穿山甲标本和甲片的DNA提取及PCR扩增

为验证经处理后的穿山甲(Manis spp.)标本和甲片是否可以用于种间分子鉴定标记的开发及个体识别工作,本文在样品的预处理、消化、提取后纯化等方面对传统提取方法进行了改进,分别从穿山甲剥制标本、干皮标本及甲片中提取总DNA;然后用Cyt b基因扩增通用引物、12S rRNA基因全序列扩增引物、RAPD引物及微卫星引物进行了PCR扩增,并对部分扩增结果进行了序列测定.结果表明,除剥制标本的脚底皮张组织外,其他样品基本都可以提取出DNA.以此为模板的PCR扩增中,2种线粒体基因引物扩增出明显目的条带,RAPD引物扩增出种间特异条带,测序结果可用于种间特异性引物及SCAR引物的开发;微卫星引物在甲片样品中扩增稳定,可用于个体识别工作.     

可污染食品及饲料的产黄曲霉毒素真菌的多重PCR检测

根据黄曲霉毒素生化途径中的关键调控基因aflR、omt-1和ver-1的序列以及真菌共有的5.8S rDNA的ITS序列分别设计ApaF/ApaR、OmtF/OmtR、VerF/VerR及ITS1/ITS4四对引物,研究建立产黄曲霉毒素真菌及其潜在饲料或食品污染的多重PCR快速灵敏检测体系。PCR扩增的4个DNA片段中,1032bp、797bp和600bp与基因库中对应基因或DNA序列的同源性达99%以上,仅452bp片段与对应基因ver-1的同源性为98%。通过优化主要影响因子,建立了快速检测产黄曲霉毒素真菌的单管多重PCR反应体系,并用于6种曲霉和1种青霉DNA样品的检测。结果显示,上述4个片段均平行地清晰出现在2株黄曲霉Aspergillus flavus和1株寄生曲霉A.parasiticus的DNA样品中,而其余菌种只检测到ITS片段,说明检测特异性很好。灵敏性分析表明,多重PCR检测的保守灵敏度为1ng/μL样品DNA,所有目标片段的条带均很清晰;即使DNA浓度降至0.1ng/μL,除aflR之外的所有条带也可分辨。     

沙门菌、志贺菌、副溶血性弧菌多重PCR检测方法的研究

建立快速检测沙门菌、志贺菌和副溶血性弧菌的多重PCR方法[1-4].根据沙门菌hilA基因、志贺菌ipaH基因及副溶血性弧菌TDH基因设计特异性PCR引物[5-6],被检样品经4 h振荡培养后金属浴裂解制备DNA模板,使用全自动毛细管电泳核酸检测系统分析PCR扩增产物.在580、423和245 bp处分别出现预期的特异性DNA条带,且无非特异扩增条带出现.敏感性试验显示沙门菌在模拟标本中的检测灵敏度为101-2cfu/mL、志贺菌为101cfu/mL、副溶血性弧菌为102cfu/mL.该方法操作方便、分析时间短、特异性和灵敏度高,可用于公共卫生突发事件食源性病原菌的快速检测.     

人传染性软疣病毒快速PCR检测方法的建立

为了能够对传染性软疣病毒(MCV)感染做出准确快速的实验室诊断,从14例临床MCV患者皮疹处提取获得病毒DNA,设计引物并进行PCR扩增获得预期的167bp的片段,经测序并与已报道的序列比对,完全一致。而使用痘病毒科其他病毒的特异引物(正痘病毒和副痘病毒属)则没有特异扩增条带。将病毒DNA进行系列稀释后行PCR扩增,结果表明PCR检测方法的敏感性为5×10-4ng/μL。     

基于多重PCR的DNA Marker制备方法

报道了一种简便的制备分子量大小为100-1000bp DNA marker的方法,其原理是以一段特异的DNA片段为模板,设计PCR引物,采用多重PCR的方法一次扩增100-1000bp系列条带,酚/氯仿抽提,乙醇沉淀,即可得到条带清晰的DNA marker。     

基于虫菌双重PCR快速鉴别冬虫夏草

为了快速准确的鉴别冬虫夏草(Chinese cordyceps)及其混淆品,基于冬虫夏草虫体部分含有寄主昆虫和寄生菌基因组DNA,以寄主昆虫细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因及冬虫夏草菌rDNA ITS区设计特异引物(CC-2F/CC-2R,DCF4/R4),通过对双重特异性聚合酶链式反应(PCR)进行优化,结果成功从冬虫夏草虫体部分扩增出220 bp和146 bp 2条特异性条带,而其混淆品无目标条带或部分条带缺失。不同模板稀释倍数考察结果表明该方法灵敏度较高,对冬虫夏草样品检测具有稳定的特异性,且能够快速鉴别冬虫夏草真伪,为冬虫夏草产品质量评价的提升提供了支持。     

热带小奥德蘑的序列特异性扩增标记开发

[目的]为了快速、准确地对热带小奥德蘑JZB2115055进行鉴定和保护,该研究开发了该菌的序列特异性扩增(SCAR)标记。[方法]采用26个ISSR引物对19个小奥德蘑属菌株进行PCR扩增,以引物P826扩增时,JZB2115055在700 bp～1 000 bp之间出现了一条特异条带,获得此条带的DNA序列并设计特异性引物对P826-1-2XF/R。[结果]以19个小奥德蘑DNA为模板,P826-1-2XF/R为引物在JZB2115055中能够特异性地扩增出2条条带,长度分别为431 bp、537 bp;该引物在2～19号菌株中扩增不出目的条带或者扩增条带在2 000～5 000 bp之间。[结论]开发了热带小奥德蘑JZB2115055的SCAR标记,能够在该菌中特异性地扩增出431 bp和537 bp大小的条带,而其他18株菌株不能扩增出特异条带,此标记能够快速、准确地进行该菌的鉴定和保护。     

复合PCR扩增人mtDNA HVR方法的初探

目的:建立一种高效的扩增线粒体DNA高可变区(mtDNA HVR)的方法.方法:本研究选取5例健康成人静脉血,用人血全基因组DNA试剂盒,提取全基因组DNA,设计引物,用复合PCR方式,对线粒体DNA中的高可变区进行扩增.复合扩增的方式为:用6对套叠引物分开进行两次独立的PCR,扩增mtDNA HVR.第一次扩增用3对引物,目标DNA片段基本涵盖整个线粒体DNA的高可变区,扩增后得到互不重叠的3个短片段,分别为113 bp,126 bp和131bp.第二次复合扩增用其余的3对引物,目标片段基本重叠在第一次扩增所得的目标片段的区域内,扩增得到3个互不重叠的片段为124 bp,133 bp和93bp.所有扩增产物经过纯化后测序.结果:复合PCR方式获得的mtDNA HVR基因序列完整,5个样本均出现特异性条带,电泳结果条带单一、清晰.结论:复合扩增PCR方法对mtDNA HVR区的扩增效率高,测序结果稳定,结合6对套叠引物,不但保证了序列的完整性,另外,两次独立的PCR也减少了PCR反应过程中错配的发生,此法也适用于保存时间较久的古代线粒体DNA短片段的研究.复合扩增PCR还展示出了潜在的高产量的特点,相对传统PCR显示了其更多的优势.     

鸡毒支原体强毒株与F疫苗株双重PCR检测方法的建立

目的建立能同时检测MG强毒株和F疫苗株的双重PCR技术。方法根据鸡毒支原体(MG)R株的PvpA基因序列和F疫苗株假定的α磷酸海藻糖酶基因序列,设计2对引物R1、R2和F1、F2,在单一PCR的基础上,建立检测MG强毒株和F疫苗株的双重PCR方法,并运用该双重PCR方法对临床样品进行检测。结果在330 bp和444 bp处分别出现预期的特异性DNA扩增条带,敏感性试验显示该体系能检测出0.45 ng的MG R株DNA和0.25 ng的MG F疫苗株DNA。临床样品MG强毒株阳性检出率为79.69%,高于常规分离培养鉴定法。结论成功建立检测两种毒株的双重PCR技术,为根除鸡群中MG野毒株、建立无MG的阴性鸡群提供新的技术手段。     

应用引物延伸预扩增提高微量DNA拷贝数

采用引物延伸预扩增方法 ,可普遍提高微量模板DNA的拷贝数 ,便于进行基因分析时克服标本量少、来源困难的制约。采用常规扩增、检测 2 4 8bp的DYZ1片段体系为观察对象 ,其最小模板量需 1.5ng/2 0 μl体系。以 15个碱基随机寡核苷酸为引物 ,对最小模板量进行预扩增 ,再以其产物 1/10为模板 ,特异扩增DYZ1片段。进行相对定量分析 ,判断原模板DNA拷贝数增加的程度。结果 1.5ng男性DNA经随机扩增后 ,此DYZ1片段拷贝数增加了 10倍以上 ,大大地提高了特异DNA片段扩增的模板量。表明经随机引物延伸预扩增后 ,微量标本DNA片段拷贝数获得普遍提高 ,增加了微量DNA扩增的敏感度     

叉孢苏铁ISSR反应条件的优化及初步应用

利用ISSR 技术对叉孢苏铁(Cycas segmentifida)遗传多样性进行研究,对影响PCR 反应的DNA 模板浓度、dNTP 浓度、Taq 酶含量、引物浓度、Mg2 浓度和退火温度等进行了条件优化。叉孢苏铁的ISSR 最佳反应扩增体系为20μl 反应体积2μl 10 ×PCR buffer,模板DNA20ng,1UTaq 酶,1.5～2.75mmol/L MgCl2,0.1mmol/L 4 ×dNTP,0.22μmol/L 引物,2%甲酰胺。适宜的退火温度为50～52℃。从103 条引物中筛选出12 条用于所有样品的扩增,共扩增出122 条带,其中多态性条带为86 条,占总条带数的70.49%。POPGENE分析结果表明,种级水平上,叉孢苏铁具有中等稍高的遗传多样性水平,且各居群间有着很高的遗传分化度。     

不同保存方式下蝗虫组织DNA的提取及RAPD分析

为了开展蝗虫分子系统学研究,分别对冷冻、乙醇浸泡(100%、乙醇、70％乙醇)和干制蝗虫标本用饱和NaCl法进行了基因组DNA的提取,并用随机引物进行扩增,结果表明：70％乙醇固定的标本和部分干标本提取的总DNA得率较低,在琼脂糖凝胶电泳检测中大音琏分有明显降解,导致PCR扩增中信息缺失,甚至无扩增条带;而保存完好的干标本、-20℃冷冻标本和100%,乙醇浸泡标本提取的总DNA带型整齐,无拖尾,PCR扩增结果的稳定性好,成为蝗虫分子系统学研究中首选的三种保存方式。     

福尔马林固定白鱀豚标本DNA提取及其遗传多样性的初步研究

福尔马林固定标本是宝贵的遗传资源,但是如何有效利用其中的遗传信息一直存在问题。本文尝试从标本预处理、消化、PCR扩增各方面综合考虑和优化改进,成功提取并扩增21头福尔马林固定白豚标本线粒体DNA控制区410bp片段。采用了3种预处理方法尽量去除固定标本中残存的甲醛,从试验结果来看,从酒精梯度 临界点干燥处理的标本中提取的DNA在扩增时具有明显优势。通过蛋白酶K消化过程中对于酶的浓度、温浴时间的比较试验,发现随着采用大幅提高酶浓度、延长消化时间等高强度的蛋白酶消化操作后,DNA的质量和产量均得到显著提高。针对标本DNA降解严重的特点,设计特异性好且长度合适的引物以及使用巢式引物扩增,均提高了标本DNA扩增的特异性和灵敏度。通过对所测得的21头白鱀豚线粒体DNA控制区部分序列的对比,发现全部个体在该片段上的序列完全一致,说明白豚遗传多样性极低。     

福尔马林固定白暨豚标本DNA提取及其遗传多样性的初步研究

福尔马林固定标本是宝贵的遗传资源,但是如何有效利用其中的遗传信息一直存在问题。本文尝试从标本预处理、消化、PCR扩增各方面综合考虑和优化改进,成功提取并扩增21头福尔马林固定白暨豚标本线粒体DNA控制区410bp片段。采用了3种预处理方法尽量去除固定标本中残存的甲醛,从试验结果来看,从酒精梯度 临界点干燥处理的标本中提取的DNA在扩增时具有明显优势。通过蛋白酶K消化过程中对于酶的浓度、温浴时间的比较试验,发现随着采用大幅提高酶浓度、延长消化时间等高强度的蛋白酶消化操作后,DNA的质量和产量均得到显著提高。针对标本DNA降解严重的特点,设计特异性好且长度合适的引物以及使用巢式引物扩增,均提高了标本DNA扩增的特异性和灵敏度。通过对所测得的2l头白暨豚线粒体DNA控制区部分序列的对比,发现全部个体在该片段上的序列完全一致,说明白暨豚遗传多样性极低。     

满天星试管苗与其玻璃化苗的RAPD指纹图谱分析

采用分离群体分组分析法(BSA),用100个随机引物对满天星的正常苗和玻璃化苗进行RAPD分析的结果表明,7个随机引物扩增出多态性差异条带。再用上述7个引物分别对试管苗及其玻璃化苗个体进行DNA的PCR扩增的结果显示,引物J20在2种苗中出现差异条带。     

聚合酶链反应鉴定马肉方法的建立及应用

依据马卫星DNA序列设计了1对引物,建立了PCR鉴定生、熟马肉的方法。引物Ⅰ 5′-GTTGTGCCTTTCAGCTCTAGG-3′,合成浓度2.64μg/μl;引物Ⅱ 5′-ACAGCATCTTG-CATCCAGC-3′,合成浓度2.97μg/μl,设计扩增长度为186bp。PCR扩增体系为50μl,循环参数为94℃ 40s、49.5℃ 50s、72℃ 60s,35个循环后72℃保温延伸7min,产物经3％琼脂糖凝胶电泳鉴定。应用本方法可以从生鲜马肉、煮熟马肉、高压马肉的全基因组DNA中扩增出186 bp的目的DNA条带,而对牛、羊、猪、驼、鹿等15种动物的DNA扩增则呈阴性反应。其     

野生毛木耳ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为获得条带清晰,重复性好,多态性高的野生毛木耳ISSR扩增结果,通过单因子试验对ISSR-PCR反应条件进行了优化。确定了ISSR分析的最佳PCR条件:25μL反应体系中模板DNA25ng、dNTPs0.24mmol/L、Taq DNA聚合酶1U、Mg2+0.9mmol/L、引物2μmol/L、10×PCR buffer2.5μL、ddH2O12.6μL。最佳退火温度因不同的引物而定,最佳循环次数为35次。在此基础上初步筛选出25条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物。这一优化体系的建立为进一步利用ISSR标记技术进行野生毛木耳种质鉴定及遗传多样性分析提供了一个适合的程序。     

石榴叶片SRAP体系优化及其在白花芽变鉴定中的应用

采用优化的SRAP-PCR反应体系,对红花石榴母株上的白花变异枝进行鉴定和分析.结果表明,适宜石榴的SRAP-PCR反应体系中含dNTP 0.2 mmol/L、Mg2+ 2 mmol/L、引物0.4 μmol/L、DNA模板0.8 mg/L、Taq聚合酶50 000 U/L.600对SRAP随机引物组合中有580对引物组合有较好的扩增效果,其中Me30/Em7引物组合在母株和变异枝条间扩增出1条长度为78 bp的稳定差异条带.根据该差异片段序列设计的特异引物在母株中有68 bp扩增条带,在变异枝条中没有扩增条带.表明白花变异枝条的产生可能与母株DNA片段缺失有关.     

利用PCR技术快速制备DNA分子量标准物

目的：制备一套DNA分子量标准物。方法：利用多聚酶链式反应技术（PCR）,以连接有9个不同大小DNA片段的pMD18-T载体为模板,M13引物为通用引物,进行大规模扩增,并进行2%琼脂糖凝胶电泳分析和利用TanonGIS凝胶图像处理系统对凝胶扫描及拍照。结果：DNA分子量条带大小依次为1653bp、1173bp、691bp、606bp、496bp、401bp、326bp、238bp、155bp,条带分布适度、亮度清晰。结论：制备了能满足研究和实验室的要求DNA分子量标准物,和市售的相比,成本大大降低。     

四重PCR检测副溶血性弧菌及其毒力基因方法的建立

【目的】建立同时检测副溶血性弧菌tox R、tdh、trh、tlh基因的四重PCR快速检测方法。【方法】分别以副溶血性弧菌的tox R、tdh、trh、tlh 4个基因为靶基因,设计4对特异性引物,对4对引物浓度和退火温度进行优化,获得最佳引物比例和扩增条件,建立快速检测致病性副溶血性弧菌的四重PCR体系。通过特异性验证、灵敏度验证以及模拟样品检测进行方法确认。【结果】四重PCR体系扩增条带与预期相符,即115 bp(tox R)、244 bp(tdh)、418 bp(trh)、759 bp(tlh)4个目的条带;用74株副溶血性弧菌和37株非目标菌的测试结果表明,所建立的方法有良好的特异性。该方法对模板DNA的检测灵敏度为50μg/L,纯培养物的检测灵敏度为6.7×103 CFU/m L;副溶血性弧菌含量为1.36 CFU/g的人工模拟样品增菌6 h后,tox R、tlh、tdh、trh 4个基因可同时被检出。【结论】该方法可实现同时检测携带tox R、tdh、trh、tlh 4种基因的副溶血性弧菌,对开展致病性副溶血性弧菌的检测研究具有一定现实意义。