2014年的福建毒株 MVs/Fujian.CHN/28.14和 MVs/Fujian.CHN/30.14与越南胡志明市2014年分离株MVs/HoChiMinh.VNM/11.14及美国纽约2013年分离株MVs/New.York.USA/19.13的nt同源性为 100％;2019年的毒株MVs/Fujian.CHN/25.19与泰国龙仔厝府2018年分离株MVs/Samut.Sakhon.THA/8.18的nt同源性为100％;而剩余的23个监测毒株则与日本神户2019年分离株MVs/KobeC.JPN/28.19的核苷酸同源性和氨基酸同源性最高,分别为99.6％～100.0％和99.3％～100.0％.在病毒N蛋白羧基端150个氨基酸位点上,福建株与WHO D8参考株存在3～5个氨基酸位点差异.而与现用的疫苗株(Shanghai-191)相比,存在17～19个氨基酸变异位点,其中有14个氨基酸位点为所有福建株共有的变异位点,这些位点的变异总体上未对编码蛋白的氨基酸造成明显改变.结论是福建省成功分离获得1株D8基因型麻疹毒株.D8基因型为福建省发现的输入性麻疹基因型,病毒N蛋白羧基端氨基酸位点上与疫苗株相比均出现了差异位点.     

辽宁省2008～2011年流行性腮腺炎野病毒SH蛋白基因特征分析

本研究用Vero/Slam细胞从辽宁省2008～2011年流行性腮腺炎暴发和散发患者的临床标本中分离到13株流行性腮腺炎野病毒(Mumps virus,MuV),应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)针对MuV分离株的SH基因的316个核苷酸片段进行扩增,并对该产物进行序列测定。将这13株MuV与从GenBank下载的世界卫生组织(WHO)MuV基因型参考株一起进行分子流行病学研究。结果提示:除2011-015株外,辽宁省2008～2011年12株MuV分离株均属于F基因型,核苷酸和氨基酸同源性为94.9%～100%和83.3%～100%。与F基因型参考株序列相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.4%～97.2%和96.5%～84.2%。表明2008～2011年辽宁省流行的F基因型MuV发生较大的型内变异。另外还发现F基因型MuV在SH基因上存在着特异性突变(CNt65,CNt105,G Nt137,C Nt192,C Nt239,GNT262),而其它基因型MuV在这些位点上均未发生改变。F基因型MuV在SH基因编码的氨基酸保守位点也发生变化。如:第2位上由S→P,第6位上由P→L,第23位上由T→N,第48位上由L→P/R。与基因分型有关的氨基酸三联体,2008-01-007毒株也发生了改变,由IML变为TMP。2011-015株病毒与F基因型参考株平均核苷酸和氨基酸同源性分别为87.5%和79.8%,与G型参考株平均核苷酸和氨基酸同源性分别为96.8%和97.4%,属于G基因型。该基因型为中国内地首次发现。     

陕西省9株乙脑病毒的分离及E基因序列分析

分析陕西省分离的9株乙脑病毒基因组序列特征。使用乙脑病毒全基因组序列测定引物进行RT-PCR扩增,扩增产物进行测序,拼接后获得基因组序列。利用MEGA 4.1、MegAlin、MEGA7.0等软件进行毒株的系统进化分析,并与P3株、减毒活疫苗SA14-14-2株及覆盖5个基因型别的其他乙脑病毒进行E基因序列比对。9株分离株3株分离自猪舍、6株分离自羊舍,其中4株获得全基因组序列,5株测得E基因序列。基于E基因序列进行毒株核苷酸、氨基酸同源性比较,结果显示分离株均与基因I型GI-b亚型毒株核苷酸和氨基酸同源性最高,核苷酸同源性范围为96.5%～99.7%、氨基酸同源性范围99.2%～100.0%;与SA14-14-2株核苷酸同源性范围为87.5%～88.9%、氨基酸同源性范围96.3%～97.2%;与P3株核苷酸同源性范围为87.6%～88.1%、氨基酸同源性范围96.7%～97.6%。分析09年（陕南地区）分离株与18年（关中地区）分离株的E基因核苷酸差异率为1.8%～2.9%、氨基酸差异率为0%～0.8%。陕西省自然界中循环的乙脑病毒以基因Ⅰ型为主,与P3株在抗原毒力关键位点无差异,...     

中国6省2005年麻疹病毒分离株分子特征分析

研究2005年我国6省麻疹暴发、流行的野毒株基因型特征和分子流行病学,为进一步的麻疹防治策略提供科学依据.用RT-PCR方法,从2005年6省分离的48株麻疹病毒株中扩增出核蛋白（nucleoprotein, N）基因C末端676个核苷酸片段.再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析.6省分离的48株麻疹病毒均为H1基因型,其中两株为H1b亚型, 其余为H1a亚型.48株野毒株的核苷酸同源性为95.1%～100%（核苷酸差异为0～22bp）,氨基酸同源性为92.7%～100%;与我国疫苗株S191的核苷酸同源性为88.7%～92.5%,氨基酸同源性为88.0%～91.2%.其中Shaanxi05-1和Yunnan05-1,Anhui05-2和Ningxia05-9的N末端456个核苷酸的同源性为100%;Hebei05-19、Anhui00-2和Liaoning02-2,Hebei05-1和Chongqing04-3的核苷酸的同源性为100%.引起2005年我国6省麻疹暴发流行的野毒株为H1基因型,并以H1a为绝对优势亚型.各省之间存在相同毒株引起的传播链,不同年份之间存在相同麻疹野毒株的持续循环传播.同时提示,有必要进一步研究由核苷酸变异引起的氨基酸变异及中和抗原位点等生物学性状的改变,可能影响麻疹病毒的毒力和传播力.     

新城疫病毒分离株的生物学特性鉴定及F蛋白基因序列分析

通过部分生物学特性鉴定、RT-PCR及F基因的序列测定与遗传进化分析,对2005~2006年从我国江苏省和广西省部分地区的发病鸡群和鹅群中分离到的20株新城疫病毒(NDV)进行了研究。各分离株经典毒力测定结果显示:MDT在45.3h~58.2h之间,ICPI在1.61~2.00之间,均为新城疫病毒强毒株特征。血凝解脱及血凝素热稳定性试验显示:各分离株的血凝解脱时间短,血凝素热稳定性较差,符合NDV强毒株的特征。F基因的序列测定表明,分离株之间的核苷酸序列具有79.7%~100%的同源性,与疫苗株LaSota的同源性为78.1%~83.4%;与国内标准强毒株F48E8同源性为80.2%~90.1%。推导其氨基酸序列分析表明,各分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112R-R-Q-R/K-R-F117,具有NDV强毒株特征,与毒力测定结果相符。根据序列所绘制系统进化发生树,表明20株NDV分离株中有18株为基因Ⅶd型,2株为基因Ⅲ型。     

麻疹病毒F基因测序及其进化关系的初步分析

研究麻疹病毒疫苗株S191毒种及其传代的病毒溶血素F(Haemolysin,HL)基因稳定性;对该序列一些重要位点的氨基酸进行比较,推测其功能结构及生物学活性变化;同时对该基因与M蛋白基因之间的非编码序列进行比对分析。利用RT-PCR方法扩增S191减毒株MeV23、26、27代及一株流行株YunnanLC-10的F基因,测序后进行比对分析。S191传代病毒F基因序列之间核苷酸同源性为99.8%,氨基酸同源性为99.5%～99.6%;S191疫苗株与流行株之间核苷酸序列同源性达95.2%;疫苗株与流行株1003nt的非编码区序列同源性为85.0%。S191传代病毒F基因具有较高遗传稳定性,关键功能位点氨基酸未发生传代改变;1003nt非编码区序列变异速度较快。     

2001～2011年上海市风疹病毒分子流行病学研究

本研究对2001～2011年本实验室保存的血清标本检测结果为麻疹IgM阴性,风疹IgM阳性病例相对应的咽拭子标本进行风疹病毒（Rubella virus,RV）分离,用RT-PCR方法对细胞培养产物鉴定后扩增病毒E1基因,扩增产物用于核苷酸序列测定,并进行分子流行病学分析。结果表明,60份咽拭子标本共分离到31株RV,获得27株RV的739nt（nt8 731～nt9 469）核苷酸序列,系统同源性分析表明,27株RV分离株分别属于两个不同的基因型,除分离自2011年的11009株、11052株和11106株为2B基因型外,其他分离株均为1E基因型。27株RV分离株大部分的核苷酸突变为无义突变,氨基酸序列高度保守。24株1E基因型分离株中大部分毒株氨基酸序列完全一致,自2001年以来可能有来自同一传播链的RV在持续传播。本研究首次监测到2B基因型RV2011年开始在上海流行,经GenBank核苷酸序列比对发现,其与越南、日本、阿根廷等国家近几年的RV分离株核苷酸序列同源性达99%。由于以前对风疹的监测较少,尚不能证明其来源。     

麻疹病毒S191疫苗株N基因稳定性研究及免疫细胞表位分析

研究麻疹病毒(Measles virus,MeV)疫苗株S191毒种和传代病毒核蛋白(Nucleoprotein,N)基因稳定性及其遗传与变异特点;对该序列一些重要位点的氨基酸进行比较,探讨其功能结构及生物学活性变化以及S191疫苗株的保护效果。利用RT-PCR方法扩增S191减毒株23、26、27、29、32、37不同代次N基因,测序进行比对分析。S191传代病毒N基因序列之间核苷酸同源性99.7%~100%,氨基酸同源性为99.6%~100%;S191株与7个疫苗株之间核苷酸序列同源性达99.1%~99.4%;S191和中国流行代表株序列同源性在95.0%~95.4%;S191与世界流行代表株同源性达94.7%~99.4%;S191疫苗株和中国流行代表株CHN93/7(H1a)的4个重要T细胞表位氨基酸保持一致。S191各传代病毒基因具有较高稳定性,该疫苗有一定的保护作用。     

辽宁省流行性腮腺炎野病毒的分离与鉴定

本研究用Vero/Slam细胞首次从辽宁省2008年流行性腮腺炎暴发和散发患者的临床标本中分离到3株流行性腮腺炎野病毒(Mumps virus,MuV),应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)针对MuV分离株的包括SH基因的1 028个核苷酸片段进行PCR扩增,将扩增产物连接在pMD19-T载体后转化到大肠杆菌中进行克隆。通过蓝白斑筛选,将鉴定为阳性的白色菌落进行核苷酸序列测定分析。将这3株MuV结合从GenBank下载的世界卫生组织(WHO)MuV基因型参考株在基于WHO基因定型靶序列SH基因的316核苷酸片段构建基因亲缘关系树,一起进行分子流行病学研究。结果提示:辽宁省2008年3株MuV分离株的核苷酸和氨基酸同源性在98.7%～100%和94.7%～100%之间,其中LN-2008-001-06与LN-2008-001-10序列完全一致;与F基因型参考株序列相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.4%～96.2%和84.2%～94.7%。提示辽宁省2008年3株流行性腮腺炎野病毒分离株均属F基因型。由于此次毒株数量太少,尚不能说明F基因型是否为辽宁省的优势基因型,需进一步扩大范围加强监测。     

我国分离的盖塔病毒衣壳蛋白基因和3′非翻译区分子特征研究

对我国海南省和河北省分离到的3株盖塔病毒(GETV)(M1、HB0215-3和HB0234)进行衣壳蛋白基因和3′UTR区序列测定,并分析比较该病毒的分子生物学遗传特征。首先应用逆转录聚合酶链反应扩增出病毒衣壳蛋白基因和3′UTR片段,纯化后连接到载体中进行测序,然后用Clastal X和DNASTAR软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用MEGA软件绘制系统发生树。3株病毒衣壳蛋白基因分别由801、804和804个核苷酸组成,分别编码267、268和268个氨基酸,3株病毒之间核苷酸和氨基酸序列同源性为97.6%~100%和97.8%~100%,与其他GETV分离株核苷酸同源性在95.4%~99.6%之间。3株病毒3′UTR分别由411、401和401个核苷酸组成,发现中国株存在10个(45~54位)核苷酸缺失和2个(64位、148位)特有的核苷酸位点。进化分析表明盖塔病毒之间的进化关系与分离年代相关,中国境内流行的盖塔病毒是相对独立的一个类群。     

浙江省麻疹病毒分离株的基因特性与免疫原性研究

为了研究浙江省1999～2003年麻疹病毒分离株的抗原性变化以及基因特性,阐明其基因特性与麻疹流行的关系,以及抗原性变化对疫苗免疫效果的影响.我们从麻疹患者含漱液中分离麻疹病毒株,制备大鼠免疫血清,与疫苗株沪191和Edmonston株等进行交叉中和试验,测定各毒株之间抗原比;并采集儿童麻疹疫苗免疫前后血清,分别测定其对不同毒株的中和抗体滴度;采用RT-PCR法扩增麻疹毒株血凝素蛋白(H)及核蛋白(N)基因,进行核苷酸序列测定.结果浙江99-1和浙江02-2株与沪191株之间的抗原比分别为3.0和7.3;儿童免疫后血清对浙江02-2株的麻疹中和抗体平均几何滴度(GMT)为15.03,明显低于沪191疫苗株(GMT为68.12);浙江省1999～2003年麻疹分离株之间,H基因氨基酸同源性为99.8%,N基因氨基酸同源性为98.5%～100.0%;与沪191疫苗株的H基因和N基因相比较,分离株与其在氨基酸水平上同源性分别为95.5%～95.7%和95.9%～96.3%.从基因进化树显示,1999～2003年浙江省分离到的麻疹毒株属于H1基因型,但与疫苗株沪191在抗原性和基因特性上已存在明显的差异.