全球EV-A71的基因型分布

肠道病毒A组71型(EV-A71)是引起手足口病暴发流行的主要病原体,也是除脊髓灰质炎病毒以外最为重要的人肠道病毒病原体。截止2017年2月,全球报道的EV-A71共包括7个基因型(A~G)和14个基因亚型,其中B基因型和C基因型是目前全球流行的优势基因型,目前已鉴定B基因型有8个基因亚型(B0~B7),C基因型有6个基因亚型(C1~C6)。C4基因亚型中C4a进化分支是引起中国大陆近年手足口病大规模暴发流行的主要病原之一,也是引起手足口病重症和死亡的绝对优势病原体。本文对全球流行的EV-A71基因(亚)型的地理和年代分布、新基因型的发现进行了系统的归纳分析,为中国检测和监测引起HFMD流行的EV-A71基因型或亚型的动态变化提供基础数据。     

柯萨奇病毒A16型的B1a和B1b两个分支在内蒙古自治区共同流行

研究2010年引起内蒙古自治区手足口病流行的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackie virus A16,CVA16)的分子流行病学特征。采集内蒙古自治区12个盟市门诊就诊的888名手足口病患者粪便和咽拭子标本共921份,进行病毒分离,然后利用实时荧光PCR对阳性分离物进行CVA16的鉴定。从临床症状分别为普通型、重型和死亡病例的临床标本中分离的CVA16中随机选取50株代表株进行VP1编码区扩增及核苷酸序列测定和分析,与其他各基因型和基因亚型的CVA16构建亲缘进化关系树。921份标本共分离出82株CVA16,分离率为8.90%,其中从重症病例分离出3株CVA16,从死亡病例中分离出1株CVA16。50株内蒙古CVA16代表株在核苷酸水平上与1998年以来中国大陆CVA16分离株的同源性都较高,尤其与2009年北京株和2010年河南株的同源性最高,分别为96.18%～98.88%和94.94%～98.76%;但与2007年内蒙古流行株存在一定的差异,同源性仅为91.68%～96.52%;亲缘进化关系树显示,所有内蒙古CVA16株都属于B1基因型的两大进化分支B1a和B1b,并处于不同的簇中,它们之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为89.99%～100%和98.31%～100%,表现为CVA16分离株属于多个病毒传播链。2010年从内蒙古自治区不同临床症状手足口病病例分离的CVA16流行株属于B1基因型的两大进化分支B1a和B1b,两个进化分支的CVA16在内蒙古自治区共同进化和流行。     

2014年安徽省柯萨奇病毒A组16型分离株VP1基因特征研究

研究2014年安徽省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿中分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsachivirus A 16,CVA16)毒株VP1区基因特征。收集安徽省2014年1月至11月期间413份HFMD患儿咽拭子标本接种敏感细胞分离肠道病毒,用荧光定量RT-PCR鉴定细胞培养物,对CVA16阳性培养物进行毒株VP1区RT-PCR扩增及核苷酸序列测定和基因特征分析,并与国内外参考序列构建基因亲缘性关系树。共分离鉴定出肠道病毒阳性培养物97份,其中CVA16病毒分离株17株,人肠道病毒71型(Human enterovirus 71,HEV71)分离株76株,其它肠道病毒分离株4株,总体病毒分离率为23.49%(97/413)。CVA16基因亲缘性关系分析显示:安徽省2014分离的17株CVA16毒株都属于B1基因型B1b一个分支,它们之间在核苷酸和氨基酸水平上的同源性分布为分别为95.30%~100%和98.70%~100%,但在B1b分支内形成几个传播链。17株CVA16毒株VP1区核苷酸序列与国内云南、湖南、广东、西藏和江苏地区病毒分离株同源性较高,亲缘性关系近,其中与湖南2013年和广东深圳2014年CVA16病毒分离株同源性最高,为96.40%~99.70%。2014年安徽省分离的CVA16病毒分离株属于B1基因型B1b亚型,为优势流行株;在B1b分支内形成多个小的病毒传播链共同流行。     

2010年内蒙古自治区手足口病病原谱及人肠道病毒71型分子特征研究

研究2010年中国内蒙古自治区引起手足口病(Hand foot and mouth disease,HFMD)的病原谱及人肠道病毒71型(Human enterovirus,HEV71)的分子特征。采集内蒙古自治区12个盟市门诊就诊的HFMD患者粪便和咽拭子标本共921份,进行病毒分离,然后利用三通道实时荧光定量PCR法[同时检测HEV71,柯萨奇病毒A16型(CVA16)和人肠道病毒(HEV)]对阳性分离物进行鉴定,对鉴定为其它HEV的阳性分离物进行VP4和VP1编码区扩增及核苷酸序列测定和分析。921份标本共分离出153株病毒,阳性率为16.61%,其中61株为HEV71,占39.87%,82株为CVA16,占53.59%,7株为其它HEV(分别为6株CVB4和1株Ⅱ型脊髓灰质炎疫苗病毒株),占6.53%,3株为腺病毒。重症病例中分离到9株病毒,其中6株为HEV71,3株为CVA16。选取从临床诊断分别为普通型病例、重型病例的HFMD患者临床标本中分离到的32株HEV71代表株进行VP1编码区基因扩增及核苷酸序列测定和分析,与HEV71其它各基因型和基因亚型的代表株构建亲缘性进化树。32株内蒙古HEV71代表株与1998年以来中国大陆HEV71分离株的VP1区核苷酸和氨基酸水平上的同源性都较高,尤其与2008年的北京代表株同源性最高,与C4基因亚型代表株聚为一支,属于C4基因亚型C4a进化分支,但它们之间的核苷酸和氨基酸的同源性略有差异,分别为96.4%～100%和98.14%～100%,与2007年的内蒙古代表株存在一定的差异,核苷酸同源性为96.95%～97.87%。亲缘进化关系树显示,这些HEV71处于不同的簇中,属于多个病毒传播链。2010年内蒙古HFMD的病原谱以CVA16和HEV71为主,重症病例中以HEV71居多。内蒙古流行的HEV71属于C4基因亚型C4a进化分支,并且存在多个传播链,与2008年北京代表株亲缘关系比2007年内蒙古代表株亲缘关系近,说明内蒙古流行的HEV71不是独立进化的,而是与中国流行的HEV71在共同进化。     

EV-A71感染导致的重症手足口病的机制及防控研究进展

手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)是一种具有高度传染性的病毒性传染病,通常夏秋季高发于幼儿和儿童;若患儿并发呼吸和循环功能障碍、神经系统受累等临床症状称为重症HFMD。少数重症病例可出现肺水肿、脑炎和急性弛缓性麻痹等罕见的神经或循环系统并发症,甚至导致患儿死亡。引起HFMD最常见的病原是肠道病毒A71型(EV-A71)和柯萨奇病毒A16型(CV-A16),而EV-A71是引起重症HFMD的主要病原体。EV-A71导致的重症HFMD已成为全球重要的公共卫生问题,减少EV-A71流行范围和预防EV-A71重症HFMD非常重要。EV-A71疫苗是目前最有效的预防重症HFMD发生的措施;中国已经批准了三个厂家的灭活EV-A71疫苗上市并已开展适龄儿童接种,以期预防EV-A71感染引起的重症HFMD,但这种疫苗不能预防其它肠道病毒如CV-A16,CV-A6和CV-A10等引起的HFMD。据文献报道,小分子抑制剂芦平曲韦可以通过阻止EV-A71的3C pro蛋白活性来抑制EV-A71复制;小干扰RNA和单克隆抗体也可抑制EV-A71复制。研制EV-A71和CVA16双价灭活疫苗是防控HFMD的策略之一,而小分子抑制剂、小干扰RNA和单克隆抗体的研制和应用等也是临床防治HFMD的探索。     

人肠道病毒A71型分离株全基因组序列及毒力相关位点分析北大核心CSCD

为了解人肠道病毒A71型（Enterovirus A71,EV-A71）的基因重组和遗传进化特征,探索其毒力相关位点。本研究通过对郴州市3株EV-A71分离株进行全基因组序列测定和分析,应用RDP软件（版本4.1.6）将其与231条EV-A71全基因组序列进行比较分析,检测可能的重组事件及重组位点;采用SimPlot软件（版本号3.5.1）对重组序列、2条亲本序列和其他A组肠道病毒（EV-A）代表株序列进行相似性分析;采用MEGA软件（版本5.2）构建系统发生树;结果发现郴州市3株EV-A71毒株均检测到重组信号,其共同的亲本主序列为广东省2009年毒株,亲本亚序列为中国台湾地区2008年毒株;我国C4b进化分支EV-A71代表株（分离于1998年的SHZH98株）和C4a进化分支EV-A71代表株（分离于2008年的安徽阜阳株）均与CVA4、CVA14及CVA16原型株在3D区域检测到型间重组信号。采用SPSS软件（版本19.0）对不同病例类型的变异位点作卡方检验以筛选出可能的毒力相关位点。发现死亡病例组与重症病例组间未找到具有统计学意义的突变位点;而死亡与重症病例合并组与一般病例组进行比较,共发现18个突变位点具有统计学意义,这些突变位点仅分布于P2区和P3区,而P1区未见。我国大陆的EV-A71流行株与EV-A其他毒株的型间重组早在1998年前即已经发生,并且在2008~2012年的手足口病暴发疫情中,EV-A71的型内重组频繁发生。此外,EV-A71毒力的改变可能与非衣壳蛋白区的变异相关,因此应该关注非衣壳蛋白基因改变对病毒毒力的影响。     

人肠道病毒A71型分离株全基因组序列及毒力相关位点分析

为了解人肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)的基因重组和遗传进化特征,探索其毒力相关位点。本研究通过对郴州市3株EV-A71分离株进行全基因组序列测定和分析,应用RDP软件(版本4.1.6)将其与231条EV-A71全基因组序列进行比较分析,检测可能的重组事件及重组位点;采用SimPlot软件(版本号3.5.1)对重组序列、2条亲本序列和其他A组肠道病毒(EV-A)代表株序列进行相似性分析;采用MEGA软件(版本5.2)构建系统发生树;结果发现郴州市3株EV-A71毒株均检测到重组信号,其共同的亲本主序列为广东省2009年毒株,亲本亚序列为中国台湾地区2008年毒株;我国C4b进化分支EV-A71代表株(分离于1998年的SHZH98株)和C4a进化分支EV-A71代表株(分离于2008年的安徽阜阳株)均与CVA4、CVA14及CVA16原型株在3D区域检测到型间重组信号。采用SPSS软件(版本19.0)对不同病例类型的变异位点作卡方检验以筛选出可能的毒力相关位点。发现死亡病例组与重症病例组间未找到具有统计学意义的突变位点;而死亡与重症病例合并组与一般病例组进行比较,共发现18个突变位点具有统计学意义,这些突变位点仅分布于P2区和P3区,而P1区未见。我国大陆的EV-A71流行株与EV-A其他毒株的型间重组早在1998年前即已经发生,并且在2008~2012年的手足口病暴发疫情中,EV-A71的型内重组频繁发生。此外,EV-A71毒力的改变可能与非衣壳蛋白区的变异相关,因此应该关注非衣壳蛋白基因改变对病毒毒力的影响。     

2013年至2018年辽宁省柯萨奇病毒A10型分离株VP1区基因特征分析

为了解辽宁省地区手足口病患者中分离到的柯萨奇病毒(Coxsackievirus)A10型VP1区基因特征,收集了2013年至2018年辽宁省14个市送检的手足口病患者非EV-A71和非CV-A16肠道病毒的阳性标本,通过细胞培养法分离肠道病毒,提取病毒RNA;通过RT-PCR法进行肠道病毒VP1区基因扩增和序列测定;利用BLAST对测序结果比对后确定病毒基因型;对鉴定为CV-A10的分离株进行VP1区同源性分析,并构建系统进化树。2013年至2018年辽宁省共收到非EV-A71和非CV-A16其他肠道病毒的阳性标本9 431份,用人横纹肌瘤细胞(rhabdomyosarcoma cells, RD)分离出CV-A10 165株。CV-A10分离株间的VP1区基因核苷酸同源性为91.3%～100%,氨基酸同源性为93.9%～100%,和A、B、C、D各基因型之间的VP1区同源性比较,与C基因型代表株的同源性最高,核苷酸同源性为92%～100%,氨基酸同源性为93.9%～100%。系统进化树分析表明,辽宁省CV-A10分离株为C基因型。CV-A10是引起辽宁省手足口病的重要病原体,CV-A10分离株与C基因型代表株处于同一分支上均属C基因型,有C1和C2两个进化分支共同流行,其中C2分支是优势流行株。     

柯萨奇病毒A组10型研究进展

自2008年以来,由多种肠道病毒引起的手足口病已成为严重威胁中国婴幼儿健康的重大公共卫生问题之一。其中,肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)和柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)是引起手足口病的主要病原体。但2011年以后,中国手足口病的流行趋势发生了变化,柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CVA10)和柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CVA6)引起的手足口病呈增多趋势,在部分地区已替代EV71和CVA16成为引起手足口病的主要病原体,已引起越来越多的关注。现就CVA10的病原学、流行病学、实验室诊断、动物模型及疫苗相关研究作一综述。     

安徽省2017-2018年手足口病柯萨奇病毒A6型基因进化特征分析

人肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)是引起手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)的主要病原体.近年来非EV-A71和非CV-A16的其他肠道病毒(Enterovirus,EV)已成为HFMD流行或暴发疫情的优势病原体.安徽省HFMD监测数据显示,2017-2018年HFMD样本非EV-A71和非CV-A16其他EV核酸阳性率超过50％,其中大部分为柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6).为了解安徽省2017-2018年HFMD其他肠道病毒构成和CV-A6基因进化特征,本研究收集2017-2018年HFMD咽拭子EV核酸阳性标本,采用人横纹肌肉瘤(RD)细胞进行病毒分离培养,对分离到的CV-A6毒株VP1全长序列基因扩增及核苷酸序列测定.从NCBI GenBank数据库下载CV-A6原型株和代表性毒株基因参考序列,运用生物软件MEGA 6.0构建VP1基因序列系统进化树,分析其基因遗传特征.结果 显示,安徽省2017-2018年HFMD实验室确诊病例其他EV占66.1％,CV-A16占23.5％,EV-A71占10.4％.52株CV-A6毒株均为D3a基因亚型,其VP1区核苷酸序列间相似度为93.7％～100％,编码的氨基酸序列相似度为98.3％～100％;与CV-A6 Gdula原型株核苷酸相似度为78％～82.3％,氨基酸相似度为94.6％～96.3％.VP1区15个氨基酸位点有变异,氨基酸位点Q98L和G160S的变异发生率为100％.其他EV已成为安徽省引起HFMD流行的重要病原体,D3基因型CV-A6为优势流行毒株.持续加强其他EV的病原学监测与分析,对安徽省HFMD防控策略制定与疫情处置具有重要意义.     

2009年云南省2株肠道病毒71型分离株全基因组序列遗传特性分析

对2009年云南省肠道病毒71型分离株KMM09和KM186-09进行全基因组序列测序,并与我国及其它国家流行的EV71基因型进行比较和进化分析。KMM09和KM186-09基因组长为7 409bp,编码2 193个氨基酸,VP1系统进化分析显示2009年云南分离株属于C4基因型的C4a亚型。在结构区,与其它基因型相比较,C基因型之间的核苷酸和氨基酸的同源性高于其它基因型;而在非结构区,C4与B基因型和CA16原型株G10同源性高于其它C基因亚型。通过RDP3重组软件和blast比对分析,发现EV71C4基因型与B3基因型,与CA16原型株G10的基因组在非结构区存在重组。EV71全基因组序列的比较和分析,对了解引起我国手足口病暴发或流行C4基因亚型EV71毒株的遗传特性具有重要意义。     

肠道病毒71型的研究进展

肠道病毒71型(enterovirus71,EV71)是小RNA病毒科(Picornaviridae)肠道病毒属(Enterovirus)成员,其感染主要引起患者手足口病(hand-foot-and-mouth disease,HFMD).通常情况下,EV71感染引起的HFMD在临床症状等方面与柯萨奇病毒A16(Coxsackie A16,CA16)引起的手足口病难以区别,但EV71感染除了引起HFMD以外,还能够引起无菌性脑膜炎(aseptic meningitis)、脑干脑炎(brainstem encephalitis)和脊髓灰质炎样的麻痹(poliomyelitis-like paralysis)等多种与神经系统相关的疾病[1].自1974年首次报道[2]以来,EV71已在世界范围内引起十多次爆发与流行[3-6].近年来,EV71病毒的流行在亚太地区呈上升趋势[7-9].根据病毒衣壳蛋白VP1核苷酸序列的差异,可将EV71分为A、B、C 3个基因型,其中,B型和C型又进一步分为B1、B2、B3、B4以及C1和C2亚型[10-12].     

猪瘟病毒的遗传多样性与进化

猪瘟是由猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)引起的一种严重危害全球养猪业的烈性传染病,是被OIE列为必须通报的动物疫病之一。基于病毒基因组片段核苷酸序列的系统进化分析,将猪瘟病毒分为3个基因型(基因1~3型)和11个基因亚型(1.1~1.4、2.1~2.3和3.1~3.4)。不同基因型或基因亚型病毒株的流行与进化受到了时空、宿主动物和猪瘟防控策略的制约。欧洲流行的猪瘟病毒株从20世纪70年代由基因1型转变为基因2型,其中该地区野猪群中流行的毒株属于基因2.2和2.3亚型,拉丁美洲国家流行的猪瘟病毒株一直为基因1型,韩国和我国台湾流行的毒株在20世纪末由基因3型转换为基因2.1亚型。随着鉴定的基因2.1亚型毒株的增加,该亚型可进一步划分为3个亚亚型(2.1a~2.1c),这3个亚亚型的毒株在我国都有流行,其中2.1b是我国流行的优势毒株。研究表现突变是促进猪瘟病毒进化的主要动力,同时,同源重组和准种在猪瘟病毒进化过程中也扮演了一定角色。综上所述,对猪瘟病毒流行毒株进行遗传与进化分析可以追踪病毒的来源和掌握该病毒的流行现状以及进化规律,为有效防控猪瘟的发生与流行提供理论指导。     

肠道病毒71型感染机制研究进展

重症手足口病及其死亡病例多由肠道病毒71型(Enterovirus A71,EV-A71)感染引起,且近年来在亚太地区广泛流行。由于EV-A71具有严格的宿主细胞寄生性,需依赖细胞的能量和代谢系统完成其复制过程。因此研究该病毒在进入、脱衣壳等感染早期过程中病毒与宿主相互作用的机制,不仅有助于理解其致病机理,同时可为建立相应预防和治疗的策略提供科学依据。为此,就EV-A71感染早期的致病机制的研究进展进行了综述。     

柯萨奇病毒A9型山东地方株的进化遗传学特征

柯萨奇病毒A9型(Coxsackievirus A9,CVA9)是常见的人类肠道病毒血清型,其感染可引起无菌性脑膜炎、脑炎等疾病.为探索其进化遗传学特征,本研究对山东省1991-2018年CVA9分离株的VP1完整编码区进行了序列测定,并与GenBank中获得的全球序列一并进行系统发生学和进化遗传学分析.结果 显示全球CVA9可分为Ⅰ-Ⅻ 12个基因型,优势基因型为Ⅶ,包括山东株在内的所有中国分离株均属于该基因型.进化遗传学研究显示,CVA9 VP1区序列的每年每个碱基的平均进化速率约为6.25×10-3,共同祖先起源于1919年.CVA9 VP1区的基因多样性在2003年以前无明显变化,2003年以后出现明显波动.本研究为我们了解CVA9的流行趋势和遗传变异提供了数据,对CVA9相关疾病的防控和诊断试剂的研发具有重要的现实意义.     

肠道病毒A71型3C蛋白结构、功能及抗3C蛋白药物的研究进展

肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)可引起手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD),严重者伴有神经系统并发症,如无菌性脑膜炎、神经源性肺水肿等。EV-A71引起的HFMD自2007年以来在全世界,尤其是亚太地区多次暴发,已成为亚太地区公共健康的主要威胁之一。目前尚无有效的抗病毒药物或疫苗。EVA71的致病机制尚未完全研究清楚,而非结构蛋白3C在病毒的复制和抑制天然免疫方面发挥了不可替代的作用。EV-A71 3C蛋白的研究在进一步了解EV-A71的致病机制以及研制抗病毒药物方面发挥着重要的作用。本文将对EV-A71 3C蛋白的结构、功能以及抗3C蛋白病毒药物的研究进展做出综述。     

2007年内蒙古一起手足口病暴发的流行病学和病原学分析

2007年内蒙古自治区鄂尔多斯市准格尔旗暴发了一起手足口病疫情,患者大多出现发热症状,在手、足、口腔和臀部等一个或多个部位出现斑丘疹或疱疹。患者以5岁以下散居幼儿为主,暴发过程中有一个明显的发病高峰。从28名住院儿童采集了23份粪便标本和6份咽拭子标本进行病毒分离,共分离到了15株肠道病毒,其中9株鉴定为人肠道病毒71型(HEV71,分离率为31.03%),1株鉴定为柯萨奇病毒A组16型(CVA16)。结合分析这起暴发中患者的临床表现、流行病学调查结果以及实验室检测结果,表明HEV71可能是引起这起HFMD暴发的主要病原体。9株HEV71分离株在全长VP1区核苷酸水平和氨基酸水平上差异都较小,核苷酸和氨基酸同源性分别高于99.4%和99.0%,说明这起疫情是由同一个病毒传播链引起的。同源性进化分析结果表明,从这起疫情中分离到的HEV71属于C4基因亚型,而C4基因亚型自1998年首次在广东省深圳市报道以来,一直在我国持续流行,是中国大陆HEV71流行的优势基因亚型,提示C4基因亚型HEV71在中国大陆可能有较广泛的分布和传播。     

2018～2020年广西边境地区手足口病流行特征及病原学分析

手足口病（Hand,foot and mouth disease,HFMD）是一种由肠道病毒引起的儿童常见传染病,近年来在亚太地区尤其是东南亚地区发生了多起HFMD的大暴发,而我国广西壮族自治区与越南接壤,往来密切。为了解其边境地区HFMD的流行概况和病原学构成,比较该地区病原优势基因型与相邻地区的变异与进化关系。本研究选取与越南接壤的百色、崇左、防城港作为研究对象,收集其2018-2020年HFMD疫情资料进行流行病学分析,并随机采集这三个地市的375份手足口病患儿的临床标本进行荧光定量PCR鉴定,对阳性毒株进行VP1编码区基因扩增及测定,获得的序列与GenBank上下载的各基因型/亚型的代表序列构建系统发生树。结果显示2018-2020年,广西边境地区的报告发病数、重症数、重症比例（重症/发病）和重症率均呈下降趋势,5岁以下儿童为主要发病人群,除2020年以外,其发病流行曲线呈典型的双峰分布。病原谱分析显示,整体上以其他EV为优势循环血清型,且CVA6、CVA16、CVA10和EVA71为该地区的优势病原。同时,2018-2020年期间广西边境流行的EVA71、CVA16、CVA6...